|
|
больше ...
Термины запроса в документе
Реферат
[RU] В заявке описана композиция, содержащая по меньшей мере одну мРНК, кодирующую комбинацию антигенов, которые могут вызывать (адаптивный) иммунный ответ у млекопитающего, в которой антигены выбраны из группы, состоящей из 5Т4 (трофобластический гликопротеин, TPBG), сурвивина (белок, содержащий бакуловирусный ингибитор мотива апоптозных (IAP) повторов 5; BIRC5), NY-ESO-1 (Нью-Йоркская плоскоклеточная карцинома пищевода 1; CTAG1B), MAGE-C1 (меланомный антиген семейства C1), MAGE-C2 (меланомный антиген семейства С2) и MUC1 (муцин 1). В заявке описана также вакцина, содержащая по меньшей мере одну мРНК, которая кодирует указанную комбинацию антигенов, и применение указанной композиции (для приготовления вакцины) и/или вакцины для вызывания (адаптивного) иммунного ответа для лечения рака легких, предпочтительно немелкоклеточного рака легких (NSCLC), и связанных с ним заболеваний или нарушений. И, наконец, в заявке описаны наборы, прежде всего наборы компонентов, которые содержат композицию и/или вакцину.
Полный текст патента
(57) Реферат / Формула:
В заявке описана композиция, содержащая по меньшей мере одну мРНК, кодирующую комбинацию антигенов, которые могут вызывать (адаптивный) иммунный ответ у млекопитающего, в которой антигены выбраны из группы, состоящей из 5Т4 (трофобластический гликопротеин, TPBG), сурвивина (белок, содержащий бакуловирусный ингибитор мотива апоптозных (IAP) повторов 5; BIRC5), NY-ESO-1 (Нью-Йоркская плоскоклеточная карцинома пищевода 1; CTAG1B), MAGE-C1 (меланомный антиген семейства C1), MAGE-C2 (меланомный антиген семейства С2) и MUC1 (муцин 1). В заявке описана также вакцина, содержащая по меньшей мере одну мРНК, которая кодирует указанную комбинацию антигенов, и применение указанной композиции (для приготовления вакцины) и/или вакцины для вызывания (адаптивного) иммунного ответа для лечения рака легких, предпочтительно немелкоклеточного рака легких (NSCLC), и связанных с ним заболеваний или нарушений. И, наконец, в заявке описаны наборы, прежде всего наборы компонентов, которые содержат композицию и/или вакцину.
Евразийское (21) 201600189 (13) A1
патентное
ведомство
(12) ОПИСАНИЕ ИЗОБРЕТЕНИЯ К ЕВРАЗИЙСКОЙ ЗАЯВКЕ
(43) Дата публикации заявки 2016.08.31
(22) Дата подачи заявки 2014.08.21
(51) Int. Cl. A61K39/00 (2006.01)
(54) КОМПОЗИЦИЯ И ВАКЦИНА ДЛЯ ЛЕЧЕНИЯ РАКА ЛЕГКИХ
(31) PCT/EP2013/002514
(32) 2013.08.21
(33) EP
(86) PCT/EP2014/002299
(87) WO 2015/024666 2015.02.26
(71) Заявитель: КУРЕВАК АГ (DE)
(72) Изобретатель:
Каллен Карл-Йозеф, Фотин-Млечек Мариола, Гнад-Фогт Ульрике (DE)
(74) Представитель:
Веселицкая И.А., Кузенкова Н.В., Веселицкий М.Б., Каксис Р.А., Белоусов Ю.В., Куликов А.В., Кузнецова Е.В., Соколов Р.А., Кузнецова Т.В. (RU)
(57) В заявке описана композиция, содержащая по меньшей мере одну мРНК, кодирующую комбинацию антигенов, которые могут вызывать (адаптивный) иммунный ответ у млекопитающего, в которой антигены выбраны из группы, состоящей из 5Т4 (трофобластический гликопротеин, TPBG), сурвивина (белок, содержащий бакуловирусный ингибитор мотива апоптозных (IAP) повторов 5; BIRC5), NY-ESO-1 (Нью-Йоркская плоскоклеточная карцинома пищевода 1; CTAG1B), MAGE-C1 (меланомный антиген семейства C1), MAGE-C2 (меланомный антиген семейства С2) и MUC1 (муцин 1). В заявке описана также вакцина, содержащая по меньшей мере одну мРНК, которая кодирует указанную комбинацию антигенов, и применение указанной композиции (для приготовления вакцины) и/или вакцины для вызывания (адаптивного) иммунного ответа для лечения рака легких, предпочтительно немелкоклеточного рака легких (NSCLC), и связанных с ним заболеваний или нарушений. И, наконец, в заявке описаны наборы, прежде всего наборы компонентов, которые содержат композицию и/или вакцину.
Заявка № 201600189 Заявитель КУРЕВАК АГ, DE
КОМПОЗИЦИЯ И ВАКЦИНА ДЛЯ ЛЕЧЕНИЯ РАКА ЛЕГКИХ
Область техники, к которой относится изобретение Настоящее изобретение относится к композиции, которая содержит по меньшей одну мРНК, кодирующую комбинацию антигенов, которые обладают способностью вызвать (адаптивный) иммунный ответ у млекопитающего, где антигены выбирают из группы, состоящей из 5Т4 (трофобластический гликопротеин, TPBG), сурвивина (белок 5, содержащий бакуловирусный ингибитор мотива апоптозных (IAP) повторов; BIRC5), NY-ESO-1 (Нью-Йоркская плоскоклеточная карцинома пищевода 1, CTAG1B), MAGE-C1 (меланомный антиген семейства CI), MAGE-C2 (меланомный антиген семейства С2) и MUC1 (муцин 1). Изобретение относится также к вакцине, содержащей по меньшей мере одну мРНК, кодирующую указанную комбинацию антигенов, и к применению указанной композиции (для приготовления вакцины) и/или вакцины для вызывания (адаптивного) иммунного ответа с целью лечения рака легких, предпочтительно немелкоклеточного рака легких (NSCLC), и связанных с ним
заболеваний или нарушений. И, наконец, изобретение относится к наборам, прежде всего наборам компонентов, которые содержат композицию и/или вакцину.
Предпосылки создания изобретения
Из всех злокачественных опухолей 25% приходится на бронхиальные карциномы (карциномы легких). Во всем мире они являются наиболее часто встречающейся причиной связанной с раком смерти у мужчин и второй из наиболее часто встречающихся причин у женщин. В Германии этот тип карцином является третьим по распространенности после карциномы предстательной железы и колоректальной карциномы. Ежегодно они вызывают 1,3 миллиона смертельных случаев во всем мире. В Центральной Европе заболеваемость им составляет примерно 60 на 100000 населения, и количество людей, у которых впервые диагностирован рак легких, постоянного возрастает (в Германии в настоящее время количество случаев составляет примерно 50000 в год). После диагностирования рака легких средний уровень общей пятилетней выживаемости составляет только 5%. Однако продолжительность жизни каждого отдельного пациента полностью зависит от стадии болезни (TMN-классификация) и рассматриваемого подтипа карциномы (рак легких) (см. ниже).
Основные подтипы рака легких, которые классифицируют по размеру и внешнему виду злокачественных клеток, идентифицируемых с помощью микроскопа, представляют собой мелкоклеточный рак легких (20%) и немелкоклеточный рак легких (NSCLC) (80%). Эта классификация, хотя она основывается на простых гистологических критериях, имеет очень важное значение в клинической практике и для прогнозирования заболевания, при этом, мелкоклеточный рак легких, как правило, поддается лечению с помощью химиотерапии, а при немелкоклеточном раке легких наиболее часто используют хирургическое вмешательство в качестве лечения пер!зой линии.
Подтипы немелкоклегочного рака легких (NSCLC) объединяют в одну группу на основании того, что их прогнозирование и пути их лечения являются примерно одинаковыми. Имеются три основных подтипа: плоскоклеточная карцинома легких, аденокарцинома и крупноклеточная карцинома легких. Хирургия является основным путем лечения; однако только для четверти пациентов резекция оказывается успешной, при этом частота рецидивов
составляет 50%. Терапевтические подходы на запущенной стадии заболевания включают (после хирургического вмешательства) адъювантную химиотерапию и/или адъювантную лучевую терапию, в то время как монотерапия (терапия первой линии), по-видимому, представляет собой подход, ассоциированный с относительно плохими результатами. При сравнении четырех обычно применяемых режимов комбинированной химиотерапии ни у одной из них не обнаружено преимущества. Уровни ответа варьировались от 15 до 22%, при этом уровни однолетней выживаемости составляли от 31 до 36% (см., например, O'Mahony D., S. Kummar и др., "Non-small-cell lung cancer vaccine therapy: a concise review", J Clin Oncol 23(35), 2005, cc. 9022-9028). Таким образом, даже хотя предоперационная химиотерапия, по-видимому, не приводит к удлинению продолжительности жизни, установлено, что адъювантная химиотерапия, если ее применяют в сочетании с лучевой терапией, также существенно увеличивает продолжительность жизни.
Одним из применяемых в настоящее время химиотерапевтических подходов включает комбинации субстанций на основе платины, например, с гемцитабином, даже в качестве терапии первой линии, а, например, пеметрексед применяют в качестве терапии второй линии.
Другим подходом, применяемым для лечения NSCLC, является так называемая "таргетная (направленная) терапия", с помощью которой пытаются повышать успех классической цитотоксической химиотерапии путем воздействия на специфические для опухоли структуры-мишени на молекулярном уровне. Применяемые для этой цели субстанции включают бевацизумаб (ингибитор ангиогенеза) или эрлотиниб, мишенью которого являются рецепторные тирозинкиназы эпидермального фактора роста (EGFR).
Даже, несмотря на то, что при применении современных терапевтических подходов к лечению рака легких, прежде всего NSCLC, наблюдается несомненная положительная динамика, все еще существуют серьезные трудности (учитывая высокий уровень смертности), что определяет настоятельную потребность в дополнительных, альтернативных или усовершенствованных путях лечения.
Таким образом, в настоящем изобретении предлагается использовать иммунную систему при лечении NSCLC. Иммунная система играет важную роль
при лечении и предупреждении многочисленных заболеваний. Согласно существующему уровню техники у млекопитающих имеются различные механизмы защиты организма, основанные на идентификации и уничтожении, например, опухолевых клеток. Эти опухолевые клетки необходимо распознавать и отличать от здоровых клеток и тканей организма.
Иммунная система позвоночных животных, таких как человек, состоит из многих типов белков, клеток, органов и тканей, которые участвуют в сложной и динамической системе. В качестве компонента такого более сложного иммунного ответа система позвоночных животных адаптировалась со временем к более эффективному распознаванию конкретных патогенов или опухолевых клеток. Процесс адаптации создает иммунологическую память и позволяет еще более эффективно обеспечивать защиту в процессе последующих "столкновений" с патогенами. Указанный процесс адаптивного (искусственного) или приобретенного иммунитета формирует основу стратегий вакцинации.
Адаптивная иммунная система является антигенспецифической и включает распознавание специфических "своих" или "чужих (не своих) антигенов в процессе, который называется презентацией антигена. Антигенная специфичность позволяет вырабатывать ответы, направленные на специфические патогены или инфицированные патогеном клетки, или опухолевые клетки. Способность создавать такие приспособленные ответы, как правило, поддерживается в организме "клетками памяти". Если патоген инфицирует организм более одного раза, то указанные специфические клетки памяти используются для его быстрой элиминации. Таким образом, адаптивная иммунная система обеспечивает более сильный иммунный ответ, а также иммунологическую память, с помощью которой каждый патоген или опухолевая клетка "запоминаются" по одному или нескольким сигнатурным антигенам.
Основными компонентами адаптивной иммунной системы позвоночных являются, прежде всего, лимфоциты на клеточном уровне и антитела на молекулярном уровне. Лимфоциты в качестве клеточных компонентов адаптивной иммунной системы включают В-клетки и Т-клетки, происходящие из гематопоэтических стволовых клеток в костном мозге. В-клетки участвуют в гуморальном ответе, а Т-клетки участвуют в опосредуемом клетками иммунном ответе. Как В-клетки, так и Т-клетки несут рецепторные молекулы, которые
распознают специфические мишени. Т-клетки распознают "чужую" мишень, такую как патогенная структура-мишень, только после процессирования и презентации антигенов (например, небольших фрагментов патогена) в комбинации со "своим" рецептором, который называют молекулой главного комплекса гистосовместимости (ГКГС). В противоположность этому, В-клеточный антигенспецифический рецептор представляет собой молекулу антитела на поверхности В-клетки и он распознает сами патогены, когда антитела на ее поверхности связываются со специфическим чужеродным антигеном. Указанный комплекс антиген/антитело поглощается В-клеткой и процессируется в результате протеолиза с образованием пептидов. Затем В-клетка презентует указанные антигенные пептиды на своей поверхности с молекулами ГКГС класса П. Указанная комбинация ГКГС и антигена привлекает соответствующую Т-клетку-хелпера, которая высвобождает лимфокины и активирует В-клетку. Поскольку затем активированная В-клетка начинает делиться, то ее потомство секретирует миллионы копий антител, которые распознают антиген. Указанные антитела циркулируют в плазме крови и лимфе, связываются с патогенами или опухолевыми клетками, которые экспрессируют антиген, и тем самым "маркируют" их для последующего разрушения в результате активации комплемента или поглощения и разрушения фагоцитами.
В качестве клеточного компонента адаптивной иммунной системы цитотоксические Т-клетки (CD8+) могут формировать ЦТЛ-ответ. Цитотоксические Т-клетки (CD8+) могут распознавать пептиды из эндогенных патогенов и аутоантигенов, связанные молекулами ГКГС типа I. С08+-Т-клетки выполняют свою цитолитическую функцию посредством высвобождения цитотоксических белков в клетку.
Механизмы иммунной системы формируют мишени, пригодные для лечебных целей. Соответствующие методы, как правило, основываются на введении адъювантов для вызывания врожденного иммунного ответа или на введении антигенов или иммуногенов для вызывания адаптивного иммунного ответа. Поскольку основой антигенов, как правило, являются специфические компоненты патогенов (например, поверхностные белки) или их фрагменты, то предусматривается также введение нуклеиновых кислот пациенту, что сопровождается экспрессией требуемых полипептидов, белков или антигенов.
Известные к настоящему времени общепринятые методы вызывания иммунного ответа, иммунизации или вакцинации основываются на применение молекул ДНК для включения требуемой генетической информации в клетку. Разработаны различные методы интродукции ДНК в клетки, такие как трансфекция с использованием фосфата кальция, трансфекция полипреном, слияние протопластов, электропорация, микроинъекция и липофекция, при этом доказано, что липофекция является наиболее приемлемым методом. Аналогичным образом ДНК вирусов можно использовать также в качестве ДНК-носителя. Благодаря их инфекционным свойствам при использовании указанных вирусов достигается очень высокая скорость трансфекции. Применяемые вирусы являются генетически модифицированными так, чтобы исключить образование функциональных инфекционных частиц в трансфектированной клетке. Однако, несмотря на указанные меры предосторожности, невозможно исключать риск неконтролируемого размножения интродуцированного гена и вирусных генов, например, из-за потенциально возможных случаев рекомбинации. Это также влечет за собой риск того, что ДНК может встраиваться в интактный ген генома клетки-хозяина, например, путем рекомбинации, что приводит к тому, что этот ген может быть изменен в результате мутации и, как следствие, полностью или частично инактивирован, или может приводить к ошибочной информации. Другими словами, синтез генного продукта, который является жизненно важным для клетки, может полностью подавляться или в другом варианте может иметь место экспрессия модифицированный или неправильный генный продукт. Особый риск представляет собой интеграция ДНК в ген, который участвует в регуляции клеточного роста. В этом случае клетка-хозяин может вырождаться и приводить к образованию рака или опухоли. Кроме того, если ДНК, интродуцированная в клетку, должна экспрессироваться, то необходимо, чтобы соответствующий переносчик ДНК содержал сильный промотор, такой как промотор вируса CMV. Интеграция указанных промоторов в геном обработанной клетки может приводить к нежелательным изменениям регуляции генной экспрессии в клетке. Другим риском при применении ДНК в качестве агента для индукции иммунного ответа (например, в виде вакцины) является индукция патогенных антител к ДНК у пациента, которому интродуцирована
чужеродная ДНК, что приводит к вызыванию (возможно фатального) иммунного ответа.
Таким образом, для эффективной стимуляции иммунной системы для лечения рака легких, позволяющей исключить проблемы, связанные с неконтролируемым размножением интродуцированного гена в результате применения композиций на основе ДНК, разработаны композиции на основе РНК. В WO 2009/046738 представлена композиция, содержащая по меньшей мере одну РНК, которая кодирует по меньшей мере один антиген, выбранный из группы, состоящей из NY-ESO-1, MAGE-C1 и MAGE-C2, и которая также кодирует по меньшей мере один антиген, выбранный из группы, состоящей из hTERT, WT1, MAGE-A2, 5Т4, MAGE-АЗ, MUC1, Her-2/neu, NY-ESO-1, СЕА, сурвивина, MAGE-C1 и/или MAGE-C2. Даже хотя комбинация по меньшей мере двух антигенов в указанной композиции представляет собой важный шаг к активной иммунотерапии рака легких, практикующий врач при рассмотрении варианта лечения для индивидуального пациента все еще сталкивается с проблемой выбора приемлемой комбинации антигенов, которая обладала бы и эффективностью и хорошей переносимостью.
Таким образом, в целом, имеется и возможность, и необходимость создания эффективной системы, которую можно применять для эффективной стимуляции иммунной системы с целью лечения рака легких, прежде всего немелкоклеточного рака легких (NSCLC), в которой отсутствуют проблемы, возникающие при применении композиций, известных в данной области.
Таким образом, в основу настоящего изобретения положена задача разработать композицию, которая а) позволяет лечить рак легких путем стимуляции иммунной системы и при этом б) лишена указанных выше недостатков.
Таким образом, в основу настоящего изобретения положена задача разработать вакцину против рака легких или композицию для лечения рака легких путем стимуляции иммунной системы.
Задача, положенная в основу настоящего изобретения решается с помощью представленного в формуле изобретения объекта изобретения.
Краткое изложение сущности изобретения
Указанная задача решается с помощью объекта настоящего изобретения, прежде всего с помощью композиции, которая содержит по меньшей мере одну мРНК, где по меньшей мере одна мРНК кодирует следующие антигены:
• 5Т4 (трофобластический гликопротеин, TPBG);
• сурвивин (белок 5, содержащий бакуловирусный ингибитор мотива апоптозных (IAP) повторов; BIRC5),
•NY-ESO-1 (Нью-Йоркская плоскоклеточная карцинома пищевода 1; CTAG1B),
•MAGE-C1 (меланомный антиген семейства С1); •MAGE-C2 (меланомный антиген семейства С2) и •MUC1 (муцин 1),
или их фрагменты, и где по меньшей мере одна мРНК является моно-, би-или полицистронной.
При создании изобретения неожиданно было установлено, что специфическая комбинация антигенов, антигенных белков или антигенных пептидов из указанной выше группы, кодируемых по меньшей мере одной мРНК, входящей в композицию, предлагаемую в настоящем изобретении, обладает способностью эффективно стимулировать (адаптивную) иммунную систему, что позволяет лечить рак легких, предпочтительно подтипы немелкоклеточного рака легких, и связанные с ними заболевания или нарушения. Обладающие преимуществом воздействия на лечение указанных выше заболеваний и нарушений достигаются вне зависимости от того, применяют ли комбинацию антигенов, предлагаемых в изобретении, в качестве одной композиции, или путем отдельного введения индивидуальных антигенов. Таким образом, любая комбинация антигенов, указанных в настоящем описании, например, в форме шести различных препаратов мРНК, может быть предназначена для решения одинаковых задач и достигать требуемого действия. Ожидается, что количество респондеров на такую стратегию вакцинации должно быть существенно большим по сравнению с другими подходами. В контексте настоящего описания понятия антигены, антигенные белки или антигенные пептиды можно применять в качестве синонимов. В контексте настоящего изобретения под композицией, предлагаемой в изобретении, следует понимать
также композицию, которая обладает способностью вызывать иммунный ответ, предпочтительно адаптивный иммунный ответ, указанный в настоящем описании, благодаря по меньшей мере одному компоненту(ам), входящему(им) в композицию, или скорее благодаря по меньшей мере одному из антигенов, кодируемых по меньшей мере одним из компонентов композиции, т.е. благодаря по меньшей мере одной мРНК, кодирующей указанные выше антигены. Согласно изобретению комбинация антигенов, либо введенных по отдельности (например, одновременно) или в виде одной композиции, обладает способностью вызывать требуемый иммунный ответ. Раздельное введение может означать, что различные мРНК либо вводят практически одновременно, например, в пределах 10 мин, или в различные моменты в течение более продолжительного периода времени, например, составляющего более 30 мин.
Ниже комбинация антигенов, предлагаемых в изобретении, будет проиллюстрирована путем описания композиции, которая содержит по меньшей мере одну мРНК, кодирующую комбинацию антигенов. Следует понимать, что по меньшей мере одна мРНК, предлагаемая в изобретении, отличается представленными в настоящем описании особенностями вне зависимости от того, применяют ли ее в одной композиции или в форме различных препаратов, например, приготовленных в виде шести различных мРНК, каждая из которых кодирует один антиген, и которые применяют по отдельности (например, одновременно).
Среди большого количества антигенов, экспрессируемых в клетках рака легких, согласно настоящему изобретению отобраны шесть антигенов, которые представлены в настоящем описании, т.е. 5Т4, сурвивин, NY-ESO-1, MAGE-C1, MAGE-C2 и MUC1. Указанные антигены идентифицированы в качестве потенциальных мишеней для иммунотерапии. Согласно изобретению один или несколько указанных выше антигенов кодируются по меньшей мере одной ОРС/кодирующей областью/кодирующей последовательностью, присутствующей по меньшей мере в одной мРНК. В данном контексте матричная мРНК, как правило, представляет собой одноцепочечную РНК, которая состоит (по меньшей мере) из нескольких структурных элементов, например, необязательной 5'1ГП1-области, расположенного против хода транскрипции сайта связывания рибосом, за которым располагается кодирующая
область, необязательной З'иТК-области, за которой может находиться поли-А-хвост (и/или поли-С-хвост). Согласно изобретению композиция содержит по меньшей мере одну мРНК, которая кодирует по меньшей мере шесть антигенов, указанных выше. При этом одна мРНК может кодировать один или несколько антигенов, если полученная композиция содержит по меньшей мере шесть указанных выше антигенов. Таким образом, по меньшей мере одна мРНК в композиции может содержать более одной ОРС/кодирующей области/кодирующей последовательности, если композиция в целом содержит по меньшей мере одну кодирующую область каждого из по меньшей мере шести антигенов, указанных выше. Альтернативно этому, кодирующая область для каждого из по меньшей мере шести антигенов может быть локализована на различных мРНК в композиции. Ниже представлены более предпочтительные варианты по меньшей мере одной мРНК:
Согласно настоящему изобретению по меньшей мере одна мРНК в композиции кодирует 5Т4. "5Т4" представляет собой трофобластический гликопротеин. Harrop, Connolly и др. в 2006 г. описали, что человеческий карциноэмбриональный антиген 5Т4 представляет собой имеющий молекулярную массу 72 кДа богатый лейцином мембранный гликопротеин, высокий уровень экспрессии которого обнаружен в плаценте, а также в широком разнообразии человеческих карцином, включая колоректальный рак, рак желудка, почки и яичника, но экспрессия которого редко наблюдается в здоровых тканях (см. Harrop R., N. Connolly и др., "Vaccination of colorectal cancer patients with modified Vaccinia Ankara delivering the tumor antigen 5T4 (TroVax) induces immune responses which correlate with disease control: a phase I/II trial", Clin Cancer Res 12(11 Pt 1), 2006, cc. 3416-3424). Свехэкспрессия 5T4 ассоциирована с неблагоприятным прогнозом у пациентов с колоректальной карциномой, карциномой желудка и яичника. Несмотря на указанное сочетание факторов, 5Т4-специфический клеточный и/или гуморальный иммунные ответы индуцировались у большинства пациентов (16 из 17; 94%) после иммунизации TroVax, что рассматривается как обнадеживающий результат по сравнению со многими другими испытаниями противораковой иммунотерапии. В целом, обнаружена безопасность и иммуногенность TroVax при введении i.m.- и i.d.-путями. Zhao и Wang (2007) (Zhao Y. и Y. Wang, "5Т4 oncotrophoblast
glycoprotein: janus molecule in life and a novel potential target against tumors", Cell Mol Immunol 4(2), 2007, cc. 99-104) описали, что 5T4 канцеротрофобластический гликопротеин представляет собой трансмембранный белок, экспрессируемый в эмбриональной ткани и на поверхности клеток различных злокачественных опухолей. Он играет жизненно важную роль в многочисленных биологических и патологических процессах, включая массивную клеточную миграцию в процессе эмбриогенеза, клеточную инвазию, ассоциированную с имплантацией, и неопластические метастазы при развитии онкогенеза. Согласно Kopreski, Benko и др. (2001) 5Т4 представляет собой трофобластический гликопротеин, часто сверхэкспрессирующийся при эпителиальных злокачественных новообразованиях, поэтому он представляет собой потенциальную мишень для противораковых терапевтических средств (см. Kopreski М. S., F. A. Benko и др., "Circulating RNA as a tumor marker: detection of 5T4 mRNA in breast and lung cancer patient serum", Ann N Y Acad Sci 945, 2001, cc. 172-178). Получали образцы сыворотки у 19 пациентов с запущенным раком молочной железы (5 пациентов) или немелкоклеточным раком легких (14 пациентов) и 25 здоровых контрольных добровольцев с поддающимися амплификации уровнями РНК. РНК, экстрагированные из сыворотки, амплифицировали с помощью ОТ-ПЦР, используя полугнездовые двухстадийные реакции, продукты выявляли с помощью гель-электрофореза. мРНК 5Т4 воспроизводимо выявляли в сыворотке 8/19 (42%) пациентов, включая сыворотку 2/5 пациентов с раком молочной железы и сыворотку 6/14 пациентов с раком легких, но только в 3/25 (12%) образцов контрольной сыворотки здоровых людей (р = 0,035).
В контексте настоящего изобретения предпочтительная последовательность по меньшей мере одной мРНК, кодирующей антиген 5Т4, может содержать кодирующую последовательность, представленную на фиг. 3 (SEQ ID NO: 2), и более предпочтительно последовательность, представленную на фиг. 4 (SEQ ID NO: 3). Еще более предпочтительно по меньшей мере одна мРНК содержит или состоит из последовательности, представленной на фиг. 1 или 2 (SEQ ID NO: 1 или 19). Согласно другому предпочтительному варианту осуществления изобретения по меньшей мере одна мРНК в композиции может альтернативно этому кодировать антиген 5Т4, выбранный из фрагмента, варианта или эпитопа 5Т4, где по меньшей мере одна мРНК содержит фрагмент или вариант
последовательности, представленной на любой из фиг. 1, 2, 3 или 4 (SEQ ID NO: 1, 2, 3 или 19).
