[RU]

Настоящее изобретение охватывает новые последовательности искусственных олигонуклеотидов, которые могут инициировать транскрипцию генов в различных условиях на высоком уровне. Кроме того, изобретение касается рекомбинантных фрагментов ДНК, включающих последовательности искусственных олигонуклеотидов, экспрессирующих плазмид, содержащих фрагменты рекомбинантной ДНК, и клеток-хозяев, трансформированных фрагментами рекомбинантной ДНК.

(57) Реферат / Формула:

Настоящее изобретение охватывает новые последовательности искусственных олигонуклеотидов, которые могут инициировать транскрипцию генов в различных условиях на высоком уровне. Кроме того, изобретение касается рекомбинантных фрагментов ДНК, включающих последовательности искусственных олигонуклеотидов, экспрессирующих плазмид, содержащих фрагменты рекомбинантной ДНК, и клеток-хозяев, трансформированных фрагментами рекомбинантной ДНК.

---

Евразийское (21) 201791156 (13) A1
патентное
ведомство
(12) ОПИСАНИЕ ИЗОБРЕТЕНИЯ К ЕВРАЗИЙСКОЙ ЗАЯВКЕ
(43) Дата публикации заявки (51) Int. Cl. C12N15/67(2006.01)
2017.09.29 C12N15/81 (2006.01)
(22) Дата подачи заявки 2015.11.16
(54) ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ ДЛЯ ПРИМЕНЕНИЯ В КОНСТРУИРОВАНИИ ПУТЕЙ
(31) 14195026.1
(32) 2014.11.26
(33) EP
(86) PCT/EP2015/076715
(87) WO 2016/083180 2016.06.02
(71) Заявитель:
КЛАРИАНТ ИНТЕРНЭШНЛ ЛТД. (CH)
(72) Изобретатель:
Драгович Здравко, Райзингер Кристоф, Диц Хайко (DE)
(74) Представитель:
Бадаева Т.Н., Фелицына С.Б. (RU)
(57) Настоящее изобретение охватывает новые последовательности искусственных олигонуклеоти-дов, которые могут инициировать транскрипцию генов в различных условиях на высоком уровне. Кроме того, изобретение касается рекомбинантных фрагментов ДНК, включающих последовательности искусственных олигонуклеотидов, экспресси-рующих плазмид, содержащих фрагменты реком-бинантной ДНК, и клеток-хозяев, трансформированных фрагментами рекомбинантной ДНК.
1710652
ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ ДЛЯ ПРИМЕНЕНИЯ В КОНСТРУИРОВАНИИ ПУТЕЙ
Настоящее изобретение охватывает новые последовательности искусственных олигонуклеотидов, которые могут инициировать транскрипцию генов в различных условиях на высоком уровне. Кроме того, изобретение касается рекомбинантных фрагментов ДНК, включающих последовательности искусственных олигонуклеотидов, экспрессирующих плазмид, содержащих рекомбинантные фрагменты ДНК, и клеток-хозяев, трансформированных рекомбинантными фрагментами ДНК.
Дрожжи Saccharomyces и в более узком смысле вида S. cerevisiae применяются уже тысячи лет для производства хлеба и алкогольных напитков типа саке, вина или пива. За весь этот длительный период промышленного применения дрожжи приспособились к технологическим условиям и могут переносить механические воздействия в биореакторах, ингибирующие вещества и продукты ферментации. Кроме того, они устойчивы к колебаниям температуры и могут сбраживать сахара при низких значениях рН, что сводит к минимуму риск загрязнения. Помимо этого, S. cerevisiae является ключевой лабораторной модельной системой и легко поддаются генетическим модификациям и вообще считаются безопасными - имеют статус GRAS. Имеется широкий набор генетических инструментов для S. cerevisiae и хорошо изучены многие внутриклеточные процессы, как-то метаболизм, секреция, транспорт, сигнализация и другие пути, что способствует успешному конструированию дрожжей для разнообразного применения.
Введение мультиферментных путей требует особенно точного контроля за уровнем экспрессии генов, в особенности ключевых ферментов, которые могут быть гетерологичными или собственными, чтобы довести до максимума утилизацию субстрата и/или образование продуктов. При этом транскрипционный контроль имеет место на уровне последовательности олигонуклеотида - промотора, находящегося в вышерасположенном участке гена. Таким образом, сила и регуляция промотора являются критическими точками для метаболической инженерии.
Поскольку эндогенные промоторы обычно не полностью осуществляют необходимый непрерывный транскрипционный контроль и поэтому не доводят до максимума уровни транскрипции, достижимые внутри клетки, то решающим шагом при инженерии дрожжей является правильный выбор промотора.
В данной области известны различные типы промоторов.
Индуцибельные или дерепрессируемые промоторы обеспечивают высокий уровень транскрипционного контроля, но они зависят от индуктора или заданных технологических
условий. Регулируемые промоторы лимитируются выработкой токсических белков или построением путей с токсическими промежуточными продуктами. Кроме того, известно, что большинство промоторов существующего уровня техники позволяют контролировать транскрипцию лишь одной конкретной группы генов.
Таким образом, промоторы, известные специалистам в данной области, всегда имеют определенные недостатки, которые серьезно ограничивают их использование лишь несколькими конкретными применениями.
Поэтому авторы настоящего изобретения поставили перед собой задачу разработать новые и улучшенные промоторы, обеспечивающие высокий уровень транскрипционного контроля для разнообразных генов, которые хорошо подходят для промышленного применения.
Авторы настоящего изобретения неожиданно обнаружили, что эта задача может быть решена при помощи:
последовательности олигонуклеотида, характеризующегося тем, что он повышает скорость транскрипции РНК, типа фрагментов матричной РНК, кодирующих белки из группы, состоящей из ферментов, структурных белков, коферментов, переносчиков, антител, гормонов и регуляторов, типа фрагментов регуляторной РНК, типа фрагментов ферментативно активной РНК или типа фрагментов транспортной РНК, причем данная последовательность олигонуклеотида по меньшей мере на 80% идентична последовательности SEQ ID NO: 1.
Номенклатура аминокислот, пептидов, нуклеотидов и нуклеиновых кислот в настоящей заявке соответствует рекомендациям IUPAC. Как правило, в этом документе аминокислоты именуются в соответствии с однобуквенным кодом.
Термин "олигонуклеотид" в настоящем изобретении следует понимать как одноцепочечную или двухцепочечную молекулу ДНК или РНК, содержащую от 2 до 1 ООО нуклеотидов, предпочтительно от 10 до 900 нуклеотидов, более предпочтительно от 50 до 850 нуклеотидов и наиболее предпочтительно от 100 до 820 нуклеотидов.
Термины "ДНК" и "РНК" хорошо известны специалистам в данной области. ДНК содержит дезоксирибозу, а РНК содержит рибозу (у дезоксирибозы нет гидроксильной группы, присоединенной к пентозному кольцу в положении 2'). Комплементарным основанием для аденина является не тимин, как в ДНК, а урацил, который является неметилированной формой тимина.
Олигонуклеотиды по настоящему изобретению имеют нуклеотидную последовательность, которая по меньшей мере на 80%, предпочтительно по меньшей мере на 82%, более предпочтительно по меньшей мере на 85%, особенно предпочтительно по
меньшей мере на 90%, еще более предпочтительно по меньшей мере на 92%, еще предпочтительней по меньшей мере на 95%, еще более предпочтительно по меньшей мере на 98% и наиболее предпочтительно по меньшей мере на 99% идентична последовательности SEQ ID NO: 1.
В особенно предпочтительном воплощении нуклеотидную последовательность выбирают из группы, состоящей из SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6 и SEQ ID NO: 7.
Олигонуклеотиды по настоящему изобретению повышают скорость транскрипции некоторых фрагментов РНК. При этом термин "повышение скорости транскрипции" следует понимать как повышение по сравнению с олигонуклеотидом с активностью промотора из существующего уровня техники. "Повышение скорости транскрипции" обычно определяется следующим образом:
RTLj
где: RTLi - относительный уровень транскрипта в репортер ной системе, контролируемой олигонуклеотидом по изобретению,
RTLs - относительный уровень транскрипта в репортерной системе, контролируемой олигонуклеотидом из существующего уровня техники.
При этом относительный уровень транскрипта измеряется как концентрация РНК в клеточном экстракте репортерной системы относительно концентрации РНК гена домашнего хозяйства в том же клеточном экстракте.
При этом RTLi и RTLs определяются с использованием одного и того же типа клеток-хозяев, где клетки-хозяева трансформируют по меньшей мере одним рекомбинантным фрагментом ДНК, включающим соответствующий олигонуклеотид, и клетки- хозяева культивируют в идентичных условиях существующего уровня техники, причем клетки-хозяева собирают в экспоненциальной фазе роста.
В предпочтительном воплощении скорость транскрипции повышается по меньшей мере в 2 раза при выращивании дрожжевых клеток-хозяев, предпочтительно S. cerevisiae, трансформированных по меньшей мере одним рекомбинантным фрагментом ДНК, включающим олигонуклеотид по настоящему изобретению, как минимум на двух субстратах, выбранных из группы, состоящей из глюкозы, маннозы, фруктозы, галактозы, ксилозы, арабинозы, сахарозы, трегалозы, рафинозы, глицерина, этанола, ацетата и лактата. Повышение определяется следующим образом:
где: RTLie - относительный уровень транскрипта матричной РНК, кодирующей SEQ ID NO: 17, контролируемой олигонуклеотидом SEQ ID NO: 1,
RTLse - относительный уровень транскрипта матричной РНК, кодирующей SEQ ID NO: 17, контролируемой олигонуклеотидом SEQ ID NO: 9.
При этом относительный уровень транскрипта измеряется как концентрация матричной РНК, кодирующей SEQ ID NO: 17, в экстракте дрожжевых (S. cerevisiae) клеток относительно концентрации матричной РНК гена домашнего хозяйства, кодирующего актин в том же экстракте дрожжевых клеток.
При этом RTLie и RTLse определяются с использованием одного и того же типа дрожжевых клеток-хозяев (S. cerevisiae), где дрожжевые клетки-хозяева трансформируют по меньшей мере одним рекомбинантным фрагментом ДНК, включающим соответствующий олигонуклеотид, и дрожжевые и клетки-хозяева культивируют в идентичных условиях существующего уровня техники, причем дрожжевые клетки-хозяева собирают в экспоненциальной фазе роста.
В одном особенно предпочтительном воплощении настоящего изобретения скорость транскрипции гена в дрожжевых клетках-хозяевах, трансформированных по меньшей мере одним рекомбинантным фрагментом ДНК, включающим олигонуклеотид по настоящему изобретению, повышается по меньшей мере в 2 раза, более предпочтительно по меньшей мере в 4 раза, особенно предпочтительно по меньшей мере в 6 раз и наиболее предпочтительно по меньшей мере в 10 раз при выращивании дрожжевых клеток-хозяев как минимум на двух субстратах, выбранных из группы, состоящей из глюкозы, маннозы, фруктозы, галактозы, ксилозы, арабинозы, сахарозы, трегалозы, рафинозы, глицерина, этанола, ацетата и лактата.
В другом особенно предпочтительном воплощении настоящего изобретения скорость транскрипции гена в клетках-хозяевах повышается по меньшей мере в 2 раза, предпочтительно по меньшей мере в 4 раза, более предпочтительно по меньшей мере в 6 раз, особенно предпочтительно по меньшей мере в 8 раз и наиболее предпочтительно по меньшей мере в 10 раз при выращивании клеток-хозяев как минимум на двух субстратах, выбранных из группы, состоящей из глюкозы, маннозы, фруктозы, ксилозы, сахарозы, глицерина и этанола.
В еще одном особенно предпочтительном воплощении настоящего изобретения скорость транскрипции гена в клетках-хозяевах повышается по меньшей мере в 2 раза, предпочтительно по меньшей мере в 4 раза, более предпочтительно по меньшей мере в 6 раз, особенно предпочтительно по меньшей мере в 8 раз и наиболее предпочтительно по меньшей мере в 10 раз при выращивании клеток-хозяев как минимум на двух субстратах,
выбранных из группы, состоящей из глюкозы, маннозы, глицерина, этанола и ксилозы.
Другим преимуществом олигонуклеотидов по настоящему изобретению является то, что они повышают ферментативную активность ферментов, кодируемых РНК, контролируемой этими олигонуклеотидами. При этом термин "степень повышения активности фермента" следует понимать как повышение по сравнению с олигонуклеотидом с активностью промотора из существующего уровня техники. "Степень повышения активности фермента" обычно определяется следующим образом:
EAj
где: EAi - активность фермента в репортерной системе, контролируемой олигонуклеотидом по изобретению,
EAs - активность фермента в репортерной системе, контролируемой олигонуклеотидом из существующего уровня техники.
При этом активность фермента измеряется в виде количества субстрата, преобразованного за 1 минуту при заданном количестве клеточного экстракта, за вычетом фоновой активности репортерной системы.
При этом EAi и EAs определяются с использованием одного и того же типа клеток-хозяев, где клетки-хозяева трансформируют по меньшей мере одним рекомбинантным фрагментом ДНК, включающим соответствующий олигонуклеотид, и клетки-хозяева культивируют в идентичных условиях существующего уровня техники, причем клетки-хозяева собирают в экспоненциальной фазе роста.
В предпочтительном воплощении активность фермента повышается по меньшей мере в 2 раза при выращивании дрожжевых клеток-хозяев, предпочтительно S. cerevisiae, трансформированных по меньшей мере одним рекомбинантным фрагментом ДНК, включающим олигонуклеотид по настоящему изобретению, как минимум на двух субстратах, выбранных из группы, состоящей из глюкозы, маннозы, фруктозы, галактозы, ксилозы, арабинозы, сахарозы, трегалозы, рафинозы, глицерина, этанола, ацетата и лактата.
Повышение определяется следующим образом: ЕА1е
где: EAie - активность фермента у белка SEQ ID NO: 17, контролируемого олигонуклеотидом SEQ ID NO: 1, или его варианта с последовательностью, по меньшей мере на 80% идентичной SEQ ID NO: 1,
EAse - активность фермента у белка SEQ ID NO: 17, контролируемого
олигонуклеотидом SEQ ID NO: 9.
При этом активность фермента измеряется в виде количества ксилозы, преобразованного за 1 минуту при заданном количестве клеточного экстракта, за вычетом фоновой активности репортерной системы.
При этом EAie и EAse определяются с использованием одного и того же типа клеток-хозяев (S. cerevisiae), где клетки-хозяева трансформируют по меньшей мере одним рекомбинантным фрагментом ДНК, включающим соответствующий олигонуклеотид, и клетки-хозяева культивируют в идентичных условиях существующего уровня техники, причем клетки-хозяева собирают в экспоненциальной фазе роста.
В одном особенно предпочтительном воплощении настоящего изобретения активность фермента в дрожжевых клетках-хозяевах, трансформированных по меньшей мере одним рекомбинантным фрагментом ДНК, включающим олигонуклеотид по настоящему изобретению, повышается по меньшей мере в 2 раза, предпочтительно по меньшей мере в 4 раза, более предпочтительно по меньшей мере в 6 раз, особенно предпочтительно по меньшей мере в 8 раз и наиболее предпочтительно по меньшей мере в 10 раз при выращивании дрожжевых клеток-хозяев как минимум на двух субстратах, выбранных из группы, состоящей из глюкозы, маннозы, фруктозы, галактозы, ксилозы, арабинозы, сахарозы, трегалозы, рафинозы, глицерина, этанола, ацетата и лактата.
В другом особенно предпочтительном воплощении настоящего изобретения активность фермента в клетках-хозяевах повышается по меньшей мере в 2 раза, предпочтительно по меньшей мере в 4 раза, более предпочтительно по меньшей мере в 6 раз, особенно предпочтительно по меньшей мере в 8 раз и наиболее предпочтительно по меньшей мере в 10 раз при выращивании клеток-хозяев как минимум на двух субстратах, выбранных из группы, состоящей из глюкозы, маннозы, фруктозы, ксилозы, сахарозы, глицерина и этанола.
В еще одном особенно предпочтительном воплощении настоящего изобретения активность фермента в клетках-хозяевах повышается по меньшей мере в 2 раза, предпочтительно по меньшей мере в 4 раза, более предпочтительно по меньшей мере в 6 раз, особенно предпочтительно по меньшей мере в 8 раз и наиболее предпочтительно по меньшей мере в 10 раз при выращивании клеток-хозяев как минимум на двух субстратах, выбранных из группы, состоящей из глюкозы, маннозы, глицерина, этанола и ксилозы.
В настоящем изобретении термин "фрагмент регуляторной РНК" (фрагмент рРНК) следует понимать как цепочку РНК, которая обладает способностью подавлять экспрессию гена будучи комплементарной к какой-то части мРНК или ДНК гена. Примером "фрагментов рРНК" является микроРНК (миРНК), которая действует
посредством РНК-интерференции (RNAi), причем эффекторный комплекс миРНК с ферментами может расщеплять комплементарную мРНК, блокировать трансляцию мРНК или ускорять её деградацию. Сама мРНК тоже может содержать регуляторные элементы типа рибопереключателей в 5 '-нетранслируемой области или 3 '-нетранслируемой области; эти цис-регуляторные элементы регулируют активность этой мРНК. Нетранслируемые участки также могут содержать элементы, регулирующие другие гены.
В настоящем изобретении термин "фрагмент ферментативно активной РНК" следует понимать как РНК, которая входит в состав белкового комплекса, способного катализировать ферментативные реакции в клетке, типа рибосомной РНК или такой РНК, которая сама образует каталитически активный комплекс типа рибозима (фермента из рибонуклеиновой кислоты).
В настоящем изобретении термин "фрагмент транспортной РНК" (фрагмент тРНК) следует понимать как небольшую цепочку РНК примерно из 80 нуклеотидов, которая обладает способностью переносить определенную аминокислоту на растущую полипептидную цепь в рибосомальном сайте синтеза белка во время трансляции. Она содержит сайты для прикрепления аминокислот и антикодоновый участок для распознавания кодона, который связывается с определенной последовательностью на цепочке матричной РНК посредством водородных связей.
В настоящем изобретении термин "фрагмент матричной РНК" (фрагмент мРНК) следует понимать как небольшую цепочку РНК, которая обладает способностью переносить информацию о последовательности белка на рибосомы. Каждые три нуклеотида (кодон) соответствуют одной аминокислоте. В эукариотических клетках, как только предшественница мРНК (пре-мРНК) транскрибируется из ДНК, она преобразуется в зрелую мРНК. При этом из нее удаляются интроны - некодирующие участки пре-мРНК. Затем мРНК экспортируется из ядра в цитоплазму, где она связывается с рибосомами и подвергается трансляции в соответствующую белковую форму с помощью тРНК. В прокариотических клетках, которые не имеют ядра и цитоплазматических компартментов, мРНК может связываться с рибосомами в то время, когда она транскрибируется с ДНК. По прошествии определенного времени матричная РНК подвергается деградации на ее составные нуклеотиды под действием рибонуклеаз.
В настоящем изобретении термин "структурные белки" относится к таким белкам, которые придают неподвижность и жесткость биологическим компонентам, находящимся в жидком состоянии. Предпочтительные структурные белки выбирают из группы, состоящей из таких волокнистых белков, как коллаген, эластин и кератин; и таких глобулярных белков, как актин и тубулин. Другие белки, которые выполняют
структурные функции и понимаются в качестве "структурных белков" в настоящем изобретении, - это моторные белки, как-то миозин, кинезин и динеин, которые способны генерировать механические силы.
Предпочтительные фрагменты РНК, кодирующие структурные белки, выбирают из группы, состоящей из актина, эластина, филамина, коллагена, миозина, ламина.
Предпочтительные фрагменты РНК, кодирующие коферменты, выбирают из числа фрагментов РНК, кодирующих полипептиды, которые подвергаются посттрансляционной модификации. Примерами являются триптофан-триптофилхинон (TTQ) и 4-метилиден-имидазол-5-он (МО).
Предпочтительные фрагменты РНК, кодирующие переносчики, выбирают из числа фрагментов РНК, кодирующих переносчики типа унипорта, симпорта и антипорта, протонные насосы, ионные каналы и аквапорины.
Предпочтительные фрагменты РНК, кодирующие антитела, выбирают из числа фрагментов РНК, кодирующих IgA, IgD, IgE, EgG, IgM, IgY и IgW.
Предпочтительные фрагменты РНК, кодирующие гормоны, выбирают из числа фрагментов РНК, кодирующих небольшие пептидные гормоны типа TRH и вазопрессина; инсулин; гормон роста; гликопротеидные гормоны, такие как лютеинизирующий гормон, фолликулостимулирующий гормон и тиреотропный гормон.
Предпочтительные фрагменты РНК, кодирующие регуляторы, выбирают из числа фрагментов РНК, кодирующих рецепторы, факторы транскрипции, метаболические рецепторы, зрительные рецепторы, электрорецепторы, механические рецепторы и преобразователи сигналов.
Предпочтительные фрагменты РНК, кодирующие ферменты, выбирают из числа фрагментов РНК, кодирующих ферменты, модифицирующие углеводы. В настоящем изобретении термин "модифицирующие углеводы ферменты" следует понимать как охватывающий любые ферменты, способные модифицировать углеводы любого типа, как-то (но без ограничения) ферменты, расщепляющие углеводы, окисляющие углеводы, восстанавливающие углеводы, декарбоксилирующие углеводы, деацетилирующие углеводы, ацетилирующие углеводы, метилирующие углеводы, деметилирующие углеводы, аминирующие углеводы, фосфорилирующие углеводы, дефосфорилирующие углеводы, изомеризующие углеводы, эпимеризующие углеводы и дезаминирующие углеводы.
В одном особенно предпочтительном воплощении настоящего изобретения модифицирующие углеводы ферменты выбирают из группы, состоящей из классов ЕС 5.1.3, ЕС 5.3.1, ЕС 2.7.1, ЕС 2.2.1, ЕС 2.2.1 и ЕС 1.1.1, предпочтительно выбирают из
группы, состоящей из ЕС 5.1.3.3, ЕС 5.3.1.5, ЕС 2.7.1.17, ЕС 2.2.1.2, ЕС 2.2.1.1 и ЕС 1.1.1.1. В другом особенно предпочтительном воплощении белок выбирают из группы, состоящей из SEQ ID NO: 11-53.
В следующем предпочтительном воплощении настоящего изобретения у олигонуклеотидов настоящего изобретения от 1 до 80 нуклеотидов являются "мутантными". В настоящем изобретении термин "мутантный" следует понимать как содержащий "замену", "делецию" или "вставку". Термин "мутация" следует понимать как "замену", "делецию" или "вставку". Замены классифицируются как транзиции, при которых пурин заменяется на пурин (А <-> G) или пиримидин на пиримидин (С <-> Т), либо трансверсии, при которых пурин заменяется на пиримидин и наоборот (С/Т <-> A/G). При вставке в олигонуклеотид добавляется один или несколько дополнительных нуклеотидов (А, С, Т или G). Удаление одного или нескольких нуклеотидов из ДНК называется делецией.
В следующем воплощении настоящего изобретения предусмотрены рекомбинантные фрагменты ДНК, включающие олигонуклеотиды по настоящему изобретению.
Особенно предпочтительные рекомбинантные фрагменты ДНК по настоящему изобретению включают олигонуклеотиды, входящие в группу, состоящую из SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6 и SEQ ID NO: 7, и фрагменты РНК, кодирующие белки, входящие в группу, состоящую из ферментов, структурных белков, коферментов, переносчиков, антител, гормонов и регуляторов. Также особенно предпочтительно, чтобы белок являлся ферментом, а фермент входил в группу, состоящую из классов ЕС 5.1.3, ЕС 5.3.1, ЕС 2.7.1, ЕС 2.2.1, ЕС 2.2.1 и ЕС 1.1.1, предпочтительно в группу, состоящую из ЕС 5.1.3.3, ЕС 5.3.1.5, ЕС 2.7.1.17, ЕС 2.2.1.2, ЕС 2.2.1.1 и ЕС 1.1.1.1. Другие особенно предпочтительные рекомбинантные фрагменты ДНК включают олигонуклеотиды, входящие в группу, состоящую из SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6 и SEQ ID NO: 7, и фрагменты РНК, входящие в группу, состоящую из SEQ ID NO: 11-53.
В следующем воплощении настоящего изобретения предусмотрены экспрессирующие плазмиды, содержащие по меньшей мере один рекомбинантный фрагмент ДНК по настоящему изобретению.
Настоящим изобретением также предусмотрены клетки-хозяева, трансформированные по меньшей мере одним рекомбинантным фрагментом ДНК, включающим олигонуклеотид по настоящему изобретению. Клетки-хозяева по настоящему изобретению предпочтительно применяются для конструирования путей или
для метаболического превращения содержащих ксилозу субстратов в предпочтительные метаболиты.
Рекомбинантные клетки-хозяева по настоящему изобретению предпочтительно выбирают из бактерий, дрожжевых или грибковых клеток. В особенно предпочтительном воплощении клетки-хозяева выбирают из группы, состоящей из Escherichia, Klebsiella, Pseudomonas, Lactobacillus, Bacillus, Streptomyces; Saccharomyces, Kluyveromyces, Schizosaccharomyces, Candida, Yarrowia, Komagataella, Pichia, Hansenula, Penicillium, Trichoderma, Hypocrea, Aspergillus, Cantharellu, Agraicus, Boletos, Pleurotus, Trametes, Phanerochaete, Myceliophthora, Chaetomium, Humicola, Chrysosporium, Talaromyces и Neurospora.
Особенно предпочтительно клетки-хозяева выбирают из группы, состоящей из Lactococcus lactis, Lactobacillus brevis, Bacillus subtilis, Bacillus megaterium, Bacillus lentus, Bacillus amyloliquefaciens, Bacillus licheniformis, Pseudomonas fluorescence, Klebsiella planticola, Escherichia coli, Streptomyces lividans, Saccharomyces cerevisiae, Saccharomyces bayanus, Saccharomyces uravum, Saccharomyces pastorianus, Saccharomyces kudriavzevii, Saccharomyces mikatae, Saccharomyces carlsbergensis, Schizosaccharomyces pombe, Kluyveromyces marxianus, Yarrowia lipolytica, Hansenula polymorpha, Pichia angusta, Komagataella pastoris, Pichia pastoris, Aspergillus niger, Aspergillus oryzae, Trichoderma reesei и Myceliophthora thermophila.
Рекомбинантные клетки-хозяева по настоящему изобретению могут содержать одну или несколько плазмид по настоящему изобретению.
Примеры и фигуры
Далее настоящее изобретение будет описано на примерах и фигурах. Примеры и фигуры приводятся только в иллюстративных целях и не ограничивают объем настоящего изобретения и формулы изобретения никоим образом.
Пример 1. Исследование роста - отбор штамма для скрининга
Плазмидой, содержащей типичный олигонуклеотид для тестирования, трансформировали 5 различных штаммов клеток-хозяев.
Centraalbureau voor
Штамм D
CBS 7764
Schimmelcultures
(Институт королевской
академии искусств и наук
Штамм Е
CBS 6413
Нидерландов - KNAW),
Нидерланды
Плазмиду конструировали путем рекомбинационного клонирования в S. cerevisiae. Дрожжевые клетки трансформировали продуктами ПЦР, перекрывающимися друг с другом на 45 п.н. Фрагментами служили дрожжевой маркер (pUG6 с 87 по 1559 п.н.), маркер Е. coli и ori (pUG19 с 754 по 2534 п.н.), дрожжевой ori (хромосома IV S. cerevisiae S288C с 44978 по 449831 п.н. и хромосома II S. cerevisiae S288C с 63156 по 63454 п.н.) и функциональная часть (SEQ ID NO: 10, SEQ Ш NO: 54, хромосома XI S. cerevisiae S288C с 326407 по 326108 п.н.). При этом данные части были фланкированы рестрикционными сайтами Sapl, Sbfl, StuI и NotI, соответственно.
Дрожжевые штаммы подвергали трансформации повторно выделенной плазмидой высокоэффективным методом LiAc согласно Gietz и Schiestl.
Затем клетки-хозяева культивировали в 50 мл содержащего ксилозу субстрата (10 г/л дрожжевого экстракта, 20 г/л пептона, 20 г/л ксилозы + 200 мг/л G418) в аэробных условиях в качалочной колбе на 300 мл при 30°С и 250 об/мин. Результаты представлены на фиг. 1.
Для дальнейшего тестирования был выбран штамм В вследствие отличных показателей роста.
Пример 2. Исследование роста - сравнение различных плазмид, содержащих различные олигонуклеотиды
Штамм В трансформировали 10 плазмидами. Плазмиды конструировали таким же образом, как описано в примере 1, и они содержали олигонуклеотиды SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ Ш NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9 и SEQ ID NO: 10, соответственно.
Штамм В трансформировали плазмидами, как описано в примере 1, и культивировали в таких же условиях. Результаты представлены на фиг. 2.
Клетки-хозяева, трансформированные плазмидами, содержащими олигонуклеотиды по настоящему изобретению (т.е. регулируемые SEQ ID NO: 1-7), проявляли значительно более высокие показатели роста, чем клетки-хозяева, трансформированные плазмидами, содержащими олигонуклеотиды из существующего уровня техники SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10 и SEQ ID NO: 8.
