EA 027315B1 20170731 Номер и дата охранного документа [PDF] EAPO2017\PDF/027315 Полный текст описания [**] EA201390689 20111114 Регистрационный номер и дата заявки US61/413,176 20101112 Регистрационные номера и даты приоритетных заявок US2011/060592 Номер международной заявки (PCT) WO2012/065164 20120518 Номер публикации международной заявки (PCT) EAB1 Код вида документа [PDF] eab21707 Номер бюллетеня [**] МОЛЕКУЛА НУКЛЕИНОВОЙ КИСЛОТЫ И БЕЛОК ДЛЯ ИНДУКЦИИ ИММУННОГО ОТВЕТА ПРОТИВ АНТИГЕНА РАКА ПРЕДСТАТЕЛЬНОЙ ЖЕЛЕЗЫ, ПЛАЗМИДА, ВЕКТОР ЭКСПРЕССИИ, СПОСОБ ЛЕЧЕНИЯ И ФАРМАЦЕВТИЧЕСКАЯ КОМПОЗИЦИЯ Название документа [8] C07H 21/00, [8] C07K 14/00 Индексы МПК [US] Уэйнер Дэвид Б, [US] Янь Цзянь, [US] Ферраро Бернадетте, [US] Сардесай Нирандзан И, [US] Раманатхан Матхура П Сведения об авторах [US] ДЗЕ ТРАСТИЗ ОФ ДЗЕ ЮНИВЕРСИТИ ОФ ПЕНСИЛЬВАНИЯ, [US] ИНОВИО ФАРМАСЬЮТИКАЛЗ, ИНК. Сведения о патентообладателях [US] ДЗЕ ТРАСТИЗ ОФ ДЗЕ ЮНИВЕРСИТИ ОФ ПЕНСИЛЬВАНИЯ, [US] ИНОВИО ФАРМАСЬЮТИКАЛЗ, ИНК. Сведения о заявителях
 

Патентная документация ЕАПВ

 
Запрос:  ea000027315b*\id

больше ...

Термины запроса в документе

Реферат

[RU]

1. Молекула нуклеиновой кислоты для индукции иммунного ответа против антигена рака предстательной железы, содержащая одну или более нуклеотидных последовательностей, кодирующих один или более белков, выбранных из: а) белка с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO: 2 или гомологичной ей на 98% последовательностью, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 69, 78, 80, 82, 102, 110, 137, 139, 165, 189, 203, 220, 232 и 248 последовательности SEQ ID NO: 2, или иммуногенного фрагмента последовательности SEQ ID NO: 2, содержащего по меньшей мере 256 аминокислотных остатков последовательности SEQ ID NO: 2, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 69, 78, 80, 82, 102, 110, 137, 139, 165, 189, 203, 220, 232 и 248 последовательности SEQ ID NO: 2; б) белка с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO: 4 или гомологичной ей на 98% последовательностью, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 21, 86, 127, 129, 154, 156, 182, 195, 206, 218, 220, 237, 249, 255, 265, 271 и 275 последовательности SEQ ID NO: 4, или иммуногенного фрагмента последовательности SEQ ID NO: 4, содержащего по меньшей мере 274 аминокислотных остатка последовательности SEQ ID NO: 4, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 21, 86, 127, 129, 154, 156, 182, 195, 206, 218, 220, 237, 249, 255, 265, 271 и 275 последовательности SEQ ID NO: 4.

2. Молекула нуклеиновой кислоты по п.1, дополнительно содержащая одну или более нуклеотидных последовательностей, кодирующих один или более белков, выбранных из: в) белка с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO: 6 или гомологичной ей на 98% последовательностью, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 14, 15, 32, 47, 58, 79, 111, 157, 223, 320, 350, 475, 499, 569, 613, 624, 653, 660, 663, 733 и 734 последовательности SEQ ID NO: 6, или иммуногенного фрагмента последовательности SEQ ID NO: 6, содержащего по меньшей мере 735 аминокислотных остатков последовательности SEQ ID NO: 6, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 14, 15, 32, 47, 58, 79, 111, 157, 223, 320, 350, 475, 499, 569, 613, 624, 653, 660, 663, 733 и 734 последовательности SEQ ID NO: 6; г) белка с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO: 8 или гомологичной ей на 98% последовательностью, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 20, 30, 31, 48, 63, 74, 95, 127, 173, 239, 336, 366, 491, 515, 564, 585, 629, 640, 669, 676, 679, 749 и 750 последовательности SEQ ID NO: 8, или иммуногенного фрагмента последовательности SEQ ID NO: 8, содержащего по меньшей мере 751 аминокислотный остаток последовательности SEQ ID NO: 8, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 20, 30, 31, 48, 63, 74, 95, 127, 173, 239, 336, 366, 491, 515, 564, 585, 629, 640, 669, 676, 679, 749 и 750 последовательности SEQ ID NO: 8.

3. Молекула нуклеиновой кислоты по любому из пп.1 или 2, кодирующая один или более белков с последовательностями, выбранными из SEQ ID NO: 2 и SEQ ID NO: 4.

4. Молекула нуклеиновой кислоты по п.1, содержащая одну или более нуклеотидных последовательностей, выбранных из: а) последовательности SEQ ID NO: 1 или гомологичной ей на 98% последовательности; б) последовательности SEQ ID NO: 3 или гомологичной ей на 98% последовательности.

5. Молекула нуклеиновой кислоты по п.4, дополнительно содержащая одну или более нуклеотидных последовательностей, выбранных из: в) последовательности, образованной нуклеотидами 1-2250 последовательности SEQ ID NO: 5, или гомологичной на 98% последовательности, образованной указанными нуклеотидами; г) последовательности, образованной нуклеотидами 1-2301 последовательности SEQ ID NO: 7, или гомологичной на 98% последовательности, образованной указанными нуклеотидами.

6. Молекула нуклеиновой кислоты по любому из пп.4 или 5, содержащая одну или более нуклеотидных последовательностей, выбранных из SEQ ID NO: 1 и SEQ ID NO: 3.

7. Плазмида, содержащая молекулу нуклеиновой кислоты по любому из пп.1-6.

8. Вектор экспрессии, содержащий молекулу нуклеиновой кислоты по любому из пп.1-6, причем одна или более указанных молекул функционально связаны с регуляторными элементами.

9. Способ лечения пациента, у которого диагностирован рак предстательной железы, включающий введение пациенту молекулы нуклеиновой кислоты по любому из пп.1-6.

10. Белок для индукции иммунного ответа против антигена рака предстательной железы, выбранный из: а) белка с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO: 2 или гомологичной ей на 98% последовательностью, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 69, 78, 80, 82, 102, 110, 137, 139, 165, 189, 203, 220, 232 и 248 последовательности SEQ ID NO: 2, или иммуногенного фрагмента последовательности SEQ ID NO: 2, содержащего по меньшей мере 256 аминокислотных остатков последовательности SEQ ID NO: 2, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 69, 78, 80, 82, 102, 110, 137, 139, 165, 189, 203, 220, 232 и 248 последовательности SEQ ID NO: 2; б) белка с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO: 4 или гомологичной ей на 98% последовательностью, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 21, 86, 127, 129, 154, 156, 182, 195, 206, 218, 220, 237, 249, 255, 265, 271 и 275 последовательности SEQ ID NO: 4, или иммуногенного фрагмента последовательности SEQ ID NO: 4, содержащего по меньшей мере 274 аминокислотных остатка последовательности SEQ ID NO: 4, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 21, 86, 127, 129, 154, 156, 182, 195, 206, 218, 220, 237, 249, 255, 265, 271 и 275 последовательности SEQ ID NO: 4.

11. Белок для индукции иммунного ответа против антигена рака предстательной железы, выбранный из: в) белка с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO: 6 или гомологичной ей на 98% последовательностью, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 14, 15, 32, 47, 58, 79, 111, 157, 223, 320, 350, 475, 499, 569, 613, 624, 653, 660, 663, 733 и 734 последовательности SEQ ID NO: 6, или иммуногенного фрагмента последовательности SEQ ID NO: 6, содержащего по меньшей мере 735 аминокислотных остатков последовательности SEQ ID NO: 6, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 14, 15, 32, 47, 58, 79, 111, 157, 223, 320, 350, 475, 499, 569, 613, 624, 653, 660, 663, 733 и 734 последовательности SEQ ID NO: 6; г) белка с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO: 8 или гомологичной ей на 98% последовательностью, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 20, 30, 31, 48, 63, 74, 95, 127, 173, 239, 336, 366, 491, 515, 564, 585, 629, 640, 669, 676, 679, 749 и 750 последовательности SEQ ID NO: 8, или иммуногенного фрагмента последовательности SEQ ID NO: 8, содержащего по меньшей мере 751 аминокислотный остаток последовательности SEQ ID NO: 8, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 20, 30, 31, 48, 63, 74, 95, 127, 173, 239, 336, 366, 491, 515, 564, 585, 629, 640, 669, 676, 679, 749 и 750 последовательности SEQ ID NO: 8.

12. Белок по п.10, включающий аминокислотную последовательность, выбранную из SEQ ID NO: 2 и SEQ ID NO: 4.

13. Способ лечения пациента, у которого диагностирован рак предстательной железы, включающий введение пациенту белка по любому из пп.10-12.

14. Фармацевтическая композиция для профилактики и лечения рака предстательной железы, содержащая молекулу нуклеиновой кислоты по любому из пп.1-8 и фармацевтически приемлемый эксципиент.


Полный текст патента

(57) Реферат / Формула:

1. Молекула нуклеиновой кислоты для индукции иммунного ответа против антигена рака предстательной железы, содержащая одну или более нуклеотидных последовательностей, кодирующих один или более белков, выбранных из: а) белка с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO: 2 или гомологичной ей на 98% последовательностью, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 69, 78, 80, 82, 102, 110, 137, 139, 165, 189, 203, 220, 232 и 248 последовательности SEQ ID NO: 2, или иммуногенного фрагмента последовательности SEQ ID NO: 2, содержащего по меньшей мере 256 аминокислотных остатков последовательности SEQ ID NO: 2, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 69, 78, 80, 82, 102, 110, 137, 139, 165, 189, 203, 220, 232 и 248 последовательности SEQ ID NO: 2; б) белка с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO: 4 или гомологичной ей на 98% последовательностью, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 21, 86, 127, 129, 154, 156, 182, 195, 206, 218, 220, 237, 249, 255, 265, 271 и 275 последовательности SEQ ID NO: 4, или иммуногенного фрагмента последовательности SEQ ID NO: 4, содержащего по меньшей мере 274 аминокислотных остатка последовательности SEQ ID NO: 4, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 21, 86, 127, 129, 154, 156, 182, 195, 206, 218, 220, 237, 249, 255, 265, 271 и 275 последовательности SEQ ID NO: 4.

2. Молекула нуклеиновой кислоты по п.1, дополнительно содержащая одну или более нуклеотидных последовательностей, кодирующих один или более белков, выбранных из: в) белка с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO: 6 или гомологичной ей на 98% последовательностью, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 14, 15, 32, 47, 58, 79, 111, 157, 223, 320, 350, 475, 499, 569, 613, 624, 653, 660, 663, 733 и 734 последовательности SEQ ID NO: 6, или иммуногенного фрагмента последовательности SEQ ID NO: 6, содержащего по меньшей мере 735 аминокислотных остатков последовательности SEQ ID NO: 6, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 14, 15, 32, 47, 58, 79, 111, 157, 223, 320, 350, 475, 499, 569, 613, 624, 653, 660, 663, 733 и 734 последовательности SEQ ID NO: 6; г) белка с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO: 8 или гомологичной ей на 98% последовательностью, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 20, 30, 31, 48, 63, 74, 95, 127, 173, 239, 336, 366, 491, 515, 564, 585, 629, 640, 669, 676, 679, 749 и 750 последовательности SEQ ID NO: 8, или иммуногенного фрагмента последовательности SEQ ID NO: 8, содержащего по меньшей мере 751 аминокислотный остаток последовательности SEQ ID NO: 8, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 20, 30, 31, 48, 63, 74, 95, 127, 173, 239, 336, 366, 491, 515, 564, 585, 629, 640, 669, 676, 679, 749 и 750 последовательности SEQ ID NO: 8.

3. Молекула нуклеиновой кислоты по любому из пп.1 или 2, кодирующая один или более белков с последовательностями, выбранными из SEQ ID NO: 2 и SEQ ID NO: 4.

4. Молекула нуклеиновой кислоты по п.1, содержащая одну или более нуклеотидных последовательностей, выбранных из: а) последовательности SEQ ID NO: 1 или гомологичной ей на 98% последовательности; б) последовательности SEQ ID NO: 3 или гомологичной ей на 98% последовательности.

5. Молекула нуклеиновой кислоты по п.4, дополнительно содержащая одну или более нуклеотидных последовательностей, выбранных из: в) последовательности, образованной нуклеотидами 1-2250 последовательности SEQ ID NO: 5, или гомологичной на 98% последовательности, образованной указанными нуклеотидами; г) последовательности, образованной нуклеотидами 1-2301 последовательности SEQ ID NO: 7, или гомологичной на 98% последовательности, образованной указанными нуклеотидами.

6. Молекула нуклеиновой кислоты по любому из пп.4 или 5, содержащая одну или более нуклеотидных последовательностей, выбранных из SEQ ID NO: 1 и SEQ ID NO: 3.

7. Плазмида, содержащая молекулу нуклеиновой кислоты по любому из пп.1-6.

8. Вектор экспрессии, содержащий молекулу нуклеиновой кислоты по любому из пп.1-6, причем одна или более указанных молекул функционально связаны с регуляторными элементами.

9. Способ лечения пациента, у которого диагностирован рак предстательной железы, включающий введение пациенту молекулы нуклеиновой кислоты по любому из пп.1-6.

10. Белок для индукции иммунного ответа против антигена рака предстательной железы, выбранный из: а) белка с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO: 2 или гомологичной ей на 98% последовательностью, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 69, 78, 80, 82, 102, 110, 137, 139, 165, 189, 203, 220, 232 и 248 последовательности SEQ ID NO: 2, или иммуногенного фрагмента последовательности SEQ ID NO: 2, содержащего по меньшей мере 256 аминокислотных остатков последовательности SEQ ID NO: 2, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 69, 78, 80, 82, 102, 110, 137, 139, 165, 189, 203, 220, 232 и 248 последовательности SEQ ID NO: 2; б) белка с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO: 4 или гомологичной ей на 98% последовательностью, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 21, 86, 127, 129, 154, 156, 182, 195, 206, 218, 220, 237, 249, 255, 265, 271 и 275 последовательности SEQ ID NO: 4, или иммуногенного фрагмента последовательности SEQ ID NO: 4, содержащего по меньшей мере 274 аминокислотных остатка последовательности SEQ ID NO: 4, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 21, 86, 127, 129, 154, 156, 182, 195, 206, 218, 220, 237, 249, 255, 265, 271 и 275 последовательности SEQ ID NO: 4.

11. Белок для индукции иммунного ответа против антигена рака предстательной железы, выбранный из: в) белка с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO: 6 или гомологичной ей на 98% последовательностью, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 14, 15, 32, 47, 58, 79, 111, 157, 223, 320, 350, 475, 499, 569, 613, 624, 653, 660, 663, 733 и 734 последовательности SEQ ID NO: 6, или иммуногенного фрагмента последовательности SEQ ID NO: 6, содержащего по меньшей мере 735 аминокислотных остатков последовательности SEQ ID NO: 6, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 14, 15, 32, 47, 58, 79, 111, 157, 223, 320, 350, 475, 499, 569, 613, 624, 653, 660, 663, 733 и 734 последовательности SEQ ID NO: 6; г) белка с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO: 8 или гомологичной ей на 98% последовательностью, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 20, 30, 31, 48, 63, 74, 95, 127, 173, 239, 336, 366, 491, 515, 564, 585, 629, 640, 669, 676, 679, 749 и 750 последовательности SEQ ID NO: 8, или иммуногенного фрагмента последовательности SEQ ID NO: 8, содержащего по меньшей мере 751 аминокислотный остаток последовательности SEQ ID NO: 8, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 20, 30, 31, 48, 63, 74, 95, 127, 173, 239, 336, 366, 491, 515, 564, 585, 629, 640, 669, 676, 679, 749 и 750 последовательности SEQ ID NO: 8.

12. Белок по п.10, включающий аминокислотную последовательность, выбранную из SEQ ID NO: 2 и SEQ ID NO: 4.

13. Способ лечения пациента, у которого диагностирован рак предстательной железы, включающий введение пациенту белка по любому из пп.10-12.

14. Фармацевтическая композиция для профилактики и лечения рака предстательной железы, содержащая молекулу нуклеиновой кислоты по любому из пп.1-8 и фармацевтически приемлемый эксципиент.