Кроме того, по меньшей мере одна мРНК предпочтительно содержит последовательность, кодирующую аминокислотную последовательность, представленную на фиг. 28 (SEQ ID NO: 75), или ее фрагмент, вариант или эпитоп.
Кроме того, по меньшей мере одна мРНК в композиции кодирует сурвивин. "Сурвивин" представляет собой белок, содержащий бакуловирусный ингибитор мотива апоптозных (IAP) повторов 5 (сурвивин). Сурвивин описан у Grube, Moritz и др. (2007) (см. Grube М., S. Moritz и др., "CD8+ Т cells reactive to survivin antigen in patients with multiple myeloma", Clin Cancer Res 13(3), 2007, cc. 1053-1060). Сурвивин является представителем семейства ингибиторов апоптоза, и он сверхэкспрессируется в различных типах злокачественных новообразований. Цитотоксические Т-клетки, которые распознают эпитопы сурвивина, могут образовываться in vitro и с помощью вакцинации пациентов, страдающих лейкозом, раком молочной железы и меланомой. Исследовали наличие сурвивинспецифических С08+-Т-клеток у пациентов с множественной миеломой, и Т-клетки, распознающие HLA-A2.1-связывающий пептид сурвивина, обнаружены у 9 из 23 пациентов и 1 из 21 здорового добровольца. Сурвивинреактивные Т-клетки идентифицированы как окончательно (полностью) дифференцированные эффекторные Т-клетки (CD8+, CD45RA+ и CCR7-). Позитивная реакция в отношении экспрессии сурвивина в клетках миеломы в образцах костного мозга обнаружена у 7 из 11 пациентов. Высокий уровень экспрессии сурвивина обнаружен в большинстве человеческих раковых клеток эпителиального и гематопоэтического происхождения, и его сверхэкспрессия ассоциирована с прогрессированием рака, неблагоприятным прогнозом, устойчивостью и коротким временем выживания пациента. Duffy, O'Donovan (2007) описали, что сурвивин представляет собой имеющий молекулярную массу 16,5 кДа белок, сверхэкспрессирующийся практически при всех злокачественных новообразованиях, но редко обнаруживаемый в здоровых дифференцированных тканях взрослых (см. Duffy М. J., N. O'Donovan и др., "Survivin: a promising tumor Ыотагкег", Cancer Lett 249(1), 2007, cc. 49-60). Установлено, что функционально сурвивин ингибирует апоптоз, усиливает
клеточную пролиферацию и повышает ангиогенез. Описано, что в соответствии с его ролью в указанных процессах сурвивин имеет важное значение для прогрессирования рака. Из-за большого различия в экспрессии в здоровой и злокачественной ткани и его решающей ролью в прогрессировании рака сурвивин в настоящее время подвергается интенсивному исследованию в качестве потенциального маркера опухолей. Полученные данные позволили предположить, что измерение уровней сурвивина может способствовать ранней диагностике рака мочевого пузыря, определению прогноза при множестве типов рака и прогнозированию ответа на различные противораковые терапии. Zeis, Siegel и др. (2003) продемонстрировали, что человеческие
сурвивинспецифические ЦТЛ (цитотоксические лимфоциты), образовавшиеся из РВМС путем стимуляции аутологичными дендритными клетками, трансфектированными РНК сурвивина, обладали цитотоксическим действием в отношении ряда гематопоэтических линий злокачественных клеток и клеток первичных опухолей, выделенных из пациентов с острым миелоидным лейкозом (см. Zeis М., S. Siegel и др., "Generation of cytotoxic responses in mice and human individuals against hematological malignancies using survivin -RNA-transfected dendritic cells", J Immunol 170(11), 2003, cc. 5391-5397). Продемонстрировано также, что вакцинация мышей трансфектированными кодирующей сурвивин РНК дендритными клетками приводила к пролонгированной устойчивости к контрольному заражению экспрессирующей сурвивин лимфомой, что демонстрирует потенциал сурвивин в качестве Аг, связанного с отторжением опухоли.
В контексте настоящего изобретения предпочтительная последовательность по меньшей мере одной мРНК, кодирующей сурвивин, может содержать кодирующую последовательность, представленную на фиг. 7 (SEQ ID NO: 5), и более предпочтительно последовательность, представленную на фиг. 8 (SEQ ID NO: 6). Еще более предпочтительно по меньшей мере одна мРНК содержит или состоит из последовательности, представленной на фиг. 5 или 6 (SEQ ID NO: 4 или 20). Согласно другому предпочтительному варианту осуществления изобретения по меньшей мере одна мРНК в композиции может альтернативно этому кодировать антиген сурвивина, выбранный из фрагмента, варианта или эпитопа сурвивина, где по меньшей мере одна мРНК содержит фрагмент или
вариант последовательности, представленной на любой из фиг. 5, 6, 7 или 8 (SEQ ID NO: 4, 5, 6 или 20).
Кроме того, по меньшей мере одна мРНК предпочтительно содержит последовательность, кодирующую аминокислотную последовательность, представленную на фиг. 29 или 30 (SEQ ID NO: 76 или 77), или ее фрагмент, вариант или эпитоп.
Кроме того, по меньшей мере одна мРНК в композиции кодирует NY-ESO-1. "NY-ESO-l" представляет собой раково-тестикулярный антиген IB. Chen, Scanlan и др. (1997) описали определение с помощью ОТ-ПЦР экспрессии мРНК NY-ESO-1 в различных человеческих опухолях, установив ее встречаемость при меланоме в 23 случаев из 67 (23/67), при раке яичника 2/8, раке молочной железы 10/33, раке щитовидной железы 2/5. раке предстательной железы 4/16. раке мочевого пузыря 4/5, раке ободочной кишки 0/16, лимфоме Беркитта 1/2, глиоме 0/15, базальноклеточной карциноме 0/2, раке желудка 0/12, лейомиосаркоме 0/2, раке легких 2/12, других саркомах 0/2, раке почки 0/10,раке поджелудочной железы 0/2, лимфоме 0/10, семиноме 0/1, гепатоме 2/7, опухоли спинного мозга 0/1 (см. Chen Y. Т., М. J. Scanlan и др., "А testicular antigen aberrantly expressed in human cancers detected by autologous antibody screening)), Proc Natl Acad Sci U S A 94(5), 1997, cc. 1914-1918). Jager, Karbach и др. (2006) описали, что NY-ESO-1 представляет собой раково-тестикулярный антиген, экспрессируемый при широком спектре человеческих злокачественных новообразований, и описали разработку нескольких стратегий на основе вакцин, направленных против NY-ESO-1 (см. Jager Е., J. Karbach и др., "Recombinant vaccinia/fowlpox NY-ESO-1 vaccines induce both humoral and cellular NY-ESO-1 -specific immune responses in cancer patients", Proc Natl Acad Sci USA 103(39), 2006, cc. 14453-14458). В указанном исследовании анализировали безопасность и иммуногенность рекомбинантного вируса коровьей оспы-NY-ESO-1 и рекомбинантного вируса К)финой оспы-NY-ESO-1 на группах из 36 пациентов с целым рядом различных типов опухолей. Каждую конструкцию сначала тестировали индивидуально при двух различных уровнях доз и затем согласно "прайм-буст" протоколу с использованием рекомбинантного вируса коровьей оспы-NY-ESO-1, а затем рекомбинантного вируса куриной оспы-NY-ESO-l. Вакцины хорошо переносились как при индивидуальном, так и при совместном
применении. Специфические в отношении NY-ESO-1 гуморальные иммунные ответы/или специфические CD8- и С04-Т-клеточные ответы против широкого спектра эпитопов NY-ESO-1 индуцировались в процессе по меньшей мере четырех вакцинаций с месячными интервалами у большой части пациентов. Установлено, что клоны С08-Т-клеток, полученные из пяти вакцинированных пациентов, лизировали экспрессирующие NY-ESO-1 клетки меланомы-мишени. У нескольких пациентов с меланомой обнаружено сильное проявление, при этом вакцинация оказывала благоприятное воздействие на естественное течение болезни. Davis, Chen и др. (2004) описали, что НЬА-А2--ограниченные пептиды NY-ESO-1, инъецированные внутрикожно, обладали безопасностью и иммуногенностью (Davis I. D., W. Chen и др., "Recombimant NY-ESO-1 protein with ISCOMATRIX adjuvant induces broad integrated antibody and CD4(+) and CD8(+) T cell responses in humans", Proc Natl Acad Sci USA 101(29), 2004, cc. 10697-10702). Хотя указанные опыты планировались только для определения безопасности и иммуногенности, у некоторых пациентов был обнаружен регресс опухолей или стабилизация заболевания. Кроме того, у Jager, Gnjatic и др., (2000) описано, что широкий спектр NY-ESO-1-специфических иммунных ответов, включая ответы в виде образования антител и ответы CD4- и CDS-T-клеток, обнаружены после иммунизации рекомбинантным белком NY-ESO-1 в сочетании с адъювантом ISCOMATRIX (фирма CSL Ltd., Парквилль, шт. Виктория, Австралия) у пациентов с резецированной экспрессирующей NY-ESO-1 меланомой (см. Jager Е., S. Gnjatic и др., "Induction of primary NY-ESO-1 immunity: CD8+ T lymphocyte and antibody responses in peptide-vaccinated patients with NY-ESO-1 + cancers", Proc Natl Acad Sci U S A 97(22), 2000, cc. 1219812203). Пролонгированный период выживания без болезни, по-видимому, ассоциирован с указанным иммунным ответом на вакцину. Кроме того, Odunsi, Qian и др. (2007) описали, что вакцинация NY-ESO-1 -пептидом индуцировала интегрированный гуморальный и Т-клеточный ответы при раке яичника (см. Odunsi К., F. Qian и др., "Vaccination with an NY-ESO-1 peptide of HLA class I/II specificities induces integrated humoral and T cell responses in ovarian сапсег", Proc Natl Acad Sci U S A 104(31), 2007, cc. 12837-12842).
В контексте настоящего изобретения предпочтительная последовательность по меньшей мере одной мРНК, кодирующей антиген NY-ESO-1, может
содержать кодирующую последовательность, представленную на фиг. 11 (SEQ ID NO: 8), и - более предпочтительно - представленную на фиг. 12 (SEQ ID NO: 9). Еще более предпочтительно по меньшей мере одна мРНК содержит или состоит из последовательности, представленной на фиг. 9 или 10 (SEQ ID NO: 7 или 21). Согласно другому предпочтительному варианту осуществления изобретения по меньшей мере одна мРНК в композиции может альтернативно этому кодировать антиген NY-ESO-1, выбранный из фрагмента, варианта или эпитопа NY-ESO-1, где по меньшей мере одна мРНК содержит фрагмент или вариант последовательности, представленной на любой из фиг. 9, 10, 11 или 12 (SEQ ID NO: 7, 8, 9 или 21).
Кроме того, по меньшей мере одна мРНК предпочтительно содержит последовательность, кодирующую аминокислотную последовательность, представленную на фиг. 31 (SEQ ID NO: 78), или ее фрагмент, вариант или эпитоп.
Кроме того, по меньшей мере одна мРНК в композиции кодирует MAGE-Cl. "MAGE-C1" представляет собой меланомный антиген семейства С, 1. Lucas, De Smet и др. (1998) впервые идентифицировали MAGE-C1 с помощью метода репрезентативного дифференциального анализа (RDA) (см. Lucas S., С. De Smet и др., "Identification of a new MAGE gene with tumor-specific expression by representational difference analysis)), Cancer Res 58(4), 1998, cc. 743-752). MAGE-C1 не экспрессировался в панели протестированных здоровых тканей за исключением яичек. Из опухолевых образцов MAGE-C1 часто экспрессировался в семиномах, меланомах и карциномах мочевого пузыря. Он экспрессировался также в значительной фракции карцином головы и шеи, карцином молочной железы, немелкоклеточных карцином легких, аденокарцином предстательной железы и сарком. Jungbluth, Chen и др. (2002) описали его экспрессию при раке молочной железы, раке яичника, раке печени, раке яичек, раке мочевого пузыря, меланоме и немелкоклеточном раке легких (39%) (см., Jungbluth A. A., Y. Т. Chen и др., "СТ7 (MAGE-C1) antigen expression in normal and neoplastic tissues)), Int J Cancer 99(6), 2002, cc. 839-845). Gure, Chua и др. (2005) проанализировали опухоли у 523 пациентов, страдающих немелкоклеточным раком легких (NSCLC), в отношении экспрессии раково-тестикулярных антигенов (см. Gure А. О., R. Chua и др., "Сапсег-testis genes are coordinately expressed and are markers of
poor outcome in non-small cell lung сапсег", Clin Cancer Res 11(22), 2005, cc. 80558062). MAGE-C1 обнаружен у 18,8%. Scanlan, Altorki и др., в 2000 г. описали также экспрессию раково-тестикулярных (СТ) антигенов в 33 образцах немелкоклеточного рака легких: MAGE-C1: 30% (см. Scanlan М. J., N. К. Altorki и др., "Expression of cancer-testis antigens in lung cancer: definition of bromodomain testis-specific gene (BRDT) as a new CT gene, СТ9", Cancer Lett 150(2), 2000, cc. 155-164).
В контексте настоящего изобретения предпочтительная последовательность по меньшей мере одной мРНК, кодирующей антиген MAGE-C1, может содержать кодирующую последовательность, представленную на фиг. 15 (SEQ ID NO: 11), более предпочтительно последовательность, представленную на фиг. 16 (SEQ ID NO: 12), и наиболее предпочтительно последовательность, представленную на фиг. 17 (SEQ ID NO: 25). Еще более предпочтительно по меньшей мере одна мРНК содержит или состоит из последовательности, представленной на фиг. 13 или 14 (SEQ ID NO: 10 или 22). Согласно другому предпочтительному варианту осуществления изобретения по меньшей мере одна мРНК в композиции может альтернативно этому кодировать антиген МAGE-C1, выбранный из фрагмента, варианта или эпитопа MAGE-C1, где по меньшей мере одна мРНК содержит фрагмент или вариант последовательности, представленной на любой из фиг. 13, 14, 15, 16 или 17 (SEQ ID NO: 10, 11, 12, 22 или 25).
Кроме того, по меньшей мере одна мРНК предпочтительно содержит последовательность, кодирующую аминокислотную последовательность, представленную на фиг. 32 (SEQ ID NO: 79), или ее фрагмент, вариант или эпитоп.
Кроме того, по меньшей мере одна мРНК в композиции кодирует MAGE-С2. "MAGE-C2" представляет собой меланомный антиген семейства С2. Lucas, De Plaen и др. (2000) впервые идентифицировали MAGE-C2 путем осуществления RDA (см. Lucas, S., Е. De Plaen и др., "MAGE-B5, MAGE-B6, MAGE-C2, and MAGE-C3: four new members of the MAGE family with tumor-specific expression)), Int J Cancer 87(1), 2000, cc. 55-60). MAGE-C2 не экспрессировался в панели протестированных здоровых тканей за исключением яичек. Из опухолевых образцов MAGE-C2 часто экспрессировался в семиномах,
меланомах и карциномах мочевого пузыря. Он экспрессировался также в значительной фракции карцином головы и шеи, карцином молочной железы, немелкоклеточных карцином легких, аденокарцином предстательной железы и сарком. Scanlan, Altorki и др. (2000) описали экспрессию СТ-антигенов в 33 образцах немелкоклеточного рака легких: MAGE-C2: 30% (см. Scanlan М. J., N. К. Altorki и др., ((Expression of cancer-testis antigens in lung cancer: definition of bromodomain testis-specific gene (BRDT) as a new CT gene, СТ9", Cancer Lett 150(2), 2000, cc. 155-164).
В контексте настоящего изобретения предпочтительная последовательность по меньшей мере одной мРНК, кодирующей антиген MAGE-C2, может содержать кодирующую последовательность, представленную на фиг. 20 (SEQ ID NO: 14), и более предпочтительно последовательность, представленную на фиг. 21 (SEQ ID NO: 15). Еще более предпочтительно по меньшей мере одна мРНК содержит или состоит из последовательности, представленной на фиг. 18 или 19 (SEQ ID NO: 13 или 23). Согласно другому предпочтительному варианту осуществления изобретения по меньшей мере одна мРНК в композиции может альтернативно этому кодировать антиген MAGE-C2, выбранный из фрагмента, варианта или эпитопа MAGE-C2, где по меньшей мере одна мРНК содержит фрагмент или вариант последовательности, представленной на любой из фиг. 18, 19, 20 или 21 (SEQ ID NO: 13, 14, 15 или 23).
Кроме того, по меньшей мере одна мРНК предпочтительно содержит последовательность, кодирующую аминокислотную последовательность, представленную на фиг. 33 (SEQ ID NO: 80), или ее фрагмент, вариант или эпитоп.
И, наконец, по меньшей мере одна мРНК в композиции кодирует также MUC1. "MUC1" обозначает муцин 1. Считается, что ассоциированные с раком муцины ускоряют образование метастазов, облегчая прикрепление злокачественных клеток к поверхности эндотелиальных клеток. Согласно Denda-Nagai и Irimura (2000) (Denda-Nagai К. и Т. Irimura, "MUC1 in carcinoma-host interactions)), Glycoconj J 17(7-9), 2000, cc. 649-658) MUC-1 сверхэкспрессируется в 90% всех аденокарцином, включая аденокарциномы молочной железы, легких, поджелудочной железы, предстательной железы, желудка, ободочной кишки и яичника. Kontani, Taguchi с соавторами (2001)
описали, что MUC-1 экспрессируется в 60% образцов рака легких (см. Kontani К., О. Taguchi и др., "Modulation of MUC1 mucin as an escape mechanism of breast cancer cells from autologous cytotoxic T-lymphocytes", Br J Cancer 84(9), 2001, cc. 1258-1264), в то время как Kontani, Taguchi и др. (2003) установили в опыте, в котором анализировали применение активированных антигенами MUC1 ДК (дендритных клеток), для образования клеточного иммунитета при MUC 1 -позитивных типах рака, что в клинических условиях семь из девяти MUC-1-позитивных пациентов реагировали на лечение либо снижением уровней опухолевого маркера, либо исчезновением злокачественной плевральной эффузии (см. Kontani К., О. Taguchi и др., "Dendritic cell vaccine immunotherapy of cancer targeting MUC1 mucin", Int J Mol Med 12(4), 2003, cc. 493-502). Три из указанных реагирующих на лечение пациентов имели NSCLC. Palmer, Parker и др. (2001) описали данные о безопасности и переносимости, полученные на фазе I клинического испытания с использованием пептида MUC1 на стадии III/IV NSCLC (см. Palmer М., J. Parker и др., "Phase I study of the BLP25 (MUC1 peptide) liposomal vaccine for active specific immunotherapy in stage IIIB/IV non-small-cell lung сапсег", Clin Lung Cancer 3(1), 2001, cc. 49-57; обсуждение 58). Пять из 12 пациентов (42%) давали иммунологические ответы, а у 4 из 12 пациентов (33%) достигалась стабилизация заболевания. Wierecky, Mueller и др. (2006) дополнительно идентифицировали два связывающих HLA-A2 новых 9-мерных пептида ТАА MUC1, которые экспрессировались при различных гематологических и эпителиальных злокачественных новообразованиях (см. Wierecky J., М. Mueller и др., "Dendritic cell-based сапсег immunotherapy targeting MUC-1", Сапсег Immunol Immunother 55(1), 2006, cc. 63-67). Цитотоксические T-клетки образовавшиеся после активации ДК указанными пептидами, обладали способностью индуцировать лизис опухолевых клеток, экспрессирующих MUC1 в антигенспецифическом и HLA-ограниченном виде. В двух клинических испытаниях продемонстрировано, что вакцинация пациентов с запущенным раком с использованием ДК, активированных полученными из MUC1 пептидами, хорошо переносилась без признаков серьезных побочных действий и могла индуцировать иммунологические ответы. Из 20 пациентов с метастатической почечноклеточной карциномой у 6 пациентов обнаружен
регресс метастазов, что описывалось 3 объективными ответами (1 CR (полный ответ), 2 PR (частичный ответ)).
В контексте настоящего изобретения предпочтительная последовательность по меньшей мере одной мРНК, кодирующей антиген MUC1, может содержать кодирующую последовательность, представленную на фиг. 24 или 36 (SEQ ID NO: 17 или 83), и более предпочтительно последовательность, представленную на фиг. 25 (SEQ ID NO: 18). Еще более предпочтительно по меньшей мере одна мРНК содержит или состоит из последовательности, представленной на фиг. 22 или 23 (SEQ ID NO: 16 или 24). Согласно другому предпочтительному варианту осуществления изобретения по меньшей мере одна мРНК в композиции может альтернативно этому кодировать антиген MUC1, выбранный из фрагмента, варианта или эпитопа MUC1. где по меньшей мере одна мРНК содержит фрагмент или вариант последовательности, представленной на любой из фиг. 22, 24, 25, 23 или 36 (SEQ ID NO: 16, 17, 18, 24 или 83).
Кроме того, по меньшей мере одна мРНК предпочтительно содержит последовательность, кодирующую аминокислотную последовательность, представленную на фиг. 34 или 35 (SEQ ID NO: 81 или 82), или ее фрагмент, вариант или эпитоп.
Когда в контексте настоящего изобретения ссылка делается на антигены или их фрагменты, эпитопы или варианты, то следует понимать, что ссылка касается антигена или пептида, кодируемого одной или несколькими из последовательностей мРНК, представленных в настоящем изобретении. Кроме того, антигены, антигенные белки или антигенные пептиды, указанные выше, которые кодируются по меньшей мере одной мРНК, входящей в композицию, предлагаемую в настоящем изобретении, могут содержать фрагменты или варианты указанных последовательностей. Такие фрагменты или варианты могут, как правило, содержать область последовательности, имеющую гомологию с последовательностью или с последовательностями одного из указанных выше антигенов, антигенных белков или антигенных пептидов или с последовательностями кодирующих их нуклеиновых кислот, составляющую по меньшей мере 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, предпочтительно по меньшей мере 70%, более предпочтительно по меньшей мере 80%, еще более предпочтительно по меньшей мере 85%, еще более предпочтительно по меньшей
мере 90% и наиболее предпочтительно по меньшей мере 95% или даже 97%, относительно полной последовательности дикого типа, либо на уровне нуклеиновых кислот, либо на уровне аминокислот.
В контексте настоящего изобретения "фрагменты" антигенов, антигенных белков или антигенных пептидов, могут содержать последовательность антигена, антигенного белка или антигенного пептида, как она определена в настоящем описании, которая касательно ее аминокислотной последовательности (или кодирующей ее молекулы нуклеиновой кислоты), укорочена на N-копце, С-конце и/или внутри последовательности по сравнению с аминокислотной последовательностью исходного (нативного) белка (или кодирующей его молекулой нуклеиновой кислоты). Таким образом, указанное укорочение может иметь место либо на аминокислотном уровне, либо соответственно на уровне нуклеиновой кислоты. Следовательно, гомология последовательности применительно к такому фрагменту, как он определен в настоящем описании, предпочтительно может относиться к полному антигену, антигенному белку или антигенному пептиду, как они определены в настоящем описании, или к полной (кодирующей) молекуле нуклеиновой кислоты, указанного антигена, антигенного белка или антигенного пептида.
В контексте настоящего изобретения фрагменты антигенов, антигенных белков или антигенных пептидов могут содержать также последовательность антигена, антигенного белка или антигенного пептида, указанного выше, которая содержит от примерно 6 до примерно 20 или даже большее количество аминокислот, например, фрагменты, процессированные и презентуемые молекулами ГКГС класса I, предпочтительно имеют длину от примерно 8 до примерно 10 аминокислот, например, 8, 9 или К) (или даже 6,1, 11 или 12 аминокислот), или фрагменты, процессированные и презентуемые молекулами ГКГС класса II, предпочтительно состоят примерно из 1 3 или большего количества аминокислот, например, из 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 или даже большего количества аминокислот, при этом указанные фрагменты можно выбирать из любой области аминокислотной последовательности. Указанные фрагменты, как правило, распознаются Т-клетками в форме комплекса, состоящего из пептидного фрагмента и молекул ГКГС, т.е. фрагменты, как правило, не распознаются в их нативной форме.
Фрагменты антигенов, антигенных белков или антигенных пептидов, указанные в настоящем описании, могут содержать также эпитопы указанных антигенов, антигенных белков или антигенных пептидов. Эпитопы (которые называют также "антигенными детерминантами") в контексте настоящего изобретения, как правило, обозначают фрагменты, локализованные на наружной поверхности (нативных) антигенов, антигенных белков или антигенных пептидов, указанных в настоящем описании, которые состоят предпочтительно из 5-15 аминокислот, более предпочтительно из 5 12 аминокислот, еще более предпочтительно из 6-9 аминокислот, и которые могут распознаваться антителами или В-клеточными рецепторами, т.е. они могут распознаваться в их нативной форме. Указанные эпитопы антигенов, антигенных белков или антигенных пептидов можно выбирать также из любых указанных в настоящем описании вариантов таких антигенов, антигенных белков или антигенных пептидов. В этом контексте антигенные детерминанты могут представлять собой конформационные или прерывистые эпитопы, состоящие из сегментов антигенов, антигенных белков или антигенных пептидов, указанных в настоящем описании, которые представляют собой прерывистую аминокислотную последовательность антигенов, антигенных белков или антигенных пептидов, указанных в настоящем описании, но собранную вместе в виде трехмерной структуры, или могут представлять собой непрерывные или линейные эпитопы, которые состоят из одной полипептидной цепи.
"Варианты" антигенов, антигенных белков или антигенных пептидов, указанных выше, могут кодироваться по меньшей мере одной мРНК, которая входит в композицию, предлагаемую в настоящем изобретении, где нуклеиновые кислоты по меньшей мере одной мРНК, которая кодирует антиген, антигенный белок или антигенный пептид, указанный выше, изменены. Так, можно создавать антиген, антигенный белок или антигенный пептид, имеющий аминокислотную последовательность, которая отличается от исходной последовательности одной мутацией или несколькими мутациями, например, одной или несколькими замененной(ыми), встроенной(ыми) и/или удаленной(ыми) путем делеции аминокислотой(ами). Предпочтительно эти фрагменты и/или варианты имеют такую же биологическую функцию или специфическую активность, что и
полноразмерный нативный антиген, антигенный белок или антигенный пептид, например, присущие ему антигенные свойства.