Пример 3. Уровень транскрипта - сравнение различных плазмид, содержащих различные олигонуклеотиды
Дрожжевые штаммы, содержащие различные плазмиды, описанные в примере 2,
культивировали в 100 мл субстрата, содержащего глюкозу, маннозу, этанол, глицерин или ксилозу (10 г/л дрожжевого экстракта, 20 г/л пептона, 20 г/л источника углерода + 200 мг/л G418) в качалочной колбе на 500 мл при 30°С и 250 об/мин. Собирали по 5 мл этих культур примерно при СЮбоо = 2, то есть центрифугировали, промывали водой и опять центрифугировали (два раза). После этого осадки культур хранили при -80°С.
Из клеток экстрагировали тотальную РНК с помощью набора RNeasy Mini Kit(tm), Qiagen Germany, в соответствии с инструкцией производителя. Затем 500 нг этой РНК подвергали трансляции в кДНК с помощью набора ThermoScript(tm) RT-PCR Kit, Life Technologies USA, в соответствии с инструкцией производителя. Проводили амплификацию продуктов ПЦР длиной в 225 и 236 п.н., используя iQ(tm) SYBR(r) Green Supermix и iQ(tm) iCycler, BioRad Germany, и рассчитывали концентрации мРНК АСТ1 и XylA, следуя информации производителя.
Относительные уровни транскрипта (концентрация РНК XylA, деленная на концентрацию РНК АСТ1) представлены на фиг. 3.
Репортерная система под контролем олигонуклеотидов по настоящему изобретению проявляла повышение уровня транскрипта в 4-29 раз. Уровни транскрипта варьируют при различных условиях роста, но существенных отличий в отношении контроля между олигонуклеотидами SEQ ID NO: 1 - SEQ ID NO: 7 не отмечалось.
Пример 4. Активность фермента - сравнение различных плазмид, содержащих различные олигонуклеотиды
Собирали по 50 мл культур, как указано в примере 3, примерно при ODeoo = 2. После этого осадки культур хранили при -80°С. Кроме того, таким же образом обрабатывали культуру штамма В, несущего плазмиду, описанную в примере 2, но без функциональной части (пустая плазмида).
Оттаявшие осадки суспендировали в 400 мкл буфера (100 мМ трис, рН 7,5, 10 мМ MgCh) и гомогенизировали. После лизиса клеток неочищенные экстракты разбавляли до общей концентрации белка в 1 мкг/мкл (измеряли методом Брэдфорда). Определение активности ксилозоизомеразы проводили в 100 мкл с 10% разбавленных неочищенных
экстрактов, 0,25 мМ NADH, 3 ед./мл сорбитолдегидрогеназы и 500 мМ ксилозы. Кинетику реакции отслеживали фотометрически при 340 нм.
Измеренные активности фермента (за вычетом фоновой активности - пустая плазмида) представлены на фиг. 4.
Репортерная система под контролем олигонуклеотидов по настоящему изобретению проявляла повышение активности фермента в 14-25 раз. Хотя активность фермента варьируется при различных условиях роста, но существенных отличий в отношении контроля между олигонуклеотидами SEQ ID NO: 1 - SEQ ID NO: 7 не отмечалось.
Краткое описание фигур
На фиг. 1 представлены показатели роста 5 различных штаммов дрожжевых клеток (от А до Е), которые были трансформированы плазмидой, содержащей ген, кодирующий SEQ ID NO: 17, регулируемый олигонуклеотидом из существующего уровня техники: SEQID NO: 10.
На фиг. 2 представлены показатели роста штамма В, трансформированного различными плазмидами, содержащими различные олигонуклеотиды (олигонуклеотиды из существующего уровня техники и олигонуклеотиды по настоящему изобретению).
На фиг. 3 представлено повышение в 4-29 раз уровня транскрипта в репортерной системе под контролем олигонуклеотидов по настоящему изобретению (SEQ ID NO: 1-7) по сравнению с олигонуклеотидами из существующего уровня техники SEQ ID NO 8, SEQ ID NO: 9 и SEQ ID NO: 10 на различных субстратах (глюкоза, манноза, этанол, глицерин и ксилоза).
На фиг. 4 представлено повышение в 14-25 раз активности фермента в репортерной системе под контролем олигонуклеотидов по настоящему изобретению (SEQ ID NO: 1-7) по сравнению с олигонуклеотидами из существующего уровня техники SEQ ID NO 8, SEQ ID NO: 9 и SEQ ID NO: 10 на различных субстратах (глюкоза, манноза, этанол, глицерин и ксилоза).
Перечень последовательностей с описанием
SEQ ID NO: 1: синтетический олигонуклеотид, состоящий из комбинации SEQ ID NO: 9 и SEQ ID NO: 8
ccattctctg ctgctttgtt gcatcgtatc atcgcccgtt tcagccagtc ccgcataccc 60 cctttgcaac gttaacgtta ccgctagcgt ttaccatctc cacgctaaaa ggaaaacgaa 120 gattaagata aagttgggta aaatccgggg taagaggcaa gggggtagag aaaaaaaaac 180 cggagtcatt atatacgata ccgtccaggg taagacagtg atttctagct tccacttttt 240 tcaatttctt tttttcgttc caaatggcgt ccacccgtac atccggaatc tgacggcaca 300 agagccgatt agtggaagcc acggttacgt gattgcggtt tttttttcct acgtataacg 360 ctatgacggt agttgaatgt taaaaacgaa aacagagata ttgaattgac tcgtaggaac 420 aatttcgggc ccctgcgtgt tcttctgagg ttcatctttt acatttgctt ctgctggata 480 attttcagag gcaacaagga aaaattagat ggcaaaaagt cgtctttcaa ggaaaaatcc 540 ccaccatctt tcgagatccc ctgtaactta ttggcaactg aaagaatgaa aaggaggaaa 600 atacaaaata tactagaact gaaaaaaaaa aagtataaat agagacgata tatgccaata 660 cttcacaatg ttcgaatcta ttcttcattt gcagctattg taaaataata aaacatcaag 720 aacaaacaag ctcaacttgt cttttctaag aacaaagaat aaacacaaaa acaaaaagtt 780 tttttaattt taatcaaaaa 800
SEQ ID NO: 2: синтетический олигонуклеотид, соответствующий SEQ ID NO: 1 и содержащий следующие мутации: g315a, c322g, a623-, t679c
ccattctctg ctgctttgtt gcatcgtatc atcgcccgtt tcagccagtc ccgcataccc 60 cctttgcaac gttaacgtta ccgctagcgt ttaccatctc cacgctaaaa ggaaaacgaa 120 gattaagata aagttgggta aaatccgggg taagaggcaa gggggtagag aaaaaaaaac 180 cggagtcatt atatacgata ccgtccaggg taagacagtg atttctagct tccacttttt 240 tcaatttctt tttttcgttc caaatggcgt ccacccgtac atccggaatc tgacggcaca 300 agagccgatt agtgaaagcc agggttacgt gattgcggtt tttttttcct acgtataacg 360 ctatgacggt agttgaatgt taaaaacgaa aacagagata ttgaattgac tcgtaggaac 420 aatttcgggc ccctgcgtgt tcttctgagg ttcatctttt acatttgctt ctgctggata 480 attttcagag gcaacaagga aaaattagat ggcaaaaagt cgtctttcaa ggaaaaatcc 540 ccaccatctt tcgagatccc ctgtaactta ttggcaactg aaagaatgaa aaggaggaaa 600 atacaaaata tactagaact gaaaaaaaaa agtataaata gagacgatat atgccaatac 660 ttcacaatgt tcgaatccat tcttcatttg cagctattgt aaaataataa aacatcaaga 720 acaaacaagc tcaacttgtc ttttctaaga acaaagaata aacacaaaaa caaaaagttt 780 ttttaatttt aatcaaaaa 799
SEQ ID NO: 3: синтетический олигонуклеотид, соответствующий SEQ ID NO: 1 и содержащий следующие мутации: t549c, а622-, а623-, с661а, t679c
ccattctctg ctgctttgtt gcatcgtatc atcgcccgtt tcagccagtc ccgcataccc 60 cctttgcaac gttaacgtta ccgctagcgt ttaccatctc cacgctaaaa ggaaaacgaa 120 gattaagata aagttgggta aaatccgggg taagaggcaa gggggtagag aaaaaaaaac 180 cggagtcatt atatacgata ccgtccaggg taagacagtg atttctagct tccacttttt 240 tcaatttctt tttttcgttc caaatggcgt ccacccgtac atccggaatc tgacggcaca 300 agagccgatt agtggaagcc acggttacgt gattgcggtt tttttttcct acgtataacg 360 ctatgacggt agttgaatgt taaaaacgaa aacagagata ttgaattgac tcgtaggaac 420 aatttcgggc ccctgcgtgt tcttctgagg ttcatctttt acatttgctt ctgctggata 480 attttcagag gcaacaagga aaaattagat ggcaaaaagt cgtctttcaa ggaaaaatcc 540 ccaccatcct tcgagatccc ctgtaactta ttggcaactg aaagaatgaa aaggaggaaa 600 atacaaaata tactagaact gaaaaaaaaa gtataaatag agacgatata tgccaataat 660 tcacaatgtt cgaatccatt cttcatttgc agctattgta aaataataaa acatcaagaa 720 caaacaagct caacttgtct tttctaagaa caaagaataa acacaaaaac aaaaagtttt 780 tttaatttta atcaaaaa 798
SEQ ID NO: 4: синтетический олигонуклеотид, соответствующий SEQ ID NO: 1 и содержащий следующие мутации: с495а, g674a, t679c, a687g
ccattctctg ctgctttgtt gcatcgtatc atcgcccgtt tcagccagtc ccgcataccc 60 cctttgcaac gttaacgtta ccgctagcgt ttaccatctc cacgctaaaa ggaaaacgaa 120 gattaagata aagttgggta aaatccgggg taagaggcaa gggggtagag aaaaaaaaac 180 cggagtcatt atatacgata ccgtccaggg taagacagtg atttctagct tccacttttt 240 tcaatttctt tttttcgttc caaatggcgt ccacccgtac atccggaatc tgacggcaca 300 agagccgatt agtggaagcc acggttacgt gattgcggtt tttttttcct acgtataacg 360 ctatgacggt agttgaatgt taaaaacgaa aacagagata ttgaattgac tcgtaggaac 420 aatttcgggc ccctgcgtgt tcttctgagg ttcatctttt acatttgctt ctgctggata 480 attttcagag gcaaaaagga aaaattagat ggcaaaaagt cgtctttcaa ggaaaaatcc 540 ccaccatctt tcgagatccc ctgtaactta ttggcaactg aaagaatgaa aaggaggaaa 600 atacaaaata tactagaact gaaaaaaaaa aagtataaat agagacgata tatgccaata 660 cttcacaatg ttcaaatcca ttcttcgttt gcagctattg taaaataata aaacatcaag 720 aacaaacaag ctcaacttgt cttttctaag aacaaagaat aaacacaaaa acaaaaagtt 780 tttttaattt taatcaaaaa 800
SEQ ID NO: 5: синтетический олигонуклеотид, соответствующий SEQ ID NO: 1 и содержащий следующие мутации: а171-, c322g, c430t, c431t, c495a
ccattctctg ctgctttgtt gcatcgtatc atcgcccgtt tcagccagtc ccgcataccc 60 cctttgcaac gttaacgtta ccgctagcgt ttaccatctc cacgctaaaa ggaaaacgaa 120 gattaagata aagttgggta aaatccgggg taagaggcaa gggggtagag aaaaaaaacc 180
ggagtcatta tatacgatac cgtccagggt aagacagtga tttctagctt ccactttttt 240 caatttcttt ttttcgttcc aaatggcgtc cacccgtaca tccggaatct gacggcacaa 300 gagccgatta gtggaagcca gggttacgtg attgcggttt ttttttccta cgtataacgc 360 tatgacggta gttgaatgtt aaaaacgaaa acagagatat tgaattgact cgtaggaaca 420 atttcgggtt cctgcgtgtt cttctgaggt tcatctttta catttgcttc tgctggataa 480 ttttcagagg caaaaaggaa aaattagatg gcaaaaagtc gtctttcaag gaaaaatccc 540 caccatcttt cgagatcccc tgtaacttat tggcaactga aagaatgaaa aggaggaaaa 600 tacaaaatat actagaactg aaaaaaaaaa agtataaata gagacgatat atgccaatac 660 ttcacaatgt tcgaatctat tcttcatttg cagctattgt aaaataataa aacatcaaga 720 acaaacaagc tcaacttgtc ttttctaaga acaaagaata aacacaaaaa caaaaagttt 780 ttttaatttt aatcaaaaa 799
SEQ ID NO: 6: синтетический олигонуклеотид, соответствующий SEQ ID NO: 1 и содержащий следующие мутации: с181а, c205t, c322g, t549c, a623-, t679c ccattctctg ctgctttgtt gcatcgtatc atcgcccgtt tcagccagtc ccgcataccc 60 cctttgcaac gttaacgtta ccgctagcgt ttaccatctc cacgctaaaa ggaaaacgaa 120 gattaagata aagttgggta aaatccgggg taagaggcaa gggggtagag aaaaaaaaac 180 aggagtcatt atatacgata ccgttcaggg taagacagtg atttctagct tccacttttt 240 tcaatttctt tttttcgttc caaatggcgt ccacccgtac atccggaatc tgacggcaca 300 agagccgatt agtggaagcc agggttacgt gattgcggtt tttttttcct acgtataacg 360 ctatgacggt agttgaatgt taaaaacgaa aacagagata ttgaattgac tcgtaggaac 420 aatttcgggc ccctgcgtgt tcttctgagg ttcatctttt acatttgctt ctgctggata 480 attttcagag gcaacaagga aaaattagat ggcaaaaagt cgtctttcaa ggaaaaatcc 540 ccaccatcct tcgagatccc ctgtaactta ttggcaactg aaagaatgaa aaggaggaaa 600 atacaaaata tactagaact gaaaaaaaaa agtataaata gagacgatat atgccaatac 660 ttcacaatgt tcgaatccat tcttcatttg cagctattgt aaaataataa aacatcaaga 720 acaaacaagc tcaacttgtc ttttctaaga acaaagaata aacacaaaaa caaaaagttt 780 ttttaatttt aatcaaaaa 799
SEQ ID NO: 7: синтетический олигонуклеотид, соответствующий SEQ ID NO: 1 и содержащий следующие мутации: tl86a, c322g, c430t, c431t, a623-, t679c ccattctctg ctgctttgtt gcatcgtatc atcgcccgtt tcagccagtc ccgcataccc 60 cctttgcaac gttaacgtta ccgctagcgt ttaccatctc cacgctaaaa ggaaaacgaa 120 gattaagata aagttgggta aaatccgggg taagaggcaa gggggtagag aaaaaaaaac 180 cggagacatt atatacgata ccgtccaggg taagacagtg atttctagct tccacttttt 240 tcaatttctt tttttcgttc caaatggcgt ccacccgtac atccggaatc tgacggcaca 300 agagccgatt agtggaagcc agggttacgt gattgcggtt tttttttcct acgtataacg 360
ctatgacggt agttgaatgt taaaaacgaa aacagagata ttgaattgac tcgtaggaac 420 aatttcgggt tcctgcgtgt tcttctgagg ttcatctttt acatttgctt ctgctggata 480 attttcagag gcaacaagga aaaattagat ggcaaaaagt cgtctttcaa ggaaaaatcc 540 ccaccatctt tcgagatccc ctgtaactta ttggcaactg aaagaatgaa aaggaggaaa 600 atacaaaata tactagaact gaaaaaaaaa agtataaata gagacgatat atgccaatac 660 ttcacaatgt tcgaatccat tcttcatttg cagctattgt aaaataataa aacatcaaga 720 acaaacaagc tcaacttgtc ttttctaaga acaaagaata aacacaaaaa caaaaagttt 780 ttttaatttt aatcaaaaa 799
SEQ ID NO: 8: олигонуклеотид из Saccharomyces cerevisiae S288C, вышерасположенный участок PFK2
SEQ ID NO: 9: олигонуклеотид из Saccharomyces cerevisiae S288C, вышерасположенный участок HXT7
SEQ ID N0:10: олигонуклеотид из Saccharomyces cerevisiae S288C, вышерасположенный участок PGK1
SEQ ID NO: 11: белок с активностью альдозо-1-эпимеразы из Saccharomyces cerevisiae ECU 18, 104 6579
SEQ ID NO: 12: белок с активностью альдозо-1-эпимеразы из Saccharomyces cerevisiae ECU 19, 1F14_0056
SEQ ID NO: 13: белок с активностью альдозо-1-эпимеразы из Saccharomyces cerevisiae S288C, YHR210C
SEQ ID NO: 14: белок с активностью альдозо-1-эпимеразы из Saccharomyces cerevisiae x Saccharomyces kudriavzevii VIN7, типа YHR210C
SEQ ID NO: 15: белок с активностью альдозо-1-эпимеразы из Saccharomyces cerevisiae AWRI796, типа YHR210C
SEQ ID NO: 16: белок с активностью альдозо-1-эпимеразы из Lactococcus lactis,
XylM
SEQ ID NO: 17: белок с активностью ксилозоизомеразы из Eubacterium saburreum,
XylA
SEQ ID NO: 18: белок с активностью ксилозоизомеразы из Piromyces sp. Е2, XylA SEQ ID NO: 19: белок с активностью ксилозоизомеразы из Orpinomyces sp. ukkl,
XylA
SEQ ID NO: 20: белок с активностью ксилозоизомеразы из Clostridium phytofermentans, XylA
SEQ ID NO: 21: белок с активностью ксилозоизомеразы из Ruminococcus flavefaciens, XylA
SEQ ID NO: 22: белок с активностью ксилозоизомеразы из Bacteroides uniformis,
XylA
SEQ ID NO: 23: белок с активностью ксилозоизомеразы из Clostridium cellulolyticum, XylA
SEQ ID NO: 24: белок с активностью ксилозоизомеразы из Thermotoga maritima,
XylA
SEQ ID NO: 25: белок с активностью ксилозоизомеразы из Bacillus stearothermophilus, XylA
SEQ ID NO: 26: белок с активностью ксилозоизомеразы из Bacteroides stercoris,
XylA
SEQ ID NO: 27: белок с активностью ксилозоизомеразы из Parabacteroides distasonis, XylA
SEQ ID NO: 28: белок с активностью ксилозоизомеразы из Prevotella ruminicola,
XylA
SEQ ID NO: 29: белок с активностью ксилозоизомеразы из Agrobacterium tumefaciens, XylA
SEQ ID NO: 30: белок с активностью ксилозоизомеразы из Clostridium cellulovorans, XylA
SEQ ID NO: 31: белок с активностью ксилозоизомеразы из Burkholderia cenocepacia, XylA
SEQ ID NO: 32: белок с активностью ксилозоизомеразы из Lactococcus lactis, XylA SEQ ID NO: 33: белок с активностью ксилозоизомеразы из Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus, XylA
SEQ ID NO: 34: белок с активностью ксилозоизомеразы из Reticulitermes speratus,
XylA
SEQ ID NO: 35: белок с активностью ксилозоизомеразы из некультивированных бактерий из рубца коровы, последовательность № 2 в WO 2014/164392
SEQ ID NO: 36: белок с активностью ксилозоизомеразы из некультивированных бактерий из рубца коровы, последовательность № 1 в WO 2014/164392
SEQ ID NO: 37: белок с активностью ксилозоизомеразы из Lachnospiraceae bacterium ICM7, XylA
SEQ ID NO: 38: белок с активностью ксилозоизомеразы из Lachnospiraceae bacterium oral taxon 107, XylA
SEQ ID NO: 39: белок с активностью ксилозоизомеразы из Lachnospiraceae bacterium oral taxon 082, XylA
SEQ ID NO: 40: белок с активностью ксилозоизомеразы из некультивированных бактерий, XYM1, см. Parachin N.S. and Gorwa-Grauslund M.F. Isolation of xylose isomerases by sequence- and function-based screening from a soil metagenome library. Biotechnol Biofuels 4(1), 9(2011)
SEQ ID NO: 41: белок с активностью ксилозоизомеразы из некультивированных бактерий, XYM2, см. Parachin N.S. and Gorwa-Grauslund M.F. Isolation of xylose isomerases by sequence- and function-based screening from a soil metagenome library. Biotechnol Biofuels 4(1), 9(2011)
SEQ ID NO: 42: белок с активностью ксилозоизомеразы из Thermus thermophilus,
XylA
SEQ ID NO: 43: белок с активностью ксилозоизомеразы из Escherichia coli, XylA SEQ ID NO: 44: белок с активностью ксилулокиназы из Saccharomyces cerevisiae S288C, XKS1
SEQ ID NO: 45: белок с активностью ксилулокиназы из Scheffersomyces (Pichia) stipites CBS 6054, XKS1
SEQ ID NO: 46: белок с активностью ксилулокиназы из Trichoderma reesei QM6a, TRIREDRAFT 123288
SEQ ID NO: 47: белок с активностью трансальдолазы из Saccharomyces cerevisiae S288C, TALI
SEQ ID NO: 48: белок с активностью трансальдолазы из Saccharomyces cerevisiae S288C, NQM1
SEQ ID NO: 49: белок с активностью трансальдолазы из Scheffersomyces (Pichia) stipites CBS 6054, TALI
SEQ ID NO: 50: белок с активностью транскетолазы из Saccharomyces cerevisiae S288C, TKL1
SEQ ID NO: 51: белок с активностью транскетолазы из Saccharomyces cerevisiae S288C, TKL2
SEQ ID NO: 52: белок с активностью транскетолазы из Scheffersomyces (Pichia) stipites CBS 6054, TKL1
SEQ ID NO: 53: белок с активностью алкогольдегидрогеназы из Saccharomyces cerevisiae S288C, ADH1
SEQ ID NO: 54: синтетическая последовательность ДНК, кодирующая SEQ ID NO:
atgaaggaat tcttcccagg tatttctcca gttaagttcg aaggtagaga ctctaagaac 60 ccattgtctt tcaagtacta cgacgctaag agagttatta tgggtaagac catggaagaa 120
cacttgtctt tcgctatggc ttggtggcac aacttgtgtg cttgtggtgt tgacatgttc 180 ggtcaaggta ccgttgacaa gtctttcggt gaatcttctg gtaccatgga acacgctaga 240 gctaaggttg acgctggtat tgaattcatg aagaagttgg gtattaagta ctactgtttc 300 cacgacaccg acattgttcc agaagaccaa gaagacatta acgttaccaa cgctagattg 360 gacgaaatta ccgactacat tttggaaaag accaaggaca ccgacattaa gtgtttgtgg 420 accacctgta acatgttctc taacccaaga ttcatgaacg gtgctggttc ttctaactct 480 gctgacgttt tctgtttcgc tgctgctcaa gctaagaagg gtttggaaaa cgctgttaag 540 ttgggtgcta agggtttcgt tttctggggt ggtagagaag gttacgaaac cttgttgaac 600 accgacatga agttggaaga agaaaacatt gctaccttgt tcaccatgtg tagagactac 660 ggtagatcta ttggtttcat gggtgacttc tacattgaac caaagccaaa ggaaccaatg 720 aagcaccaat acgacttcga cgctgctacc gctattggtt tcttgagaaa gtacggtttg 780 gacaaggact tcaagttgaa cattgaagct aaccacgcta ccttggctgg tcacaccttc 840 caacacgaat tgagagtttg tgctgttaac ggtatgatgg gttctgttga cgctaaccaa 900 ggtgacacct tgttgggttg ggacaccgac caattcccaa ccaacgttta cgacaccacc 960 ttggctatgt acgaaatttt gaaggctggt ggtttgagag gtggtttgaa cttcgactct 1020 aagaacagaa gaccatctaa caccgctgac gacatgttct acggtttcat tgctggtatg 1080 gacaccttcg ctttgggttt gattaaggct gctgaaatta ttgaagacgg tagaattgac 1140 gacttcgtta aggaaagata cgcttcttac aactctggta ttggtaagaa gattagaaac 1200 agaaaggtta ccttgattga atgtgctgaa tacgctgcta agttgaagaa gccagaattg 1260 ccagaatctg gtagacaaga atacttggaa tctgttgtca acaacatttt gttcggtggt 1320 tctggttaa 1329
СПИСОК ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ <110> Clariant International Ltd
<120> Oligonucleotide sequence for use in pathway engineering <130> 2014DE617-WO-PCT <160> 54