Евразийское
патентное
ведомство
027315
(13) B1
(12) ОПИСАНИЕ ИЗОБРЕТЕНИЯ К ЕВРАЗИЙСКОМУ ПАТЕНТУ
(45) Дата публикации и выдачи патента 2017.07.31
(21) Номер заявки 201390689
(22) Дата подачи заявки 2011.11.14
(51) Int. Cl.
C07H21/00 (2006.01) C07K14/00 (2006.01)
(54)
МОЛЕКУЛА НУКЛЕИНОВОЙ КИСЛОТЫ И БЕЛОК ДЛЯ ИНДУКЦИИ ИММУННОГО ОТВЕТА ПРОТИВ АНТИГЕНА РАКА ПРЕДСТАТЕЛЬНОЙ ЖЕЛЕЗЫ, ПЛАЗМИДА, ВЕКТОР ЭКСПРЕССИИ, СПОСОБ ЛЕЧЕНИЯ И ФАРМАЦЕВТИЧЕСКАЯ
КОМПОЗИЦИЯ
(31) 61/413,176; 61/417,817
(32) 2010.11.12; 2010.11.29
(33) US
(43) 2013.11.29
(86) PCT/US2011/060592
(87) WO 2012/065164 2012.05.18
(71) (73) Заявитель и патентовладелец:
ДЗЕ ТРАСТИЗ ОФ ДЗЕ
ЮНИВЕРСИТИ ОФ
ПЕНСИЛЬВАНИЯ; ИНОВИО
ФАРМАСЬЮТИКАЛЗ, ИНК. (US)
(72) Изобретатель:
Уэйнер Дэвид Б, Янь Цзянь, Ферраро Бернадетте, Сардесай Нирандзан И, Раманатхан Матхура П (US)
(74) Представитель:
Медведев В.Н. (RU)
(56) US-A1-20050266530 US-A1-20020081680
(57) Изобретение относится к молекулам нуклеиновой кислоты и белкам для индукции иммунного ответа против антигена рака предстательной железы, а также к плазмидам, векторам и фармацевтическим композициям, содержащим указанные нуклеиновые кислоты. Изобретение также относится к способам лечения пациентов, у которых диагностирован рак предстательной железы, включающим введение указанной нуклеиновой кислоты или указанного белка.
Область изобретения
Настоящее изобретение относится к последовательностям нуклеиновых кислот, кодирующим кон-сенсусные белки простаты и их фрагменты; усовершенствованным вакцинам от рака простаты, усовершенствованным способам для стимуляции иммунных реакций против клеток рака простаты, усовершенствованным способам для профилактической и/или терапевтической иммунизации пациентов против рака простаты.
Уровень техники изобретения
Рак простаты является важной целью иммунной терапии. Совершенствование иммунного терапевтического подхода является комплексным, при этом иммуногены необходимо разрабатывать таким образом, чтобы они были способны индуцировать сильные иммунные реакции, включая предпочтительные CTL реакции.
Прямое введение последовательностей нуклеиновых кислот для вакцинации против болезней животных и человека изучалось, и много усилий было сосредоточено на эффективных и действенных средствах доставки нуклеиновой кислоты для того, чтобы вызвать необходимую экспрессию желаемых антигенов, приводящую к иммуногенной реакции и в конечном счете к успеху этого способа.
ДНК вакцины обладают многими концептуальными преимуществами по сравнению с более традиционными способами вакцинации, такими как живые ослабленные вирусы и вакцины, основанные на рекомбинантном белке. ДНК вакцины безопасны, стабильны, легко производятся и хорошо переносились людьми в доклинических исследованиях, показавших небольшое свидетельство интеграции плаз-мид [Martin, Т., et al., Plasmid DNA malaria vaccine: the potential for genomic integration after intramuscular injection. Hum Gene Ther, 1999. 10(5): p. 759-68; Nichols, W.W., et al., Potential DNA vaccine integration into host cell genome. Ann N Y Acad Sci, 1995. 772: p. 30-9]. Кроме того, ДНК вакцины хорошо подходят для повторного введения вследствие того факта, что на эффективность вакцины не влияют ранее существовавшие титры антител к вектору [Chattergoon, M., J. Boyer, and D.B. Weiner, Genetic immunization: a new era in vaccines and immune therapeutics. FASEB J, 1997. 11(10): p. 753-63]. Однако основное препятствие для клинического внедрения ДНК вакцин заключается в уменьшении базовой иммуногенности при переходе к более крупным животным [Liu, M.A. and J.B. Ulmer, Human clinical trials of plasmid DNA vaccines. Adv Genet, 2005. 55: p. 25-40]. Последние технологические достижения в разработке иммуногенной ДНК-вакцины, такие как оптимизация кодонов, оптимизация РНК и добавление лидерных последовательностей иммуноглобулина улучшили экспрессию и иммуногенность ДНК-вакцин [Andre, S., et al., Increased immune response elicited by DNA vaccination with a synthetic gp120 sequence with optimized codon usage. J. Virol, 1998. 72(2): p. 1497-503; Deml, L., et al., Multiple effects of codon usage optimization on expression and immunogenicity of DNA candidate vaccines encoding the human immunodeficiency virus type 1 Gag protein. J. Virol, 2001. 75(22): p. 10991-1001; Laddy, D.J., et al., Immunogenicity of novel consensus-based DNA vaccines against avian influenza. Vaccine, 2007. 25(16): p. 2984-9; Frelin, L., et al., Codon optimization and mRNA amplification effectively enhances the immunogenicity of the hepatitis С virus nonstructural 3/4A gene. Gene Ther, 2004. 11(6): p. 522-33].
Последние технологические достижения в системах доставки плазмид улучшили экспрессию и им-муногенность ДНК-вакцин, включая такие технологии, как электропорация [Hirao, L.A., et al., Intrader-mal/subcutaneous immunization by electroporation improves plasmid vaccine delivery and potency in pigs and rhesus macaques. Vaccine, 2008. 26(3): p. 440-8; Luckay, A., et al., Effect of plasmid DNA vaccine design and in vivo electroporation on the resulting vaccine-specific immune responses in rhesus macaques. J. Virol, 2007. 81(10): p. 5257-69; Ahlen, G., et al., In vivo electroporation enhances the immunogenicity of hepatitis С virus nonstructural 3/4A DNA by increased local DNA uptake, protein expression, inflammation, and infiltration of CD3+ T cells. J. Immunol, 2007. 179(7): p. 4741-53].
Кроме того, исследования подтверждают, что использование консенсусных иммуногенов может повышать размах клеточной иммунной реакции по сравнению с одними природными антигенами [Yan, J., et al., Enhanced cellular immune responses elicited by an engineered HIV-1 subtype В consensus-based envelope DNA vaccine. Mol Ther, 2007. 15(2): p. 411-21; Rolland, M., et al., Reconstruction and function of ancestral center-of-tree human immunodeficiency virus type 1 proteins. J. Virol, 2007. 81(16): p. 8507-14]. Однако общепризнано, что нарушение иммунной толерантности к раковым антигенам и выработка аутоиммуни-тета является основным препятствием для вакцин против рака.
Все еще остается потребность в конструктах нуклеиновых кислот, которые кодируют антигены рака простаты, и в составах, пригодных для стимуляции иммунных ответов на антигены рака простаты и нарушения таким образом иммунной толерантности. Остается потребность в эффективных профилактических и терапевтических вакцинах против рака простаты, которые являются экономичными и эффективными.
Сущность изобретения
Аспекты настоящего изобретения включают молекулы нуклеиновых кислот, содержащие кодирующую последовательность, кодирующую один или более белков, выбранных из группы, содержащей a) SEQ ID NO: 2; белок, который на 98% гомологичен SEQ ID NO: 2, при условии, что сохранились аминокислоты 69, 78, 80, 82, 102, 110, 137, 139, 165, 189, 203, 220, 232 и 248 из SEQ ID NO: 2; или иммуно-генный фрагмент SEQ ID NO: 2, содержащий аминокислоты, соответствующие по меньшей мере 256 аминокислотным остаткам SEQ ID NO: 2, при условии, что сохранились аминокислоты 69, 78, 80, 82, 102, 110, 137, 139, 165, 189, 203, 220, 232 и 248 из SEQ ID NO: 2; б) SEQ ID NO: 4; белок, который на 98% гомологичен SEQ ID NO: 4, при условии, что сохранились аминокислоты 21, 86, 127, 129, 154, 156, 182,
195, 206, 218, 220, 237, 249, 255, 265, 271 и 275 из SEQ ID NO: 4; или иммуногенный фрагмент SEQ ID
NO: 4, содержащий аминокислоты, соответствующие по меньшей мере 274 аминокислотным остаткам
SEQ ID NO: 4, при условии, что сохранились аминокислоты 21, 86, 127, 129, 154, 156, 182, 195, 206, 218, 220, 237, 249, 255, 265, 271 и 275 из SEQ ID NO: 4; в) SEQ ID NO: 6; белок, который на 98% гомологичен SEQ ID NO: 6, при условии, что сохранились аминокислоты 14, 15, 32, 47, 58, 79,111, 157, 223, 320, 350,
475, 499, 569, 613, 624, 653, 660, 663, 733 и 734 из SEQ ID NO: 6; или иммуногенный фрагмент SEQ ID NO: 6, содержащий аминокислоты, соответствующие по меньшей мере 735 аминокислотным остаткам
SEQ ID NO: 6, при условии, что сохранились аминокислоты 14, 15, 32, 47, 58, 79,111, 157, 223, 320, 350,
475, 499, 569, 613, 624, 653, 660, 663, 733 и 734 из SEQ ID NO: 6; г) SEQ ID NO: 8; белок, который на 98% гомологичен SEQ ID NO: 8, при условии, что сохранились аминокислоты 20, 30, 31, 48, 63, 74, 95, 127, 173, 239, 336, 366, 491, 515, 564, 585, 629, 640, 669, 676, 679, 749 и 750 из SEQ ID NO: 8; или иммуноген-ный фрагмент SEQ ID NO: 8, содержащий аминокислоты, соответствующие по меньшей мере 751 аминокислотным остаткам SEQ ID NO: 8, при условии, что сохранились аминокислоты 20, 30, 31, 48, 63, 74, 95, 127, 173, 239, 336, 366, 491, 515, 564, 585, 629, 640, 669, 676, 679, 749 и 750 из SEQ ID NO: 8; д) SEQ ID NO: 10; белок, который на 98% гомологичен SEQ ID NO: 10; или иммуногенный фрагмент SEQ ID NO: 10, содержащий аминокислоты, соответствующие по меньшей мере 333 аминокислотным остаткам SEQ ID NO: 10; е) SEQ ID NO: 12; белок, который на 98% гомологичен SEQ ID NO: 12; или иммуноген-ный фрагмент SEQ ID NO: 12, содержащий аминокислоты, соответствующие по меньшей мере 349 аминокислотным остаткам SEQ ID NO: 12; ж) SEQ ID NO: 14; белок, который на 98% гомологичен SEQ ID NO: 14 или иммуногенный фрагмент SEQ ID NO: 14, содержащий аминокислоты, соответствующие по меньшей мере 129 аминокислотным остаткам SEQ ID NO: 14; или з) сигнальный пептид, связанный с аминокислотами 19-131 из SEQ ID NO: 14; белок, который имеет сигнальный пептид, связанный с аминокислотной последовательностью, которая на 98% гомологична аминокислотам 19-131 из SEQ ID NO: 14; или белок, который имеет сигнальный пептид, связанный с иммуногенным фрагментом аминокислот 19-131 из SEQ ID NO: 14, фрагмент, содержащий по меньшей мере 110 аминокислотных остатков SEQ ID NO: 14 и связанный с сигнальным пептидом. В некоторых вариантах воплощения молекулы нуклеиновой кислоты выбираются из молекул нуклеиновой кислоты, кодирующих белки а), б), в), или г).
В другом аспекте изобретение включает способы лечения пациента, у которого диагностирован рак простаты, включающие введение пациенту молекулы нуклеиновой кислоты, описанной в настоящем изобретении.
В другом аспекте предоставляются белки, выбранные из группы, состоящей из а) SEQ ID NO: 2; белка, который на 98% гомологичен SEQ ID NO: 2, при условии, что сохранились аминокислоты 69, 78, 80, 82, 102, 110, 137, 139, 165, 189, 203, 220, 232 и 248 из SEQ ID NO: 2; или иммуногенного фрагмента SEQ ID NO: 2, содержащего аминокислоты, соответствующие по меньшей мере 261 аминокислотным остаткам SEQ ID NO: 2, при условии, что сохранились аминокислоты 69, 78, 80, 82, 102, 110, 137, 139, 165, 189, 203, 220, 232 и 248 из SEQ ID NO: 2; б) SEQ ID NO: 4; белка, который на 98% гомологичен SEQ ID NO: 4, при условии, что сохранились аминокислоты 21, 86, 127, 129, 154, 156, 182, 195, 206, 218, 220, 237, 249, 255, 265, 271 и 275 из SEQ ID NO: 4; или иммуногенного фрагмента SEQ ID NO: 4, содержащего аминокислоты, соответствующие по меньшей мере 274 аминокислотным остаткам SEQ ID NO: 4, при условии, что сохранились аминокислоты 21, 86, 127, 129, 154, 156, 182, 195, 206, 218, 220, 237, 249, 255,
265, 271 и 275 из SEQ ID NO: 4; в) SEQ ID NO: 6; белка, который на 98% гомологичен SEQ ID NO: 6, при
условии, что сохранились аминокислоты 14, 15, 32, 47, 58, 79,111, 157, 223, 320, 350, 475, 499, 569, 613, 624, 653, 660, 663, 733 и 734 из SEQ ID NO: 6; или иммуногенного фрагмента SEQ ID NO: 6, содержащего аминокислоты, соответствующие по меньшей мере 735 аминокислотным остаткам SEQ ID NO: 6, при условии, что сохранились аминокислоты 14, 15, 32, 47, 58, 79,111, 157, 223, 320, 350, 475, 499, 569, 613,
624, 653, 660, 663, 733 и 734 из SEQ ID NO: 6; г) SEQ ID NO: 8; белка, который на 98% гомологичен SEQ
ID NO: 8, при условии, что сохранились аминокислоты 20, 30, 31, 48, 63, 74, 95, 127, 173, 239, 336, 366, 491, 515, 564, 585, 629, 640, 669, 676, 679, 749 и 750 из SEQ ID NO: 8; или иммуногенного фрагмента SEQ ID NO: 8, содержащего аминокислоты, соответствующие по меньшей мере 751 аминокислотным остаткам SEQ ID NO: 8, при условии, что сохранились аминокислоты 20, 30, 31, 48, 63, 74, 95, 127, 173, 239, 336, 366, 491, 515, 564, 585, 629, 640, 669, 676, 679, 749 и 750 из SEQ IDNO:8; д) SEQ ID NO: 10; белка, который на 98% гомологичен SEQ ID NO: 10; или иммуногенного фрагмента SEQ ID NO: 10, содержащего аминокислоты, соответствующие по меньшей мере 333 аминокислотным остаткам SEQ ID NO: 10;
е) SEQ ID NO: 12; белка, который на 98% гомологичен SEQ ID NO: 12; или иммуногенного фрагмента SEQ ID NO: 12, содержащего аминокислоты, соответствующие по меньшей мере 349 аминокислотным остаткам SEQ ID NO: 12; ж) SEQ ID NO: 14; белка, который на 98% гомологичен SEQ ID NO: 14; или иммуногенного фрагмента SEQ ID NO: 14, содержащего аминокислоты, соответствующие по меньшей мере 129 аминокислотным остаткам SEQ ID NO: 14; или з) сигнального пептида, связанного с аминокислотами 19-131 из SEQ ID NO: 14; белка, который имеет сигнальный пептид, связанный с аминокислотной последовательностью, которая на 98% гомологична аминокислотам 19-131 из SEQ ID NO: 14; или белка, который имеет сигнальный пептид, связанный с иммуногенным фрагментом аминокислот 19-131 из SEQ ID NO: 14, фрагментом, содержащим по меньшей мере 110 аминокислотных остатков SEQ ID NO: 14 и связанным с сигнальным пептидом. В некоторых вариантах воплощения белок выбирается из группы, содержащей белки а), б), в) или г).
Некоторые аспекты изобретения включают способы лечения пациента, у которого диагностировался рак простаты, включающие доставку упомянутому пациенту белка, описанного в настоящем изобретении.
Другими аспектами изобретения являются фармацевтические составы, содержащие молекулы нуклеиновой кислоты, предоставляемые в настоящем изобретении, и фармацевтически приемлемое вспомогательное вещество.
Краткое описание фигур
Фиг. 1 показывает результаты трансляции in vitro, проведенной для подтверждения экспрессии PSA и PSMA антигенов.
Фиг. 2А показывает данные по клеточной иммуногенности. Клеточная иммуногенность PSA антигенов определялась по интерферон-гамма ELISpot.
Фиг. 2В показывает данные по клеточной иммуногенности. Клеточная иммуногенность PSA антигенов определялась по интерферон-гамма ELISpot.
Фиг. 3А-С показывают реакции CD4+ Т-клеток, как охарактеризовано по проточной цитометрии путем демонстрации графиков, показывающих PSA-специфичную (левая вставка), PSMA-специфичную (средняя вставка) и совокупную вакциноспецифичную (правая вставка) продукцию цитокинов:% IFNy продуцирующие CD4+ Т-клетки (фиг. 3А);% IL-2 продуцирующие CD4+ Т-клетки (фиг. 3В);% ФНОа продуцирующие CD4+ Т-клетки (фиг. 3С).
Фиг. 4А-С показывают реакции CD8+ Т-клеток, как охарактеризовано посредством проточной ци-тометрии при демонстрации графиков, показывающих PSA-специфичную (левая вставка), PSMA-специфичную (средняя вставка) и совокупную вакциноспецифичную (правая вставка) продукцию цито-кинов:% IFNy продуцирующих CD8+ Т-клеток (фиг. 4А);% IL-2 продуцирующих CD8+ Т-клеток (фиг. 4В);% ФНО-альфа-продуцирующих CD8+ Т-клеток (фиг. 4С).
Фиг. 5А, В показывают данные ELISA для PSA-специфичных антител через одну неделю после последней иммунизации. Фиг. 5А - PSA IgG конечные титры. Фиг. 5В - репрезентативные кривые титрования IgG.
Подробное описание
В настоящем изобретении предоставляются консенсусные последовательности белков простаты и выделенные молекулы нуклеиновых кислот, которые их кодируют, и, в частности, антигены простаты, простатоспецифический антиген (PSA), мембранный простатоспецифический антиген (PSMA), эпителиальный антиген простаты, содержащий шесть трансмембранных доменов (STEAP) и простатоспецифи-ческий антиген стволовых клеток (PSCA).
Антигены рака простаты, описанные здесь, представляют собой консенсусные последовательности, полученные из пула гомологичных антигенов множества видов, включая вид, являющийся целевым для вакцины. Выбранные виды, антигенные последовательности которых выравниваются для образования консенуса, следует выбирать на основе тесной близости видов на филогенетическом древе, например, Ksapiens (люди), M.mulatta (макаки-резусы), и M.fascicularis (яванские макаки). Консенсусный антиген не идентичен природному антигену простаты, но будет иметь близкую идентичность, если последовательности идентичны по меньшей мере на 85% и предпочтительно на 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, или 99%. Эти описанные консенсусные раковые антигены способны нарушать толерантность целевого вида (или быть причиной аутоиммунитета) и вырабатывать эффективную иммунную реакцию против антигена рака простаты. В настоящем изобретении предоставляются способы производства ДНК-вакцины, основанной на консенсусных раковых антигенах.
Аспекты настоящего изобретения включают молекулы нуклеиновых кислот, содержащие кодирующую последовательность, которая кодирует один или более белков, выбранных из группы, содержащей a) SEQ ID NO: 2; белок, который на 98% гомологичен SEQ ID NO: 2, при условии сохранения аминокислот 69, 78, 80, 82, 102, 110, 137, 139, 165, 189, 203, 220, 232 и 248 из SEQ ID NO: 2; или иммуноген-ный фрагмент SEQ ID NO: 2, содержащий аминокислоты, соответствующие по меньшей мере 256 аминокислотным остаткам SEQ ID NO: 2, при условии сохранения аминокислот 69, 78, 80, 82, 102, 110, 137,
139, 165, 189, 203, 220, 232 и 248 из SEQ ID NO: 2; б) SEQ ID NO: 4; белок, который на 98% гомологичен
SEQ ID NO: 4, при условии сохранения аминокислот 21, 86, 127, 129, 154, 156, 182, 195, 206, 218, 220, 237, 249, 255, 265, 271 и 275 из SEQ ID NO: 4; или иммуногенный фрагмент SEQ ID NO: 4, содержащий
аминокислоты, соответствующие по меньшей мере 274 аминокислотным остаткам SEQ ID NO: 4, при условии сохранения аминокислот 21, 86, 127, 129, 154, 156, 182, 195, 206, 218, 220, 237, 249, 255, 265, 271 и 275 из SEQ ID NO: 4; в) SEQ ID NO: 6; белок, который на 98% гомологичен SEQ ID NO: 6, при условии сохранения аминокислот 14, 15, 32, 47, 58, 79,111, 157, 223, 320, 350, 475, 499, 569, 613, 624, 653, 660, 663, 733 и 734 из SEQ ID NO: 6; или иммуногенный фрагмент SEQ ID NO: 6, содержащий аминокислоты, соответствующие по меньшей мере 735 аминокислотным остаткам SEQ ID NO: 6, при условии сохранения аминокислот 14, 15, 32, 47, 58, 79,111, 157, 223, 320, 350, 475, 499, 569, 613, 624, 653, 660, 663, 733 и 734 из SEQ ID NO: 6; г) SEQ ID NO: 8; белок, который на 98% гомологичен SEQ ID NO: 8, при условии
сохранения аминокислот 20, 30, 31, 48, 63, 74, 95, 127, 173, 239, 336, 366, 491, 515, 564, 585, 629, 640, 669, 676, 679, 749 и 750 из SEQ ID NO: 8; или иммуногенный фрагмент SEQ ID NO: 8, содержащий аминокислоты, соответствующие по меньшей мере 751 аминокислотным остаткам SEQ ID NO: 8, при условии сохранения аминокислот 20, 30, 31, 48, 63, 74, 95, 127, 173, 239, 336, 366, 491, 515, 564, 585, 629, 640, 669, 676, 679, 749 и 750 из SEQ ID NO: 8; д) SEQ ID NO: 10; белок, который на 98% гомологичен SEQ ID NO: 10; или иммуногенный фрагмент SEQ ID NO: 10, содержащий аминокислоты, соответствующие по меньшей мере 333 аминокислотным остаткам SEQ ID NO: 10; е) SEQ ID NO: 12; белок, который на 98% гомологичен SEQ ID NO: 12; или иммуногенный фрагмент SEQ ID NO: 12, содержащий аминокислоты, соответствующие по меньшей мере 349 аминокислотным остаткам SEQ ID NO: 12; ж) SEQ ID NO: 14; белок, который на 98% гомологичен SEQ ID NO: 14; или иммуногенный фрагмент SEQ ID NO: 14, содержащий аминокислоты, соответствующие по меньшей мере 129 аминокислотным остаткам SEQ ID NO: 14; или иммуногенный фрагмент SEQ ID NO: 14, содержащий по меньшей мере 129 аминокислотных остатков SEQ ID NO: 14; или з) сигнальный пептид, связанный с аминокислотами 19-131 из SEQ ID NO: 14; белок, который имеет сигнальный пептид, связанный с аминокислотной последовательностью, которая на 98% гомологична аминокислотам 19-131 из SEQ ID NO: 14; или белок, который имеет сигнальный пептид, связанный с иммуногенным фрагментом аминокислот 19-131 из SEQ ID NO: 14, фрагментом, содержащим по меньшей мере 110 аминокислотных остатков из SEQ ID NO: 14 и связанным с сигнальным пептидом. Раскрыты две консенсусных белковых последовательности для PSA: консенсус-ная антигенная последовательность 1 PSA (SEQ ID NO: 2) и консенсусная антигенная последовательность 2 PSA (SEQ ID NO: 4). Раскрыты две консенсусных белковых последовательности для PSMA: кон-сенсусная антигенная последовательность 1 PSMA (SEQ ID NO: 6) и консенсусная антигенная последовательность 2 PSMA (SEQ ID NO: 8). Раскрыты две консенсусных белковых последовательности для STEAP (также обозначаемого здесь как STEAP1): консенсусная антигенная последовательность 1 STEAP (SEQ ID NO: 10) и консенсусная антигенная последовательность 2 STEAP (SEQ ID NO: 12). Раскрыта одна консенсусная белковая последовательность PSCA: консенсусная антигенная последовательность PSCA (SEQ ID NO: 14). SEQ ID NO: 14 включает IgE сигнальный пептид. В некоторых вариантах воплощения консенсусный антиген PSCA может включать аминокислоты 19-131 из SEQ ID NO: 14, связанные с сигнальной последовательностью, отличной от IgE сигнала в SEQ ID NO: 14. В некоторых вариантах воплощения молекулы нуклеиновой кислоты выбираются из тех, которые кодируют белки а), б), в) или г), перечисленные выше. В других вариантах воплощения молекулы нуклеиновой кислоты представляют собой те, которые кодируют один или более белков, выбранных из группы, содержащей по меньшей мере один, выбранный из тех, которые кодируют белки или а) или б), и по меньшей мере один, выбранный из тех, которые кодируют белки или в) или г).
Кроме того, молекулы нуклеиновой кислоты могут быть молекулами, кодирующими один или более белков, выбранных из группы, содержащей SEQ ID NO: 2; SEQ ID NO: 4; SEQ ID NO: 6; SEQ ID NO:
8; SEQ ID NO: 10; SEQ ID NO: 12 или SEQ ID NO: 14; и предпочтительно SEQ ID NO: 2; SEQ ID NO: 4; SEQ ID NO: 6; или SEQ ID NO: 8. В некоторых вариантах воплощения молекула нуклеиновой кислоты может быть одной из тех, которые кодируют один или более белков, выбранных из группы, содержащей по меньшей мере один, выбранный или из SEQ ID NO: 2, или из SEQ ID NO: 4, и по меньшей мере один, выбранный или из SEQ ID NO: 6, или из SEQ ID NO: 8.
В другом аспекте предоставляются белки, выбранные из группы, состоящей из а) SEQ ID NO: 2; белка, который на 98% гомологичен SEQ ID NO: 2, при условии, что сохранились аминокислоты 69, 78, 80, 82, 102, 110, 137, 139, 165, 189, 203, 220, 232 и 248 из SEQ ID NO: 2; или иммуногенный фрагмент SEQ ID NO: 2, содержащий аминокислоты, соответствующие по меньшей мере 256 аминокислотным остаткам SEQ ID NO: 2, при условии, что сохранились аминокислоты 69, 78, 80, 82, 102, 110, 137, 139, 165, 189, 203, 220, 232 и 248 из SEQ ID NO: 2; б) SEQ ID NO: 4; белка, который на 98% гомологичен SEQ ID NO: 4, при условии, что сохранились аминокислоты 21, 86, 127, 129, 154, 156, 182, 195, 206, 218, 220, 237, 249, 255, 265, 271 и 275 из SEQ ID NO: 4; или иммуногенный фрагмент SEQ ID NO: 4, содержащий
аминокислоты, соответствующие по меньшей мере 274 аминокислотным остаткам SEQ ID NO: 4, при условии, что сохранились аминокислоты 21, 86, 127, 129, 154, 156, 182, 195, 206, 218, 220, 237, 249, 255,
265, 271 и 275 из SEQ ID NO: 4; в) SEQ ID NO: 6; белка, который на 98% гомологичен SEQ ID NO: 6, при
условии, что сохранились аминокислоты 14, 15, 32, 47, 58, 79,111, 157, 223, 320, 350, 475, 499, 569, 613,
624, 653, 660, 663, 733 и 734 из SEQ ID NO: 6; или иммуногенный фрагмент SEQ ID NO: 6, содержащий аминокислоты, соответствующие по меньшей мере 735 аминокислотным остаткам SEQ ID NO: 6, при условии, что сохранились аминокислоты 14, 15, 32, 47, 58, 79,111, 157, 223, 320, 350, 475, 499, 569, 613,
624, 653, 660, 663, 733 и 734 из SEQ ID NO: 6; г) SEQ ID NO: 8; белка, который на 98% гомологичен SEQ
ID NO: 8, при условии, что сохранились аминокислоты 20, 30, 31, 48, 63, 74, 95, 127, 173, 239, 336, 366, 491, 515, 564, 585, 629, 640, 669, 676, 679, 749 и 750 из SEQ ID NO: 8; или иммуногенный фрагмент SEQ ID NO: 8, содержащий аминокислоты, соответствующие по меньшей мере 751 аминокислотным остаткам
SEQ ID NO: 8, при условии, что сохранились аминокислоты 20, 30, 31, 48, 63, 74, 95, 127, 173, 239, 336,
366, 491, 515, 564, 585, 629, 640, 669, 676, 679, 749 и 750 из SEQ ID NO: 8; д) SEQ ID NO: 10; белка, который на 98% гомологичен SEQ ID NO: 10; или иммуногенный фрагмент SEQ ID NO: 10, содержащий аминокислоты, соответствующие по меньшей мере 333 аминокислотным остаткам SEQ ID NO: 10; е) SEQ ID NO: 12; белка, который на 98% гомологичен SEQ ID NO: 12; или иммуногенный фрагмент SEQ ID NO: 12, содержащий аминокислоты, соответствующие по меньшей мере 349 аминокислотным остаткам SEQ ID NO: 12; ж) SEQ ID NO: 14; белка, который на 98% гомологичен SEQ ID NO: 14; или иммуно-генный фрагмент SEQ ID NO: 14, содержащий аминокислоты, соответствующие по меньшей мере 129 аминокислотным остаткам SEQ ID NO: 14; или з) сигнального пептида, связанного с аминокислотами 19131 из SEQ ID NO: 14; белка, который имеет сигнальный пептид, связанный с аминокислотной последовательностью, которая на 98% гомологична аминокислотам 19-131 из SEQ ID NO: 14; или белок, который имеет сигнальный пептид, связанный с иммуногенным фрагментом аминокислот 19-131 из SEQ ID NO: 14, фрагментом, содержащим по меньшей мере 110 аминокислотных остатков SEQ ID NO: 14 и связанным с сигнальным пептидом.
В некоторых вариантах воплощения белок выбирается из группы, содержащей белки а), б), в) или г). В других вариантах воплощения белки являются белками, кодирующими один или более белков, выбранных из группы, содержащей по меньшей мере один, выбранный из белков или а) или б), и по меньшей мере один, выбранный из белков или в) или г).
Кроме того, белки могут быть белками, выбранными из группы, содержащей SEQ ID NO: 2; SEQ ID NO: 4; SEQ ID NO: 6; SEQ ID NO: 8; SEQ ID NO: 10; SEQ ID NO: 12; или SEQ ID NO: 14; и предпочтительно, SEQ ID NO: 2; SEQ ID NO: 4; SEQ ID NO: 6 или SEQ ID NO: 8. В некоторых вариантах воплощения белки могут быть белками, которые выбраны из группы, содержащей по меньшей мере один, выбранный или из SEQ ID NO: 2, или из SEQ ID NO: 4, и по меньшей мере один, выбранный или из SEQ ID
NO: 6, или из SEQ ID NO: 8.
Кодирующие последовательности нуклеиновой кислоты были созданы для усиления и оптимизации экспрессии. Кодоны, используемые в этих молекулах нуклеиновой кислоты, были отобраны для производства РНК, имеющей редуцированную вторичную структуру, образовавшуюся в результате внутримолекулярной гибридизации. Раскрыты последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующие консен-сусную антигенную последовательность 1 PSA (SEQ ID NO: 1) и консенсусную антигенную последовательность 2 PSA (SEQ ID NO: 3). Подобным образом, предоставляются кодирующая последовательность нуклеиновой кислоты для консенсусной антигенной последовательности 1 PSMA (SEQ ID NO: 5 или нуклеотиды 1-2250 из SEQ ID NO: 5) и консенсусной антигенной последовательности 2 PSMA (SEQ ID NO: 7 или нуклеотиды 1-2301 из SEQ ID NO: 7), а также консенсусной антигенной последовательности 1 STEAP (SEQ ID NO: 9), консенсусной антигенной последовательности 2 STEAP (SEQ ID NO: 11) и кон-сенсусной антигенной последовательности PSCA (SEQ ID NO: 13). Также предоставляются последовательности нуклеиновой кислоты, которые на 98% гомологичны SEQ ID NO: 1 и кодируют или консен-сусную антигенную последовательность 1 PSA (SEQ ID NO: 2), или белок, на до 98% гомологичный SEQ ID NO: 2, предпочтительно включающий аминокислоты 69, 78, 80, 82, 102, 110, 137, 139, 165, 189, 203, 220, 232 и 248 из SEQ ID NO: 2, и последовательности нуклеиновой кислоты, которые на 98% гомологичны SEQ ID NO: 3 и кодируют или консенсусную антигенную последовательность 2 PSA (SEQ ID NO: 4), или белок, на до 98% гомологичный SEQ ID NO: 4, предпочтительно включающий аминокислоты 21, 86, 127, 129, 154, 156, 182, 195, 206, 218, 220, 237, 249, 255, 265, 271 и 275 из SEQ ID NO: 4. Подобным образом, предоставляются последовательности нуклеиновой кислоты, которые на 98% гомологичны нуклеотидам 2250 из SEQ ID NO: 5 и кодируют или консенсусную антигенную последовательность 1 PSMA (SEQ ID NO: 6), или белок, на до 98% гомологичный SEQ ID NO: 6, предпочтительно включающий аминокислоты 14, 15, 32, 47, 58, 79,111, 157, 223, 320, 350, 475, 499, 569, 613, 624, 653, 660, 663, 733
и 734 из SEQ ID NO: 6, или последовательности нуклеиновой кислоты, которые на 98% гомологичны нуклеотидам 2301 из SEQ ID NO: 7 и кодируют или консенсусную антигенную последовательность 1 PSMA (SEQ ID NO: 8), или белок, на до 98% гомологичный SEQ ID NO: 8, предпочтительно включающий аминокислоты 20, 30, 31, 48, 63, 74, 95, 127, 173, 239, 336, 366, 491, 515, 564, 585, 629, 640, 669, 676, 679, 749 и 750 из SEQ ID NO: 8, а также нуклеотиды, которые на 98% гомологичны SEQ ID NO 9 и кодируют или консенсусную антигенную последовательность 1 STEAP (SEQ ID NO: 10), или белок, который на до 98% гомологичен SEQ ID NO: 10, нуклеотиды, которые на 98% гомологичны SEQ ID NO: 11 и кодируют или консенсусную антигенную последовательность 2 STEAP (SEQ ID NO: 12), или белок, который на до 98% гомологичен SEQ ID NO: 12, и нуклеотиды, которые на 98% гомологичны SEQ ID NO: 13