По меньшей мере, одна мРНК в композиции, предлагаемой в изобретении, может кодировать также антиген или антигенный белок, указанный выше, в котором кодируемая аминокислотная последовательность содержит консервативную(ые) аминокислотную(ые) замену(ы) относительно ее встречающейся в физиологических условиях последовательности. Эти аминокислотные последовательности, а также кодирующие их нуклеотидные последовательности подпадают под понятие вариантов, указанных в настоящем описании. Замены, при осуществлении которых аминокислоты, относящиеся к одному и тому же классу, заменяют друг на друга, называют консервативными заменами. В частности, они представляют собой аминокислоты, которые имеют алифатические боковые цепи, положительно или отрицательно заряженные боковые цепи, ароматические группы в боковых цепях или аминокислоты, боковые цепи которых могут входить в водородные мостики, например, боковые цепи которых имеют гидроксильную функцию. Это означает, что, например, аминокислоту, имеющую полярную боковую цепь, заменяют на другую аминокислоту, имеющую аналогичную полярную боковую цепь, или, например, аминокислоту, характеризующуюся гидрофобной боковой цепью, заменяют на другую аминокислоту, которая имеет аналогичную гидрофобную боковую цепь (например) серии (треонин) на треонин (серии) или лейцин (изолейцин) на изолейцин (лейцин)). Возможны инсерции или замены, в частности, в тех положениях в последовательности, которые не приводят к модификации трехмерной структуры или не влияют на связывающую область. Модификации трехмерной структуры, полученные путем инсерции(ий) или делеции(ий), можно легко определять с помощью, например CD-спектров (спектры циркулярного дихроизма) (Urry, Absorption, Circular Dichroism and ORD of Polypeptides, в: Modern Physical Methods in Biochemistry, под ред. Neuberger и др., изд-во Elsevier, Amsterdam).
Кроме того, варианты антигенов, антигенных белков или антигенных пептидов, указанных выше, которые могут кодироваться по меньшей мере одной мРНК, которая входит в композицию, предлагаемую в настоящей изобретении, могут включать также такие последовательности, в которых нуклеиновые
кислоты по меньшей мере одной мРНК изменены в результате вырожденности генетического кода, что не приводят к изменению соответствующей аминокислотной последовательности антигена, антигенного белка или антигенного пептида, т.е. аминокислотная последовательность или по меньшей мере ее часть может не отличаться одной или несколькими мутацией(ями) от исходной последовательности, как она определена выше.
Кроме того, варианты антигенов, антигенных белков или антигенных пептидов, указанных выше, которые могут кодироваться по меньшей мере одной мРНК, которая входит в композицию, предлагаемую в настоящей изобретении, могут содержать также такие ДНК-последовательности, которые соответствуют РНК-последовательностям, указанным в настоящем описании, и содержат также РНК-последовательности, которые соответствуют ДНК-последовательностям, указанным в настоящем описании. Специалисту в данной области известно, как осуществлять трансляцию РНК-последовательности в ДНК-последовательность (или наоборот) или создавать последовательность комплементарной цепи (т.е. путем замены U-остатков на Т-остатки и/или путем конструированная цепи, комплементарной относительно данной последовательности).
Для определения процента идентичности двух последовательностей, (нуклеотидных последовательностей, например, последовательностей РНК или мРНК, указанных в настоящем описании, или аминокислотных последовательностей, предпочтительно кодируемых ими аминокислотных последовательностей, например, аминокислотных последовательностей антигенов, антигенных белков или антигенных пептидов, указанных выше) последовательности можно выравнивать для последующего сравнения друг с другом. Для этого, например, можно встраивать бреши в последовательность первой последовательности и компонент в соответствующем положении второй последовательности можно сравнивать. Если положение в первой последовательности занято тем же компонентом, который находится в этом положении во второй последовательности, то две последовательности являются идентичными в этом положении. Процент идентичности двух последовательностей является функцией количества идентичных положений, деленной на общее количество положений. Процент идентичности двух последовательностей можно определять с помощью математического алгоритма.
Предпочтительным примером математического алгоритма, который можно применять, является (но, не ограничиваясь только им) алгоритм, предложенный Karlin и др., PNAS USA, 90, 1993, cc. 5873-5877 или Altschul и др., Nucleic Acids Res., 25, 1997, cc. 3389-3402. Указанный алгоритм входит в программу BLAST. С помощью этой программы можно идентифицировать последовательности, обладающие конкретной степенью идентичности с последовательностями, предлагаемыми в настоящем изобретении.
В контексте настоящего описания понятие "композиция" относится по меньшей мере к одной мРНК и необязательно дополнительным эксципиентам. Таким образом, понятие "композиция" включает любую смесь мРНК (виды мРНК), кодирующих указанные выше антигены, вне зависимости о того, являются ли мРНК моно-, би- или полицистронными. Согласно настоящему изобретению понятие "композиция" относится также к варианту осуществления изобретения, включающему полицистронную мРНК, которая кодирует все шесть антигенов, указанных выше. Предпочтительно композиция содержит по меньшей мере шесть различных видов мРНК, где каждый вид мРНК кодирует один из указанных выше антигенов. Понятие "композиция" предпочтительно относится по меньшей мере к одной мРНК в сочетании по меньшей мере с одной другой пригодной субстанцией. Как правило, композиция может представлять собой фармацевтическую композицию, созданную для применения в области медицины. Таким образом, композиция, как правило, содержит по меньшей мере один дополнительный эксципиент, который является фармацевтически приемлемым и который можно выбирать, например, из носителей, наполнителей и т.п. "Композиция" может представлять собой жидкую или сухую композицию. Если композиция является жидкой, то она предпочтительно представляет собой водный раствор или дисперсию по меньшей мере одной мРНК. Если "композиция" представляет собой сухую композицию, то она, как правило, представляет собой лиофилизированную композицию по меньшей мере одной мРНК. Понятие "композиция" в контексте настоящего описания относится также по меньшей мере к одной мРНК, предлагаемой в изобретении, в комбинации с дополнительным действующим веществом. Предпочтительно композиция представляет собой иммуностимулирующую композицию, т.е. композицию, содержащую по меньшей мере один компонент, который может
индуцировать иммунный ответ или из которого может образовываться компонент, который может индуцировать иммунный ответ. В этом контексте иммунный ответ может являться результатом активности адаптивной и/или врожденной иммунной системы.
Композиция, предлагаемая в настоящем изобретении, содержит по меньшей мере одну мРНК, кодирующую по меньшей мере шесть антигенов, указанных выше, поскольку установлено, что конкретная комбинация указанных антигенов обладает способностью эффективно стимулировать (адаптивную) иммунную систему, что позволяет лечить рак легких, предпочтительно немелкоклеточный рак легких (NSCLC).
В целом, задача, положенная в основу изобретения, решается созданием композиции, содержащей по меньшей мере одну мРНК, которая кодирует новую комбинацию указанных в настоящем описании антигенов.
В предпочтительном варианте осуществления изобретения композиция содержит шесть антигенов (5Т4 (трофобластический г ликопротеин, TPBG), сурвивин (белок 5, содержащий бакуловирусный ингибитор мотива апоптозных (IAP) повторов; BIRC5), NY-ESO-1 (Нью-Йоркская плоскоклеточная карцинома пищевода 1, CTAG1B), MAGE-C1 (меланомный антиген семейства CI), MAGE-С2 (меланомный антиген семейства С2) и MUC1 (муцин 1)), которые кодируются шестью моноцистронными мРНК, каждая из указанных мРНК кодирует отдельный антиген, выбранный из указанной группы антигенов. Альтернативно этому, композиция может содержать комбинацию моноцисторонных, би- и/или полицистронных мРНК, при этом более одного из шести антигенов кодируется би- и/или полицистронной мРНК. Согласно изобретению рассматривается любая комбинация моно-, би- или полицистронных мРНК, которая кодирует все шесть антигенов, указанных в настоящем описании, например, три бицистронных мРНК, каждая из которых кодирует два из указанных выше шести антигенов, или две бицистронных и две моноцистронных мРНК.
Согласно предпочтительному варианту осуществления изобретения композиция содержит по меньшей мере одну мРНК, которая содержит по меньшей мере одну кодирующую последовательность, выбранную из последовательностей РНК, которые идентичны или по меньшей на 80%
идентичны последовательности РНК, представленной в SEQ ID NO: 2, 5, 8, 11, 14 или 17. Еще более предпочтительно композиция содержит шесть мРНК, где кодирующая последовательность каждой мРНК идентична или по меньшей мере на 80% идентична одной из последовательностей РНК, представленных в SEQ ID NO: 2, 5, 8, 11, 14 и 17.
В предпочтительном варианте осуществления изобретения каждый из по меньшей мере шести антигенов композиции, предлагаемой в настоящем изобретении, может кодироваться одной (моноцистронной) мРНК. Другими словами, композиция, предлагаемая в настоящем изобретении, может содержать шесть (моноцистронных) мРНК, где каждая из указанных шести (моноцистронных) мРНК может кодировать только один указанный выше антиген.
В более предпочтительном варианте осуществления изобретения композиция содержит шесть мРНК, где одна мРНК кодирует 5Т4 (соответствует SEQ ID NO: 75), одна мРНК кодирует сурвивин (соответствует SEQ ID NO: 76 или 77), одна мРНК кодирует NY-ESO-1 (соответствует SEQ ID NO: 78), одна мРНК кодирует MAGE-C1 (соответствует SEQ ID NO: 79), одна мРНК кодирует MAGE-C2 (соответствует SEQ ID NO: 80) и одна мРНК кодирует MUC1 (соответствует SEQ ID NO: 81 или 82) или их фрагменты или варианты соответственно.
В еще более предпочтительном варианте осуществления изобретения композиция содержит шесть мРНК, где одна мРНК кодирует 5Т4 и содержит кодирующую последовательность, идентичную или по меньшей мере на 80% идентичную SEQ ID NO: 2, одна мРНК кодирует сурвивин и содержит кодирующую последовательность, идентичную или по меньшей мере на 80% идентичную SEQ ID NO: 5, одна мРНК кодирует NY-ESO-1 и содержит кодирующую последовательность, идентичную или по меньшей мере на 80% идентичную SEQ ID NO: 8, одна мРНК кодирует MAGE-С1 и содержит кодирующую последовательность, идентичную или по меньшей мере на 80% идентичную SEQ ID NO: 11, одна мРНК кодирует MAGE-C2 и содержит кодирующую последовательность, идентичную или по меньшей мере на 80% идентичную SEQ ID NO: 14., и одна мРНК кодирует MUC1 и содержит кодирующую последовательность, идентичную или по меньшей мере на 80%
идентичную SEQ ID N0:17 (или фрагменты или варианты каждой из указанных последовательностей), и необязательно дополнительно содержит эксципиенты.
В еще более предпочтительном варианте осуществления изобретения композиция содержит шесть мРНК, где одна мРНК кодирует 5Т4 и содержит кодирующую последовательность SEQ ID N0: 2, одна мРНК кодирует сурвивин и содержит кодирующую последовательность SEQ ID N0: 5, одна мРНК кодирует NY-ES0-1 и содержит кодирующую последовательность SEQ ID N0: 8, одна мРНК кодирует MAGE-C1 и содержит кодирующую последовательность SEQ ID N0: 11, одна мРНК кодирует MAGE-C2 и содержит кодирующую последовательность SEQ ID N0: 14 и одна мРНК кодирует MUC1 и содержит кодирующую последовательность SEQ ID N0:17 или их фрагменты соответственно.
Согласно наиболее предпочтительному варианту осуществления изобретения по меньшей мере одна мРНК в композиции содержит гистоновую структуру типа "стебель-петля" в 3'UTR-o6ласти. Предпочтительно композиция содержит шесть мРНК, где каждая мРНК содержит гистоновую структуру типа "стебель-петля", указанную выше.
Согласно другому наиболее предпочтительному варианту осуществления изобретения композиция, предлагаемая в настоящем изобретении, может содержать (по меньшей мере) одну би- или даже полицистронную мРНК, т.е. (по меньшей мере) одну мРНК, которая несет кодирующие последовательности двух или большего количества антигенов, предлагаемых в изобретении. Указанные кодирующие последовательности двух или большего количества антигенов (по меньшей мере) одной би- или даже полицистронной мРНК, могут разделяться по меньшей мере одной последовательностью IRES (участок внутренней посадки (связывания) рибосомы), указанной ниже. Таким образом, понятие "кодирует два или большее количество антигенов" может означать (но, не ограничиваясь только ими), что (по меньшей мере) одна (би- или даже полицистронная) мРНК может кодировать, например, по меньшей мере два, три, четыре, пять или шесть (предпочтительно различных) антигенов из упомянутых выше антигенов или их фрагментов или вариантов, которые подпадают под указанные выше определения. Более предпочтительно (но, не ограничиваясь только ими) (по меньшей мере) одна (би- или даже полицистронная) мРНК может кодировать,
например, по меньшей мере два, три, четыре, пять или шесть (предпочтительно различных) антигенов из упомянутых выше антигенов или их фрагментов или вариантов, которые подпадают под указанные выше определения. В этом контексте так называемая последовательность IRES (участок внутренней посадки (связывании) рибосомы), указанная выше, может функционировать в качестве единственного сайта связывания рибосом, но она может служить также для получения би- или даже полицистронных РНК, указанных выше, кодирующих несколько белков, которые должны транслироваться рибосомами независимо друг от друга. Примерами последовательностей IRES, которые можно применять согласно изобретению, являются соответствующие последовательности из пикорнавирусов (например, FMDV), пестивирусов (CFFV), полиовирусов (PV), вирусов энцефаломиокардита (ECMV), вирусов ящура (FMDV), вирусов гепатита С (HCV), вирусов классической лихорадки свиней (CSFV), вируса мышиного лейкоза (MLV), вирусов обезьяньего иммунодефицита (SIV) или вирусов паралича сверчка (CrPV).
Согласно следующему наиболее предпочтительному варианту осуществления изобретения композиция, предлагаемая в настоящем изобретении, может содержать смесь из по меньшей мере одной моноцистронной мРНК, указанной выше, и по меньшей мере одной би- или даже полицистронной мРНК, указанной выше. По меньшей мере, одна моноцистронная мРНК и/или по меньшей мере одна би- или даже полицистронная мРНК предпочтительно кодирует различные антигены или их фрагменты или варианты, которые подпадают под указанные выше определения. Однако по меньшей мере одна моноцистронная мРНК и по меньшей мере одна би- или даже полицистронная мРНК может предпочтительно кодировать также (частично) идентичные антигены, выбранные из упомянутых выше антигенов, при условии, что композиция, предлагаемая в настоящем изобретении, в целом, содержит шесть указанных выше антигенов. Путем получения нескольких копий одного или нескольких антигенов можно повышать относительные количества белков указанного(ых) одного или нескольких антигенов, т.е. отношение между количествами каждого из шести антигенов можно варьировать. Указанный вариант может обладать дополнительными преимуществами, например, для поочередного введения, например, зависящего от времени введения композиции,
предлагаемой в настоящем изобретении, пациенту, который нуждается в этом. Компоненты указанной композиции, предлагаемой в настоящем изобретении, прежде всего различные мРНК, кодирующие по меньшей мере шесть антигенов, могут, например, находиться (в его различных частях) в наборе, который содержит части композиции, или их можно, например, вводить по отдельности в виде компонентов различных композиций, предлагаемых в настоящем изобретении.
Предпочтительно по меньшей мере одна мРНК в композиции, кодирующая по меньшей мере один из шести антигенов, как правило, содержит от примерно 50 до примерно 20000 или от 100 до примерно 20000 нуклеотидов, предпочтительно от примерно 250 до примерно 20000 нуклеотидов, более предпочтительно от примерно 500 до примерно 10000, еще более предпочтительно от примерно 500 до примерно 5000.
Согласно одному из вариантов осуществления изобретения по меньшей мере одна мРНК в композиции, которая кодирует по меньшей мере один из шести антигенов, может находиться в форме модифицированной мРНК, где любую модификацию, указанную в настоящем описании, можно интродуцировать по меньшей мере в одну мРНК в композиции. Указанные в настоящем описании модификации предпочтительно приводят к стабилизации по меньшей мере одной мРНК в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении.
Так, согласно одному из вариантов осуществления изобретения по меньшей мере одну мРНК, которая входит в композицию, предлагаемую в настоящем изобретении, можно получать в виде "стабилизированной мРНК", т.е. в виде мРНК, которая является относительно устойчивой к расщеплению in vivo (например, экзо- или эндонуклеазой). Указанную стабилизацию можно осуществлять, например, путем модификации фосфатного каркаса по меньшей мере одной мРНК в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении. Модификация каркаса в контексте настоящего изобретения представляет собой модификацию, при которой фосфаты каркаса нуклеотидов, входящих в мРНК, модифицируют химически. Нуклеотиды, которые можно предпочтительно применять в этой связи, содержат, например, модифицированный фосфротиоатом фосфатный каркас, при этом предпочтительно по меньшей мере
один из атомов кислорода фосфата, входящий в фосфатный каркас, заменяют на атом серы. Стабилизированные мРНК могут дополнительно включать, например неионные фосфатные аналоги, такие, например, как алкил- и арилфосфонаты, в которых заряженный кислород фосфоната заменен на алкильную или арильную группу, или сложные фосфодиэфиры и акилфосфотриэфиры, в которых заряженный кислородный остаток присутствует в алкилированной форме. Указанные модификации каркаса, как правило, включают (но, не ограничиваясь только ими) модификации, выбранные из группы, состоящей из метилфосфонатов, фосфорамидатов и фосфоротиоатов (например, цитидин-5'-0-(1-тиофосфат)).
По меньшей мере, одна мРНК в композиции., предлагаемой в настоящем изобретении, может дополнительно или альтернативно вышесказанному содержать также модификации сахара. Модификация сахара в контексте настоящего изобретения представляет собой химическую модификацию сахара нуклеотидов по меньшей мере одной мРНК и, как правило, включает (но, не ограничиваясь только ими) модификации сахара, выбранные из группы, включающей 2'-дезокси-2'-фторолигорибонуклеотид (2'-фтор-2'-дезоксицитидин-5'-трифосфат, 2'-фтор-2'-дезоксиуридин-5'-трифосфат), 2'-дезокси-2'~ деаминолигорибонуклеотид (2'-амино-2'-дезоксицитидин-5'-трифосфат, 2'-амино-2'-дезоксиуридин-5'-трифосфат), 2'-0-алкилолигорибонуклеотид, 2'-дезокси-2'-С-алкилолигорибонуклеотид (2'-0-метилцитидин-5'-трифосфат, 2'-метилуридин-5'-трифосфат), 2'-С-алкилолигорибонуклеотид и их изомеры (2'-арацитидин-5'-трифосфат, 2'-арауридин-5'-трифосфат), или азидотрифосфат (2'-азидо-2'-дезоксицитидин-5'-трифосфат, 2'-азидо-2'-дезоксиуридин-5'-трифосфат).
По меньшей мере, одна мРНК в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении, может дополнительно или альтернативно вышесказанному содержать также по меньшей мере одну модификацию основания, которая предпочтительно может повышать уровень экспрессии кодируемого белка по сравнению с неизмененной, т.е. встречающейся в естественных условиях (нативной) последовательностью мРНК. В этом случае существенным является повышение уровня экспрессии белка по сравнению с его экспрессией нативной последовательностью мРНК по меньшей мере на 20%, предпочтительно по меньшей мере на 30%, 40%, 50% или 60%, более предпочтительно по меньшей
мере на 70%, 80%, 90% или даже 100% и наиболее предпочтительно по меньшей мере на 150%, 200% или даже на 300% или более. В контексте настоящего изобретения нуклеотид, имеющий такую модификацию основания, предпочтительно выбирают из группы нуклеотидов с модифицированными основаниями, включающей 2-амино-6-хлорпуринрибозид-5'-трифосфат, 2-аминоаденозин-5'-трифосфат, 2-тиоцитидин-5'-трифосфат, 2-тиоуридин-5'-трифосфат, 4-тиоуридин-5'-трифосфат, 5-аминоаллилцитидин-5'-трифосфат, 5-аминоаллилуридин-5'-трифосфат, 5-бромцитилин-5'-трифосфат, 5-бромуридин-5'-трифосфат, 5-йодцитидин-5'-трифосфат, 5-йодуридин-5'-трифосфат, 5-метилцитидин-5'-трифосфат, 5-метилуридин-5'-трифосфат, 6-азацитидин-5'-трифосфат, 6-азауридин-5'-трифосфат, 6-хлорпуринрибозид-5'-трифосфат. 7-деазааденозин-5'-трифосфат, 7-деазагуанозин-5'-трифосфат, 8-азааденозин-5'-трифосфат, 8-азидоаденозин-5'-трифосфат, бензимидазолрибозид-5'-трифосфат, Ы1-метиладенозин-5'-трифосфат, Ы1-метилгуанозин-5'-трифосфат, N6-метиладенозин-5'-трифосфат, 06-метилгуанозин-5'-трифосфат, псевдоуридин-5'-трифосфат или пуромицин-5'-трифосфат, ксантозин-5'-трифосфат. Наиболее предпочтительные нуклеотиды для модификаций оснований выбирают из группы нуклеотидов с модифицированными основаниями, включающей 5-метилцитидин-5'-трифосфат, 7-деазагуанозин-5'-трифосфат, 5-бромцитидин-5'-трифосфат и псевдоуридин-5'-трифосфат.
Согласно другому варианту осуществления изобретения по меньшей мере одну мРНК в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении, можно также модифицировать (и предпочтительно стабилизировать) путем интродукции дополнительных модифицированных нуклеотидов, которые содержат модификации в их рибозных остатках или в основаниях. Как правило, по меньшей мере одна мРНК в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении, может содержать любой нативный (встречающийся в естественных условиях) нуклеотид, например, гуанозин, урацил, аденозин и/или цитозин или их аналог. В этом контексте нуклеотидные аналоги определяют как не встречающиеся в естественных условиях варианты встречающихся в естественных условиях нуклеотидов. Таким образом, аналоги представляют собой химически дериватизированные нуклеотиды с не встречающимися в естественных условиях функциональными группами, которые предпочтительно
добавляют или изымают путем делеции из встречающегося в естественных условиях нуклеотида или которыми заменяют встречающиеся в естественных условиях функциональные группы нуклеотида. Таким образом, каждый компонент встречающегося в естественных условиях нуклеотида может быть модифицирован, а именно, компонент, представляющий собой основание, компонент, представляющий собой сахар (рибозу), и/или фосфатный компонент, образующий каркас (см. выше) последовательности РНК. Аналоги гуанозина, урацила, аденозина и цитозина включают (но, не ограничиваясь только ими) любой встречающийся в естественных условиях или не встречающийся в естественных условиях гуанозин, урацил, аденозин, тимидин или цитозин, который был изменен химически, например, ацетилированием, метилированием, гидроксилированием и т.д., включая, например, 1 -метиладенозин, 1-метилгуанозин, 1-метилинозин, 2,2-диметилгуанозин, 2,6-диаминопурин, 2'-амино-2'-дезоксиаденозин, 2'-амино-2'-дезоксицитидин, 2'-амино-2'-дезоксигуанозин, 2'-амино-2'-дезоксиуридин, 2-амино-6-хлорпуринорибозид, 2-аминопуринрибозид, 2'-арааденозин, 2'-арацитидин, 2'-арауридин, 2'-Азидо-2'-дезоксиаденозин, 2'-азидо-2'-дезоксицитидин, 2'-азидо-2'-дезоксигуанозин, 2'-азидо-2'-дезоксиуридин, 2-хлораденозин, 2'-фтор-2'-дезоксиаденозин, 2'-фтор-2'-дезоксицитидин, 2'-фтор-2'-дезоксигуанозин, 2'-фтор-2'-дезоксиуридин, 2'-фтортимидин, 2-метиладенозин, 2-метилгуанозин, 2-метилтио-г> [6-изопенениладенозин, 2'-0-метил-2-аминоаденозин, 2'-0-метил-2'-дезоксиаденозин, 2'-0-метил-2'-дезоксицитидин, 2'-0-метил-2'-дезоксигуанозин, 2'-0-метил-2'-дезоксиуридин, 2'-0-метил-5-метилуридин, 2'-0-метилинозин, 2'-О-метилпсевдоуридин, 2-тиоцитидин, 2-тиоцитозин, 3-метилцитозин, 4-ацетилцитозин, 4-тиоуридин, 5-(карбоксигидроксиметил)урацил, 5,6-дигидроуридин, 5-аминоаллилцитидин, 5-аминоаллилдезоксиуридин, 5-бромуридин, 5-карбоксиметиламинометил-2-тиоурацил, 5-карбоксиметиламинометилурацил, 5-хлор арацитозин, 5-фторуридин, 5-йодуридин, 5-метоксикарбонилметилуридин, 5-метоксиуридин, 5-метил-2-тиоуридин, 6-азацитидин, 6-азауридин, 6-хлор-7-деазагуанозин, 6-хлорпуринорибозид, 6-меркаптогуанозин, 6-метилмеркаптопуринрибозид, 7-деаза-2'-дезоксигуанозин, 7-деазааденозин, 7-метилгуанозин, 8-азааденозин, 8-броаденозин, 8-бромгуанозин, 8-меркапторгуанозин, 8-оксогуанозин,
бензимидазолрибозид, бета-О-маннозилквеозин, дигидроурацил, инозин, N1-метиладенозин, М6-([6-аминогексил]карбамоилметил)аденозин, N6-изопентениладенозин, Иб-метиладенозин, Ы7-метилксантозин, метиловый эфир М-урацил-5-оксиуксусной кислоты, пуромицин, квеозин, урацил-5-оксиуксусная кислота, метиловый эфир урацил-5-оксиуксусной кислоты, вибутоксозин, ксантозин и ксилоаденозин. Получение таких аналогов известно специалисту в данной области, например, описано в US 4373071, US 4401796, US 4415732, US 4458066, US 4500707, US 4668777, US 4973679, US 5047524, US 5132418, US 5153319, US 5262530 и 5700642. Касательно аналогов, описанных выше, наиболее предпочтительными согласно изобретению могут быть те аналоги, которые повышают иммуногенность мРНК, которая входит в композицию, предлагаемую в изобретении, и/или не взаимодействуют с другой интродуцированной модификацией мРНК.
Согласно конкретному варианту осуществления изобретения по меньшей мере одна мРНК в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении, может содержать липидную модификацию. Такая модифицированная липидами мРНК, как правило, содержит указанную в настоящем описании мРНК, которая кодирует по меньшей мере один из шести антигенов, указанных выше. Такая модифицированная липидами мРНК, как правило, дополнительно содержит по меньшей мере один линкер, ковалентно связанный с указанной мРНК, и по меньшей мере один липид, ковалентно связанный с соответствующим линкером. Альтернативно этому, модифицированная липидами мРНК содержит (по меньшей мере одну) мРНК, указанную в настоящем описании, и по меньшей мере один (бифункциональный) липид, ковалентно связанный (без линкера) с указанной мРНК. Согласно третьей альтернативе модифицированная липидами мРНК содержит мРНК, указанную в настоящем описании, по меньшей мере один линкер, ковалентно связанный с указанной мРНК, и по меньшей мере один липид, ковалентно связанный с соответствующим линкером, и также по меньшей мере один (бифункциональный) липид, ковалентно связанный (без линкера) с указанной мРНК.