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 800
<212> DNA
<213> Saccharomyces cerevisiae
<400> 1
ccattctctg ctgctttgtt gcatcgtatc atcgcccgtt tcagccagtc ccgcataccc 60
cctttgcaac gttaacgtta ccgctagcgt ttaccatctc cacgctaaaa ggaaaacgaa 120
gattaagata aagttgggta aaatccgggg taagaggcaa gggggtagag aaaaaaaaac 180
cggagtcatt atatacgata ccgtccaggg taagacagtg atttctagct tccacttttt 240
tcaatttctt tttttcgttc caaatggcgt ccacccgtac atccggaatc tgacggcaca 300
agagccgatt agtggaagcc acggttacgt gattgcggtt tttttttcct acgtataacg 360
ctatgacggt agttgaatgt taaaaacgaa aacagagata ttgaattgac tcgtaggaac 420
aatttcgggc ccctgcgtgt tcttctgagg ttcatctttt acatttgctt ctgctggata 480
attttcagag gcaacaagga aaaattagat ggcaaaaagt cgtctttcaa ggaaaaatcc 540
ccaccatctt tcgagatccc ctgtaactta ttggcaactg aaagaatgaa aaggaggaaa 600
atacaaaata tactagaact gaaaaaaaaa aagtataaat agagacgata tatgccaata 660
cttcacaatg ttcgaatcta ttcttcattt gcagctattg taaaataata aaacatcaag 720
aacaaacaag ctcaacttgt cttttctaag aacaaagaat aaacacaaaa acaaaaagtt 780
tttttaattt taatcaaaaa 800
<210> 2
<211> 799
<212> DNA
<213> Saccharomyces cerevisiae
<400> 2
ccattctctg ctgctttgtt gcatcgtatc atcgcccgtt tcagccagtc ccgcataccc 60
cctttgcaac gttaacgtta ccgctagcgt ttaccatctc cacgctaaaa ggaaaacgaa 120
gattaagata aagttgggta aaatccgggg taagaggcaa gggggtagag aaaaaaaaac 180
cggagtcatt atatacgata ccgtccaggg taagacagtg atttctagct tccacttttt 240
tcaatttctt tttttcgttc caaatggcgt ccacccgtac atccggaatc tgacggcaca 300
agagccgatt agtgaaagcc agggttacgt gattgcggtt tttttttcct acgtataacg 360
ctatgacggt agttgaatgt taaaaacgaa aacagagata ttgaattgac tcgtaggaac 420
aatttcgggc ccctgcgtgt tcttctgagg ttcatctttt acatttgctt ctgctggata 480
attttcagag gcaacaagga aaaattagat ggcaaaaagt cgtctttcaa ggaaaaatcc 540
ccaccatctt tcgagatccc ctgtaactta ttggcaactg aaagaatgaa aaggaggaaa 600
atacaaaata tactagaact gaaaaaaaaa agtataaata gagacgatat atgccaatac 660
ttcacaatgt tcgaatccat tcttcatttg cagctattgt aaaataataa aacatcaaga 720
acaaacaagc tcaacttgtc ttttctaaga acaaagaata aacacaaaaa caaaaagttt 780
ttttaatttt aatcaaaaa 799
<210> 3 <211> 798 <212> DNA
<213> Saccharomyces cerevisiae
<400> 3
ccattctctg ctgctttgtt gcatcgtatc atcgcccgtt tcagccagtc ccgcataccc 60
cctttgcaac gttaacgtta ccgctagcgt ttaccatctc cacgctaaaa ggaaaacgaa 120
gattaagata aagttgggta aaatccgggg taagaggcaa gggggtagag aaaaaaaaac 180
cggagtcatt atatacgata ccgtccaggg taagacagtg atttctagct tccacttttt 240
tcaatttctt tttttcgttc caaatggcgt ccacccgtac atccggaatc tgacggcaca 300
agagccgatt agtggaagcc acggttacgt gattgcggtt tttttttcct acgtataacg 360
ctatgacggt agttgaatgt taaaaacgaa aacagagata ttgaattgac tcgtaggaac 420
aatttcgggc ccctgcgtgt tcttctgagg ttcatctttt acatttgctt ctgctggata 480
attttcagag gcaacaagga aaaattagat ggcaaaaagt cgtctttcaa ggaaaaatcc 540
ccaccatcct tcgagatccc ctgtaactta ttggcaactg aaagaatgaa aaggaggaaa 600
atacaaaata tactagaact gaaaaaaaaa gtataaatag agacgatata tgccaataat 660
tcacaatgtt cgaatccatt cttcatttgc agctattgta aaataataaa acatcaagaa 720
caaacaagct caacttgtct tttctaagaa caaagaataa acacaaaaac aaaaagtttt 780
tttaatttta atcaaaaa 798
<210> 4 <211> 800 <212> DNA
<213> Saccharomyces cerevisiae
<400> 4
ccattctctg ctgctttgtt gcatcgtatc atcgcccgtt tcagccagtc ccgcataccc 60
cctttgcaac gttaacgtta ccgctagcgt ttaccatctc cacgctaaaa ggaaaacgaa 120
gattaagata aagttgggta aaatccgggg taagaggcaa gggggtagag aaaaaaaaac 180
cggagtcatt atatacgata ccgtccaggg taagacagtg atttctagct tccacttttt 240
tcaatttctt tttttcgttc caaatggcgt ccacccgtac atccggaatc tgacggcaca 300
agagccgatt agtggaagcc acggttacgt gattgcggtt tttttttcct acgtataacg 360
ctatgacggt agttgaatgt taaaaacgaa aacagagata ttgaattgac tcgtaggaac 420
aatttcgggc ccctgcgtgt tcttctgagg ttcatctttt acatttgctt ctgctggata 480
attttcagag gcaaaaagga aaaattagat ggcaaaaagt cgtctttcaa ggaaaaatcc 540
ccaccatctt tcgagatccc ctgtaactta ttggcaactg aaagaatgaa aaggaggaaa 600
atacaaaata tactagaact gaaaaaaaaa aagtataaat agagacgata tatgccaata 660
cttcacaatg ttcaaatcca ttcttcgttt gcagctattg taaaataata aaacatcaag 720
aacaaacaag ctcaacttgt cttttctaag aacaaagaat aaacacaaaa acaaaaagtt 780
tttttaattt taatcaaaaa 800
<210> 5 <211> 799 <212> DNA
<213> Saccharomyces cerevisiae
<400> 5
ccattctctg ctgctttgtt gcatcgtatc atcgcccgtt tcagccagtc ccgcataccc 60
cctttgcaac gttaacgtta ccgctagcgt ttaccatctc cacgctaaaa ggaaaacgaa 120
gattaagata aagttgggta aaatccgggg taagaggcaa gggggtagag aaaaaaaacc 180
ggagtcatta tatacgatac cgtccagggt aagacagtga tttctagctt ccactttttt 240
caatttcttt ttttcgttcc aaatggcgtc cacccgtaca tccggaatct gacggcacaa 300
gagccgatta gtggaagcca gggttacgtg attgcggttt ttttttccta cgtataacgc 360
tatgacggta gttgaatgtt aaaaacgaaa acagagatat tgaattgact cgtaggaaca 420
atttcgggtt cctgcgtgtt cttctgaggt tcatctttta catttgcttc tgctggataa 480
ttttcagagg caaaaaggaa aaattagatg gcaaaaagtc gtctttcaag gaaaaatccc 540
caccatcttt cgagatcccc tgtaacttat tggcaactga aagaatgaaa aggaggaaaa 600
tacaaaatat actagaactg aaaaaaaaaa agtataaata gagacgatat atgccaatac 660
ttcacaatgt tcgaatctat tcttcatttg cagctattgt aaaataataa aacatcaaga 720
acaaacaagc tcaacttgtc ttttctaaga acaaagaata aacacaaaaa caaaaagttt 780
ttttaatttt aatcaaaaa 799
<210> 6
<211> 799
<212> DNA
<213> Saccharomyces cerevisiae
<400> 6
ccattctctg ctgctttgtt gcatcgtatc atcgcccgtt tcagccagtc ccgcataccc 60
cctttgcaac gttaacgtta ccgctagcgt ttaccatctc cacgctaaaa ggaaaacgaa 120
gattaagata aagttgggta aaatccgggg taagaggcaa gggggtagag aaaaaaaaac 180
aggagtcatt atatacgata ccgttcaggg taagacagtg atttctagct tccacttttt 240
tcaatttctt tttttcgttc caaatggcgt ccacccgtac atccggaatc tgacggcaca 300
agagccgatt agtggaagcc agggttacgt gattgcggtt tttttttcct acgtataacg 360
ctatgacggt agttgaatgt taaaaacgaa aacagagata ttgaattgac tcgtaggaac 420
aatttcgggc ccctgcgtgt tcttctgagg ttcatctttt acatttgctt ctgctggata 480
attttcagag gcaacaagga aaaattagat ggcaaaaagt cgtctttcaa ggaaaaatcc 540
ccaccatcct tcgagatccc ctgtaactta ttggcaactg aaagaatgaa aaggaggaaa 600
atacaaaata tactagaact gaaaaaaaaa agtataaata gagacgatat atgccaatac 660
ttcacaatgt tcgaatccat tcttcatttg cagctattgt aaaataataa aacatcaaga 720
acaaacaagc tcaacttgtc ttttctaaga acaaagaata aacacaaaaa caaaaagttt 780
ttttaatttt aatcaaaaa 799
<210> 7 <211> 799 <212> DNA
<213> Saccharomyces cerevisiae
<400> 7
ccattctctg ctgctttgtt gcatcgtatc atcgcccgtt tcagccagtc ccgcataccc 60
cctttgcaac gttaacgtta ccgctagcgt ttaccatctc cacgctaaaa ggaaaacgaa 120
gattaagata aagttgggta aaatccgggg taagaggcaa gggggtagag aaaaaaaaac 180
cggagacatt atatacgata ccgtccaggg taagacagtg atttctagct tccacttttt 240
tcaatttctt tttttcgttc caaatggcgt ccacccgtac atccggaatc tgacggcaca 300
agagccgatt agtggaagcc agggttacgt gattgcggtt tttttttcct acgtataacg 360
ctatgacggt agttgaatgt taaaaacgaa aacagagata ttgaattgac tcgtaggaac 420
aatttcgggt tcctgcgtgt tcttctgagg ttcatctttt acatttgctt ctgctggata 480
attttcagag gcaacaagga aaaattagat ggcaaaaagt cgtctttcaa ggaaaaatcc 540
ccaccatctt tcgagatccc ctgtaactta ttggcaactg aaagaatgaa aaggaggaaa 600
atacaaaata tactagaact gaaaaaaaaa agtataaata gagacgatat atgccaatac 660
ttcacaatgt tcgaatccat tcttcatttg cagctattgt aaaataataa aacatcaaga 720
acaaacaagc tcaacttgtc ttttctaaga acaaagaata aacacaaaaa caaaaagttt 780
ttttaatttt aatcaaaaa 799
<210> 8
<211> 409
<212> DNA
<213> Saccharomyces cerevisiae
<400> 8
ccattctctg ctgctttgtt gcatcgtatc atcgcccgtt tcagccagtc ccgcataccc 60
cctttgcaac gttaacgtta ccgctagcgt ttaccatctc cacgctaaaa ggaaaacgaa 120
gattaagata aagttgggta aaatccgggg taagaggcaa gggggtagag aaaaaaaaac 180
cggagtcatt atatacgata ccgtccaggg taagacagtg atttctagct tccacttttt 240
tcaatttctt tttttcgttc caaatggcgt ccacccgtac atccggaatc tgacggcaca 300
agagccgatt agtggaagcc acggttacgt gattgcggtt tttttttcct acgtataacg 360
ctatgacggt agttgaatgt taaaaacgaa aacagagata ttgaattga 409
<210> 9
<211> 391
<212> DNA
<213> Saccharomyces cerevisiae
<400> 9
ctcgtaggaa caatttcggg cccctgcgtg ttcttctgag gttcatcttt tacatttgct 60
tctgctggat aattttcaga ggcaacaagg aaaaattaga tggcaaaaag tcgtctttca 120
aggaaaaatc cccaccatct ttcgagatcc cctgtaactt attggcaact gaaagaatga 180
aaaggaggaa aatacaaaat atactagaac tgaaaaaaaa aaagtataaa tagagacgat 240
atatgccaat acttcacaat gttcgaatct attcttcatt tgcagctatt gtaaaataat 300
aaaacatcaa gaacaaacaa gctcaacttg tcttttctaa gaacaaagaa taaacacaaa 360
aacaaaaagt ttttttaatt ttaatcaaaa a 391
<210> 10
<211> 500
<212> DNA
<213> Saccharomyces cerevisiae
<400> 10
tgtttgcaaa aagaacaaaa ctgaaaaaac ccagacacgc tcgacttcct gtcttcctat 60
tgattgcagc ttccaatttc gtcacacaac aaggtcctag cgacggctca caggttttgt 120
aacaagcaat cgaaggttct ggaatggcgg gaaagggttt agtaccacat gctatgatgc 180
ccactgtgat ctccagagca aagttcgttc gatcgtactg ttactctctc tctttcaaac 240
agaattgtcc gaatcgtgtg acaacaacag cctgttctca cacactcttt tcttctaacc 300
aagggggtgg tttagtttag tagaacctcg tgaaacttac atttacatat atataaactt 360
gcataaattg gtcaatgcaa gaaatacata tttggtcttt tctaattcgt agtttttcaa 420
gttcttagat gctttctttt tctctttttt acagatcatc aaggaagtaa ttatctactt 480
tttacaacaa agacaagaaa
500
<210> 11
<211> 342
<212> PRT
<213> Saccharomyces cerevisiae
<400> 11
Met Lys Asp Asn Gln Glu Asn His Asp Gln Lys Pro Phe Ile Ile Leu
1 5 10 15
Gly Asp Lys Asn Lys Phe Glu Ala Thr Ile Ala Lys Val Gly Ala Thr
20 25 30
Leu Val Asp Leu Lys Val Asn Gly Gln Ser Val Val Leu Gly Tyr Pro
35 40 45
Asp Val Lys Gly Tyr Leu Asn Asp Pro Gly Asn Leu Val Gly Ala Asn
50 55 60
Val Gly Arg Tyr Ala Asn Arg Ile Tyr Lys Gly Val Phe Asn Thr Pro
65 70 75 80
Asp Gly Ala His Gln Leu Thr Val Asn Asn Cys Gly Asn Ala Asn His
85 90 95
Ser Ser Ile Ser Cys Phe Asn Arg Lys Thr Phe Val Ala Ser Pro Val
100 105 110
Glu Asn Ser Ser Arg Asp Val Tyr Ile Ala Lys Leu Thr Leu Leu Asp
115 120 125
Asp His Thr Val Pro Asn Glu Phe Pro Gly Asp Leu Glu Val Thr Val
130 135 140
Thr Tyr Thr Leu Asn Val Ala Glu Met Thr Leu Asp Leu Asp Tyr Arg
145 150 155 160
Ala His Leu Val Lys Gly Asp Ala Thr Pro Ile Asn Met Thr Asn His
165 170 175
Thr Tyr Phe Asn Leu Asn Lys Thr Arg Asn Glu Glu Ser Ile Ile Gly
180 185 190
Thr Glu Ile Asn Ile Cys Ser Asp Lys Ser Leu Glu Val Thr Glu Gly
195 200 205
Ala Leu Ile Pro Thr Gly Lys Ile Ile Lys Arg Asp Ile Ala Thr Phe
210 215 220
Gln Ser Ala His Pro Thr Thr Leu Gly Ser Lys Ala Pro Val Tyr Asp
225 230 235 240
Phe Cys Phe Ile Val Asp Ala Asn Lys Asp Leu Arg Ser Thr Asp Ser
245 250 255
Thr Ser Val Asn Lys Leu Val Pro Val Phe Lys Ala Tyr His Pro Glu
260 265 270
Ser Asn Ile Arg Leu Gln Val Ser Thr Thr Glu Pro Thr Val His Phe
275 280 285
Tyr Thr Gly Asp Ser Leu Gly Gly Lys Phe Val Pro Arg Ser Gly Phe
290 295 300
Ala Val Glu Gln Gly Arg Tyr Ile Asp Ala Ile Asn Arg Ser Glu Trp
305 310 315 320
Arg Asn Cys Val Leu Leu Lys Arg Gly Glu Val Tyr Thr Ser Lys Thr
325 330 335
Gln Tyr Cys Phe Lys Asn 340
<210> 12
<211> 359
<212> PRT
<213> Saccharomyces cerevisiae
<400> 12
Met Gly Ser Lys Asn Thr Leu Leu Val Phe His Leu Lys Gly Val Lys
1 5 10 15
Thr Asp Leu Ala Gly Ala Val Asn Asp Tyr Glu Asn Arg Phe Ile Thr
20 25 30
Ile Gly Ala Gly Ser Lys Phe Glu Ala Thr Ile Ala Asn Leu Gly Ala
35 40 45
Thr Leu Val Asp Leu Lys Val Asn Gly Gln Ser Val Val Leu Gly Tyr
50 55 60
Ser Arg Ala Glu Asp Tyr Asn Ser Asp Gly Gly Asn Tyr Ile Gly Ala
65 70 75 80
Thr Val Gly Arg Phe Ala Asn Arg Ile Lys Glu Gly Leu Phe Thr Leu
85 90 95
Gln Asp Gly Thr His Lys Leu Thr Val Asp Asn Cys Asp Asn Thr Asn
100 105 110
His Ser Ser Ile Ser Ser Phe His Val Lys Lys Phe Leu Gly Pro Leu
115 120 125
Ile Glu Asn Pro Ser Asp Glu Ile Tyr Thr Ala Glu Phe Leu Leu Leu
130 135 140
Asp Asp His Ser Ile Pro Asn Glu Phe Pro Gly Asp Leu Glu Val Ile
145 150 155 160
Val Lys Phe Thr Leu Asn Ile Ala Glu Met Ser Leu Lys Phe Ser Tyr
165 170 175
Gln Ala Gln Leu Ile Asn Gly Glu Ala Thr Pro Ile Asn Met Thr Ser
180 185 190
His Thr Tyr Phe Asn Leu Asn Lys Phe His Asn Glu Gln Ser Ile Ser
195 200 205
Gly Thr Glu Val Arg Val Cys Ser Thr Lys Ser Leu Glu Val Ser Glu
210 215 220
Gly Ala Leu Ile Pro Thr Gly Lys Val Ile Asp Arg Asp Val Ala Thr
225 230 235 240
Phe Asp Ser Ala Gly Pro Thr Thr Leu Gly Gly Asp Gly Pro Thr Tyr
245 250 255
Asp Tyr Cys Phe Ile Ser Asp Glu Asn Lys Gly Leu Lys Ser Pro Asp
260 265 270
Ser Arg Ser Gln Asn Glu Leu Arg Pro Val Leu Lys Ala Tyr His Pro
275 280 285
Glu Ser Lys Ile Thr Leu Glu Val Ser Thr Thr Glu Pro Ser Phe Val
290 295 300
Leu Tyr Ser Gly Asp Asn Leu Phe Gly Lys Phe Ile Pro Arg Gln Gly
305 310 315 320
Phe Cys Val Glu Gln Gly Arg Tyr Ile Asp Ala Ile Asn Arg Asp Asp
325 330 335
Trp Lys Asp Cys Val Leu Leu Lys Arg Gly Asp Val Tyr Thr Ser Glu
340 345 350
Thr Gln Tyr Arg Phe Glu Asn 355
<210> 13
<211> 341
<212> PRT
<213> Saccharomyces cerevisiae
<400> 13
Met Ser Asn Asn Lys Ala Gly Gly Glu Tyr Glu Val Ile Thr Ile Gly
1 5 10 15
Asp Ala Lys Lys Leu Gln Ala Thr Ile Ser Glu Leu Gly Ala Thr Leu
20 25 30
Leu Asp Leu Lys Val Asn Asn Glu Ser Ile Val Leu Gly Tyr Pro Asp
35 40 45
Ile His Gly Tyr Ile Ser Asp Gly Tyr Asn Tyr Ile Gly Ala Thr Val
50 55 60
Gly Arg Tyr Ala Asn Arg Ile Tyr Lys Gly Met Phe Ser Met Glu Asp
65 70 75 80
Gly Pro His Gln Leu Thr Val Asn Asn Cys Gly Asn Thr Asn His Ser
85 90 95
Ser Ile Ser Ser Phe His Leu Lys Lys Tyr Lys Ala Ser Lys Val Gln
100 105 110
Asn Pro Leu Asp Asp Leu Tyr Ile Val Glu Phe Thr Leu Leu Asp Asp
115 120 125
Arg Thr Leu Pro Asn Glu Phe Pro Gly Asp Leu Ala Val Asn Leu Lys
130 135 140
Tyr Thr Leu Asn Val Ala Asp Met Thr Leu Asp Leu Glu Tyr Glu Ala
145 150 155 160
Lys Leu Val Ser Gly Glu Ala Thr Pro Ile Asn Met Thr Asn His Thr
165 170 175
Tyr Phe Asn Leu Asn Lys Thr Met Asp Lys Lys Ser Ile Ser Gly Thr
180 185 190
Glu Val Arg Leu Cys Ser Asp Lys Ser Leu Glu Val Ser Glu Gly Ala
195 200 205
Leu Ile Pro Thr Gly Lys Ile Val Gln Arg Lys Ile Ala Thr Phe Asp
210 215 220
Ser Ser Lys Pro Thr Ile Leu Gln Asp Asp Gly Pro Ile Tyr Asp Tyr
225 230 235 240
Ala Phe Ile Val Asp Glu Asn Lys Asn Leu Lys Thr Thr Asp Ser Val
245 250 255
Ser Val Asn Lys Leu Val Pro Ala Phe Lys Ala Tyr His Pro Ala Ser
260 265 270
Arg Leu Ser Leu Glu Val Ser Thr Thr Glu Pro Thr Val Leu Phe Tyr
275 280 285
Thr Gly Asp Asn Leu Cys Asp Gly Phe Thr Pro Arg Ser Gly Phe Ala
290 295 300
Val Glu Gln Gly Arg Tyr Val Asp Ala Ile Asn Arg Asp Gly Trp Arg
305 310 315 320
Asp Cys Val Leu Leu Arg Arg Gly Glu Val Tyr Thr Ser Lys Thr Arg
325 330 335
Tyr Arg Phe Ala Val 340
<210> 14
<211> 360
<212> PRT
<213> Saccharomyces cerevisiae
<400> 14
Met Ser Asn Asp Gly Gln Gln Lys Lys Leu Ala Thr Ile Asp Asn Lys
1 5 10 15
Leu Glu Met Thr Asn Ser Asn Thr Glu Asn Lys Tyr Lys Val Ile Thr
20 25 30
Ile Gly Asp Glu Lys Arg Phe Gln Ala Thr Ile Ala Pro Leu Gly Ala
35 40 45
Thr Leu Val Asp Leu Lys Val Asn Asn Gln Ser Val Val Gln Gly Tyr
50 55 60
Ser Asn Val Gln Asp Tyr Leu Thr Asp Gly Asn Met Met Gly Ala Thr
65 70 75 80
Val Gly Arg Tyr Ala Asn Arg Ile Ala Lys Gly Val Phe Ser Leu Glu
85 90 95
Asp Gly Pro His Lys Leu Thr Val Asn Asn Cys Gly Asn Thr Asn His
100 105 110
Ser Ser Ile Ser Ser Leu Asn Leu Lys Gln Tyr Arg Ala Ser Pro Val
115 120 125
Glu Asn Pro Ser Lys Asp Val Phe Val Val Glu Phe Lys Leu Leu Asp
130 135 140
Asp His Thr Gln Pro Asn Pro Asn Glu Phe Pro Gly Asp Leu Glu Val
145 150 155 160
Thr Val Lys Tyr Thr Leu Asn Val Ala Glu Met Thr Leu Gly Met Lys
165 170 175
Tyr Gln Ala Gln Leu Val Arg Gly Asp Ala Thr Pro Ile Asn Met Thr
180 185 190
Asn His Ser Tyr Phe Asn Leu Asn Lys Thr Lys Asn Glu Lys Ser Ile
195 200 205
Ser Gly Thr Glu Val Lys Val Cys Ser Asn Lys Ser Leu Glu Val Thr
210 215 220
Glu Gly Ala Leu Leu Pro Thr Glu Lys Ile Ile Glu Arg Lys Ile Ala
225 230 235 240
Thr Phe Asp Ser Ala Lys Pro Thr Val Leu His Asp Asp Ala Pro Val
245 250 255
Phe Asp Cys Thr Phe Ile Ile Asp Ala Asn Lys Asp Leu His Thr Thr
260 265 270
Asp Ser Val Ser Val Asn Lys Leu Val Pro Val Phe Lys Ala Tyr His
275 280 285
Pro Glu Ser Arg Ile Thr Phe Glu Val Ser Thr Thr Glu Pro Thr Val
290 295 300
His Leu Tyr Thr Gly Asp Asn Leu Cys Gly Lys Phe Thr Pro Arg Ser
305 310 315 320
Gly Phe Ala Val Gln Gln Gly Arg Tyr Val Asp Ala Ile Asn His Asp
325 330 335
Lys Trp Arg Asp Cys Val Leu Leu Lys Arg Gly Glu Val Tyr Thr Ser
340 345 350
Glu Thr Gln Tyr Arg Phe Gly Ile 355 360
<210> 15
<211> 342
<212> PRT
<213> Saccharomyces cerevisiae
<400> 15
Met Ser Asn Ser Asn Gly Asp Asn Lys Tyr Gly Val Ile Thr Ile Gly
1 5 10 15
Asp Glu Lys Lys Phe Gln Ala Thr Ile Ala Pro Leu Gly Ala Thr Leu
20 25 30
Val Asp Leu Lys Val Asn Gly Gln Ser Val Val Gln Gly Tyr Ser Asn
35 40 45
Val Gln Asp Tyr Leu Thr Asp Gly Asn Met Met Gly Ala Thr Val Gly
50 55 60
Arg Tyr Ala Asn Arg Ile Ala Lys Gly Val Phe Ser Leu Asp Asp Gly
65 70 75 80
Pro His Lys Leu Thr Val Asn Asn Cys Gly Asn Thr Asn His Ser Ser
85 90 95
Ile Ser Ser Leu Asn Leu Lys Gln Tyr Lys Ala Ser Pro Val Glu Asn
100 105 110
Pro Ser Lys Gly Val Tyr Val Val Glu Phe Lys Leu Leu Asp Asp His
115 120 125
Thr Gln Pro Asn Pro Asn Glu Phe Pro Gly Asp Leu Glu Val Thr Val
130 135 140
Lys Tyr Thr Leu Asn Val Ala Glu Met Thr Leu Asp Met Glu Tyr Gln
145 150 155 160
Ala Gln Leu Val Arg Gly Asp Ala Thr Pro Ile Asn Met Thr Asn His
165 170 175
Ser Tyr Phe Asn Leu Asn Lys Val Lys Ser Glu Lys Ser Ile Arg Gly
180 185 190
Thr Glu Val Lys Val Cys Ser Asn Lys Ser Leu Glu Val Thr Glu Gly
195
200
205
Ala Leu Leu Pro Thr Gly Lys Ile Ile Glu Arg Asn Ile Ala Thr Phe
210 215 220
Asp Ser Thr Lys Pro Thr Val Leu His Glu Asp Thr Pro Val Phe Asp
225 230 235 240
Cys Thr Phe Ile Ile Asp Ala Asn Lys Asp Leu Lys Thr Thr Asp Ser
245 250 255
Val Ser Val Asn Lys Leu Val Pro Val Phe Lys Ala Tyr His Pro Glu
260 265 270
Ser His Ile Lys Phe Glu Val Ser Thr Thr Glu Pro Thr Val His Leu
275 280 285
Tyr Thr Gly Asp Asn Leu Cys Gly Lys Phe Val Pro Arg Ser Gly Phe
290 295 300
Ala Val Gln Gln Gly Arg Tyr Val Asp Ala Ile Asn Arg Asp Glu Trp
305 310 315 320
Arg Gly Cys Val Leu Leu Lys Arg Gly Glu Val Tyr Thr Ser Lys Thr
325 330 335
Gln Tyr Lys Phe Asp Ile 340
<210> 16
<211> 334
<212> PRT
<213> Lactococcus lactis
<400> 16
Met Thr Phe Thr Ile Ser Lys Glu Ser Leu Pro Phe Arg Ala Asp Lys
1 5 10 15
Ser Ile Ser Gln Ile Thr Leu Ser Asn Glu Arg Leu Thr Ile Val Val
20 25 30
His Asp Tyr Gly Ala Arg Ala His Gln Leu Leu Thr Pro Asp Lys Asn
35 40 45
Gly Thr Phe Glu Asn Ile Leu Leu Ser Lys Asn Asp Ser Glu Thr Tyr
50 55 60
Ala Asn Asp Gly Gly Tyr Tyr Gly Val Ile Cys Gly Pro Val Ala Gly
65 70 75 80
Arg Ile Ser Gly Ala Thr Tyr Asp Ser Val Ser Leu Glu Ala Asn Glu