и кодируют или консенсусную антигенную последовательность PSCA (SEQ ID NO: 14), или белок, который на до 98% гомологичен SEQ ID NO: 14. В некоторых вариантах воплощения молекулы нуклеиновой кислоты кодируют белок, который содержит сигнальный пептид IgE (например, SEQ ID NO: 3, которая кодирует SEQ ID NO: 4; нуклеотиды 1-2301 из SEQ ID NO: 7 которые кодируют SEQ ID NO: 8; SEQ ID NO: 11, которая кодирует SEQ ID NO: 12, и SEQ ID NO: 13, которая кодирует SEQ ID NO: 14).
Составы, содержащие молекулы нуклеиновых кислот, которые содержат кодирующие последовательности молекул выделенных нуклеиновых кислот, предоставленные в настоящем изобретении, могут быть пригодны для стимуляции иммунных реакций на белок простаты при введении в животное. Составы, содержащие одну или более из этих последовательностей нуклеиновых кислот, могут использоваться как вакцины или компоненты вакцины для профилактической или терапевтической иммунизации к раку простаты. Подобным образом, составы, содержащие консенсусные белки, могут быть пригодны для стимуляции иммунных реакций на белок простаты при введении в животное. Комбинации составов, содержащих молекулы нуклеиновых кислот, которые содержат кодирующие последовательности выделенных молекул нуклеиновых кислот, представленные здесь, могут быть пригодны для стимуляции иммунных реакций на белок простаты и могут вместе использоваться как вакцины или компоненты вакцины для профилактической или терапевтической иммунизации к раку простаты. Подобным образом, составы, содержащие консенсусные белки, могут быть пригодны для стимуляции иммунных реакций на белок простаты при введении в животное. Составы, содержащие один или более из этих консенсусных белков, могут использоваться как вакцины или компоненты вакцины для профилактической или терапевтической иммунизации к раку простаты.
Предоставляются вакцины, которые содержат последовательности нуклеиновых кислот, предоставляемые здесь. В некоторых вариантах воплощения предоставляются вакцины, которые содержат последовательности нуклеиновых кислот, кодирующие один или более консенсусных антигенов простаты, выбранных из группы, состоящей из консенсусного PSA-антигена 1, консенсусного PSA-антигена 2, кон-сенсусного PSMA-антигена 1, консенсусного PSMA антигена-2, консенсусного STEAP антигена-1, кон-сенсусного STEAP антигена-2, и консенсусного PSCA. Способы стимуляции иммунных реакций с использованием последовательностей нуклеиновых кислот, кодирующих один или более антигенов простаты, выбираются из группы, состоящей из консенсусного PSA антигена-1, консенсусного PSA антигена-2, консенсусного PSMA антигена-1, консенсусного PSMA антигена-2, консенсусного STEAP антигена-1, консенсусного STEAP антигена-2, и консенсусного PSCA.
Предоставляются вакцины, которые содержат один или более консенсусный PSA антиген-1, кон-сенсусный PSA антиген-2, консенсусный PSMA антиген-1, консенсусный PSMA антиген-2, консенсус-ный STEAP антиген-1, консенсусный STEAP антиген-2, и консенсусный PSCA. Также предоставляются способы стимуляции иммунных реакций с использованием одного или более консенсусного PSA антиге-на-1, консенсусного PSA антигена-2, консенсусного PSMA антигена-1, консенсусного PSMA антигена-2, консенсусного STEAP антигена-1, консенсусного STEAP антигена-2 и консенсусного PSCA.
Предоставляются способы защиты пациента от рака простаты или лечения пациента, который идентифицирован как имеющий рак простаты. Способы содержат этап введения упомянутому пациенту эффективного количества одной или более молекул нуклеиновой кислоты, содержащих одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, предоставляемые здесь. В некоторых способах доставке молекул нуклеиновых кислот способствует электропорация ткани-мишени или ткани, которая получает молекулы нуклеиновой кислоты. Последовательность нуклеиновой кислты экспрессируется в клетках пациента и стимулируется иммунная реакция против белка простаты, кодируемого последовательностью нуклеиновой кислоты.
1. Определения.
Терминология, используемая в настоящем изобретении, служит только для цели описания определенных вариантов воплощения, и предполагается, что она не имеет ограничительного характера. При использовании в спецификации и прилагаемой формуле изобретения единственные формы включают отсыл ко множественным, если контекст очевидно не диктует обратное.
При перечислении числовых диапазонов в настоящем изобретении, недвусмысленно предполагается каждое промежуточное число в пределах одной степени точности. Например, в диапазоне 6-9 в дополнение к 6 и 9 предполагаются числа 7 и 8, и в диапазоне 6,0-7,0 недвусмысленно предполагаются числа 6,0; 6,1; 6,2; 6,3; 6,4; 6,5; 6,6; 6,7; 6,8; 6,9 и 7,0.
а. Адьювант.
"Адъювант" при использовании в настоящем изобретении означает любую молекулу, добавленную к ДНК-плазмидным вакцинам, описанным в настоящем изобретении, для усиления иммуногенности антигенов, кодируемых плазмидами ДНК и кодирующими нуклеиновыми последовательностями, описанными далее.
б. Антитело.
"Антитело" при использовании в настоящем изобретении означает антитело классов IgG, IgM, IgA, IgD или IgE, или его фрагменты, его фрагменты или производные, включая Fab, F(ab')2, Fd, и одноцепо-чечные антитела, диатела, биспецифичные антитела, бифункциональные антитела и их производные.
Антитело может быть антителом, выделенным из образца сыворотки млекопитающего, поликлональным антителом, аффинно-очищенным антителом, или их смесями, которое демонстрирует достаточную специфичность связывания с желаемым эпитопом или полученной из него последовательностью.
в. Кодирующая последовательность.
"Кодирующая последовательность" или "кодирующая нуклеиновая кислота" при использовании в настоящем изобретении означает нуклеиновые кислоты (молекулу РНК или ДНК), которые содержат нуклеотидную последовательность, которая кодирует белок. Кодирующая последовательность может также включать сигналы инициации и терминации, функционально связанные с регуляторными элементами, включая промотор и сигнал полиаденилирования, способный направлять экспрессию в клетках человека или млекопитающего, которому введена нуклеиновая кислота.
г. Комплемент.
"Комплемент" или "Комплементарный" при использовании в настоящем изобретении означает спаривание оснований по Уотсону-Крику (например, A-T/U и C-G) или Хустингу между нуклеотидами или аналогами нуклеотидов нуклеиновых молекул.
д. Консенсус или консенсусная последовательность.
"Консенсус" или "консенсусная последовательность" при использовании в настоящем изобретении означает полипептидную последовательность, основанную на анализе выравнивания множественных субтипов определенного антигена простаты. Могут быть подготовлены последовательности нуклеиновых кислот, которые кодируют консенсусную полипептидную последовательность. Вакцины, содержащие белки, которые содержат консенсусные последовательности и/или молекулы нуклеиновых кислот, которые кодируют такие белки, могут быть использованы для стимуляции широкого иммунитета к определенному антигену простаты.
е. Электропорация.
"Электропорация", "электропермеабилизация" или "электро-кинетическая стимуляция" ("ЭП") при использовании взаимозаменяемо в настоящем изобретении означает использование трансмембранного импульса электрического поля для получения микроскопических путей (пор) в био-мембране; их присутствие позволяет биомолекулам, таким как плазмиды, олигонуклеотиды, миРНК, лекарствам, ионам и воде проходить с одной стороны клеточной мембраны на другую.
ж. Фрагмент.
"Фрамент" при использовании здесь в отношении последовательностей нуклеиновых кислот означает последовательность нуклеиновой кислоты или ее часть, которая кодирует полипептид, способный вызывать иммунную реакцию у млекопитающего, которая дает перекрестную реакцию с антигеном простаты полной длины. Фрагменты могут быть ДНК-фрагментами, выбранными из по меньшей мере одной из различных нуклеотидных последовательностей, которые кодируют консенсусные аминокислотные последовательности и конструкты, содержащие такие последовательности. ДНК-фрагменты могут содержать кодирующие последовательности для иммуноглобулинового лидера, такие как IgE или IgG последовательности. ДНК-фрагменты могут кодировать белковые фрагменты, перечисленные ниже.
"Фрагмент" в отношении полипептидных последовательностей означает полипептид, способный вызывать иммунную реакцию у млекопитающего, которая дает перекрестную реакцию с антигеном простаты, включая, например, PSA, PSMA, STEAP и PSCA.
Последовательность PSA человека состоит из около 261 аминокислоты. Фрагменты консенсусного антигена 1 PSA могут содержать по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 или 99% SEQ ID NO: 2 и предпочтительно 98 или 99% при условии, что фрагменты включают одну или более из аминокислот 69, 78, 80, 82, 102, 110, 137, 139, 165, 189, 203, 220, 232 и 248. Фрагменты консенсусного антигена 1 PSA могут содержать 255, 256, 257, 258, 259 или 260 аминокислот SEQ ID NO: 2, но предпочтительно 256 аминокислот или более. Фрагменты консенсусного антигена 2 PSA могут содержать по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 или 99% SEQ ID NO: 4 и предпочтительно 98 или 99% при условии, что фрагменты включают одну или более из аминокислот 21, 86, 127, 129, 154, 156, 182, 195, 206, 218, 220, 237, 249, 255, 265, 271 и 275. Все такие фрагменты консенсусного антигена 2 PSA могут также необязательно исключать аминокислоты 1-17. В некоторых вариантах воплощения фрагменты консенсусного антигена 2 PSA могут необязательно содержать одну или более из аминокислот 1-17 и из аминокислот от аминокислоты 18 до аминокислоты 278, фрагменты консенсусного антигена 2 PSA могут также содержать 255, 256, 257, 258, 259 или 260 аминокислот SEQ ID NO: 4, но предпочтительно 274 аминокислоты или более.
Последовательность PSMA человека содержит около 749-750 аминокислот. Фрагменты консенсус-ного антигена 1 PSMA могут содержать по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 или 99% из SEQ ID NO: 6 и предпочтительно 98 или 99%, при условии, что фрагменты включают одну или более из аминокислот 14, 15, 32, 47, 58, 79,111, 157, 223, 320, 350, 475, 499, 569, 613, 624, 653, 660, 663, 733 и 734. Фрагменты консенсунсного антигена 1 PSMA могут содержать 745, 746, 747, 748 или 749 аминокислот SEQ ID NO: 6, но предпочтительно 735 аминокислот или более. Фрагменты консенсунсного антигена 2 PSMA могут содержать по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 или 99% из SEQ ID NO: 8 и предпочтительно 98 или 99%, при условии, что фрагменты включают одну или более из аминокислот 20,
30, 31, 48, 63, 74, 95, 127, 173, 239, 336, 366, 491, 515, 564, 585, 629, 640, 669, 676, 679, 749 и 750. Все такие фрагменты консенсусного антигена 2 PSA могут также необязательно исключать аминокислоты 1-16. В некоторых вариантах воплощения фрагменты консенсусного антигена 2 PSA могут необязательно содержать одну или более из аминокислот 1-16 и из аминокислот от аминокислоты 17 до аминокислоты 766, фрагменты консенсусного антигена 2 PSMA могут также содержать 760, 761, 762, 763, 764 или 765 аминокислот SEQ ID NO: 8, но предпочтительно 751 аминокислоту или более.
Последовательность STEAP человека состоит из около 339 аминокислот. Консенсусные STEAP последовательности могут содержать аминокислотные последовательности для иммуноглобулинового лидера, такие как IgE или IgG. Консенсусный антиген 2 STEAP содержит 18 аминокислот лидерной последовательности взамен метионина в положении 1. Фрагменты консенсусного антигена 2 PSMA могут содержать лидерную последовательность и по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 или 99% аминокислот 18-356 из SEQ ID NO: 12 и предпочтительно 98 или 99%. Фрагменты консенсусного антигена 1 PSMA могут содержать аминокислоты 1-350, 1-351, 1-352, 1-353, 1-354 или 1-355 из SEQ ID NO: 12.
Последовательность PSCA человека состоит из около 114 аминокислот. Консенсусные STEAP последовательности могут содержать аминокислотные последовательности для иммуноглобулинового лидера, такие как IgE или IgG. Консенсусный антиген PSCA содержит 18 аминокислот лидерной последовательности взамен метионина в положении 1. Фрагменты консенсусного антигена PSCA могут содержать лидерную последовательность и по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 или 99% аминокислот 18-131 из SEQ ID NO: 14, и предпочтительно 98 или 99%. Фрагменты консенсусного антигена 1 PSMA могут содержать аминокислоты 1-125, 1-126, 1-127, 1-128, 1-129 или 1-130 из SEQ ID NO: 14.
з. Генетический конструкт.
При использовании в настоящем изобретении термин "генетический конструкт" обозначает молекулы ДНК или РНК, которые содержат нуклеотидную последовательность, которая кодирует белок. Кодирующая последовательность включает сигналы инициации и терминации, фукнционально связанные с регуляторными элементами, включая промотор и сигнал полиаденилирования, способные направлять экспрессию в клетках пациента, которому введена молекула нуклеиновой кислоты. При использовании здесь термин "экспрессируемая форма" относится к генным конструктам, которые содержат необходимые регуляторные элементы, функционально связанные с кодирующей последовательностью, которая кодирует белок, таким образом, что при присутствии в клетке пациента кодирующая последовательность будет экспрессироваться.
и. Гомология.
Гомология множественных выравниваний последовательностей и филограмма создавались с использованием ClustalW, основной программы для целей выравнивания последовательностей ДНК или белков.
к. Идентичный.
"Идентичный" или "идентичность" при использовании здесь в контексте двух или более нуклеиновых кислот или полипептидных последовательностей означает, что эти последовательности имеют определенный процент остатков, которые являются одинаковыми на протяжении определенного участка. Процент может быть вычислен путем оптимального выравнивания двух последовательностей, сравнения двух последовательностей на протяжении определенного участка, определения количества положений, в которых в обеих последовательностях находятся идентичные остатки, для получения количества совпадающих положений, деления количества совпадающих положений на общее число положений в определенном участке, и умножение результата на 100 для получения процента идентичности последовательности. В случаях, когда две последовательности имеют различную длину или в результате выравнивания получается один или более несимметричных концов и определенный сравниваемый участок включает только единственную последовательность, остатки единственной последовательности включаются в знаменатель, но не в числитель расчета. При сравнении ДНК и РНК, тимин (Т) и урацил (U) могут считаться эквивалентами. Идентичность может быть определена вручную или с использованием компьютерного алгоритма, такого как BLAST или BLAST 2.0.
л. Иммунная реакция.
"Иммунная реакция" при использовании в настоящем изобретении означает активацию иммунной системы носителя, например, млекопитающего, в ответ на введение антигена, такого как консенсусный антиген простаты. Иммунная реакция может быть в форме клеточной или гуморальной реакции или обеих.
м. Нуклеиновая кислота.
"Нуклеиновая кислота" или "олигонуклеотид" или "полинуклеотид" при использовании в настоящем изобретении означает по меньшей мере два нуклеотида, ковалентно связанных вместе. Описание одной цепи также определяет последовательность комплементарной цепи. Таким образом, нуклеиновая кислота также охватывает комплементарную цепь обозначенной одиночной цепи. Множество вариантов нуклеиновой кислоты может быть использовано для той же цели, что и данная нуклеиновая кислота. Таким образом, нуклеиновая кислота также охватывает по существу идентичные нуклеиновые кислоты и их комплементарные цепи. Одиночная цепь предоставляет зонд, который может гибридизоваться с по
следовательностью-мишенью при жестких условиях гибридизации. Таким образом, нуклеиновая кислота также охзватывает зонд, который гибридизуется при жесткихусловиях гибридизации.
Нуклеиновые кислоты могут быть одноцепочечными или двуцепочечными или могут содержать части как двуцепочечной, так и одноцепочечной последовательности. Нуклеиновая кислота может быть ДНК как геномной, так и кДНК, РНК или гибридом, где нуклеиновая кислота может содержать комбинации дезоксирибо- и рибонуклеотидов, и комбинации оснований, включая урацил, аденин, тимин, цито-зин, гуанин, инозин, ксантин, гипоксантин, изоцитозин и изогуанин. Нуклеиновые кислоты могут быть получены с помощью способов химического синтеза или рекомбинантных способов.
н. Функционально связанный.
"Фукционально связанный" при использовании в настоящем изобретении означает, что экспрессия гена находится под контролем промотора, с которым он пространственно соединен. Промотор может находиться в положении 5' (выше) или 3' (ниже) по отношению к гену, который он контролирует. Расстояние между промотором и геном может быть приблизительно таким же, как расстояние между промотором и геном, который он контролирует в том гене, из которого происходит промотор. Как известно специалистам, можно подобрать вариацию этого расстояния без потери фукнции промотора.
о. Промотор.
"Промотор" при использовании в настоящем изобретении означает синтетическую или природную молекулу, которая способна вызывать, активировать или усиливать экспрессию нуклеиновой кислоты в клетке. Промотор может содержать одну или более специфических регулирующих транскрипцию последовательностей для дополнительного усиления экспрессии и/или для изменения пространственной экспрессии и/или временной экспрессии того же участка. Промотор может также содержать дистальные энхансерные или репрессорные элементы, которые могут находиться на расстоянии до нескольких тысяч пар оснований от сайта начала транскрипции. Промотор может быть получен из источников, включающих вирусы, бактерии, грибы, растения, насекомых и животных. Промотор может регулировать экспрессию генного компонента конститутивно или различным образом в зависимости от клетки, ткани или органа, в которых происходит экспрессия, или в зависимости от стадии развития, на которой происходит экспрессия, или в зависимости от внешних стимулов, таких как физиологический стресс, патогены, ионы металлов или индукторы. Репрезентативные примеры промоторов включают промотор бактериофага Т7, промотор бактериофага Т3, SP6 промотор, промоторно-операторную область lac-оперона, tac-промотор, поздний промотор SV40, ранний промотор SV40, промотор RSV-LTR, CMV IE промотор, ранний промотор SV40 или поздний промотор SV40 и CMV IE промотор.
п. Жесткие условия гибридизации.
"Жесткие условия гибридизации" при использовании в настоящем изобретении означают условия, при которых первая последовательность нуклеиновой кислоты (например, зонд) будет гибридизоваться со второй последовательностью нуклеиновой кислоты (например, мишенью), такой как комплексная смесь нуклеиновых кислот. Жесткие условия зависят от последовательности и будут различными при различных обстоятельствах. Жесткие условия могут быть выбраны на около 5-10°С ниже, чем температура плавления (Tm) для определенной последовательности при определенной ионной силе рН. Tm может быть температурой (при определенной ионной силе, рН, и концентрации нуклеотидов), при которой 50% зондов, комплементарных мишени, гибридизуются с последовательностью-мишенью равновесно (поскольку последовательности-мишени присутствуют в избытке, при Tm, 50% зондов в состоянии равновесия остаются связанными). Жесткие условия могут быть такими, при каких солевая концентрация составляет менее чем около 1,0 М ионов натрия, например, около 0,01-1,0 М концентрация ионов натрия (или других солей) при рН от 7,0 до 8.3 и при температуре по меньшей мере около 30°С для коротких зондов (например, около 10-50 нуклеотидов) и по меньшей мере около 60°С для длинных зондов (например, более чем около 50 нуклеотидов). Жесткие условия могут быть также достигнуты добавлением дестабилизирующих агентов, таких как формамид. Для селективной или специфичной гибридизации положительный сигнал может быть по меньшей мере от 2 до 10 раз выше фоновой гибридизации. Примеры жестких условий гибридизации включают следующие: 50% формамида, 5х SSC, и 1% ДСН, инкубация при 42°С или 5х SSC, 1% ДСН, инкубация при 65°С, с промывкой в 0,2х SSC, и 0,1% ДСН при 65°С.
р. По существу комплементарный.
"По существу комплементарный" при использовании в настоящем изобретении означает, что первая последовательность по меньшей мере на 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 97, 98 или 99% идентична комплементарной цепи второй последовательности на протяжении участка из 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16,
17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 180, 270, 360, 450,
540, 630, 720, 810, 900, 990, 1080, 1170, 1260, 1350, 1440, 1530, 1620, 1710, 1800, 1890, 1980, 2070 или более нуклеотидов или аминокислот или что две последовательности гибридизуются при жестких условиях гибридизации.
с. По существу идентичный.
"По существу идентичный" при использовании в настоящем изобретении означает, что первая и вторая последовательность по меньшей мере на 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 97, 98 или 99% идентичны на протяжении участка из 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55,
60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 180, 270, 360, 450, 540, 630, 720, 810, 900, 990, 1080, 1170, 1260, 1350,
1440, 1530, 1620, 1710, 1800, 1890, 1980, 2070 или более нуклеотидов или аминокислот, или, в отношении нуклеиновых кислот, если первая последовательность по существу комплементарна комплементарной цепи второй последовательности. т. Субтип или серотип.
"Субтип" или "серотип": при использовании в настоящем изобретении, взаимозаменяемо, и по отношению к антигенам рака простаты, означает генетические варианты антигена рака простаты, такие как один субтип (или вариант), распознаваемый иммунной системой отлично от другого субтипа.
у. Вариант.
"Вариант" при использовании в настоящем изобретении по отношению к нуклеиновой кислоте означает (i) часть или фрагмент эталонной нуклеотидной последовательности; (ii) комплементарную цепь эталонной нуклеотидной последовательности или ее часть; (iii) нуклеиновую кислоту, которая по существу идентична эталонной нуклеиновой кислоте или ее комплементу; или (iv) нуклеиновую кислоту, которая гибридизуется при жестких условиях с эталонной нуклеиновой кислотой, ее комплементарной цепью, или последовательностями, по существу идентичными им.
"Вариант" по отношению к пептиду или полипептиду означает, что он отличается по аминокислотной последовательности благодаря инсерции, делеции или консервативной замене аминокислот, но сохраняет по меньшей мере одну биологическую активность. Вариант также может означать белок с аминокислотной последовательностью, которая по существу идентична эталонному белку с аинокислотной последовательностью, которая сохраняет по меньшей мере одну биологическую активность. Консервативная замена аминокислоты, то есть замещение аминокислоты другой аминокислотой со сходными свойствами (например, гидрофильностью, степенью и распределением заряженных участков) признается специалистами как типично включающая незначительное изменение. Такие незначительные изменения могут идентифицироваться, частично, если учесть индекс гидрофобности аминокислот, как понятно специалистам. Kyte et al., J. Mol. Biol. 157:105-132 (1982). Индекс гидрофобности аминокислоты основывается на учете ее гидрофобности и заряда. Специалистам известно, что аминокислоты со сходными индексами гидрофобности могут замещать друг друга, и функция белка при этом остается прежней. В одном аспекте, замещаются аминокислоты, имеющие индексы гидрофобности ±2. Гидрофильность аминокислот может также быть использована для выявления замещений, в результате которых белки сохраняли бы биологическую функцию. Анализ гидрофильности аминокислот в контексте пептида дает возможность расчета наибольшей местной средней гидрофильности этого пептида, который представляет собой полезный показатель, про который сообщается, что он хорошо коррелирует с антигенностью и иммуно-генностью. Патент США № 4554101 полностью включен в настоящее изобретение посредством ссылки. В результате замещения аминокислот, имеющих сходные значения гидрофильности, может сохраняться биологическая активность пептидов, например, иммуногенность, как понятно специалистам. Замены могут быть проведены с аминокислотами, имеющими значения гидрофильности в пределах ±2 по отношению друг к другу. Как на индекс гидрофобности, так и на значение гидрофильности аминокислот влияет определенная боковая цепь этой аминокислоты. Согласно этому наблюдению, представляется, что замены аминокислот, которые сравнимы по биологической функции, зависят от сравнительного сходства аминокислот, и в особенности боковых цепей этих аминокислот, как показывают гидрофобность, гидро-фильность, заряд, размер и другие свойства.
ф. Вектор.
"Вектор" при использовании в настоящем изобретении означает последовательность нуклеиновой кислоты, содержащую начало репликации. Вектор может быть вектором, бактериофагом, бактериальной искусственной хромосомой или дрожжевой искусственной хромосомой. Вектор может быть ДНК или РНК вектором. Вектор может быть самореплицирующимся внехромосомным вектором, и, предпочтительно, является ДНК-плазмидой.
2. Консенсусные антигены простаты.
В настоящем изобретении предоставляются консенсусные антигены, способные вызывать у млекопитающего иммунную реакцию на антиген простаты. Консенсусный антиген может содержать эпитопы, которые делают его особенно эффективным как возможный иммуноген против рака простаты. Консен-сусный антиген простаты может содержать полной длины продукт трансляции, его вариант, его фрагмент или их комбинацию.
Разработано семь различных консенсусных антигенов простаты. Два из консенсусных антигенов простаты представляют собой консенсусный антиген 1 PSA (SEQ ID NO: 2) и консенсусный антиген 2 PSA (SEQ ID NO: 4). Два из консенсусных антигенов простаты представляют собой консенсусный антиген 1 PSMA (SEQ ID NO: 6) и консенсусный антиген 2 PSMA (SEQ ID NO: 8). Два из консенсусных антигенов простаты представляют собой консенсусный антиген 1 STEAP (SEQ ID NO: 10) и консенсусный антиген 2 STEAP (SEQ ID NO: 12). Один из консенсусных антигенов простаты представляет собой консенсусный антиген PSCA (SEQ ID NO: 14). Белки могут содержать последовательности, гомологичные антигенам простаты, фрагментам антигенов простаты и белкам с последовательностями, гомологичными
фрагментам антигенов простаты.
Консенсусный антиген 1 PSA (SEQ ID NO: 2) на около 91% гомологичен последовательностям PSA человека, на около 95% гомологичен PSA M. fascicuaris и на около 96% гомологичен PSA M. mulatta. Консенсусный антиген 1 PSA отличается от последовательностей PSA человека по аминокислотам 69, 78, 80, 82, 102, 110, 137, 139, 165, 189, 203, 220, 232 и 248 из SEQ ID NO: 2.
Консенсусный антиген 2 PSA (SEQ ID NO: 4) на около 90-91% гомологичен последовательностям PSA человека, на около 95% гомологичен PSA M. fascicuaris и на около 95% гомологичен PSA M. mulatta. Консенсусный антиген 2 PSA содержит лидерную последовательность на своем N-конце. Консенсусный антиген 2 PSA также отличается от последовательностей PSA человека по аминокислотам 21, 86, 127, 129, 154, 156, 182, 195, 206, 218, 220, 237, 249, 255, 265, 271 и 275 из SEQ ID NO: 4.
Консенсусный антиген 1 PSMA (SEQ ID NO: 6) на около 96% гомологичен последовательностям PSMA человека и на около 94% гомологичен PSMA M. mulatta. Консенсусный антиген 1 PSMA отличается от последовательностей PSMA человека по аминокислотам 14, 15, 32, 47, 58, 79,111, 157, 223, 320, 350, 475, 499, 569, 613, 624, 653, 660, 663, 733 и 734 из SEQ ID NO: 6.
Консенсусный антиген 2 PSMA (SEQ ID NO: 8) на около 96% гомологичен последовательностям PSA человека и на около 94% гомологичен PSA M. mulatta. Консенсусный антиген 2 PSMA содержит лидерную последовательность на своем N-конце. Консенсусный антиген 2 PSMA также отличается от последовательностей PSA человека по аминокислотам 20, 30, 31, 48, 63, 74, 95, 127, 173, 239, 336, 366, 491, 515, 564, 585, 629, 640, 669, 676, 679, 749 и 750 из SEQ ID NO: 8.
Консенсусный антиген 1 STEAP (SEQ ID NO: 10) на около 94% гомологичен некоторым последовательностям STEAP человека и на около 99% гомологичен другим последовательностям STEAP человека. Консенсусный антиген 1 STEAP (SEQ ID NO: 10) также на около 94% гомологичен PSMA M. mulatta.