Липид, содержащийся по меньшей мере в одной мРНК в предлагаемой в изобретении композиции (образующий с ней комплекс или ковалентно связанный)), как правило, представляет собой липид или липофильный
фрагмент, который сам является биологически активным. Указанные липиды предпочтительно включают встречающиеся в естественных условиях субстанции или соединения, такие, например, как витамины, например, альфа-токоферол (витамин Е), включая RRR-альфа-токоферол (прежнее название D-альфа-токоферол), L-альфа-токоферол, рацемат Б,Е-альфа-токоферола, сукцинат витамина Е (VES) или витамин А и его производные, например, ретиноевая кислота, ретинол, витамин D и его производные, например, витамин D, а также его эргостерольные предшественники, витамин Е и его производные, витамин К и его производные, например, витамин К и родственные хиноны или фитолы, или стероиды, такие как желчные кислоты, например, холевая кислота, дезоксихолевая кислота, дегидрохолевая кислота, кортизон, дигоксигенин, тестостерон, холестерин или тиохолестерин. Дополнительные липиды или липофильные фрагменты, подпадающие под объем настоящего изобретения, включают (но, не ограничиваясь только ими) полиалкиленгликоли (Oberhauser и др., Nucl. Acids Res., 20, 1992, с. 533), алифатические группы, такие, например, как Ci-Сгоалканы, Сi-Сгоалкены или СрСгоалканольные производные и т.д., такие, например, как додекандиольные, гексадеканольные или ундецильные фрагменты (Saison-Behmoaras и др., EMBO J, 10, 1991, с. Ill; Kabanov и др., FEBS Lett., 259, 1990, с. 327; Svinarchuk и др., Biochimie, 75, 1993, с. 49), фосфолипиды, такие, например, как фосфатидилглицерин, диацилфосфатидилглицерин, фосфатидилхолин, дипальмитоилфосфатидилхолин, дистеароилфосфатидилхолин, фосфатидилсерин, фосфатидилэтаноламин, дигексадецил-шс-глицерин, сфинголипиды, цереброзиды, ганглиозиды или триэтиламмоний-1,2-ди-0-гексадецил-гаоглицеро-З-Н-фосфонат (Manoharan и др., Tetrahedron Lett., 36, 1995, с. 3651; Shea и др., Nucl. Acids Res., 18, 1990, с. 3777), полиамины или полиалкиленгликоли, такие, например, как полиэтиленгликоль (ПЭГ) (Manoharan и др., Nucleosides & Nucleotides, 14, 1995, с. 969), гексаэтиленгликоль (ГЭГ), пальмитин или пальмитильные фрагменты (Mishra и др., Biochim. Biophys. Acta, 1264, 1995, с. 229), октадециламины или гексиламинокарбонилоксихолестериновые остатки (Crooke и др., J. Pharmacol. Exp. Ther., 277, 1996, с. 923), а также воски, терпены, ациклические
углеводороды, фрагменты насыщенных и моно- или полиненасыщенных жирных кислот и т.д.
По меньшей мере, одну мРНК в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении, можно также стабилизировать для предотвращения расщепления мРНК in vivo с помощью нескольких подходов. В данной области известно, что нестабильность и (быстрое) расщепление мРНК или РНК in vivo, как правило, может представлять собой серьезную проблему при применении композиций на основе РНК. Такая нестабильность РНК, как правило, связана с расщепляющими РНК ферментами, "РНКазами" (рибонуклеазы), причем загрязнение указанными рибонуклеазами может иногда приводить к полному расщеплению РНК в растворе. Таким образом, имеющее место в естественных условиях расщепление РНК в цитоплазме клеток следует очень точно регулировать и загрязнение РНКазой можно предотвращать с помощью специальной обработки перед применением указанных композиций, в частности с помощью диэтилпирокарбоната (ДЭПК). Из существующего уровня техники известно несколько механизмов защиты от имеющего место в естественных условиях расщепления, которые можно также применять. Например, концевая структура, как правило, имеет решающее значение для мРНК in vivo. Например, на 5'-конце встречающихся в естественных условиях мРНК обычно находится структура в виде так называемого "кэпа" (модифицированный гуанозиновый нуклеотид), а на З'-конце, как правило, находится последовательность, включающая вплоть до 200 аденозиновых нуклеотидов (так называемый поли-А хвост).
Таким образом, по меньшей мере одну мРНК в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении, можно стабилизировать для предотвращения расщепления РНКазами путем добавления структуры так называемого "5'-кэпа". Наиболее предпочтительной в этом контексте является m7G(5')ppp (5'(A.G(5')ppp(5')A или G(5')ppp(5')G в качестве структуры "5'-кэпа". Однако указанную модификацию интродуцируют только, если модификация, например липидная модификация, еще не интродуцирована на 5'-конец мРНК в предлагаемой в изобретении композиции или если модификация не оказывает влияние на иммуногенные свойства (немодифицированной или химически модифицированной) мРНК.
Согласно другому предпочтительному варианту осуществления изобретения по меньшей мере одна мРНК в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении, может содержать поли-А-хвост на З'-конце, как правило, состоящий примерно из 10-200 аденозиновых нуклеотидов, предпочтительно примерно из 10-100 аденозиновых нуклеотидов, более предпочтительно 40-80 аденозиновых нуклеотидов или еще более предпочтительно 50-70 аденозиновых нуклеотидов,
Согласно другому предпочтительному варианту осуществления изобретения по меньшей мере одна мРНК в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении, может содержать поли-С-хвост на З'-конце, как правило, состоящий примерно из 10-200 цитозиновых нуклеотидов, предпочтительно примерно из 10-100 цитозиновых нуклеотидов, более предпочтительно 20-70 цитозиновых нуклеотидов или еще более предпочтительно 20-60 или даже 10-40 цитозиновых нуклеотидов.
По меньшей мере, одна мРНК, предлагаемая в изобретении, предпочтительно содержит по меньшей мере одну гистоновую структуру типа "стебель-петля". В контексте настоящего изобретения указанную гистоновую структуру типа "стебель-петля" (вне зависимости от того, представляет ли она гистоновую "стебель-петлю" или нет), как правило, получают из генов гистонов, и она содержит внутримолекулярные спаривающиеся основания двух соседних полностью или частично обратно комплементарных последовательностей, которые, таким образом, образуют структуру типа "стебель-петля". Структура типа "стебель-петля" может находиться в одноцепочечной ДНК или, что является наиболее распространенным, в РНК.
В контексте настоящего описания последовательность гистоновой структуры типа "стебель-петля" может описываться ее ДНК- или соответствующей РНК-последовательностью. Таким образом, в контексте настоящего описания любая ссылка на последовательности гистоновой структуры типа "стебель-петля", которая в контексте настоящего описания соответствует последовательностям ДНК (например, SEQ ID NO: 38-67 и 71), относится также к соответствующей последовательности РНК. Это относится, в частности, к последовательностям гистоновой структуры типа "стебель-петля", которые содержатся по меньшей мере в одной мРНК, предлагаемой в
изобретении. Соответственно, под ссылку на специфическую последовательность ДНК. которая определяет гистоновую структуру типа "стебель-петля", подпадает также соответствующая последовательность РНК.
Эту структуру называют также "шпилькой" или "шпилечной петлей", и она, как правило, состоит из стебля и (концевой) петли в непрерывной последовательности, при этом стебель образован двумя соседними полностью или частично обратно комплементарными последовательностями, которые разделены короткой последовательностью типа спейсера, образуя петлю структуры типа "стебель-петля". Две соседние полностью или частично обратно комплементарные последовательности можно обозначать, например, как элементы steml и stem2 структуры типа "стебель-петля". Структура типа "стебель-петля"" образуется в том случае, когда эти две соседние полностью или частично обратно комплементарные последовательности, например, элементы stem 1 и stem2 структуры типа "стебель-петля", образуют пары оснований друг с другом, что приводит к созданию двухцепочечной нуклеотидной последовательности, содержащей неспаренную петлю в концевой области, которая состоит из короткой последовательности, локализованной между элементами steml и stem2 структуры типа "стебель-петля" на непрерывной последовательности. Таким образом, неспаренная петля, как правило, представляет собой область нуклеиновой кислоты, которая не обладает способностью к спариванию оснований с любым из указанных элементов структуры типа "стебель-петля". Образовавшаяся имеющая форму "леденца на палочке" структура представляет собой основной конструктивный элемент многих вторичных структур РНК. Таким образом, образование структуры типа "стебель-петля" зависит от стабильности образовавшихся областей стебля и "петли", при этом первой предпосылкой является, как правило, присутствие последовательности, которая может обладать способностью к обратной укладке на самой себе с формированием спаренной двойной цепи. Стабильность спаренных элементов структуры типа "стебель-петля" определяется длиной, количеством мисмэтчей или выпуклостей, которые она содержит (небольшое количество мисмэтчей, как правило, является допустимым, прежде всего в случае длинной двойной цепи) и составом оснований спаренной области. В контексте настоящего изобретения оптимальная длина петли составляет 3-15
оснований, при этом более предпочтительно длина петли составляет 3-10 оснований, более предпочтительно 3-8, 3-7, 3-6 или еще более предпочтительно 4-5 оснований и наиболее предпочтительно 4 основания. Последовательность, образующая область стебля в гистоновой структуре типа "стебель-петля", как правило, состоит из 5-10 оснований, более предпочтительно 5-8 оснований, при этом предпочтительно по меньшей мере одно из оснований представляет собой мисмэтч, т.е. не представляет собой пару оснований.
В контексте настоящего изобретения гистоновую структуру типа "стебель-петля", как правило, получают из генов гистонов (например, генов из гистоновых семейств HI, Н2А, Н2В, НЗ, Н4), и она содержит внутримолекулярные спаривающиеся основания двух соседних полностью или частично обратно комплементарных последовательностей, которые образуют, таким образом, структуру типа "стебель-петля". Как правило, гистоновая 3'UTR структура типа "стебель-петля" представляет собой элемент РНК, участвующий в ядерно-цитоплазматическом транспорте гистоновых мРНК и в регуляции стабильности и эффективности трансляции в цитоплазме. В мРНК гистоновых генов многоклеточных организмов отсутствует полиаденилирование и поли-А-хвост, вместо этого имеет место 3'-концевой процессинг в сайте между высоко консервативной структурой типа "стебель-петля" и богатой пуринами области, состоящей примерно из 20 нуклеотидов, расположенной в прямом направлении (расположенный в прямом направлении гистоновый элемент (HDE)). Гистоновая структура типа "стебель-петля" связывается с помощью имеющего молекулярную массу 31 кДа белка, связывающего структуру типа "стебель-петля" (SLBP, его обозначают также как связывающий гистоновую шпильку белок или НВР). Указанные гистоновые структуры типа "стебель-петля" согласно настоящему изобретению предпочтительно применяют в сочетании с другими элементами и структурами последовательности, которые не встречаются в естественных условиях (т.е. в ^трансформированных живых организмах/клетках) в генах гистонов, но, но при объединении- согласно настоящему изобретению- образуют искусственную гетерологичную нуклеиновую кислоту. Таким образом, в настоящем изобретении предложена искусственная (ненативная) комбинация гистоновой структуры типа "стебель-петля" с другими элементами гетерологичной последовательности, которые не
присутствуют в генах гистонов или в генах гистонов многоклеточных организмов, и которые выделяют из областей функциональных и/или регуляторных последовательностей (влияющих на транскрипцию и/или трансляцию) генов, кодирующих белки, отличные от гистонов, с достижением обладающих преимуществом эффектов. Таким образом, одним из вариантов осуществления изобретения является комбинация гистоновой структуры типа "стебель-петля" с поли(А)-последовательностью или последовательностью, представляющей собой сигнал полиаденилирования (3'-конец кодирующей области), которая не встречается в генах гистонов многоклеточных организмов. Другим предпочтительным объектом изобретения является комбинация гистоновой структуры типа "стебель-петля" с кодирующей областью, которая кодирует по меньшей мере один из указанных выше антигенов, предлагаемых в изобретении, которая предпочтительно не встречается в генах гистонов многоклеточных организмов (кодирующая область и последовательность гистоновой структуры типа "стебель-петля" являются гетерологичными).
Таким образом, гистоновая структура типа "стебель-петля" представляет собой структуру типа "стебель-петля", представленную в настоящем описании, которая предпочтительно обладает определенной функцией, если она обладает/сохраняет способность связываться с ее встречающимся в естественных условиях партнером по связыванию, т.е. белком, связывающим структуру типа "стебель-петля" (SLBP, его обозначают также как связывающий гистоновую шпильку белок или НВР).
В предпочтительном варианте осуществления изобретения последовательность гистоновой структуры типа "стебель-петля" не получают из мышиного гистонового белка. Более конкретно, последовательность гистоновой структуры типа "стебель-петля" не получают из мышиного гена гистона Н2А614. Кроме того, по меньшей мере одна мРНК, предлагаемая в изобретении, может не содержать ни мышиную последовательность гистоновой структуры типа "стебель-петля", ни мышиный ген гистона Н2А614. Кроме того, по меньшей мере одна мРНК, предлагаемая в изобретении, может не содержать сигнал процессинга структуры типа "стебель-петля", более конкретно, мышиный сигнал процессинга структуры типа "стебель-петля" и наиболее предпочтительно мышиный сигнал процессинга структуры типа "стебель-петля"
Н2кА614, даже, если по меньшей мере одна мРНК содержит по меньшей мере один ген гистона млекопитающих. Однако по меньшей мере один ген гистона млекопитающих не может иметь последовательность, представленную в SEQ ID NO: 7 в WO 01/12824.
По меньшей мере, одна мРНК, указанная выше, может предпочтительно содержать 5'UTR, кодирующую область, которая кодирует указанные выше антигены или их фрагмент, вариант или производное; и/или 3'UTR, предпочтительно содержащую по меньшей мере одну гистоновую структуру типа "стебель-петля". Когда помимо антигенов, указанных выше, дополнительный пептид или белок кодируется по меньшей мере одной мРНК, то кодируемый пептид или белок предпочтительно не представляет собой гистоновый белок, репортерный белок и/или не представляет собой маркерный или селектируемый белок, указанный выше. 3'UTR по меньшей мере одной мРНК предпочтительно содержит также поли(А)- и/или поли(С)-последовательность, указанную в настоящем описании. Сигнальные элементы 3'UTR могут встречаться в ней в любом порядке от 5'-конца к 3'-концу вдоль последовательности по меньшей мере одной мРНК. Кроме того, могут присутствовать также дополнительные элементы, указанные в настоящем описании, такие как указанная в настоящем описании стабилизирующая последовательность (например, полученная из UTR гена глобина), IRES-последовательности и т.д. Каждый из указанных элементов может также повторяться по меньшей мере в одной мРНК, предлагаемой в изобретении, по меньшей мере один раз (прежде всего в би- или полицистронных конструкциях), предпочтительно два или большее количество раз. Например, сигнальные элементы могут присутствовать по меньшей мере в одной мРНК в следующем порядке:
5' - кодирующая область - гистоновая структура "стебель-петля" -поли(А)/(С)-последовательность - 3'; или
5' - кодирующая область - поли(А)/(С)-последовательность - гистоновая структура "стебель-петля" - 3'; или
5' - кодирующая область - гистоновая структура "стебель-петля" - сигнал полиаденилирования - 3'; или
5' - кодирующая область - сигнал полиаденилирования - гистоновая структура "стебель-петля"- 3'; или
5' - кодирующая область - гистоновая структура "стебель-петля" -гистоновая структура "стебель-петля" - поли(А)/(С)-последовательность - 3'; или
5' - кодирующая область - гистоновая структура "стебель-петля" -гистоновая структура "стебель-петля" - сигнал полиаденилирования - 3'; или
5' - кодирующая область - стабилизирующая последовательность -поли(А)/(С)-последовательность - гистоновая структура "стебель-петля" - 3'; или
5" - кодирующая область - стабилизирующая последовательность -поли(А)/(С)-последовательность - поли(А)/(С)-последовательность - гистоновая структура "стебель-петля" - 3" и т.д.
В этом контексте наиболее предпочтительно, если помимо антигенов, указанных выше, по меньшей мере одной мРНК кодируется дополнительный пептид или белок, то кодируемый пептид или белок предпочтительно не представляет собой ни гисгоновый белок, ни репортерный белок (например, люциферазу, GFP, EGFP, Р-галактозидазу, прежде всего EGFP) и ни маркерный белок или селектируемый белок (например, альфа-глобин, галактокиназу и ксантинггуанинфосфорибозилтрансферазу (GPT)).
В предпочтительном варианте осуществления изобретения мРНК, предлагаемая в изобретении, не содержит репортерный ген или маркерный ген. Предпочтительно мРНК, предлагаемая в изобретении, не кодирует, например, люциферазу; зеленый флуоресцентный белок (GFP) и его варианты (такие как eGFP, RFP или BFP); а-глобин; гипоксантин:гуанинфосфорибозилтрансферазу (HGPRT); Р-галактозидазу; галактокиназу; щелочную фосфатазу; секретируемую эмбриональную щелочную фосфатазу (SEAP)) или ген, обусловливающий устойчивость (такой как ген, обусловливающий устойчивость к неомицину, пуромицину, гигромицину и зеоцину). В предпочтительном варианте осуществления изобретения мРНК, предлагаемая в изобретении, не кодирует люциферазу. В другом варианте осуществления изобретения мРНК, предлагаемая в изобретении, не кодирует GFP или его вариант.
В другом предпочтительном варианте осуществления изобретения мРНК, предлагаемая в изобретении, не кодирует белок (или фрагмент белка), происходящий из вируса, предпочтительно из вируса, принадлежащего к семейству Orthomyxoviridae. Предпочтительно мРНК не кодирует белок, происходящий из вируса гриппа, более предпочтительно вируса гриппа А. Предпочтительно мРНК, предлагаемая в изобретении, не кодирует белок вируса гриппа А, выбранный из группы, состоящей из гемагглютинина (НА), нейраминидазы (NA), нуклеопротеина (NP), Ml, М2, NS1, NS2 (NEP: белок ядерного экспорта), PA, РВ1 (основная полимераза 1 1), PB1-F2 и РВ2. В другом предпочтительном варианте осуществления изобретения мРНК, предлагаемая в изобретении, не кодирует овальбумин (OVA) или его фрагмент.
Предпочтительно мРНК, предлагаемая в изобретении, не кодирует белок вируса
А или овальбумин.
Согласно одному из предпочтительных вариантов осуществления
изобретения по меньшей мере одна мРНК, предлагаемая в изобретении,
содержит по меньшей мере одну последовательность гистоновой структуры типа
"стебель-петля", предпочтительно соответствующую по меньшей мере одной из
следующих формул (I) или (II):
формула (I) (последовательность структуры типа "стебель-петля" без
пограничных элементов стебля):
[N0.2GN3.5] [N"4(U/T)N".4] [N3.5CN0.2]
v ' ^-у-'
stem 1 петля stem2,
формула (II) (последовательность структуры типа "стебель-петля" с пограничными элементами стебля):
N,.6 [N0-2GN3.5] [No.4(U/T)N0.4] [N3-5CNo.2] N,.6
W-^ у ' y v J K у 'W-7
stern 1 steml петля stem2 stem2
пограничный элемент пограничный элемент,
в которых:
пограничные элементы steml или stem2 Ni_6 обозначают непрерывную
последовательность, состояпгую из 1 -6, предпочтительно 2 -6, более предпочтительно 25, еще более предпочтительно 3-5, наиболее
5 steml [N0-2GN3.5]
последовательность петли [No-4(U/T)No-4
предпочтительно 4-5 или 5 N, где N каждый независимо друг от друга выбран из нуклеотида, выбранного из A, U, Т, G и С или их нуклеотидного аналога; обозначает последовательность, обратно комплементарную или частично обратно комплементарную элементу stem2, и представляет собой непрерывную последовательность, состоящую из 5-7 нуклеотидов;
в которой N0-2 обозначает непрерывную последовательность, состоящую из 0-2, предпочтительно 0-1, более предпочтительно 1 N, где N каждый независимо друг от друга выбран из нуклеотида, выбранного из A, U, Т, G и С или его нуклеотидного аналога; в которой N3.5 обозначает непрерывную последовательность, состоящую из 3-5, предпочтительно 4-5, более предпочтительно 4 N, где N каждый независимо друг от друга выбран из нуклеотида, выбранного из A, U, Т, G и С или его нуклеотидного аналога, и в которой G обозначает гуанозин или его аналог и необязательно может быть заменен на цитидин или его аналог при условии, что комплементарный ему нуклеотид цитидин в stem2 заменен на гуанозин; ] локализована между элементами steml и stem2 и обозначает непрерывную последовательность, состоящую из 3-5 нуклеотидов, более предпочтительно 4 нуклеотидов;
в которой N0-4 каждый независимо друг от друга обозначает непрерывную последовательность, состоящую из 0-4, предпочтительно 1-3, более предпочтительно 1-2 N, где N каждый независимо друг от друга выбран из нуклеотида, выбранного из A, U, Т, G и С или его н)тслеотидного аналога; и в которой U/T обозначает уридин или необязательно тимидин; обозначает последовательность, обратно комплементарную или частично обратно комплементарную' элементу steml, и представляет собой непрерывную последовательность, состоящую из 5-7 нуклеотидов;
в которой N3.5 обозначает непрерывную последовательность, состоящую из 3-5, предпочтительно 4-5, более предпочтительно 4 N, где N каждый независимо друг от друга выбран из нуклеотида, выбранного из A, U, Т, G и С или его нуклеотидного аналога; в которой N0-2 обозначает непрерывную последовательность, состоящую из 0-2, предпочтительно 0-1, более предпочтительно 1 N, где N каждый независимо друг от друга выбран из нуклеотида, выбранного из A, U, Т. G или С или его нуклеотидного аналога; и в которой С обозначает цитидин или его аналог и необязательно может быть заменен на гуанозин или его аналог при условии, что комплементарный ему нуклеотид гуанозин в stem l заменен на цитидин;
у элементов steml и stem2 может происходить спаривание оснований друг с другом с образованием обратно комплементарной последовательности, где спаривание оснований может иметь место между steml и stem2, например, посредством спаривания оснований по Уотсону-Крику нуклеотидов А и U/T или G и С, или посредством спаривания оснований не по Уотсону-Крику, например, посредством спаривания "качающихся" оснований ("качающегося" спаривания оснований), обратного спариванию оснований по Уотсону-Крику, посредством хугстиновского спаривания оснований, посредством обратного хугстиновскому спаривания оснований, или у них может происходить спаривание оснований друг с другом с образованием частично обратно комплементарной последовательности, при этом неполное спаривание оснований может иметь место между steml и stem2, вследствие того, что для одного или нескольких оснований в одном стебле не имеется комплементарного основания в обратно комплементарной последовательности другого стебля.
В указанном выше контексте спаривание "качающихся" оснований, как правило, представляет собой спаривание оснований не по Уотсону-Крику между двумя нуклеотидами. В контексте настоящего описания четыре основные пары "качающихся" оснований, которые можно применять, представляют собой гуанозин-уридин, инозин-уридин, инозин-аденозин, инозин-цитидин (G-U/T, I-U/T, I-A и I-C) и аденозин-цитидин (А-С).
Таким образом, в контексте настоящего изобретения "качающееся" основание представляет собой основание, которое формирует "качающуюся" пару оснований с другим основанием, как указано выше. Таким образом, спаривание оснований не по Уотсону-Крику, например), "качающееся" спаривание оснований, может иметь место в стебле гистоновой структуры типа "стебель-петля" по меньшей мере в одной мРНК, предлагаемой в настоящем изобретении.
В указанном выше контексте частично обратно комплементарная последовательность содержит максимум 2, предпочтительно только один мисмэтч, в структуре стебля последовательности структуры "стебель-петля", образованные(образованное) в результате спаривания оснований элементов steml и stem2. Другими словами, steml и stem2 предпочтительно обладают способностью к (полному) спариванию оснований друг с другом на всем
протяжении полной последовательности steml и stem2 (100% от возможных спариваний оснований по Уотсону-Крику или не по Уотсону-Крику), формируя тем самым обратно комплементарную последовательность, где каждое основание имеет правильное соответствующее ему парное по Уотсону-Крику или не по Уотсону-Крику основание в качестве комплементарно связывающего партнера. В альтернативном варианте steml и stem2 предпочтительно обладают способностью к спариванию оснований друг с другом на протяжении полной последовательности steml и siem2, где по меньшей мере примерно 70%, 75%, 80?/о, 85%, 90% или 95% из 100% от возможных правильных спариваний оснований по Уотсону-Крику или не по Уотсону-Крику соответствуют правильным спариваниям оснований по Уотсону-Крику или не по Уотсону-Крику и максимум примерно 30%, 25%, 20%, 15%, 10% или 5% оставшихся оснований остаются неспаренными.
Согласно предпочтительному варианту осуществления изобретения по меньшей мере одна последовательность гистоновой структуры типа "стебель-петля" (с пограничными элементами стебля) по меньшей мере одной мРНК, представленной в настоящем описании, содержит от примерно 15 до примерно 45 нуклеотидов, предпочтительно от примерно 15 до примерно 40 нуклеотидов, предпочтительно от примерно 15 до примерно 35 нуклеотидов, предпочтительно от примерно 15 до примерно 30 нуклеотидов и еще более предпочтительно от примерно 20 до примерно 30 и наиболее предпочтительно от примерно 24 до примерно 28 нуклеотидов.
Согласно другому предпочтительному варианту оез/тцествления изобретения по меньшей мере одна последовательность гистоновой структуры типа "стебель-петля" (без пограничных элементов стебля) по меньшей мере одной мРНК, представленной в настоящем описании, содержит от примерно 10 до примерно 30 нуклеотидов, предпочтительно от примерно 10 до примерно 20 нуклеотидов, предпочтительно от примерно 12 до примерно 20 нуклеотидов, предпочтительно от примерно 14 до примерно 20 нуклеотидов и еще более предпочтительно от примерно 15 до примерно 17 и наиболее предпочтительно примерно 16 нуклеотидов.
Согласно другому предпочтительному варианту осуществления изобретения по меньшей мере одна мРНК, предлагаемая в настоящем
изобретении, может содержать по меньшей мере одну последовательность гистоновой структуры типа "стебель-петля", соответствующую по меньшей мере одной из следующих конкретных формул (1а) или (На):
формула (1а) (последовательность структуры типа "стебель-петля" без пограничных элементов стебля):
[N0.,GN3.5] [N,.,(U/T)N"J [N3.5CN".,]
4 v " v > V у /
steml петля stem.2,
формула (Па) (последовательность структуры типа "стебель-петля" с пограничными элементами стебля):
^-У-1 V _ J V J Y
steml steml петля stem2 stem2
пограничный элемент пограничный элемент,
в которой:
N, С, G, THU имеют указанные выше значения.
Согласно другому более предпочтительному варианту осуществления первого объекта изобретения по меньшей мере одна мРНК может содержать или кодировать по меньшей мере одну последовательность гистоновой структуры типа "стебель-петля", соответствующую по меньшей мере одной из следующих конкретных формул (lb) или (ПЬ):
формула (lb) (последовательность структуры типа "стебель-петля" без пограничных элементов стебля):
[N,GN4] [N2(U/T)N,] [N4CN,]
УК.