85 90 95
Gly Lys Asn Asn Leu His Ser Gly Ser His Gly Trp Glu Arg Gln Phe
100 105 110
Trp Ser Tyr Glu Thr Phe Glu Thr Ala Ser Ser Leu Gly Ile Lys Leu
115 120 125
Ser Leu Arg Asp Glu Glu Ser Gly Phe Pro Gly Gln Ile Gln Ala Glu
130 135 140
Val Thr Tyr Lys Leu Thr Asp Asn Lys Leu Glu Val Thr Ile Ser Gly
145 150 155 160
Leu Ser Val Thr Asp Thr Val Phe Asn Pro Ala Trp His Pro Tyr Phe
165 170 175
Asn Leu Ser Ala Glu Leu Ser Thr Thr His Glu His Phe Ile Gln Ala
180 185 190
Asn Val Asp Phe Leu Val Glu Thr Asn Gln Glu Asn Ile Pro Thr Gly
195 200 205
Arg Leu Leu Thr Val Asp Asp Ser Ser Tyr Ser Ile Lys Glu Ser Val
210 215 220
Ser Ile Lys Lys Leu Leu Lys Asp Asn Pro Glu Gly Leu Asp Asp Cys
225 230 235 240
Phe Val Phe Asn Pro Lys Gly Asp Lys Ser Leu Met Leu Tyr Asp Pro
245 250 255
Leu Ser Gly Arg Lys Leu Val Ala Gln Thr Asp Arg Gln Ala Val Val
260 265 270
Ile Tyr Thr Ala Thr Asn Pro Glu Ile Glu Ser Met Ile Asn Gly Arg
275 280 285
Pro Met Ser Lys Asn Arg Gly Ile Ala Ile Glu Phe Gln Glu Ile Pro
290 295 300
Asp Leu Val His His Pro Glu Trp Gly Thr Ile Glu Leu Lys Ala Gly
305 310 315 320
Gln Lys Lys Thr Phe Ile Thr Glu Tyr Leu Phe Thr Thr Asn 325 330
<210> 17
<211> 442
<212> PRT
<213> Eubacterium saburreum
<400> 17
Met Lys Glu Phe Phe Pro Gly Ile Ser Pro Val Lys Phe Glu Gly Arg
1 5 10 15
Asp Ser Lys Asn Pro Leu Ser Phe Lys Tyr Tyr Asp Ala Lys Arg Val
20 25 30
Ile Met Gly Lys Thr Met Glu Glu His Leu Ser Phe Ala Met Ala Trp
35 40 45
Trp His Asn Leu Cys Ala Cys Gly Val Asp Met Phe Gly Gln Gly Thr
50 55 60
Val Asp Lys Ser Phe Gly Glu Ser Ser Gly Thr Met Glu His Ala Arg
65 70 75 80
Ala Lys Val Asp Ala Gly Ile Glu Phe Met Lys Lys Leu Gly Ile Lys
85 90 95
Tyr Tyr Cys Phe His Asp Thr Asp Ile Val Pro Glu Asp Gln Glu Asp
100 105 110
Ile Asn Val Thr Asn Ala Arg Leu Asp Glu Ile Thr Asp Tyr Ile Leu
115 120 125
Glu Lys Thr Lys Asp Thr Asp Ile Lys Cys Leu Trp Thr Thr Cys Asn
130 135 140
Met Phe Ser Asn Pro Arg Phe Met Asn Gly Ala Gly Ser Ser Asn Ser
145 150 155 160
Ala Asp Val Phe Cys Phe Ala Ala Ala Gln Ala Lys Lys Gly Leu Glu
165 170 175
Asn Ala Val Lys Leu Gly Ala Lys Gly Phe Val Phe Trp Gly Gly Arg
180 185 190
Glu Gly Tyr Glu Thr Leu Leu Asn Thr Asp Met Lys Leu Glu Glu Glu
195 200 205
Asn Ile Ala Thr Leu Phe Thr Met Cys Arg Asp Tyr Gly Arg Ser Ile
210 215 220
Gly Phe Met Gly Asp Phe Tyr Ile Glu Pro Lys Pro Lys Glu Pro Met
225 230 235 240
Lys His Gln Tyr Asp Phe Asp Ala Ala Thr Ala Ile Gly Phe Leu Arg
245 250 255
Lys Tyr Gly Leu Asp Lys Asp Phe Lys Leu Asn Ile Glu Ala Asn His
260 265 270
Ala Thr Leu Ala Gly His Thr Phe Gln His Glu Leu Arg Val Cys Ala
275 280 285
Val Asn Gly Met Met Gly Ser Val Asp Ala Asn Gln Gly Asp Thr Leu
290 295 300
Leu Gly Trp Asp Thr Asp Gln Phe Pro Thr Asn Val Tyr Asp Thr Thr
305 310 315 320
Leu Ala Met Tyr Glu Ile Leu Lys Ala Gly Gly Leu Arg Gly Gly Leu
325 330 335
Asn Phe Asp Ser Lys Asn Arg Arg Pro Ser Asn Thr Ala Asp Asp Met
340 345 350
Phe Tyr Gly Phe Ile Ala Gly Met Asp Thr Phe Ala Leu Gly Leu Ile
355 360 365
Lys Ala Ala Glu Ile Ile Glu Asp Gly Arg Ile Asp Asp Phe Val Lys
370 375 380
Glu Arg Tyr Ala Ser Tyr Asn Ser Gly Ile Gly Lys Lys Ile Arg Asn
385 390 395 400
Arg Lys Val Thr Leu Ile Glu Cys Ala Glu Tyr Ala Ala Lys Leu Lys
405 410 415
Lys Pro Glu Leu Pro Glu Ser Gly Arg Gln Glu Tyr Leu Glu Ser Val
420 425 430
Val Asn Asn Ile Leu Phe Gly Gly Ser Gly 435 440
<210> 18
<211> 437
<212> PRT
<213> Piromyces sp. E2
<400> 18
Met Ala Lys Glu Tyr Phe Pro Gln Ile Gln Lys Ile Lys Phe Glu Gly
1 5 10 15
Lys Asp Ser Lys Asn Pro Leu Ala Phe His Tyr Tyr Asp Ala Glu Lys
20 25 30
Glu Val Met Gly Lys Lys Met Lys Asp Trp Leu Arg Phe Ala Met Ala
35 40 45
Trp Trp His Thr Leu Cys Ala Glu Gly Ala Asp Gln Phe Gly Gly Gly
50 55 60
Thr Lys Ser Phe Pro Trp Asn Glu Gly Thr Asp Ala Ile Glu Ile Ala
65 70 75 80
Lys Gln Lys Val Asp Ala Gly Phe Glu Ile Met Gln Lys Leu Gly Ile
85 90 95
Pro Tyr Tyr Cys Phe His Asp Val Asp Leu Val Ser Glu Gly Asn Ser
100 105 110
Ile Glu Glu Tyr Glu Ser Asn Leu Lys Ala Val Val Ala Tyr Leu Lys
115 120 125
Glu Lys Gln Lys Glu Thr Gly Ile Lys Leu Leu Trp Ser Thr Ala Asn
130 135 140
Val Phe Gly His Lys Arg Tyr Met Asn Gly Ala Ser Thr Asn Pro Asp
145 150 155 160
Phe Asp Val Val Ala Arg Ala Ile Val Gln Ile Lys Asn Ala Ile Asp
165 170 175
Ala Gly Ile Glu Leu Gly Ala Glu Asn Tyr Val Phe Trp Gly Gly Arg
180 185 190
Glu Gly Tyr Met Ser Leu Leu Asn Thr Asp Gln Lys Arg Glu Lys Glu
195 200 205
His Met Ala Thr Met Leu Thr Met Ala Arg Asp Tyr Ala Arg Ser Lys
210 215 220
Gly Phe Lys Gly Thr Phe Leu Ile Glu Pro Lys Pro Met Glu Pro Thr
225 230 235 240
Lys His Gln Tyr Asp Val Asp Thr Glu Thr Ala Ile Gly Phe Leu Lys
245 250 255
Ala His Asn Leu Asp Lys Asp Phe Lys Val Asn Ile Glu Val Asn His
260 265 270
Ala Thr Leu Ala Gly His Thr Phe Glu His Glu Leu Ala Cys Ala Val
275 280 285
Asp Ala Gly Met Leu Gly Ser Ile Asp Ala Asn Arg Gly Asp Tyr Gln
290 295 300
Asn Gly Trp Asp Thr Asp Gln Phe Pro Ile Asp Gln Tyr Glu Leu Val
305 310 315 320
Gln Ala Trp Met Glu Ile Ile Arg Gly Gly Gly Phe Val Thr Gly Gly
325 330 335
Thr Asn Phe Asp Ala Lys Thr Arg Arg Asn Ser Thr Asp Leu Glu Asp
340 345 350
Ile Ile Ile Ala His Val Ser Gly Met Asp Ala Met Ala Arg Ala Leu
355 360 365
Glu Asn Ala Ala Lys Leu Leu Gln Glu Ser Pro Tyr Thr Lys Met Lys
370 375 380
Lys Glu Arg Tyr Ala Ser Phe Asp Ser Gly Ile Gly Lys Asp Phe Glu
385 390 395 400
Asp Gly Lys Leu Thr Leu Glu Gln Val Tyr Glu Tyr Gly Lys Lys Asn
405 410 415
Gly Glu Pro Lys Gln Thr Ser Gly Lys Gln Glu Leu Tyr Glu Ala Ile
420 425 430
Val Ala Met Tyr Gln 435
<210> 19
<211> 437
<212> PRT
<213> Orpinomyces sp. PC-2
<400> 19
Met Thr Lys Glu Tyr Phe Pro Thr Ile Gly Lys Ile Arg Phe Glu Gly
1 5 10 15
Lys Asp Ser Lys Asn Pro Met Ala Phe His Tyr Tyr Asp Ala Glu Lys
20 25 30
Glu Val Met Gly Lys Lys Met Lys Asp Trp Leu Arg Phe Ala Met Ala
Trp Trp His Thr Leu Cys Ala Asp Gly Ala Asp Gln Phe Gly Val Gly
50 55 60
Thr Lys Ser Phe Pro Trp Asn Glu Gly Thr Asp Pro Ile Ala Ile Ala
65 70 75 80
Lys Gln Lys Val Asp Ala Gly Phe Glu Ile Met Thr Lys Leu Gly Ile
85 90 95
Glu His Tyr Cys Phe His Asp Val Asp Leu Val Ser Glu Gly Asn Ser
100 105 110
Ile Glu Glu Tyr Glu Ser Asn Leu Lys Gln Val Val Ala Tyr Leu Lys
115 120 125
Gln Lys Gln Gln Glu Thr Gly Ile Lys Leu Leu Trp Ser Thr Ala Asn
130 135 140
Val Phe Gly Asn Pro Arg Tyr Met Asn Gly Ala Ser Thr Asn Pro Asp
145 150 155 160
Phe Asp Val Val Ala Arg Ala Ile Val Gln Ile Lys Asn Ala Met Asp
165 170 175
Ala Gly Ile Glu Leu Gly Ala Glu Asn Tyr Val Phe Trp Gly Gly Arg
180 185 190
Glu Gly Tyr Met Ser Leu Leu Asn Thr Asp Gln Lys Arg Glu Lys Glu
195 200 205
His Met Ala Thr Met Leu Thr Met Ala Arg Asp Tyr Ala Arg Ser Lys
210 215 220
Gly Phe Lys Gly Thr Phe Leu Ile Glu Pro Lys Pro Met Glu Pro Thr
225 230 235 240
Lys His Gln Tyr Asp Val Asp Thr Glu Thr Val Ile Gly Phe Leu Arg
245 250 255
Ala His Asn Leu Asp Lys Asp Phe Lys Val Asn Ile Glu Val Asn His
260 265 270
Ala Thr Leu Ala Gly His Thr Phe Glu His Glu Leu Ala Cys Ala Val
275 280 285
Asp Ala Gly Met Leu Gly Ser Ile Asp Ala Asn Arg Gly Asp Tyr Gln
290 295 300
Asn Gly Trp Asp Thr Asp Gln Phe Pro Ile Asp Gln Tyr Glu Leu Val
305 310 315 320
Gln Ala Trp Met Glu Ile Ile Arg Gly Gly Gly Phe Val Thr Gly Gly
325 330 335
Thr Asn Phe Asp Ala Lys Thr Arg Arg Asn Ser Thr Asp Leu Glu Asp
340 345 350
Ile Ile Ile Ala His Ile Ser Gly Met Asp Ala Met Ala Arg Ala Leu
355 360 365
Glu Asn Ala Ala Lys Leu Leu Gln Glu Ser Pro Tyr Cys Asn Met Lys
370 375 380
Lys Glu Arg Tyr Ala Ser Phe Asp Ser Gly Ile Gly Lys Asp Phe Glu
385 390 395 400
Asp Gly Lys Leu Thr Leu Glu Gln Val Tyr Glu Tyr Gly Lys Lys Asn
405 410 415
Gly Glu Pro Lys Val Thr Ser Gly Lys Gln Glu Leu Tyr Glu Ala Ile
420 425 430
Val Ala Met Tyr Gln 435
<210> 20
<211> 438
<212> PRT
<213> Clostrium phytofermentans
<400> 20
Met Lys Asn Tyr Phe Pro Asn Val Pro Glu Val Lys Tyr Glu Gly Pro
1 5 10 15
Asn Ser Thr Asn Pro Phe Ala Phe Lys Tyr Tyr Asp Ala Glu Arg Ile
20 25 30
Val Ala Gly Lys Thr Met Lys Glu His Cys Arg Phe Ala Leu Ser Trp
35 40 45
Trp His Thr Leu Cys Ala Gly Gly Ala Asp Pro Phe Gly Val Thr Thr
50 55 60
Met Asp Arg Ser Tyr Gly Asn Ile Thr Asp Pro Met Glu Phe Ala Lys
65 70 75 80
Ala Lys Val Asp Ala Gly Phe Glu Leu Met Thr Lys Leu Gly Ile Glu
85 90 95
Tyr Phe Cys Phe His Asp Ala Asp Ile Ala Pro Glu Gly Glu Asn Phe
100 105 110
Glu Glu Ser Lys Lys Asn Leu Phe Val Ile Val Asp Tyr Ile Lys Glu
115 120 125
Lys Met Asp Gln Thr Gly Ile Lys Leu Leu Trp Gly Thr Ala Asn Asn
130 135 140
Phe Gly His Pro Arg Phe Met His Gly Ala Ser Thr Ser Cys Asn Ala
145 150 155 160
Asp Val Phe Ala Tyr Ala Ala Ala Lys Ile Lys Asn Ala Leu Asp Ala
165 170 175
Thr Ile Lys Leu Gly Gly Lys Gly Tyr Val Phe Trp Gly Gly Arg Glu
180 185 190
Gly Tyr Glu Thr Leu Leu Asn Thr Asp Leu Gly Leu Glu Leu Asp Asn
195 200 205
Met Ala Arg Leu Met Lys Met Ala Val Glu Tyr Gly Arg Ala Asn Gly
210 215 220
Phe Asp Gly Asp Phe Tyr Ile Glu Pro Lys Pro Lys Glu Pro Thr Lys
225 230 235 240
His Gln Tyr Asp Phe Asp Thr Ala Thr Val Leu Gly Phe Leu Arg Lys
245 250 255
Tyr Gly Leu Glu Lys Asp Phe Lys Met Asn Ile Glu Ala Asn His Ala
260 265 270
Thr Leu Ala Gly His Thr Phe Glu His Glu Leu Ala Leu Ala Arg Val
275 280 285
Asn Gly Val Phe Gly Ser Val Asp Ala Asn Gln Gly Asp Pro Asn Leu
290 295 300
Gly Trp Asp Thr Asp Gln Phe Pro Thr Asp Val His Ser Ala Thr Leu
305 310 315 320
Ala Met Leu Glu Val Leu Lys Ala Gly Gly Phe Thr Asn Gly Gly Leu
325 330 335
Asn Phe Asp Ala Lys Val Arg Arg Gly Ser Phe Glu Phe Asp Asp Ile
340 345 350
Ala Tyr Gly Tyr Ile Ala Gly Met Asp Thr Phe Ala Leu Gly Leu Ile
355 360 365
Lys Ala Ala Glu Ile Ile Glu Asp Gly Arg Ile Ala Lys Phe Val Glu
370 375 380
Asp Arg Tyr Ala Ser Tyr Lys Thr Gly Ile Gly Lys Ala Ile Val Asp
385 390 395 400
Gly Thr Thr Ser Leu Glu Glu Leu Glu Gln Tyr Val Leu Thr His Asn
405 410 415
Glu Pro Val Met Gln Ser Gly Arg Gln Glu Val Leu Glu Ser Ile Val
420 425 430
Asn Asn Ile Leu Phe Arg
435
<210> 21
<211> 438
<212> PRT
<213> Ruminococcus flavefaciens
<400> 21
Met Glu Phe Phe Ser Asn Ile Gly Lys Ile Gln Tyr Gln Gly Pro Lys
1 5 10 15
Ser Thr Asp Pro Leu Ser Phe Lys Tyr Tyr Asn Pro Glu Glu Val Ile
20 25 30
Asn Gly Lys Thr Met Arg Glu His Leu Lys Phe Ala Leu Ser Trp Trp
35 40 45
His Thr Met Gly Gly Asp Gly Thr Asp Met Phe Gly Cys Gly Thr Thr
50 55 60
Asp Lys Thr Trp Gly Gln Ser Asp Pro Ala Ala Arg Ala Lys Ala Lys
65 70 75 80
Val Asp Ala Ala Phe Glu Ile Met Asp Lys Leu Ser Ile Asp Tyr Tyr
85 90 95
Cys Phe His Asp Arg Asp Leu Ser Pro Glu Tyr Gly Ser Leu Lys Ala
100 105 110
Thr Asn Asp Gln Leu Asp Ile Val Thr Asp Tyr Ile Lys Glu Lys Gln
115 120 125
Gly Asp Lys Phe Lys Cys Leu Trp Gly Thr Ala Lys Cys Phe Asp His
130 135 140
Pro Arg Phe Met His Gly Ala Gly Thr Ser Pro Ser Ala Asp Val Phe
145 150 155 160
Ala Phe Ser Ala Ala Gln Ile Lys Lys Ala Leu Glu Ser Thr Val Lys
165 170 175
Leu Gly Gly Asn Gly Tyr Val Phe Trp Gly Gly Arg Glu Gly Tyr Glu
180 185 190
Thr Leu Leu Asn Thr Asn Met Gly Leu Glu Leu Asp Asn Met Ala Arg
195 200 205
Leu Met Lys Met Ala Val Glu Tyr Gly Arg Ser Ile Gly Phe Lys Gly
210 215 220
Asp Phe Tyr Ile Glu Pro Lys Pro Lys Glu Pro Thr Lys His Gln Tyr
225 230 235 240
Asp Phe Asp Thr Ala Thr Val Leu Gly Phe Leu Arg Lys Tyr Gly Leu
245 250 255
Asp Lys Asp Phe Lys Met Asn Ile Glu Ala Asn His Ala Thr Leu Ala
260 265 270
Gln His Thr Phe Gln His Glu Leu Arg Val Ala Arg Asp Asn Gly Val
275 280 285
Phe Gly Ser Ile Asp Ala Asn Gln Gly Asp Val Leu Leu Gly Trp Asp
290 295 300
Thr Asp Gln Phe Pro Thr Asn Ile Tyr Asp Thr Thr Met Cys Met Tyr
305 310 315 320
Glu Val Ile Lys Ala Gly Gly Phe Thr Asn Gly Gly Leu Asn Phe Asp
325 330 335
Ala Lys Ala Arg Arg Gly Ser Phe Thr Pro Glu Asp Ile Phe Tyr Ser
340 345 350
Tyr Ile Ala Gly Met Asp Ala Phe Ala Leu Gly Phe Arg Ala Ala Leu
355 360 365
Lys Leu Ile Glu Asp Gly Arg Ile Asp Lys Phe Val Ala Asp Arg Tyr
370 375 380
Ala Ser Trp Asn Thr Gly Ile Gly Ala Asp Ile Ile Ala Gly Lys Ala
385 390 395 400
Asp Phe Ala Ser Leu Glu Lys Tyr Ala Leu Glu Lys Gly Glu Val Thr
405 410 415
Ala Ser Leu Ser Ser Gly Arg Gln Glu Met Leu Glu Ser Ile Val Asn
420 425 430
Asn Val Leu Phe Ser Leu
435
<210> 22
<211> 438
<212> PRT
<213> Bacteroides uniformis
<400> 22
Met Ala Thr Lys Glu Tyr Phe Pro Gly Ile Gly Lys Ile Lys Phe Glu
1 5 10 15
Gly Lys Glu Ser Lys Asn Pro Met Ala Phe Arg Tyr Tyr Asp Ala Asp
20 25 30
Lys Val Ile Met Gly Lys Lys Met Ser Glu Trp Leu Lys Phe Ala Met
35 40 45
Ala Trp Trp His Thr Leu Cys Ala Glu Gly Gly Asp Gln Phe Gly Gly
50 55 60
Gly Thr Lys Lys Phe Pro Trp Asn Gly Glu Ala Asp Lys Val Gln Ala
65 70 75 80
Ala Lys Asn Lys Met Asp Ala Gly Phe Glu Phe Met Gln Lys Met Gly
85 90 95
Ile Glu Tyr Tyr Cys Phe His Asp Val Asp Leu Cys Glu Glu Ala Glu
100 105 110
Thr Ile Glu Glu Tyr Glu Ala Asn Leu Lys Glu Ile Val Ala Tyr Ala
115 120 125
Lys Gln Lys Gln Ala Glu Thr Gly Ile Lys Leu Leu Trp Gly Thr Ala
130 135 140
Asn Val Phe Gly His Ala Arg Tyr Met Asn Gly Ala Ala Thr Asn Pro
145 150 155 160
Asp Phe Asp Val Val Ala Arg Ala Ala Ile Gln Ile Lys Asn Ala Ile
165 170 175
Asp Ala Thr Ile Glu Leu Gly Gly Ser Asn Tyr Val Phe Trp Gly Gly
180 185 190
Arg Glu Gly Tyr Met Ser Leu Leu Asn Thr Asp Gln Lys Arg Glu Lys
195 200 205
Glu His Leu Ala Gln Met Leu Thr Ile Ala Arg Asp Tyr Ala Arg Ala
210 215 220
Arg Gly Phe Lys Gly Thr Phe Leu Ile Glu Pro Lys Pro Met Glu Pro
225 230 235 240
Thr Lys His Gln Tyr Asp Val Asp Thr Glu Thr Val Ile Gly Phe Leu
245 250 255
Lys Ala His Asn Leu Asp Lys Asp Phe Lys Val Asn Ile Glu Val Asn
260 265 270
His Ala Thr Leu Ala Gly His Thr Phe Glu His Glu Leu Ala Val Ala
275 280 285
Val Asp Asn Gly Met Leu Gly Ser Ile Asp Ala Asn Arg Gly Asp Tyr
290 295 300
Gln Asn Gly Trp Asp Thr Asp Gln Phe Pro Ile Asp Asn Phe Glu Leu
305 310 315 320
Thr Gln Ala Met Met Gln Ile Ile Arg Asn Gly Gly Phe Gly Asn Gly
325 330 335
Gly Thr Asn Phe Asp Ala Lys Thr Arg Arg Asn Ser Thr Asp Leu Glu
340 345 350
Asp Ile Phe Ile Ala His Ile Ala Gly Met Asp Val Met Ala Arg Ala
355 360 365
Leu Glu Ser Ala Ala Lys Leu Leu Glu Glu Ser Pro Tyr Lys Lys Met
370 375 380
Leu Ala Asp Arg Tyr Ala Ser Phe Asp Ser Gly Lys Gly Lys Glu Phe
385 390 395 400
Glu Asp Gly Lys Leu Thr Leu Glu Asp Leu Val Ala Tyr Ala Lys Ala
405 410 415
Asn Gly Glu Pro Lys Gln Thr Ser Gly Lys Gln Glu Leu Tyr Glu Ala
420 425 430
Ile Val Asn Met Tyr Cys 435
<210> 23
<211> 439
<212> PRT
<213> Clostridium cellulolyticum
<400> 23
Met Ser Glu Val Phe Ser Gly Ile Ser Asn Ile Lys Phe Glu Gly Ser
1 5 10 15
Gly Ser Asp Asn Pro Leu Ala Phe Lys Tyr Tyr Asp Pro Lys Ala Val
20 25 30
Ile Gly Gly Lys Thr Met Glu Glu His Leu Arg Phe Ala Val Ala Tyr
35 40 45
Trp His Thr Phe Ala Ala Pro Gly Ala Asp Met Phe Gly Ala Gly Ser
50 55 60
Tyr Val Arg Pro Trp Asn Thr Met Ser Asp Pro Leu Glu Ile Ala Lys
65 70 75 80
Tyr Lys Val Glu Ala Asn Phe Glu Phe Ile Glu Lys Leu Gly Ala Pro
85 90 95
Phe Phe Ala Phe His Asp Arg Asp Ile Ala Pro Glu Gly Asp Thr Leu
100 105 110
Ala Glu Thr Asn Lys Asn Leu Asp Thr Ile Val Ser Val Ile Lys Asp
115 120 125
Arg Met Lys Ser Ser Pro Val Lys Leu Leu Trp Gly Thr Thr Asn Ala
130 135 140
Phe Gly Asn Pro Arg Phe Met His Gly Ala Ser Thr Ser Pro Asn Ala
145 150 155 160
Asp Ile Phe Ala Tyr Ala Ala Ala Gln Val Lys Lys Ala Met Glu Ile
165 170 175
Thr Lys Glu Leu Gly Gly Glu Asn Tyr Val Phe Trp Gly Gly Arg Glu
180
185
190
Gly Tyr Glu Thr Leu Leu Asn Thr Asp Met Lys Leu Glu Leu Asp Asn
195 200 205
Leu Ala Arg Phe Leu Lys Met Ala Val Asp Tyr Ala Lys Glu Ile Gly
210 215 220
Phe Asp Gly Gln Phe Leu Ile Glu Pro Lys Pro Lys Glu Pro Thr Lys
225 230 235 240
His Gln Tyr Asp Phe Asp Thr Ala Thr Val Ile Gly Phe Leu Lys Thr
245 250 255
Tyr Gly Leu Asp Pro Tyr Phe Lys Met Asn Ile Glu Ala Asn His Ala
260 265 270
Thr Leu Ala Gly His Thr Phe Gln His Glu Leu Ala Met Cys Arg Ile
275 280 285
Asn Asp Met Leu Gly Ser Ile Asp Ala Asn Gln Gly Asp Val Met Leu
290 295 300
Gly Trp Asp Thr Asp Gln Phe Pro Thr Asn Leu Tyr Asp Ala Thr Leu
305 310 315 320
Ala Met Val Glu Val Leu Lys Ala Gly Gly Leu Lys Lys Gly Gly Leu
325 330 335
Asn Phe Asp Ser Lys Val Arg Arg Gly Ser Phe Glu Pro Ser Asp Leu
340 345 350
Phe Tyr Gly His Ile Ala Gly Met Asp Thr Phe Ala Lys Gly Leu Ile
355 360 365
Ile Ala Asn Lys Ile Val Glu Asp Gly Lys Phe Asp Ala Phe Val Ala
370 375 380
Asp Arg Tyr Ser Ser Tyr Thr Asn Gly Ile Gly Lys Asp Ile Val Glu
385 390 395 400
Gly Lys Val Gly Phe Lys Glu Leu Glu Gln Tyr Ala Leu Thr Ala Lys
405 410 415
Ile Gln Asn Lys Ser Gly Arg Gln Glu Met Leu Glu Ala Leu Leu Asn
420 425 430
Gln Tyr Ile Leu Glu Thr Lys
<210> 24
<211> 444
<212> PRT
<213> Thermotoga maritima
<400> 24
Met Ala Glu Phe Phe Pro Glu Ile Pro Lys Ile Gln Phe Glu Gly Lys
1 5 10 15
Glu Ser Thr Asn Pro Leu Ala Phe Arg Phe Tyr Asp Pro Asn Glu Val
20 25 30
Ile Asp Gly Lys Pro Leu Lys Asp His Leu Lys Phe Ser Val Ala Phe
35 40 45
Trp His Thr Phe Val Asn Glu Gly Arg Asp Pro Phe Gly Asp Pro Thr
50 55 60
Ala Glu Arg Pro Trp Asn Arg Phe Ser Asp Pro Met Asp Lys Ala Phe
65 70 75 80
Ala Arg Val Asp Ala Leu Phe Glu Phe Cys Glu Lys Leu Asn Ile Glu
85 90 95
Tyr Phe Cys Phe His Asp Arg Asp Ile Ala Pro Glu Gly Lys Thr Leu
100 105 110
Arg Glu Thr Asn Lys Ile Leu Asp Lys Val Val Glu Arg Ile Lys Glu
115 120 125
Arg Met Lys Asp Ser Asn Val Lys Leu Leu Trp Gly Thr Ala Asn Leu
130 135 140
Phe Ser His Pro Arg Tyr Met His Gly Ala Ala Thr Thr Cys Ser Ala
145 150 155 160
Asp Val Phe Ala Tyr Ala Ala Ala Gln Val Lys Lys Ala Leu Glu Ile
165 170 175
Thr Lys Glu Leu Gly Gly Glu Gly Tyr Val Phe Trp Gly Gly Arg Glu
180 185 190
Gly Tyr Glu Thr Leu Leu Asn Thr Asp Leu Gly Leu Glu Leu Glu Asn
195 200 205
Leu Ala Arg Phe Leu Arg Met Ala Val Glu Tyr Ala Lys Lys Ile Gly
210 215 220
Phe Thr Gly Gln Phe Leu Ile Glu Pro Lys Pro Lys Glu Pro Thr Lys
225 230 235 240
His Gln Tyr Asp Phe Asp Val Ala Thr Ala Tyr Ala Phe Leu Lys Asn
245 250 255
His Gly Leu Asp Glu Tyr Phe Lys Phe Asn Ile Glu Ala Asn His Ala
260 265 270
Thr Leu Ala Gly His Thr Phe Gln His Glu Leu Arg Met Ala Arg Ile
275 280 285
Leu Gly Lys Leu Gly Ser Ile Asp Ala Asn Gln Gly Asp Leu Leu Leu
290 295 300
Gly Trp Asp Thr Asp Gln Phe Pro Thr Asn Ile Tyr Asp Thr Thr Leu
305 310 315 320
Ala Met Tyr Glu Val Ile Lys Ala Gly Gly Phe Thr Lys Gly Gly Leu
325 330 335
Asn Phe Asp Ala Lys Val Arg Arg Ala Ser Tyr Lys Val Glu Asp Leu