Консенсусный антиген 2 STEAP (SEQ ID NO: 12) на около 88% гомологичен некоторым последовательностям STEAP человека и на около 94% гомологичен другим последовательностям STEAP человека. Консенсусный антиген 2 STEAP (SEQ ID NO: 12) также на около 94% гомологичен PSMA M. mulatta. Консенсусный антиген 2 STEAP содержит лидерную последовательность на своем N-конце.
Консенсусный антиген PSCA (SEQ ID NO: 14) на около 87% гомологичен человеческому PSCA. Консенсусный антиген PSCA (SEQ ID NO: 14) отличается от человеческого PSCA путем включения ли-дерной последовательности на своем N-конце.
Белки могут иметь последовательности, на 98% гомологичные консенсусной антигенной последовательности 1 PSA (SEQ ID NO: 2), консенсусной антигенной последовательности 2 PSA (SEQ ID NO: 4), консенсусной антигенной последовательности 1 PSMA (SEQ ID NO: 6), консенсусной антигенной последовательности 2 PSMA (SEQ ID NO: 8), консенсусной антигенной последовательности 1 STEAP (SEQ ID NO: 10), консенсусной антигенной последовательности 2 STEAP (SEQ ID NO: 12) или консенсусной антигенной последовательности PSCA (SEQ ID NO: 14).
Белки могут иметь последовательности, на 99% гомологичные консенсусной антигенной последовательности 1 PSA (SEQ ID NO: 2), консенсусной антигенной последовательности 2 PSA (SEQ ID NO: 4), консенсусной антигенной последовательности 1 PSMA (SEQ ID NO: 6), консенсусной антигенной последовательности 2 PSMA (SEQ ID NO: 8), консенсусной антигенной последовательности 1 STEAP (SEQ ID NO: 10), консенсусной антигенной последовательности 2 STEAP (SEQ ID NO: 12) или консенсусной антигенной последовательности PSCA (SEQ ID NO: 14).
Как отмечено выше, некоторые варианты воплощения содержат лидерную последовательность на N-конце. В некоторых вариантах воплощения лидерная последовательность представляет собой лидер-ную последовательность IgE, которая представляет собой SEQ ID NO: 16. В некоторых вариантах воплощения белковых последовательностей, предоставляемых здесь, SEQ ID NO: 16 удаляется из них. Подобным образом, в некоторых вариантах воплощения последовательностей нуклеиновых кислот, предоставляемых здесь, SEQ ID NO: 15 (которая кодирует SEQ ID NO: 16) удаляется из них.
Соответственно, некоторые варианты воплощения относятся к белку, который содержит сигнальный пептид, связанный с SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 6 или SEQ ID NO: 10 взамен метионина на N-конце, упомянутого в формуле изобретения (кодирующая последовательность сигнального пептида обычно включает стартовый кодон, кодирующий метионин на N-конце). Некоторые варианты воплощения относятся к белку, который содержит сигнальный пептид, связанный с аминокислотами 19-131 из SEQ ID NO: 14. Некоторые варианты воплощения относятся к белкам, которые содержат сигнальный пептид, связанный с белком, на 98% гомологичным SEQ ID NO: 2, при условии, что сохранились аминокислоты 69, 78, 80, 82, 102, 110, 137, 139, 165, 189, 203, 220, 232 и 248 из SEQ ID NO: 2. Некоторые варианты воплощения относятся к белкам, которые содержат сигнальный пептид, связанный с белком, на 98% гомологичным SEQ ID NO: 6, при условии, что сохранились аминокислоты 14, 15, 32, 47, 58, 79,111, 157, 223, 320, 350, 475, 499, 569, 613, 624, 653, 660, 663, 733 и 734 из SEQ ID NO: 6. Некоторые варианты воплощения относятся к белкам, которые содержат сигнальный пептид, связанный с белком, на 98% гомологичным SEQ ID NO: 10. В каждом случае, если сигнальный пептид связан с N-концом, он связан взамен метионина на N-конце, упомянутого в формуле изобретения (кодирующая последовательность сигнального пептида обычно включает стартовый кодон, кодирующий метионин на N-конце). Некоторые вари
анты воплощения относятся к белку, который содержит сигнальный пептид, связанный с белком, на 98% гомологичным аминокислотам 19-131 из SEQ ID NO: 14. Некоторые варианты воплощения относятся к белку, который содержит сигнальный пептид, связанный с иммуногенным фрагментом SEQ ID NO: 2, содержащим аминокислоты, соответствующие по меньшей мере 256 аминокислотным остаткам SEQ ID NO: 2, при условии, что сохранились аминокислоты 69, 78, 80, 82, 102, 110, 137, 139, 165, 189, 203, 220, 232 и 248 из SEQ ID NO: 2. Некоторые варианты воплощения относятся к белку, который содержит сигнальный пептид, связанный с иммуногенным фрагментом SEQ ID NO: 6, содержащим аминокислоты, соответствующие по меньшей мере 735 аминокислотным остаткам SEQ ID NO: 6, при условии, что сохранились аминокислоты 14, 15, 32, 47, 58, 79,111, 157, 223, 320, 350, 475, 499, 569, 613, 624, 653, 660,
663, 733 и 734 из SEQ ID NO: 6. Некоторые варианты воплощения относятся к белку, который содержит сигнальный пептид, связанный с иммуногенным фрагментом SEQ ID NO: 10, содержащим аминокислоты, соответствующие по меньшей мере 333 аминокислотным остаткам SEQ ID NO: 10. Некоторые варианты воплощения относятся к белку, который содержит сигнальный пептид, связанный с белком, который имеет сигнальный пептид, связанный с иммуногенным фрагментом аминокислот 19-131 из SEQ ID NO: 14, причем этот фрагмент содержит по меньшей мере 110 аминокислотных остатков SEQ ID NO: 14. 3. Генетические последовательности, конструкты и плазмиды.
Молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующие консенсусные аминокислотные последовательности, были произведены для оптимизации стабильности и экспрессии у людей. Селекция кодонов определялась на основе inter alia, стремления минимизировать внутримолекулярные взаимодействия и образование вторичной структуры, а также использования кодонов, которые приводят к усилению экспрессии. Вакцины могут содержать одну или более последовательностей нуклеиновых кислот, которые кодируют одну или более консенсусных версий иммуногенных белков, выбранных из этой группы последовательностей, произведенных для оптимизации стабильности и экспрессии у людей. Были произведены последовательности нуклеиновой кислоты, включающие кодирующую последовательность для IgE-лидера на 5' конце оптимизированной, консенсусной кодирующей последовательности нуклеиновой кислоты, которые кодировали белки, имеющие лидерную последовательность IgE на N-конце консенсусной аминокислотной последовательности. В некоторых вариантах воплощения последовательность нуклеиновой кислоты, которая кодирует IgE-лидер, представляет собой SEQ ID NO: 15
Предоставляются последовательности нуклеиновой кислоты, которые кодируют Консенсусную Антигенную последовательность 1 PSA (белковая последовательность SEQ ID NO: 2; последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO: 1), консенсусную антигенную последовательность 2 PSA (белковая последовательность SEQ ID NO: 4; последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO: 3), консенсус-ную антигенную последовательность 1 PSMA (белковая последовательность SEQ ID NO: 6; последовательность нуклеиновой кислоты, имеющая нуклеотиды 1-2250 из SEQ ID NO: 5), консенсусную антигенную последовательность 2 PSMA (белковая последовательность SEQ ID NO: 8; последовательность нуклеиновой кислоты, имеющая нуклеотиды 1-2301 из SEQ ID NO: 7), консенсусную антигенную последовательность 1 STEAP (белковая последовательность SEQ ID NO: 10; последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO: 9), консенсусную антигенную последовательность 2 STEAP (белковая последовательность SEQ ID NO: 12; последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO: 11) или консенсусную антигенную последовательность PSCA (белковая последовательность SEQ ID NO: 14; последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO: 13). Последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO: 5, которая кодирует консенсусную антигенную последовательность 1 PSMA, содержит, в дополнение к кодирующим PSMA нуклеотидам, дополнительные 9 кодонов (27 нуклеотидов) непосредственно перед стоп-кодонами, которые кодируют маркер НА (SEQ ID NO: 32), не показанный в SEQ ID NO: 6. Маркер НА представляет собой пептидную последовательность, которая соответствует эпитопу вируса гриппа, используемому в числе прочего для обнаружения белковой экспрессии с использованием имеющихся в продаже антител против маркера НА. SEQ ID NO: 5 кодирует SEQ ID NO: 6 плюс дополнительно 9 аминокислот последовательности SEQ ID NO: 32, связанной на своем N-конце с С-концом SEQ ID NO: 6. В некоторых вариантах воплощения PSMA-1 консенсусный антиген кодируется SEQ ID NO: 5 и содержит белки, имеющие аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 6, связанную на своем С-конце с N-концом SEQ ID NO: 32. В некоторых вариантах воплощения PSMA-1 Консенсусный антиген кодируется нуклеотидами 1-2250 из SEQ ID NO: 5 и содержит белки, имеющие аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 6. Кодирующая последовательность, имеющая нуклеотиды 1-2250 из SEQ ID NO: 5, имеет один или более стоп-кодонов на своем 3'-конце. Последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO: 7, которая кодирует консенсусную антигенную последовательность 2 PSMA, содержит, в дополнение к нуклеотидам, кодирующим сигнальный пептид IgE, связанный с PSMA, белок плюс дополнительные 9 кодонов (27 нуклеотидов) непосредственно перед стоп-кодонами, которые кодируют маркер НА (SEQ ID NO: 32), не показанный в SEQ ID NO: 8. SEQ ID NO: 7 кодирует SEQ ID NO: 8 плюс дополнительную 9 аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 32, связанную на своем N-конце с С-концом SEQ ID NO: 8. В некоторых вариантах воплощения PSMA-2 консенсусный антиген кодируется SEQ ID NO: 7 и содержит белки, имеющие аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 8, сязанную на своем С-конце с N-концом SEQ ID NO: 32. В некоторых вариантах воплощения PSMA-2 консенсусный антиген
кодируется нуклеотидами 1-2301 из SEQ ID NO: 7 и содержит белки, имеющие аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 8. Кодирующая последовательность, имеющая нуклеотиды 1-2301 из SEQ ID NO: 7, имеет один или более стоп-кодонов на своем 3'-конце.
Выделенные молекулы нуклеиновой кислоты могут кодировать белки, которые имеют последовательности, на 98% гомологичные консенсусной антигенной последовательности 1 PSA (SEQ ID NO: 2), при условии, что сохранились аминокислоты 69, 78, 80, 82, 102, 110, 137, 139, 165, 189, 203, 220, 232 и 248 из SEQ ID NO: 2, консенсусной антигенной последовательности 2 PSA (SEQ ID NO: 4), при условии,
что сохранились аминокислоты 21, 86, 127, 129, 154, 156, 182, 195, 206, 218, 220, 237, 249, 255, 265, 271 и
275 из SEQ ID NO: 4, консенсусной антигенной последовательности 1 PSMA (SEQ ID NO: 6), при условии, что сохранились аминокислоты 14, 15, 32, 47, 58, 79,111, 157, 223, 320, 350, 475, 499, 569, 613, 624, 653, 660, 663, 733 и 734 из SEQ ID NO: 6, консенсусной антигенной последовательности 2 PSMA (SEQ ID NO: 8), при условии, что сохранились аминокислоты 20, 30, 31, 48, 63, 74, 95, 127, 173, 239, 336, 366, 491, 515, 564, 585, 629, 640, 669, 676, 679, 749 и 750 из SEQ ID NO: 8, консенсусной антигенной последовательности 1 STEAP (SEQ ID NO: 10), консенсусной антигенной последовательности 2 STEAP (SEQ ID NO: 12) или консенсусной антигенной последовательности PSCA (SEQ ID NO: 14).
Выделенные молекулы нуклеиновой кислоты могут кодировать белки, которые имеют последовательности, на 99% гомологичные консенсусной антигенной последовательности 1 PSA (SEQ ID NO: 2), при условии, что сохранились аминокислоты 69, 78, 80, 82, 102, 110, 137, 139, 165, 189, 203, 220, 232 и 248 из SEQ ID NO: 2, консенсусной антигенной последовательности 2 PSA (SEQ ID NO: 4), при условии, что сохранились аминокислоты 21, 86, 127, 129, 154, 156, 182, 195, 206, 218, 220, 237, 249, 255, 265, 271 и 275 из SEQ ID NO: 4, консенсусной антигенной последовательности 1 PSMA (SEQ ID NO: 6), при условии, что сохранились аминокислоты 14, 15, 32, 47, 58, 79,111, 157, 223, 320, 350, 475, 499, 569, 613, 624, 653, 660, 663, 733 и 734 из SEQ ID NO: 6, консенсусной антигенной последовательности 2 PSMA (SEQ ID NO: 8), при условии, что сохранились аминокислоты 20, 30, 31, 48, 63, 74, 95, 127, 173, 239, 336, 366, 491, 515, 564, 585, 629, 640, 669, 676, 679, 749 и 750 из SEQ ID NO: 8, консенсусной антигенной последовательности 1 STEAP (SEQ ID NO: 10), консенсусной антигенной последовательности 2 STEAP (SEQ ID NO: 12) или консенсусной антигенной последовательности PSCA (SEQ ID NO: 14).
Выделенные молекулы нуклеиновой кислоты могут кодировать белки, которые имеют последовательности, на 98% гомологичные последовательности, кодирующей консенсусную антигенную последовательность 1 PSA (SEQ ID NO: 1), консенсусную антигенную последовательность 2 PSA (SEQ ID NO: 3), консенсусную антигенную последовательность 1 PSMA (SEQ ID NO: 5 или предпочтительно нуклео-тиды 1-2250 из SEQ ID NO: 5), консенсусную антигенную последовательность 2 PSMA (SEQ ID NO: 7 или предпочтительно нуклеотиды 1-2301 из SEQ ID NO: 7), консенсусную антигенную последовательность 1 STEAP (SEQ ID NO: 9), консенсусную антигенную последовательность 2 STEAP (SEQ ID NO: 11) или консенсусную антигенную последовательность PSCA (SEQ ID NO: 13).
Выделенные молекулы нуклеиновой кислоты могут кодировать белки, которые имеют последовательности, на 99% гомологичные последовательности, кодирующей консенсусную антигенную последовательность 1 PSA (SEQ ID NO: 1), консенсусную антигенную последовательность 2 PSA (SEQ ID NO: 3), консенсусную антигенную последовательность 1 PSMA (SEQ ID NO: 5 или предпочтительно нуклео-тиды 1-2250 из SEQ ID NO: 5), консенсусную антигенную последовательность 2 PSMA (SEQ ID NO: 7 или предпочтительно нуклеотиды 1-2301 из SEQ ID NO: 7), консенсусную антигенную последовательность 1 STEAP (SEQ ID NO: 9), консенсусную антигенную последовательность 2 STEAP (SEQ ID NO: 11) или консенсусную антигенную последовательность PSCA (SEQ ID NO: 13).
Выделенные молекулы нуклеиновой кислоты могут кодировать белки, которые содержат лидерную последовательность на N-конце. В некоторых вариантах воплощения молекулы нуклеиновой кислоты могут кодировать IgE лидерную последовательность, которая представляет собой SEQ ID NO: 16. В некоторых вариантах воплощения выделенные молекулы нуклеиновой кислоты могут кодировать белки, которые содержат сигнальный пептид, связанный с SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 6, или SEQ ID NO: 10 взамен метионина на N-конце, упомянутого в формуле изобретения (кодирующая последовательность сигнального пептида обычно включает стартовый кодон, кодирующий метионин на N-конце). В некоторых вариантах воплощения выделенные молекулы нуклеиновой кислоты могут кодировать белки, которые содержат сигнальный пептид, связанный с аминокислотой 19-131 из SEQ ID NO: 14. В некоторых вариантах воплощения выделенные молекулы нуклеиновой кислоты могут кодировать белки, которые содержат сигнальный пептид, связанный с белком, на 98% гомологичным SEQ ID NO: 2, при условии, что сохранились аминокислоты 69, 78, 80, 82, 102, 110, 137, 139, 165, 189, 203, 220, 232 и 248 из SEQ ID NO: 2. В некоторых вариантах воплощения выделенные молекулы нуклеиновой кислоты могут кодировать белки, которые содержат сигнальный пептид, связанный с белком, на 98% гомологичным SEQ ID NO: 6, при условии, что сохранились аминокислоты 14, 15, 32, 47, 58, 79,111, 157, 223, 320, 350, 475, 499, 569, 613, 624, 653, 660, 663, 733 и 734 из SEQ ID NO: 6. В некоторых вариантах воплощения выделенные молекулы нуклеиновой кислоты могут кодировать белки, которые содержат сигнальный пептид, связанный с белком, на 98% гомологичным SEQ ID NO: 10. В случае, если предоставляется кодирующая последовательность для сигнального пептида, сегнальный пептид связывается с пептидной последователь
ностью в месте метионина на N-конце, как указано при показе последовательностей (кодирующая последовательность сигнального пептида обычно включает стартовый кодон, кодирующий метионин на N-конце). В некоторых вариантах воплощения выделенные молекулы нуклеиновой кислоты могут кодировать белки, которые содержат сигнальный пептид, связанный с белком, на 98% гомологичным аминокислоте 19-131 из SEQ ID NO: 14. В некоторых вариантах воплощения выделенные молекулы нуклеиновой кислоты могут кодировать белки, которые содержат сигнальный пептид, связанный с иммуногенным фрагментом SEQ ID NO: 2, содержащим аминокислоты, соответствующие по меньшей мере 256 аминокислотным остаткам из SEQ ID NO: 2, при условии, что сохранились аминокислоты 69, 78, 80, 82, 102, 110, 137, 139, 165, 189, 203, 220, 232 и 248 из SEQ ID NO: 2. В некоторых вариантах воплощения выделенные молекулы нуклеиновой кислоты могут кодировать белки, которые содержат сигнальный пептид, связанный с иммуногенным фрагментом SEQ ID NO: 6, содержащим аминокислоты, соответствующие по меньшей мере 735 аминокислотным остаткам SEQ ID NO: 6, при условии, что сохранились аминокислоты 14, 15, 32, 47, 58, 79,111, 157, 223, 320, 350, 475, 499, 569, 613, 624, 653, 660, 663, 733 и 734 из SEQ ID NO: 6. S В некоторых вариантах воплощения выделенные молекулы нуклеиновой кислоты могут кодировать белки, которые содержат сигнальный пептид, связанный с иммуногенным фрагментом из SEQ ID NO: 10, содержащим аминокислоты, соответствующие по меньшей мере 333 аминокислотным остаткам SEQ ID NO: 10. В некоторых вариантах воплощения выделенные молекулы нуклеиновой кислоты могут кодировать белки, которые содержат сигнальный пептид, связанный с белком, который имеет сигнальный пептид, связанный с иммуногенным фрагментом аминокислот 19-131 из SEQ ID NO: 14, фрагментом, содержащим по меньшей мере 110 аминокислотных остатков SEQ ID NO: 14.
В настоящем изобретении предоставляются генетические конструкты, которые могут содержать последовательность нуклеиновой кислоты, которая кодирует раскрытый в настоящем изобретении кон-сенсусный антиген простаты, включающий последовательности консенсусного белка, последовательности, гомологичные последовательностям консенсусного белка, фрагменты последовательностей консен-сусного белка и последовательности, гомологичные фрагментам последовательностей консенсусного белка. Генетический конструкт может быть представлен в клетке как функционирующая внехромосом-ная молекула. Генетический конструкт может быть линейной минихромосомой, включающей центромер, теломеры или плазмиды или космиды.
Генетический конструкт также может быть частью генома рекомбинантного вирусного вектора, включая рекомбинантный аденовирус, рекомбинантный аденоассоциированный вирус и рекомбинант-ную вакцину. Генетический конструкт может быть частью генетического материала ослабленных живых микроорганизмов или рекомбинантных микробных векторов, которые живут в клетках.
Генетические конструкты могут содержать регуляторные элементы для генной экспрессии кодирующих последовательностей нуклеиновой кислоты. Регуляторные элементы могут быть промотором, энхансером, инициирующим кодоном, стоп-кодоном или сигналом полиаденилирования.
Последовательности нуклеиновых кислот могут составлять генетический конструкт, который может быть вектором. Вектор может быть способен к экспрессии антигена в клетке млекопитающего в количестве, эффективном для стимуляции иммунной реакции у млекопитающего. Вектор может быть ре-комбинантным. Вектор может содержать гетерологичную нуклеиновую кислоту, кодирующую антиген. Вектор может быть плазмидой. Вектор может использоваться для трансфекции клеток нуклеиновой кислотой, кодирующей антиген, когда трансформируемая клетка-носитель культивируется и содержится в условиях, при которых имеет место экспрессия антигена.
В некоторых вариантах воплощения кодирующие последовательности для одного консенсусного антигена простаты предоставляются в одном векторе. В некоторых вариантах воплощения кодирующие последовательности для нескольких консенсусных антигенов простаты предоставляются в одном векторе. В некоторых вариантах воплощения предоставляются составы, содержащие кодирующие последовательности для нескольких консенсусных антигенов простаты в нескольких векторах, либо один антиген на вектор, либо же несколько антигенов на вектор.
В некоторых вариантах воплощения кодирующие последовательности для двух или более различных консенсусных антигенов простаты могут предоставляться в единственном векторе. В некоторых вариантах воплощения кодирующие последовательности могут иметь раздельные промоторы, контролирующие экспрессию. В некоторых вариантах воплощения кодирующие последовательности могут иметь единственные промоторы, контролирующие экспрессию с IRES-последовательности, разделяющей кодирующую последовательность. Присутствие IRES-последовательности приводит к раздельной трансляции транскрипционного продукта. В некоторых вариантах воплощения кодирующие последовательности могут иметь единственные промоторы, контролирующие экспрессию с кодирующей последовательности, кодирующей протеолитически расщепляемую пептидную последовательность, разделяющую кодирующие последовательности антигенов. Производится единственный продукт трансляции, который затем обрабатывается протеазой, которая распознает сайт расщепления протеазой, для получения отдельных белковых молекул. Используемые сайты расщепления протеазой обычно распознаются протеазой, эндогенно присутствующей в клетке, в которой происходит экспрессия. В некоторых вариантах воплощения отдельная кодирующая последовательность для протеазы может быть включена для того, чтобы
обеспечить образование протеазы, необходимой для обработки полипротеинового продукта трансляции. В некоторых вариантах воплощения векторы содержат кодирующие последовательности для одного, двух, трех, четырех, пяти, шести или всех семи консенсусных антигенов простаты.
В каждом отдельном случае, упомянутом в настоящем изобретении, кодирующие последовательности могут быть оптимизированы для стабильности и высоких уровней экспрессии. В некоторых случаях кодоны выбираются для уменьшения формирования вторичной структуры РНК, такой как та, которая формируется из-за внутримолекулярного связывания.
Вектор может содержать гетерологичную нуклеиновую кислоту, кодирующую антиген, и может также содержать инициирующий кодон, который может находиться выше антигенной кодирующей последовательности, и стоп-кодон, который может находиться ниже антигенной кодирующей последовательности. Кодон инициации и терминации может находиться в одной рамке считывания с антигенной кодирующей последовательностью. Вектор также может содежать промотор, который функционально связан с антигенной кодирующей последовательностью. Промотор, функционально связанный с антигенной кодирующей последовательностью, может быть промотором из вируса обезьяны 40 (SV40), промотором вируса опухоли молочной железы мыши (MMTV), промотором вируса иммунодефицита человека (HIV), таким как промотор длинного концевого повтора (LTR) вируса иммунодефицита крупного рогатого скота (BIV), промотором вируса Молони, промотором вируса лейкоза птиц (ALV), промотором цитомегаловируса (CMV), таким как CMV предранний промотор, промотором вируса Эпштейна-Барра (EBV), или промотором вируса саркомы Рауса (RSV). Промотор также может быть промотором из человеческого гена, таким как человеческий актин, человеческий миозин, человеческий гемоглобин, человеческий мышечный креатин, или человеческий металлотионеин. Промотор также может быть тканеспе-цифичным промотором, таким как мышечный или кожный специфичный промотор, природным или синтетическим. Примеры таких промоторов описаны в публикации заявки на патент США US № 20040175727, содержание которой включено в настоящее изобретение во всей полноте.
Вектор также может содержать сигнал полиаденилирования, который может находиться ниже кодирующей последовательности консенсусного антигена простаты. Сигнал полиаденилирования может являться сигналом полиаденилирования SV40, LTR сигналом полиаденилирования, сигналом полиаде-нилирования бычьего гормона роста (bGH), сигналом полиаденилирования гормона роста человека (hGH), или сигналом полиаденилирования человеческого р-глобина. SV40 сигнал полиаденилирования может быть сигналом полиаденилирования из рСЕР4 вектора (Invitrogen San Diego, CA).
Вектор также может содержать энхансер выше кодирующей последовательности консенсусного антигена простаты. Энхансер может быть необходим для экспрессии ДНК. Энхансер может быть человеческим актином, человеческим миозином, человеческим гемоглобином, человеческим мышечным креатином или вирусным энхансером, таким как энхансер из CMV, НА, RSV или EBV. Полинуклеотиды с функцией энхансера описаны в патенте США № 5593972, 5962428 и WO94/016737, содержание каждого полностью включено в настоящее изобретение посредством ссылки.
Вектор также может содержать точку начала репликации млекопитающих для того, чтобы поддерживать вектор экстрахромосомно и продуцировать множественные копии вектора в клетке. Вектор может представлять собой pVAX1, pCEP4 или pREP4 от Invitrogen (San Diego, CA), который может содержать точку начала репликации вируса Эпштейна-Барр и кодирующий участок ядерного антигена EBNA-1, который может производить многокопийную эписомальную репликацию без интеграции. Основой вектора может быть pAV0242. Вектор может быть вектором на основе аденовируса типа 5, дефектного по репликации (Ad5).
Вектор также может содержать регуляторную последовательность, которая может подходить для генной экспрессии в клетке млекопитающего или человека, в которую введен вектор. Кодирующая последовательность консенсусного антигена простаты может содержать кодон, который может делать возможной более эффективную транскрипцию кодирующей последовательности в клетке-носителе.
Вектор может представлять собой pSE420 (Invitrogen, San Diego, Calif.), который может использоваться для производства белка в Escherichia coli (E. coli). Вектор также может представлять собой pYES2 (Invitrogen, San Diego, Calif.), который может использоваться для производства белка в дрожжевых штаммах Saccharomyces cerevisiae. Вектор также может представлять собой МАХВАС(tm) полную бакуло-вирусную систему экспрессии (Invitrogen, San Diego, Calif.), которая может использоваться для производства белка в клетках насекомых. Вектор также может представлять собой pcDNA I или pcDNA3 (Invi-trogen, San Diego, Calif.), который может использоваться для производства белка в клетках млекопитающих, таких как клетки яичников китайского хомячка (СНО). Вектор может векторами экспрессии или системами для производства белка с помощью рутинных способов и легко доступных исходных материалов, включая Sambrook et al., Molecular Cloning and Laboratory Manual, Second Ed., Cold Spring Harbor (1989), которая полностью включена сюда посредством ссылки.
Вакцины могут содержать один или более антигенов простаты, перечисленных в настоящем изобретении, и/или вакцины могут содержать одну или более последовательностей нуклеиновых кислот, которые кодируют один или более консенсусных антигенов простаты, выбранных из этой группы. Вак
цины могут содержать один или более консенсусных антигенов простаты, перечисленных в настоящем изобретении, в комбинации с другими иммуногенными белками простаты с последовательностями, отличными от консенсусных последовательностей, раскрытых в настоящем изобретении, включая природные последовательности, и/или вакцины могут содержать одну или более последовательностей нуклеиновых кислот, которые кодируют один или более консенсусных антигенов простаты, выбранных из этой группы, в комбинации с с молекулами нуклеиновой кислоты, которые кодируют другие антигены простаты с последовательности, отличными от консенсусных последовательностей, раскрытых в настоящем изобретении.
Не ограничиваясь рамками научной теории, вакцина, которую можно использовать для стимуляции полиспецифичной иммунной реакции (гуморальной, клеточной или обеих) против клеток рака простаты, может содержать одну или более из следующих последовательностей нуклеиновых кислот, которая кодирует один или более белков, выбранных из группы, состоящей из консенсусного PSA антигена 1, кон-сенсусного PSA антигена 2, консенсусного PSMA антигена 1, консенсусного PSMA антигена 2, консен-сусного STEAP антигена 1, консенсусного STEAP антигена 2 и консенсусного PSCA антигена 1. Кодирующие последовательности могут также включать те, которые предоставлены в настоящем изобретении, которые содержат гомологичные последовательности, фрагменты и гомологичные последовательности фрагментов.