у y
stem 1 петля stem2
формула (lib) (последовательность структуры типа "стебель-петля" с пограничными элементами стебля):
N4.5 [N,GN4] [N2(U/T)N,] [N4CN,] N4.5
^ 'ч у J"-Y-' ^
steml steml петля stem2 stem2
пограничный элемент пограничный элемент
в которой:
N, С, G, THU имеют указанные выше значения,,
Согласно еще более предпочтительному варианту осуществления изобретения по меньшей мере одна мРНК, предлагаемая в настоящем изобретении, может содержать по меньшей мере одну последовательность гистоновой структуры типа "стебель-петля", соответствующую по меньшей мере одной из следующих конкретных формул (Ic)-(Ih) или (Ilc)-(IIh), которые являются альтернативными по структуре типа "стебель-петля", и имеют линейную последовательность, соответствующую последовательностям гистоновой структуры типа "стебель-петля":
формула (1с): (консенсусная последовательность гистоновой структуры типа "стебель-петля" без пограничных элементов стебля многоклеточных и простейших организмов):
N U N N N-N N-N N-N N-N G-C
N-N (структура типа "стебель-петля")
NGNJNMNWN^
(линейная последовательность) (SEQ ID NO: 26),
формула (Ис): (консенсусная последовательность гистоновой структуры типа "стебель-петля" с пограничными элементами стебля многоклеточных и
простейших организмов):
N U N N N-N
N-N N-N N-N
G-C
N*N*NJN^FN-NNNN*N*N* (структура типа "стебель-петля")
N*N*NjNTNrNGN^
(линейная последовательность) (SEQ ID NO: 27), формула (Id): (без пограничных элементов стебля)
N U N N N-N N-N N-N N-N C-G
N-N (структура типа "стебель-петля")
NCNNNNNNUNNNNNGN
(линейная последовательность) (SEQ ID NO: 28), формула (lid): (с пограничными элементами стебля)
N U N N N-N N-N N-N N-N C-G
N*N*NNi\TN-N]NrNN*N*N* (структура типа "стебель-петля")
N*N*N> WNCJNT^^
(линейная последовательность) (SEQ ID NO : 29),
формула (Ie): (консенсусная последовательность гистоновой структуры типа "стебель-петля" без пограничных элементов стебля простейших организмов):
N U N N N-N N-N N-N
N-N G-C
D-H (структура типа "стебель-петля")
DGNNNNNNUNNNNNCH
(линейная последовательность) (SEQ ID NO: 30),
формула (lie): (консенсусная последовательность гистоновой структуры типа "стсбсль-пстля" с пограничными элементами стебля простейших организмов):
N U N N N-N N-N N-N N-N G-C
N*N*NN№-HNNN*N*N*
(структура типа "стебель-петля")
N*N*NNN13GNNNNNJ^^
(линейная последовательность) (SEQ ID NO: 31),
формула (If): (консенсусная последовательность гистоновой структуры типа "стебель-петля" без пограничных элементов стебля многоклеточных организмов):
N U N N Y-V Y-N B-D N-N G-C
N-N (структура типа "стебель-петля")
NGNBYmNUNVNDNCN
(линейная последовательность) (SEQ ID NO: 32),
формула (Hf): (консенсусная последовательность гистоновой структуры типа "стебель-петля" с пограничными элементами стебля многоклеточных организмов):
N U
N N
Y-V
Y-N
B-D
N-N
G-C
N*N*NNNN-NNNN*N*N* (структура типа "стебель -петля")
N*N*> M^GNBYYNNUNVNDNCNlNTrW*N*N*
(линейная последовательность) (SEQ ID NO: 33).
формула (Ig): (консенсусная последовательность гистоновой структуры типа "стебель-петля" без пограничных элементов стебля позвоночных животных):
N U D Н Y-A Y-B Y-R H-D G-C
N-N (структура типа "стебель-петля")
NGIIYYYDNUHABRDCN
(линейная последовательность) (SEQ ID NO: 34),
формула (Kg): (консенсусная последовательность гистоновой структуры типа "стебель-петля" с пограничными элементами стебля позвоночных животных):
N U D Н Y-A Y-B
Y-R H-D G-C
(структура типа "стебель-петля")
(линейная последовательность) (SEQ ID NO: 35),
формула (Ih): (человеческая {Homo sapiens) консенсусная последовательность гистоновой структуры типа "стебель-петля" без пограничных элементов стебля):
Y U D Н U-A C-S Y-R H-R G-C
D-C (структура типа "стебель-петля")
DGHYCUDYUHASRRCC
(линейная последовательность) (SEQ ID NO: 36),
формула (Ilh): (человеческая {Homo sapiens) консенсусная последовательность структуры типа "стебель-петля" с пограничными элементами стебля):
Y U
D Н U-A C-S Y-R H-R G-C
N*H*AAHD-CVHB*N*H* (структура типа "стебель-петля") N*H*AAHDGHYCUDYUHASRRCCVHB*N*H*
(линейная последовательность) (SEQ ID NO: 37),
где в каждой из формул (Ic)-(Ih) или (Пс)- (Hh): N, С, G, А, Т и U имеют указанные выше значения; каждый U можно заменять на Т;
каждый (высоко) консервативный G или С в элементах 1 и 2 стебля можно заменять на комплементарное ему нуклеотидное основание С или G при условии, что указанный комплементарный нуклеотид в соответствующем стебле параллельно заменяют на комплементарный ему нуклеотид; и/или
G, А, Т, U, С, R, Y, М, К, S, W, II, В, V, D и N представляют собой нуклеотидные основания, указанные ниже в таблице:
Сокращение
Нуклеотидные основания
Комментарий
гуанин
аденин
тимин
урацил
цитозин
G или А
пурин
T/U или С
пиримидин
А или С
амино
G или T/U
кето
G или С
сильное (ЗН-связи)
А или T/U
слабое (2Н-связи)
А или С или T/U
не G
G или T/U или С
не А
G или С или А
не T/U
G или А или T/U
не С
G или С или T/U или А
любое основание
присутствует или нет
основание может присутствовать или не присутствовать
В этом контексте наиболее предпочтительной последовательностью гистоновой структуры типа "стебель-петля", которая соответствует по меньшей мере одной из формул (I) или (la)- (Ih), или (II), или (Ila)-(IIh), предлагаемых в настоящем изобретении, является последовательность, выбранная из встречающейся в естественных условиях последовательности гистоновой структуры типа "стебель-петля", более предпочтительно из последовательностей гистоновой структуры типа "стебель-петля" из простейших или многоклеточных организмов и еще более предпочтительно из последовательностей гистоновой структуры типа "стебель-петля" из позвоночных животных и наиболее предпочтительно из последовательностей гистоновой структуры типа "стебель-петля" из млекопитающих, наиболее предпочтительно из человеческих последовательностей гистоновой структуры типа "стебель-петля".
Согласно наиболее предпочтительному варианту осуществления изобретения последовательность гистоновой структуры типа "стебель-петля", которая соответствует по меньшей мере одной из конкретных формул (I) или (Ia)-(Ih), или (II), или (Ila)-(IIh), предлагаемых в настоящем изобретении, представляет собой последовательность гистоновой структуры типа "стебель-петля", которая содержит в каждом нуклеотидном положении наиболее часто встречающийся нуклеотид, или либо наиболее часто встречающийся, либо второй по частоте встречаемости в естественных условиях нуклеотид в последовательностях гистоновой структуры типа "стебель-петля" у многоклеточных и простейших организмов, простейших организмов, многоклеточных организмов, позвоночных животных и людей. В этом контексте наиболее предпочтительно по меньшей мере 80%, предпочтительно по меньшей мере 85% или наиболее предпочтительно по меньшей мере 90% всех нуклеотидов соответствуют нуклеотидам, наиболее часто встречающимся в естественных условиях в последовательностях гистоновой структуры типа "стебель-петля".
В другом конкретном варианте осуществления изобретения последовательность гистоновой структуры типа "стебель-петля", которая соответствует по меньшей мере одной из конкретных формул (I) или (Ia)-(Ih), указанных выше, выбирают из представленных ниже последовательностей гистоновой структуры типа "стебель-петля" (без пограничных элементов "стебля"):
VGYYYYHHTHRVVRCB (SEQ ID NO: 38, соответствует формуле (1с)), SGYYYTTYTMARRRCS (SEQ ID NO: 39, соответствует формуле (1с)), SGYYCTTTTMAGRRCS (SEQ ID NO: 40, соответствует формуле (1с)),
DGNNNBNNTHVNNNCH (SEQ ID NO: 41, соответствует формуле (1е)), RGNNNYHBTHRDNNСY (SEQ ID NO: 42, соответствует формуле (1е)), RGNDBYHYTHRDHNCY (SEQ ID NO: 43, соответствует формуле (1е)),
VGY YYTYHTHRVRRCB (SEQ ID NO: 44, соответствует формуле formula (If)), SGYYCTTYTIvIAGRRCS (SEQ ID NO: 45, соответствует формуле (If)), SGYYCTTTTMAGRRCS (SEQ ID NO: 46, соответствует формуле (If)),
GGYYCTTYTHAGRRCC (SEQ ID NO: 47, соответствует формуле (Ig)), GGCYCTTYTMAGRGCC (SEQ ID NO: 48, соответствует формуле (Ig)), GGCTCTTTTMAGRGCC (SEQ ID NO: 49, соответствует формуле (Ig)),
DGHYCTDYTHASRRCC (SEQ ID NO: 50, соответствует формуле (Ih)), GGCYCTTTTHAGRGCC (SEQ ID NO: 51, соответствует формуле (Ih)), GGCYCTTTTMAGRGCC (SEQ ID NO: 52, соответствует формуле (Ih)).
Кроме того, в этом контексте наиболее предпочтительными являются следующие последовательности гистоновой структуры типа "стебель-петля" (с пограничными элементами стебля), соответствующие одной из конкретных формул (II) или (Ila)-(IIh):
H*H*HHVVGYYYYHHTHRVVRCBVHH*N*N* (SEQ ID NO: 53. соответствует формуле (He)),
M*H*MHMSGYYYTTYTMARRRCSMCH*H*H* (SEQ ID NO: 54, соответствует формуле (He)),
M*M*MMMSGYYCTTTTMAGRRCSACH*M*H* (SEQ ID NO: 55, соответствует формуле (Ис)),
N*N*NNNDGNNNBNNTHVNNNCHNHN*N*N* (SEQ ID NO: 56, соответствует формуле (lie)),
N * N * HHNRGNNN YHB THRDNNC YDHH*N*N* (SEQ ID NO: 57, соответствует формуле (He)),
N*H*HHVRGNDBYHYTHRDHNCYRHH*H*H* (SEQ ID NO: 58, соответствует формуле (He)),
H*H*MHMVGYYYTYHTHRVRRCBVMH*H*N* (SEQ ID NO: 59. соответствует формуле (Ilf)),
M*M*MMMSGYYCTTYTMAGRRCSMCH*H*H* (SEQ ID NO: 60, соответствует формуле (Ilf)),
M*M*MMMSGYYCTTTTMAGRRCSACH*M*H* (SEQ ID NO: 61, соответствует формуле (Ilf)),
H*H*MAMGGYYCTTYTHAGRRCCVHN*N*M* (SEQ ID NO: 62, соответствует формуле (Hg)),
H*H*AAMGGCYCTTYTMAGRGCCVCH*H*M* (SEQ ID NO: 63, соответствует формуле (Ilg)),
M*M*AAMGGCTCTTTTMAGRGCCMCY*M*M* (SEQ ID NO: 64, соответствует формуле (Hg)),
N+H*AAHDGHYCTDYTHASRRCCVHB*N*H* (SEQ ID NO: 65, соответствует формуле (Ilh)),
H*H*AAMGGCYCTTTTHAGRGCCVMY*N*M* (SEQ ID NO: 66, соответствует формуле (Ilh)),
H*M*AAAGGCYCTTTTMAGRGCCRMY*H*M* (SEQ ID NO: 67, соответствует формуле (Ilh)).
Согласно дополнительному предпочтительному варианту осуществления изобретения по меньшей мере одна мРНК содержит по меньшей мере одну последовательность гистоновой структуры типа "стебель-петля", последовательность которой идентична по меньшей мере примерно на 80%, предпочтительно по меньшей мере примерно на 85%, более предпочтительно по меньшей мере примерно на 90% или даже более предпочтительно по меньшей мере примерно на 95% последовательности, содержащей не более 100% консервативных нуклеотидов в последовательностях гистоновой структуры типа "стебель-петля", соответствующих по меньшей мере одной из конкретных формул (I) или (Ia)-(Ih), или (И), или (Ha)-(IIh), или встречающейся в естественных условиях последовательности гистоновой структуры типа "стебель-петля".
Наиболее предпочтительной последовательностью гистоновой структуры типа "стебель-петля" является последовательность, представленная в SEQ ID NO: 71 CAAAGGCTCTTTTCAGAGCCACCA, или более предпочтительно соответствующая последовательность РНК, имеющая нуклеотидную последовательность, которая соответствует SEQ ID NO: 71: CAAAGGCUCUUUUCAGAGCCACCA (SEQ ID NO: 72).
В предпочтительном варианте осуществления изобретения последовательность гистоновой структуры типа "стебель-петля" не содержит
последовательность петли 5'-UUUC-3'. Более конкретно, гистоновая структура типа "стебель-петля" не содержит последовательность элемента steml 5'-GGCUCU-3' и/или последовательность элемента stem2 5'-AGAGCC-3' соответственно. В другом предпочтительном варианте осуществления изобретения последовательность структуры типа "стебель-петля" не содержит последовательность петли 5'-CCUGCCC-3' или последовательность петли 5'-UGAAU-3'. Более конкретно, структура типа "стебель-петля" не содержит последовательность steml 5'-CCUGAGC-3' или не содержит последовательность steml 5'-ACCUUUCUCCA-3' и/или последовательность stem2 5'-GCUCAGG-3' или 5'-UGGAGAAAGGU-3' соответственно. Кроме того, последовательности структуры типа "стебель-петля" предпочтительно не имеют происхождение из З'-нетранслируемой области рецептора инсулина млекопитающих. Предпочтительно также по меньшей мере одна мРНК, предлагаемая в изобретении, может не сод ержать сигнал процессинга гистоновой структуры типа "стебель-петля", в частности, сигнал процессинга имеющий происхождение из мышиного гена гистона Н2А614 (Н21сА614).
Предпочтительно по меньшей мере одна мРНК в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении, не содержит один или два или по меньшей мере один или все кроме одного, или все компоненты, выбранные из группы, включающей: последовательность, которая кодирует рибозим (предпочтительно обладающий способностью к автономному сплайсингу рибозим), вирусную нуклеотидную последовательность, сигнал процессинга гистоновой структуры типа "стебель-петля", в частности, сигнал процессинга гистоновой структуры типа "стебель-петля", происходящий из мышиного гена гистона Н2А614, ген Neo, инактивированную промоторную последовательность и инактивированную энхансерную последовательность. Еще более предпочтительно по меньшей мере одна мРНК, предлагаемая в изобретении, не содержит рибозим, предпочтительно обладающий способностью к автономному сплайсингу рибозим, и один или несколько компонентов, выбранных из группы, включающей: ген Neo, инактивированную промоторную последовательность и инактивированную энхансерную последовательность, сигнал процессинга гистоновой структуры типа "стебель-петля", в частности, сигнал процессинга гистоновой структуры типа "стебель-петля", происходящий из мышиного гена гистона Н2А614.
Таким образом, мРНК в предпочтительном варианте не содержит ни рибозим, предпочтительно обладающий способностью к автономному сплайсингу рибозим, ни ген Neo, или в альтернативном варианте не содержит ни рибозим, предпочтительно обладающий способностью к автономному сплайсингу рибозим, ни какой-либо ген, обусловливающий устойчивость (например, обычно применяемый для селекции). В другом предпочтительном варианте по меньшей мере одна мРНК, предлагаемая в изобретении, может не содержать рибозим, предпочтительно обладающий способностью к автономному сплайсингу рибозим, ни сигнал процессинга гистоновой структуры типа "стебель-петля", в частности, сигнал процессинга гистоновой структуры типа "стебель-петля", происходящий из мышиного гена гистона Н2А614.
Альтернативно этому, по меньшей мере одна мРНК в композиции, предлагаемой в изобретении, необязательно содержит сигнал полиаденилирования, указанный в настоящем описании, представляющий собой сигнал, который обеспечивает полиаденилирование (транскрибируемой) мРНК посредством специфических белковых факторов (такой, например, как специфический фактор расщепления и полиаденилирования (CPSF), стимулирующий расщепление фактор (CstF), факторы расщепления I и II (CF I и CF II), поли(А)-полимераза (РАР)). В этом контексте консенсусный сигнал полиаденилирования предпочтительно содержит консенсусную последовательность NN(U/T)ANA. В наиболее предпочтительном объекте изобретения сигнал полиаденилирования содержит следующие последовательности: AA(U/T)AAA или A(U/T)(U/T)AAA (в которых уридин, как правило, присутствует в РНК, а тимидин, как правило, присутствует в ДНК). В некоторых вариантах осуществления изобретения сигнал полиаденилирования, применяемый по меньшей мере в одной мРНК, предлагаемой в изобретении, не соответствует мяРНК U3, U5, сигналу процессинга полиаденилирования из человеческого гена G-CSF, или последовательностям сигналов полиаденилирования из SV40. В частности, указанные выше сигналы полиаденилирования не объединяют с каким-либо геном, обусловливающим устойчивость к антибиотикам (или любым другим репортерным, маркерным или селектирующим геном), в частности, не объединяют с обусловливающим устойчивость геном пео (неомицинфосфотрансфераза). Кроме того, по меньшей
мере в одной мРНК, предлагаемой в изобретении, не объединяют любой из указанных выше сигналов полиаденилирования предпочтительно с гистоновой структурой типа "стебель-петля" или с сигналом процессинга гистоновой структуры типа "стебель-петля" из мышиного гена гистона Н2А614.
Согласно другому варианту осуществления изобретения по меньшей мере одна мРНК в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении, может быть модифицирована и тем самым стабилизирована путем модификации содержания G/C в мРНК, предпочтительно в кодирующей области по меньшей мере одной мРНК,
В наиболее предпочтительном варианте осуществления настоящего изобретения содержание G/C в кодирующей области по меньшей мере одной мРНК в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении, модифицируют, прежде всего, повышают, по сравнению с содержанием G/C в кодирующей области соответствующей ей мРНК дикого типа, т.е. немодифицированной мРНК. Аминокислотную последовательность, кодируемую по меньшей мере одной мРНК, предпочтительно не модифицируют по сравнению с аминокислотной последовательностью, кодируемой конкретной мРНК дикого типа. Указанная модификация по меньшей мере одной мРНК в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении, основана на том факте, что последовательность любой области мРНК, подлежащей трансляции, является важной для эффективной трансляции указанной мРНК. Таким образом, важными являются состав и последовательность различных нуклеотидов. В частности, последовательности, имеющие повышенное содержание G (гуанозин)/С (цитозин), являются более стабильными, чем последовательности, имеющие повышенное содержание А (аденозин)/и (урацил). Согласно изобретению кодоны мРНК изменяют по сравнению с соответствующей ей мРНК дикого типа таким образом, чтобы они содержали большее количество G/C-нуклеотидов. с сохранением транслируемой аминокислотной последовательности. Учитывая тот факт, что несколько кодонов кодируют одну и ту же аминокислоту (так называемая вырожденность генетического кода), можно определять наиболее предпочтительные с точки зрения стабильности кодоны (так называемые альтернативные наиболее часто встречающиеся кодоны). В зависимости от аминокислоты, кодируемой по меньшей мере одной мРНК, существуют
различные возможности модификации последовательности мРНК по сравнению с ее последовательностью дикого типа. В случае аминокислот, которые кодируются кодонами, содержащими исключительно нуклеотиды G или С, никакая модификация кодона не является необходимой. Так, кодоны Pro (ССС или CCG), Arg (CGC или CGG), Ala (GCC или GCG) и Gly (GGC или GGG) не нуждаются в модификации, поскольку в них не присутствует А или U. В противоположность этому, кодоны, которые содержат нуклеотиды А и/или U, можно модифицировать путем замены на другие кодоны, которые кодируют эти же аминокислоты, но не содержат А и/или U. Примерами таких замен являются: кодоны CCU или ССА, кодирующие Pro, заменяют на ССС или CCG, кодоны CGU или CGA или AGA или AGG, кодирующие Arg, заменяют на CGC или CGG, кодоны GCU или GCA, кодирующие Ala, заменяют на GCC или GCG, кодоны GGU или GGA, кодирующие Gly, заменяют на GGC или GGG. В других случаях, когда нуклеотиды А или U нельзя элиминировать из кодонов, можно снижать содержание А и U с использованием кодонов, которые содержат нуклеотиды А и/или U в более низком количестве. Примерами указанных колонов являются: кодон UUU, кодирующий Phe, заменяют на UUC, кодоны UUA, UUG, CUU или CUA, кодирующие Leu, заменяют на CUC или CUG, кодоны UCU или UCA или AGU, кодирующие Ser, заменяют на UCC, UCG или AGC, кодон UAU, кодирующий Туг, заменяют на UAC, кодон UGU, кодирующий Cys, заменяют на UGC, кодон CALI, кодирз^ющий His, заменяют на САС, кодон САА, кодирующий Gin, заменяют на CAG. кодоны AUU или AUA, кодирующие Не, заменяют на AUC, кодоны ACLI или АСА, кодирующие Thr, заменяют на АСС или ACG, кодон AAU, кодирующий Asn, заменяют на ААС, кодон AAA, кодирующий Lys, заменяют на AAG, кодоны GUU или GUA, кодирующие Val, заменяют на GUC или GUG, кодон GAU, кодирующий Asp, заменяют на GAC, кодон GAA, кодирующий Glu, заменяют на GAG, кодон UAA (стоп-кодон) заменяют на UAG или UGA. С другой стороны, в случае кодонов Met (AUG) и Trp (UGG), отсутствует возможность модификации последовательности. Перечисленные выше замены можно использовать либо индивидуально, либо в любых возможных комбинациях для повышения содержания G/C в по меньшей мере одной мРНК в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении, по сравнению с конкретной мРНК дикого типа (т.е.
исходной последовательности). Так, например, все кодоны Thr, встречающиеся в последовательности дикого типа, можно модифицировать на АСС (или ACG). Однако предпочтительно, например, использовать комбинации указанных выше возможных замен:
замена всех кодонов., кодирующих Thr в исходной последовательности (мРНК дикого типа), на АСС (или ACG) и
замена всех кодонов, кодирующих в исходной последовательности Ser, на UCC (или UCG или AGC); замена всех кодонов, кодирзчощих в исходной последовательности Не, на AUC, и
замена всех кодонов, кодирующих в исходной последовательности Lys, на AAG, и
замена всех кодонов, кодирующих в исходной последовательности Туг. на UAC; замена всех кодонов, кодирующих в исходной последовательности Val, на GUC (или GUG), и
замена всех кодонов, кодирующих в исходной последовательности Glu, на GAG, и
замена всех кодонов, кодирующих в исходной последовательности Ala, на GCC (или GCG), и
замена всех кодонов, кодирующих в исходной последовательности Arg, на CGC (или CGG); замена всех кодонов, кодирующих в исходной последовательности Val, на GUC (или GUG), и
замена всех кодонов, кодирующих в исходной последовательности Glu, на GAG, и
замена всех кодонов, кодирующих в исходной последовательности Ala, на GCC (или GCG), и
замена всех кодонов, кодирующих в исходной последовательности Gly, на
GGC (или GGG), и
замена всех кодонов, кодирующих в исходной последовательности Asn, на ААС; замена всех кодонов, кодирующих в исходной последовательности Val, на GUC (или GUG),
замена всех кодонов, кодирующих в исходной последовательности Phe, на UUC, и
замена всех кодонов, кодирующих в исходной последовательности Cys, на UGC, и
замена всех кодонов, кодирующих в исходной пос ледовательности Leu, на CUG (или CUC), и
замена всех кодонов, кодирующих в исходной последовательности Gin, на CAG, и
замена всех кодонов, кодирующих в исходной последовательности Pro, на ССС (или CCG) и т.д.