340 345 350
Phe Ile Gly His Ile Ala Gly Met Asp Thr Phe Ala Leu Gly Phe Lys
355 360 365
Ile Ala Tyr Lys Leu Ala Lys Asp Gly Val Phe Asp Lys Phe Ile Glu
370 375 380
Glu Lys Tyr Arg Ser Phe Lys Glu Gly Ile Gly Lys Glu Ile Val Glu
385 390 395 400
Gly Lys Thr Asp Phe Glu Lys Leu Glu Glu Tyr Ile Ile Asp Lys Glu
405 410 415
Asp Ile Glu Leu Pro Ser Gly Lys Gln Glu Tyr Leu Glu Ser Leu Leu
420 425 430
Asn Ser Tyr Ile Val Lys Thr Ile Ala Glu Leu Arg 435 440
<210> 25
<211> 441
<212> PRT
<213> Bacillus stearothermophilus
<400> 25
Met Pro Tyr Phe Asp Asn Ile Ser Thr Ile Ala Tyr Glu Gly Pro Ala
1 5 10 15
Ser Lys Asn Pro Leu Ala Phe Lys Phe Tyr Asn Pro Glu Glu Lys Val
20 25 30
Gly Asp Lys Thr Met Glu Glu His Leu Arg Phe Ser Val Ala Tyr Trp
35 40 45
His Thr Phe Thr Gly Asp Gly Ser Asp Pro Phe Gly Ala Gly Asn Met
50 55 60
Ile Arg Pro Trp Asn Lys Tyr Ser Gly Met Asp Leu Ala Lys Ala Arg
65 70 75 80
Val Glu Ala Ala Phe Glu Phe Phe Glu Lys Leu Asn Ile Pro Phe Phe
85 90 95
Cys Phe His Asp Val Asp Ile Ala Pro Glu Gly Glu Thr Leu Lys Glu
100 105 110
Thr Tyr Lys Asn Leu Asp Ile Ile Val Asp Met Ile Glu Glu Tyr Met
115 120 125
Lys Thr Ser Lys Thr Lys Leu Leu Trp Asn Thr Ala Asn Leu Phe Thr
130 135 140
His Pro Arg Phe Val His Gly Ala Ala Thr Ser Cys Asn Ala Asp Val
145 150 155 160
Phe Ala Tyr Ala Ala Ala Lys Val Lys Lys Gly Leu Glu Ile Ala Lys
165 170 175
Arg Leu Gly Ala Glu Asn Tyr Val Phe Trp Gly Gly Arg Glu Gly Tyr
180 185 190
Glu Thr Leu Leu Asn Thr Asp Met Lys Leu Glu Leu Asp Asn Leu Ala
195 200 205
Arg Phe Leu His Met Ala Val Asp Tyr Ala Lys Glu Ile Gly Phe Asp
210 215 220
Gly Gln Phe Leu Ile Glu Pro Lys Pro Lys Glu Pro Thr Lys His Gln
225 230 235 240
Tyr Asp Phe Asp Val Ala Thr Ala Leu Ala Phe Leu Gln Thr Tyr Gly
245 250 255
Leu Lys Asp Tyr Phe Lys Phe Asn Ile Glu Ala Asn His Ala Thr Leu
260 265 270
Ala Gly His Thr Phe Glu His Glu Leu Arg Val Ala Arg Ile His Gly
275 280 285
Met Leu Gly Ser Val Asp Ala Asn Gln Gly Asp Met Leu Leu Gly Trp
290 295 300
Asp Thr Asp Glu Phe Pro Thr Asp Leu Tyr Ser Thr Thr Leu Ala Met
305 310 315 320
Tyr Glu Ile Leu Lys Asn Gly Gly Leu Gly Arg Gly Gly Leu Asn Phe
325 330 335
Asp Ala Lys Val Arg Arg Gly Ser Phe Glu Pro Glu Asp Leu Phe Tyr
340 345 350
Ala His Ile Ala Gly Met Asp Ser Phe Ala Val Gly Leu Lys Val Ala
355 360 365
His Arg Leu Ile Glu Asp Arg Val Phe Asp Glu Phe Ile Glu Glu Arg
370 375 380
Tyr Lys Ser Tyr Thr Glu Gly Ile Gly Arg Glu Ile Val Glu Gly Thr
385 390 395 400
Ala Asp Phe His Lys Leu Glu Ala His Ala Leu Gln Leu Gly Glu Ile
405 410 415
Gln Asn Gln Ser Gly Arg Gln Glu Arg Leu Lys Thr Leu Leu Asn Gln
420 425 430
Tyr Leu Leu Glu Val Cys Ala Ala Arg 435 440
<210> 26
<211> 438
<212> PRT
<213> Bacteroides stercoris
<400> 26
Met Ala Thr Lys Glu Tyr Phe Pro Gly Ile Gly Lys Ile Lys Phe Glu
1 5 10 15
Gly Lys Glu Ser Lys Asn Pro Met Ala Phe Arg Tyr Tyr Asp Ala Glu
20 25 30
Lys Val Ile Met Gly Lys Lys Met Lys Asp Trp Leu Lys Phe Ser Met
35 40 45
Ala Trp Trp His Thr Leu Cys Ala Glu Gly Gly Asp Gln Phe Gly Gly
50 55 60
Gly Thr Lys His Phe Pro Trp Asn Gly Asp Ala Asp Lys Leu Gln Ala
65 70 75 80
Ala Lys Asn Lys Met Asp Ala Gly Phe Glu Phe Met Gln Lys Met Gly
85 90 95
Ile Glu Tyr Tyr Cys Phe His Asp Val Asp Leu Cys Asp Glu Ala Asp
100 105 110
Thr Ile Glu Glu Tyr Glu Ala Asn Leu Lys Ala Ile Val Ala Tyr Ala
115 120 125
Lys Gln Lys Gln Glu Glu Thr Gly Ile Lys Leu Leu Trp Gly Thr Ala
130 135 140
Asn Val Phe Gly His Ala Arg Tyr Met Asn Gly Ala Ala Thr Asn Pro
145 150 155 160
Asp Phe Asp Val Val Ala Arg Ala Ala Val Gln Ile Lys Asn Ala Ile
165 170 175
Asp Ala Thr Ile Glu Leu Gly Gly Ser Asn Tyr Val Phe Trp Gly Gly
180 185 190
Arg Glu Gly Tyr Met Ser Leu Leu Asn Thr Asp Gln Lys Arg Glu Lys
195 200 205
Glu His Leu Ala Gln Met Leu Thr Ile Ala Arg Asp Tyr Ala Arg Ala
210 215 220
Arg Gly Phe Lys Gly Thr Phe Leu Ile Glu Pro Lys Pro Met Glu Pro
225 230 235 240
Thr Lys His Gln Tyr Asp Ala Asp Thr Glu Thr Val Val Gly Phe Leu
245 250 255
Lys Ala His Gly Leu Asp Lys Asp Phe Lys Val Asn Ile Glu Val Asn
260 265 270
His Ala Thr Leu Ala Gly His Thr Phe Glu His Glu Leu Ala Val Ala
275 280 285
Val Asp Asn Gly Met Leu Gly Ser Ile Asp Ala Asn Arg Gly Asp Tyr
290 295 300
Gln Asn Gly Trp Asp Thr Asp Gln Phe Pro Ile Asp Asn Tyr Glu Leu
305 310 315 320
Thr Gln Ala Met Met Gln Ile Ile Arg Asn Gly Gly Phe Gly Asp Gly
325 330 335
Gly Thr Asn Phe Asp Ala Lys Thr Arg Arg Asn Ser Thr Asp Leu Glu
340 345 350
Asp Ile Phe Ile Ala His Ile Ala Gly Met Asp Val Met Ala Arg Ala
355 360 365
Leu Glu Ser Ala Ala Lys Leu Leu Glu Glu Ser Pro Tyr Lys Lys Met
370 375 380
Leu Ala Asp Arg Tyr Ala Ser Phe Asp Ser Gly Lys Gly Lys Glu Phe
385 390 395 400
Glu Glu Gly Lys Leu Thr Leu Glu Asp Val Val Ala Tyr Ala Lys Ala
405 410 415
Asn Gly Glu Pro Lys Gln Thr Ser Gly Lys Gln Glu Leu Tyr Glu Ala
420 425 430
Ile Val Asn Met Tyr Cys
435
<210> 27
<211> 442
<212> PRT
<213> Parabacteroides distasonis
<400> 27
Met Ser Tyr Phe Lys Gly Glu Lys Glu Phe Phe Pro Gly Ile Gly Gln
1 5 10 15
Ile Gln Phe Glu Gly Arg Glu Ser Lys Asn Pro Leu Ala Phe His Tyr
20 25 30
Tyr Asp Ala Asp Lys Val Val Met Gly Lys Thr Leu Lys Asp His Leu
35 40 45
Arg Phe Ala Met Ala Tyr Trp His Thr Leu Cys Ala Glu Gly Gly Asp
50 55 60
Gln Phe Gly Gly Gly Thr Lys Thr Phe Pro Trp Asn Asp Ser Thr Asp
Ala Ile Thr Arg Ala Lys Tyr Lys Met Asp Ala Ala Phe Glu Phe Met
85 90 95
Thr Lys Cys Asn Ile Pro Tyr Tyr Cys Phe His Asp Val Asp Val Val
100 105 110
Asp Glu Ala Pro Thr Leu Gly Glu Phe Glu Lys Arg Leu Gln Thr Met
115 120 125
Val Glu His Ala Lys Glu His Gln Ala Ala Thr Gly Lys Lys Leu Leu
130 135 140
Trp Ser Thr Ala Asn Val Phe Gly His Lys Arg Tyr Met Asn Gly Ala
145 150 155 160
Ala Thr Asn Pro Tyr Phe Pro Thr Val Ala Cys Ala Gly Thr Gln Ile
165 170 175
Lys Asn Ala Ile Asp Ala Cys Ile Ala Leu Gly Gly Glu Asn Tyr Val
180 185 190
Phe Trp Gly Gly Arg Glu Gly Tyr Met Ser Leu Leu Asn Thr Asn Met
195 200 205
Lys Arg Glu Lys Asp His Leu Ala Met Met Leu Thr Met Ala Arg Asp
210 215 220
Tyr Gly Arg Lys Asn Gly Phe Lys Gly Thr Phe Leu Ile Glu Pro Lys
225 230 235 240
Pro Met Glu Pro Thr Lys His Gln Tyr Asp Val Asp Ser Glu Thr Val
245 250 255
Ile Gly Phe Leu Arg His Tyr Gly Leu Asp Lys Asp Phe Ala Leu Asn
260 265 270
Ile Glu Val Asn His Ala Thr Leu Ala Gly His Thr Phe Glu His Glu
275 280 285
Leu Gln Ala Ala Ala Asp Ala Gly Met Leu Cys Ser Ile Asp Ala Asn
290 295 300
Arg Gly Asp Tyr Gln Asn Gly Trp Asp Thr Asp Gln Phe Pro Met Asp
305 310 315 320
Ile Tyr Glu Leu Ala Gln Ala Trp Leu Val Ile Leu Glu Gly Gly Gly
325 330 335
Leu Thr Thr Gly Gly Thr Asn Phe Asp Ala Lys Thr Arg Arg Asn Ser
340 345 350
Thr Asp Leu Glu Asp Ile Phe Ile Ala His Ile Gly Gly Met Asp Ala
355 360 365
Phe Ala Arg Ala Leu Met Ile Ala Ala Asp Ile Leu Glu Asn Ser Asp
370 375 380
Tyr Arg Lys Met Arg Ala Glu Arg Tyr Ala Ser Phe Asp Ala Gly Glu
385 390 395 400
Gly Lys Ala Phe Glu Asp Gly Lys Leu Thr Leu Glu Asp Leu Arg Thr
405 410 415
Ile Ala Leu Arg Asp Gly Glu Pro Lys Gln Ile Ser Gly Lys Gln Glu
420 425 430
Leu Tyr Glu Met Ile Val Asn Leu His Ile 435 440
<210> 28
<211> 439
<212> PRT
<213> Prevotella ruminicola
<400> 28
Met Ala Lys Glu Tyr Phe Pro Phe Thr Gly Lys Ile Pro Phe Glu Gly
1 5 10 15
Lys Asp Ser Lys Asn Val Met Ala Phe His Tyr Tyr Glu Pro Glu Lys
20 25 30
Val Val Met Gly Lys Lys Met Lys Asp Trp Leu Lys Phe Ala Met Ala
35 40 45
Trp Trp His Thr Leu Gly Gly Ala Ser Ala Asp Gln Phe Gly Gly Gln
50 55 60
Thr Arg Ser Tyr Glu Trp Asp Lys Ala Ala Asp Ala Val Gln Arg Ala
65 70 75 80
Lys Asp Lys Met Asp Ala Gly Phe Glu Ile Met Asp Lys Leu Gly Ile
85 90 95
Glu Tyr Phe Cys Phe His Asp Val Asp Leu Val Glu Glu Gly Glu Thr
100 105 110
Ile Ala Glu Tyr Glu Arg Arg Met Lys Glu Ile Thr Asp Tyr Ala Leu
115 120 125
Val Lys Met Lys Glu Tyr Pro Asn Ile Lys Leu Leu Trp Gly Thr Ala
130 135 140
Asn Val Phe Gly Asn Lys Arg Tyr Ala Asn Gly Ala Ser Thr Asn Pro
145 150 155 160
Asp Phe Asp Val Val Ala Arg Ala Ile Val Gln Ile Lys Asn Ala Ile
165 170 175
Asp Ala Thr Ile Lys Leu Gly Gly Thr Asn Tyr Val Phe Trp Gly Gly
180 185 190
Arg Glu Gly Tyr Met Ser Leu Leu Asn Thr Asp Gln Lys Arg Glu Lys
195 200 205
Glu His Met Ala Thr Met Leu Thr Met Ala Arg Asp Tyr Ala Arg Ala
210 215 220
Lys Gly Phe Lys Gly Thr Phe Leu Ile Glu Pro Lys Pro Met Glu Pro
225 230 235 240
Ser Lys His Gln Tyr Asp Val Asp Thr Glu Thr Val Cys Gly Phe Leu
245 250 255
Arg Ala His Gly Leu Asp Lys Asp Phe Lys Val Asn Ile Glu Val Asn
260 265 270
His Ala Thr Leu Ala Gly His Thr Phe Glu His Glu Leu Ala Cys Ala
275 280 285
Val Asp Asn Gly Met Leu Gly Ser Ile Asp Ala Asn Arg Gly Asp Ala
290 295 300
Gln Asn Gly Trp Asp Thr Asp Gln Phe Pro Ile Asp Asn Phe Glu Leu
305 310 315 320
Thr Gln Ala Met Leu Glu Ile Ile Arg Asn Gly Gly Leu Gly Asn Gly
325 330 335
Gly Thr Asn Phe Asp Ala Lys Ile Arg Arg Asn Ser Thr Asp Leu Glu
340 345 350
Asp Leu Phe Ile Ala His Ile Ser Gly Met Asp Ala Met Ala Arg Ala
355 360 365
Leu Met Asn Ala Ala Ala Ile Leu Glu Glu Ser Glu Leu Pro Lys Met
370 375 380
Lys Lys Glu Arg Tyr Ala Ser Phe Asp Asn Gly Ile Gly Lys Asp Phe
385 390 395 400
Glu Asp Gly Lys Leu Thr Leu Glu Gln Ala Tyr Glu Tyr Gly Lys Lys
405 410 415
Val Glu Glu Pro Lys Gln Thr Ser Gly Lys Gln Glu Lys Tyr Glu Thr
420 425 430
Thr Val Ala Leu Tyr Cys Lys 435
<210> 29
<211> 436
<212> PRT
<213> Agrobacterium tumefaciens
<400> 29
Met Ser Thr Gly Phe Phe Gly Asp Ile Thr Lys Ile Lys Tyr Glu Gly
1 5 10 15
Pro Asp Ser Thr Asn Pro Leu Ala Phe Arg His Tyr Asn Pro Asp Glu
20 25 30
Ile Val Ala Gly Lys Arg Met Glu Asp His Leu Arg Phe Ala Val Ala
35 40 45
Tyr Trp His Thr Phe Thr Trp Pro Gly Gly Asp Pro Phe Gly Gly Gln
50 55 60
Thr Phe Gln Arg Pro Trp Phe Glu Asp Thr Met Gln Ala Ala Lys Leu
65 70 75 80
Lys Ala Asp Val Ala Phe Glu Phe Phe Ser Leu Leu Gly Ser Pro Phe
85 90 95
Tyr Cys Phe His Asp Ala Asp Val Arg Pro Glu Gly Lys Asn Phe Ala
100 105 110
Glu Asn Thr Lys Asn Leu Asn Glu Ile Val Asp Tyr Phe Ala Glu Lys
115 120 125
Gln Ala Gln Thr Gly Val Lys Leu Leu Trp Gly Thr Ala Asn Leu Phe
130 135 140
Ser Asn Arg Arg Phe Met Ser Gly Ala Ala Thr Asn Pro Asp Pro Asp
145 150 155 160
Val Phe Ala Phe Ser Ala Ala Thr Val Lys Thr Cys Leu Asp Ala Thr
165 170 175
Lys Lys Leu Gly Gly Ala Asn Tyr Val Leu Trp Gly Gly Arg Glu Gly
180 185 190
Tyr Glu Thr Leu Leu Asn Thr Asp Leu Ser Arg Glu Leu Asp Gln Met
195 200 205
Gly Arg Phe Leu Asn Leu Val Val Glu Tyr Lys Tyr Lys Ile Gly Phe
210 215 220
Glu Gly Thr Ile Leu Ile Glu Pro Lys Pro Gln Glu Pro Thr Lys His
225 230 235 240
Gln Tyr Asp Tyr Asp Val Ala Thr Val Tyr Ala Phe Leu Gln Lys Asn
245 250 255
Gly Leu Glu Lys Glu Val Lys Val Asn Ile Glu Gln Gly His Ala Ile
260 265 270
Leu Ala Gly His Ser Phe Glu His Glu Leu Ala Leu Ala Asn Ala Phe
275 280 285
Gly Ile Phe Gly Ser Ile Asp Met Asn Arg Asn Asp Tyr Gln Ser Gly
290 295 300
Trp Asp Thr Asp Gln Phe Pro Asn Asn Val Pro Glu Met Ala Leu Ala
305 310 315 320
Tyr Tyr His Val Leu Ala Gly Gly Gly Phe Lys Asn Gly Gly Thr Asn
325 330 335
Phe Asp Ala Lys Leu Arg Arg Gln Ser Leu Asp Pro Gln Asp Leu Leu
340 345 350
Ile Gly His Ile Gly Gly Met Asp Cys Cys Ala Arg Gly Leu Lys Ala
355 360 365
Ala Ala Lys Met Ile Glu Asp Gly Ala Leu Ser Lys Pro Leu Ser Glu
370 375 380
Arg Tyr Ala Lys Trp Asp Ser Ala Glu Ala Gln Lys Met Leu Arg Gly
385 390 395 400
Glu Leu Lys Leu Asp Asp Ile Ala Ala Leu Val Glu Arg Glu Asp Ile
405 410 415
Asn Pro Glu Pro Lys Ser Gly Arg Gln Glu Tyr Leu Glu Asn Val Val
420 425 430
Asn Arg Tyr Val 435
<210> 30
<211> 439
<212> PRT
<213> Clostridium cellulovorans
<400> 30
Met Arg Glu Tyr Phe Ala Asn Val Pro Lys Ile Lys Tyr Glu Gly Lys
1 5 10 15
Asp Ser Lys Asn Pro Leu Ala Phe Lys Tyr Tyr Asn Pro Asp Glu Val
20 25 30
Val Gly Gly Lys Thr Met Lys Glu His Leu Arg Phe Thr Leu Ser Tyr
35 40 45
Trp His Thr Leu Thr Gly Ala Gly Ser Asp Pro Phe Gly Val Gly Thr
50 55 60
Met Leu Arg Pro Trp Asp Cys Ala Glu Asp Glu Met Glu Leu Ala Lys
65 70 75 80
Met Arg Met Glu Ala Asn Phe Glu Leu Met Asp Lys Leu Gly Ile Glu
85 90 95
Tyr Phe Ala Phe His Asp Arg Asp Ile Ala Pro Glu Gly Lys Thr Leu
100 105 110
Ala Asp Thr Asn Glu Lys Leu Asp Glu Ile Val Ala Tyr Cys Lys Glu
115 120 125
Leu Met Gln Lys His Gly Lys Lys Leu Leu Trp Gly Thr Ala Asn Met
130 135 140
Phe Gly Asn Pro Arg Phe Val His Gly Ala Ala Thr Thr Cys Asn Ala
145 150 155 160
Asp Val Phe Ala Tyr Ala Ala Ala Gln Thr Lys Lys Ala Met Asp Val
165 170 175
Thr Lys Glu Leu Gly Gly Glu Asn Tyr Val Phe Trp Gly Gly Arg Glu
180 185 190
Gly Tyr Glu Thr Leu Leu Asn Thr Asp Leu Gly Leu Glu Gln Asp Asn
195 200 205
Leu Ala Arg Phe Phe Gln Met Ala Val Asp Tyr Ala Lys Lys Ile Gly
210 215 220
Phe Thr Gly Gln Phe Leu Ile Glu Pro Lys Pro Lys Glu Pro Thr Lys
225 230 235 240
His Gln Tyr Asp Phe Asp Val Ala Thr Val Leu Gly Phe Leu Arg Lys
245 250 255
Tyr Asn Leu Glu Lys Tyr Phe Lys Met Asn Ile Glu Ala Asn His Ala
260 265 270
Thr Leu Ala Gln His Thr Phe Gln His Glu Val Ala Val Ala Arg Val
275 280 285
Asn Gly Val Leu Gly Ser Leu Asp Val Asn Gln Gly Asp Pro Asn Leu
290 295 300
Gly Trp Asp Thr Asp Gln Phe Pro Thr Asn Ile Tyr Asp Ala Thr Met
305 310 315 320
Val Met Tyr Glu Val Leu Lys Asn Gly Gly Ile Ala Pro Gly Gly Leu
325 330 335
Asn Phe Asp Ala Lys Thr Arg Arg Ala Ser Phe Glu Pro Glu Asp Leu
340 345 350
Phe Leu Ser Tyr Ile Ala Gly Met Asp Thr Met Ala Lys Gly Leu Arg
355 360 365
Val Ala Tyr Ser Leu Leu Asp Asp Ala Val Leu Glu Asn Asn Thr Ser
370 375 380
Glu Arg Tyr Lys Thr Phe Ser Glu Gly Ile Gly Lys Asp Ile Val Glu
385 390 395 400
Gly Lys Val Asp Phe Glu Ser Leu Glu Lys Tyr Ala Leu Glu Asn Ser
405 410 415
Val Ile Ser Asn Lys Ser Gly Arg Gln Glu Tyr Leu Glu Ser Val Val
420 425 430
Asn Gln Tyr Ile Phe Asn Asp 435
<210> 31
<211> 440
<212> PRT
<213> Burkholderia cenocepacia
<400> 31
Met Ser Tyr Phe Glu His Ile Pro Ala Ile Arg Tyr Glu Gly Pro Gln
1 5 10 15
Ser Asp Asn Pro Leu Ala Tyr His His Tyr Asp Pro Asp Lys Arg Val
20 25 30
Leu Gly Lys Thr Leu Ala Glu His Leu Arg Ile Ala Val Cys Tyr Trp
35 40 45
His Thr Phe Val Trp Pro Gly His Asp Ile Phe Gly Gln Gly Ala Phe
50 55 60
Gln Arg Pro Trp Gln Gln Pro Gly Asp Ala Leu Glu Arg Ala Arg Gln
65 70 75 80
Lys Ala Asp Ala Ala Phe Glu Phe Phe Thr Lys Leu Gly Thr Pro Phe
85 90 95
Tyr Thr Phe His Asp Thr Asp Val Ala Pro Glu Gly Asp Ser Leu Arg
100 105 110
Asp Tyr Ala Ala Asn Phe Ala Arg Met Val Asp Tyr Leu Gly Glu Arg
115 120 125
Gln Gln Ala Ser Gly Val Arg Leu Leu Trp Gly Thr Ala Asn Leu Phe
130 135 140
Ser His Pro Arg Phe Ala Ala Gly Ala Ala Thr Asn Pro Asn Pro Asp
145 150 155 160
Val Phe Ala Trp Ala Ala Thr Gln Val Cys His Ala Leu Asp Ala Thr
165 170 175
His Arg Leu Gly Gly Glu Asn Tyr Val Leu Trp Gly Gly Arg Glu Gly
180 185 190
Tyr Glu Thr Leu Leu Asn Thr Asp Leu Lys Arg Glu Arg Asp Gln Phe
195 200 205
Ala Arg Phe Leu Ser Met Val Val Glu His Lys His Arg Ile Gly Phe
210
215
220
Lys Gly Ala Leu Leu Ile Glu Pro Lys Pro Gln Glu Pro Thr Lys His
225 230 235 240
Gln Tyr Asp Tyr Asp Val Ala Thr Val His Gly Phe Leu Val Gln Tyr
245 250 255
Gly Leu Gln Asn Glu Ile Arg Val Asn Ile Glu Ala Asn His Ala Thr
260 265 270
Leu Ala Gly His Ser Phe His His Glu Ile Ala Asn Ala Phe Ala Leu
275 280 285
Gly Val Phe Gly Ser Val Asp Ala Asn Arg Gly Asp Pro Gln Asn Gly
290 295 300
Trp Asp Thr Asp Gln Phe Pro Asn Ser Val Glu Glu Leu Thr Leu Ala
305 310 315 320
Phe Tyr Glu Ile Leu Arg His Gly Gly Phe Thr Thr Gly Gly Met Asn
325 330 335
Phe Asp Ala Lys Val Arg Arg Gln Ser Ile Asp Pro Glu Asp Leu Phe
340 345 350
Tyr Gly His Val Gly Ala Ile Asp Val Leu Ala Leu Ala Leu Glu Arg
355 360 365
Ala Ala Val Leu Val Glu Asn Asp Arg Leu Asp Ala Leu Arg Arg Gln
370 375 380
Arg Tyr Ala Gln Trp Asp Asp Ala Phe Gly Arg Lys Ile Leu Ser Gly
385 390 395 400
Gly Tyr Thr Leu Glu Ser Leu Ala Ala Asp Ala Leu Ala Arg Gly Val
405 410 415
Asn Pro Arg His Ala Ser Gly Ala Gln Glu Arg Leu Glu Asn Ile Val
420 425 430
Asn Gln Ala Ile Tyr Gly Leu Arg 435 440
<210> 32
<211> 439
<212> PRT
<213> Lactococcus lactis
<400> 32
Met Ala Tyr Phe Asn Asp Ile Ala Pro Ile Lys Tyr Glu Gly Thr Lys
1 5 10 15
Thr Lys Asn Met Phe Ala Phe Arg His Tyr Asn Pro Glu Glu Val Val
20 25 30
Ala Gly Lys Thr Met Glu Glu Gln Leu His Phe Ala Leu Ala Phe Trp
35 40 45
His Thr Ile Thr Met Asp Gly Ser Asp Pro Phe Gly Gly Ala Thr Met
50 55 60
Glu Arg Pro Trp Asp Leu Glu Gly Gly Ser Glu Leu Asp Arg Ala His
65 70 75 80
Arg Arg Val Asp Ala Phe Phe Glu Ile Ala Glu Lys Leu Gly Val Lys
85 90 95
Tyr Tyr Cys Phe His Asp Ile Asp Ile Ala Pro Thr Gly Asn Ser Leu
100 105 110
Lys Glu Phe Tyr Ala Asn Leu Asp Glu Ile Thr Asp His Leu Leu Glu
115 120 125
Lys Gln Lys Ala Thr Gly Ile Lys Leu Leu Trp Asn Thr Ala Asn Met
130 135 140
Phe Ser Asn Pro Arg Tyr Met Asn Gly Val Ser Thr Ser Asn Arg Ala
145 150 155 160
Glu Val Phe Ala Tyr Gly Ala Ala Gln Val Lys Lys Gly Leu Glu Leu
165 170 175
Ser Lys Lys Leu Gly Gly Glu Asn Tyr Val Phe Trp Gly Gly Arg Glu
180 185 190
Gly Tyr Glu Ser Leu Leu Asn Thr Asp Met Gly Leu Glu Met Asp His
195 200 205
Met Ala Lys Phe Phe His Leu Ala Ile Asp Tyr Ala Lys Ser Ile Asn
210 215 220
His Leu Pro Ile Phe Leu Ile Glu Pro Lys Pro Lys Glu Pro Met Thr
225 230 235 240
His Gln Tyr Asp Phe Asp Ser Ala Thr Ala Leu Ala Phe Leu Gln Lys
245 250 255
Tyr Asp Leu Asp Lys Tyr Phe Lys Leu Asn Leu Glu Thr Asn His Ala
260 265 270
Trp Leu Ala Gly His Thr Phe Glu His Glu Leu Asn Thr Ala Arg Thr
275 280 285
Phe Asn Ala Leu Gly Ser Ile Asp Ala Asn Gln Gly Asn Tyr Leu Leu
290 295 300
Gly Trp Asp Thr Asp Glu Phe Pro Thr Leu Val Ile Asp Ile Thr Leu
305 310 315 320
Ala Met His Gln Ile Leu Leu Asn Gly Gly Leu Gly Lys Gly Gly Ile
325 330 335
Asn Phe Asp Ala Lys Val Arg Arg Thr Ser Phe Lys Ala Glu Asp Leu
340 345 350
Ile Leu Ala His Ile Ala Gly Met Asp Thr Tyr Ala Arg Ala Leu Lys
355 360 365
Gly Ala Ala Ala Ile Ile Glu Asp Lys Phe Leu Ser Asp Ile Val Asp
370 375 380
Glu Arg Tyr Ser Ser Tyr Arg Asn Thr Glu Val Gly Gln Ser Ile Glu
385 390 395 400
Asn Gly Thr Ala Thr Phe Glu Ser Leu Ala Ala Phe Ala Leu Glu Tyr
405 410 415
Gly Asp Asp Ile Glu Leu Asp Ser Asn His Leu Glu Tyr Ile Lys Ser
420 425 430
Val Leu Asn Asp Tyr Leu Val
435
<210> 33
<211> 438
<212> PRT
<213> Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus
<400> 33
Met Glu Tyr Phe Lys Asn Val Pro Gln Ile Lys Tyr Glu Gly Pro Lys
1 5 10 15