Некоторые варианты воплощения изобретения предоставляют способы получения иммунных реакций на клетки рака простаты, содержащие введение пациенту одного или более составов, которые совместно содержат одну или более кодирующих последовательностей или комбинаций, описанных в настоящем изобретении. Некоторые варианты воплощения предоставляют способы профилактического вакцинирования пациента от рака простаты, содержащие введение одного или более составов, которые вместе содержат одну или более кодирующих последовательностей или комбинацй, описанных в настоящем изобретении. Некоторые варианты воплощения предоставляют способы терапевтического вакцинирования пациента, имеющего рак простаты, которые содержат введение одного или более составов, которые вместе содержат одну или более кодирующих последовательностей или комбинаций, описанных в настоящем изобретении.
4. Фармацевтические составы.
В настоящем изобретении предоставляются фармацевтические составы в соответствии с настоящим изобретением, которые содержат от около 1 нг до около 10 мг ДНК. В некоторых вариантах воплощения фармацевтические составы в соответствии с настоящим изобретением содержат от и между: 1) по меньшей мере 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95 или 100 нг, или по меньшей мере
1, 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95,100, 105, 110, 115, 120, 125, 130, 135, 140, 145, 150, 155, 160, 165, 170, 175, 180, 185, 190, 195, 200, 205, 210, 215, 220, 225, 230, 235, 240, 245, 250, 255, 260, 265, 270, 275, 280, 285, 290, 295, 300, 305, 310, 315, 320, 325, 330, 335, 340, 345, 350, 355, 360, 365, 370, 375, 380, 385, 390, 395, 400, 405, 410, 415, 420, 425, 430, 435, 440, 445, 450, 455, 460, 465, 470, 475, 480, 485, 490, 495, 500, 605, 610, 615, 620, 625, 630, 635, 640, 645, 650, 655, 660, 665, 670, 675, 680, 685, 690, 695, 700, 705, 710, 715, 720, 725, 730, 735, 740, 745, 750, 755, 760, 765, 770, 775, 780, 785, 790, 795, 800, 805, 810, 815, 820, 825, 830, 835, 840, 845, 850, 855, 860, 865, 870, 875, 880, 885, 890, 895,
900, 905, 910, 915, 920, 925, 930, 935, 940, 945, 950, 955, 960, 965, 970, 975, 980, 985, 990, 995 или 1000 мкг, или по меньшей мере 1,5; 2; 2,5; 3; 3,5; 4; 4,5; 5; 5,5; 6; 6,5; 7; 7,5; 8; 8,5; 9; 9,5 или 10 мг или более; и 2) выше и включая 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95 или 100 нг, или выше и
включая 1, 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95,100, 105, 110, 115, 120, 125, 130, 135, 140, 145, 150, 155, 160, 165, 170, 175, 180, 185, 190, 195, 200, 205, 210, 215, 220, 225, 230, 235, 240, 245, 250, 255, 260, 265, 270, 275, 280, 285, 290, 295, 300, 305, 310, 315, 320, 325, 330, 335, 340, 345, 350, 355, 360, 365, 370, 375, 380, 385, 390, 395, 400, 405, 410, 415, 420, 425, 430, 435, 440, 445, 450, 455, 460, 465, 470, 475, 480, 485, 490, 495, 500, 605, 610, 615, 620, 625, 630, 635, 640, 645, 650, 655, 660, 665, 670, 675, 680, 685, 690, 695, 700, 705, 710, 715, 720, 725, 730, 735, 740, 745, 750, 755, 760, 765, 770, 775, 780, 785, 790, 795, 800, 805, 810, 815, 820, 825, 830, 835, 840, 845, 850, 855, 860, 865, 870, 875, 880, 885, 890, 895, 900, 905, 910, 915, 920, 925, 930, 935, 940, 945, 950, 955, 960, 965, 970, 975, 980, 985, 990, 995,
или 1000 мкг, или выше и включая 1,5; 2; 2,5; 3; 3,5; 4; 4,5; 5; 5,5; 6; 6,5; 7; 7,5; 8; 8,5; 9; 9,5 или 10 мг. В некоторых вариантах воплощения фармацевтические составы в соответствии с настоящим изобретением содержат от около 5 нг до около 10 мг ДНК. В некоторых вариантах воплощения фармацевтические составы в соответствии с настоящим изобретением содержат от около 25 нг до около 5 мг ДНК. В некоторых вариантах воплощения фармацевтические составы содержат от около 50 нг до около 1 мг ДНК. В некоторых вариантах воплощения фармацевтические составы содержат от около 0,1 до около 500 мкг ДНК. В некоторых вариантах воплощения фармацевтические составы содержат от около 1 до около 350 мкг ДНК. В некоторых вариантах воплощения фармацевтические составы содержат от около 5 до около 250 мкг ДНК. В некоторых вариантах воплощения фармацевтические составы содержат от около 10 до около 200 мкг ДНК. В некоторых вариантах воплощения фармацевтические составы содержат от около 15 до около 150 мкг ДНК. В некоторых вариантах воплощения фармацевтические составы содержат от около 20 до около 100 мкг ДНК. В некоторых вариантах воплощения фармацевтические составы содер
жат от около 25 до около 75 мкг ДНК. В некоторых вариантах воплощения фармацевтические составы содержат от около 30 до около 50 мкг ДНК. В некоторых вариантах воплощения фармацевтические составы содержат от около 35 до около 40 мкг ДНК. В некоторых вариантах воплощения фармацевтические составы содержат от около 100 до около 200 мкг ДНК. В некоторых вариантах воплощения фармацевтические составы содержат от около 10 мкг до около 100 мкг ДНК. В некоторых вариантах воплощения фармацевтические составы содержат от около 20 мкг до около 80 мкг ДНК. В некоторых вариантах воплощения фармацевтические составы содержат от около 25 мкг до около 60 мкг ДНК. В некоторых вариантах воплощения фармацевтические составы содержат от около 30 нг до около 50 мкг ДНК. В некоторых вариантах воплощения фармацевтические составы содержат от около 35 нг до около 45 мкг ДНК. В некоторых предпочтительных вариантах воплощения фармацевтические составы содержат от около 0,1 до около 500 мкг ДНК. В некоторых предпочтительных вариантах воплощения фармацевтические составы содержат от около 1 до около 350 мкг ДНК. В некоторых предпочтительных вариантах воплощения фармацевтические составы содержат от около 25 до около 250 мкг ДНК. В некоторых предпочтительных вариантах воплощения фармацевтические составы содержат от около 100 до около 200
мкг ДНК.
Фармацевтические составы в соответствии с настоящим изобретением разрабатываются в сответст-вии с используемым способом введения. В случаях, если фармацевтические составы являются инъецируемыми фармацевтическими составами, они являются стерильными, непирогенными и не сыпучими. Предпочтительно использовать изотонический состав. Обычно добавки для изотоничности могут включать хлорид натрия, декстрозу, маннит, сорбит и лактозу. В некоторых случаях предпочтительны изотонические растворы, такие как фосфатный буферный солевой раствор. Стабилизаторы включают желатин и альбумин. В некоторых вариантах воплощения к составу добавляется сосудосуживающее средство.
Предпочтительно фармацевтический состав представляет собой вакцину и более предпочтительно ДНК-вакцину.
Вакцина может быть ДНК-вакциной. ДНК-вакцина может содержать множество одинаковых или различных плазмид, содержащих нуклеиновую кислоту, кодирующую последовательности для одного или более консенсусных антигенов простаты. ДНК-вакцина может содержать одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, которые кодируют один или более консенсусных антигенов простаты. Если ДНК-вакцина содержит кодирующие последовательности более чем одного консенсусного антигена простаты, все такие последовательности могут быть представлены в единственной плазмиде, или каждая из таких последовательностей может быть представлена в различных плазмидах.
В некоторых вариантах воплощения вакцины могут содержать последовательности нуклеиновой кислоты, которые кодируют один или более консенсусных антигенов простаты в комбинации с одним или более консенсусными антигенами простаты.
ДНК-вакцины раскрыты в патентах США № 5593972, 5739118, 5817637, 5830876, 5962428,
5981505, 5580859, 5703055 и 5676594, которые включены в настоящее изобретение полностью посредством ссылки. ДНК-вакцина может дополнительно содержать элементы или реагенты, которые подавляют ее интеграцию в хромосому. Вакцина может быть РНК антигена простаты. РНК-вакцина может быть интродуцирована в клетку.
Вакцина может быть рекомбинантной вакциной, содержащей генетический конструкт или антиген, описанный выше. Вакцина также может содержать один или более консенсусных белков простаты в форме одной или более субъединиц белка, или одну или более ослабленных вирусных частиц, содержащих один или более консенсусных антигенов простаты. Ослабленная вакцина может быть ослабленными живыми вакцинами, убитыми вакцинами и вакцинами, которые используют рекомбинантные векторы для доставки чужеродных генов, которые кодируют один или более консенсусных антигенов простаты, а также субъединичной и гликопротеиновой вакциной. Примеры ослабленных живых вакцин, которые используют рекомбинантные векторы для доставки антигенов простаты, субъединичных и гликопротеи-новых вакцин описаны в патентах США № 4510245; 4797368; 4722848; 4790987; 4920209; 5017487;
5077044; 5110587; 5112749; 5174993; 5223424; 5225336; 5240703; 5242829; 5294441; 5294548; 5310668; 5387744; 5389368; 5424065; 5451499; 5453364; 5462734; 5470734; 5474935; 5482713; 5591439; 5643579; 5650309; 5698202; 5955088; 6034298; 6042836; 6156319 и 6589529, каждый из которых включен в настоящее изобретение посредством ссылки.
Предоставляемая вакцина может быть использована для стимуляции иммунных реакций, включая терапевтические или профилактические иммунные реакции. Могут быть произведены антитела и/или киллерные Т-клетки, которые направлены на консенсусный антиген простаты. Такие антитела могут быть выделены.
Вакцина может дополнительно содержать фармацевтически приемлемый наполнитель. Фармацевтически приемлемый наполнитель может быть функциональными молекулами, таким как связующие вещества, адъюванты, носители или растворители. Фармацевтически приемлемый наполнитель может быть способствующим трансфекции средством, которые могут включать поверхностно-активные средства, такие как иммуностимулирующие комплексы (ISCOMS), неполный адъювант Фрейнда, аналог LPS, включая монофосфорил-липид А, мурамилпептиды, аналоги хинона, везикулы, такие как сквален и сква
лен, гиалуроновая кислота, липиды, липосомы, ионы кальция, вирусные белки, полианионы, поликатионы или наночастицы, или другие известные способствующие трансфекции средства.
Способствующее трансфекции средство представляет собой полианион, поликатион, включая поли-L-глутамат (LGS), или липид. Способствующее трансфекции средство представляет собой поли-L-глутамат и более предпочтительно поли-L-глутамат присутствует в вакцине в концентрации менее чем 6 мг/мл. Способствующее трансфекции средство также может включать поверхностно-активные средства, такие как иммуностимулирующие комплексы (ISCOMS), неполный адъювант Фрейнда, аналог LPS, включая монофосфорил-липид А, мурамилпептиды, аналоги хинона и везикулы, такие как сквален и сквален, и гиалуроновая кислота также может использоваться, вводясь вместе с генетическим конструктом. В некоторых вариантах воплощения ДНК-векторные вакцины также могут включать способствующее трансфекции средство, такое как липиды, липосомы, включая лецитиновые липосомы, или другие липосомы, известные специалистам, такие как смесь ДНК-липосом (см., например, W09324640), ионы кальция, вирусные белки, полианионы, поликатионы или наночастицы, или другие известные способствующие трансфекции средства. Предпочтительно способствующее трансфекции средство представляет собой полианион, поликатион, включая поли^-глутамат (LGS) или липид. Концентрация трансфекцион-ного средства в вакцине менее чем 4 мг/мл, менее чем 2 мг/мл, менее чем 1 мг/мл, менее чем 0,750 мг/мл, менее чем 0,500 мг/мл, менее чем 0,250 мг/мл, менее чем 0,100 мг/мл, менее чем 0,050 мг/мл, или менее чем 0,010 мг/мл.
Фармацевтически приемлемое вспомогательное вещество может быть адъювантом. Адъювант может быть другими генами, которые экспрессируются в альтернативной плазмиде или доставляются как белки в комбинации с вышеупомянутой плазмидой в вакцине. Адъювант может быть выбран из группы, состоящей из а-интерферона (IFN-a), р-интерферона (IFN-P), у-интерферона, тромбоцитарным фактором роста (PDGF), ФНОа, ФНОр, ГМКСФ, эпидермального фактора роста (ЭФР), кожного привлекающего Т-клетки хемокина(СТАСК), эпителиального экспрессируемого тимусом хемокина (ТЕСК), связанного со слизистыми оболочками эпителиального хемокина (МЕС), IL-12, IL-15, МНС, CD80, CD86, включая IL-15, имеющий делецию сигнальной последовательности, и необязательно включая сигнальный пептид из IgE. Адъювант может быть IL-12, IL-15, IL-28, CTACK, TECK, тромбоцитарным фактором роста (PDGF), ФНОа, ФНОр, ГМКСФ, эпидермального фактора роста (ЭФР), IL-1, IL-2, IL-4, IL-5, IL-6, IL-10, IL-12, IL-18, или их комбинации.
Другие гены, которые могу быть пригодными адъювантами, включают те, которые кодируют МСР-1, MIP-1a, MIP-1p, IL-8, RANTES, L-селектин, Р-селектин, Е-селектин, CD34, GlyCAM-1, MadCAM-1, LFA-1, VLA-1, Mac-1, pl50.95, PECAM, ICAM-1, ICAM-2, ICAM-3, CD2, LFA-3, M-CSF, G-CSF, IL-4, мутантные формы IL-18, CD40, CD40L, фактор роста сосудов, фактор роста фибробластов, IL-7, фактор роста нервов, фактор роста эндотелия сосудов, Fas, рецептор ФНО, Fit, Apo-1, p55, WSL-1, DR3, TRAMP, Apo-3, AIR, LARD, NGRF, DR4, DR5, KILLER, TRAIL-R2, TRICK2, DR6, Каспаза ICE, Fos, c-jun, Sp-1, Ap-1, Ap-2, p38, p65Rel, MyD88, IRAK, TRAF6, IkB, неактивный NIK, SAP K, SAP-1, JNK, гены интер-феронной реакции, NFkB, Bax, TRAIL, TRAILrec, TRAILrecDRC5, TRAIL-R3, TRAIL-R4, RANK, RANK LIGAND, Ox40, Ox40 LIGAND, NKG2D, MICA, MICB, NKG2A, NKG2B, NKG2C, NKG2E, NKG2F, TAP1, TAP2 и их функциональные фрагменты.
Вакцина может дополнительно включать средство, улучшающее работу генетической вакцины, как описано в США Серийный No. 021579, поданном 1 апреля 1994, который полностью включен сюда посредством ссылки.
5. Способы доставки.
В настоящем изобретении предоставляется способ доставки фармацевтических лекарственных средств, предпочтительно вакцин, для предоставления генетических конструктов и консенсусного антигена простаты, который содержит эпитопы, делающие их особенно эффективными иммуногенами, к которым может быть вызвана иммунная реакция на раковые клетки простаты. Может предоставляться способ доставки вакцины, или вакцинации для стимуляции терапевтической и/или профилактической иммунной реакции. Вакцина может быть доставлена пациенту для модуляции активности иммунной системы млекопитающего и усиления иммунного ответа.
После доставки вакцины млекопитающему, и доставки вследствие этого вектора в клетки млекопитающего, трансфицированные клетки будут экспрессировать и секретировать соответствующий консен-сусный белок простаты. Такие секретируемые белки, или синтетические антигены, будут распознаваться иммунной системой, которая разовьет иммунную реакцию, что может включать антитела к антигенам и Т-клеточную реакцию, специфичную к антигену. В некоторых примерах млекопитающее, вакцинированное вакцинами, обсуждаемыми здесь, будет иметь примированную иммунную систему. Вакцина может быть доставлена пациенту для модуляции активности иммунной системы пациента, тем самым усиливая иммунную реакцию.
Вакцина может быть доставлена в форме ДНК-вакцины, и способы доставки ДНК-вакцин описаны в патентах США № 4945050 и 5036006, которые полностью включены сюда посредством ссылки.
Вакцина может вводиться млекопитающему для получения иммунной реакции у млекопитающего.
Млекопитающее может быть человеком, не являющимся человеком приматом, коровой, свиньей, овцой, козой, антилопой, бизоном, водяным буйволом, полорогим жвачным животным, оленем, ежом, слоном, ламой, альпакой, мышью, крысой или курицей, и предпочтительно человеком, коровой, свиньей или курицей.
а. Комбинированное лечение.
Фармацевтические составы, предпочтительно вакцины, могут вводиться в комбинации с одним или более других белков простаты или генов. Вакцина может вводиться в комбинации с белками или генами, кодирующими адъюванты, которые могут включать а-интерферон (IFN-а), р-интерферон (IFN-P), у-
интерферон, IL-12, IL-15, IL-28, СТАСК, ТЕСК, тромбоцитарный фактор роста (PDGF), ФНОа, ФНОр,
ГМКСФ, эпидермальный фактор роста (ЭФР), IL-1, IL-2, IL-4, IL-5, IL-6, IL-10, IL-12, IL-18, МСР-1, MIP-1a, MIP-1p, IL-8, RANTES, L-селектин, Р-селектин, Е-селектин, CD34, GlyCAM-1, MadCAM-1, LFA-1, VLA-1, Mac-1, pl50.95, PECAM, ICAM-1, ICAM-2, ICAM-3, CD2, LFA-3, M-CSF, G-CSF, IL-4, мутант-ные формы IL-18, CD40, CD40L, фактор роста сосудов, фактор роста фибробластов, IL-7, фактор роста нервов, фактор роста эндотелия сосудов, Fas, TNF рецептор, Flt, Apo-1, p55, WSL-1, DR3, TRAMP, Apo-3, AIR, LARD, NGRF, DR4, DR5, KILLER, TRAIL-R2, TRICK2, DR6, Каспазу ICE, Fos, c-jun, Sp-1, Ap-1, Ap-2, p38, p65Rel, MyD88, IRAK, TRAF6, IkB, неактивный NIK, SAP K, SAP-1, JNK, гены реакции на
интерферон, NFkB, Bax, TRAIL, TRAILrec, TRAILrecDRC5, TRAIL-R3, TRAIL-R4, RANK, RANK LIG-AND, Ox40, Ox40 LIGAND, NKG2D, MICA, MICB, NKG2A, NKG2B, NKG2C, NKG2E, NKG2F, TAP1,
или ТАР2, или их функциональные фрагменты.
б. Пути введения.
Вакцина может вводиться различными путями, включая пероральный, парентеральный, подъязычный, трансдермальный, ректальный, трансмукозальный, местно, посредством ингаляции, посредством буккального введения, внутриплеврально, внутривенно, внутриартериально, внутрибрюшинно, подкожно, внутримышечно, интраназально, интратекально, внутрисуставно или их комбинациями. Для ветеринарного использования состав может вводиться по ситуации как приемлемое лекарственное средство в соответствии с нормальной ветеринарной практикой. Ветеринар может легко определить режим дозирования и путь введения, который наиболее подходит для определенного животного. Вакцина может вводиться путем традиционной хирургии, приспособлений для безыгольной инъекции, "пистолетов для баллистической трансфекции ", или другими физическими способами, такими как электропорация ("ЕР"), "гидродинамический способ", или ультразвук.
Вектор вакцины может доставляться млекопитающему с помощью нескольких хорошо известных технологий, включая ДНК-инъекцию (также называемую ДНК-вакцинацией) с электропорацией in vivo и без нее, опосредованную липосомами, облегченную наночастицами, рекомбинантные векторы, такие как рекомбинантный аденовирус, рекомбинантный аденоассоциированный вирус и рекомбинантную вакцину. Антиген простаты может доставляться посредоством инъекции ДНК и вместе с электропорацией in vivo.
в. Электропорация.
Введение вакцины посредством электропорации плазмид вакцины может осуществляться с использованием устройств для электропорации, которые могут быть настроены для доставки в желаемую ткань млекопитающего импульса энергии, эффективного для создания обратимых пор в клеточных мембранах, и в некоторых вариантах воплощения импульс энергии представляет собой постоянный ток, подобный заданному постоянному току, введенному пользователем.
В некоторых вариантах воплощения, где используется электропорация, устройство для электропо-рации может содержать электропорационный компонент и набор электродов или набор рукояток. Элек-тропорационный компонент может включать в себя и содержать один или более различных элементов электропорационных устройств, включая контроллер, генератор кривой тока, прибор для измерения импеданса, регистратор формы волн, входной элемент, элемент отчета о состоянии, коммуникационный порт, компонент памяти, источник питания и сетевой выключатель. Элекропорация может проводиться с использованием in vivo электропорационного устройства, например, системы CELLECTRA(r) ЕР (Inovio Pharmaceuticals, Inc., Blue Bell, PA) или электропоратора Elgen (Inovio Pharmaceuticals, Inc., Blue Bell, PA) для облегчения трансфекции клеток плазмидой.
Электропорационный компонент может функционировать как один элемент электропорационных устройств, а другие элементы являются отдельными элементами (или компонентами), связанными с электропорационным компонентом. Электропорационный компонент может функционировать как более чем один элемент электропорационных устройств, которые могут быть связаны с другими элементами электропорационных устройств, отдельными от электропорационного компонента. Элементы электропо-рационных устройств, существующие как части одного электромеханического или механического устройства, могут быть не ограничены как элементы, которые могут функционировать как одно устройство или как раздельные элементы, передающие друг другу информацию. Электропорационный компонент может быть способен доставлять импульс энергии, который производит постоянный ток в желаемой ткани, и включает механизм обратной связи. Набор электродов может включать комплект электродов,
имеющий множество электродов, определенным образом расположенных в пространстве, где набор электродов получает импульс энергии от электропорационного компонента и доставляет его желаемой ткани через электроды. По меньшей мере один из множества электродов нейтрален во время доставки импульса энергии и измеряет импеданс в желаемой ткани и осуществляет связь импеданса с электропо-рационным компонентом. Механизм обратной связи может получить измеренный импеданс и может отрегулировать импульс энергии, доставленный электропорационным компонентом для поддержания постоянного тока.
Множество электродов может доставлять импульс энергии децентрализованным образом через контроль электродов программируемой последовательностью, и программируемая последовательность вводится ползователем в электропорационный компонент. Программируемая последовательность может содержать множество импульсов, доставляемых в последовательности, где каждый импульс из множества импульсов доставляется по меньшей мере двумя активными электродами с одним нейтральным электродом, который измеряет импеданс, и где последующий импульс множества импульсов доставлется одним другим из по меньшей мере двух активных электродов с одним нейтральным электродом, который измеряет импеданс.
Механизм обратной связи может осуществляться или с помощью аппаратуры, или с помощью программного обеспечения. Механизм обратной связи может осуществляться аналоговой системой управления с обратной связью. Обратная связь происходит каждые 50, 20, 10 или 1 мкс, но предпочтительна обратная связь в режиме реального времени или мгновенно (то есть по существу мгновенно, как определяется доступными способами для определения времени реакции). Нейтральный электрод может измерять импеданс желаемой ткани и передает импеданс механизму обратной связи, и механизм обратной связи реагирует на импеданс и регулирует импульс энергии для поддержания значения постоянного тока, подобного заданному. Механизм обратной связи может поддерживать постоянный ток безостановочно и незамедлительно во время доставки импульса энергии.
Примеры электропорационных устройств и электропорационных способов, которые могут способствовать доставке ДНК-вакцин настоящего изобретения, включают те, которые описаны в патенте США № 7245963, принадлежащем Draghia-Akli, et al., патента США 2005/0052630, представленной Smith, et al., содержание которых включено сюда во всей полноте посредством ссылки. Другие электропорационные устройства и электропорационные способы, которые могут быть использованы для улучшения доставки ДНК-вакцин, включают те, которые предоставлены в совместно поданной и находящейся в совместной собственности Заявке на Патент США, Серийный № 11/874072, поданной 17 октября 2007 г., которая утверждает приоритет по 35 USC 119(е) согласно предварительным заявкам США Сер. № 60/852149, поданной 17 октября 2006 г., и 60/978982, поданной 10 октября 2007 г., все из которых сюда включены во всей полноте.
Патент США № 7245963, принадлежащий Draghia-Akli, et al., описывает модульные системы электродов и их использование для улучшения внедрения биомолекулы в клетки выбранной ткани в организме животного или растения. Модульные системы электродов могут содержать множество игольных электродов; подкожную иглу; электрический разъем, который предоставляет электропроводящее соединение от программируемого контроллера импульса постоянного тока ко множеству игольных электродов; и источник питания. Оператор может управлять множеством игольных электродов, которые смонтированы на опорной структуре, прочно вставляя их в выбранную ткань в организме животного или растения. Биомолекулы затем доставляются посредством подкожной иглы в выбранную ткань. Программируемый импульсный контроллер постоянного тока активируется и электрический импульс постоянного тока используется во множестве игольных электродов. Используемый электрический импульс постоянного тока способствует интродукции биомолекулы в клетку между множеством электродов. Полное содержание патента США № 7245963 включено сюда посредством ссылки.
Патент США 2005/0052630, представленный Smith, et al., описывает электропорационное устройство, которое может быть использовано для эффективного улучшения интродукции биомолекулы в клетки выбранной ткани в организме животного или растения. Электропорационное устройство содержит электрокинетическое устройство ("EKD устройство"), работа которого определяется программным обеспечением или аппаратурой. EKD устройство производит серии программируемых паттернов импульса постоянного тока между электродами в порядке, основанном на контроле пользователя и вводе параметров импульса, и делает возможным хранение и получение данных о форме волн тока. Электропорационное устройство также содержит заменяемый электродный диск, имеющий комплект игольных электродов, центральный инъекционный канал для инъекционной иглы, и съемную установочную шайбу. Полное содержание патента США 2005/0052630 включено сюда посредством ссылки.
Электродные комплекты и способы, описанные в патенте США № 7245963 и патента США 2005/0052630, могут быть адаптированы для глубокого проникновения не только в мышечные ткани, но также в другие ткани или органы. В зависимости от конфигурации электродного комплекта, инъекционная игла (для доставки биомолекулы по выбору) также вводится полностью в целевой орган, и инъекция делается перпендикулярно целевой ткани, в область, которая предварительно намечена электродами. Электроды, описанные в патенте США № 7245963 и патента США 2005/005263, предпочтительны 20 мм
в длину и 21 размера.
Кроме того, рассмотренные в некоторых вариантах воплощения, включающие в себя электропора-ционные устройства и их использование, существуют электропорационные устройства, которые описаны в следующих патентах: патент США 5273525, опубликованный 28 декабря 1993 г., патент США 6110161, опубликованный 29 августа 2000 г., 6261281, опубликованный 17 июля 2001 г., и 6958060, опубликованный 25 октября 2005 г., и патент США 6939862, опубликованный 6 сентября 2005 г. Кроме того, в настоящем изобретении рассмотрены патенты, распространяющиеся на объект изобретения, предоставляемый в патенте США 6697669, опубликованном 24 февраля 2004 г., который относится к доставке ДНК с использованием любого из множества устройств, и патенте США 7328064, опубликованном 5 февраля 2008 г., который относится к способу инъекции ДНК. Вышеперечисленные патенты включены сюда во всей полноте посредством ссылки. Другой вариант воплощения электропорационного устройства для использования с раковыми антигенами, описанными в настоящем изобретении, представляет собой Elgen ЕР устройство (Inovio Pharmaceuticals, Inc., Blue Bell, PA).
г. Способ приготовления вакцины.
В настоящем изобретении предоставляются способы приготовления ДНК-плазмид, которые соде-жат ДНК-вакцины, описанные в настоящем изобретении. ДНК-плазмиды, после конечного этапа субклонирования в плазмиду экспрессии млекопитающего, могут быть использованы для инокулирования клеточной культуры в резервуаре для крупномасштабной ферментации, с использованием способов, известных специалистам.
ДНК-плазмиды для использования с ЕР устройствами настоящего изобретения могут быть поставлены или произведены с использованием комбинации известных устройств и способов, но предпочтительно они производятся с использованием оптимизированного способа производства плазмид, который описан в составляющей предмет лицензии, совместно поданной предварительной заявке США Серийный № 60/939792, которая была подана 23 мая 2007 года. В некоторых примерах плазмиды ДНК, используемые в этих исследованиях, могут быть поставлены в концентрациях, более чем или эквавалентных 10 мг/мл. Технология производства также включает или содержит в себе различные устройства и протоколы, которые хорошо известны средним специалистам в данной области техники, в дополнение к тем, которые описаны в США серийный № 60/939792, включая описанные в составляющем предмет лицензии патенте,
Патент США № 7238522, который был опубликован 3 июля 2007 г. Заявка и патент, на которые ссылаются выше, США серийный № 60/939792 и патент США № 7238522, соответственно, включены сюда во всей полноте.
Примеры
Настоящее изобретение дополнительно иллюстрируется в следующих примерах. Следует понимать, что эти примеры, хотя и указывают на предпочтительные варианты воплощения изобретения, даются только для иллюстрации. Из вышеследующего обсуждения и этих примеров специалист в данной области техники может установить необходимые характеристики этого изобретения, и без отхода от сущности и объема изобретения может внести различные изменения и модификации в изобретение для адаптации его к различным вариантам использования и условиям. Таким образом, различные модификации изобретения в дополнение к тем, которые показаны и описаны в настоящем изобретении, будут очевидны специалистам в данной области техники из нижеследующего описания. Предполагается также, что такие модификации попадают в объем прилагаемой формулы изобретения.