Предпочтительно содержание G/C в кодирующей области по меньшей мере одной мРНК в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении, повышают по меньшей мере на 7%, более предпочтительно по меньшей мере на 15%, наиболее предпочтительно по меньшей мере на 20%, по сравнению с содержанием G/C в кодирующей области мРНК дикого типа, которая кодирует антиген, антигенный белок или антигенный пептид, указанный в настоящем описании, или его фрагмент или вариант. В конкретном варианте осуществления изобретения заменяют по меньшей мере 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, более предпочтительно по меньшей мере 70%, еще более предпочтительно по меньшей мере 80% и наиболее предпочтительно по меньшей мере 90%, 95% или даже 100% пригодных для замены кодонов в области, кодирующей антиген, антигенный белок или антигенный пептид, указанный в настоящем описании, или его фрагмент или вариант или всю последовательность мРНК дикого типа, повышая тем самым содержание G/C в указанной последовательности. В этом контексте наиболее предпочтительно повышать содержание G/C по меньшей мере в одной мРНК в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении, до максимума (т.е. до 100% пригодных для замещения кодонов), прежде всего в области, кодирующей белок, по сравнению с последовательностью дикого типа. Согласно изобретению дополнительная предпочтительная модификация по меньшей мере одной мРНК в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении, основана на открытии того факта, что эффективность трансляции определяется также различной частотой встречаемости тРНК в клетках. Таким образом, если по меньшей мере в одной мРНК, которая входит в композицию, предлагаемую в настоящем изобретении, присутствуют в повышенном количестве так называемые "редкие кодоны", то уровень трансляции
соответствующей модифицированной по меньшей мере одной мРНК является значимо более низким, чем в том случае, когда присутствуют кодоны, кодирующие относительно "часто встречающуюся" тРНК. Согласно изобретению в модифицированной по меньшей мере одной мРНК в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении, область, которая кодирует по меньшей мере один из указанных антигенов, модифицируют по сравнению с соответствующей областью мРНК дикого типа так, что по меньшей мере один кодон последовательности дикого типа, который кодирует тРНК, которая является относительно редкой в клетке, заменяют на кодон, который кодирует тРНК, которая относительно часто встречается в клетке и "несет" такую же аминокислоту, что и относительно редко встречающаяся тРНК. Посредством такой модификации последовательности по меньшей мере одной мРНК в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении, модифицируют таким образом, чтобы встраивать кодоны, для которых доступны часто встречающиеся тРНК. Другими словами, согласно изобретению с помощью такой модификации все кодоны последовательности дикого типа, которые кодируют тРНК, являющуюся относительно редкой в клетке, в каждом случае можно заменять на кодоны, которые кодируют тРНК, относительно часто встречающуюся в клетке, и которая в каждом случае "несет" такую же аминокислоту, что и относительно редкая тРНК. тРНК, встречающиеся относительно часто в клетке, и наоборот, встречающиеся относительно редко, известны специалистам в данной области, см., например, Akashi, Curr. Opin. Genet. Dev., 11(6), 2001, cc. 660-666. Наиболее предпочтительными являются кодоны, которые применяют для наиболее часто встречающейся тРНК конкретной аминокислоты, например кодон Gly, который использует тРНК, наиболее часто встречающуюся в (человеческой) клетке. Согласно изобретению наиболее предпочтительным является объединение повышения, предпочтительно до максимума, содержания G/C в последовательности модифицированной по меньшей мере одной мРНК в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении, с помощью "часто встречающихся" кодонов без модификации аминокислотой последовательности белка, кодируемого кодирующей областью мРНК. Этот предпочтительный вариант осуществления изобретения позволяет наиболее эффективно транслировать и стабилизировать (модифицированную) по меньшей мере одну
мРНК в композиции предлагаемой в настоящем изобретении. Определение модифицированной по меньшей мере одной мРНК в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении, описанной выше (повышенное содержание G/C; замена тРНК), можно осуществлять с использованием компьютерной программы, описанной в WO 02/098443, содержание которой включено в полном объеме в настоящее изобретение. С использованием указанной компьютерной программы нуклеотидную последовательность любой требуемой мРНК можно модифицировать с помощью генетического кода или его вырожденной природы так, чтобы получать максимальное содержание G/C, в сочетании с применением кодонов, которые кодируют тРНК, встречающуюся по возможности наиболее часто в клетке, аминокислотная последовательность, кодируемая модифицированной по меньшей мере одной мРНК, предпочтительно не является модифицированной по сравнению с немодифицированной последовательностью. В альтернативном варианте можно также модифицировать только содержание G/C или только наиболее часто встречающиеся кодоны по сравнению с исходной последовательностью. Исходный код в Visual Basic 6.0 (используемая операционная среда разработки: Microsoft Visual Studio Enterprise 6.0 с Servicepack 3) также описан в WO 02/098443. В другом предпочтительном варианте осуществления настоящего изобретения содержание A/U в окружении сайта связывания рибосом по меньшей мере одной мРНК в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении, повышают по сравнению с содержанием A/U в окружении сайта связывания рибосом соответствующей ей мРНК дикого типа. Указанная модификация (повышенное содержание A/U вокруг сайта связывания рибосом) повышает эффективность связывания рибосом по меньшей мере с одной мРНК. Эффективность связывания рибосом с сайтом связывания рибосом (последовательность Козака: GCCGCCACCAUGG (SEQ ID NO: 68), AUG образует стартовый кодон) в свою очередь влияет на эффективность трансляции по меньшей мере одной мРНК. Согласно другому варианту осуществления настоящего изобретения по меньшей мере одну мРНК в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении, можно модифицировать в отношении потенциально дестабилизирующих элементов последовательности. В частности, кодирующую область и/или 5'- и/или З'-нетранслируемую область указанной по меньшей мере одной мРНК можно модифицировать по сравнению
с конкретной мРНК дикого типа так, чтобы она не содержала дестабилизирующие элементы последовательности, при этом кодируемую аминокислотную последовательность модифицированной по меньшей мере одной мРНК предпочтительно не изменяют по сравнению с соответствующей последовательностью мРНК дикого типа. Известно, что, например, в последовательностях РНК эукариотических организмов присутствуют дестабилизирующие элементы последовательности (ДЭП), с которыми связываются сигнальные белки и регулируют ферментативное расщепление РНК in vivo. Следовательно, для дополнительной стабилизации по меньшей мере одной модифицированной мРНК можно осуществлять одну или несколько указанных модификаций, необязательно в области, которая кодирует антиген, антигенный белок или антигенный пептид, указанный в настоящем описании, по сравнению с соответствующей областью мРНК дикого типа таким образом, чтобы полностью или в значительной степени удалять дестабилизирующие элементы последовательности. Согласно изобретению с использованием указанных модификаций по меньшей мере из одной мРНК в композиции, предлагаемой в настоящем изобретению, можно также удалять ДЭП, присутствующие в нетранслируемых областях (3'UTR и/или 5'UTR). Указанные дестабилизирующие последовательности представляют собой, например, богатые AU последовательности (AURES), которые присутствуют в областях 3'UTR многочисленных нестабильных РНК (Caput и др., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 83, 1986, cc. 1670-1674). Поэтому по меньшей мере одну мРНК в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении, предпочтительно модифицируют по сравнению с мРНК дикого типа, гак, чтобы по меньшей мере одна мРНК не содержала указанных дестабилизирующих последовательностей. Указанное также относится к тем мотивам последовательностей, которые распознаются возможными эндонуклеазами, например, к последовательности GAACAAG, которая присутствует в сегменте 3'UTR гена, который кодирует рецептор трансферина (Binder и др., EMBO J., 13, 1994, сс. 1969-1980). Указанные мотивы последовательности также предпочтительно удаляют по меньшей мере из одной мРНК в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении.
Согласно изобретению предпочтительно также, чтобы по меньшей мере одна мРНК в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении, включала по меньшей мере одну модифицированную IRES, как указано выше, и/или включала по меньшей мере одну стабилизирующую 5'- и/или 3'-последовательность в модифицированной форме, например, для повышения эффективности связывания с рибосомами или для обеспечения экспрессии различных кодируемых антигенов, локализованных по меньшей мере в одной (би- или даже полицистронной) РНК в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении.
Согласно изобретению по меньшей мере одна мРНК в композиции предпочтительно включает, кроме того, по меньшей мере одну стабилизирующую 5'- и/или 3'-последовательность. Указанные стабилизирующие последовательности в нетранслируемых 5'- и/или З'-областях удлиняют время полужизни по меньшей мере одной мРНК в цитозоле. Указанные стабилизирующие последовательности характеризуются 100% гомологией последовательности с встречающимися в естественных условиях последовательностями, т.е. встречаются в вирусах, бактериях и эукариотических организмах, а также указанные последовательности можно использовать в виде частично или полностью синтетических последовательностей. Примером стабилизирующих последовательностей, которые можно использовать в настоящем изобретении для стабилизации мРНК, являются нетранслируемые последовательности (UTR) гена р-глобина, например, Homo sapiens или Xenopus laevis. Другой пример стабилизирующей последовательности характеризуется общей формулой (C/U)CCANxCCC(U/A)PyxUC(C/U)CC (SEQ ID NO: 69), которая присутствует в 3'UTR чрезвычайно стабильной мРНК, которая кодирует а-глобин, а-коллаген-(1), 15-липоксигеназу или тирозингидроксилазу (см. Holcik и др., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 94, 1997, cc. 2410-2414). Указанные стабилизирующие последовательности, естественно, можно использовать по отдельности или в комбинации друг с другом, а также в комбинации с другими стабилизирующими последовательностями, которые известны специалисту в данной области. Таким образом, по меньшей мере одна мРНК в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении, предпочтительно присутствует в виде мРНК, стабилизированной нетранслируемыми областями (UTR) глобина, прежде
всего, в виде мРНК, стабилизированной UTR а-глобина. Предпочтительно по меньшей мере одна мРНК в композиции содержит стабилизирующую последовательность в 3'UTR, происходящую из центральной, связывающей а-комплекс области 3'UTR гена а-глобина, такого как ген человеческого а-глобина, предпочтительно имеющий SEQ ID NO: 70:
центральная связывающая а-комплекс область 3'UTR гена а-глобина, которую в контексте настоящего описания обозначают также как "muag"):
GCCCGAUGGGCCUCCCAACGGGCCCUCCUCCCCUCCUUGCACCG (SEQ ID NO: 70).
Тем не менее, можно осуществлять замены, добавления или элиминации оснований по меньшей мере в одной мРНК в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении, предпочтительно с использованием матрицы ДНК для получения по меньшей мере одной мРНК в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении, с помощью хорошо известного метода сайтнаправленного мутагенеза или с использованием стратегии лигирования олигонуклеотидов (см., например, Maniatis и др., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 3-е изд., изд-во Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, 2001). В указанном процессе для получения по меньшей мере одной мРНК можно транскрибировать in vitro соответствующую молекулу ДНК. Указанная матрица ДНК предпочтительно включает пригодный промотор, например, промотор Т7 или SP6, для транскрипции in vitro, за которым располагается требуемая нуклеотидная последовательность по меньшей мере одной мРНК, которую требуется получать, и сигнал терминации для транскрипции in vitro. Молекулу ДНК, которая образует матрицу по меньшей мере одной представляющей интерес РНК, получают ферментативной пролиферацией с последующим выделением в качестве части плазмиды, которую можно реплицировать в бактериях. Плазмиды, которые можно упомянуть в качестве пригодных согласно настоящему изобретению, включают, например, плазмиды рТ7Т (код доступа GenBank U26404, Lai и др., Development, 121, 1995, cc. 23492360), плазмиды серий pGEM(r), например, pGEM(r)-l (код доступа GenBank Х65300, фирма Promega) и pSP64 (код доступа GenBank Х65327), см. также Mezei и Storts, Purification of PCR Products, под ред. Griffin и Griffin, PCR Technology, Current Innovation, изд-во CRC Press, Boca Raton, FL, 2001.
По меньшей мере, одну мРНК в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении, можно стабилизировать также путем ассоциации или образования комплексов или связывания по меньшей мере одной мРНК с катионным соединением, прежде всего, с поликатионным соединением, например, с поликатионным пептидом или белком. Прежде всего, эффективным является применение протамина, нуклеолина, спермина или спермидина в качестве связывающегося с нуклеиновой кислотой (мРНК) поликатиошюго белка. Кроме того, аналогичным образом можно использовать другие катионные пептиды или белки, такие как поли-Ь-лизин или гиетоны. Указанная методика стабилизации мРНК описана в ЕР-А-1083232, содержание которой в полном объеме включено в настоящее описание в качестве ссылки. Другие предпочтительные катионные соединения, которые можно использовать для стабилизации мРНК в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении, включают катионные полисахариды, например, хитозан, полибрен, полиэтиленимин (ПЭИ) или поли-L-лизин (ПЛЛ) и т.п. Ассоциация или образование комплексов по меньшей мере одной мРНК в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении, с катионными соединениями, например, с катионными белками или катионными липидами, например, с олигофектамином (в качестве комплексообразователя на основе липида) предпочтительно повышает перенос по меньшей мере одной мРНК, присутствующей в качестве фармацевтического действующего вещества, в клетки, подлежащие обработке, или в организм, нуждающийся в лечении. В данном контексте указанное также относится к стабилизирующему действию комплексообразования в отношении по меньшей мере одной мРНК в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении, что также поддерживает стабилизацию мРНК.
Согласно другому особенно предпочтительному варианту осуществления изобретения по меньшей мере одна мРНК в композиции в дополнительном или в альтернативном варианте может кодировать секреторный сигнальный пептид. Указанные сигнальные пептиды представляют собой (но, не ограничиваясь только ими) последовательности, длина которых обычно составляет приблизительно 15-30 аминокислот, и которые предпочтительно расположены на N-конце кодируемого пептида. Сигнальные пептиды, указанные в настоящем описании, предпочтительно обеспечивают перенос антигена, антигенного белка
или антигенного пептида, кодируемого по меньшей мере одной мРНК, которая входит в композицию, в определенный компартмент клетки, предпочтительно на клеточную поверхность, в эндоплазматический ретикулум (ЭР) или в эндосомальный-липосомальный компартмент. Примеры последовательностей секреторных сигнальных пептидов, указанных в настоящем описании, включают (но, не ограничиваясь только ими), сигнальные последовательности классических или не классических молекул ГКГС (например, сигнальные последовательности молекул ГКГС I и ГКГС И, например, HLA-A*0201 ГКГ класса Т), сигнальные последовательности цитокинов или иммуноглобулинов, указанных в настоящем описании, сигнальные последовательности инвариантной цепи иммуноглобулинов или антител, указанных в настоящем описании, сигнальные последовательности Lampl, тапазина, Егр57, калретикулина, калнексина и других мембранно-ассоциированных белков или белков, ассоциированных с эндоплазматическим ретикулумом (ЭР) или с эндосомальным-лизосомальным компартментом. В настоящем изобретении наиболее предпочтительно можно использовать сигнальные последовательности молекулы HLA-A*0201 ГКГС класса I.
Любую из указанных выше модификаций можно применять в отношении по меньшей мере одной мРНК в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении, и, кроме того, в отношении любой РНК, применяемой в настоящем изобретении, и можно, если это возможно или необходимо, объединять друг с другом в любой комбинации при условии, что указанные комбинации модификаций не оказывают отрицательного действия друг на друга в отношении по меньшей мере одной мРНК. Соответствующий выбор может сделать специалист в данной области.
Согласно предпочтительному варианту осуществления изобретения композиция содержит по меньшей мере одну мРНК, которая модифицирована согласно указанному в настоящем описании, содержащую по меньшей мере одну кодирующую последовательность, которая выбрана из последовательностей РНК, идентичных или идентичных по меньшей мере на 80% РНК-последовательности SEQ ID NO: 3, 6, 9, 12, 15, 18 или 25. Еще более предпочтительно композиция содержит шесть мРНК, при этом кодирующая последовательность каждой мРНК идентична или по меньшей мере на 80%
идентична одной из РНК-иоследовательностей SEQ ID NO: 3, 6, 9, 12, 15, 18 или 25.
В предпочтительном варианте осуществления изобретения каждый из шести антигенов в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении, может кодироваться одной (моноцистронной) мРНК. Другими словами, композиция, предлагаемая в настоящем изобретении, может содержать шесть (моноцистронных) мРНК, при этом каждая из указанных шести (моноцистронных) мРНК может кодировать только один антиген, указанный выше.
В еще более предпочтительном варианте осуществления изобретения композиция содержит шесть мРНК, каждая из которых модифицирована согласно указанному в настоящем описании, при этом одна мРНК кодирует 5Т4, одна мРНК кодирует сурвивин, одна мРНК кодирует NY-ESO-1, одна мРНК кодирует MAGE-C1, одна мРНК кодирует MAGE-C2 и одна мРНК кодирует MUC1 или их фрагменты или варианты соответственно.
В еще более предпочтительном варианте осуществления изобретения композиция содержит шесть мРНК, при этом одна мРНК кодирует 5Т4 и содержит кодирующую последовательность, которая идентична или по меньшей мере на 80% идентична SEQ ID NO: 3, одна мРНК кодирует сурвивин и содержит кодирующую последовательность, которая идентична или по меньшей мере на 80% идентична SEQ ID NO: 6, одна мРНК кодирует NY-ESO-1 и содержит кодирующую последовательность, которая идентична или по меньшей мере на 80% идентична SEQ ID NO: 9, одна мРНК кодирует MAGE-C1 и содержит кодирующую последовательность, которая идентична или по меньшей мере на 80% идентична SEQ ID NO: 12 или 25, одна мРНК кодирует MAGE-C2 и содержит кодирующую последовательность, которая идентична или по меньшей мере на 80% идентична SEQ ID NO: 15, и одна мРНК кодирует MUC1 и содержит кодирующую последовательность, которая идентична или по меньшей мере на 80% идентична SEQ ID N0:18 (или фрагменты или варианты каждой из указанных последовательностей), и необязательно также содержит эксципиенты.
В одном из вариантов осуществления изобретения композиция содержит по меньшей мере одну мРНК, которая идентична или по меньшей мере на 80% идентична РНК-последовательности SEQ ID NO: 1., 4, 7, 10, 13 или 16. Еще более
предпочтительно композиция содержит шесть мРНК, при этом каждая мРНК идентична или по меньшей мере на 80% идентична одной из РНК-последовательностей, представленных в SEQ ID NO: 1. 4, 7, 10, 13 или 16.
В еще более предпочтительном варианте осуществления изобретения композиция содержит шесть мРНК, при этом одна мРНК кодирует 5Т4 и идентична или по меньшей мере на 80% идентична SEQ ID NO: 1, одна мРНК кодирует сурвивин и идентична или по меньшей мере на 80% идентична SEQ ID NO: 4, одна мРНК кодирует NY-ESO-1 и идентична или по меньшей мере на 80% идентична SEQ ID NO: 7, одна мРНК кодирует MAGE-C1 и идентична или по меньшей мере на 80% идентична SEQ ID NO: 10, одна мРНК кодирует MAGE-C2 и идентична или по меньшей мере на 80% идентична SEQ ID NO: 13, и одна мРНК кодирует MUC1 и идентична или по меньшей мере на 80% идентична SEQ ID NO: 16 (или фрагменты или варианты каждой из указанных последовательностей), и необязательно также содержит эксципиенты.
Согласно изобретению по меньшей мере одна мРНК в композициях, описанных выше, содержит гистоновую структуру типа "стебель-петля" в З'иТК-области. Предпочтительно композиция содержит шесть мРНК, причем каждая из мРНК содержит гистоновую структуру типа "стебель-петля", указанную в настоящем описании.
В предпочтительном варианте осуществления изобретения композиция содержит шесть мРНК, при этом одна мРНК кодирует 5Т4 и идентична или по меньшей мере на 80% идентична SEQ ID NO: 19, одна мРНК кодирует сурвивин и идентична или по меньшей мере на 80% идентична SEQ ID NO: 20, одна мРНК кодирует NY-ESO-1 и идентична или по меньшей мере на 80% идентична SEQ ID NO: 21, одна мРНК кодирует MAGE-C1 и идентична или по меньшей мере на 80% идентична SEQ ID NO: 22, одна мРНК кодирует MAGE-C2 и идентична или по меньшей мере на 80% идентична SEQ ID NO: 23, и одна мРНК кодирует MUC1 и идентична или по меньшей мере на 80% идентична SEQ ID NO: 24 (или фрагменты или варианты каждой из указанных последовательностей), и необязательно также содержит эксципиенты.
Согласно другому варианту осуществления изобретения композиция, предлагаемая в изобретении, может содержать адъювант для усиления иммуностимулирующих свойств композиции. В данном контексте адъювант
обозначает любое соединение, которое можно использовать для облегчения введения и доставки композиции, предлагаемой в настоящем изобретении. Кроме того, указанный адъювант может (но, не ограничиваясь только ими) инициировать или усиливать иммунный ответ врожденной иммунной системы, т.е. неспецифический иммунный ответ. Другими словами, после введения композиция, предлагаемая в настоящем изобретении, как правило, инициирует адаптивный иммунный ответ, благодаря наличию по меньшей мере тести антигенов, кодируемых по меньшей мере одной мРНК, содержащейся в композиции, предлагаемой в настоящем изобретении. Кроме того, композиция, предлагаемая в настоящем изобретении, может индуцировать (поддерживающий) врожденный иммунный ответ благодаря добавлению адъюванта, указанного в настоящем описании, в композицию, предлагаемую в настоящем изобретении.
Указанный адъювант можно выбирать из любого известного специалисту в данной области, пригодного в данном случае адъюванта, т.е. адъюванта, поддерживающего индукцию иммунного ответа у млекопитающего. Предпочтительно адъювант выбирают из группы, включающей (но, не ограничиваясь только ими) TDM, MDP, мурамилдипептид, плюроники, раствор квасцов, гидроксид алюминия, ADJUMER (полифосфазен); алюмофосфатный гель; глюканы из водорослей; альгамулин; гель гидроксида алюминия (квасцы); гель гидроксида алюминия с высокой степенью адсорбции белка; гель гидроксида алюминия с низкой вязкостью; AF или SPT (эмульсия, включающая 5% сквалана, 0,2% Твин 80, 1,25% плюроника L121, забуференный фосфатом физиологический раствор, рН 7,4); AVRIDINE(tm) (пропандиамин); BAY R1005(tm) (гидроацетат (М-(2-дезокси-2-Е-лейциламино-Р-Б-глюкопиранозил)-М-октадецилдодеканоиламида); CALCITRIOL(tm) (1а,25-дигидроксивитамин D3); кальцийфосфатный гель; САРТМ (кальцийфосфатные наночастицы); холерный голотоксин; слитый белок холерный токсин-А1 -белок-A-D-фрагмент, субъединицу В холерного токсина; CRL 1005 (блоксополимер Р1205); цитокинсодержащие липосомы; DDA (бромид диметилдиоктадециламмония); DHEA (дегидроэпиандростерон); DMPC (димиристоилфосфатидилхолин); DMPG (димиристоилфосфатидилглицерин); комплекс DOC/квасцы (натриевая соль дезоксихолевой кислоты); полный адъювант Фрейнда; неполный адъювант
Фрейнда; у-инулин; адъювант Гербу (смесь, включающая: I) N-ацетилглюкозаминил-(Р 1 -4)-Ы-ацетилмурамил-Ь-аланил-В-глютамин (GMDP), II) хлорид диметилдиоктадециламмония (DDA), III) комплекс цинковая соль L-пролина (ZnPro-8), GM-CSF); GMDP (Ы-ацетилглюкоз?1Минил-(Р1-4)-Г\[-ацетилмурамил-Ь-аланил-О-изоглютамин); имиквимод (1-(2-метилпропил)-1Н-имидазо[4,5-с]хинолин-4-амин); ImmTher(tm) (дипальмитат N-ацетилглюкозаминил-Ы-ацетилмурамил-Е-А1а-0-изоСт1и-Е-А1а-глицерина); DRV (иммунолипосомы, полученные путем дегидратации-регидратации везикул): интерферон-у; интерлейкин-1 Р; интерлейкин-2; интерлейкин-7; интерлейкин-1 2; ISCOMS(tm); ISCOPREP 7.0.3.(tm); липосомы; LOXORIBINE(tm) (7-аллил-8-оксогуанозин); оральный адъювант LT (лабильный энтеротоксин-протоксин из E.coli); микросферы и микрочастицы любого состава; MF59(tm) (водная эмульсия сквалена); MONTANIDE ISA 51(tm) (очищенный неполный адъювант Фрейнда); MONTANIDE ISA 720(tm) (метаболизируемый масляный адъювант); MPL(tm) (3-Q-дезацил-4'-монофосфорил липид А); липосомы МТР-РЕ и МТР-РЕ (однонатриевая соль (Н-ацетил-Е-аланил-0-изоглютаминил-Ь-аланин-2-(1,2-дипальмитоил-зп-глицеро-3-(гидроксифосфорилокси))этил амида); MURAMETIDE(tm) (Nac-Mur-L-Ala-D-Gln-OCH3); MURAPALMITINE(tm) и D-
MURAPALMITINE(tm) (Мас-Миг-Е-Т11г-В-изо01п-8П-глицериндипальмитоил); NAGO (нейраминидаза-галактозоксидаза); наносферы или наночастицы любого состава; NISV (везикулы из неионогенного поверхностно-активного вещества); PLEURAN(tm) (Р-глюкан); PLGA, PGA и PLA (гомо- и сополимеры молочной кислоты и гликолевой кислоты, микро/наносферы); ПЛЮРОНИК L121(tm), ПММА (полиметилметакрилат); PODDS(tm) (протеиноидные микросферы); производные полиэтиленкарбамата; поли-гА/поли-rU (комплекс полиадениловая кислота/полиуридиловая кислота); полисорбат 80 (Твин 80); белковые кохлеаты (фирма Avanti Polar Lipids, Inc., Алабастер, шт. Алабама), STIMLJLON(tm) (OS-21); Quil-A (сапонин Quil-A); S-28463 (4-аминотекдиметил-2-этоксиметил-1Н-имидазо[4,5-с]хинолин-1-этанол); SAF-1(tm) ("композиция адъювантов фирмы Syntex"); протеолипосомы вируса Сендаи и липидные матрицы, содержащие белки вируса Сендаи; Спан-85 (сорбитантриолеат); Спекол (эмульсия, содержащая Маркол (Marcol) 52, Спан 85 и Твин 85); сквален или Robane(r) (2,6,10,15,19,23-гексаметилтетракозан и 2,6,10,15,19,23-гексаметил
2,6,10,14,18,22-тетракозагексан); стеарилтирозин (гидрохлорид октадецилтирозина), Theramid(r) (Н-ацетилглюкозаминил-М-ацетилмурамил-Ь-А1а-В-изо01и-Ь-А1а-дипальмитоксипропиламид); Theronyl-MDP (Termurtide(tm) или [thr 1J-MDP, М-ацетилмурамил-Е-треонил-Б-изоглютамин); Ту-частицы (частицы Ту-ВПЧ или вирусоподобные частицы); липосомы Уолтера-Рида (липосомы, содержащие липид А, адсорбированный на гидроксиде алюминия) и липопептиды, включая Pam3Cys, прежде всего, соли алюминия, такие как адью-фос (Adju-phos), алгидролгель, регидрогель; эмульсии, включая CFA, SAF, IFA, MF59, провакс, титермакс (TiterMax), монтанид, ваксфектин, сополимеры, включая Optivax (CRL1005), L121, полоксамер 4010 и т.п., липосомы, включая липосомы-невидимки (Stealth), кохлеаты, включая BIORAL; адъюванты растительного происхождения, включая QS21, Quil A, Iscomatrix, ISCOM; адъюванты, пригодные для совместной стимуляции, включая томатин, биополимеры, включая PLG, РММ, инулин; адъюванты микробного происхождения, включая ромуртид, детокс (DETOX), MPL, CWS, маннозу, нуклеотидные последовательности CpG, CpG7909, лиганды TLR 1-10 человека, лиганды TLR 1-13 мыши, ISS-1018, IC31, имидазохинолины, амплиген, Ribi529, IMOxine, IRIV, ВПЧ, холерный токсин, термолабильный токсин, Pam3Cys, флагеллин, GPI (гликозилфосфатидилинозитол)-якорь), LNFPIII/Льюис X, противомикробные пептиды, UC-1V150, слитый белок RSV, cdiGMP, а также адъюванты, пригодные в качестве антагонистов, включая нейропептид CGRP.
Пригодные адъюванты можно выбирать также из катионных или поликатионных соединений, при этом адъювант предпочтительно получают путем образования комплексов по меньшей мере одной мРНК, которая входит в композицию, предлагаемой в настоящем изобретению, с катионным или поликатионным соединением. Ассоциация или образование комплексов по меньше мере одной мРНК, которая входит в композицию, с катионными или поликатионными соединениями, указанными в настоящем описании, предпочтительно придает по меньшей мере одной мРНК в композиции свойства адъюванта и оказывает стабилизирующее действие на мРНК в композиции. Прежде всего, предпочтительные катионные или поликатионные соединения выбирают из катионных или поликатионных пептидов или белков, включая протамин, нуклеолин, спермин или спермидин, или других катионных пептидов
или белков, таких как поли-Ь-лизин (ПЛЛ), полиаргинин, основные полипетиды, проникающие в клетки пептиды (ПКП), включая ВИЧ-связывающие пептиды, Tat, ВИЧ-1 Tat (ВИЧ), полученные из Tat пептиды, пенетратин, полученные из VP22 пептиды или аналогичные пептиды, VP22 HSV (вирус герпеса простого), MAP, KALA или домены белковой трансдукции (PTD), РрТ620, богатые пролином пептиды, богатые аргинином пептиды, богатые лизином пептиды, МРО-пептид(ы), Рер-1, L-олигомеры, пептид(ы) кальцитонина, пептиды, полученные из Antennapedia (прежде всего, из Drosophila antennapedia), pAntp, plsl, FGF, лактоферрин, транспортан, буфорин-2, Вас715-24, SynB, SynB(l), pVEC, полученные из СТ пептиды, SAP, протамин, спермин, спермидин или гистоны. Кроме того, предпочтительные катионные или поликатионные соединения включают катионные полисахариды, например, хитозан, полибрен, катионные полимеры, например, полиэтиленимин (ПЭИ), катионные липиды, например, DOTMA: хлорид [1-(2,3-сиолеилокси)прош1л)]-К,Г,'1,1Ч-триметиламмония, DMRIE, ди-С14-амидин, DOTIM, SAINT, DC-Choi, BGTC, СТАР, DOPC, DODAP, DOPE: диолеилфосфатидилэтаноламин, DOSPA, DODAB, DOIC, DMEPC, DOGS: диоктадециламидоглицилспермин, DIMRI: бромид димиристооксипропилдиметилгидроксиэтиламмония, D ОТ АР: диолеоилокси-3 -(триметиламмоний)пропан, DC-6-14: хлорид 0,0-дитетрадеканоил-Ы-(а-триметиламмонийацетил)диэтаноламина, CLIP1: хлорид рац[(2,3-диоктадецилоксипропил)(2-гидроксиэтил)]диметиламмония, CLIP6: рац[2(2,3-дигексадецилоксипропилоксиметилокси)этил]триметиламмоний, CLIP9: /7й//[2(2,3-дигексадецилоксипропилоксисукцинилокси)этил]триметиламмоний, олигофектамин, или катионные или поликатионные полимеры, например, модифицированные полиаминокислоты, такие как полимеры Р-аминокислот или обращенные полиамиды и т.п., модифицированные полиэтилены, такие как ПВП (поли(Ы-этил-4-винилпириднийбромид)) и т.п., модифицированные акрилаты. такие как пДМАЭМА (поли(диметиламиноэтилметилакрилат)) и т.п., модифицированные амидоамины, такие как пАМАМ (поли(амидоамин)) и т.п., модифицированные сложные поли-Р-аминоэфиры (ПБАЭ), такие как модифицированные в диаминоконцевом фрагменте сополимеры 1,4-бутандиолдиакрилата и 5-амино-1-пентанола и т.п., дендримеры, такие как дендримеры полипропиламина или дендримеры на основе пАМАМ и т.п.,
полиимин(ы), такие как полиэтиленимин (ПЭИ), полипропиленимин и т.п., полиаллиламин, полимеры на основе сахарного каркаса, такие как полимеры на основе циклодекстрина, полимеры на основе декстрана, хитозан и т.п., силановые полимеры, такие как сополимеры PMOXA-PDMS и т.п., блокполимеры, включающие комбинацию одного или более катионных блоков (например, выбранных из катионных полимеров, указанных выше) и одного или нескольких гидрофильных или гидрофобных блоков (таких, например, как полиэтиленгликоль) и т.п.