Ser Asn Asn Pro Tyr Ala Phe Lys Phe Tyr Asn Pro Asp Glu Ile Ile
20 25 30
Asp Gly Lys Pro Leu Lys Glu His Leu Arg Phe Ser Val Ala Tyr Trp
35 40 45
His Thr Phe Thr Ala Asn Gly Thr Asp Pro Phe Gly Ala Pro Thr Met
50 55 60
Gln Arg Pro Trp Asp His Phe Thr Asp Pro Met Asp Ile Ala Lys Ala
65 70 75 80
Arg Val Glu Ala Ala Phe Glu Leu Phe Glu Lys Leu Asp Val Pro Phe
85 90 95
Phe Cys Phe His Asp Arg Asp Ile Ala Pro Glu Gly Glu Thr Leu Arg
100 105 110
Glu Thr Asn Lys Asn Leu Asp Thr Ile Val Ala Met Ile Lys Asp Tyr
115 120 125
Leu Lys Thr Ser Lys Thr Lys Val Leu Trp Gly Thr Ala Asn Leu Phe
130 135 140
Ser Asn Pro Arg Phe Val His Gly Ala Ala Thr Ser Cys Asn Ala Asp
145 150 155 160
Val Phe Ala Tyr Ala Ala Ala Gln Val Lys Lys Ala Leu Glu Ile Thr
165 170 175
Lys Glu Leu Gly Gly Gln Asn Tyr Val Phe Trp Gly Gly Arg Glu Gly
180 185 190
Tyr Glu Thr Leu Leu Asn Thr Asp Met Glu Leu Glu Leu Asp Asn Leu
195 200 205
Ala Arg Phe Leu His Met Ala Val Glu Tyr Ala Gln Glu Ile Gly Phe
210 215 220
Glu Gly Gln Phe Leu Ile Glu Pro Lys Pro Lys Glu Pro Thr Lys His
225 230 235 240
Gln Tyr Asp Phe Asp Ala Ala Ser Val His Ala Phe Leu Lys Lys Tyr
245 250 255
Asp Leu Asp Lys Tyr Phe Lys Leu Asn Ile Glu Ala Asn His Ala Thr
260 265 270
Leu Ala Gly His Asp Phe Gln His Glu Leu Arg Tyr Ala Arg Ile Asn
275 280 285
Asn Met Leu Gly Ser Ile Asp Ala Asn Met Gly Asp Met Leu Leu Gly
290 295 300
Trp Asp Thr Asp Gln Tyr Pro Thr Asp Ile Arg Met Thr Thr Leu Ala
305 310 315 320
Met Tyr Glu Val Ile Lys Met Gly Gly Phe Asn Lys Gly Gly Leu Asn
325 330 335
Phe Asp Ala Lys Val Arg Arg Ala Ser Phe Glu Pro Glu Asp Leu Phe
340 345 350
Leu Gly His Ile Ala Gly Met Asp Ala Phe Ala Lys Gly Phe Lys Val
355 360 365
Ala Tyr Lys Leu Val Lys Asp Gly Val Phe Asp Arg Phe Ile Glu Glu
370 375 380
Arg Tyr Lys Ser Tyr Arg Glu Gly Ile Gly Ala Glu Ile Val Ser Gly
385 390 395 400
Lys Ala Asn Phe Lys Thr Leu Glu Glu Tyr Ala Leu Asn Asn Pro Lys
405 410 415
Ile Glu Asn Lys Ser Gly Lys Gln Glu Leu Leu Glu Ser Ile Leu Asn
420 425 430
Gln Tyr Leu Phe Ser Glu 435
<210> 34
<211> 439
<212> PRT
<213> Reticulitermes speratus
<400> 34
Met Ser Gln Ile Phe Lys Asp Ile Pro Val Ile Lys Tyr Glu Gly Pro
1 5 10 15
Ala Ser Lys Asn Pro Leu Ser Phe Lys Tyr Tyr Asp Ala Asn Lys Val
20 25 30
Ile Asp Gly Lys Pro Met Lys Glu His Leu Arg Tyr Ala Met Ala Trp
35 40 45
Trp His Asn Leu Cys Ala Thr Gly Gln Asp Met Phe Gly Pro Gly Thr
50 55 60
Ala Asp Lys Ser Phe Gly Ser Lys Thr Val Gly Thr Met Glu His Ala
65 70 75 80
His Ala Lys Val Asp Ala Gly Phe Glu Phe Met Ser Lys Leu Gly Val
85 90 95
Glu Tyr Phe Cys Phe His Asp Ala Asp Leu Val Pro Glu Ala Asp Thr
100 105 110
Leu Ser Glu Thr Asn Lys Arg Leu Asp Glu Ile Ala Glu His Ile Val
115 120 125
Ala Lys Gln Lys Ala Thr Gly Ile Lys Cys Leu Trp Gly Thr Ala Asn
130 135 140
Leu Phe Ser Asn Pro Arg Phe Leu Asn Gly Ser Gly Ser Ser Asn Ser
145 150 155 160
Ala Asp Val Tyr Ala Tyr Ala Ala Ala Gln Ile Lys Lys Ala Leu Asp
165 170 175
Leu Thr Val Lys Phe Gly Gly Val Gly Tyr Val Phe Trp Gly Gly Arg
180 185 190
Glu Gly Tyr Glu Thr Leu Leu Asn Thr Asp Val Lys Phe Glu Gln Glu
195 200 205
Asn Ile Ala Asn Leu Met His Leu Ala Val Thr Tyr Gly Arg Ser Ile
210 215 220
Gly Phe Lys Gly Asp Phe Tyr Ile Glu Pro Lys Pro Lys Glu Pro Thr
225 230 235 240
Lys His Gln Tyr Asp Phe Asp Ala Ala Thr Thr Ile Gly Phe Ile Arg
245 250 255
Gln Tyr Gly Leu Glu Lys Asp Phe Lys Leu Asn Ile Glu Ala Asn His
260 265 270
Ala Thr Leu Ala Gly His Thr Phe Gln His Asp Leu Arg Ile Ser Ala
275 280 285
Ile Asn Gly Met Leu Gly Ser Val Asp Ala Asn Thr Gly Asp Pro Leu
290 295 300
Leu Gly Trp Asp Thr Asp Glu Phe Pro Tyr Ser Val Tyr Asp Thr Thr
305 310 315 320
Leu Ala Met Tyr Glu Ile Ile Lys Ala Gly Gly Leu Thr Gly Gly Leu
325 330 335
Asn Phe Asp Ser Lys Val Arg Arg Pro Ser Tyr Thr His Glu Asp Leu
340 345 350
Phe Tyr Gly Phe Ile Leu Gly Met Asp Ser Phe Ala Leu Gly Leu Ile
355 360 365
Lys Ala Lys Ala Leu Ile Ala Asp Gly Arg Leu Asp Ser Phe Val Lys
370 375 380
Asp Arg Tyr Ala Ser Tyr Gly Ser Gly Ile Gly Ala Lys Ile Arg Asp
385 390 395 400
His Ser Ala Thr Leu Glu Glu Leu Ala Ala Tyr Ala Leu Ala Lys Asp
405 410 415
Thr Val Ala Leu Pro Gly Ser Gly Arg Gln Glu Tyr Leu Glu Ser Ile
420 425 430
Ile Asn Gln Ile Leu Phe Gln 435
<210> 35
<211> 438
<212> PRT
<213> uncultured bacteria from cow rumen
<400> 35
Met Ser Glu Ile Phe Ala Asn Ile Pro Val Ile Pro Tyr Glu Gly Pro
1 5 10 15
Gln Ser Lys Asn Pro Leu Ala Phe Lys Phe Tyr Asp Ala Asp Lys Val
20 25 30
Ile Leu Gly Lys Lys Met Ser Glu His Leu Pro Phe Ala Met Ala Trp
35 40 45
Trp His Asn Leu Cys Ala Gly Gly Thr Asp Met Phe Gly Arg Asp Thr
50 55 60
Ala Asp Lys Ser Phe Gly Ala Glu Lys Gly Thr Met Ala His Ala Arg
65 70 75 80
Ala Lys Val Asp Ala Gly Phe Glu Phe Met Lys Lys Val Gly Val Lys
85 90 95
Tyr Phe Cys Phe His Asp Val Asp Leu Val Pro Glu Ala Asp Asp Ile
100
105
110
Lys Glu Thr Asn Arg Arg Leu Asp Glu Ile Ser Asp Tyr Ile Leu Glu
115 120 125
Lys Met Lys Gly Thr Asp Ile Lys Cys Leu Trp Gly Thr Ala Asn Met
130 135 140
Phe Gly Asn Pro Arg Tyr Met Asn Gly Ala Gly Ser Thr Asn Ser Ala
145 150 155 160
Asp Val Phe Cys Phe Ala Ala Ala Gln Ile Lys Lys Ala Leu Asp Leu
165 170 175
Thr Val Lys Leu Gly Gly Arg Gly Tyr Val Phe Trp Gly Gly Arg Glu
180 185 190
Gly Tyr Glu Thr Leu Leu Asn Thr Asp Met Lys Phe Glu Gln Glu Asn
195 200 205
Ile Ala Arg Leu Met His Leu Ala Val Asp Tyr Gly Arg Ser Ile Gly
210 215 220
Phe Thr Gly Asp Phe Tyr Ile Glu Pro Lys Pro Lys Glu Pro Met Lys
225 230 235 240
His Gln Tyr Asp Phe Asp Ala Ala Thr Ala Ile Gly Phe Leu Arg Gln
245 250 255
Tyr Gly Leu Asp Lys Asp Phe Lys Met Asn Ile Glu Ala Asn His Ala
260 265 270
Thr Leu Ala Gly His Thr Phe Gln His Asp Leu Arg Ile Ser Ala Ile
275 280 285
Asn Gly Met Leu Gly Ser Ile Asp Ala Asn Gln Gly Asp Leu Leu Leu
290 295 300
Gly Trp Asp Thr Asp Glu Phe Pro Phe Asn Val Tyr Glu Ala Thr Leu
305 310 315 320
Cys Met Tyr Glu Val Leu Lys Ala Gly Gly Leu Thr Gly Gly Phe Asn
325 330 335
Phe Asp Ser Lys Thr Arg Arg Pro Ser Tyr Thr Leu Glu Asp Met Phe
340 345 350
His Ala Tyr Ile Leu Gly Met Asp Thr Phe Ala Leu Gly Leu Ile Lys
355
360
365
Ala Ala Ala Leu Ile Glu Asp Gly Arg Leu Asp Gln Phe Val Ala Asp
370 375 380
Arg Tyr Ala Ser Tyr Lys Thr Gly Ile Gly Ala Lys Ile Arg Ser Gly
385 390 395 400
Glu Thr Thr Leu Ala Glu Leu Ala Ala Tyr Ala Asp Lys Leu Gly Ala
405 410 415
Pro Ala Leu Pro Ser Ser Gly Arg Gln Glu Tyr Leu Glu Ser Ile Val
420 425 430
Asn Ser Ile Leu Phe Gly 435
<210> 36
<211> 438
<212> PRT
<213> uncultured bacteria from cow rumen
<400> 36
Met Ala Glu Ile Phe Lys Gly Ile Pro Glu Ile Arg Tyr Glu Gly Pro
1 5 10 15
Asn Ser Thr Asn Pro Leu Ser Phe Lys Tyr Tyr Asp Pro Asp Lys Val
20 25 30
Ile Leu Gly Lys Pro Met Lys Glu His Leu Pro Phe Ala Met Ala Trp
35 40 45
Trp His Asn Leu Gly Ala Ala Gly Thr Asp Met Phe Gly Arg Asp Thr
50 55 60
Ala Asp Lys Ser Phe Gly Ala Glu Lys Gly Thr Met Glu His Ala Lys
65 70 75 80
Ala Lys Val Asp Ala Gly Phe Glu Phe Met Lys Lys Leu Gly Ile Arg
85 90 95
Tyr Phe Cys Phe His Asp Val Asp Leu Val Pro Glu Ala Asp Asp Ile
100 105 110
Lys Val Thr Asn Ala Arg Leu Asp Glu Ile Ser Asp Tyr Ile Leu Glu
115 120 125
Lys Met Lys Gly Thr Asp Ile Lys Cys Leu Trp Gly Thr Ala Asn Met
130 135 140
Phe Ser Asn Pro Arg Phe Met Asn Gly Ala Gly Ser Thr Asn Ser Ala
145 150 155 160
Asp Val Phe Cys Phe Ala Ala Ala Gln Val Lys Lys Ala Leu Asp Ile
165 170 175
Thr Val Lys Leu Gly Gly Lys Gly Tyr Val Phe Trp Gly Gly Arg Glu
180 185 190
Gly Tyr Glu Thr Leu Leu Asn Thr Asp Val Lys Phe Glu Gln Glu Asn
195 200 205
Ile Ala Lys Leu Met His Leu Ala Val Asp Tyr Gly Arg Ser Ile Gly
210 215 220
Phe Lys Gly Asp Phe Phe Ile Glu Pro Lys Pro Lys Glu Pro Met Lys
225 230 235 240
His Gln Tyr Asp Phe Asp Ala Ala Thr Ala Ile Gly Phe Val Arg Gln
245 250 255
Tyr Gly Leu Asp Lys Asp Phe Lys Met Asn Ile Glu Ala Asn His Ala
260 265 270
Thr Leu Ala Gly His Thr Phe Gln His Glu Leu Arg Ile Ser Ala Ile
275 280 285
Asn Gly Met Leu Gly Ser Ile Asp Ala Asn Gln Gly Asp Met Leu Leu
290 295 300
Gly Trp Asp Thr Asp Glu Phe Pro Phe Asn Val Tyr Asp Thr Thr Leu
305 310 315 320
Cys Met Tyr Glu Val Leu Lys Asn Gly Gly Ile Pro Gly Gly Phe Asn
325 330 335
Phe Asp Ala Lys Asn Arg Arg Pro Ser Tyr Thr Ala Glu Asp Met Phe
340 345 350
Tyr Gly Phe Ile Leu Gly Met Asp Ser Phe Ala Leu Gly Leu Ile Lys
355 360 365
Ala Ala Lys Leu Ile Glu Asp Gly Arg Ile Asp Lys Phe Val Glu Glu
370 375 380
Arg Tyr Ala Ser Tyr Lys Asp Gly Ile Gly Lys Lys Ile Arg Asp Gly
385 390 395 400
Glu Thr Thr Leu Ala Glu Leu Ala Ala Tyr Ala Asp Gln Leu Gly Ala
405 410 415
Pro Lys Leu Pro Gly Ser Gly Arg Gln Glu Asp Leu Glu Ser Val Phe
420 425 430
Asn Gln Val Leu Phe Gly 435
<210> 37
<211> 442
<212> PRT
<213> Lachnospiraceae bacterium
<400> 37
Met Lys Glu Phe Phe Pro Ser Ile Ser Pro Ile Lys Phe Glu Gly Ser
1 5 10 15
Glu Ser Lys Asn Pro Leu Ser Phe Lys Tyr Tyr Asp Ala Lys Arg Val
20 25 30
Ile Met Gly Lys Thr Met Glu Glu His Leu Ser Phe Ala Met Ala Trp
35 40 45
Trp His Asn Leu Cys Ala Ser Gly Val Asp Met Phe Gly Gln Gly Thr
50 55 60
Ala Asp Lys Gly Phe Gly Glu Asn Leu Gly Thr Met Glu His Ala Lys
65 70 75 80
Ala Lys Val Asp Ala Gly Ile Glu Phe Met Gln Lys Leu Gly Ile Lys
85 90 95
Tyr Tyr Cys Phe His Asp Thr Asp Ile Val Pro Glu Asp Gln Glu Asp
100 105 110
Ile Asn Val Thr Asn Ala Arg Leu Asp Glu Ile Thr Asp Tyr Ile Leu
115 120 125
Glu Lys Thr Lys Gly Thr Asp Ile Lys Cys Leu Trp Ala Thr Cys Asn
130 135 140
Met Phe Ser Asn Pro Arg Phe Met Asn Gly Ala Gly Ser Ser Asn Ser
145 150 155 160
Ala Asp Val Phe Cys Phe Ala Ala Ala Gln Ala Lys Lys Gly Leu Glu
165 170 175
Asn Ala Val Lys Leu Gly Ala Lys Gly Phe Val Phe Trp Gly Gly Arg
180 185 190
Glu Gly Tyr Glu Thr Leu Leu Asn Thr Asp Met Lys Leu Glu Glu Glu
195 200 205
Asn Ile Ala Thr Leu Phe Thr Met Cys Arg Asp Tyr Gly Arg Ser Ile
210 215 220
Gly Phe Lys Gly Asp Phe Tyr Ile Glu Pro Lys Pro Lys Glu Pro Met
225 230 235 240
Lys His Gln Tyr Asp Phe Asp Ala Ala Thr Ala Ile Gly Phe Leu Arg
245 250 255
Lys Tyr Gly Leu Asp Lys Asp Phe Lys Met Asn Ile Glu Ala Asn His
260 265 270
Ala Thr Leu Ala Gly His Thr Phe Gln His Glu Leu Arg Val Ser Ala
275 280 285
Ile Asn Gly Met Leu Gly Ser Val Asp Ala Asn Gln Gly Asp Thr Leu
290 295 300
Leu Gly Trp Asp Thr Asp Gln Phe Pro Thr Asn Val Tyr Asp Thr Thr
305 310 315 320
Leu Ala Met Tyr Glu Ile Leu Lys Ala Gly Gly Leu Ser Gly Gly Leu
325 330 335
Asn Phe Asp Ser Lys Asn Arg Arg Pro Ser Asn Thr Ala Glu Asp Met
340 345 350
Phe Tyr Gly Phe Ile Ala Gly Met Asp Thr Phe Ala Leu Gly Leu Ile
355 360 365
Lys Ala Ala Gln Ile Ile Glu Asp Gly Arg Ile Asp Glu Phe Val Lys
370 375 380
Glu Arg Tyr Ser Ser Tyr Asn Ser Gly Ile Gly Glu Lys Ile Arg Asn
385 390 395 400
Arg Ser Val Thr Leu Val Glu Cys Ala Glu Tyr Ala Leu Lys Met Lys
405 410 415
Lys Pro Glu Leu Pro Glu Ser Gly Arg Gln Glu Tyr Leu Glu Thr Val
420 425 430
Val Asn Asn Ile Phe Phe Asn Ser Lys Leu
435 440
<210> 38
<211> 442
<212> PRT
<213> Lachnospiraceae bacterium
<400> 38
Met Lys Glu Phe Phe Pro Gly Ile Ser Pro Val Lys Phe Glu Gly Ser
1 5 10 15
Glu Ser Lys Asn Pro Leu Ser Phe Lys Tyr Tyr Asp Ala Lys Arg Val
20 25 30
Ile Met Gly Lys Thr Met Glu Glu His Leu Ser Phe Ala Met Ala Trp
35 40 45
Trp His Asn Leu Cys Ala Ser Gly Val Asp Met Phe Gly Gln Gly Thr
50 55 60
Ala Asp Lys Gly Phe Gly Glu Ser Ser Gly Thr Met Gly His Ala Lys
65 70 75 80
Ala Lys Val Asp Ala Gly Ile Glu Phe Met Lys Lys Leu Gly Ile Lys
85 90 95
Tyr Tyr Cys Phe His Asp Thr Asp Ile Val Pro Glu Asp Gln Glu Asp
100 105 110
Ile Asn Val Thr Asn Ala Arg Leu Asp Glu Ile Thr Asp Tyr Ile Leu
115 120 125
Glu Lys Thr Lys Gly Ser Asp Ile Lys Cys Leu Trp Thr Thr Cys Asn
130 135 140
Met Phe Gly Asn Pro Arg Phe Met Asn Gly Ala Gly Ser Ser Asn Ser
145 150 155 160
Ala Asp Val Phe Cys Phe Ala Ala Ala Gln Ala Lys Lys Gly Leu Glu
165 170 175
Asn Ala Val Lys Leu Gly Ala Lys Gly Phe Val Phe Trp Gly Gly Arg
180 185 190
Glu Gly Tyr Glu Thr Leu Leu Asn Thr Asp Met Lys Leu Glu Glu Glu
195 200 205
Asn Ile Ala Thr Leu Phe Thr Met Cys Arg Asp Tyr Gly Arg Ser Ile
210 215 220
Gly Phe Lys Gly Asp Phe Tyr Ile Glu Pro Lys Pro Lys Glu Pro Met
225 230 235 240
Lys His Gln Tyr Asp Phe Asp Ala Ala Thr Ala Ile Gly Phe Leu Arg
245 250 255
Lys Tyr Gly Leu Asp Lys Asp Phe Lys Leu Asn Ile Glu Ala Asn His
260 265 270
Ala Thr Leu Ala Gly His Thr Phe Gln His Glu Leu Arg Val Ser Ala
275 280 285
Ile Asn Gly Met Leu Gly Ser Val Asp Ala Asn Gln Gly Asp Thr Leu
290 295 300
Leu Gly Trp Asp Thr Asp Gln Phe Pro Thr Asn Ile Tyr Asp Thr Thr
305 310 315 320
Phe Ala Met Tyr Glu Ile Leu Lys Ala Gly Gly Leu Ser Gly Gly Leu
325 330 335
Asn Phe Asp Ser Lys Asn Arg Arg Pro Ser Asn Thr Ala Glu Asp Met
340 345 350
Phe Tyr Gly Phe Ile Ala Gly Met Asp Thr Phe Ala Leu Gly Leu Ile
355 360 365
Lys Ala Ala Gln Ile Ile Glu Asp Gly Arg Ile Asp Glu Phe Ile Lys
370 375 380
Glu Arg Tyr Ser Ser Tyr Ser Thr Gly Ile Gly Glu Lys Ile Arg Asn
385 390 395 400
Lys Ser Val Thr Leu Glu Glu Cys Ala Glu Tyr Ala Ala Lys Leu Lys
405 410 415
Lys Pro Glu Leu Pro Glu Ser Gly Arg Gln Glu Tyr Leu Glu Thr Val
420 425 430
Val Asn Asn Ile Leu Phe Asn Ser Lys Leu
435 440
<210> 39
<211> 439
<212> PRT
<213> Lachnospiraceae bacterium
<400> 39
Met Lys Glu Phe Phe Pro Gly Ile Ser Pro Val Lys Phe Glu Gly Lys
1 5 10 15
Asp Ser Lys Asn Pro Leu Ser Phe Lys Tyr Tyr Asp Ala Lys Arg Val
20 25 30
Ile Met Gly Lys Thr Met Glu Glu His Leu Ser Phe Ala Met Ala Trp
35 40 45
Trp His Asn Leu Cys Ala Cys Gly Val Asp Met Phe Gly Gln Gly Thr
50 55 60
Ile Asp Lys Ser Phe Gly Ala Leu Pro Gly Thr Met Glu His Ala Lys
65 70 75 80
Ala Lys Val Asp Ala Gly Ile Glu Phe Met Gln Lys Leu Gly Ile Lys
85 90 95
Tyr Tyr Cys Phe His Asp Thr Asp Ile Val Pro Glu Asp Gln Glu Asp
100 105 110
Ile Asn Val Thr Asn Ala Arg Leu Asp Glu Ile Thr Asp Tyr Ile Leu
115 120 125
Glu Lys Thr Lys Gly Thr Asp Ile Lys Cys Leu Trp Thr Thr Cys Asn
130 135 140
Met Phe Ser Asn Pro Arg Phe Met Asn Gly Ala Gly Ser Ser Asn Ser
145 150 155 160
Ala Asp Val Phe Cys Phe Ala Ala Ala Gln Ala Lys Lys Gly Leu Glu
165 170 175
Asn Ala Val Lys Leu Gly Ala Lys Gly Phe Val Phe Trp Gly Gly Arg
180 185 190
Glu Gly Tyr Glu Thr Leu Leu Asn Thr Asp Met Lys Leu Glu Glu Glu
195 200 205
Asn Ile Ala Thr Leu Phe Thr Met Cys Arg Asp Tyr Gly Arg Ser Ile
210 215 220
Gly Phe Met Gly Asp Phe Tyr Ile Glu Pro Lys Pro Lys Glu Pro Met
225 230 235 240
Lys His Gln Tyr Asp Phe Asp Ala Ala Thr Ala Ile Gly Phe Leu Arg
245 250 255
Lys Tyr Gly Leu Glu Lys Asp Phe Lys Met Asn Ile Glu Ala Asn His
260 265 270
Ala Thr Leu Ala Gly His Thr Phe Gln His Glu Leu Arg Val Cys Ala
275 280 285
Val Asn Gly Met Ile Gly Ser Val Asp Ala Asn Gln Gly Asp Thr Leu
290 295 300
Leu Gly Trp Asp Thr Asp Gln Phe Pro Thr Asn Val Tyr Asp Thr Thr
305 310 315 320
Leu Ala Met Tyr Glu Ile Leu Lys Ala Gly Gly Leu Arg Gly Gly Leu
325 330 335
Asn Phe Asp Ser Lys Asn Arg Arg Pro Ser Asn Thr Ala Asp Asp Met
340 345 350
Phe Tyr Gly Phe Ile Ala Gly Met Asp Ala Phe Ala Leu Gly Leu Ile
355 360 365
Lys Ala Ala Glu Ile Ile Glu Asp Gly Arg Ile Asp Glu Phe Val Lys
370 375 380
Glu Arg Tyr Ser Ser Tyr Asn Ser Gly Ile Gly Glu Lys Ile Arg Asn
385 390 395 400
Arg Ala Val Thr Leu Val Glu Cys Ala Glu Tyr Ala Ala Lys Leu Lys
405 410 415
Lys Pro Glu Leu Pro Asp Ser Gly Lys Gln Glu Tyr Leu Glu Ser Val
420 425 430
Val Asn Asn Ile Leu Phe Gly 435
<210> 40
<211> 443
<212> PRT
<213> uncultured bacterium
<400> 40
Met Ser Val Val Leu Gly Asp Lys Glu Tyr Phe Pro Gly Val Gly Lys
1 5 10 15
Ile Ala Tyr Glu Gly Pro Glu Ser Asp Asn Pro Leu Ser Phe Lys Trp
20 25 30
Tyr Asp Glu Asn Arg Val Val Ala Gly Lys Thr Leu Lys Asp His Phe
35 40 45
Lys Phe Ala Val Cys Tyr Trp His Thr Phe Cys Gly Ala Gly His Asp
50 55 60
Ser Phe Gly Pro Gly Pro Phe Val Phe Pro Trp Gly Ala Gly Ser Asp
65 70 75 80
Ala Leu Ser Arg Ala Lys Met Lys Ala Asp Ala Ala Phe Glu Phe Ile
85 90 95
Thr Lys Leu Gly Val Pro Tyr Tyr Cys Phe His Asp Ile Asp Leu Ile
100 105 110
Glu Glu Gly Ser Ser Arg Ala Glu Thr Ala Lys Arg Val Met Asp Ile
115 120 125
Val Glu Tyr Ala Lys Gln Lys Gln Ala Ala Ser Gly Val Lys Leu Leu
130 135 140
Trp Gly Thr Ala Asn Leu Phe Ser Asn Pro Arg Tyr Ile Asn Gly Ala
145 150 155 160
Ser Thr Asn Pro Asp Phe Ala Val Val Ala His Ala Gly Ala Gln Leu
165 170 175
Lys Asp Ala Leu Asp Ala Thr Ile Ala Leu Gly Gly Glu Asn Tyr Val
180 185 190
Phe Trp Gly Gly Arg Glu Gly Tyr Met Ser Pro Leu Asn Thr Asp Met
195 200 205
Lys Arg Glu Val Glu Arg Phe Ala Arg Phe Leu Thr Met Ala Arg Asp
210 215 220
Tyr Ala Arg Gly Gln Gly Phe Lys Gly Val Phe Phe Ile Glu Pro Lys
225 230 235 240
Pro Met Glu Pro Ser Lys His Gln Tyr Asp Phe Asp Cys Ala Thr Val
245 250 255
Ile Gly Phe Leu Arg Gln Tyr Gly Leu Asp Lys Asp Phe Lys Leu Asn
260 265 270
Ile Glu Thr Asn His Ala Thr Leu Ala Gly His Thr Met Glu His Glu
275 280 285
Met Gln Val Ala Ala Asp Ala Gly Met Leu Gly Ser Ile Asp Ala Asn
290 295 300
Arg Gly Asp Tyr Gln Asn Ala Trp Asp Thr Asp Gln Phe Pro Asn Asn
305 310 315 320
Ile Asn Glu Thr Thr Glu Met Met Leu Val Leu Leu Arg Ser Gly Gly
325 330 335
Phe Gln Gly Gly Gly Val Asn Phe Asp Ala Lys Arg Arg Arg Asn Ser
340 345 350
Thr Asp Pro Asn Asp Thr Phe His Gly His Ile Gly Gly Met Asp Thr
355 360 365
Phe Ala Arg Ser Leu Ile Ile Ala Gly Asp Ile Leu Glu Lys Ser Pro
370 375 380
Ile Glu Lys Met Arg Lys Glu Arg Tyr Ala Ser Phe Asp Ala Gly Lys
385 390 395 400
Gly Ala Glu Phe Glu Ala Gly Lys Leu Ser Leu Val Gln Leu Ala Glu
405 410 415
Leu Gly Asn Lys Gly Gly Glu Pro Thr Gln Lys Ser Gly Arg Gln Glu
420 425 430
Leu Tyr Glu Asn Ile Met Asn Arg Trp Ile Arg 435 440
<210> 41
<211> 442
<212> PRT
<213> uncultured bacterium
<400> 41
Met Lys Leu Thr Val Gly Asp Lys Glu Tyr Phe Lys Gly Ile Lys Pro
1 5 10 15
Ile Lys Phe Glu Gly Lys Asp Ser Asp Asn Pro Leu Ala Phe Lys Tyr
20 25 30
Tyr Asn Pro Ser Gln Lys Val Gly Lys Lys Thr Met Glu Glu His Phe
35 40 45
Arg Phe Ala Ile Ala Tyr Trp His Thr Phe Cys Gly Thr Gly Gly Asp
50 55 60
Pro Phe Gly Pro Gly Thr Lys Thr Phe Pro Trp Leu Gln Asn Ser Asp
65 70 75 80
Ala Val Gln Arg Ala Tyr Asp Lys Met Asp Ala Ala Phe Glu Phe Ile
85 90 95
Thr Lys Ile Gly Ala Pro Phe Tyr Cys Phe His Asp Tyr Asp Leu Val
100 105 110
Asp Glu Gly Pro Thr Leu Lys Glu Ser Glu Ser Arg Leu Gln Lys Val
115 120 125
Val Asp Tyr Ala Lys Lys Lys Gln Lys Ala Ser Gly Val Lys Leu Leu
130 135 140
Trp Gly Thr Ala Asn Leu Phe Ser His Pro Arg Tyr Met Asn Gly Ala