Пример 1.
Консенсусные иммуногены для PSA и PSMA были сконструированы из доступных полной длины последовательностей человека и макак в базе данных GenBank, как описано ранее Laddy, D.J., Yan, J., Corbitt, N., Kobasa, D., Kobinger, G.P., Weiner, D.B. (2007). Immunogenicity of novel consensus-based DNA vaccines against avian influenza. Vaccine. 25, 2984-2989, и Laddy, D.J., Yan, J., Kutzler, M., Kobasa, D.,
Kobinger, G.P., Khan, A.S., Greenhouse, J., Sardesai, N.Y., Draghia-Akli, R., Weiner, D.B. (2008). Heterosub-typic Protection against Pathogenic Human and Avian Influenza Viruses via In Vivo Electroporation of Synthetic Consensus DNA Antigens. PLoS ONE. 3,e2517.
Консенсусные антигенные последовательности были синтезированы при помощи GeneScript (Pis-cataway, NJ). Маркер НА был включен в С-конец антигенной последовательности. Антигенные последовательности были оптимизированы по стабильности мРНК и использованию кодонов у людей. Итоговые последовательности клонировались в BamHI и XhoI сайтах pVAX1 вектора (Invitrogen, Carlsbad, CA).
Был произведен консенсусный PSA антиген 1 (SEQ ID NO: 2). Эта последовательность, которая содержит 261 аминокислоту, сравнивалась с каждой из PSA последовательностей, перечисленных в табл. 1. Использованные PSA последовательности включают две последовательности человека, последовательность из М. fascicularis, и последовательность из М. mulatta. Табл. 1 включает SEQ ID NO и номер доступа для каждой последовательности, использованной при сравнении с консенсусным PSA антигеном 1
(SEQ ID NO: 2).
Виды и белок
Н. sapiens PSA isol Н. sapiens PSA M. fascicular is KLK3 M. mulatta PSA
17 18 19 20
Номер доступа
NP001639.1 gbAAA60193.1 Q6DT45.1 NPOO1036241.1 р
Было осуществлено множественное выравнивание PSA последовательностей Н. Sapiens (SEQ ID NO: 17 и SEQ ID NO: 18), M. mulatta (SEQ ID NO: 20) и М. facicularis (SEQ ID NO: 19) с консенсусным PSA антигеном 1 (SEQ ID NO: 2). KLK3 (калликреин 3) представляет собой ген, кодирующий PSA и являющийся псевдонимом PSA. PSA антиген 1 на 91% гомологичен Н. sapiens, на 96% гомологичен М. mulatta и на 95% гомологичен М. facicularis PSA белковым последовательностям полной длины.
Пример 2.
Был произведен консенсусный PSA антиген 2 (SEQ ID NO: 4). Эта последовательность, которая содержит 279 аминокислот, включая лидерную последовательность IgE, сравнивалась с каждой из PSA последовательностей, перечисленных в табл. 2. Использованные PSA последовательности включают две последовательности человека, последовательность из М. fascicularis и последовательность из М. mulatta. Табл. 2 включает SEQ ID NO и номер доступа для каждой последовательности, использованной при сравнении с консенсусным PSA антигеном 2 (SEQ ID NO: 4).
SEQ ID NO
Виды и белок
Номер доступа
Количество
аминокислот
Таблица 2
гомологии с
SEQID
N0:4
261
262
261
244
NP001639.1 gbAAA60193.1 Q6DT45.1 AAZ82258.1
Было осуществлено множественное выравнивание PSA последовательностей Н. Sapiens (SEQ ID NO: 17 и SEQ ID NO: 18), М. mulatto (SEQ ID NO: 21) и М. facicularis (SEQ ID NO: 19) с консенсусным PSA антигеном 1 (SEQ ID NO: 4). KLK3 (калликреин 3) представляет собой ген, кодирующий PSA и являющийся псевдонимом PSA. PSA антиген 1 на 90-91% гомологичен Н. sapiens и на 95% гомологичен М. facicularis, и на 95% гомологичен М. mulatta PSA частичной белковой последовательности.
Пример 3.
Был произведен консенсусный PSMA антиген 1 (SEQ ID NO: 6). Эта последовательность, которая содержит 750 аминокислот, сравнивалась с каждой из PSMA последовательностей, перечисленных в табл. 3. Использованные PSMA последовательности включают две последовательности человека и последовательность из М. mulatta. Табл. 3 включает SEQ ID NO и номер доступа для каждой последовательности, использованной при сравнении с консенсусным PSMA антигеном 1 (SEQ ID NO: 6).
Количество
SEQ ID NO
гомологии с SEQID N0:6 96 96 94
Таблица 3
Номер доступа
Виды и белок
22 23 24
Н. sapiens PSMA GCPIIjsol Н. sapiens PSMA M. mulatta GCPII isol
аминокислот
NP_004467.1 750 AAC83972.1 749 XP 001096141.2 735
Было осуществлено множественное выравнивание PSMA последовательностей Н. Sapiens и М. mu-latta с PSMA антигеном 1. PSMA антиген 1 консенсусная последовательность (SEQ ID NO: 6) на 96% гомологична Н. sapiens PSMA (SEQ ID NO: 22 и SEQ ID NO: 23) и на 94% гомологична М. mulatta PSMA белковой последовательности полной длины (SEQ ID NO: 24).
Пример 4.
Был произведен консенсусный PSMA антиген 2 (SEQ ID NO: 8). Эта последовательность, которая содержит 766 аминокислот, включая лидерную последовательность IgE, сравнивалась с каждой из PSMA последовательностей, перечисленных в табл. 4. Использованные PSMA последовательности включают две последовательности человека и последовательность из М. mulatta. Табл. 4 включает SEQ ID NO и номер доступа для каждой последовательности, использованной при сравнении с консенсусным PSMA
антигеном 2 (SEQ ID NO: 8).
SEQ ID NO
22 23 24 25
Виды и белок
Н. sapiens PSMA GCPII_isol Н. sapiens PSMA M. mulatta GCPII isol M. mulatta GCPII iso2
Было осуществлено множественное выравнивание Н. sapiens (SEQ ID NO: 22 и SEQ ID NO: 23) и М. mulatta PSMA последовательностей (SEQ ID NO: 24 и SEQ ID NO: 25) с PSMA антигеном 2. PSMA антиген 2 консенсусная последовательность (SEQ ID NO: 8) на 96% гомологична Н. sapiens PSMA белковым последовательностям и на 94% гомологична М. mulatta PSMA белковым последовательностям. Пример 5.
Был произведен консенсусный STEAP антиген 1 (SEQ ID NO: 10). Эта последовательность, которая содержит 339 аминокислот, сравнивалась с каждой из STEAP последовательностей, перечисленных в табл. 5. Использованные STEAP последовательности включают две полной длины последовательности человека, полной длины последовательность из М. mulatta и две более коротких последовательности человека. Табл. 5 включает SEQ ID NO и номер доступа для каждой последовательности, использованной при сравнении с консенсусным STEAP антигеном 1 (SEQ ID NO: 10).
Таблица 5
Виды и белок
Номер доступа
Количество
Н. sapiens STEAP 1 Н. sapiens STEAP 1 М. mulatta S ТЕ API
26 27 28 29 30
NP_036581.1 Gb_EAL24167.1 XP_001103605.1 EAW93751.1 EAW93749.1
339 339 339 259 258
аминокислот гомологии с SEQID NQ:10 99 99 98
H. sapiens STEAPlCRAb EAW93751.1 259 94
H. sapiens STEAP 1 EAW93749.1 258 94
изоформа
Было осуществлено множественное выравнивание Н. Sapiens и М. mulatta STEAP последовательн-сотей с консенсусным STEAP антигеном 1. STEAP антиген 1 консенсусная последовательность (SEQ ID NO: 10) на 99% гомологична человеческим полной длины изоформам (SEQ ID NO: 26 и SEQ ID NO: 27), на 94% гомологична укороченным Н. sapiens изоформам (SEQ ID NO: 29 и SEQ ID NO: 30), и на 94% гомологична М. mulatta полной длины STEAP1 белковой последовательности (SEQ ID NO: 28). Пример 6.
Был произведен консенсусный STEAP антиген 2 (SEQ ID NO: 12). Эта последовательность, которая содержит 356 аминокислот, сравнивалась с каждой из STEAP последовательностей, перечисленных в табл. 6. Используемые STEAP последовательности включают две полной длины последовательности человека, полной длины последовательность из М. mulatta и две более коротких последовательности человека. Табл. 6 включает SEQ ID NO и номер доступа для каждой последовательности, использованной при сравнении с консенсусным STEAP антигеном 2 (SEQ ID NO: 12).
Таблица 6
SEQ
Виды и белок
Номер доступа
Количество
ID NO
аминокислот
гомологии с
SEQID
N0:12
H. sapiens STEAP 1
NP 036581.1
339
H. sapiens STEAP 1
Gb_EAL24167.1
339
M. mulatta STEAP1
XP_001103605.1
339
H. sapiens STEAP 1 CRA b
EAW93751.1
259
H. sapiens STEAP 1 изоформа
EAW93749.1
258
Было осуществлено множественное выравнивание Н. Sapiens и М. mulatta STEAP1 последовательностей с консенсусным STEAP1 антигеном 2. STEAP1 антиген 2 консенсусная последовательность (SEQ ID NO: 12) на 94% гомологична полной длины человеческим изоформам (SEQ ID NO: 26 и SEQ ID NO: 27), на 88% гомологична укороченным Н. sapiens изоформам (SEQ ID NO: 29 и SEQ ID NO: 30), и на 94% гомологична М. mulatta полной длины STEAP 1 белковым последовательностям (SEQ ID NO: 28).
Пример 7.
Был произведен консенсусный PSCA антиген (SEQ ID NO: 14). Эта последовательность, которая содержит 131 аминокислоту, включая лидерную последовательность IgE, сравнивалась с PSCA последовательностью, указанной в табл. 7. Используемая PSCA последовательность была человеческой последовательностью полной длины. Табл. 7 включает SEQ ID NO и номер доступа для последовательности, использованной при сравнении с консенсусным PSCA антигеном (SEQ ID NO: 14).
Таблица 7
SEQ Виды и белок Номер доступа Количество %
ID NO аминокислот гомологии с
SEQID N0:14
31 Н. sapiens PSCA NP_005663.2 114 87
Было произведено множественное выравнивание Н. Sapiens PSCA последовательности (SEQ ID NO: 31) с консенсусным PSCA антигеном (SEQ ID NO: 14). PSCA антигенная консенсусная последовательность на 87% гомологична полной длины Н. sapiens PSCA.
Пример 8.
In vitro трансляция проводилась для подтверждения экспрессии PSA и PSMA антигенов. Использовались TNT(r) сопряженная система транскрипции /трансляции и 35S-метионин (Promega). pVAX вектор сам по себе (отрицательный контроль) или каркас pVAX с PSA или PSMA антигенными вставками и 35S-метионин был добавлен к реакционной смеси в соответствии с инструкциями производителя. Реакция проводилась при 30°С в течение 2 ч. Меченые белки иммунопреципитировались с аффинным гелем против НА (anti-HA Affinity Gel) (Sigma, St. Louis, МО) при перемешивании в течение ночи в в буфере для радиоиммунопреципитационного анализа (RIPA) при 4°С. Иммунопреципитированные белки подвергались электрофорезу в ДСН-ПААГ, который затем фиксировался и высушивался. Экспрессия 35S-меченых белков определялась путем авторадиографии. Результаты показаны на фиг. 1.
Пример 9.
Клеточная иммуногенность PSA и PSMA антигенов определялась с помощью интерферон-гамма ELISpot.
Самки мышей в возрасте от 4 до 6 недель BALB/c были приобретены у Лабораторий Jackson (Bar Harbor, ME). Все животные содержались в Университете Пенсильвании в условиях с контролируемой температурой и световым циклом. Уход за животными проводился в соответствии с руководствами Национального института здоровья и Комитета университета Пенсильвании по институционному уходу и использованию.
Для исследований по клеточной иммуногенности 10 или 20 мкг каждого антигена доставлялось в переднюю болыпеберцовую мышцу мышей Balb/c посредством внутримышечной инъекции, после чего следовала электропорация с использованием CELLECTRA(r) адаптивного устройства постоянного тока (Inovio Pharmaceuticals, Inc., Blue Bell, PA). Мыши (n=5 на группу) получали 2 иммунизации в недели 0 и 2. Два 0,1 ампер постоянного тока прямоугольных импульсов доставлялись посредством треугольного 3-электродного комплекта, состоящего из твердых электродов из нержавеющей стали 26 размера. Каждый импульс продолжался 52 мс с промежутком в 1 с между импульсами. Мыши получили всего 2 иммунизации, которые вводились с промежутком 2 недели. Мыши были гуманно забиты через 1 неделю после второй иммунизации для анализа клеточных и гуморальных иммунных реакций.
Клеточные и реакции оценивались через 1 неделю после последней иммунизации (неделя 5). ELIS-pot анализ использовался для определения антиген-специфичной секреции IFNy. Иммобилизованное антитело против IFNy мыши (R &D Systems, Minneapolis, MN) использовалось для покрытия плоскодонных планшетов Immobilon-P (Millipore, Billerica, MA) на ночь при 4°С. Спленоциты были стерильно выделены и ресуспендированы при в R10 среде (Rosewell Park Memorial Institute medium 1640 с добавкой 10% эмбриональной телячьей сыворотки, 1% антибиотика-антимикотика и 0,1% 2-меркаптоэтанола). 2х105 спленоцитов из иммунизированных мышей были добавлены к каждой лунке 96-луночного планшета и стимулировались в течение ночи при 37°С, 5% СО2, в присутствии R10 (отрицательный контроль), кон-канавалина А (положительный контроль) (Sigma, St. Louis, МО) или антиген-специфичных пептидных пулов. На следующий день идентифицирующее антитело против IFNy мыши (R &D Systems, Minneapolis, MN) было добавлено в планшеты, которые затем инкубировались в течение ночи при 4°С. На следующий день стрептавидин-ALP (MabTech, Sweden) был добавлен к планшетам на 2 ч и антиген-специфичные метки визуализировались с BCIP/NPT субстратом (MabTech, Sweden). PSA и PSMA пептиды были 15-членными пептидами, распределенными о всей длине консенсусного иммуногена, не включая маркер НА или лидерную последовательность, перекрывающимися на 11 аминокислот, и синтезировались при помощи GenScript (Piscataway, NJ). PSA и PSMA пептиды были использованы в конечной концентрации 1,0 мкг/мл для каждого пептида. IFNy ELISpot использовался для оценки антиген-специфичных клеточных реакций через 1 неделю после последней иммунизации. Для PSA, IFNy реакции были подобны дозам вакцины 10 мкг (772,2+138,2 СОЕ) и 20 мкг (771,1+155,2 СОЕ) (фиг. 2А). Напротив, было дозозависимое возрастание PSMA-специфичных FNy реакций с 20 мкг вакцины (1585,0+194,0 SFU) в сравнении с 10 мкг вакцины (1047,2+160,7 SFU) (фиг. 2В). Минимальный фон наблюдался для PSA или PSMA реакций наивных мышей.
Пример 10.
Вакцино-индуцированная продукция IFNy, IL-2 и ФНО a CD4+ и CD8+ Т клетками.
Клеточная иммуногенность также была охарактеризована посредством проточной цитометрии для совместно доставленных PSA и PSMA вакцин. Антиген-специфичная продукция CD4+ и CD8+ Т клетками IFNy, IL-2 и ФНОа определялась для совокупной вакцин-специфичной реакции и PSA и PSMA компонентов совокупной вакцин-специфичной реакции (n=5).
Клеточные иммунные реакции также определялись с помощью внутриклеточного окрашивания ци-токинов и проточной цитометрии с использованием CytoFix/CytoPerm набора по инструкциям производителя (BD Biosciences, San Diego, CA). Спленоциты, собранные от иммунизированных мышей, промывались PBS и затем ресуспендировались в R10 среде до конечной концентрации 107 клеток/мл. Клетки высевали в круглодонных 96-луночных планшетах в объеме 100 мкл и в дополнительных 100 мкл R10 среды (отрицательный контроль), добавляли среду, содержащую пулы антиген-специфичных пептидов, или среду, содержащую форболмиристацетат (РМА, 10 нг/мл) и иономицин (250 нг/мл; положительный контроль) (Sigma, St. Louis, МО), и планшеты инкубировались при 37°С, 5% СО2, в течение 6 ч. Все стимулирующие среды содержали по 1 мкг/мкл GolgiPlug и GolgiStop (BD Biosciences, San Diego, CA). В конце инкубационного периода планшеты переворачивались и промывались дважды PBS. Клетки затем окрашивались фиолетовым красителем для визуализации (LIVE/DEAD Violet Viability Dye, Invitrogen; Carlsbad, CA) в течение 30 мин при 4°С. После промывания PBS, как указано выше, клетки окрашивались извне в течение 30 мин анти-CD4 PerCPCy5.5 и анти-CD8 АРС при 4°С, после чего следовала фиксация и пермеабилизация. Добавлялись анти-CD3 РЕ-Су5, анти-П.-2 РЕ, анти-IFNy AlexaFluor-700 и ан-ти-ФНОа FITC (BD Biosciences, San Diego, CA), и клетки снова инкубировались при 4°С в течение 30 мин. Клетки затем последний раз промывались PBS и фиксировались в 1% ПФА.
Совместная доставка PSA и PSMA вакцины индуцировала устойчивую CD4+ секрецию IFNy, IL-2 и ФНОа. Процент CD4+ Т клеток, продуцирующих PSA-специфичный (0,21%) и PSMA-специфичный (0,24%) IFNy давал равный вклад в совокупную вакциноспецифичную IFNy реакцию CD4+ Т клеток (0,44%) (фиг. 3А). PSMA-специфичные CD4+ Т клетки, продуцирующие IL-2 (1,08%), содержали большинство совокупного процента CD4+ Т клеток, продуцирующих вакциноспецифичный IL-2 (1,40%) (фиг. 3В). Процент PSA (0,31%) и PSMA (0,29%) индуцированной продукции ФНОа CD4+ Т клетками давал равный вклад в совокупную вакциноспецифичную реакцию (0,60%) (фиг. 3С). В целом реакции CD4+ Т клеток были хорошо сбалансированы между PSA и PSMA, за исключением PSMA, вызывающих основную часть продукции CD4+ Т клетками вакциноспецифичного IL-2.
Вакцина индуцировала сильную антиген-специфичную продукцию CD8+ Т клетками IFNy и IL-2 и, в меньшей степени, ФНОа. Как PSA (0,70%), так и PSMA (0,67%) вызывали устойчивую выработку CD8+ Т клетками IFNy. Фактически, вакциноспецифичные CD8+ Т клетки, секретирующие IFNy, составляли 1,37% от общей популяции CD8+ Т клеток (фиг. 4А). Вакцина также вызывала сильную IL-2 реакцию CD8+ Т клеток (1,54%). Подобно IL-2 реакции CD4+ Т клеток, процент PSMA-специфичных (1,06%) CD8+ Т клеток, секретирующих IL-2, был приблизительно в 2 раза выше, чем PSA-специфичных (0,47%) (фиг. 4В). Совокупный процент вакциноспецифичной продукции ФНОа CD8+ Т клетками
(0,11%) коррелировал с PSA компонентом вакцины (фиг. 4С). Подводя итог, имелся высокий процент вакциноспецифичной выработки CD8+ Т клетками IFNy и IL-2. Подобно реакциям CD4+ Т клеток, выработка IFNy была равно сбалансирована между PSA и PSMA, и величина IL-2 PSMA-специфичной реакции была выше, чем PSA-специфичной реакции. Пример 11.
PSA-специфичная IgG сероконверсия.
Реакция антител может играть важную роль в терапии опухолей. Соответственно мы затем исследовали этот параметр иммунной реакции на PSA антиген на основе доступности белковой мишени.
Для определения PSA-специфичных титров сывороточных антител 96-луночные Nunc-Immuno MaxiSorp планшеты (Nunc, Rochester, NY) покрывались на ночь при 4°С с 1 мкг/лунку рекомбинантного PSA белка (Fitzgerald Industries, Acton, MA), разбавленного в PBS. Планшеты промывались PBS, 0,05% Tween 20 (PBST), блокировались в течение 1 ч при комнатной температуре с 10% БСА/PBST, и инкубировались с серийными разведениями сыворотки от иммунизированых или наивных животных в течение 1 ч при комнатной температуре. Планшеты затем промывались 3 раза PBST и антитело козы против IgG мыши (Santa Cruz, Santa Cruz, CA) добавляли в разведении 1:5000 в PBST. Связанный фермент определялся с помощью SigmaFAST О-фенилендиамина дигидрохлорида, (OPD; Sigma-Aldrich, St. Louis, МО), и оптическая плотность определялась при 450 нм на Biotek (Winooski, VT) планшетных ридерах, показанных на Фигуре 5В. Конечные титры определялись, как описано выше (Frey, A. et al. 1998). Вкратце, лимит прогнозирования рассчитывался с использованием t-распределения Стьюдента. Математическая формула, которая определяет лимит прогнозирования, выражается как стандартное отклонение, умноженное на множитель, основанный на количестве отрицательных контролей и (n=5) и доверительном уровне (95%). Конечный титр сообщался как обратное от последнего разведения выше верхнего предела прогнозирования.
В дополнение к подтверждению устойчивого иммунитета, опосредованного клетками, PSA вакцина также вызывала сильные антиген-специфичные гуморальные реакции. Титры антител определялись с помощью ELISA в выделенной из мышей сыворотке через одну неделю после последней иммунизации (n=5). Вакцина вызывала средний PSA-специфичный конечный титр антител 4427 (диапазон 1581-15811) (фиг. 5А). Также может быть важна продолжительность таких реакций.
Пример 12.
Аминокислотные последовательности специфичного антигена простаты, доступные в GenBank, включают следующие:
gb_EAW71923. l_H.sapiens_klk3_CRAb;
_001639.1_H.sapiens_PSA_isol_npenpo6enoK;
gb_AAA59995.1_H.sapiens_PSA_npefliiiecTBeHHHK; gb_AAA60193.1_H.sapiens_PSA; gb_EAW71933. l_H.sapiens_klk3_CRA_l;
NP_001025218.1_H.sapiens_PSA_iso3_npenpo6enoK; gb_CAD54617.1_H.sapiens_PSA; gb_CAD30844.1_H.sapiens_PSA; gb_AAA59996.1_H.sapiens_PSA_npeAinecTBeHHHK; gb_AAD 14185. l_H.sapiens_PSA; Q6DT45. l_M.fascicularis_KLK3; NP_001036241.l_M.mulatta_PSА_предшественник; AAZ82258.l_M.mulatta_PSA; AAZ82255.1_G.gorilla_PSA; gil 163838666lrefINP_001106216.11 сыворотки калликреин [Papio anubis]; gil73746696lgblAAZ82261.il специфический антиген простаты [Papio anubis]; il73746692lgblAAZ82259.1l специфический антиген простаты [Erythrocebus patas]; gil73746694lgblAAZ82260.ll специфический антиген простаты [Cercopithecus cephus]; gil73746682lgblAAZ82254.ll специфический антиген простаты [Pan paniscus]; gil73746680lgblAAZ82253.ll специфический антиген простаты [Pan troglodytes]; gil73746686lgblAAZ82256.ll специфический антиген простаты [Pongo pygmaeus]; и 3746688lgblAAZ82257.ll специфический антиген простаты [Nomascus gabriellae].
PSMA аминокислотные последовательности, доступные в GenBank, включают следующие: NP_004467.1_Human_GCPII_iso1; Human_PSMA_AAC83972.1; M.mulatta_GCPII_isol XP_001096141.2; и M.mulatta_GCPII_iso2_XP_002799784.1.
STEAP аминокислотные последовательности, доступные в GenBank, включают следующие:
NP036581. l_Human_STEAPl; EAL24167. l_Human_STEAPl; XP001103605. l_M.mulatta_STEAPl_iso3; EAW93751.1_Human_S ТЕ АР 1 _CRAb; EAW93749.1_Human_STEAPl_CRAa; XP001164838.1_P.troglodytes_STEAPiso2; XP002818311. l_P.abelii_STEAPl; NP001162459. l_P.anubis_STEAPl; NP_999470.1_S.scrofa_STEAPl; и NP_081675.2_M.musculus_STEAPl.
NP_005663.2_Human_PSCA является номером доступа PSCA аминокислотной последовательности, доступной в GenBank.
ПЕРЕЧЕНЬ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ
<110> THE TRUSTEES OF THE UNIVERSITY OF PENNSYLVANIA WEINER, David YAN, Jian
FERRARO, Bernadette SARDESAI, Niranjan RAMANATHAN, Mathura
<12 0> КОНСЕНСУСНЫЕ АНТИГЕНЫ ПРОСТАТЫ, МОЛЕКУЛА НУКЛЕИНОВОЙ КИСЛОТЫ, КОДИРУЮЩАЯ ИХ, И ВАКЦИНА, И ИСПОЛЬЗОВАНИЕ, ВКЛЮЧАЮЩЕЕ ИХ
<130> UPVG0036
<150> US 61/413,176
<151> 2010-11-12
<150> US 61/417,817 <151> 2010-11-29
<160> 31
<170> Патентная версия 3.5
<210> 1
<211> 789
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность нуклеиновых кислот антигена PSA 1
<400> 1
atgtgggtcc tggtggtgtt cctgactctg agcgtcacat ggatcggcgc cgctccactg 60
attctgagcc gcctggtggg cgggtgggag tgcgaaaagc actcccagcc atggcaggtg 120
ctggtcgctt ctaggggccg agcagtgtgc ggaggcgtgc tggtccaccc tcagtgggtc 180
ctgaccgcag cccattgtat ccgacagaag agcgtgattc tgctggggcg acaccagcca 240
ttctaccccg aggacacagg acaggtgttc caggtctctc acagttttcc ccatcctctg 300
tacaacatga gcctgctgaa aaacagatat ctgggacctg gcgacgatag ctcccatgat 360
ctgatgctgc tgaggctgtc cgagccagcc gaactgactg acgctgtgca ggtcctggat 420
ctgcccaccc aggagcctgc cctgggaacc acatgttatg cttcaggctg ggggagcatc 480
gaaccagagg aacatctgac tcccaagaaa ctgcagtgcg tggacctgca cctgattagt 540
aacgatgtgt gtgcacaggt ccattcacag aaggtgacaa agttcatgct gtgcgccggc 600
tcttggatgg gcggcaagtc aacttgcagc ggggactccg gcgggccact ggtgtgtgat 660
ggagtcctgc agggcatcac ctcttggggc agtcagcctt gtgccctgcc tcggagacca 720
agtctgtaca ctaaggtggt ccggtatagg aaatggattc aggacactat tgccgctaac 780
ccctgataa 789
<210> 2
<211> 261
<212> БЕЛОК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность аминокислот антигена PSA 1
<400> 2
Met Trp Val Leu Val Val Phe Leu Thr Leu Ser Val Thr Trp Ile Gly
1 5 10 15
Ala Ala Pro Leu Ile Leu Ser Arg Leu Val Gly Gly Trp Glu Cys Glu
20 25 30
Lys His Ser Gln Pro Trp Gln Val Leu Val Ala Ser Arg Gly Arg Ala
35 40 45
Val Cys Gly Gly Val Leu Val His Pro Gln Trp Val Leu Thr Ala Ala
50 55 60
His Cys Ile Arg Gln Lys Ser Val Ile Leu Leu Gly Arg His Gln Pro
65 70 75 80
Phe Tyr Pro Glu Asp Thr Gly Gln Val Phe Gln Val Ser His Ser Phe
85 90 95
Pro His Pro Leu Tyr Asn Met Ser Leu Leu Lys Asn Arg Tyr Leu Gly
100 105 110
Pro Gly Asp Asp Ser Ser His Asp Leu Met Leu Leu Arg Leu Ser Glu
115 120 125
Pro Ala Glu Leu Thr Asp Ala Val Gln Val Leu Asp Leu Pro Thr Gln
130 135 140
Glu Pro Ala Leu Gly Thr Thr Cys Tyr Ala Ser Gly Trp Gly Ser Ile
145 150 155 160
Glu Pro Glu Glu His Leu Thr Pro Lys Lys Leu Gln Cys Val Asp Leu
165 170 175
His Leu Ile Ser Asn Asp Val Cys Ala Gln Val His Ser Gln Lys Val
180 185 190
Thr Lys Phe Met Leu Cys Ala Gly Ser Trp Met Gly Gly Lys Ser Thr
195 200 205
Cys Ser Gly Asp Ser Gly Gly Pro Leu Val Cys Asp Gly Val Leu Gln
210 215 220
Gly Ile Thr Ser Trp Gly Ser Gln Pro Cys Ala Leu Pro Arg Arg Pro
225 230 235 240
Ser Leu Tyr Thr Lys Val Val Arg Tyr Arg Lys Trp Ile Gln Asp Thr
245 250 255
Ile Ala Ala Asn Pro
260
<210> 3 <211> 840
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность нуклеиновых кислот антигена PSA 2
<400> 3
atggactgga catggattct gttcctggtc gccgccgcaa ctcgcgtgca ttcctgggtc 60
ctggtggtgt tcctgactct gagcgtcaca tggatcggcg ccgctccact gattctgagc 120
cgcctggtgg gcgggtggga gtgcgaaaag cactcccagc catggcaggt gctggtcgct 180
tctaggggcc gagcagtgtg cggaggcgtg ctggtccacc ctcagtgggt cctgaccgca 240
gcccattgta tccgacagaa gagcgtgatt ctgctggggc gacaccagcc attctacccc 300
gaggacacag gacaggtgtt ccaggtctct cacagttttc cccatcctct gtacaacatg 360
agcctgctga aaaacagata tctgggacct ggcgacgata gctcccatga tctgatgctg 420
ctgaggctgt ccgagccagc cgaactgact gacgctgtgc aggtcctgga tctgcccacc 480
caggagcctg ccctgggaac cacatgttat gcttcaggct gggggagcat cgaaccagag 540
gaacatctga ctcccaagaa actgcagtgc gtggacctgc acctgattag taacgatgtg 600
tgtgcacagg tccattcaca gaaggtgaca aagttcatgc tgtgcgccgg ctcttggatg 660
ggcggcaagt caacttgcag cggggactcc ggcgggccac tggtgtgtga tggagtcctg 720
cagggcatca cctcttgggg cagtcagcct tgtgccctgc ctcggagacc aagtctgtac 780
actaaggtgg tccggtatag gaaatggatt caggacacta ttgccgctaa cccctgataa 840
<210> 4
<211> 278
<212> БЕЛОК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность аминокислот антигена PSA 2
<400> 4
Met Asp Trp Thr Trp Ile Leu Phe Leu Val Ala Ala Ala Thr Arg Val
1 5 10 15
His Ser Trp Val Leu Val Val Phe Leu Thr Leu Ser Val Thr Trp Ile
20 25 30
Gly Ala Ala Pro Leu Ile Leu Ser Arg Leu Val Gly Gly Trp Glu Cys
35 40 45
Glu Lys His Ser Gln Pro Trp Gln Val Leu Val Ala Ser Arg Gly Arg
50 55 60
Ala Val Cys Gly Gly Val Leu Val His Pro Gln Trp Val Leu Thr Ala
65 70 75 80
Ala His Cys Ile Arg Gln Lys Ser Val Ile Leu Leu Gly Arg His Gln
85 90 95
Pro Phe Tyr Pro Glu Asp Thr Gly Gln Val Phe Gln Val Ser His Ser
100 105 110
Phe Pro His Pro Leu Tyr Asn Met Ser Leu Leu Lys Asn Arg Tyr Leu
115 120 125
Gly Pro Gly Asp Asp Ser Ser His Asp Leu Met Leu Leu Arg Leu Ser
130 135 140
Glu Pro Ala Glu Leu Thr Asp Ala Val Gln Val Leu Asp Leu Pro Thr
145 150 155 160
Gln Glu Pro Ala Leu Gly Thr Thr Cys Tyr Ala Ser Gly Trp Gly Ser
165 170 175
Ile Glu Pro Glu Glu His Leu Thr Pro Lys Lys Leu Gln Cys Val Asp
180 185 190
Leu His Leu Ile Ser Asn Asp Val Cys Ala Gln Val His Ser Gln Lys
195 200 205
Val Thr Lys Phe Met Leu Cys Ala Gly Ser Trp Met Gly Gly Lys Ser
210 215 220
Thr Cys Ser Gly Asp Ser Gly Gly Pro Leu Val Cys Asp Gly Val Leu
225 230 235 240
Gln Gly Ile Thr Ser Trp Gly Ser Gln Pro Cys Ala Leu Pro Arg Arg
245 250 255
Pro Ser Leu Tyr Thr Lys Val Val Arg Tyr Arg Lys Trp Ile Gln Asp
260 265 270
Thr Ile Ala Ala Asn Pro
275
<210> 5 <211> 2283 <212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность нуклеиновых кислот антигена PSМA 1
<400> 5
atgtggaacg cactgcatga gactgattct gctgtcgcac tgggacggag accccggtgg 60
ctgtgcgctg gagcactggt gctggccggc gggggattcc tgctgggatt cctgtttggc 120
tggtttatca aaagctccag cgaggctacc aatattaccc ctaagcacaa taagaaagca 180
ttcctggatg aactgaaagc cgagaacatc aagaaattcc tgtacaactt cacaagaatt 240
ccacatctgg ctggcactga gcagaacttc cagctggcaa aacagatcca gagtcagtgg 300
aaggaatttg ggctggactc agtggagctg acccactacg atgtcctgct gtcctatcca 360
aataagactc atcccaacta catctctatc attaacgaag acggaaatga gattttcaac 420
acctctctgt ttgaaccccc tccacccggc tatgagaatg tcagtgacgt ggtccctcca 480
ttctcagcct tcagccccca ggggatgcct gagggagatc tggtgtacgt caattatgct 540
agaacagaag acttctttaa gctggagagg gatatgaaaa tcaactgttc cggcaagatc 600
gtgattgccc ggtacgggaa ggtgttcaga ggaaataagg tcaaaaacgc tcagctggcc 660
ggagctaccg gcgtgatcct gtacagcgac cccgctgatt attttgcacc tggcgtgaag 720
tcctatccag acggatggaa tctgcccggc gggggagtgc agaggggaaa catcctgaac 780
ctgaatggag ccggcgatcc tctgactcca ggataccccg ccaacgaata cgcttatcgc 840
cggggaattg cagaggccgt gggcctgcct agcatcccag tccatcccat tggctattac 900
gatgcccaga agctgctgga gaaaatgggc gggagcgctc cccctgactc tagttggaag 960
ggctccctga aagtgcctta caatgtcggg ccaggattca ctgggaactt ttctacccag 1020
aaggtgaaaa tgcacatcca tagtaccagc gaggtgacac gaatctacaa cgtcattggc 1080
accctgagag gcgccgtgga gcctgatcgc tatgtcattc tgggaggcca cagagactca 1140
tgggtgttcg ggggaatcga tccacagagc ggagcagctg tggtccatga aattgtgcgc 1200
agctttggga ccctgaagaa agagggatgg cgacccaggc gcacaatcct gttcgcatcc 1260
tgggacgccg aggaatttgg gctgctgggc agcacagaat gggccgagga aaattctcgc 1320
ctgctgcagg agcgaggggt ggcttacatc aatgcagact caagcattga aggaaactat 1380
accctgcggg tggattgcac acccctgatg tacagtctgg tctataacct gacaaaggag 1440
ctgaaatcac ctgacgaggg cttcgaaggg aaaagcctgt acgaatcctg gactgagaag 1500
agcccatccc ccgaattcag cggcatgcct aggatctcta agctgggcag tgggaacgat 1560
tttgaggtgt tctttcagcg cctgggaatt gcctctggcc gagctcggta cacaaaaaat 1620
tgggagacta acaagttctc ctcttaccca ctgtatcaca gcgtgtacga gacttatgaa 1680
ctggtcgaga aattctacga ccccactttt aagtatcatc tgaccgtggc acaggtcagg 1740
ggcgggatgg tgttcgaact ggccaatagc atcgtcctgc catttgactg tcgagattac 1800
gctgtggtcc tgcggaagta cgcagacaag atctataaca tctccatgaa gcacccccag 1860
gagatgaagg cctattctgt gagtttcgat tccctgtttt ctgccgtcaa aaatttcacc 1920