Кроме того, предпочтительные катионные или поликатионные белки или пептиды, которые можно использовать в качестве адъюванта посредством образования комплексов по меньшей мере с одной мРНК, входящей в композицию, можно выбирать из следующих белков или пептидов общей формулы (III): (Arg)i,(Lys)m,(His)n,(Orn)0,(Xaa)x, где l+m+n+o+x=8-l 5, а 1, m, п или о каждый независимо друг от друга может обозначать любое число, выбранное из 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 или 15, при условии, что общее содержание Arg, Lys, His и Orn составляет по меньшей мере 50% в пересчете на все аминокислоты олигопептида, а Хаа может обозначать любую аминокислоту, выбранную из нативных (встречающихся в естественных условиях) или ненативных аминокислот, за исключением Arg, Lys, His или Orn, и х может обозначать любое число, выбранное из 0, 1, 2, 3 или 4, при условии, что общее содержание Хаа не превышает 50% в пересчете на все аминокислоты олигопептида. В этом контексте наиболее предпочтительными олигопептидами аргинина являются, например, Arg7, Args, Arg9, Arg7, H3R9, R9H3, H3R9H3, YSSR9SSY, (RKH)4, Y(RKH)2R и т.п.
Соотношение мРНК и катионного или поликатионного соединения в адъювантном компоненте можно рассчитывать на основе отношения азота/фосфата (N/P-отношение) всего содержащего мРНК комплекса, т.е. отношение положительно заряженных атомов (азот) катионного или поликатионного соединения и отрицательно заряженных атомов фосфата нуклеиновых кислот. Например, 1 мкг РНК, как правило, содержит примерно 3 нмоля остатков фосфата, при условии, что для РНК характерно статистическое распределение оснований. Кроме того, 1 мкг пептида, как правило, содержит примерно х нмолей остатков азота в зависимости от молекулярной массы и
количества основных аминокислот. Например, при расчете для (Arg)9 (молекулярная масса 1424 г/моль, 9 атомов азота) 1 MK:r(Arg)9 содержит примерно 700 пмолей (Arg)9 и, таким образом, 700 х 9=6300 пмолей основных аминокислот = 6,3 нмоля атомов азота. Для массового соотношения PHK/(Arg)9, составляющего примерно 1:1, можно рассчитать, что отношение N/P составляет примерно 2. Например, при расчете для протамина (молекулярная масса примерно 4250 г/моль, 21 атом азота, когда применяют протамин лосося) с массовым соотношением примерно 2:1 и 2 мкг РНК, можно рассчитать наличие в РНК 6 нмолей фосфата; 1 мкг протамина содержит примерно 235 пмолей молекул протамина и, таким образом, 235 х 21 = 4935 пмолей основных атомов азота = 4,9 нмоля атомов азота. Для массового соотношения РНК/протамин, составляющего примерно 2:1, можно рассчитать, что отношение N/P составляет примерно 0,81. Для массового соотношения РНК/протамин, составляющего примерно 8:1, можно рассчитать, что отношение N/P составляет примерно 0,2. В контексте настоящего изобретения отношение N/P предпочтительно находится в диапазоне примерно 0,1-10, предпочтительно в диапазоне примерно 0,3-4 и наиболее предпочтительно в диапазоне примерно 0,5-2 или 0,7-2, в зависимости от отношения РНК:пептид в комплексе, и наиболее предпочтительно в диапазоне примерно 0,7-1,5.
В предпочтительном варианте осуществления изобретения композицию получают с использованием двух отдельных стадий для достижения, как эффективного иммуностимулирующего действия, так и эффективной трансляции по меньшей мере одной мРНК, предлагаемой в изобретении. При этом получают так называемый "адъювантный компонент" путем образования комплекса - на первой стадии - по меньшей мере одной мРНК адъювантного компонента с катионным или поликатионным соединением в специфическом соотношении для формирования стабильного комплекса. В этом контексте важно, чтобы в адъювантном компоненте отсутствовало или сохранялось лишь в ничтожно малых количествах свободное катионное или поликатионное соединение после образования комплекса с мРНК. Таким образом, отношение мРНК и катионного или поликатионного соединения в адъювантном компоненте, как правило, выбирают в таком диапазоне, чтобы в композиции мРНК полностью была включена в комплекс и отсутствовало или сохранялось лишь в ничтожно малых
количествах свободное катионное или поликатионное соединение. Предпочтительно отношение в адъювантном компоненте, т.е. отношение мРНК и катионного или поликатионного соединения, выбирают из диапазона, составляющего примерно 6:1 (мае./мае.) до примерно 0,25:1 (мае./мае), более предпочтительно от примерно 5:1 (мае./мае.) до примерно 0,5:1 (мае./мае), еще более предпочтительно от примерно 4:1 (мас./мас.) до примерно 1:1 (мае./мае.) или от примерно 3:1 (мас./мас.) до примерно 1:1 (мас./мас.) и наиболее предпочтительно от примерно 3:1 (мас./мас.) до примерно 2:1 (мас./мас).
Согласно предпочтительному варианту осуществления изобретения по меньшей мере одну мРНК, кодирующую антигены, предлагаемые в изобретении, добавляют на второй стадии к входящей в комплекс мРНК адъювантного компонента для получения (иммуностимулирующей) композиции, предлагаемой в изобретении. При этом по меньшей мере одну мРНК, предлагаемую в изобретении, добавляют в виде свободной мРНК, т.е. мРНК, которая не входит в комплекс с другими соединениями. Перед добавлением по меньшей мере одну свободную мРНК не включают в комплекс и предпочтительно после добавления адъювантного компонента она не должна подвергаться какой-либо поддающейся обнаружению или существенной реакции комплексообразования. Это является следствием сильного связывания катионного или поликатионного соединения с указанной выше по меньшей мере одной мРНК в адъювантном компоненте. Другими словами, когда по меньшей мере одну свободную мРНК, кодирующую по меньшей мере один из антигенов, предлагаемых в изобретении, добавляют к "адъювантному компоненту", то предпочтительно в нем отсутствует соединение, которое может образовывать комплекс по меньшей мере с одной свободной мРНК. Таким образом, становится возможной эффективная трансляция in vivo по меньшей мере одной свободной мРНК в композиции, предлагаемой в изобретении. При этом по меньшей мере одна свободная мРНК может присутствовать в виде моно-, би- или полицистронной мРНК, т.е. РНК, которая несет кодирующие последовательности одного или нескольких белков. Указанные кодирующие последовательности в би- или даже полицистроннной мРНК могут разделяться по меньшей мере одной IRES-последовательностью, например, представленной в настоящем описании.
В наиболее предпочтительном варианте осуществления изобретения по меньшей мере одна свободная мРНК, которая входит в предлагаемую в изобретении композицию, может быть такой же или отличаться от по меньшей мере одной мРНК адъювантного компонента предлагаемой в изобретении композиции, в зависимости от конкретных требований к терапии. Еще более предпочтительно по меньшей мере одна свободная мРНК, которая входит в предлагаемую в изобретении композицию, идентична по меньшей мере одной РНК адъювантного компонента в предлагаемой в изобретении композиции.
В наиболее предпочтительном варианте осуществления изобретения композиция содержит по меньшей мере одну мРНК, где по меньшей мере одна мРНК кодирует указанные выше антигены и где указанная мРНК присутствует в композиции частично в виде свободной мРНК и частично в виде входящей в комплекс мРНК. Предпочтительно по меньшей мере одна мРНК, кодирующая один или несколько антигенов, указанных выше, входит к описанный выше комплекс, и такую же по меньшей мере одну мРНК затем добавляют в виде свободной РНК, при этом предпочтительно соединение, которое применяют для образования комплекса с мРНК, не присутствует в свободной форме в композиции в момент добавления компонента в виде свободной мРНК.
Отношение первого компонента (т.е. адъювантного компонента, содержащего или состоящего по меньшей мере из одной мРНК в комплексе с катионным или поликатионным соединением) ко второму компоненту (т.е. по меньшей мере одной свободной мРНК) в предлагаемой в изобретении композиции можно выбрать в зависимости от специфических требований к конкретной терапии. Как правило, отношение мРНК в адъювантном компоненте к по меньшей мере одной свободной мРНК (мРНК в адъювантном компоненте: свободная мРНК) в предлагаемой в изобретении композиции выбирают таким образом, чтобы вызывать выраженную стимуляцию врожденной иммунной системы с помощью адъювантного компонента. Не зависимо от этого отношение выбирают таким образом, чтобы можно было получать значительное количество по меньшей мере одной свободной мРНК in vivo, обеспечивающее эффективную трансляцию и концентрацию экспрессируемого белка in vivo, например, шести указанных выше антигенов и т.п. Предпочтительно отношение мРНК в адъювантном компоненте: свободная мРНК в предлагаемой в изобретении
композиции выбирают из диапазона, составляющего от примерно 5:1 (мас./мас.) до примерно 1:10 (мас./мас), более предпочтительно от примерно 4:1 (мас./мас.) до примерно 1:8 (мас./мас), еще более предпочтительно из диапазона, составляющего от примерно 3:1 (мас./мас.) до примерно 1:5 (мас./мас.) или 1:3 (мас./мас), и наиболее предпочтительно отношение мРНК в адъювантном компоненте: свободная мРНК в предлагаемой в изобретении композиции выбирают из отношения, составляющего примерно 1:1 (мас./мас).
В дополнительном или альтернативном варианте отношение первого компонента (т.е. адъювантного компонента, содержащего или состоящего по меньшей мере из одной мРНК, входящей в комплекс с катионным или поликатионным соединением) и второго компонента (т.е. по меньшей мере одной свободной мРНК) можно рассчитывать на основе отношения азота/фосфата (N/P-отношение) всего комплекса мРНК. В контексте настоящего изобретения N/P-отношение предпочтительно находится в диапазоне, составляющем примерно 0,1-10, предпочтительно в диапазоне, составляющем примерно 0,3-4, и наиболее предпочтительно в диапазоне, составляющем примерно 0,5-2 или 0,7-2, касательно отношения мРНК:пептид в комплексе, и наиболее предпочтительно в диапазоне, составляющем примерно 0,7-1,5.
В дополнительном или альтернативном варианте отношение первого компонента (т.е. адъювантного компонента, содержащего или состоящего по меньшей мере из одной мРНК, входящей в комплекс с катионным или поликатионным соединением) и второго компонента (т.е. по меньшей мере одной свободной мРНК) в предлагаемой в изобретении композиции можно выбирать также на основе молярного отношения обеих мРНК относительно друг друга, т.е. мРНК в адъювантном компоненте, образующей комплекс с катионным или поликатионным соединением, к по меньшей мере одной свободной мРНК второго компонента. Как правило, молярное отношение мРНК адъювантного компонента к по меньшей мере одной свободной мРНК второго компонента можно выбирать так, чтобы молярное отношение удовлетворяло указанным выше требованиям к массовым (мас./мас.) отношениям и/или отношениям N/P. Более предпочтительно молярное отношение мРНК адъювантного компонента к по меньшей мере одной свободной мРНК второго компонента можно выбирать, например, из молярных отношений, составляющих примерно 0,001:1, 0,01:1,
0,1:1, 0,2:1, 0,3:1, 0,4:1, 0,5:1, 0,6:1, 0,7:1, 0,8:1, 0,9:1, 1:1, 1:0,9, 1:0,8, 1:0,7, 1:0,6, 1:0,5, 1:0,4, 1:0,3, 1:0,2, 1:0,1, 1:0,01, 1:0,001 и т.д., или из любого диапазона, образованного любыми двумя из вышеуказанных величин, например, диапазона, выбранного из следующих диапазонов: примерно от 0,001:1 до 1:0,001, включая диапазоны примерно от 0,01:1 до 1:0,001, от 0,1:1 до 1:0,001, от 0,2:1 до 1:0,001, от 0,3:1 до 1:0,001, от 0,4:1 до 1:0,001, от 0,5:1 до 1:0,001, от 0,6:1 до 1:0,001, от 0,7:1 до 1:0.001, от 0,8:1 до 1:0,001, от 0,9:1 до 1:0,001, от 1:1 до 1:0,001, от 1:0,9 до 1:0,001, от 1:0,8 до 1:0,001. от 1:0,7 до 1:0,001, от 1:0,6 до 1:0,001, от 1:0,5 до 1:0,001, от 1:0,4 до 1:0,001, от 1:0,3 до 1:0,001, от 1:0,2 до 1:0,001, от 1:0,1 до 1:0,001, от 1:0,01 до 1:0,001, или диапазонов примерно от 0,01:1 до 1:0,01, от 0,1:1 до 1:0,01, от 0,2:1 до 1:0,01, от 0,3:1 до 1:0,01, от 0,4:1 до 1:0,01, от 0,5:1 до 1:0,01, от 0,6:1 до 1:0,01, от 0,7:1 до 1:0,01, от 0.8:1 до 1:0,01, от 0,9:1 до 1:0,01, от 1:1 до 1:0,01, от 1:0,9 до 1:0,01, от 1:0,8 до 1:0,01, от 1:0,7 до 1:0,01, от 1:0,6 до 1:0,01, от 1:0,5 до 1:0,01, от 1:0,4 до 1:0,01, от 1:0,3 до 1:0,01, от 1:0,2 до 1:0,01, от 1:0,1 до 1:0,01, от 1:0,01 до 1:0,01, включая диапазоны примерно от 0,001:1 до 1:0,01, от 0,001:1 до 1:0,1, от 0,001:1 до 1:0,2, от 0,001:1 до 1:0,3, от 0,001:1 до 1:0,4, от 0,001:1 до 1:0,5, от 0,001:1 до 1:0,6, от 0,001:1 до 1:0,7, от 0,001:1 до 1:0,8, от 0,001:1 до 1:0,9, от 0,001:1 до 1:1, от 0,001 до 0,9:1, от 0,001 до 0,8:1, от 0,001 до 0,7:1, от 0,001 до 0,6:1, от 0,001 до 0,5:1, от 0,001 до 0,4:1, от 0,001 до 0,3:1, от 0,001 до 0,2:1, от 0,001 до 0,1:1, или диапазоны примерно от 0,01:1 до 1:0,01, от 0,01:1 до 1:0,1, от 0,01:1 до 1:0,2, от 0,01:1 до 1:0,3, от 0,01:1 до 1:0,4, от 0,01:1 до 1:0,5, от 0,01:1 до 1:0,6, от 0,01:1 до 1:0,7, от 0,01:1 до 1:0,8, от 0,01:1 до 1:0,9, от 0,01:1 до 1:1, 0,001 до 0,9:1, от 0,001 до 0,8:1, от 0,001 до 0,7:1, от 0, 001 до 0,6:1, от 0,001 до 0,5:1, от 0,001 до 0,4:1, от 0,001 до 0,3:1, от 0,001 до 0,2:1, от 0,001 до 0,1:1 и т.д.
Еще более предпочтительно молярное отношение мРНК адъювантного компонента к по меньшей мере одной свободной мРНК второго компонента можно выбирать из отношения примерно от 0,01:1 до 1:0,01. Наиболее предпочтительно молярное отношение мРНК адъювантного компонента к по меньшей мере одной свободной мРНК второго компонента можно выбирать, например, из молярного отношения, составляющего примерно 1:1. Можно применять любое из указанных выше определений касательно массового (мас./мас.) отношения и/или отношения N/P.
Приемлемые адъюванты можно выбирать также из нуклеиновых кислот, имеющих формулу (IV): GiXmGn, в которой: G обозначает гуанозин, урацил или аналог гуанозина или урацила; X обозначает гуанозин, урацил, аденозин, тимидин, цитозин или аналог вышеуказанных нуклеотидов; 1 обозначает целое число от 1 до 40, при этом, когда 1 = 1, то G представляет собой гуанозин или его аналог, когда 1 > 1, то по меньшей мере 50% нуклеотидов представляют собой гуанозин или его аналог; m обозначает целое число и обозначает по меньшей мере 3; при этом, когда m = 3, то X представляет собой урацил или его аналог, когда m > 3, то по присутствуют меньшей мере 3 последовательно расположенных урацилов или аналогов урацила; п обозначает целое число от 1 до 40, при этом, когда n = 1, то G представляет собой гуанозин или его аналог, когда n > 1, то по меньшей мере 50% нуклеотидов представляет собой гуанозин или его аналог.
Другие приемлемые адъюванты можно выбирать также из нуклеиновых кислот, имеющих формулу (V): CiXmCn, в которой: С обозначает цитозин, урацил или аналог цитозина или урацила; X обозначает гуанозин, урацил, аденозин, тимидин, цитозин или аналог вышеуказанных нуклеотидов; 1 обозначает целое число от 1 до 40, при этом, когда 1 = 1, то С представляет собой цитозин или его аналог, когда 1 > 1, то по меньшей мере 50% нуклеотидов представляют собой цитозин или его аналог; m обозначает целое число и обозначает по меньшей мере 3; когда m = 3, X представляет собой урацил или его аналог, когда m > 3, то присутствуют по меньшей мере 3 последовательно расположенных урацила или аналогов урацила; п обозначает целое число от 1 до 40, при этом, когда n = 1, то С представляет собой цитозин или его аналог, когда n > 1, то по меньшей мере 50% нуклеотидов представляют собой цитозин или его аналог.
Еще одним объектом настоящего изобретения может служить вакцина, основой которой является по меньшей мере одна мРНК, предпочтительно по меньшей мере одна из шести различных видов мРНК, кодирующих по меньшей указанные выше антигены 5Т4, сурвивин, NY-ESO-1, MAGE-C1, MAGE-C2 и MUC-1. Таким образом, основой предлагаемой в изобретении вакцины являются те же самые компоненты, что и в композиции, описанной выше. В такой же степени это можно отнести к представленным выше понятиям, относящимся к
предлагаемой в изобретении композиции. Однако предлагаемая в изобретении вакцина может находиться в физически другой форме и ее можно вводить с использованием других стадий введения. Предлагаемая в изобретении вакцина может соответствовать предлагаемой в изобретении композиция, если представляющие собой мРНК компоненты находятся в виде одной индивидуальной композиции. Однако предлагаемая в изобретении вакцина может находиться, например, в виде физически отдельных форм. Например, виды мРНК можно включать в две различные композиции, каждая из которых может содержать по меньшей мере один из видов мРНК (например, три различных вида мРНК), кодирующих три различных антигена, которые можно объединять или можно не объединять. Кроме того, предлагаемая в изобретении вакцина может представлять собой комбинацию трех различных композиций, при этом каждая композиция содержит по меньшей мере одну мРНК, которая кодирует два из указанных выше шести антигенов. Или вакцина может представлять собой комбинацию по меньшей мере одной мРНК, предпочтительно шести мРНК, каждая из которых кодирует один из указанных выше шести антигенов. Вакцину можно объединять с получением одной индивидуальной композиции перед ее применением или можно использовать таким путем, при котором требуется осуществлять более одной обработки для введения различных видов мРНК, которые кодируют шесть указанных видов антигенов. Если вакцина содержит по меньшей мере одну молекулу мРНК, как правило, по меньшей мере две молекулы мРНК, которые кодируют указанные выше шесть антигенов, то ее можно, например, применять с использованием одного индивидуального введения (объединяющего все виды мРНК), с использованием двух различных введений (например, при каждой обработке осуществляют введение молекул мРНК, которые кодируют три из указанных выше шести антигенов), трех, четырех, пяти или шести введений (в случае, когда все виды мРНК кодируют один из указанных выше шести антигенов, и они являются физически разделенными). Таким образом, под вакциной, предлагаемой в настоящем изобретении, подразумевают любую комбинацию моно-, би- или полицистронных мРНК, кодирующих указанные выше шесть антигенов (и необязательно дополнительные антигены), в виде отдельных субстанций (содержащих один из видов мРНК) или в виде объединенной
субстанции (содержащей более одного из видов мРНК). Таким образом, в конкретном предпочтительном варианте вакцины, предлагаемой в изобретении, каждый из антигенов, предлагаемых в изобретении, кодируется индивидуальной (моноцистронной) мРНК, которую вводят отдельно от других.
Также как в случае композиции, предлагаемой в настоящем изобретении, компоненты вакцины могут находиться в жидкой или сухой (лиофилизированной) форме. Они могут содержать дополнительные компоненты, прежде всего дополнительные компоненты, способствующие ее фармацевтическому применению. Предлагаемая в изобретении вакцина или предлагаемая в изобретении композиция может содержать дополнительно, например, фармацевтически приемлемый носитель и/или дополнительные вспомогательные субстанции и добавки и/или адъюванты.
Предлагаемая в изобретении вакцина или композиция, как правило, содержит в "безопасном и эффективном количестве" по меньшей мере одну мРНК указанной выше композиции, которая кодирует указанные выше антигены. В контексте настоящего описания под "безопасным и эффективным количеством" предпочтительно подразумевается количество по меньшей мере одной мРНК композиции или вакцины, указанной выше, которое является достаточным для оказания значительного положительного действия на состояния, подлежащие лечению, при раке легких, предпочтительно немелкоклеточном раке легких (NSCLC), более предпочтительно на состояния при трех основных подтипах NSCLC, включая (но, не ограничиваясь только ими) плоскоклеточную карциному легких, аденокарциному и крупноклеточную карциному легких. Однако в то же время "безопасное и эффективное количество" является достаточно небольшим, чтобы избегать серьезных побочных действий, другими словами, обеспечивать разумное соотношение между преимуществом и риском. Определение этих пределов, как правило, находится в компетенции осуществляющего лечение врача. Касательно предлагаемой в изобретении вакцины или композиции понятие "безопасное и эффективное количество" предпочтительно означает количество мРНК (и, как следствие, кодируемых антигенов), которое можно применять для стимуляции приобретенного иммунитета и при этом не должны развиваться избыточные или повреждающие иммунные ответные реакции, но предпочтительно указанные
ответные реакции не должны быть ниже поддающегося измерению уровня. Кроме того, такое "безопасное и эффективное количество" по меньшей мере одной мРНК, входящей в состав композиции или вакцины, указанной выше, можно выбрать в зависимости от типа мРНК, например, в зависимости от использования моноцистронной, би- или даже полицистронной мРНК, так как би- или даже полицистронная мРНК вызывает более эффективную экспрессию кодируемого(ых) антигена(ов) по сравнению с таким же количеством моноцистронной мРНК. Более того, понятие "безопасное и эффективное количество" по меньшей мере одной мРНК в составе композиции или вакцины, описанной выше, может изменяться в зависимости от конкретного состояния, подлежащего лечению, а также от возраста и физического состояния пациента, нуждающегося в лечении, от тяжести состояния, продолжительности лечения, конкретного фармацевтически приемлемого носителя и аналогичных факторов, которые находятся в компетенции лечащего врача. Вакцину или композицию, предлагаемую в изобретении, можно применять в медицине и в ветеринарии в виде фармацевтической композиции и в виде вакцины.
В предпочтительном варианте осуществления изобретения по меньшей мере одна мРНК в композиции, вакцине или состоящем из компонентов наборе, предлагаемом в изобретении, находится в лиофилизированной форме. Предпочтительно по меньшей мере одну лиофизированную мРНК перед введением восстанавливают в приемлемом буфере, предпочтительно на основе водного носителя, например, в лактированном растворе Рингера, который является предпочтительным, растворе Рингера, забуфференном фосфатом растворе. В предпочтительном варианте осуществления изобретения композиция, вакцина или набор компонентов, предлагаемая/предлагаемый в изобретении, содержит шесть мРНК, которые присутствуют по отдельности в лиофилизированной форме (необязательно в сочетании по меньшей мере с одной дополнительной добавкой) и которые предпочтительно перед применением восстанавливают по отдельности в приемлемом буфере (таком как лактированный раствор Рингера), что позволяет осуществлять индивидуальное введение каждой из шести (моноцистронных) мРНК.