145 150 155 160
Ala Thr Asn Pro Asp Phe Asp Val Val Cys Tyr Ala Ala Ser Gln Val
165 170 175
Lys Asn Ala Leu Asp Ala Thr Ile Ala Leu Gly Gly Ala Asn Tyr Val
180 185 190
Phe Trp Gly Gly Arg Glu Gly Tyr Met Ser Leu Leu Asn Thr Asn Met
195 200 205
Lys Arg Glu Gln Glu His Met Ala Lys Phe Leu His Met Ala Lys Asp
210 215 220
Tyr Ala Arg Ala Asn Gly Phe Lys Gly Thr Phe Phe Ile Glu Pro Lys
225 230 235 240
Pro Met Glu Pro Ser Lys His Gln Tyr Asp Phe Asp Ser Ala Thr Val
245 250 255
Ile Gly Phe Leu Arg Gln Phe Asp Leu Leu Gly Asp Phe Lys Leu Asn
260 265 270
Ile Glu Val Asn His Ala Thr Leu Ala His His Thr Phe Gln His Glu
275 280 285
Leu Gln Val Ala Ala Asp Ala Gly Ala Leu Gly Ser Ile Asp Ala Asn
290 295 300
Arg Gly Asp Tyr Gln Asn Gly Trp Asp Thr Asp Gln Phe Pro Asn Asn
305 310 315 320
Leu Tyr Glu Leu Ala Glu Ser Met Leu Val Ile Leu Glu Ala Gly Gly
325 330 335
Phe Lys Ser Gly Gly Val Asn Phe Asp Ala Lys Thr Arg Arg Asn Ser
340 345 350
Thr Asp Leu Val Asp Ile Phe His Ala His Ile Gly Gly Met Asp Thr
355 360 365
Phe Ala Arg Ser Leu Leu Ile Ala Gln Ala Val Leu Asp Asn Gly Glu
370 375 380
Tyr Thr Lys Ile Arg Lys Asp Arg Tyr Ser Ser Phe Asp Ser Gly Lys
385 390 395 400
Gly Lys Gln Phe Asp Gln Gly Lys Leu Ser Leu Glu Asp Leu Arg Asn
405 410 415
Leu Ala His Lys Ala Gly Glu Pro Lys Gln Leu Ser Gly Lys Gln Glu
420 425 430
Tyr Ile Glu Asn Leu Ile Ser Arg Phe Ile 435 440
<210> 42
<211> 387
<212> PRT
<213> Thermus thermophilus
<400> 42
Met Tyr Glu Pro Lys Pro Glu His Arg Phe Thr Phe Gly Leu Trp Thr
1 5 10 15
Val Gly Asn Val Gly Arg Asp Pro Phe Gly Asp Ala Val Arg Glu Arg
20 25 30
Leu Asp Pro Val Tyr Val Val His Lys Leu Ala Glu Leu Gly Ala Tyr
35 40 45
Gly Val Asn Leu His Asp Glu Asp Leu Ile Pro Arg Gly Thr Pro Pro
50 55 60
Gln Glu Arg Asp Gln Ile Val Arg Arg Phe Lys Lys Ala Leu Asp Glu
65 70 75 80
Thr Gly Leu Lys Val Pro Met Val Thr Ala Asn Leu Phe Ser Asp Pro
85 90 95
Ala Phe Lys Asp Gly Ala Phe Thr Ser Pro Asp Pro Trp Val Arg Ala
100 105 110
Tyr Ala Leu Arg Lys Ser Leu Glu Thr Met Asp Leu Gly Ala Glu Leu
115 120 125
Gly Ala Glu Ile Tyr Val Val Trp Pro Gly Arg Glu Gly Ala Glu Val
130 135 140
Glu Ala Thr Gly Lys Ala Arg Lys Val Trp Asp Trp Val Arg Glu Ala
145 150 155 160
Leu Asn Phe Met Ala Ala Tyr Ala Glu Asp Gln Gly Tyr Gly Tyr Arg
165 170 175
Phe Ala Leu Glu Pro Lys Pro Asn Glu Pro Arg Gly Asp Ile Tyr Phe
180 185 190
Ala Thr Val Gly Ser Met Leu Ala Phe Ile His Thr Leu Asp Arg Pro
195 200 205
Glu Arg Phe Gly Leu Asn Pro Glu Phe Ala His Glu Thr Met Ala Gly
210 215 220
Leu Asn Phe Val His Ala Val Ala Gln Ala Leu Asp Ala Gly Lys Leu
225 230 235 240
Phe His Ile Asp Leu Asn Asp Gln Arg Met Ser Arg Phe Asp Gln Asp
245 250 255
Leu Arg Phe Gly Ser Glu Asn Leu Lys Ala Ala Phe Phe Leu Val Asp
260 265 270
Leu Leu Glu Ser Ser Gly Tyr Gln Gly Pro Arg His Phe Asp Ala His
275 280 285
Ala Leu Arg Thr Glu Asp Glu Glu Gly Val Trp Ala Phe Ala Arg Gly
290 295 300
Cys Met Arg Thr Tyr Leu Ile Leu Lys Glu Arg Ala Glu Ala Phe Arg
305 310 315 320
Glu Asp Pro Glu Val Lys Glu Leu Leu Ala Ala Tyr Tyr Gln Glu Asp
325 330 335
Pro Ala Ala Leu Ala Leu Leu Gly Pro Tyr Ser Arg Glu Lys Ala Glu
340 345 350
Ala Leu Lys Arg Ala Glu Leu Pro Leu Glu Ala Lys Arg Arg Arg Gly
355 360 365
Tyr Ala Leu Glu Arg Leu Asp Gln Leu Ala Val Glu Tyr Leu Leu Gly
370 375 380
Val Arg Gly 385
<210> 43
<211> 440
<212> PRT
<213> Escherichia coli
<400> 43
Met Gln Ala Tyr Phe Asp Gln Leu Asp Arg Val Arg Tyr Glu Gly Ser
1 5 10 15
Lys Ser Ser Asn Pro Leu Ala Phe Arg His Tyr Asn Pro Asp Glu Leu
20 25 30
Val Leu Gly Lys Arg Met Glu Glu His Leu Arg Phe Ala Ala Cys Tyr
35 40 45
Trp His Thr Phe Cys Trp Asn Gly Ala Asp Met Phe Gly Val Gly Ala
50 55 60
Phe Asn Arg Pro Trp Gln Gln Pro Gly Glu Ala Leu Ala Leu Ala Lys
65 70 75 80
Arg Lys Ala Asp Val Ala Phe Glu Phe Phe His Lys Leu His Val Pro
85 90 95
Phe Tyr Cys Phe His Asp Val Asp Val Ser Pro Glu Gly Ala Ser Leu
100 105 110
Lys Glu Tyr Ile Asn Asn Phe Ala Gln Met Val Asp Val Leu Ala Gly
115 120 125
Lys Gln Glu Glu Ser Gly Val Lys Leu Leu Trp Gly Thr Ala Asn Cys
130 135 140
Phe Thr Asn Pro Arg Tyr Gly Ala Gly Ala Ala Thr Asn Pro Asp Pro
145 150 155 160
Glu Val Phe Ser Trp Ala Ala Thr Gln Val Val Thr Ala Met Glu Ala
165 170 175
Thr His Lys Leu Gly Gly Glu Asn Tyr Val Leu Trp Gly Gly Arg Glu
180
185
190
Gly Tyr Glu Thr Leu Leu Asn Thr Asp Leu Arg Gln Glu Arg Glu Gln
195 200 205
Leu Gly Arg Phe Met Gln Met Val Val Glu His Lys His Lys Ile Gly
210 215 220
Phe Gln Gly Thr Leu Leu Ile Glu Pro Lys Pro Gln Glu Pro Thr Lys
225 230 235 240
His Gln Tyr Asp Tyr Asp Ala Ala Thr Val Tyr Gly Phe Leu Lys Gln
245 250 255
Phe Gly Leu Glu Lys Glu Ile Lys Leu Asn Ile Glu Ala Asn His Ala
260 265 270
Thr Leu Ala Gly His Ser Phe His His Glu Ile Ala Thr Ala Ile Ala
275 280 285
Leu Gly Leu Phe Gly Ser Val Asp Ala Asn Arg Gly Asp Ala Gln Leu
290 295 300
Gly Trp Asp Thr Asp Gln Phe Pro Asn Ser Val Glu Glu Asn Ala Leu
305 310 315 320
Val Met Tyr Glu Ile Leu Lys Ala Gly Gly Phe Thr Thr Gly Gly Leu
325 330 335
Asn Phe Asp Ala Lys Val Arg Arg Gln Ser Thr Asp Lys Tyr Asp Leu
340 345 350
Phe Tyr Gly His Ile Gly Ala Met Asp Thr Met Ala Leu Ala Leu Lys
355 360 365
Ile Ala Ala Arg Met Ile Glu Asp Gly Glu Leu Asp Lys Arg Ile Ala
370 375 380
Gln Arg Tyr Ser Gly Trp Asn Ser Glu Leu Gly Gln Gln Ile Leu Lys
385 390 395 400
Gly Gln Met Ser Leu Ala Asp Leu Ala Lys Tyr Ala Gln Glu His His
405 410 415
Leu Ser Pro Val His Gln Ser Gly Arg Gln Glu Gln Leu Glu Asn Leu
420 425 430
Val Asn His Tyr Leu Phe Asp Lys
435
440
<210> 44
<211> 600
<212> PRT
<213> Saccharomyces cerevisiae
<400> 44
Met Leu Cys Ser Val Ile Gln Arg Gln Thr Arg Glu Val Ser Asn Thr
1 5 10 15
Met Ser Leu Asp Ser Tyr Tyr Leu Gly Phe Asp Leu Ser Thr Gln Gln
20 25 30
Leu Lys Cys Leu Ala Ile Asn Gln Asp Leu Lys Ile Val His Ser Glu
35 40 45
Thr Val Glu Phe Glu Lys Asp Leu Pro His Tyr His Thr Lys Lys Gly
50 55 60
Val Tyr Ile His Gly Asp Thr Ile Glu Cys Pro Val Ala Met Trp Leu
65 70 75 80
Glu Ala Leu Asp Leu Val Leu Ser Lys Tyr Arg Glu Ala Lys Phe Pro
85 90 95
Leu Asn Lys Val Met Ala Val Ser Gly Ser Cys Gln Gln His Gly Ser
100 105 110
Val Tyr Trp Ser Ser Gln Ala Glu Ser Leu Leu Glu Gln Leu Asn Lys
115 120 125
Lys Pro Glu Lys Asp Leu Leu His Tyr Val Ser Ser Val Ala Phe Ala
130 135 140
Arg Gln Thr Ala Pro Asn Trp Gln Asp His Ser Thr Ala Lys Gln Cys
145 150 155 160
Gln Glu Phe Glu Glu Cys Ile Gly Gly Pro Glu Lys Met Ala Gln Leu
165 170 175
Thr Gly Ser Arg Ala His Phe Arg Phe Thr Gly Pro Gln Ile Leu Lys
180 185 190
Ile Ala Gln Leu Glu Pro Glu Ala Tyr Glu Lys Thr Lys Thr Ile Ser
195 200 205
Leu Val Ser Asn Phe Leu Thr Ser Ile Leu Val Gly His Leu Val Glu
210 215 220
Leu Glu Glu Ala Asp Ala Cys Gly Met Asn Leu Tyr Asp Ile Arg Glu
225 230 235 240
Arg Lys Phe Ser Asp Glu Leu Leu His Leu Ile Asp Ser Ser Ser Lys
245 250 255
Asp Lys Thr Ile Arg Gln Lys Leu Met Arg Ala Pro Met Lys Asn Leu
260 265 270
Ile Ala Gly Thr Ile Cys Lys Tyr Phe Ile Glu Lys Tyr Gly Phe Asn
275 280 285
Thr Asn Cys Lys Val Ser Pro Met Thr Gly Asp Asn Leu Ala Thr Ile
290 295 300
Cys Ser Leu Pro Leu Arg Lys Asn Asp Val Leu Val Ser Leu Gly Thr
305 310 315 320
Ser Thr Thr Val Leu Leu Val Thr Asp Lys Tyr His Pro Ser Pro Asn
325 330 335
Tyr His Leu Phe Ile His Pro Thr Leu Pro Asn His Tyr Met Gly Met
340 345 350
Ile Cys Tyr Cys Asn Gly Ser Leu Ala Arg Glu Arg Ile Arg Asp Glu
355 360 365
Leu Asn Lys Glu Arg Glu Asn Asn Tyr Glu Lys Thr Asn Asp Trp Thr
370 375 380
Leu Phe Asn Gln Ala Val Leu Asp Asp Ser Glu Ser Ser Glu Asn Glu
385 390 395 400
Leu Gly Val Tyr Phe Pro Leu Gly Glu Ile Val Pro Ser Val Lys Ala
405 410 415
Ile Asn Lys Arg Val Ile Phe Asn Pro Lys Thr Gly Met Ile Glu Arg
420 425 430
Glu Val Ala Lys Phe Lys Asp Lys Arg His Asp Ala Lys Asn Ile Val
435 440 445
Glu Ser Gln Ala Leu Ser Cys Arg Val Arg Ile Ser Pro Leu Leu Ser
450 455 460
Asp Ser Asn Ala Ser Ser Gln Gln Arg Leu Asn Glu Asp Thr Ile Val
465 470 475 480
Lys Phe Asp Tyr Asp Glu Ser Pro Leu Arg Asp Tyr Leu Asn Lys Arg
485 490 495
Pro Glu Arg Thr Phe Phe Val Gly Gly Ala Ser Lys Asn Asp Ala Ile
500 505 510
Val Lys Lys Phe Ala Gln Val Ile Gly Ala Thr Lys Gly Asn Phe Arg
515 520 525
Leu Glu Thr Pro Asn Ser Cys Ala Leu Gly Gly Cys Tyr Lys Ala Met
530 535 540
Trp Ser Leu Leu Tyr Asp Ser Asn Lys Ile Ala Val Pro Phe Asp Lys
545 550 555 560
Phe Leu Asn Asp Asn Phe Pro Trp His Val Met Glu Ser Ile Ser Asp
565 570 575
Val Asp Asn Glu Asn Trp Asp Arg Tyr Asn Ser Lys Ile Val Pro Leu
580 585 590
Ser Glu Leu Glu Lys Thr Leu Ile 595 600
<210> 45
<211> 623
<212> PRT
<213> Pichia stipitis
<400> 45
Met Thr Thr Thr Pro Phe Asp Ala Pro Asp Lys Leu Phe Leu Gly Phe
1 5 10 15
Asp Leu Ser Thr Gln Gln Leu Lys Ile Ile Val Thr Asp Glu Asn Leu
20 25 30
Ala Ala Leu Lys Thr Tyr Asn Val Glu Phe Asp Ser Ile Asn Ser Ser
35 40 45
Val Gln Lys Gly Val Ile Ala Ile Asn Asp Glu Ile Ser Lys Gly Ala
50 55 60
Ile Ile Ser Pro Val Tyr Met Trp Leu Asp Ala Leu Asp His Val Phe
65 70 75 80
Glu Asp Met Lys Lys Asp Gly Phe Pro Phe Asn Lys Val Val Gly Ile
85 90 95
Ser Gly Ser Cys Gln Gln His Gly Ser Val Tyr Trp Ser Arg Thr Ala
100 105 110
Glu Lys Val Leu Ser Glu Leu Asp Ala Glu Ser Ser Leu Ser Ser Gln
115 120 125
Met Arg Ser Ala Phe Thr Phe Lys His Ala Pro Asn Trp Gln Asp His
130 135 140
Ser Thr Gly Lys Glu Leu Glu Glu Phe Glu Arg Val Ile Gly Ala Asp
145 150 155 160
Ala Leu Ala Asp Ile Ser Gly Ser Arg Ala His Tyr Arg Phe Thr Gly
165 170 175
Leu Gln Ile Arg Lys Leu Ser Thr Arg Phe Lys Pro Glu Lys Tyr Asn
180 185 190
Arg Thr Ala Arg Ile Ser Leu Val Ser Ser Phe Val Ala Ser Val Leu
195 200 205
Leu Gly Arg Ile Thr Ser Ile Glu Glu Ala Asp Ala Cys Gly Met Asn
210 215 220
Leu Tyr Asp Ile Glu Lys Arg Glu Phe Asn Glu Glu Leu Leu Ala Ile
225 230 235 240
Ala Ala Gly Val His Pro Glu Leu Asp Gly Val Glu Gln Asp Gly Glu
245 250 255
Ile Tyr Arg Ala Gly Ile Asn Glu Leu Lys Arg Lys Leu Gly Pro Val
260 265 270
Lys Pro Ile Thr Tyr Glu Ser Glu Gly Asp Ile Ala Ser Tyr Phe Val
275 280 285
Thr Arg Tyr Gly Phe Asn Pro Asp Cys Lys Ile Tyr Ser Phe Thr Gly
290 295 300
Asp Asn Leu Ala Thr Ile Ile Ser Leu Pro Leu Ala Pro Asn Asp Ala
305 310 315 320
Leu Ile Ser Leu Gly Thr Ser Thr Thr Val Leu Ile Ile Thr Lys Asn
325 330 335
Tyr Ala Pro Ser Ser Gln Tyr His Leu Phe Lys His Pro Thr Met Pro
340 345 350
Asp His Tyr Met Gly Met Ile Cys Tyr Cys Asn Gly Ser Leu Ala Arg
355 360 365
Glu Lys Val Arg Asp Glu Val Asn Glu Lys Phe Asn Val Glu Asp Lys
370 375 380
Lys Ser Trp Asp Lys Phe Asn Glu Ile Leu Asp Lys Ser Thr Asp Phe
385 390 395 400
Asn Asn Lys Leu Gly Ile Tyr Phe Pro Leu Gly Glu Ile Val Pro Asn
405 410 415
Ala Ala Ala Gln Ile Lys Arg Ser Val Leu Asn Ser Lys Asn Glu Ile
420 425 430
Val Asp Val Glu Leu Gly Asp Lys Asn Trp Gln Pro Glu Asp Asp Val
435 440 445
Ser Ser Ile Val Glu Ser Gln Thr Leu Ser Cys Arg Leu Arg Thr Gly
450 455 460
Pro Met Leu Ser Lys Ser Gly Asp Ser Ser Ala Ser Ser Ser Ala Ser
465 470 475 480
Pro Gln Pro Glu Gly Asp Gly Thr Asp Leu His Lys Val Tyr Gln Asp
485 490 495
Leu Val Lys Lys Phe Gly Asp Leu Tyr Thr Asp Gly Lys Lys Gln Thr
500 505 510
Phe Glu Ser Leu Thr Ala Arg Pro Asn Arg Cys Tyr Tyr Val Gly Gly
515 520 525
Ala Ser Asn Asn Gly Ser Ile Ile Arg Lys Met Gly Ser Ile Leu Ala
530 535 540
Pro Val Asn Gly Asn Tyr Lys Val Asp Ile Pro Asn Ala Cys Ala Leu
545 550 555 560
Gly Gly Ala Tyr Lys Ala Ser Trp Ser Tyr Glu Cys Glu Ala Lys Lys
565 570 575
Glu Trp Ile Gly Tyr Asp Gln Tyr Ile Asn Arg Leu Phe Glu Val Ser
580 585 590
Asp Glu Met Asn Ser Phe Glu Val Lys Asp Lys Trp Leu Glu Tyr Ala
595 600 605
Asn Gly Val Gly Met Leu Ala Lys Met Glu Ser Glu Leu Lys His
610 615 620
<210> 46
<211> 575
<212> PRT
<213> Hypocrea jecorina
<400> 46
Met Ser Glu Glu Lys Gly Pro Leu Tyr Leu Gly Phe Asp Leu Ser Thr
1 5 10 15
Gln Gln Leu Lys Ala Ile Val Val Asn Ser Asn Leu Lys Ser Ile Ala
20 25 30
Glu Ala Lys Val Asp Phe Asp Gln Asp Phe Gly Pro Gln Tyr Gly Ile
35 40 45
Gln Lys Gly Val His Val Arg Glu Ser Thr Gly Glu Val Phe Ala Pro
50 55 60
Val Ala Leu Trp Leu Glu Ser Leu Asp Leu Val Leu Ser Arg Leu Ser
65 70 75 80
Lys Ala Met His Pro Leu Pro Met Ser Arg Ile Arg Gly Val Ser Gly
85 90 95
Ser Gly Gln Gln His Gly Ala Val Phe Trp Asn Ala Ser Ala Glu Glu
100 105 110
Leu Leu Gly Gly Leu Asp Ala Ala Lys Gly Ser Leu Val Glu Gln Leu
115 120 125
Arg Gly Ala Leu Ala His Glu Phe Ala Pro Asn Trp Gln Asp His Ser
130 135 140
Thr Gln Glu Glu Leu Val Ala Phe Asp Ala Glu Leu Gly Asp Arg Glu
145 150 155 160
Lys Leu Ala Glu Val Thr Gly Ser Gly Ala His His Arg Phe Thr Gly
165 170 175
Leu Gln Ile Met Arg Ile Arg Arg Val Leu Pro Gln Val Tyr Ala Asn
180 185 190
Ala Lys Arg Ile Ser Leu Val Ser Ser Trp Leu Ala Ser Val Leu Met
195 200 205
Gly Ser Ile Ala Pro Leu Asp Val Ser Asp Val Cys Gly Met Asn Leu
210 215 220
Trp Asp Ile Pro Asn Gln Ala Trp Ser Glu Lys Leu Leu Ala Leu Ser
225 230 235 240
Gly Gly Gly Gly Leu Asp Gly Ala Ala Asn Leu Arg Arg Lys Leu Gly
245 250 255
Glu Pro Arg Met Asp Gly Gly Gly Ser Met Gly Ser Ile Ser Arg Tyr
260 265 270
Tyr Val Ser Lys Tyr Gly Phe Ser Pro Glu Cys Gln Ile Thr Pro Phe
275 280 285
Thr Gly Asp Asn Pro Ala Thr Ile Leu Ala Leu Pro Leu Arg Pro Leu
290 295 300
Asp Ala Ile Val Ser Leu Gly Thr Ser Thr Thr Phe Leu Met Asn Thr
305 310 315 320
Pro Ala Tyr Lys Pro Asp Gly Ser Tyr His Phe Phe Asn His Pro Thr
325 330 335
Thr Pro Gly Asn Tyr Met Phe Met Leu Cys Tyr Lys Asn Gly Gly Leu
340 345 350
Ala Arg Glu Lys Val Arg Asp Thr Leu Pro Lys Pro Glu Gly Gly Ala
355 360 365
Thr Gly Trp Glu Thr Phe Asn Glu Ala Ile Met Ala Thr Lys Pro Leu
370 375 380
Gly Ile Glu Ser Asp Gly Asp Arg Ala Lys Leu Gly Leu Tyr Phe Tyr
385 390 395 400
Leu Arg Glu Thr Val Pro Asn Ile Arg Ala Gly Thr Trp Arg Phe Thr
405 410 415
Cys Arg Gln Asp Gly Ser Asp Leu Gln Glu Ala Arg Glu Ala Trp Pro
420 425 430
Lys Glu Ala Asp Ala Arg Ala Ile Val Glu Ser Gln Ala Leu Ser Met
435 440 445
Arg Leu Arg Ser Gln Lys Leu Val His Ser Pro Arg Asp Gly Leu Pro
450 455 460
Ala Gln Pro Arg Arg Ile Tyr Val Val Gly Gly Gly Ser Leu Asn Pro
465 470 475 480
Ala Ile Thr Arg Val Leu Gly Glu Val Leu Gly Gly Ala Asp Gly Val
485 490 495
Tyr Lys Leu Asp Val Gly Gly Asn Ala Cys Ala Leu Gly Gly Ala Tyr
500 505 510
Lys Ala Leu Trp Ala Leu Glu Arg Lys Asp Gly Glu Thr Phe Asp Asp
515 520 525
Leu Ile Gly Gly Arg Trp Thr Glu Glu Gly Ser Ile Asp Lys Val Asp
530 535 540
Val Gly Tyr Arg Glu Gly Thr Tyr Glu Arg Tyr Gly Lys Val Leu Gly
545 550 555 560
Ala Phe Glu Glu Met Glu Arg Arg Leu Leu Ala Glu Glu Glu His
565 570 575
<210> 47
<211> 335
<212> PRT
<213> Saccharomyces cerevisiae
<400> 47
Met Ser Glu Pro Ala Gln Lys Lys Gln Lys Val Ala Asn Asn Ser Leu
1 5 10 15
Glu Gln Leu Lys Ala Ser Gly Thr Val Val Val Ala Asp Thr Gly Asp
20 25 30
Phe Gly Ser Ile Ala Lys Phe Gln Pro Gln Asp Ser Thr Thr Asn Pro
35 40 45
Ser Leu Ile Leu Ala Ala Ala Lys Gln Pro Thr Tyr Ala Lys Leu Ile
50 55 60
Asp Val Ala Val Glu Tyr Gly Lys Lys His Gly Lys Thr Thr Glu Glu
65 70 75 80
Gln Val Glu Asn Ala Val Asp Arg Leu Leu Val Glu Phe Gly Lys Glu
85 90 95
Ile Leu Lys Ile Val Pro Gly Arg Val Ser Thr Glu Val Asp Ala Arg
100 105 110
Leu Ser Phe Asp Thr Gln Ala Thr Ile Glu Lys Ala Arg His Ile Ile
115
120
125
Lys Leu Phe Glu Gln Glu Gly Val Ser Lys Glu Arg Val Leu Ile Lys
130 135 140
Ile Ala Ser Thr Trp Glu Gly Ile Gln Ala Ala Lys Glu Leu Glu Glu
145 150 155 160
Lys Asp Gly Ile His Cys Asn Leu Thr Leu Leu Phe Ser Phe Val Gln
165 170 175
Ala Val Ala Cys Ala Glu Ala Gln Val Thr Leu Ile Ser Pro Phe Val
180 185 190
Gly Arg Ile Leu Asp Trp Tyr Lys Ser Ser Thr Gly Lys Asp Tyr Lys
195 200 205
Gly Glu Ala Asp Pro Gly Val Ile Ser Val Lys Lys Ile Tyr Asn Tyr
210 215 220
Tyr Lys Lys Tyr Gly Tyr Lys Thr Ile Val Met Gly Ala Ser Phe Arg
225 230 235 240
Ser Thr Asp Glu Ile Lys Asn Leu Ala Gly Val Asp Tyr Leu Thr Ile
245 250 255
Ser Pro Ala Leu Leu Asp Lys Leu Met Asn Ser Thr Glu Pro Phe Pro
260 265 270
Arg Val Leu Asp Pro Val Ser Ala Lys Lys Glu Ala Gly Asp Lys Ile
275 280 285
Ser Tyr Ile Ser Asp Glu Ser Lys Phe Arg Phe Asp Leu Asn Glu Asp
290 295 300
Ala Met Ala Thr Glu Lys Leu Ser Glu Gly Ile Arg Lys Phe Ser Ala
305 310 315 320
Asp Ile Val Thr Leu Phe Asp Leu Ile Glu Lys Lys Val Thr Ala
325 330 335
<210> 48
<211> 333
<212> PRT
<213> Saccharomyces cerevisiae
<400> 48
Met Ser Glu Pro Ser Glu Lys Lys Gln Lys Val Ala Thr Ser Ser Leu
1 5 10 15
Glu Gln Leu Lys Lys Ala Gly Thr His Val Val Ala Asp Ser Gly Asp
20 25 30
Phe Glu Ala Ile Ser Lys Tyr Glu Pro Gln Asp Ser Thr Thr Asn Pro
35 40 45
Ser Leu Ile Leu Ala Ala Ser Lys Leu Glu Lys Tyr Ala Arg Phe Ile
50 55 60
Asp Ala Ala Val Glu Tyr Gly Arg Lys His Gly Lys Thr Asp His Glu
65 70 75 80
Lys Ile Glu Asn Ala Met Asp Lys Ile Leu Val Glu Phe Gly Thr Gln
85 90 95
Ile Leu Lys Val Val Pro Gly Arg Val Ser Thr Glu Val Asp Ala Arg
100 105 110
Leu Ser Phe Asp Lys Lys Ala Thr Val Lys Lys Ala Leu His Ile Ile
115 120 125
Lys Leu Tyr Lys Asp Ala Gly Val Pro Lys Glu Arg Val Leu Ile Lys
130 135 140
Ile Ala Ser Thr Trp Glu Gly Ile Gln Ala Ala Arg Glu Leu Glu Val
145 150 155 160
Lys His Gly Ile His Cys Asn Met Thr Leu Leu Phe Ser Phe Thr Gln
165 170 175
Ala Val Ala Cys Ala Glu Ala Asn Val Thr Leu Ile Ser Pro Phe Val
180 185 190
Gly Arg Ile Met Asp Phe Tyr Lys Ala Leu Ser Gly Lys Asp Tyr Thr
195 200 205
Ala Glu Thr Asp Pro Gly Val Leu Ser Val Lys Lys Ile Tyr Ser Tyr
210 215 220
Tyr Lys Arg His Gly Tyr Ala Thr Glu Val Met Ala Ala Ser Phe Arg
225 230 235 240
Asn Leu Asp Glu Leu Lys Ala Leu Ala Gly Ile Asp Asn Met Thr Leu
245 250 255
Pro Leu Asn Leu Leu Glu Gln Leu Tyr Glu Ser Thr Asp Pro Ile Glu
260 265 270
Asn Lys Leu Asn Ser Glu Ser Ala Lys Glu Glu Gly Val Glu Lys Val
275 280 285
Ser Phe Ile Asn Asp Glu Pro His Phe Arg Tyr Val Leu Asn Glu Asp
290 295 300
Gln Met Ala Thr Glu Lys Leu Ser Asp Gly Ile Arg Lys Phe Ser Ala
305 310 315 320
Asp Ile Glu Ala Leu Tyr Lys Leu Val Glu Glu Lys Met 325 330
<210> 49
<211> 323
<212> PRT
<213> Scheffersomyces stipitis
<400> 49
Met Ser Ser Asn Ser Leu Glu Gln Leu Lys Ala Thr Gly Thr Val Ile
1 5 10 15
Val Thr Asp Thr Gly Glu Phe Asp Ser Ile Ala Lys Tyr Thr Pro Gln
20 25 30
Asp Ala Thr Thr Asn Pro Ser Leu Ile Leu Ala Ala Ala Lys Lys Pro
35 40 45
Glu Tyr Ala Lys Val Ile Asp Val Ala Ile Glu Tyr Ala Lys Asp Lys
50 55 60