gaaatcgcta gtaagttttc agagcgcctg caggacctgg ataagtccaa tcccatcctg 1980
ctgcggatta tgaacgatca gctgatgttc ctggaaagag cctttatcga ccctctgggc 2040
ctgcctgata gaccattcta caggcacgtg atctacgcac ctagttcaca taacaagtac 2100
gccggcgagt ctttcccagg gatctatgac gctctgtttg atattgaatc aaaggtggac 2160
cccagcaaag catggggcga ggtcaagaga cagatcagca ttgcagcctt tacagtgcag 2220
gccgccgccg aaaccctgtc cgaagtcgct tacccatacg atgtccccga ttacgcatga 2280
taa 2283
<210> 6 <211> 750 <212> БЕЛОК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность аминокислот антигена PSМA 1
<400> 6
Met Trp Asn Ala Leu His Glu Thr Asp Ser Ala Val Ala Leu Gly Arg
1 5 10 15
Arg Pro Arg Trp Leu Cys Ala Gly Ala Leu Val Leu Ala Gly Gly Gly
20 25 30
Phe Leu Leu Gly Phe Leu Phe Gly Trp Phe Ile Lys Ser Ser Ser Glu
Ala Thr Asn Ile Thr Pro Lys His Asn Lys Lys Ala Phe Leu Asp Glu
50 55 60
Leu Lys Ala Glu Asn Ile Lys Lys Phe Leu Tyr Asn Phe Thr Arg Ile
65 70 75 80
Pro His Leu Ala Gly Thr Glu Gln Asn Phe Gln Leu Ala Lys Gln Ile
85 90 95
Gln Ser Gln Trp Lys Glu Phe Gly Leu Asp Ser Val Glu Leu Thr His
100 105 110
Tyr Asp Val Leu Leu Ser Tyr Pro Asn Lys Thr His Pro Asn Tyr Ile
115 120 125
Ser Ile Ile Asn Glu Asp Gly Asn Glu Ile Phe Asn Thr Ser Leu Phe
130 135 140
Glu Pro Pro Pro Pro Gly Tyr Glu Asn Val Ser Asp Val Val Pro Pro
145 150 155 160
Phe Ser Ala Phe Ser Pro Gln Gly Met Pro Glu Gly Asp Leu Val Tyr
165 170 175
Val Asn Tyr Ala Arg Thr Glu Asp Phe Phe Lys Leu Glu Arg Asp Met
180 185 190
Lys Ile Asn Cys Ser Gly Lys Ile Val Ile Ala Arg Tyr Gly Lys Val
195 200 205
Phe Arg Gly Asn Lys Val Lys Asn Ala Gln Leu Ala Gly Ala Thr Gly
210 215 220
Val Ile Leu Tyr Ser Asp Pro Ala Asp Tyr Phe Ala Pro Gly Val Lys
225 230 235 240
Ser Tyr Pro Asp Gly Trp Asn Leu Pro Gly Gly Gly Val Gln Arg Gly
245 250 255
Asn Ile Leu Asn Leu Asn Gly Ala Gly Asp Pro Leu Thr Pro Gly Tyr
260 265 270
Pro Ala Asn Glu Tyr Ala Tyr Arg Arg Gly Ile Ala Glu Ala Val Gly
275 280 285
Leu Pro Ser Ile Pro Val His Pro Ile Gly Tyr Tyr Asp Ala Gln Lys
290 295 300
Leu Leu Glu Lys Met Gly Gly Ser Ala Pro Pro Asp Ser Ser Trp Lys
305 310 315 320
Gly Ser Leu Lys Val Pro Tyr Asn Val Gly Pro Gly Phe Thr Gly Asn
325 330 335
Phe Ser Thr Gln Lys Val Lys Met His Ile His Ser Thr Ser Glu Val
340 345 350
Thr Arg Ile Tyr Asn Val Ile Gly Thr Leu Arg Gly Ala Val Glu Pro
355 360 365
Asp Arg Tyr Val Ile Leu Gly Gly His Arg Asp Ser Trp Val Phe Gly
370 375 380
Gly Ile Asp Pro Gln Ser Gly Ala Ala Val Val His Glu Ile Val Arg
385 390 395 400
Ser Phe Gly Thr Leu Lys Lys Glu Gly Trp Arg Pro Arg Arg Thr Ile
405 410 415
Leu Phe Ala Ser Trp Asp Ala Glu Glu Phe Gly Leu Leu Gly Ser Thr
420 425 430
Glu Trp Ala Glu Glu Asn Ser Arg Leu Leu Gln Glu Arg Gly Val Ala
435 440 445
Tyr Ile Asn Ala Asp Ser Ser Ile Glu Gly Asn Tyr Thr Leu Arg Val
450 455 460
Asp Cys Thr Pro Leu Met Tyr Ser Leu Val Tyr Asn Leu Thr Lys Glu
465 470 475 480
Leu Lys Ser Pro Asp Glu Gly Phe Glu Gly Lys Ser Leu Tyr Glu Ser
485 490 495
Trp Thr Glu Lys Ser Pro Ser Pro Glu Phe Ser Gly Met Pro Arg Ile
500 505 510
Ser Lys Leu Gly Ser Gly Asn Asp Phe Glu Val Phe Phe Gln Arg Leu
515 520 525
Gly Ile Ala Ser Gly Arg Ala Arg Tyr Thr Lys Asn Trp Glu Thr Asn
530 535 540
Lys Phe Ser Ser Tyr Pro Leu Tyr His Ser Val Tyr Glu Thr Tyr Glu
545 550 555 560
Leu Val Glu Lys Phe Tyr Asp Pro Thr Phe Lys Tyr His Leu Thr Val
565 570 575
Ala Gln Val Arg Gly Gly Met Val Phe Glu Leu Ala Asn Ser Ile Val
580 585 590
Leu Pro Phe Asp Cys Arg Asp Tyr Ala Val Val Leu Arg Lys Tyr Ala
595 600 605
Asp Lys Ile Tyr Asn Ile Ser Met Lys His Pro Gln Glu Met Lys Ala
610 615 620
Tyr Ser Val Ser Phe Asp Ser Leu Phe Ser Ala Val Lys Asn Phe Thr
625 630 635 640
Glu Ile Ala Ser Lys Phe Ser Glu Arg Leu Gln Asp Leu Asp Lys Ser
645 650 655
Asn Pro Ile Leu Leu Arg Ile Met Asn Asp Gln Leu Met Phe Leu Glu
660 665 670
Arg Ala Phe Ile Asp Pro Leu Gly Leu Pro Asp Arg Pro Phe Tyr Arg
675 680 685
His Val Ile Tyr Ala Pro Ser Ser His Asn Lys Tyr Ala Gly Glu Ser
690 695 700
Phe Pro Gly Ile Tyr Asp Ala Leu Phe Asp Ile Glu Ser Lys Val Asp
705 710 715 720
Pro Ser Lys Ala Trp Gly Glu Val Lys Arg Gln Ile Ser Ile Ala Ala
725 730 735
Phe Thr Val Gln Ala Ala Ala Glu Thr Leu Ser Glu Val Ala
740 745 750
<210> 7 <211> 2334
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность нуклеиновых кислот антигена PSМA 2
<400> 7
atggactgga catggattct gttcctggtc gccgccgcaa ctcgcgtgca ttcctggaac 60 gcactgcatg agactgattc tgctgtcgca ctgggacgga gaccccggtg gctgtgcgct 120
ggagcactgg tgctggccgg cgggggattc ctgctgggat tcctgtttgg ctggtttatc 180
aaaagctcca gcgaggctac caatattacc cctaagcaca ataagaaagc attcctggat 240
gaactgaaag ccgagaacat caagaaattc ctgtacaact tcacaagaat tccacatctg 300
gctggcactg agcagaactt ccagctggca aaacagatcc agagtcagtg gaaggaattt 360
gggctggact cagtggagct gacccactac gatgtcctgc tgtcctatcc aaataagact 420
catcccaact acatctctat cattaacgaa gacggaaatg agattttcaa cacctctctg 480
tttgaacccc ctccacccgg ctatgagaat gtcagtgacg tggtccctcc attctcagcc 540
ttcagccccc aggggatgcc tgagggagat ctggtgtacg tcaattatgc tagaacagaa 600
gacttcttta agctggagag ggatatgaaa atcaactgtt ccggcaagat cgtgattgcc 660
cggtacggga aggtgttcag aggaaataag gtcaaaaacg ctcagctggc cggagctacc 720
ggcgtgatcc tgtacagcga ccccgctgat tattttgcac ctggcgtgaa gtcctatcca 780
gacggatgga atctgcccgg cgggggagtg cagaggggaa acatcctgaa cctgaatgga 840
gccggcgatc ctctgactcc aggatacccc gccaacgaat acgcttatcg ccggggaatt 900
gcagaggccg tgggcctgcc tagcatccca gtccatccca ttggctatta cgatgcccag 960
aagctgctgg agaaaatggg cgggagcgct ccccctgact ctagttggaa gggctccctg 1020
aaagtgcctt acaatgtcgg gccaggattc actgggaact tttctaccca gaaggtgaaa 1080
atgcacatcc atagtaccag cgaggtgaca cgaatctaca acgtcattgg caccctgaga 1140
ggcgccgtgg agcctgatcg ctatgtcatt ctgggaggcc acagagactc atgggtgttc 1200
gggggaatcg atccacagag cggagcagct gtggtccatg aaattgtgcg cagctttggg 1260
accctgaaga aagagggatg gcgacccagg cgcacaatcc tgttcgcatc ctgggacgcc 1320
gaggaatttg ggctgctggg cagcacagaa tgggccgagg aaaattctcg cctgctgcag 1380
gagcgagggg tggcttacat caatgcagac tcaagcattg aaggaaacta taccctgcgg 1440
gtggattgca cacccctgat gtacagtctg gtctataacc tgacaaagga gctgaaatca 1500
cctgacgagg gcttcgaagg gaaaagcctg tacgaatcct ggactgagaa gagcccatcc 1560
cccgaattca gcggcatgcc taggatctct aagctgggca gtgggaacga ttttgaggtg 1620
ttctttcagc gcctgggaat tgcctctggc cgagctcggt acacaaaaaa ttgggagact 1680
aacaagttct cctcttaccc actgtatcac agcgtgtacg agacttatga actggtcgag 1740
aaattctacg accccacttt taagtatcat ctgaccgtgg cacaggtcag gggcgggatg 1800
gtgttcgaac tggccaatag catcgtcctg ccatttgact gtcgagatta cgctgtggtc 1860
ctgcggaagt acgcagacaa gatctataac atctccatga agcaccccca ggagatgaag 1920
gcctattctg tgagtttcga ttccctgttt tctgccgtca aaaatttcac cgaaatcgct 1980
agtaagtttt cagagcgcct gcaggacctg gataagtcca atcccatcct gctgcggatt 2040
atgaacgatc agctgatgtt cctggaaaga gcctttatcg accctctggg cctgcctgat 2100
agaccattct acaggcacgt gatctacgca cctagttcac ataacaagta cgccggcgag 2160
tctttcccag ggatctatga cgctctgttt gatattgaat caaaggtgga ccccagcaaa 2220
gcatggggcg aggtcaagag acagatcagc attgcagcct ttacagtgca ggccgccgcc 2280
gaaaccctgt ccgaagtcgc ttacccatac gatgtccccg attacgcatg ataa 2334
<210> 8
<211> 766
<212> БЕЛОК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность аминокислот антигена PSМA 2
<400> 8
Met Asp Trp Thr Trp Ile Leu Phe Leu Val Ala Ala Ala Thr Arg Val
1 5 10 15
His Ser Trp Asn Ala Leu His Glu Thr Asp Ser Ala Val Ala Leu Gly
20 25 30
Arg Arg Pro Arg Trp Leu Cys Ala Gly Ala Leu Val Leu Ala Gly Gly
35 40 45
Gly Phe Leu Leu Gly Phe Leu Phe Gly Trp Phe Ile Lys Ser Ser Ser
50 55 60
Glu Ala Thr Asn Ile Thr Pro Lys His Asn Lys Lys Ala Phe Leu Asp
65 70 75 80
Glu Leu Lys Ala Glu Asn Ile Lys Lys Phe Leu Tyr Asn Phe Thr Arg
85 90 95
Ile Pro His Leu Ala Gly Thr Glu Gln Asn Phe Gln Leu Ala Lys Gln
100 105 110
Ile Gln Ser Gln Trp Lys Glu Phe Gly Leu Asp Ser Val Glu Leu Thr
115 120 125
His Tyr Asp Val Leu Leu Ser Tyr Pro Asn Lys Thr His Pro Asn Tyr
130 135 140
Ile Ser Ile Ile Asn Glu Asp Gly Asn Glu Ile Phe Asn Thr Ser Leu
145 150 155 160
Phe Glu Pro Pro Pro Pro Gly Tyr Glu Asn Val Ser Asp Val Val Pro
165
170
175
Pro Phe Ser Ala Phe Ser Pro Gln Gly Met Pro Glu Gly Asp Leu Val
180 185 190
Tyr Val Asn Tyr Ala Arg Thr Glu Asp Phe Phe Lys Leu Glu Arg Asp
195 200 205
Met Lys Ile Asn Cys Ser Gly Lys Ile Val Ile Ala Arg Tyr Gly Lys
210 215 220
Val Phe Arg Gly Asn Lys Val Lys Asn Ala Gln Leu Ala Gly Ala Thr
225 230 235 240
Gly Val Ile Leu Tyr Ser Asp Pro Ala Asp Tyr Phe Ala Pro Gly Val
245 250 255
Lys Ser Tyr Pro Asp Gly Trp Asn Leu Pro Gly Gly Gly Val Gln Arg
260 265 270
Gly Asn Ile Leu Asn Leu Asn Gly Ala Gly Asp Pro Leu Thr Pro Gly
275 280 285
Tyr Pro Ala Asn Glu Tyr Ala Tyr Arg Arg Gly Ile Ala Glu Ala Val
290 295 300
Gly Leu Pro Ser Ile Pro Val His Pro Ile Gly Tyr Tyr Asp Ala Gln
305 310 315 320
Lys Leu Leu Glu Lys Met Gly Gly Ser Ala Pro Pro Asp Ser Ser Trp
325 330 335
Lys Gly Ser Leu Lys Val Pro Tyr Asn Val Gly Pro Gly Phe Thr Gly
340 345 350
Asn Phe Ser Thr Gln Lys Val Lys Met His Ile His Ser Thr Ser Glu
355 360 365
Val Thr Arg Ile Tyr Asn Val Ile Gly Thr Leu Arg Gly Ala Val Glu
370 375 380
Pro Asp Arg Tyr Val Ile Leu Gly Gly His Arg Asp Ser Trp Val Phe
385 390 395 400
Gly Gly Ile Asp Pro Gln Ser Gly Ala Ala Val Val His Glu Ile Val
405 410 415
Arg Ser Phe Gly Thr Leu Lys Lys Glu Gly Trp Arg Pro Arg Arg Thr
420 425 430
Ile Leu Phe Ala Ser Trp Asp Ala Glu Glu Phe Gly Leu Leu Gly Ser
435 440 445
Thr Glu Trp Ala Glu Glu Asn Ser Arg Leu Leu Gln Glu Arg Gly Val
450 455 460
Ala Tyr Ile Asn Ala Asp Ser Ser Ile Glu Gly Asn Tyr Thr Leu Arg
465 470 475 480
Val Asp Cys Thr Pro Leu Met Tyr Ser Leu Val Tyr Asn Leu Thr Lys
485 490 495
Glu Leu Lys Ser Pro Asp Glu Gly Phe Glu Gly Lys Ser Leu Tyr Glu
500 505 510
Ser Trp Thr Glu Lys Ser Pro Ser Pro Glu Phe Ser Gly Met Pro Arg
515 520 525
Ile Ser Lys Leu Gly Ser Gly Asn Asp Phe Glu Val Phe Phe Gln Arg
530 535 540
Leu Gly Ile Ala Ser Gly Arg Ala Arg Tyr Thr Lys Asn Trp Glu Thr
545 550 555 560
Asn Lys Phe Ser Ser Tyr Pro Leu Tyr His Ser Val Tyr Glu Thr Tyr
565 570 575
Glu Leu Val Glu Lys Phe Tyr Asp Pro Thr Phe Lys Tyr His Leu Thr
580 585 590
Val Ala Gln Val Arg Gly Gly Met Val Phe Glu Leu Ala Asn Ser Ile
595 600 605
Val Leu Pro Phe Asp Cys Arg Asp Tyr Ala Val Val Leu Arg Lys Tyr
610 615 620
Ala Asp Lys Ile Tyr Asn Ile Ser Met Lys His Pro Gln Glu Met Lys
625 630 635 640
Ala Tyr Ser Val Ser Phe Asp Ser Leu Phe Ser Ala Val Lys Asn Phe
645 650 655
Thr Glu Ile Ala Ser Lys Phe Ser Glu Arg Leu Gln Asp Leu Asp Lys
660 665 670
Ser Asn Pro Ile Leu Leu Arg Ile Met Asn Asp Gln Leu Met Phe Leu
675 680 685
Glu Arg Ala Phe Ile Asp Pro Leu Gly Leu Pro Asp Arg Pro Phe Tyr
690 695 700
Arg His Val Ile Tyr Ala Pro Ser Ser His Asn Lys Tyr Ala Gly Glu
705 710 715 720
Ser Phe Pro Gly Ile Tyr Asp Ala Leu Phe Asp Ile Glu Ser Lys Val
725 730 735
Asp Pro Ser Lys Ala Trp Gly Glu Val Lys Arg Gln Ile Ser Ile Ala
740 745 750
Ala Phe Thr Val Gln Ala Ala Ala Glu Thr Leu Ser Glu Val Ala
755 760 765
<210> 9 <211> 1023 <212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность нуклеиновых кислот антигена STEAP 1
<400> 9
atggagagcc gcaaggacat cacaaatcag gaagagctgt ggaagatgaa accacggaga 60
aacctggagg aagacgatta cctgcacaag gacaccggcg aaacaagtat gctgaaaaga 120
ccagtgctgc tgcacctgca tcagactgct catgcagacg agtttgattg cccctctgaa 180
ctgcagcaca cccaggagct gttcccacag tggcatctgc ccatcaagat tgccgctatc 240
attgcttcac tgacatttct gtatactctg ctgagagaag tgatccaccc tctggccacc 300
agccatcagc agtacttcta taagatccct attctggtca tcaacaaggt cctgccaatg 360
gtgagcatca cactgctggc cctggtctac ctgcctggcg tgatcgcagc cattgtccag 420
ctgcacaacg gaacaaagta caagaagttc ccacattggc tggataagtg gatgctgact 480
aggaaacagt tcgggctgct gtccttcttt ttcgccgtgc tgcacgctat ctacagcctg 540
tcctatccca tgaggcgctc ttaccgatat aagctgctga actgggctta ccagcaggtg 600
cagcagaaca aggaggacgc atggattgaa cacgatgtgt ggcggatgga aatctatgtg 660
tctctgggca ttgtcgggct ggccatcctg gctctgctgg cagtgaccag tatcccttct 720
gtcagtgact cactgacatg gcgcgagttt cactacattc agagcaagct gggaatcgtg 780
tccctgctgc tgggcaccat ccatgcactg atttttgcct ggaataagtg gatcgatatc 840
aagcagttcg tgtggtatac tccccctacc tttatgattg ccgtcttcct gcccatcgtg 900
gtcctgattt ttaagtccat cctgttcctg ccttgtctgc gaaagaaaat cctgaaaatc 960
cgacatgggt gggaagacgt gacaaaaatc aataagaccg aaatctcaag ccagctgtga 1020
taa 1023
<210> 10
<211> 339
<212> БЕЛОК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность аминокислот антигена STEAP 1
<400> 10
Met Glu Ser Arg Lys Asp Ile Thr Asn Gln Glu Glu Leu Trp Lys Met
1 5 10 15
Lys Pro Arg Arg Asn Leu Glu Glu Asp Asp Tyr Leu His Lys Asp Thr
20 25 30
Gly Glu Thr Ser Met Leu Lys Arg Pro Val Leu Leu His Leu His Gln
35 40 45
Thr Ala His Ala Asp Glu Phe Asp Cys Pro Ser Glu Leu Gln His Thr
50 55 60
Gln Glu Leu Phe Pro Gln Trp His Leu Pro Ile Lys Ile Ala Ala Ile
65 70 75 80
Ile Ala Ser Leu Thr Phe Leu Tyr Thr Leu Leu Arg Glu Val Ile His
85 90 95
Pro Leu Ala Thr Ser His Gln Gln Tyr Phe Tyr Lys Ile Pro Ile Leu
100 105 110
Val Ile Asn Lys Val Leu Pro Met Val Ser Ile Thr Leu Leu Ala Leu
115 120 125
Val Tyr Leu Pro Gly Val Ile Ala Ala Ile Val Gln Leu His Asn Gly
130 135 140
Thr Lys Tyr Lys Lys Phe Pro His Trp Leu Asp Lys Trp Met Leu Thr
145 150 155 160
Arg Lys Gln Phe Gly Leu Leu Ser Phe Phe Phe Ala Val Leu His Ala
165 170 175
Ile Tyr Ser Leu Ser Tyr Pro Met Arg Arg Ser Tyr Arg Tyr Lys Leu
180 185 190
Leu Asn Trp Ala Tyr Gln Gln Val Gln Gln Asn Lys Glu Asp Ala Trp
195 200 205
Ile Glu His Asp Val Trp Arg Met Glu Ile Tyr Val Ser Leu Gly Ile
210 215 220
Val Gly Leu Ala Ile Leu Ala Leu Leu Ala Val Thr Ser Ile Pro Ser
225 230 235 240
Val Ser Asp Ser Leu Thr Trp Arg Glu Phe His Tyr Ile Gln Ser Lys
245 250 255
Leu Gly Ile Val Ser Leu Leu Leu Gly Thr Ile His Ala Leu Ile Phe
260 265 270
Ala Trp Asn Lys Trp Ile Asp Ile Lys Gln Phe Val Trp Tyr Thr Pro
275 280 285
Pro Thr Phe Met Ile Ala Val Phe Leu Pro Ile Val Val Leu Ile Phe
290 295 300
Lys Ser Ile Leu Phe Leu Pro Cys Leu Arg Lys Lys Ile Leu Lys Ile
305 310 315 320
Arg His Gly Trp Glu Asp Val Thr Lys Ile Asn Lys Thr Glu Ile Ser
325 330 335
Ser Gln Leu
<210> 11 <211> 1074
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность нуклеиновых кислот антигена STEAP 2
<400> 11
atggactgga catggattct gtttctggtc gctgccgcaa cccgcgtgca ttcagagagc 60
cgcaaggaca tcacaaatca ggaagagctg tggaagatga aaccacggag aaacctggag 120
gaagacgatt acctgcacaa ggacaccggc gaaacaagta tgctgaaaag accagtgctg 180
ctgcacctgc atcagactgc tcatgcagac gagtttgatt gcccctctga actgcagcac 240
acccaggagc tgttcccaca gtggcatctg cccatcaaga ttgccgctat cattgcttca 300
ctgacatttc tgtatactct gctgagagaa gtgatccacc ctctggccac cagccatcag 360
cagtacttct ataagatccc tattctggtc atcaacaagg tcctgccaat ggtgagcatc 420
acactgctgg ccctggtcta cctgcctggc gtgatcgcag ccattgtcca gctgcacaac 480
ggaacaaagt acaagaagtt cccacattgg ctggataagt ggatgctgac taggaaacag 540
ttcgggctgc tgtccttctt tttcgccgtg ctgcacgcta tctacagcct gtcctatccc 600
atgaggcgct cttaccgata taagctgctg aactgggctt accagcaggt gcagcagaac 660
aaggaggacg catggattga acacgatgtg tggcggatgg aaatctatgt gtctctgggc 720
attgtcgggc tggccatcct ggctctgctg gcagtgacca gtatcccttc tgtcagtgac 780
tcactgacat ggcgcgagtt tcactacatt cagagcaagc tgggaatcgt gtccctgctg 840
ctgggcacca tccatgcact gatttttgcc tggaataagt ggatcgatat caagcagttc 900
gtgtggtata ctccccctac ctttatgatt gccgtcttcc tgcccatcgt ggtcctgatt 960
tttaagtcca tcctgttcct gccttgtctg cgaaagaaaa tcctgaaaat ccgacatggg 1020
tgggaagacg tgacaaaaat caataagacc gaaatctcaa gccagctgtg ataa 1074
<210> 12
<211> 356
<212> БЕЛОК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность аминокислот антигена STEAP 2
<400> 12
Met Asp Trp Thr Trp Ile Leu Phe Leu Val Ala Ala Ala Thr Arg Val
1 5 10 15
His Ser Glu Ser Arg Lys Asp Ile Thr Asn Gln Glu Glu Leu Trp Lys
20 25 30
Met Lys Pro Arg Arg Asn Leu Glu Glu Asp Asp Tyr Leu His Lys Asp
35 40 45
Thr Gly Glu Thr Ser Met Leu Lys Arg Pro Val Leu Leu His Leu His
50 55 60
Gln Thr Ala His Ala Asp Glu Phe Asp Cys Pro Ser Glu Leu Gln His
65 70 75 80
Thr Gln Glu Leu Phe Pro Gln Trp His Leu Pro Ile Lys Ile Ala Ala
85 90 95
Ile Ile Ala Ser Leu Thr Phe Leu Tyr Thr Leu Leu Arg Glu Val Ile
100 105 110
His Pro Leu Ala Thr Ser His Gln Gln Tyr Phe Tyr Lys Ile Pro Ile
115
120
125
Leu Val Ile Asn Lys Val Leu Pro Met Val Ser Ile Thr Leu Leu Ala
130 135 140
Leu Val Tyr Leu Pro Gly Val Ile Ala Ala Ile Val Gln Leu His Asn
145 150 155 160
Gly Thr Lys Tyr Lys Lys Phe Pro His Trp Leu Asp Lys Trp Met Leu
165 170 175
Thr Arg Lys Gln Phe Gly Leu Leu Ser Phe Phe Phe Ala Val Leu His
180 185 190
Ala Ile Tyr Ser Leu Ser Tyr Pro Met Arg Arg Ser Tyr Arg Tyr Lys
195 200 205
Leu Leu Asn Trp Ala Tyr Gln Gln Val Gln Gln Asn Lys Glu Asp Ala
210 215 220
Trp Ile Glu His Asp Val Trp Arg Met Glu Ile Tyr Val Ser Leu Gly
225 230 235 240
Ile Val Gly Leu Ala Ile Leu Ala Leu Leu Ala Val Thr Ser Ile Pro
245 250 255
Ser Val Ser Asp Ser Leu Thr Trp Arg Glu Phe His Tyr Ile Gln Ser
260 265 270
Lys Leu Gly Ile Val Ser Leu Leu Leu Gly Thr Ile His Ala Leu Ile
275 280 285
Phe Ala Trp Asn Lys Trp Ile Asp Ile Lys Gln Phe Val Trp Tyr Thr
290 295 300
Pro Pro Thr Phe Met Ile Ala Val Phe Leu Pro Ile Val Val Leu Ile
305 310 315 320
Phe Lys Ser Ile Leu Phe Leu Pro Cys Leu Arg Lys Lys Ile Leu Lys
325 330 335
Ile Arg His Gly Trp Glu Asp Val Thr Lys Ile Asn Lys Thr Glu Ile
340 345 350
Ser Ser Gln Leu
355
<210> 13
<211> 399
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность нуклеиновых кислот антигена PSCA
<400> 13
atggactgga catggattct gtttctggtc gccgccgcaa cccgcgtgca ttctgctggc 60
ctggcactgc agcctggaac cgccctgctg tgctactctt gtaaggccca ggtgagtaac 120
gaggactgcc tgcaggtcga aaattgtact cagctgggag agcagtgctg gaccgcacgg 180
atcagagcag tgggactgct gacagtcatt agcaaagggt gctccctgaa ctgtgtggac 240
gatagccagg attactatgt cggaaagaaa aacatcacct gctgtgacac agatctgtgt 300
aatgcttctg gcgcccacgc tctgcagccc gcagccgcta ttctggctct gctgcccgct 360
ctgggactgc tgctgtgggg acccggacag ctgtgataa 399
<210> 14
<211> 131
<212> БЕЛОК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность аминокислот антигена PSCA
<400> 14
Met Asp Trp Thr Trp Ile Leu Phe Leu Val Ala Ala Ala Thr Arg Val
1 5 10 15
His Ser Ala Gly Leu Ala Leu Gln Pro Gly Thr Ala Leu Leu Cys Tyr
20 25 30
Ser Cys Lys Ala Gln Val Ser Asn Glu Asp Cys Leu Gln Val Glu Asn
35 40 45
Cys Thr Gln Leu Gly Glu Gln Cys Trp Thr Ala Arg Ile Arg Ala Val
50 55 60
Gly Leu Leu Thr Val Ile Ser Lys Gly Cys Ser Leu Asn Cys Val Asp
65 70 75 80
Asp Ser Gln Asp Tyr Tyr Val Gly Lys Lys Asn Ile Thr Cys Cys Asp
85 90 95
Thr Asp Leu Cys Asn Ala Ser Gly Ala His Ala Leu Gln Pro Ala Ala
100 105 110
Ala Ile Leu Ala Leu Leu Pro Ala Leu Gly Leu Leu Leu Trp Gly Pro
115 120 125
Gly Gln Leu
130
<210> 15
<211> 54
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Лидерная последовательность нуклеиновых кислот IgE
<400> 15
atggactgga catggattct gtttctggtc gctgccgcaa cccgcgtgca ttca 54
<210> 16
<211> 17
<212> БЕЛОК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Лидерная последовательность аминокислот IgE
<400> 16
Met Trp Thr Trp Ile Leu Phe Leu Val Ala Ala Ala Thr Arg Val His
1 5 10 15
Ser
<210> 17
<211> 261
<212> БЕЛОК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> NP_001639.1_H.sapiens_PSA_iso1_preproprotein
<400> 17
Met Trp Val Pro Val Val Phe Leu Thr Leu Ser Val Thr Trp Ile Gly
1 5 10 15
Ala Ala Pro Leu Ile Leu Ser Arg Ile Val Gly Gly Trp Glu Cys Glu
20 25 30
Lys His Ser Gln Pro Trp Gln Val Leu Val Ala Ser Arg Gly Arg Ala
35 40 45
Val Cys Gly Gly Val Leu Val His Pro Gln Trp Val Leu Thr Ala Ala
50 55 60
His Cys Ile Arg Asn Lys Ser Val Ile Leu Leu Gly Arg His Ser Leu
65 70 75 80
Phe His Pro Glu Asp Thr Gly Gln Val Phe Gln Val Ser His Ser Phe
85 90 95
Pro His Pro Leu Tyr Asp Met Ser Leu Leu Lys Asn Arg Phe Leu Arg
100 105 110
Pro Gly Asp Asp Ser Ser His Asp Leu Met Leu Leu Arg Leu Ser Glu
115 120 125
Pro Ala Glu Leu Thr Asp Ala Val Lys Val Met Asp Leu Pro Thr Gln
130 135 140
Glu Pro Ala Leu Gly Thr Thr Cys Tyr Ala Ser Gly Trp Gly Ser Ile
145 150 155 160
Glu Pro Glu Glu Phe Leu Thr Pro Lys Lys Leu Gln Cys Val Asp Leu
165 170 175
His Val Ile Ser Asn Asp Val Cys Ala Gln Val His Pro Gln Lys Val
180 185 190
Thr Lys Phe Met Leu Cys Ala Gly Arg Trp Thr Gly Gly Lys Ser Thr
195 200 205
Cys Ser Gly Asp Ser Gly Gly Pro Leu Val Cys Asn Gly Val Leu Gln
210 215 220
Gly Ile Thr Ser Trp Gly Ser Glu Pro Cys Ala Leu Pro Glu Arg Pro
225 230 235 240
Ser Leu Tyr Thr Lys Val Val His Tyr Arg Lys Trp Ile Lys Asp Thr
245 250 255
Ile Val Ala Asn Pro
260
<210> 18
<211> 262
<212> БЕЛОК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> gb_AAA60193.1_H.sapiens_PSA
<400> 18
Met Trp Val Pro Val Val Phe Leu Thr Leu Ser Val Thr Trp Ile Gly
Ala Ala Pro Leu Ile Leu Ser Arg Ile Val Gly Gly Trp Glu Cys Glu
20 25 30
Lys His Ser Gln Pro Trp Gln Val Leu Val Ala Ser Arg Gly Arg Ala
35 40 45
Val Cys Gly Gly Val Leu Val His Pro Gln Trp Val Leu Thr Ala Ala
50 55 60
His Cys Ile Arg Lys Cys Lys Ser Val Ile Leu Leu Gly Arg His Ser
65 70 75 80
Leu Phe His Pro Glu Asp Thr Gly Gln Val Phe Gln Val Ser His Ser
85 90 95
Phe Pro His Pro Leu Tyr Asp Met Ser Leu Leu Lys Asn Arg Phe Leu
100 105 110
Arg Pro Gly Asp Asp Ser Ser His Asp Leu Met Leu Leu Arg Leu Ser
115 120 125
Glu Pro Ala Glu Leu Thr Asp Ala Val Lys Val Met Asp Leu Pro Thr
130 135 140
Gln Glu Pro Ala Leu Gly Thr Thr Cys Tyr Ala Ser Gly Trp Gly Ser
145 150 155 160
Ile Glu Pro Glu Glu Phe Leu Thr Pro Lys Lys Leu Gln Cys Val Asp
165 170 175
Leu His Val Ile Ser Asn Asp Val Cys Ala Gln Val His Pro Gln Lys
180 185 190
Val Thr Lys Phe Met Leu Cys Ala Gly Arg Trp Thr Gly Gly Lys Ser
195 200 205
Thr Cys Ser Gly Asp Ser Gly Gly Pro Leu Val Cys Asn Gly Val Leu
210 215 220
Gln Gly Ile Thr Ser Trp Gly Ser Glu Pro Cys Ala Leu Pro Glu Arg
225 230 235 240
Pro Ser Leu Tyr Thr Lys Val Val His Tyr Arg Lys Trp Ile Lys Asp
245 250 255
Thr Ile Val Ala Asn Pro
260
<210> 19
<211> 261
<212> БЕЛОК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Q6DT45.1_M.fascicularis_KLK3
<400> 19
Met Trp Val Leu Val Val Phe Leu Thr Leu Ser Val Thr Trp Ile Gly
1 5 10 15
Ala Ala Pro Leu Ile Leu Ser Arg Ile Val Gly Gly Trp Glu Cys Glu
20 25 30
Lys His Ser Gln Pro Trp Gln Val Leu Val Ala Ser His Gly Arg Ala
35 40 45
Val Cys Gly Gly Val Leu Val His Pro Gln Trp Val Leu Thr Ala Ala
50 55 60
His Cys Ile Arg Ser His Ser Val Ile Leu Leu Gly Arg His Asn Pro
65 70 75 80
Tyr Tyr Pro Glu Asp Thr Gly Gln Val Phe Gln Val Ser His Ser Phe
85 90 95
Pro His Pro Leu Tyr Asn Met Ser Leu Leu Lys Asn Arg Tyr Leu Gly
100 105 110
Pro Gly Asp Asp Ser Ser His Asp Leu Met Leu Leu Arg Leu Ser Glu
115 120 125
Pro Ala Glu Ile Thr Asp Ala Val Gln Val Leu Asp Leu Pro Thr Trp
130 135 140
Glu Pro Glu Leu Gly Thr Thr Cys Tyr Ala Ser Gly Trp Gly Ser Ile
145 150 155 160
Glu Pro Glu Glu His Leu Thr Pro Lys Lys Leu Gln Cys Val Asp Leu
165 170 175
His Ile Ile Ser Asn Asp Val Cys Ala Gln Val His Ser Gln Lys Val
180 185 190
Thr Lys Phe Met Leu Cys Ala Gly Ser Trp Met Gly Gly Lys Ser Thr
195 200 205
Cys Ser Gly Asp Ser Gly Gly Pro Leu Val Cys Asp Gly Val Leu Gln
210 215 220
Gly Ile Thr Ser Trp Gly Ser Gln Pro Cys Ala Leu Pro Arg Arg Pro
225 230 235 240
Ser Leu Tyr Thr Lys Val Val Arg Tyr Arg Lys Trp Ile Gln Asp Thr
245 250 255
Ile Met Ala Asn Pro
260
<210> 20
<211> 261
<212> БЕЛОК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> NP_001036241.1_M.mulatta_PSA_precursor
<400> 20
Met Trp Val Leu Val Val Phe Leu Thr Leu Ser Val Thr Trp Ile Gly
1 5 10 15
Ala Ala Pro Leu Ile Leu Ser Arg Ile Val Gly Gly Trp Glu Cys Glu
20 25 30
Lys His Ser Gln Pro Trp Gln Val Leu Val Ala Ser Arg Gly Arg Ala
35 40 45
Val Cys Gly Gly Val Leu Val His Pro Gln Trp Val Leu Thr Ala Ala
50 55 60
His Cys Ile Arg Ser Asn Ser Val Ile Leu Leu Gly Arg His Asn Pro
65 70 75 80
Tyr Tyr Pro Glu Asp Thr Gly Gln Val Phe Gln Val Ser His Ser Phe
85 90 95
Pro His Pro Leu Tyr Asn Met Ser Leu Leu Lys Asn Arg Tyr Leu Gly
100 105 110
Pro Gly Asp Asp Ser Ser His Asp Leu Met Leu Leu Arg Leu Ser Glu
115 120 125
Pro Ala Glu Ile Thr Asp Ala Val Gln Val Leu Asp Leu Pro Thr Trp
130 135 140
Glu Pro Glu Leu Gly Thr Thr Cys Tyr Ala Ser Gly Trp Gly Ser Ile
145 150 155 160
Glu Pro Glu Glu His Leu Thr Pro Lys Lys Leu Gln Cys Val Asp Leu
165 170 175
His Ile Ile Ser Asn Asp Val Cys Ala Gln Val His Ser Gln Lys Val
180 185 190
Thr Lys Phe Met Leu Cys Ala Gly Ser Trp Met Gly Gly Lys Ser Thr
195 200 205
Cys Ser Gly Asp Ser Gly Gly Pro Leu Val Cys Asp Gly Val Leu Gln
210 215 220
Gly Ile Thr Ser Trp Gly Ser Gln Pro Cys Ala Leu Pro Arg Arg Pro
225 230 235 240
Ser Leu Tyr Thr Lys Val Val Arg Tyr Arg Lys Trp Ile Gln Asp Thr
245 250 255
Ile Met Ala Asn Pro
260
<210> 21
<211> 244
<212> БЕЛОК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> AAZ82258.1_M.mulatta_PSA
<400> 21
Ala Pro Leu Ile Leu Ser Arg Ile Val Gly Gly Trp Glu Cys Glu Lys
1 5 10 15
His Ser Gln Pro Trp Gln Val Leu Val Ala Ser Arg Gly Arg Ala Val
20 25 30
Cys Gly Gly Val Leu Val His Pro Gln Trp Val Leu Thr Ala Ala His
35 40 45
Cys Ile Arg Ser Asn Ser Val Ile Leu Leu Gly Arg His Asn Pro Tyr
50 55 60
Tyr Pro Glu Asp Thr Gly Gln Val Phe Gln Val Ser His Ser Phe Pro
65 70 75 80
His Pro Leu Tyr Asn Met Ser Leu Leu Lys Asn Arg Tyr Leu Gly Pro
85 90 95
Gly Asp Asp Ser Ser His Asp Leu Met Leu Leu Arg Leu Ser Glu Pro
100 105 110
Ala Glu Ile Thr Asp Ala Val Gln Val Leu Asp Leu Pro Thr Trp Glu
115 120 125
Pro Glu Leu Gly Thr Thr Cys Tyr Ala Ser Gly Trp Gly Ser Ile Glu
130 135 140
Pro Glu Glu His Leu Thr Pro Lys Lys Leu Gln Cys Val Asp Leu His
145 150 155 160
Ile Ile Ser Asn Asp Val Cys Ala Gln Val His Ser Gln Lys Val Thr
165 170 175
Lys Phe Met Leu Cys Ala Gly Ser Trp Met Gly Gly Lys Ser Thr Cys
180 185 190
Ser Gly Asp Ser Gly Gly Pro Leu Val Cys Asp Gly Val Leu Gln Gly
195 200 205
Ile Thr Ser Trp Gly Ser Gln Pro Cys Ala Leu Pro Arg Arg Pro Ser
210 215 220
Leu Tyr Thr Lys Val Val Arg Tyr Arg Lys Trp Ile Gln Asp Thr Ile
225 230 235 240
Met Ala Asn Pro
<210> 22
<211> 750
<212> БЕЛОК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> NP_004467.1_Human_GCPII_iso1
<400> 22
Met Trp Asn Leu Leu His Glu Thr Asp Ser Ala Val Ala Thr Ala Arg
1 5 10 15
Arg Pro Arg Trp Leu Cys Ala Gly Ala Leu Val Leu Ala Gly Gly Phe
20 25 30
Phe Leu Leu Gly Phe Leu Phe Gly Trp Phe Ile Lys Ser Ser Asn Glu
35 40 45
Ala Thr Asn Ile Thr Pro Lys His Asn Met Lys Ala Phe Leu Asp Glu
50 55 60
Leu Lys Ala Glu Asn Ile Lys Lys Phe Leu Tyr Asn Phe Thr Gln Ile
65 70 75 80
Pro His Leu Ala Gly Thr Glu Gln Asn Phe Gln Leu Ala Lys Gln Ile
85 90 95
Gln Ser Gln Trp Lys Glu Phe Gly Leu Asp Ser Val Glu Leu Ala His
100 105 110
Tyr Asp Val Leu Leu Ser Tyr Pro Asn Lys Thr His Pro Asn Tyr Ile
115 120 125
Ser Ile Ile Asn Glu Asp Gly Asn Glu Ile Phe Asn Thr Ser Leu Phe
130 135 140
Glu Pro Pro Pro Pro Gly Tyr Glu Asn Val Ser Asp Ile Val Pro Pro
145 150 155 160
Phe Ser Ala Phe Ser Pro Gln Gly Met Pro Glu Gly Asp Leu Val Tyr
165 170 175
Val Asn Tyr Ala Arg Thr Glu Asp Phe Phe Lys Leu Glu Arg Asp Met
180 185 190
Lys Ile Asn Cys Ser Gly Lys Ile Val Ile Ala Arg Tyr Gly Lys Val
195 200 205
Phe Arg Gly Asn Lys Val Lys Asn Ala Gln Leu Ala Gly Ala Lys Gly
210 215 220
Val Ile Leu Tyr Ser Asp Pro Ala Asp Tyr Phe Ala Pro Gly Val Lys
225 230 235 240
Ser Tyr Pro Asp Gly Trp Asn Leu Pro Gly Gly Gly Val Gln Arg Gly
245 250 255
Asn Ile Leu Asn Leu Asn Gly Ala Gly Asp Pro Leu Thr Pro Gly Tyr
260 265 270
Pro Ala Asn Glu Tyr Ala Tyr Arg Arg Gly Ile Ala Glu Ala Val Gly
275 280 285
Leu Pro Ser Ile Pro Val His Pro Ile Gly Tyr Tyr Asp Ala Gln Lys
290 295 300
Leu Leu Glu Lys Met Gly Gly Ser Ala Pro Pro Asp Ser Ser Trp Arg
305 310 315 320
Gly Ser Leu Lys Val Pro Tyr Asn Val Gly Pro Gly Phe Thr Gly Asn
325 330 335
Phe Ser Thr Gln Lys Val Lys Met His Ile His Ser Thr Asn Glu Val
340 345 350
Thr Arg Ile Tyr Asn Val Ile Gly Thr Leu Arg Gly Ala Val Glu Pro
355 360 365
Asp Arg Tyr Val Ile Leu Gly Gly His Arg Asp Ser Trp Val Phe Gly
370 375 380
Gly Ile Asp Pro Gln Ser Gly Ala Ala Val Val His Glu Ile Val Arg
385 390 395 400
Ser Phe Gly Thr Leu Lys Lys Glu Gly Trp Arg Pro Arg Arg Thr Ile
405 410 415
Leu Phe Ala Ser Trp Asp Ala Glu Glu Phe Gly Leu Leu Gly Ser Thr
420 425 430
Glu Trp Ala Glu Glu Asn Ser Arg Leu Leu Gln Glu Arg Gly Val Ala
435 440 445
Tyr Ile Asn Ala Asp Ser Ser Ile Glu Gly Asn Tyr Thr Leu Arg Val
450 455 460
Asp Cys Thr Pro Leu Met Tyr Ser Leu Val His Asn Leu Thr Lys Glu
465 470 475 480
Leu Lys Ser Pro Asp Glu Gly Phe Glu Gly Lys Ser Leu Tyr Glu Ser
485 490 495
Trp Thr Lys Lys Ser Pro Ser Pro Glu Phe Ser Gly Met Pro Arg Ile
500 505 510
Ser Lys Leu Gly Ser Gly Asn Asp Phe Glu Val Phe Phe Gln Arg Leu
515 520 525
Gly Ile Ala Ser Gly Arg Ala Arg Tyr Thr Lys Asn Trp Glu Thr Asn
530 535 540
Lys Phe Ser Gly Tyr Pro Leu Tyr His Ser Val Tyr Glu Thr Tyr Glu
545 550 555 560
Leu Val Glu Lys Phe Tyr Asp Pro Met Phe Lys Tyr His Leu Thr Val
565 570 575
Ala Gln Val Arg Gly Gly Met Val Phe Glu Leu Ala Asn Ser Ile Val
580 585 590
Leu Pro Phe Asp Cys Arg Asp Tyr Ala Val Val Leu Arg Lys Tyr Ala
595 600 605
Asp Lys Ile Tyr Ser Ile Ser Met Lys His Pro Gln Glu Met Lys Thr
610 615 620