Gly Ser Ser Lys Lys Glu Lys Ala Glu Ile Ala Leu Asp Arg Leu Leu
65 70 75 80
Ile Glu Phe Gly Lys Asn Ile Leu Ala Ile Val Pro Gly Arg Val Ser
85 90 95
Thr Glu Val Asp Ala Arg Leu Ser Phe Asp Lys Glu Ala Thr Ile Lys
100 105 110
Lys Ala Leu Glu Leu Ile Ala Leu Tyr Glu Ser Gln Gly Ile Ser Lys
115 120 125
Asp Arg Ile Leu Ile Lys Ile Ala Ser Thr Trp Glu Gly Ile Gln Ala
130 135 140
Ala Arg Glu Leu Glu Ala Lys His Gly Ile His Cys Asn Leu Thr Leu
145 150 155 160
Leu Phe Ser Phe Val Gln Ala Val Ala Cys Ala Glu Ala Lys Val Thr
165 170 175
Leu Ile Ser Pro Phe Val Gly Arg Ile Leu Asp Trp Tyr Lys Ala Ser
180 185 190
Thr Gly Lys Thr Tyr Glu Gly Asp Glu Asp Pro Gly Val Ile Ser Val
195 200 205
Arg Ala Ile Tyr Asn Tyr Tyr Lys Lys Tyr Gly Tyr Lys Thr Ile Val
210 215 220
Met Gly Ala Ser Phe Arg Asn Thr Gly Glu Ile Lys Ala Leu Ala Gly
225 230 235 240
Cys Asp Tyr Leu Thr Val Ala Pro Lys Leu Leu Glu Glu Leu Leu Asn
245 250 255
Ser Thr Glu Pro Val Pro Gln Val Leu Asp Ala Ala Ser Ala Ser Ala
260 265 270
Thr Asp Val Glu Lys Val Ser Tyr Val Asp Asp Glu Ala Thr Phe Arg
275 280 285
Tyr Leu Phe Asn Glu Asp Ala Met Ala Thr Glu Lys Leu Ala Gln Gly
290 295 300
Ile Arg Ala Phe Gly Lys Asp Ala Val Thr Leu Leu Glu Gln Leu Glu
305 310 315 320
Ala Arg Phe
<210> 50
<211> 680
<212> PRT
<213> Saccharomyces cerevisiae
<400> 50
Met Thr Gln Phe Thr Asp Ile Asp Lys Leu Ala Val Ser Thr Ile Arg
1 5 10 15
Ile Leu Ala Val Asp Thr Val Ser Lys Ala Asn Ser Gly His Pro Gly
20 25 30
Ala Pro Leu Gly Met Ala Pro Ala Ala His Val Leu Trp Ser Gln Met
35 40 45
Arg Met Asn Pro Thr Asn Pro Asp Trp Ile Asn Arg Asp Arg Phe Val
50 55 60
Leu Ser Asn Gly His Ala Val Ala Leu Leu Tyr Ser Met Leu His Leu
65 70 75 80
Thr Gly Tyr Asp Leu Ser Ile Glu Asp Leu Lys Gln Phe Arg Gln Leu
85 90 95
Gly Ser Arg Thr Pro Gly His Pro Glu Phe Glu Leu Pro Gly Val Glu
100 105 110
Val Thr Thr Gly Pro Leu Gly Gln Gly Ile Ser Asn Ala Val Gly Met
115 120 125
Ala Met Ala Gln Ala Asn Leu Ala Ala Thr Tyr Asn Lys Pro Gly Phe
130 135 140
Thr Leu Ser Asp Asn Tyr Thr Tyr Val Phe Leu Gly Asp Gly Cys Leu
145 150 155 160
Gln Glu Gly Ile Ser Ser Glu Ala Ser Ser Leu Ala Gly His Leu Lys
165 170 175
Leu Gly Asn Leu Ile Ala Ile Tyr Asp Asp Asn Lys Ile Thr Ile Asp
180 185 190
Gly Ala Thr Ser Ile Ser Phe Asp Glu Asp Val Ala Lys Arg Tyr Glu
195 200 205
Ala Tyr Gly Trp Glu Val Leu Tyr Val Glu Asn Gly Asn Glu Asp Leu
210 215 220
Ala Gly Ile Ala Lys Ala Ile Ala Gln Ala Lys Leu Ser Lys Asp Lys
225 230 235 240
Pro Thr Leu Ile Lys Met Thr Thr Thr Ile Gly Tyr Gly Ser Leu His
245 250 255
Ala Gly Ser His Ser Val His Gly Ala Pro Leu Lys Ala Asp Asp Val
260 265 270
Lys Gln Leu Lys Ser Lys Phe Gly Phe Asn Pro Asp Lys Ser Phe Val
275 280 285
Val Pro Gln Glu Val Tyr Asp His Tyr Gln Lys Thr Ile Leu Lys Pro
290 295 300
Gly Val Glu Ala Asn Asn Lys Trp Asn Lys Leu Phe Ser Glu Tyr Gln
305 310 315 320
Lys Lys Phe Pro Glu Leu Gly Ala Glu Leu Ala Arg Arg Leu Ser Gly
325 330 335
Gln Leu Pro Ala Asn Trp Glu Ser Lys Leu Pro Thr Tyr Thr Ala Lys
340 345 350
Asp Ser Ala Val Ala Thr Arg Lys Leu Ser Glu Thr Val Leu Glu Asp
355 360 365
Val Tyr Asn Gln Leu Pro Glu Leu Ile Gly Gly Ser Ala Asp Leu Thr
370 375 380
Pro Ser Asn Leu Thr Arg Trp Lys Glu Ala Leu Asp Phe Gln Pro Pro
385 390 395 400
Ser Ser Gly Ser Gly Asn Tyr Ser Gly Arg Tyr Ile Arg Tyr Gly Ile
405 410 415
Arg Glu His Ala Met Gly Ala Ile Met Asn Gly Ile Ser Ala Phe Gly
420 425 430
Ala Asn Tyr Lys Pro Tyr Gly Gly Thr Phe Leu Asn Phe Val Ser Tyr
435 440 445
Ala Ala Gly Ala Val Arg Leu Ser Ala Leu Ser Gly His Pro Val Ile
450 455 460
Trp Val Ala Thr His Asp Ser Ile Gly Val Gly Glu Asp Gly Pro Thr
465 470 475 480
His Gln Pro Ile Glu Thr Leu Ala His Phe Arg Ser Leu Pro Asn Ile
485 490 495
Gln Val Trp Arg Pro Ala Asp Gly Asn Glu Val Ser Ala Ala Tyr Lys
500 505 510
Asn Ser Leu Glu Ser Lys His Thr Pro Ser Ile Ile Ala Leu Ser Arg
515 520 525
Gln Asn Leu Pro Gln Leu Glu Gly Ser Ser Ile Glu Ser Ala Ser Lys
530 535 540
Gly Gly Tyr Val Leu Gln Asp Val Ala Asn Pro Asp Ile Ile Leu Val
545 550 555 560
Ala Thr Gly Ser Glu Val Ser Leu Ser Val Glu Ala Ala Lys Thr Leu
565 570 575
Ala Ala Lys Asn Ile Lys Ala Arg Val Val Ser Leu Pro Asp Phe Phe
580 585 590
Thr Phe Asp Lys Gln Pro Leu Glu Tyr Arg Leu Ser Val Leu Pro Asp
595 600 605
Asn Val Pro Ile Met Ser Val Glu Val Leu Ala Thr Thr Cys Trp Gly
610 615 620
Lys Tyr Ala His Gln Ser Phe Gly Ile Asp Arg Phe Gly Ala Ser Gly
625 630 635 640
Lys Ala Pro Glu Val Phe Lys Phe Phe Gly Phe Thr Pro Glu Gly Val
645 650 655
Ala Glu Arg Ala Gln Lys Thr Ile Ala Phe Tyr Lys Gly Asp Lys Leu
660 665 670
Ile Ser Pro Leu Lys Lys Ala Phe
675 680
<210> 51
<211> 681
<212> PRT
<213> Saccharomyces cerevisiae
<400> 51
Met Ala Gln Phe Ser Asp Ile Asp Lys Leu Ala Val Ser Thr Leu Arg
1 5 10 15
Leu Leu Ser Val Asp Gln Val Glu Ser Ala Gln Ser Gly His Pro Gly
20 25 30
Ala Pro Leu Gly Leu Ala Pro Val Ala His Val Ile Phe Lys Gln Leu
35 40 45
Arg Cys Asn Pro Asn Asn Glu His Trp Ile Asn Arg Asp Arg Phe Val
50 55 60
Leu Ser Asn Gly His Ser Cys Ala Leu Leu Tyr Ser Met Leu His Leu
65 70 75 80
Leu Gly Tyr Asp Tyr Ser Ile Glu Asp Leu Arg Gln Phe Arg Gln Val
85 90 95
Asn Ser Arg Thr Pro Gly His Pro Glu Phe His Ser Ala Gly Val Glu
100
105
110
Ile Thr Ser Gly Pro Leu Gly Gln Gly Ile Ser Asn Ala Val Gly Met
115 120 125
Ala Ile Ala Gln Ala Asn Phe Ala Ala Thr Tyr Asn Glu Asp Gly Phe
130 135 140
Pro Ile Ser Asp Ser Tyr Thr Phe Ala Ile Val Gly Asp Gly Cys Leu
145 150 155 160
Gln Glu Gly Val Ser Ser Glu Thr Ser Ser Leu Ala Gly His Leu Gln
165 170 175
Leu Gly Asn Leu Ile Thr Phe Tyr Asp Ser Asn Ser Ile Ser Ile Asp
180 185 190
Gly Lys Thr Ser Tyr Ser Phe Asp Glu Asp Val Leu Lys Arg Tyr Glu
195 200 205
Ala Tyr Gly Trp Glu Val Met Glu Val Asp Lys Gly Asp Asp Asp Met
210 215 220
Glu Ser Ile Ser Ser Ala Leu Glu Lys Ala Lys Leu Ser Lys Asp Lys
225 230 235 240
Pro Thr Ile Ile Lys Val Thr Thr Thr Ile Gly Phe Gly Ser Leu Gln
245 250 255
Gln Gly Thr Ala Gly Val His Gly Ser Ala Leu Lys Ala Asp Asp Val
260 265 270
Lys Gln Leu Lys Lys Arg Trp Gly Phe Asp Pro Asn Lys Ser Phe Val
275 280 285
Val Pro Gln Glu Val Tyr Asp Tyr Tyr Lys Lys Thr Val Val Glu Pro
290 295 300
Gly Gln Lys Leu Asn Glu Glu Trp Asp Arg Met Phe Glu Glu Tyr Lys
305 310 315 320
Thr Lys Phe Pro Glu Lys Gly Lys Glu Leu Gln Arg Arg Leu Asn Gly
325 330 335
Glu Leu Pro Glu Gly Trp Glu Lys His Leu Pro Lys Phe Thr Pro Asp
340 345 350
Asp Asp Ala Leu Ala Thr Arg Lys Thr Ser Gln Gln Val Leu Thr Asn
355
360
365
Met Val Gln Val Leu Pro Glu Leu Ile Gly Gly Ser Ala Asp Leu Thr
370 375 380
Pro Ser Asn Leu Thr Arg Trp Glu Gly Ala Val Asp Phe Gln Pro Pro
385 390 395 400
Ile Thr Gln Leu Gly Asn Tyr Ala Gly Arg Tyr Ile Arg Tyr Gly Val
405 410 415
Arg Glu His Gly Met Gly Ala Ile Met Asn Gly Ile Ser Ala Phe Gly
420 425 430
Ala Asn Tyr Lys Pro Tyr Gly Gly Thr Phe Leu Asn Phe Val Ser Tyr
435 440 445
Ala Ala Gly Ala Val Arg Leu Ala Ala Leu Ser Gly Asn Pro Val Ile
450 455 460
Trp Val Ala Thr His Asp Ser Ile Gly Leu Gly Glu Asp Gly Pro Thr
465 470 475 480
His Gln Pro Ile Glu Thr Leu Ala His Leu Arg Ala Ile Pro Asn Met
485 490 495
His Val Trp Arg Pro Ala Asp Gly Asn Glu Thr Ser Ala Ala Tyr Tyr
500 505 510
Ser Ala Ile Lys Ser Gly Arg Thr Pro Ser Val Val Ala Leu Ser Arg
515 520 525
Gln Asn Leu Pro Gln Leu Glu His Ser Ser Phe Glu Lys Ala Leu Lys
530 535 540
Gly Gly Tyr Val Ile His Asp Val Glu Asn Pro Asp Ile Ile Leu Val
545 550 555 560
Ser Thr Gly Ser Glu Val Ser Ile Ser Ile Asp Ala Ala Lys Lys Leu
565 570 575
Tyr Asp Thr Lys Lys Ile Lys Ala Arg Val Val Ser Leu Pro Asp Phe
580 585 590
Tyr Thr Phe Asp Arg Gln Ser Glu Glu Tyr Arg Phe Ser Val Leu Pro
595 600 605
Asp Gly Val Pro Ile Met Ser Phe Glu Val Leu Ala Thr Ser Ser Trp
610 615 620
Gly Lys Tyr Ala His Gln Ser Phe Gly Leu Asp Glu Phe Gly Arg Ser
625 630 635 640
Gly Lys Gly Pro Glu Ile Tyr Lys Leu Phe Asp Phe Thr Ala Asp Gly
645 650 655
Val Ala Ser Arg Ala Glu Lys Thr Ile Asn Tyr Tyr Lys Gly Lys Gln
660 665 670
Leu Leu Ser Pro Met Gly Arg Ala Phe 675 680
<210> 52
<211> 677
<212> PRT
<213> Pichia stipitis
<400> 52
Met Ser Ser Val Asp Gln Lys Ala Ile Ser Thr Ile Arg Leu Leu Ala
1 5 10 15
Val Asp Ala Val Ala Ala Ala Asn Ser Gly His Pro Gly Ala Pro Leu
20 25 30
Gly Leu Ala Pro Ala Ala His Ala Val Phe Lys Lys Met Arg Phe Asn
35 40 45
Pro Lys Asp Thr Lys Trp Ile Asn Arg Asp Arg Phe Val Leu Ser Asn
50 55 60
Gly His Ala Cys Ala Leu Leu Tyr Ser Met Leu Val Leu Tyr Gly Tyr
65 70 75 80
Asp Leu Thr Val Glu Asp Leu Lys Lys Phe Arg Gln Leu Gly Ser Lys
85 90 95
Thr Pro Gly His Pro Glu Asn Thr Asp Val Pro Gly Ala Glu Val Thr
100 105 110
Thr Gly Pro Leu Gly Gln Gly Ile Cys Asn Gly Val Gly Ile Ala Leu
115 120 125
Ala Gln Ala Gln Phe Ala Ala Thr Tyr Asn Lys Pro Asp Phe Pro Ile
130 135 140
Ser Asp Ser Tyr Thr Tyr Val Phe Leu Gly Asp Gly Cys Leu Met Glu
145 150 155 160
Gly Val Ser Ser Glu Ala Ser Ser Leu Ala Gly His Leu Gln Leu Gly
165 170 175
Asn Leu Ile Ala Phe Trp Asp Asp Asn Lys Ile Ser Ile Asp Gly Ser
180 185 190
Thr Glu Val Ala Phe Thr Glu Asp Val Ile Ala Arg Tyr Lys Ser Tyr
195 200 205
Gly Trp His Ile Val Glu Val Ser Asp Ala Asp Thr Asp Ile Thr Ala
210 215 220
Ile Ala Ala Ala Ile Asp Glu Ala Lys Lys Val Thr Asn Lys Pro Thr
225 230 235 240
Leu Val Arg Leu Thr Thr Thr Ile Gly Phe Gly Ser Leu Ala Gln Gly
245 250 255
Thr His Gly Val His Gly Ala Pro Leu Lys Ala Asp Asp Ile Lys Gln
260 265 270
Leu Lys Thr Lys Trp Gly Phe Asn Pro Glu Glu Ser Phe Ala Val Pro
275 280 285
Ala Glu Val Thr Ala Ser Tyr Asn Glu His Val Ala Glu Asn Gln Lys
290 295 300
Ile Gln Gln Gln Trp Asn Glu Leu Phe Ala Ala Tyr Lys Gln Lys Tyr
305 310 315 320
Pro Glu Leu Gly Ala Glu Leu Gln Arg Arg Leu Asp Gly Lys Leu Pro
325 330 335
Glu Asn Trp Asp Lys Ala Leu Pro Val Tyr Thr Pro Ala Asp Ala Ala
340 345 350
Val Ala Thr Arg Lys Leu Ser Glu Ile Val Leu Ser Lys Ile Ile Pro
355 360 365
Glu Val Pro Glu Ile Ile Gly Gly Ser Ala Asp Leu Thr Pro Ser Asn
370 375 380
Leu Thr Lys Ala Lys Gly Thr Val Asp Phe Gln Pro Ala Ala Thr Gly
385 390 395 400
Leu Gly Asp Tyr Ser Gly Arg Tyr Ile Arg Tyr Gly Val Arg Glu His
405 410 415
Ala Met Gly Ala Ile Met Asn Gly Ile Ala Ala Phe Gly Ala Asn Tyr
420 425 430
Lys Asn Tyr Gly Gly Thr Phe Leu Asn Phe Val Ser Tyr Ala Ala Gly
435 440 445
Ala Val Arg Leu Ser Ala Leu Ser Glu Phe Pro Ile Thr Trp Val Ala
450 455 460
Thr His Asp Ser Ile Gly Leu Gly Glu Asp Gly Pro Thr His Gln Pro
465 470 475 480
Ile Glu Thr Leu Ala His Phe Arg Ala Thr Pro Asn Ile Ser Val Trp
485 490 495
Arg Pro Ala Asp Gly Asn Glu Thr Ser Ala Ala Tyr Lys Ser Ala Ile
500 505 510
Glu Ser Thr His Thr Pro His Ile Leu Ala Leu Thr Arg Gln Asn Leu
515 520 525
Pro Gln Leu Glu Gly Ser Ser Ile Glu Lys Ala Ser Lys Gly Gly Tyr
530 535 540
Thr Leu Val Gln Gln Asp Lys Ala Asp Ile Ile Ile Val Ala Thr Gly
545 550 555 560
Ser Glu Val Ser Leu Ala Val Asp Ala Leu Lys Val Leu Glu Gly Gln
565 570 575
Gly Ile Lys Ala Gly Val Val Ser Leu Pro Asp Gln Leu Thr Phe Asp
580 585 590
Lys Gln Ser Glu Glu Tyr Lys Leu Ser Val Leu Pro Asp Gly Val Pro
595 600 605
Ile Leu Ser Val Glu Val Met Ser Thr Phe Gly Trp Ser Lys Tyr Ser
610 615 620
His Gln Gln Phe Gly Leu Asn Arg Phe Gly Ala Ser Gly Lys Ala Pro
625 630 635 640
Glu Ile Phe Lys Leu Phe Glu Phe Thr Pro Glu Gly Val Ala Glu Arg
645 650 655
Ala Ala Lys Thr Val Ala Phe Tyr Lys Gly Lys Asp Val Val Ser Pro
660 665 670
Leu Arg Ser Ala Phe 675
<210> 53
<211> 348
<212> PRT
<213> Saccharomyces cerevisiae
<400> 53
Met Ser Ile Pro Glu Thr Gln Lys Gly Val Ile Phe Tyr Glu Ser His
1 5 10 15
Gly Lys Leu Glu Tyr Lys Asp Ile Pro Val Pro Lys Pro Lys Ala Asn
20 25 30
Glu Leu Leu Ile Asn Val Lys Tyr Ser Gly Val Cys His Thr Asp Leu
35 40 45
His Ala Trp His Gly Asp Trp Pro Leu Pro Val Lys Leu Pro Leu Val
50 55 60
Gly Gly His Glu Gly Ala Gly Val Val Val Gly Met Gly Glu Asn Val
65 70 75 80
Lys Gly Trp Lys Ile Gly Asp Tyr Ala Gly Ile Lys Trp Leu Asn Gly
85 90 95
Ser Cys Met Ala Cys Glu Tyr Cys Glu Leu Gly Asn Glu Ser Asn Cys
100 105 110
Pro His Ala Asp Leu Ser Gly Tyr Thr His Asp Gly Ser Phe Gln Gln
115 120 125
Tyr Ala Thr Ala Asp Ala Val Gln Ala Ala His Ile Pro Gln Gly Thr
130 135 140
Asp Leu Ala Gln Val Ala Pro Ile Leu Cys Ala Gly Ile Thr Val Tyr
145 150 155 160
Lys Ala Leu Lys Ser Ala Asn Leu Met Ala Gly His Trp Val Ala Ile
165 170 175
Ser Gly Ala Ala Gly Gly Leu Gly Ser Leu Ala Val Gln Tyr Ala Lys
180 185 190
Ala Met Gly Tyr Arg Val Leu Gly Ile Asp Gly Gly Glu Gly Lys Glu
195 200 205
Glu Leu Phe Arg Ser Ile Gly Gly Glu Val Phe Ile Asp Phe Thr Lys
210 215 220
Glu Lys Asp Ile Val Gly Ala Val Leu Lys Ala Thr Asp Gly Gly Ala
225 230 235 240
His Gly Val Ile Asn Val Ser Val Ser Glu Ala Ala Ile Glu Ala Ser
245 250 255
Thr Arg Tyr Val Arg Ala Asn Gly Thr Thr Val Leu Val Gly Met Pro
260 265 270
Ala Gly Ala Lys Cys Cys Ser Asp Val Phe Asn Gln Val Val Lys Ser
275 280 285
Ile Ser Ile Val Gly Ser Tyr Val Gly Asn Arg Ala Asp Thr Arg Glu
290 295 300
Ala Leu Asp Phe Phe Ala Arg Gly Leu Val Lys Ser Pro Ile Lys Val
305 310 315 320
Val Gly Leu Ser Thr Leu Pro Glu Ile Tyr Glu Lys Met Glu Lys Gly
325 330 335
Gln Ile Val Gly Arg Tyr Val Val Asp Thr Ser Lys 340 345
<210> 54 <211> 1329
<212> DNA
<213> Eubacterium saburreum
<400> 54
atgaaggaat tcttcccagg tatttctcca gttaagttcg aaggtagaga ctctaagaac 60
ccattgtctt tcaagtacta cgacgctaag agagttatta tgggtaagac catggaagaa 120
cacttgtctt tcgctatggc ttggtggcac aacttgtgtg cttgtggtgt tgacatgttc 180
ggtcaaggta ccgttgacaa gtctttcggt gaatcttctg gtaccatgga acacgctaga 240
gctaaggttg acgctggtat tgaattcatg aagaagttgg gtattaagta ctactgtttc 300
cacgacaccg acattgttcc agaagaccaa gaagacatta acgttaccaa cgctagattg 360
gacgaaatta ccgactacat tttggaaaag accaaggaca ccgacattaa gtgtttgtgg 420
accacctgta acatgttctc taacccaaga ttcatgaacg gtgctggttc ttctaactct 480
gctgacgttt tctgtttcgc tgctgctcaa gctaagaagg gtttggaaaa cgctgttaag 540
ttgggtgcta agggtttcgt tttctggggt ggtagagaag gttacgaaac cttgttgaac 600
accgacatga agttggaaga agaaaacatt gctaccttgt tcaccatgtg tagagactac 660
ggtagatcta ttggtttcat gggtgacttc tacattgaac caaagccaaa ggaaccaatg 720
aagcaccaat acgacttcga cgctgctacc gctattggtt tcttgagaaa gtacggtttg 780
gacaaggact tcaagttgaa cattgaagct aaccacgcta ccttggctgg tcacaccttc 840
caacacgaat tgagagtttg tgctgttaac ggtatgatgg gttctgttga cgctaaccaa 900
ggtgacacct tgttgggttg ggacaccgac caattcccaa ccaacgttta cgacaccacc 960
ttggctatgt acgaaatttt gaaggctggt ggtttgagag gtggtttgaa cttcgactct 1020
aagaacagaa gaccatctaa caccgctgac gacatgttct acggtttcat tgctggtatg 1080
gacaccttcg ctttgggttt gattaaggct gctgaaatta ttgaagacgg tagaattgac 1140
gacttcgtta aggaaagata cgcttcttac aactctggta ttggtaagaa gattagaaac 1200
agaaaggtta ccttgattga atgtgctgaa tacgctgcta agttgaagaa gccagaattg 1260
ccagaatctg gtagacaaga atacttggaa tctgttgtca acaacatttt gttcggtggt 1320
tctggttaa 1329
ФОРМУЛА ИЗОБРЕТЕНИЯ
1. Последовательность олигонуклеотида, характеризующегося тем, что он
повышает скорость транскрипции РНК типа фрагмента матричной РНК, кодирующего
белок, выбранный из группы, состоящей из ферментов, структурных белков,
коферментов, переносчиков, антител, гормонов и регуляторов, типа фрагмента
регуляторной РНК, типа фрагмента ферментативно активной РНК или типа фрагмента
транспортной РНК, причем последовательность данного олигонуклеотида по меньшей
мере на 80% идентична последовательности SEQ ID NO: 1.
2. Последовательность олигонуклеотида по п. 1, где последовательность данного олигонуклеотида по меньшей мере на 85% идентична последовательности SEQ ID NO: 1.
3. Последовательность олигонуклеотида по п. 1 или 2, при этом скорость транскрипции фрагмента РНК в дрожжевых клетках-хозяевах повышается по меньшей мере в 2 раза при выращивании дрожжевых клеток-хозяев, трансформированных по меньшей мере одним рекомбинантным фрагментом ДНК, включающим этот олигонуклеотид, как минимум на двух субстратах, выбранных из группы, состоящей из глюкозы, маннозы, фруктозы, галактозы, ксилозы, арабинозы, сахарозы, трегалозы, рафинозы, глицерина, этанола, ацетата и лактата.
4. Последовательность олигонуклеотида по п. 1 или 2, при этом активность фермента, кодируемого фрагментом РНК, контролируемым этим олигонуклеотидом в дрожжевых клетках-хозяевах, повышается по меньшей мере в 2 раза при выращивании дрожжевых клеток-хозяев, трансформированных по меньшей мере одним рекомбинантным фрагментом ДНК, включающим этот олигонуклеотид, как минимум на двух субстратах, выбранных из группы, состоящей из глюкозы, маннозы, фруктозы, галактозы, ксилозы, арабинозы, сахарозы, трегалозы, рафинозы, глицерина, этанола, ацетата и лактата.
5. Последовательность олигонуклеотида по любому из предыдущих пунктов, при этом фермент является модифицирующим углеводы ферментом.
6. Последовательность олигонуклеотида по любому из предыдущих пунктов, при этом фермент является модифицирующим углеводы ферментом, выбранным из группы, состоящей из ЕС 5.1.3, ЕС 5.3.1, ЕС 2.7.1, ЕС 2.2.1, ЕС 2.2.1 и ЕС 1.1.1.
7. Последовательность олигонуклеотида по любому из предыдущих пунктов, при этом белок выбран из группы, состоящей из SEQ ID NO: 11-53.
8. Последовательность олигонуклеотида по любому из предыдущих пунктов, при этом от 1 до 80 нуклеотидов подверглись замене, делеции или вставке.
9. Рекомбинантный фрагмент ДНК, включающий последовательность
олигонуклеотида по любому из п.п. 1-8.
10. Экспрессирующая плазмида, содержащая по меньшей мере один
рекомбинантный фрагмент ДНК по п. 9.
11. Клетка-хозяин, трансформированная по меньшей мере одним рекомбинантным
фрагментом ДНК по п. 9 либо трансформированная по меньшей мере одной
экспрессирующей плазмидой по п. 10.
Исследование роста - отбор штамма
штамм А штамм В штамм С штамм D штамм Е
О 50 100 150
Время (ч)
Фиг. 1
Исследование роста - репортерная система
100 Время (ч)
регулируемая
SEQ ID
NO:
-ш-
SEQ ID
NO:
SEQ ID
NO:
SEQ ID
NO:
SEQ ID
NO:
-е-
SEQ ID
NO:
-н-
SEQ ID
NO:
SEQ ID
NO:
SEQ ID
NO:
-е-
SEQID
NO:
Фиг. 2
Уровень транскрипции- репортерная система
<$> <> ' <^ <$> о
,СУ .О .О ? <> > 0 .СУ .О уО УСУ
4 4 4 4 4? <$> 4? 4? 4* ^
регулируемая:
Глюкоза
Манноза
Этанол
Глицерин
Ксилоза
Фиг. 3
Активность фермента - репортерная система
Глюкоза
Манноза
Этанол
Глицерин
Ксилоза
> $> ^ > p > $> ^ > $> > $> ч0^
4? # # 4? # 4? # 4? # J
регулируемая:
Фиг. 4
(19)
435
435