Tyr Ser Val Ser Phe Asp Ser Leu Phe Ser Ala Val Lys Asn Phe Thr
625 630 635 640
Glu Ile Ala Ser Lys Phe Ser Glu Arg Leu Gln Asp Phe Asp Lys Ser
645 650 655
Asn Pro Ile Val Leu Arg Met Met Asn Asp Gln Leu Met Phe Leu Glu
660 665 670
Arg Ala Phe Ile Asp Pro Leu Gly Leu Pro Asp Arg Pro Phe Tyr Arg
675 680 685
His Val Ile Tyr Ala Pro Ser Ser His Asn Lys Tyr Ala Gly Glu Ser
690 695 700
Phe Pro Gly Ile Tyr Asp Ala Leu Phe Asp Ile Glu Ser Lys Val Asp
705 710 715 720
Pro Ser Lys Ala Trp Gly Glu Val Lys Arg Gln Ile Tyr Val Ala Ala
725 730 735
Phe Thr Val Gln Ala Ala Ala Glu Thr Leu Ser Glu Val Ala
740 745 750
<210> 23
<211> 749
<212> БЕЛОК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Human_PSMA_AAC83 972.1
<400> 23
Met Trp Asn Leu Leu His Glu Thr Asp Ser Ala Val Ala Thr Ala Arg
1 5 10 15
Arg Pro Arg Trp Leu Cys Ala Gly Ala Leu Val Leu Ala Gly Gly Phe
20 25 30
Phe Leu Leu Gly Phe Leu Phe Gly Trp Phe Ile Lys Ser Ser Asn Glu
35 40 45
Ala Thr Asn Ile Thr Pro Lys His Asn Met Lys Ala Phe Leu Asp Glu
50 55 60
Leu Lys Ala Glu Asn Ile Lys Lys Phe Leu His Asn Phe Thr Gln Ile
65 70 75 80
Pro His Leu Ala Gly Thr Glu Gln Asn Phe Gln Leu Ala Lys Gln Ile
85 90 95
Gln Ser Gln Trp Lys Glu Phe Gly Leu Asp Ser Val Glu Leu Ala His
100 105 110
Tyr Asp Val Leu Leu Ser Tyr Pro Asn Lys Thr His Pro Asn Tyr Ile
115 120 125
Ser Ile Ile Asn Glu Asp Gly Asn Glu Ile Phe Asn Thr Ser Leu Phe
130 135 140
Glu Pro Pro Pro Pro Gly Tyr Glu Asn Val Ser Asp Ile Val Pro Pro
145 150 155 160
Phe Ser Ala Phe Ser Pro Gln Gly Met Pro Glu Gly Asp Leu Val Tyr
165 170 175
Val Asn Tyr Ala Arg Thr Glu Asp Phe Phe Lys Leu Glu Arg Asp Met
180 185 190
Lys Ile Asn Cys Ser Gly Lys Ile Val Ile Ala Arg Tyr Gly Lys Val
195 200 205
Phe Arg Gly Asn Lys Val Lys Asn Ala Gln Leu Ala Gly Ala Lys Gly
210 215 220
Val Ile Leu Tyr Ser Asp Pro Ala Asp Tyr Phe Ala Pro Gly Val Lys
225 230 235 240
Ser Tyr Pro Asp Gly Trp Asn Leu Pro Gly Gly Gly Val Gln Arg Gly
245 250 255
Asn Ile Leu Asn Leu Asn Gly Ala Gly Asp Pro Leu Thr Pro Gly Tyr
260 265 270
Pro Ala Asn Glu Tyr Ala Tyr Arg Arg Gly Ile Ala Glu Ala Val Gly
275 280 285
Leu Pro Ser Ile Pro Val His Pro Ile Gly Tyr Tyr Asp Ala Gln Lys
290 295 300
Leu Leu Glu Lys Met Gly Gly Ser Ala Pro Pro Asp Ser Ser Trp Arg
305 310 315 320
Gly Ser Leu Lys Val Pro Tyr Asn Val Gly Pro Gly Phe Thr Gly Asn
325 330 335
Phe Ser Thr Gln Lys Val Lys Met His Ile His Ser Thr Asn Glu Val
340 345 350
Thr Arg Ile Tyr Asn Val Ile Gly Thr Leu Arg Gly Ala Val Glu Pro
355 360 365
Asp Arg Tyr Val Ile Leu Gly Gly His Arg Asp Ser Trp Val Phe Gly
370 375 380
Gly Ile Asp Pro Gln Ser Gly Ala Ala Val Val His Glu Ile Val Arg
385 390 395 400
Ser Phe Gly Thr Leu Lys Lys Glu Gly Trp Arg Pro Arg Arg Thr Ile
405 410 415
Leu Phe Ala Ser Trp Asp Ala Glu Glu Phe Gly Leu Leu Gly Ser Thr
420 425 430
Glu Trp Ala Glu Glu Asn Ser Arg Leu Leu Gln Glu Arg Gly Val Ala
435 440 445
Tyr Ile Asn Ala Asp Ser Ser Ile Glu Gly Asn Tyr Thr Leu Arg Val
450 455 460
Asp Cys Thr Pro Leu Met Tyr Ser Leu Val His Asn Leu Thr Lys Glu
465 470 475 480
Leu Lys Ser Pro Asp Glu Gly Phe Glu Gly Lys Ser Leu Tyr Glu Ser
485 490 495
Trp Thr Lys Lys Ser Pro Ser Pro Glu Phe Ser Gly Met Pro Arg Ile
500
505
510
Ser Lys Leu Gly Ser Gly Asn Asp Phe Glu Val Phe Phe Gln Arg Leu
515 520 525
Gly Ile Ala Ser Gly Arg Ala Arg Tyr Thr Lys Asn Trp Glu Thr Asn
530 535 540
Phe Ser Gly Tyr Pro Leu Tyr His Ser Val Tyr Glu Thr Tyr Glu Leu
545 550 555 560
Val Glu Lys Phe Tyr Asp Pro Met Phe Lys Tyr His Leu Thr Val Ala
565 570 575
Gln Val Arg Gly Gly Met Val Phe Glu Leu Ala Asn Ser Ile Val Leu
580 585 590
Pro Phe Asp Cys Arg Asp Tyr Ala Val Val Leu Arg Lys Tyr Ala Asp
595 600 605
Lys Ile Tyr Ser Ile Ser Met Lys His Pro Gln Glu Met Lys Thr Tyr
610 615 620
Ser Val Ser Phe Asp Ser Leu Phe Ser Ala Val Lys Asn Phe Thr Glu
625 630 635 640
Ile Ala Ser Lys Phe Ser Glu Arg Leu Gln Asp Phe Asp Lys Ser Asn
645 650 655
Pro Ile Val Leu Arg Met Met Asn Asp Gln Leu Met Phe Leu Glu Arg
660 665 670
Ala Phe Ile Asp Pro Leu Gly Leu Pro Asp Arg Pro Phe Tyr Arg His
675 680 685
Val Ile Tyr Ala Pro Ser Ser His Asn Lys Tyr Ala Gly Glu Ser Phe
690 695 700
Pro Gly Ile Tyr Asp Ala Leu Phe Asp Ile Glu Ser Lys Val Asp Pro
705 710 715 720
Ser Lys Ala Trp Gly Glu Val Lys Arg Gln Ile Tyr Val Ala Ala Phe
725 730 735
Thr Val Gln Ala Ala Ala Glu Thr Leu Ser Glu Val Ala 740 745
<210> 24
<211> 735
<212> БЕЛОК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> M. mulatta_GCPII_iso1 XP_001096141.2
<400> 24
Met Ile Ala Gly Ser Ser Tyr Pro Leu Leu Leu Ala Ala Tyr Ala Cys
1 5 10 15
Thr Gly Cys Leu Ala Glu Arg Leu Gly Trp Phe Ile Lys Ser Ser Ser
20 25 30
Glu Ala Thr Asn Ile Thr Pro Lys His Asn Met Lys Ala Phe Leu Asp
35 40 45
Glu Leu Lys Ala Glu Asn Ile Lys Lys Phe Leu His Asn Phe Thr Gln
50 55 60
Ile Pro His Leu Ala Gly Thr Glu Gln Asn Phe Gln Leu Ala Lys Gln
65 70 75 80
Ile Gln Ser Gln Trp Lys Glu Phe Gly Leu Asp Ser Val Glu Leu Thr
85 90 95
His Tyr Asp Val Leu Leu Ser Tyr Pro Asn Lys Thr His Pro Asn Tyr
100 105 110
Ile Ser Ile Ile Asn Glu Asp Gly Asn Glu Ile Phe Asn Thr Ser Leu
115 120 125
Phe Glu Pro Pro Pro Ala Gly Tyr Glu Asn Val Ser Asp Ile Val Pro
130 135 140
Pro Phe Ser Ala Phe Ser Pro Gln Gly Met Pro Glu Gly Asp Leu Val
145 150 155 160
Tyr Val Asn Tyr Ala Arg Thr Glu Asp Phe Phe Lys Leu Glu Arg Asp
165 170 175
Met Lys Ile Asn Cys Ser Gly Lys Ile Val Ile Ala Arg Tyr Gly Lys
180 185 190
Val Phe Arg Gly Asn Lys Val Lys Asn Ala Gln Leu Ala Gly Ala Thr
195 200 205
Gly Val Ile Leu Tyr Ser Asp Pro Ala Asp Tyr Phe Ala Pro Gly Val
210
215
220
Lys Ser Tyr Pro Asp Gly Trp Asn Leu Pro Gly Gly Gly Val Gln Arg
225 230 235 240
Gly Asn Ile Leu Asn Leu Asn Gly Ala Gly Asp Pro Leu Thr Pro Gly
245 250 255
Tyr Pro Ala Asn Glu Tyr Ala Tyr Arg Arg Gly Met Ala Glu Ala Val
260 265 270
Gly Leu Pro Ser Ile Pro Val His Pro Ile Gly Tyr Tyr Asp Ala Gln
275 280 285
Lys Leu Leu Glu Lys Met Gly Gly Ser Ala Ser Pro Asp Ser Ser Trp
290 295 300
Arg Gly Ser Leu Lys Val Pro Tyr Asn Val Gly Pro Gly Phe Thr Gly
305 310 315 320
Asn Phe Ser Thr Gln Lys Val Lys Met His Ile His Ser Thr Ser Glu
325 330 335
Val Thr Arg Ile Tyr Asn Val Ile Gly Thr Leu Arg Gly Ala Val Glu
340 345 350
Pro Asp Arg Tyr Val Ile Leu Gly Gly His Arg Asp Ser Trp Val Phe
355 360 365
Gly Gly Ile Asp Pro Gln Ser Gly Ala Ala Val Val His Glu Ile Val
370 375 380
Arg Ser Phe Gly Thr Leu Lys Lys Glu Gly Trp Arg Pro Arg Arg Thr
385 390 395 400
Ile Leu Phe Ala Ser Trp Asp Ala Glu Glu Phe Gly Leu Leu Gly Ser
405 410 415
Thr Glu Trp Ala Glu Glu Asn Ser Arg Leu Leu Gln Glu Arg Gly Val
420 425 430
Ala Tyr Ile Asn Ala Asp Ser Ser Ile Glu Gly Asn Tyr Thr Leu Arg
435 440 445
Val Asp Cys Thr Pro Leu Met Tyr Ser Leu Val Tyr Asn Leu Thr Lys
450 455 460
Glu Leu Glu Ser Pro Asp Glu Gly Phe Glu Gly Lys Ser Leu Tyr Glu
465 470 475 480
Ser Trp Thr Lys Lys Ser Pro Ser Pro Glu Phe Ser Gly Met Pro Arg
485 490 495
Ile Ser Lys Leu Gly Ser Gly Asn Asp Phe Glu Val Phe Phe Gln Arg
500 505 510
Leu Gly Ile Ala Ser Gly Arg Ala Arg Tyr Thr Lys Asn Trp Glu Thr
515 520 525
Asn Lys Phe Ser Ser Tyr Pro Leu Tyr His Ser Val Tyr Glu Thr Tyr
530 535 540
Glu Leu Val Glu Lys Phe Tyr Asp Pro Met Phe Lys Tyr His Leu Thr
545 550 555 560
Val Ala Gln Val Arg Gly Gly Met Val Phe Glu Leu Ala Asn Ser Val
565 570 575
Val Leu Pro Phe Asp Cys Arg Asp Tyr Ala Val Val Leu Arg Lys Tyr
580 585 590
Ala Asp Lys Ile Tyr Asn Ile Ser Met Lys His Pro Gln Glu Met Lys
595 600 605
Thr Tyr Ser Val Ser Phe Asp Ser Leu Phe Ser Ala Val Lys Asn Phe
610 615 620
Thr Glu Ile Ala Ser Lys Phe Ser Glu Arg Leu Arg Asp Phe Asp Lys
625 630 635 640
Ser Asn Pro Ile Leu Leu Arg Met Met Asn Asp Gln Leu Met Phe Leu
645 650 655
Glu Arg Ala Phe Ile Asp Pro Leu Gly Leu Pro Asp Arg Pro Phe Tyr
660 665 670
Arg His Val Ile Tyr Ala Pro Ser Ser His Asn Lys Tyr Ala Gly Glu
675 680 685
Ser Phe Pro Gly Ile Tyr Asp Ala Leu Phe Asp Ile Glu Ser Lys Val
690 695 700
Asp Pro Ser Gln Ala Trp Gly Glu Val Lys Arg Gln Ile Ser Ile Ala
705 710 715 720
Thr Phe Thr Val Gln Ala Ala Ala Glu Thr Leu Ser Glu Val Ala
725 730 735
<210> 25
<211> 704
<212> БЕЛОК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> M. mulatta_GCPII_iso2_XP_002799784.1
<400> 25
Met Ile Ala Gly Ser Ser Tyr Pro Leu Leu Leu Ala Ala Tyr Ala Cys
1 5 10 15
Thr Gly Cys Leu Ala Glu Arg Leu Gly Trp Phe Ile Lys Ser Ser Ser
20 25 30
Glu Ala Thr Asn Ile Thr Pro Lys His Asn Met Lys Ala Phe Leu Asp
35 40 45
Glu Leu Lys Ala Glu Asn Ile Lys Lys Phe Leu His Asn Phe Thr Gln
50 55 60
Ile Pro His Leu Ala Gly Thr Glu Gln Asn Phe Gln Leu Ala Lys Gln
65 70 75 80
Ile Gln Ser Gln Trp Lys Glu Phe Gly Leu Asp Ser Val Glu Leu Thr
85 90 95
His Tyr Asp Val Leu Leu Ser Tyr Pro Asn Lys Thr His Pro Asn Tyr
100 105 110
Ile Ser Ile Ile Asn Glu Asp Gly Asn Glu Ile Phe Asn Thr Ser Leu
115 120 125
Phe Glu Pro Pro Pro Ala Gly Tyr Glu Asn Val Ser Asp Ile Val Pro
130 135 140
Pro Phe Ser Ala Phe Ser Pro Gln Gly Met Pro Glu Gly Asp Leu Val
145 150 155 160
Tyr Val Asn Tyr Ala Arg Thr Glu Asp Phe Phe Lys Leu Glu Arg Asp
165 170 175
Met Lys Ile Asn Cys Ser Gly Lys Ile Val Ile Ala Arg Tyr Gly Lys
180 185 190
Val Phe Arg Gly Asn Lys Val Lys Asn Ala Gln Leu Ala Gly Ala Thr
195 200 205
Gly Val Ile Leu Tyr Ser Asp Pro Ala Asp Tyr Phe Ala Pro Gly Val
210 215 220
Lys Ser Tyr Pro Asp Gly Trp Asn Leu Pro Gly Gly Gly Val Gln Arg
225 230 235 240
Gly Asn Ile Leu Asn Leu Asn Gly Ala Gly Asp Pro Leu Thr Pro Gly
245 250 255
Tyr Pro Ala Asn Glu Tyr Ala Tyr Arg Arg Gly Met Ala Glu Ala Val
260 265 270
Gly Leu Pro Ser Ile Pro Val His Pro Ile Gly Tyr Tyr Asp Ala Gln
275 280 285
Lys Leu Leu Glu Lys Met Gly Gly Ser Ala Ser Pro Asp Ser Ser Trp
290 295 300
Arg Gly Ser Leu Lys Val Pro Tyr Asn Val Gly Pro Gly Phe Thr Gly
305 310 315 320
Asn Phe Ser Thr Gln Lys Val Lys Met His Ile His Ser Thr Ser Glu
325 330 335
Val Thr Arg Ile Tyr Asn Val Ile Gly Thr Leu Arg Gly Ala Val Glu
340 345 350
Pro Asp Arg Tyr Val Ile Leu Gly Gly His Arg Asp Ser Trp Val Phe
355 360 365
Gly Gly Ile Asp Pro Gln Ser Gly Ala Ala Val Val His Glu Ile Val
370 375 380
Arg Ser Phe Gly Thr Leu Lys Lys Glu Gly Trp Arg Pro Arg Arg Thr
385 390 395 400
Ile Leu Phe Ala Ser Trp Asp Ala Glu Glu Phe Gly Leu Leu Gly Ser
405 410 415
Thr Glu Trp Ala Glu Glu Asn Ser Arg Leu Leu Gln Glu Arg Gly Val
420 425 430
Ala Tyr Ile Asn Ala Asp Ser Ser Ile Glu Gly Asn Tyr Thr Leu Arg
435 440 445
Val Asp Cys Thr Pro Leu Met Tyr Ser Leu Val Tyr Asn Leu Thr Lys
450 455 460
Glu Leu Glu Ser Pro Asp Glu Gly Phe Glu Gly Lys Ser Leu Tyr Glu
465 470 475 480
Ser Trp Thr Lys Lys Ser Pro Ser Pro Glu Phe Ser Gly Met Pro Arg
485 490 495
Ile Ser Lys Leu Gly Ser Gly Asn Asp Phe Glu Val Phe Phe Gln Arg
500 505 510
Leu Gly Ile Ala Ser Gly Arg Ala Arg Tyr Thr Lys Asn Trp Glu Thr
515 520 525
Asn Lys Phe Ser Ser Tyr Pro Leu Tyr His Ser Val Tyr Glu Thr Tyr
530 535 540
Glu Leu Val Glu Lys Phe Tyr Asp Pro Met Phe Lys Tyr His Leu Thr
545 550 555 560
Val Ala Gln Val Arg Gly Gly Met Val Phe Glu Leu Ala Asn Ser Val
565 570 575
Val Leu Pro Phe Asp Cys Arg Asp Tyr Ala Val Val Leu Arg Lys Tyr
580 585 590
Ala Asp Lys Ile Tyr Asn Ile Ser Met Lys His Pro Gln Glu Met Lys
595 600 605
Thr Tyr Ser Val Ser Phe Asp Ser Leu Phe Ser Ala Val Lys Asn Phe
610 615 620
Thr Glu Ile Ala Ser Lys Phe Ser Glu Arg Leu Arg Asp Phe Asp Lys
625 630 635 640
Ser Lys His Val Ile Tyr Ala Pro Ser Ser His Asn Lys Tyr Ala Gly
645 650 655
Glu Ser Phe Pro Gly Ile Tyr Asp Ala Leu Phe Asp Ile Glu Ser Lys
660 665 670
Val Asp Pro Ser Gln Ala Trp Gly Glu Val Lys Arg Gln Ile Ser Ile
675 680 685
Ala Thr Phe Thr Val Gln Ala Ala Ala Glu Thr Leu Ser Glu Val Ala
690 695 700
<210> 26
<211> 339
<212> БЕЛОК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> NP036581.1_Human_STEAP1
<400> 26
Met Glu Ser Arg Lys Asp Ile Thr Asn Gln Glu Glu Leu Trp Lys Met
1 5 10 15
Lys Pro Arg Arg Asn Leu Glu Glu Asp Asp Tyr Leu His Lys Asp Thr
20 25 30
Gly Glu Thr Ser Met Leu Lys Arg Pro Val Leu Leu His Leu His Gln
35 40 45
Thr Ala His Ala Asp Glu Phe Asp Cys Pro Ser Glu Leu Gln His Thr
50 55 60
Gln Glu Leu Phe Pro Gln Trp His Leu Pro Ile Lys Ile Ala Ala Ile
65 70 75 80
Ile Ala Ser Leu Thr Phe Leu Tyr Thr Leu Leu Arg Glu Val Ile His
85 90 95
Pro Leu Ala Thr Ser His Gln Gln Tyr Phe Tyr Lys Ile Pro Ile Leu
100 105 110
Val Ile Asn Lys Val Leu Pro Met Val Ser Ile Thr Leu Leu Ala Leu
115 120 125
Val Tyr Leu Pro Gly Val Ile Ala Ala Ile Val Gln Leu His Asn Gly
130 135 140
Thr Lys Tyr Lys Lys Phe Pro His Trp Leu Asp Lys Trp Met Leu Thr
145 150 155 160
Arg Lys Gln Phe Gly Leu Leu Ser Phe Phe Phe Ala Val Leu His Ala
165 170 175
Ile Tyr Ser Leu Ser Tyr Pro Met Arg Arg Ser Tyr Arg Tyr Lys Leu
180 185 190
Leu Asn Trp Ala Tyr Gln Gln Val Gln Gln Asn Lys Glu Asp Ala Trp
195 200 205
Ile Glu His Asp Val Trp Arg Met Glu Ile Tyr Val Ser Leu Gly Ile
210 215 220
Val Gly Leu Ala Ile Leu Ala Leu Leu Ala Val Thr Ser Ile Pro Ser
225 230 235 240
Val Ser Asp Ser Leu Thr Trp Arg Glu Phe His Tyr Ile Gln Ser Lys
245 250 255
Leu Gly Ile Val Ser Leu Leu Leu Gly Thr Ile His Ala Leu Ile Phe
260 265 270
Ala Trp Asn Lys Trp Ile Asp Ile Lys Gln Phe Val Trp Tyr Thr Pro
275 280 285
Pro Thr Phe Met Ile Ala Val Phe Leu Pro Ile Val Val Leu Ile Phe
290 295 300
Lys Ser Ile Leu Phe Leu Pro Cys Leu Arg Lys Lys Ile Leu Lys Ile
305 310 315 320
Arg His Gly Trp Glu Asp Val Thr Lys Ile Asn Lys Thr Glu Ile Cys
325 330 335
Ser Gln Leu
<210> 27
<211> 339
<212> БЕЛОК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> EAL24167.1_Human_STEAP1
<400> 27
Met Glu Ser Arg Lys Asp Ile Thr Asn Gln Glu Glu Leu Trp Lys Met
1 5 10 15
Lys Pro Arg Arg Asn Leu Glu Glu Asp Asp Tyr Leu His Lys Asp Thr
20 25 30
Gly Glu Thr Ser Met Leu Lys Arg Pro Val Leu Leu His Leu Gln Gln
35 40 45
Thr Ala His Ala Asp Glu Phe Asp Cys Pro Ser Glu Leu Gln His Thr
50 55 60
Gln Glu Leu Phe Pro Gln Trp His Leu Pro Ile Lys Ile Ala Ala Ile
65 70 75 80
Ile Ala Ser Leu Thr Phe Leu Tyr Thr Leu Leu Arg Glu Val Ile His
85 90 95
Pro Leu Ala Thr Ser His Gln Gln Tyr Phe Tyr Lys Ile Pro Ile Leu
100 105 110
Val Ile Asn Lys Val Leu Pro Met Val Ser Ile Thr Leu Leu Ala Leu
115 120 125
Val Tyr Leu Pro Gly Val Ile Ala Ala Ile Val Gln Leu His Asn Gly
130 135 140
Thr Lys Tyr Lys Lys Phe Pro His Trp Leu Asp Lys Trp Met Leu Thr
145 150 155 160
Arg Lys Gln Phe Gly Leu Leu Ser Phe Phe Phe Ala Val Leu His Ala
165 170 175
Ile Tyr Ser Leu Ser Tyr Pro Met Arg Arg Ser Tyr Arg Tyr Lys Leu
180 185 190
Leu Asn Trp Ala Tyr Gln Gln Val Gln Gln Asn Lys Glu Asp Ala Trp
195 200 205
Ile Glu His Asp Val Trp Arg Met Glu Ile Tyr Val Ser Leu Gly Ile
210 215 220
Val Gly Leu Ala Ile Leu Ala Leu Leu Ala Val Thr Ser Ile Pro Ser
225 230 235 240
Val Ser Asp Ser Leu Thr Trp Arg Glu Phe His Tyr Ile Gln Ser Lys
245 250 255
Leu Gly Ile Val Ser Leu Leu Leu Gly Thr Ile His Ala Leu Ile Phe
260 265 270
Ala Trp Asn Lys Trp Ile Asp Ile Lys Gln Phe Val Trp Tyr Thr Pro
275 280 285
Pro Thr Phe Met Ile Ala Val Phe Leu Pro Ile Val Val Leu Ile Phe
290 295 300
Lys Ser Ile Leu Phe Leu Pro Cys Leu Arg Lys Lys Ile Leu Lys Ile
305 310 315 320
Arg His Gly Trp Glu Asp Val Thr Lys Ile Asn Lys Thr Glu Ile Cys
325 330 335
Ser Gln Leu
<210> 28
<211> 339
<212> БЕЛОК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> XP001103605.1_M.mulatta_STEAP1_iso3
<400> 28
Met Glu Ser Arg Lys Asp Ile Thr Asn Glu Glu Glu Leu Trp Lys Met
1 5 10 15
Lys Pro Arg Arg Asn Leu Glu Glu Asp Asp Tyr Leu His Lys Asp Thr
20 25 30
Gly Glu Thr Ser Met Leu Lys Arg Pro Val Leu Leu His Leu His Gln
35 40 45
Thr Ala His Ala Asp Glu Phe Asp Cys Pro Ser Glu Leu Gln His Thr
50 55 60
Gln Glu Leu Phe Pro Gln Trp His Leu Pro Ile Lys Ile Ala Ala Ile
65 70 75 80
Ile Ala Ser Leu Thr Phe Leu Tyr Thr Leu Leu Arg Glu Val Ile His
85 90 95
Pro Leu Ala Thr Ser His Gln Gln Tyr Phe Tyr Lys Ile Pro Ile Leu
100 105 110
Val Ile Asn Lys Val Leu Pro Met Val Ser Ile Thr Leu Leu Ala Leu
115 120 125
Val Tyr Leu Pro Gly Val Ile Ala Ala Ile Val Gln Leu His Asn Gly
130 135 140
Thr Lys Tyr Lys Lys Phe Pro His Trp Leu Asp Lys Trp Met Leu Thr
145 150 155 160
Arg Lys Gln Phe Gly Leu Leu Ser Phe Phe Phe Ala Val Leu His Ala
165 170 175
Ile Tyr Ser Leu Ser Tyr Pro Met Arg Arg Ser Tyr Arg Tyr Lys Leu
180 185 190
Leu Asn Trp Ala Tyr Gln Gln Val Gln Gln Asn Lys Glu Asp Ala Trp
195 200 205
Ile Glu His Asp Val Trp Arg Met Glu Ile Tyr Val Ser Leu Gly Ile
210 215 220
Val Gly Leu Ala Ile Leu Ala Leu Leu Ala Val Thr Ser Ile Pro Ser
225 230 235 240
Val Ser Asp Ser Leu Thr Trp Arg Glu Phe His Tyr Ile Gln Ser Lys
245 250 255
Leu Gly Ile Val Ser Leu Leu Leu Ala Thr Ile His Ala Leu Ile Phe
260 265 270
Ala Trp Asn Lys Trp Ile Asp Ile Lys Gln Phe Val Trp Tyr Thr Pro
275 280 285
Pro Thr Phe Met Ile Ala Val Phe Leu Pro Val Val Val Leu Ile Phe
290 295 300
Lys Ser Ile Leu Phe Leu Pro Cys Leu Arg Lys Lys Ile Leu Lys Ile
305 310 315 320
Arg His Gly Trp Glu Asp Val Thr Lys Ile Asn Lys Met Glu Ile Ser
325 330 335
Ser Gln Leu
<210> 29
<211> 259
<212> БЕЛОК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<2 2 3> EAW937 51.1_Human_STEAP1_CRAb
<400> 29
Met Glu Ser Arg Lys Asp Ile Thr Asn Gln Glu Glu Ile Trp Lys Met
1 5 10 15
Lys Pro Arg Arg Asn Leu Glu Asp Asn Asp Tyr Leu His Lys Asp Thr
20 25 30
Gly Glu Thr Ser Met Leu Lys Arg Pro Val Leu Leu His Leu Gln Gln
35 40 45
Thr Ala His Ala Asp Glu Phe Asp Cys Pro Ser Glu Leu Gln His Ala
50 55 60
Gln Glu Leu Phe Pro Gln Trp His Leu Pro Ile Lys Ile Ala Ala Val
65 70 75 80
Met Ala Ser Leu Thr Phe Leu Tyr Thr Leu Leu Arg Glu Val Ile His
85 90 95
Pro Leu Ala Thr Ser His Gln Gln Tyr Phe Tyr Lys Ile Pro Ile Leu
100 105 110
Val Ile Asn Lys Val Leu Pro Met Val Ser Ile Thr Leu Leu Ala Leu
115 120 125
Val Tyr Leu Pro Gly Val Ile Ala Ala Ile Val Gln Val His Asn Gly
130 135 140
Thr Lys Tyr Lys Lys Phe Pro His Trp Leu Asp Lys Trp Met Leu Thr
145 150 155 160
Arg Lys Gln Phe Gly Leu Leu Ser Leu Phe Phe Ala Val Leu His Ala
165 170 175
Ile Tyr Thr Leu Ser Tyr Ala Met Arg Arg Ser Tyr Arg Tyr Lys Leu
180 185 190
Leu Asn Trp Ala Tyr Gln Gln Val Gln Gln Asn Lys Glu Asp Ala Trp
195 200 205
Ile Glu His Asp Val Trp Arg Met Glu Ile Tyr Val Ser Leu Gly Ile
210 215 220
Val Gly Leu Ala Ile Leu Ala Leu Leu Ala Val Thr Ser Ile Pro Ser
225 230 235 240
Val Ser Asp Ser Leu Thr Trp Arg Glu Phe His Tyr Ile Gln Arg Leu
245 250 255
Leu Gln Glu
<210> 30
<211> 258
<212> БЕЛОК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> EAW93749.1_Human_STEAP1_CRAa <400> 30
Met Glu Ser Arg Lys Asp Ile Thr Asn Gln Glu Glu Ile Trp Lys Met
1 5 10 15
Lys Pro Arg Arg Asn Leu Glu Asp Asn Asp Tyr Leu His Lys Asp Thr
20 25 30
Gly Glu Thr Ser Met Leu Lys Arg Pro Val Leu Leu His Leu Gln Gln
35 40 45
Thr Ala His Ala Asp Glu Phe Asp Cys Pro Ser Glu Leu Gln His Ala
50 55 60
Gln Glu Leu Phe Pro Gln Trp His Leu Pro Ile Lys Ile Ala Ala Val
65 70 75 80
Met Ala Ser Leu Thr Phe Leu Tyr Thr Leu Leu Arg Glu Val Ile His
85 90 95
Pro Leu Ala Thr Ser His Gln Gln Tyr Phe Tyr Lys Ile Pro Ile Leu
100 105 110
Val Ile Asn Lys Val Leu Pro Met Val Ser Ile Thr Leu Leu Ala Leu
115 120 125
Val Tyr Leu Pro Gly Val Ile Ala Ala Ile Val Gln Val His Asn Gly
130 135 140
Thr Lys Tyr Lys Lys Phe Pro His Trp Leu Asp Lys Trp Met Leu Thr
145 150 155 160
Arg Lys Gln Phe Gly Leu Leu Ser Leu Phe Phe Ala Val Leu His Ala
165 170 175
Ile Tyr Thr Leu Ser Tyr Ala Met Arg Arg Ser Tyr Arg Tyr Lys Leu
180 185 190
Leu Asn Trp Ala Tyr Gln Gln Val Gln Gln Asn Lys Glu Asp Ala Trp
195 200 205
Ile Glu His Asp Val Trp Arg Met Glu Ile Tyr Val Ser Leu Gly Ile
210 215 220
Val Gly Leu Ala Ile Leu Ala Leu Leu Ala Val Thr Ser Ile Pro Ser
225 230 235 240
Val Ser Asp Ser Leu Thr Trp Arg Glu Phe His Tyr Ile Gln Val Asn
245 250 255
Asn Ile
<210> 31
<211> 114
<212> БЕЛОК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> NP_005663.2_Human_PSCA
<400> 31
Met Ala Gly Leu Ala Leu Gln Pro Gly Thr Ala Leu Leu Cys Tyr Ser
1 5 10 15
Cys Lys Ala Gln Val Ser Asn Glu Asp Cys Leu Gln Val Glu Asn Cys
20 25 30
Thr Gln Leu Gly Glu Gln Cys Trp Thr Ala Arg Ile Arg Ala Val Gly
35 40 45
Leu Leu Thr Val Ile Ser Lys Gly Cys Ser Leu Asn Cys Val Asp Asp
50 55 60
Ser Gln Asp Tyr Tyr Val Gly Lys Lys Asn Ile Thr Cys Cys Asp Thr
65 70 75 80
Asp Leu Cys Asn Ala Ser Gly Ala His Ala Leu Gln Pro Ala Ala Ala
85 90 95
Ile Leu Ala Leu Leu Pro Ala Leu Gly Leu Leu Leu Trp Gly Pro Gly
100 105 110
Gln Leu
<210> 31
<211> 9
<212> БЕЛОК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Марекр НА последовательности аминокислот
<400> 31
Tyr Pro Tyr Asp Val Pro Asp Tyr Ala 1 5
ФОРМУЛА ИЗОБРЕТЕНИЯ
1. Молекула нуклеиновой кислоты для индукции иммунного ответа против антигена рака предстательной железы, содержащая одну или более нуклеотидных последовательностей, кодирующих один или более белков, выбранных из:
а) белка с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO: 2 или гомологичной ей на 98% после-
довательностью, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 69, 78, 80, 82, 102, 110, 137, 139,
165, 189, 203, 220, 232 и 248 последовательности SEQ ID NO: 2, или иммуногенного фрагмента последо-
вательности SEQ ID NO: 2, содержащего по меньшей мере 256 аминокислотных остатков последователь-
ности SEQ ID NO: 2, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 69, 78, 80, 82, 102, 110, 137,
139, 165, 189, 203, 220, 232 и 248 последовательности SEQ ID NO: 2;
б) белка с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO: 4 или гомологичной ей на 98% по-
следовательностью, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 21, 86, 127, 129, 154, 156,
182, 195, 206, 218, 220, 237, 249, 255, 265, 271 и 275 последовательности SEQ ID NO: 4, или иммуноген-
ного фрагмента последовательности SEQ ID NO: 4, содержащего по меньшей мере 274 аминокислотных
остатка последовательности SEQ ID NO: 4, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 21,
86, 127, 129, 154, 156, 182, 195, 206, 218, 220, 237, 249, 255, 265, 271 и 275 последовательности SEQ ID
NO: 4.
2. Молекула нуклеиновой кислоты по п.1, дополнительно содержащая одну или более нуклеотид-ных последовательностей, кодирующих один или более белков, выбранных из:
в) белка с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO: 6 или гомологичной ей на 98% после-
довательностью, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 14, 15, 32, 47, 58, 79, 111, 157,
223, 320, 350, 475, 499, 569, 613, 624, 653, 660, 663, 733 и 734 последовательности SEQ ID NO: 6, или им-
муногенного фрагмента последовательности SEQ ID NO: 6, содержащего по меньшей мере 735 амино-
кислотных остатков последовательности SEQ ID NO: 6, при условии, что сохранились аминокислотные
остатки 14, 15, 32, 47, 58, 79, 111, 157, 223, 320, 350, 475, 499, 569, 613, 624, 653, 660, 663, 733 и 734 по-
следовательности SEQ ID NO: 6;
г) белка с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO: 8 или гомологичной ей на 98% после-
довательностью, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 20, 30, 31, 48, 63, 74, 95, 127,
173, 239, 336, 366, 491, 515, 564, 585, 629, 640, 669, 676, 679, 749 и 750 последовательности SEQ ID NO: 8,
или иммуногенного фрагмента последовательности SEQ ID NO: 8, содержащего по меньшей мере 751
аминокислотный остаток последовательности SEQ ID NO: 8, при условии, что сохранились аминокис-
лотные остатки 20, 30, 31, 48, 63, 74, 95, 127, 173, 239, 336, 366, 491, 515, 564, 585, 629, 640, 669, 676, 679,
749 и 750 последовательности SEQ ID NO: 8.
3. Молекула нуклеиновой кислоты по любому из пп.1 или 2, кодирующая один или более белков с последовательностями, выбранными из SEQ ID NO: 2 и SEQ ID NO: 4.
4. Молекула нуклеиновой кислоты по п.1, содержащая одну или более нуклеотидных последовательностей, выбранных из:
а) последовательности SEQ ID NO: 1 или гомологичной ей на 98% последовательности;
б) последовательности SEQ ID NO: 3 или гомологичной ей на 98% последовательности.
5. Молекула нуклеиновой кислоты по п.4, дополнительно содержащая одну или более нуклеотид-ных последовательностей, выбранных из:
в) последовательности, образованной нуклеотидами 1-2250 последовательности SEQ ID NO: 5, или
гомологичной на 98% последовательности, образованной указанными нуклеотидами;
г) последовательности, образованной нуклеотидами 1-2301 последовательности SEQ ID NO: 7, или
гомологичной на 98% последовательности, образованной указанными нуклеотидами.
6. Молекула нуклеиновой кислоты по любому из пп.4 или 5, содержащая одну или более нуклео-тидных последовательностей, выбранных из SEQ ID NO: 1 и SEQ ID NO: 3.
7. Плазмида, содержащая молекулу нуклеиновой кислоты по любому из пп.1-6.
8. Вектор экспрессии, содержащий молекулу нуклеиновой кислоты по любому из пп.1-6, причем одна или более указанных молекул функционально связаны с регуляторными элементами.
9. Способ лечения пациента, у которого диагностирован рак предстательной железы, включающий введение пациенту молекулы нуклеиновой кислоты по любому из пп.1-6.
10. Белок для индукции иммунного ответа против антигена рака предстательной железы, выбран-
ный из:
а) белка с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO: 2 или гомологичной ей на 98% после-
довательностью, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 69, 78, 80, 82, 102, 110, 137, 139,
165, 189, 203, 220, 232 и 248 последовательности SEQ ID NO: 2, или иммуногенного фрагмента последо-
вательности SEQ ID NO: 2, содержащего по меньшей мере 256 аминокислотных остатков последователь-
ности SEQ ID NO: 2, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 69, 78, 80, 82, 102, 110, 137,
139, 165, 189, 203, 220, 232 и 248 последовательности SEQ ID NO: 2;
б) белка с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO: 4 или гомологичной ей на 98% по-
следовательностью, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 21, 86, 127, 129, 154, 156, 182, 195, 206, 218, 220, 237, 249, 255, 265, 271 и 275 последовательности SEQ ID NO: 4, или иммуногенного фрагмента последовательности SEQ ID NO: 4, содержащего по меньшей мере 274 аминокислотных остатка последовательности SEQ ID NO: 4, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 21, 86, 127, 129, 154, 156, 182, 195, 206, 218, 220, 237, 249, 255, 265, 271 и 275 последовательности SEQ ID NO: 4.
11. Белок для индукции иммунного ответа против антигена рака предстательной железы, выбранный из:
в) белка с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO: 6 или гомологичной ей на 98% после-
довательностью, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 14, 15, 32, 47, 58, 79, 111, 157,
223, 320, 350, 475, 499, 569, 613, 624, 653, 660, 663, 733 и 734 последовательности SEQ ID NO: 6, или им-
муногенного фрагмента последовательности SEQ ID NO: 6, содержащего по меньшей мере 735 амино-
кислотных остатков последовательности SEQ ID NO: 6, при условии, что сохранились аминокислотные
остатки 14, 15, 32, 47, 58, 79, 111, 157, 223, 320, 350, 475, 499, 569, 613, 624, 653, 660, 663, 733 и 734 по-
следовательности SEQ ID NO: 6;
г) белка с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO: 8 или гомологичной ей на 98% после-
довательностью, при условии, что сохранились аминокислотные остатки 20, 30, 31, 48, 63, 74, 95, 127,
173, 239, 336, 366, 491, 515, 564, 585, 629, 640, 669, 676, 679, 749 и 750 последовательности SEQ ID NO: 8,
или иммуногенного фрагмента последовательности SEQ ID NO: 8, содержащего по меньшей мере 751
аминокислотный остаток последовательности SEQ ID NO: 8, при условии, что сохранились аминокис-
лотные остатки 20, 30, 31, 48, 63, 74, 95, 127, 173, 239, 336, 366, 491, 515, 564, 585, 629, 640, 669, 676, 679,
749 и 750 последовательности SEQ ID NO: 8.
12. Белок по п.10, включающий аминокислотную последовательность, выбранную из SEQ ID NO: 2
и SEQ ID NO: 4.
13. Способ лечения пациента, у которого диагностирован рак предстательной железы, включающий введение пациенту белка по любому из пп.10-12.
14. Фармацевтическая композиция для профилактики и лечения рака предстательной железы, содержащая молекулу нуклеиновой кислоты по любому из пп.1-8 и фармацевтически приемлемый эксци-пиент.
Евразийская патентная организация, ЕАПВ Россия, 109012, Москва, Малый Черкасский пер., 2
027315
027315
- 1 -
- 1 -
027315
027315
- 1 -
- 1 -
027315
027315
- 1 -
- 1 -
027315
027315
- 1 -
- 1 -
027315
027315
- 1 -
- 1 -
027315
027315
- 1 -
- 1 -
027315
027315
- 1 -
- 1 -
027315
027315
- 4 -
- 3 -
027315
027315
- 22 -
- 22 -
027315
027315
- 22 -
- 22 -
027315
027315
- 23 -
- 23 -
027315
027315
- 23 -
- 23 -
027315
027315
- 29 -
027315
027315
- 29 -
027315
027315
- 31 -
027315
027315
- 32 -
- 32 -
027315
027315
- 33 -
- 33 -
027315
027315
- 33 -
- 33 -
027315
027315
- 35 -
- 35 -
027315
027315
- 38 -
- 38 -
027315
027315
- 38 -
- 38 -
027315
027315
- 40 -
- 40 -
027315
027315
- 44 -
- 44 -
027315
027315
- 44 -
- 44 -
027315
027315
- 45 -
- 45 -
027315
027315
- 47 -
- 47 -
027315
027315
- 58 -
- 58 -
027315
027315
- 58 -
- 58 -
027315
027315
- 60 -
- 60 -
027315
027315
- 60 -
- 60 -
027315
027315
¦ 71
¦ 71
027315
027315
- 72 -
- 72 -
027315
027315
- 73 -
- 73 -
027315
027315
- 75 -
- 75 -
027315
027315
- 76 -
- 76 -