Вакцина или композиция, предлагаемая в изобретении, как правило, может содержать фармацевтически приемлемый носитель. В контексте настоящего
описания понятие "фармацевтически приемлемый носитель" предпочтительно обозначает жидкие или нежидкие основы для предлагаемой в изобретении вакцины. Если вакцина, предлагаемая в изобретении, представлена в жидкой форме, носителем обычно является вода, как правило, апирогенная вода; изотонические солевые или забуфференные (водные) растворы, например фосфатные, цитратные буферные растворы и т.д. Предпочтительно для инъекции предлагаемой в изобретении вакцины, прежде всего, используют воду или предпочтительно буферный раствор, более предпочтительно водный буфер, содержащий соль натрия, предпочтительно по меньшей мере 50мМ соль натрия, соль кальция, предпочтительно по меньшей мере 0,01мМ соль кальция, и необязательно соль калия, предпочтительно по меньшей мере ЗмМ соль калия. Согласно предпочтительному варианту осуществления изобретения в качестве солей натрия, кальция и необязательно калия используют галогениды, например хлориды, иодиды или бромиды, гидроксиды, карбонаты, гидрокарбонаты или сульфаты указанных металлов и т.д. Примеры солей (но, не ограничиваясь только ими) включают, например, NaCl, Nal, NaBr, ЫагСОз, NaHC03, Na2SC> 4, примеры необязательных солей калия включают, например, КС1, KI, КВг, К2СО3, КНСО3, K2SO4, и примеры солей кальция включают, например, СаСгг, Са12, СаВгг, СаСОз, CaS04, Са(ОН)2. Кроме того, буфер может содержать органические соли указанных выше катионов. Согласно более предпочтительному варианту осуществления изобретения буфер, пригодный для указанных выше инъекций, может содержать соли, выбранные из хлорида натрия (NaCl), хлорида кальция (СаОг) и необязательно хлорида калия (КО), при этом могут присутствовать также другие анионы, отличные от хлоридов. СаС12 можно заменять на другую соль, например КС1. Как правило, соли в составе буфера для инъекций присутствуют в следующей концентрации: по меньшей мере 50мМ хлорид натрия (NaCl), по меньшей мере ЗмМ хлорид калия (КС1) и по меньшей мере 0,01мМ хлорид кальция (СаС1г). Буфер для инъекций может представлять собой гипертонический, изотонический или гипотонический раствор по отношению к конкретной применяемой для сравнения среде, т.е. буфер может иметь повышенное, аналогичное или пониженное количество соли по отношению к конкретной применяемой для сравнения среде, при этом
предпочтительно использовать такие концентрации указанных выше солей, которые не приводят к повреждению клеток за счет осмоса или других концентрационных эффектов. В качестве конкретной применяемой для сравнения среды можно рассматривать, например, жидкости, используемые в методах "ш v/vo", такие как кровь, лимфа, цитозоль и другие физиологические жидкости, или, например, жидкости, которые можно использовать в методах "ш vitro", такие как стандартные буферы или жидкости. Указанные стандартные буферы или жидкости известны специалисту в данной области. Наиболее предпочтительной жидкой основой является лактированный раствор Рингера.
Однако можно использовать также один или несколько совместимых твердых или жидких наполнителей или разбавителей или капсулирующих соединений, пригодных для введения индивидууму. Понятие "совместимые" в контексте настоящего описании означает, что компоненты предлагаемой в изобретении вакцины можно смешивать по меньшей мере с одной мРНК из композиции, кодирующей по меньшей мере шесть антигенов, описанных выше, и при этом не происходит каких-либо взаимодействий между указанными компонентами, значительно снижающих фармацевтическую эффективность вакцины, предлагаемой в изобретении, в стандартных условиях применения. Фармацевтически приемлемые носители, наполнители или разбавители, естественно, должны характеризоваться достаточно высокой степенью чистоты и достаточно низкой токсичностью, т.е. являться приемлемыми для введения индивидууму, который нуждается в лечении. Некоторые примеры соединений, которые можно использовать в качестве фармацевтически приемлемых носителей, наполнителей или компонентов, включают сахара, такие, например, как лактоза, глюкоза и сахароза; крахмалы, такие, например, как кукурузный крахмал или картофельный крахмал; декстрозу; целлюлозу и ее производные, такие, например, как натриевая соль карбоксиметилцеллюлозы, этилцеллюлоза. ацетат целлюлозы; порошкообразную трагантовую камедь; солод; желатин; твердые жиры; твердые обеспечивающие скольжение вещества, такие, например, как стеариновая кислота, стеарат магния; сульфат кальция; растительные масла, такие, например, как арахисовое масло, хлопковое масло, кунжутное масло, оливковое масло, кукурузное масло и масло ши (каритэ); полиолы, такие,
например, как полипропиленгликоль, глицерин, сорбит, манит и полиэтиленгликоль; альгиновую кислоту.
В целом, выбор фармацевтически приемлемого носителя определяется путем введения вакцины, предлагаемой в изобретении. Вакцину, предлагаемую в изобретении, можно вводить, например, системно или местно. Пути системного введения, как правило, включают, например, чрескожный, оральный, парентеральный путь введения, включая подкожные, внутривенные, внутримышечные, внутриартериальные, внутрикожные и внутрибрюшинные инъекции и/или интраназальные пути введения. Пути местного применения, как правило, включают, например, местное нанесение, но также внутрикожные, чрескожные, подкожные или внутримышечные инъекции или инъекции, вводимые непосредственно в область поражения, внутричерепные, внутрилегочные, внутрисердечные и подъязычные инъекции. Более предпочтительно вакцины можно вводить внутрикожно, подкожно или внутримышечно, предпочтительно путем инъекции, которая может представлять собой безыгольную и/или игольную инъекцию. Таким образом, композиции/вакцины предпочтительно приготавливают в виде жидкой или твердой формы. Пригодное количество вводимой вакцины, предлагаемой в изобретении, можно определить в стандартных экспериментах на созданных на животных моделях. Указанные модели включают (но, не ограничиваясь только ими) модели, созданные на кроликах, овцах, мышах, крысах, собаках и приматах кроме человека. Предпочтительные стандартные лекарственные формы для инъекций включают стерильные водные растворы, физиологический раствор или их смеси. Значение рН указанных растворов следует регулировать до приблизительно 7,4. Пригодные носители для инъекций включают гидрогели, устройства для контролируемого или замедленного высвобождения, полимолочную кислоту и коллагеновые матрицы. Пригодные фармацевтически приемлемые носители для местного применения включают носители, пригодные для применения в составе лосьонов, кремов, гелей и т.п. Если вакцину, предлагаемую в изобретении, вводят оральным путем, то предпочтительными стандартными лекарственными формами являются таблетки, капсулы и т.п. Из существующего уровня техники известны фармацевтически приемлемые носители для получения стандартных лекарственных форм, которые можно
применять для орального введения. Выбор указанных носителей зависит от вторичных факторов, таких как вкус, стоимость и стабильность при хранении, и такие носители может без усилий выбирать специалист в данной области, и они не являются решающими для целей настоящего изобретения.
Предлагаемая в изобретении вакцина или композиция может содержать также одно или несколько вспомогательных веществ, предназначенных для повышения иммуногсшюсти. При этом предпочтительно достигается синергетическое действие по меньшей мере одной укггзанной выше мРНК, входящей в композицию или вакцину, и вспомогательного вещества, которое необязательно также включено в состав (или не включено в состав) указанной выше вакцины или композиции, предлагаемой в изобретении. В зависимости от типа используемых вспомогательных веществ можно рассматривать различные механизмы действия. Например, соединения, ускоряющие созревание дендритных клеток (ДК), например липополисахариды, TNF-альфа или лиганд CD40, образуют первый класс пригодных вспомогательных веществ. В целом, в качестве вспомогательного вещества можно использовать любой агент, который оказывает влияние на иммунную систему, по механизм)' "сигнала опасности" (LPS, GP96, и т.п.), или можно использовать цитокины, такие как GM-CSF, которые позволяют целенаправленно усиливать иммунный ответ, вызываемый иммуностимулирующим адъювантом, предлагаемым в изобретении, или целенаправленно влиять на него. Наиболее предпочтительными вспомогательными веществами являются цитокины, такие как монокины, лимфокины, интерлейкины или хемокины, которые кроме индукции приобретенного иммунитета, обусловленного по меньшей мере шестью антигенами, активируют врожденный иммунитет, такие как IL-1, IL-2, IL-3, IL-4, IL-5, IL-6, IL-7, IL-8, IL-9, IL-10, IL-12, IL-13, IL-14, IL-15, IL-16, IL-17, IL-18, IL-19. IL-20, IL-21, IL-22, IL-23, IL-24, IL-25. IL-26. IL-27, IL-28, IL-29, IL-30, IL-31, IL-32, IL-33, INF-альфа, IFN-бета, INF-гамма, GM-CSF, G-CSF, M-CSF, LT-бета или TNF-альфа, факторы роста, такие как hGH. Предпочтительно указанные повышающие иммуногенность агенты или соединения находятся в отдельной форме (не входят в состав вакцины или композиции, предлагаемой в изобретении) и их применяют индивидуально.
Другими добавками, которые можно включать в состав вакцины или композиции, предлагаемой в изобретении, являются эмульгаторы, такие, например, как твин; смачивающие вещества, такие, например, как лаурилсульфат натрия; красители; улучшающие вкусовые вещества; фармацевтические носители; наполнители для приготовления таблеток; стабилизаторы; антиоксиданты; консерванты.
Предлагаемая в изобретении вакцина или композиция может содержать также любое дополнительное соединение, у которого известна способность оказывать иммуностимулирующее действие в результате его аффинности связывания (в качестве лиганда) с человеческими Толл-подобными рецепторами TLR1, TLR2. TLR3, TLR4, TLR5, TLR6, TLR7, TLR8, TLR9, TLR10 или в результате его аффинности связывания (в качестве лиганда) с мышиными Толл-подобными рецепторами TLR1. TLR2, TLR3, TLR4, TLR5, TLR6, TLR7, TLR8, TLR9, TLR10, TLR11, TLR12 или TLR13.
В этом контексте другим классом соединений, которые можно добавлять к предлагаемой в изобретении вакцине или композиции, могут являться CpG-нуклеиновые кислоты, в частности CpG-PHK или CpG-ДНК. CpG-PHK или CpG-ДНК могут представлять собой одноцепочечную CpG-ДНК (ssCpG-ДНК), двухцепочечную CpG-ДНК (dsflHK), одноцепочечн)чо CpG-PHK (ssCpG-PHK) или двухцепочечную CpG-PHK (dsCpG-PHK). CpG-нуклеиновая кислота предпочтительно находится в форме CpG-PHK, более предпочтительно в форме одноцепочечной CpG-PHK (ssCpG-PHK). CpG-нуклеиновая кислота предпочтительно содержит по меньшей мере одну или несколько (митогенную(ых)) цитозин/гуаниндинуклеотидную(ых) последовательность(ей) (СрО-мотив(ы)). Согласно первому предпочтительному варианту по меньшей мере один CpG-мотив, содержащийся в указанных последовательностях, иными словами С (цитозин) и G (гуанин) в составе CpG-мотива, является неметилированным. Все другие остатки цитозина или гуанина, необязательно содержащиеся в указанных последовательностях, являются метилированными или неметилированными. Однако согласно другому предпочтительному варианту С (цитозин) и G (гуанин) в составе CpG-мотива могут присутствовать также и в метилированной форме.
Предпочтительно указанные выше соединения включают в состав препаративной формы и вводят отдельно от указанной выше композиции или вакцины (предлагаемой в изобретении), которая содержит по меньшей мере одну мРНК, кодирующую по меньшей мере шесть указанных выше антигенов.
Согласно другому предпочтительному объекту настоящего изобретения предлагаемую в изобретении композицию или вакцину можно применять согласно изобретению (для приготовления лекарственного средства) для лечения рака легких или заболеваний или нарушений связанных с ним, предпочтительно состояний, которые связаны с немелкоклеточным раком легких (NSCLC), подлежащим лечению, более предпочтительно состояний, связанных с тремя основными подтипами NSCLC, включая (но, не ограничиваясь только ими) плоскоклеточную карциному легких, аденокарциному и крупноклеточную карциному легких.
Согласно следующему предпочтительному объекту настоящего изобретения предлагаемую в изобретении вакцину или предлагаемую в изобретении композицию, содержащую по меньшей мере одну мРНК, которая кодирует антигены, указанные в настоящем описании, можно применять для лечения рака легких или заболеваний или нарушений связанных с ним, предпочтительно состояний, которые связаны с немелкоклеточным раком легких (NSCLC), подлежащим лечению, более предпочтительно состояний, связанных с тремя основными подтипами NSCLC, включая (но не ограничиваясь только ими) плоскоклеточную карциному легких, аденокарциному и крупноклеточную карциному легких.
В этом контексте настоящее изобретение относится также к способам лечения рака легких, предпочтительно немелкоклеточного рака легких, и заболеваний или нарушений связанных с ним, предпочтительно состояний, связанных с немелкоклеточным раком легких (NSCLC), подлежащим лечению, более предпочтительно состояний, связанных с тремя основными подтипами NSCLC, включая (но, не ограничиваясь только ими) плоскоклеточную карциному легких, аденокарциному и крупноклеточную карциному легких, заключающимся в том, что вводят индивидууму, который нуждается в этом, в фармацевтически эффективном количестве предлагаемую в изобретении вакцину или в фармацевтически эффективном количестве предлагаемую в изобретении
композицию. Указанный способ, как правило, заключается в том, что необязательно на первой стадии приготавливают композицию, предлагаемую в изобретении, или вакцину, предлагаемую в изобретении, и на второй стадии пациенту, нуждающемуся в таком лечении, вводят (в фармацевтически эффективном количестве) указанную композицию, предлагаемую в изобретении, или указанную вакцину, предлагаемую в изобретении. Пациента, который нуждается в таком лечении, как правило, выбирают из любых млекопитающих. В контексте настоящего изобретения млекопитающего предпочтительно выбирают из группы, включающей (но, не ограничиваясь только ими), например, коз, крупный рогатый скот, свиней, собак, кошек, ослов, обезьян, человекоподобных обезьян, грызунов, таких как мыши, хомяки, кролики, и прежде всего человека, при этом млекопитающее, как правило, страдает от рака легких, предпочтительно немелкоклеточного рака легких, и заболеваний или нарушений связанных с ним, предпочтительно состояний, связанных с немелкоклеточным раком легких (NSCLC), подлежащим лечению, более предпочтительно состояний, связанных с тремя основными подтипами NSCLC, включая (но, не ограничиваясь только ими) плоскоклеточную карциному легких, аденокарциному и крупноклеточную карциному легких.
В настоящем изобретении предлагается также применение композиции, предлагаемой в изобретении, или по меньшей мере одной мРНК, кодирующей антигены, указанные в настоящем описании (для приготовления предлагаемой в изобретении вакцины), предпочтительно для индукции иммунного ответа у млекопитающего, предпочтительно для лечения рака легких, более предпочтительно для лечения состояния, связанного с NSCLC, указанного в настоящем описании.
Предпочтительно индивидуум, которого обрабатывают предлагаемой в изобретении композицией или вакциной, представляет собой пациента со стадией О, I (IA и/или IB), II (ПА и/или ИВ), III (ША и/или ШВ) или стадией IV немелкоклеточного рака легких.
В конкретном варианте осуществления изобретения индивидуум, которого обрабатывают предлагаемой в изобретении композицией или вакциной, представляет собой пациента со стадией III или стадией IV немелкоклеточного рака легких.
Кроме того, индивидуум, которого обрабатывают предлагаемой в изобретении композицией или вакциной, может представлять собой пациента с немелкоклеточным раком легких, которого лечат с помощью химиотерапии (например, химиотерапии первой линии или второй линии), лучевой терапии, химиорадиации (сочетание химиотерапии и лучевой терапии), ингибиторов тирозинкиназ (например, ингибиторов тирозинкиназ EGFR), терапии на основе антител и/или ингибиторов пути PD1 (белок программированной клеточной смерти), или пациенту, у которого достигнут частичный ответ или достигнута стабилизация заболевания после применения одного или нескольких указанных выше вариантов лечения.
В этом контексте ингибитор пути PD-1 предпочтительно в настоящем описании представляет собой соединение, которое нарушает путь передачи сигнала PD-1, предпочтительно передачи сигнала, опосредуемого рецептором PD-1. Таким образом, ингибитор пути PD-1 может представлять собой любой ингибитор, направленный против любого представителя пути PD-1, который может оказывать антагонистическое действие на путь передачи сигнала PD-1. В этом контексте ингибитор может представлять собой антагонистическое антитело, мишенью которого является любой представитель пути PD-1, предпочтительно направленное против рецептора PD-1, PD-L1 (лиганд PD ) или PD-L2. Указанное антагонистическое антитело может кодироваться также нуклеиновой кислотой. Кроме того, ингибитор пути PD-1 может представлять собой фрагмент рецептора PD-1 или лиганды PD1, блокирующие активность PD1-рецептора. В7-1 или его фрагменты могут действовать также в качестве ингибирующих PD1 лигандов. Кроме того, ингибитор пути PD-1 может представлять собой siPHK (малая интерферирующая РНК) или антисмысловую РНК, направленную против представителя пути PD-1, предпочтительно PD-1, PD-L1 или PD-L2. Кроме того, ингибитор пути PD-1 может представлять собой белок, содержащий аминокислотную последовательность (или нуклеиновую кислоту, кодирующую ее), которая обладает способностью связываться с PD-1, но препятствует передаче сигнала PD-1, например, путем ингибирования взаимодействия PD-1 и В7-Н1 или B7-DL. Кроме того, ингибитор PD-1-пути может представлять собой низкомолекулярный ингибитор, обладающий
способностью ингибировать путь передачи сигнала PD-1, например, PD-1-связывающий пептид или малую органическую молекулу.
Кроме того, в этом контексте ингибитор тирозинкиназы в настоящем описании предпочтительно представляет собой соединение, которое обладает способностью нарушать передачу сигнала одной или нескольких тирозинкиназ, предпочтительно одной или нескольких тирозинкиназ факторов роста. Предпочтительно применяемый в данном контексте ингибитор тирозинкиназы представляет собой ингибитор тирозинкиназного рецептора эпидермального фактора роста (EGFR). В предпочтительном варианте осуществления изобретения ингибитор тирозинкиназы, применяемый согласно настоящему описанию, представляет собой предназначенный для орального применения ингибитор тирозинкиназы EGFR. В следующем предпочтительном варианте осуществления изобретения ингибитор тирозинкиназы выбирают из группы, включающей эрлотиниб, гефитиниб или афатиниб. В другом варианте осуществления изобретения ингибитор тирозинкиназы, применяемый в данном контексте, представляет собой ингибитор ALK (киназа анапластической лимфомы), предпочтительно кризотиниб или церитиниб.
В контексте настоящего описания антитело, которое применяют в терапии на основе антител, предпочтительно направлено против фактора роста или рецептора фактора роста, который предпочтительно функционально связан с тирозинкиназой. В этом контексте предпочтительно антитело направлено против сосудистого эндотелиального фактора роста (VEGF) или против рецептора эпидермального фактора роста (EGFR). В предпочтительно варианте осуществления изобретения в терапии на основе антитела используют бевацизумаб. В другом варианте осуществления изобретения в терапии на основе антитела используют цетуксимаб.
В предпочтительном варианте осуществления изобретения индивидуум, которого обрабатывают предлагаемой в изобретении композицией или вакциной, представляет собой пациента до или после хирургического вмешательства (например, лобэктомии), где пациент предпочтительно страдает NSCLC стадии I или II.
В другом предпочтительном варианте осуществления изобретения индивидуум, которого обрабатывают предлагаемой в изобретении композицией
или вакциной, представляет собой пациента, получающего лучевую терапию, или пациента, у которого достигнут частичный ответ (PR) или достигнута стабилизация заболевания (SD) после лучевой терапии, где пациент предпочтительно страдает NSCLC стадии I или II.
Согласно наиболее предпочтительному варианту осуществления изобретения индивидуум, которого обрабатывают предлагаемой в изобретении композицией или вакциной, представляет собой пациента, получающего химиотерапию, предпочтительно химиотерапию на основе препаратов платины или комбинированную химиотерапию, включающую препараты платины (например, цисплатин, карбоплатин, цисплатин в сочетании с винорелбином, цисплатин в сочетании с этопозидом, цисплатин в сочетании с гемцитабином, цисплатин в сочетании с таксанами, цисплатин или карбоплатин в сочетании с преметрекседом, или карбоплатин в сочетании с паклитакселом), или пациента, у которого достигнут частичный ответ (PR) или достигнута стабилизация заболевания (SD) после химиотерапии, где пациент предпочтительно страдает NSCLC стадии III или IV.
Согласно другому предпочтительному варианту осуществления изобретения индивидуум, которого обрабатывают предлагаемой в изобретении композицией или вакциной, представляет собой пациента, получающего химиотерапию, предпочтительно химиотерапию на основе препаратов платины или комбинированную химиотерапию, включающую препараты платины (например, цисплатин, карбоплатин, цисплатин в сочетании с винорелбином, цисплатин в сочетании с этопозидом, цисплатин в сочетании с гемцитабином, цисплатин в сочетании с таксанами, цисплатин или карбоплатин в сочетании с преметрекседом, или карбоплатин в сочетании с паклитакселом), в сочетании с лучевой терапией (хеморадиация), или пациента, у которого достигнут частичный ответ (PR) или достигнута стабилизация заболевания (SD) после хеморадиации, где пациент предпочтительно страдает NSCLC на стадии III (предпочтительно местнораспространенным) или на стадии IV.
Согласно другому предпочтительному варианту осуществления изобретения индивидуум, которого обрабатывают предлагаемой в изобретении композицией или вакциной, представляет собой пациента, получающего только одну химиотерапию, предпочтительно гемцитабином, таксанами,
преметрекседом, паклитакселом, винорелбином или этопозидом, предпочтительно в качестве лечения второй линии или третьей линии, или пациента, у которого достигнут частичный ответ (PR) или достигнута стабилизация заболевания (SD) после указанного лечения второй линии или третьей линии.
Согласно предпочтительному варианту осуществления изобретения индивидуум, которого обрабатывают предлагаемой в изобретении композицией или вакциной, представляет собой пациента со стадией III или стадией IV немелкоклеточного рака легких (NSCLC) после химиотерапии первой линии и необязательно второй линии (например, химиотерапии на основе препаратов платины или комбинированной терапии, включающей препараты платины (комбинация химиотерапии на основе препаратов платины по меньшей мере с одним дополнительным химиотерапевтическим средством)) или хеморадиации первой линии и необязательно второй линии, где у пациента достигнут частичный ответ (PR) или достигнута стабилизация заболевания (SD) после химиотерапии первой линии и необязательно второй линии.
Согласно предпочтительному варианту осуществления изобретения индивидуум, которого обрабатывают предлагаемой в изобретении композицией или вакциной, представляет собой пациента со стадией III или стадией IV немелкоклеточного рака легких (NSCLC) и с неплоскоклеточной гистологией с мутациями, активирующими рецептор эпидермального фактора роста (EGFR), или без указанных мутаций.
Согласно другому предпочтительному варианту осуществления изобретения индивидуум, которого обрабатывают предлагаемой в изобретении композицией или вакциной, представляет собой пациента со стадией III или стадией IV немелкоклеточного рака легких (NSCLC) и с плоскоклеточной гистологией с мутациями, активирующими рецептор эпидермального фактора роста (EGFR), или без указанных мутаций.
Согласно наиболее предпочтительному варианту осуществления изобретения индивидуум, которого обрабатывают предлагаемой в изобретении композицией или вакциной, представляет собой пациента со стадией III или стадией IV немелкоклеточного рака легких (NSCLC) и с неплоскоклеточной гистологией, предпочтительно без мутаций, активирующих рецептор
эпидермального фактора роста (EGFR), у которого предпочтительно достигнут частичный ответ (PR) или достигнута стабилизация заболевания (SD) после химиотерапии первой линии с применением химиотерапии на основе препаратов платины или комбинации, включающей препараты платины (например, платину и пеметрексед).
Согласно другому варианту осуществления изобретения индивидуум, которого обрабатывают предлагаемой в изобретении композицией или вакциной, представляет собой пациента со стадией III или стадией IV немелкоклеточного рака легких (NSCLC) и с плоскоклеточной гистологией, у которого предпочтительно достигн}/т частичный ответ (PR) или достигнута стабилизация заболевания (SD) после химиотерапии первой линии с применением химиотерапии на основе препаратов платины или комбинации, включающей препараты платины (например, платину и пеметрексед).
Еще более предпочтительно индивидуум, которого обрабатывают предлагаемой в изобретении композицией или вакциной, представляет собой пациента, который страдает метастатическим раком легких, предпочтительно метастатическим немелкоклеточным раком легких.
Согласно другому предпочтительному варианту осуществления изобретения индивидуум, которого обрабатывают предлагаемой в изобретении композицией или вакциной, представляет собой пациента со стадией III местнораспространенного NSCLC, предпочтительно получающего сопутствующее лечение хеморадиацией (например, описанное выше), или у которого достигнут частичный ответ или достигнута стабилизация заболевания (отсутствие прогрессирования) после хеморадиации (указанной в настоящем описании).
Согласно другому предпочтительному варианту осуществления изобретения индивидуум, которого обрабатывают предлагаемой в изобретении композицией или вакциной, представляет собой пациента со стадией III или IV NSCLC, вне зависимости от гистологического или молекулярного подтипа, и предпочтительно получающего сопутствующее лечение ингибитором пути PD-1, и у которого достигнут частичный ответ или достигнута стабилизация заболевания (отсутствие прогрессирования) после лечения ингибитором пути PD-1.
Кроме того, согласно конкретному варианту осуществления изобретения индивидуум, которого обрабатывают предлагаемой в изобретении композицией или вакциной, представляет собой пациента, получающего антитело или комбинацию химиотерапии и антитела, предпочтительно бевацизумаб или комбинацию бевацизумаба с химиотерапией, предпочтительно химиотерапией на основе платины, или пациента, у которого достигнут частичный ответ или достигнута стабилизация заболевания после указанного лечения.
Согласно другому особенно предпочтительному варианту осуществления изобретения индивидуум, которого обрабатывают предлагаемой в изобретении композицией или вакциной, представляет собой пациента, получающего ингибитор тирозинкиназы, предпочтительно ингибитор тирозинкиназы EGFR (например, эрлотиниб, гефитиниб или афатиниб) и предпочтительно в виде лечения второй линии после химиотерапии первой линии, или пациента, у которого достигнут частичный ответ или достигнута стабилизация заболевания после терапии с использованием ингибитора тирозинкиназы EGFR.
Согласно другому особенно предпочтительному варианту осуществления изобретения индивидуум, которого обрабатывают предлагаемой в изобретении композицией или вакциной, представляет собой пациента, который несет активирующую EGFR мутацию и который получает ингибитор тирозинкиназы, предпочтительно ингибитор тирозинкиназы EGFR (например, эрлотиниб, гефитиниб или афатиниб), или пациента, у которого достигнут частичный ответ или достигнута стабилизация заболевания после терапии с использованием ингибитора тирозинкиназы EGFR.
Согласно другому предпочтительному варианту осуществления изобретения индивидуум, которого обрабатывают предлагаемой в изобретении композицией или вакциной, представляет собой пациента со стадией III или IV NSCLC и предпочтительно с немелкоклеточной гистологией, предпочтительно несущий активирующую EGFR мутацию, и который предпочтительно получает сопутствующее лечение ингибитором тирозинкиназы EGFR, или пациента, у которого достигнут частичный ответ или достигнута стабилизация заболевания после терапии с использованием ингибитора тирозинкиназы EGFR (например, эрлотиниба, гефитиниба или афатиниба или других ингибиторов тирозинкиназы EGFR).
Согласно другому варианту осуществления изобретения индивидуум, которого обрабатывают предлагаемой в изобретении композицией или вакциной, представляет собой пациента, который получает ингибитор тирозинкиназы кризотиниб или церитиниб или другие ингибиторы ALK.
Аналогично этому изобретение относится также к применению предлагаемой в изобретении вакцины per se или по меньшей мере одной мРНК, которая кодирует антигены, указанные в настоящем описании, для индукции адаптивного иммунного ответа у млекопитающего, предпочтительно для лечения рака легких, более предпочтительно для лечения состояния, связанного с немелкоклеточным раком легких (NSCLC), указанного в настоящем описании.
Профилактику или лечение рака легких у пациента, нуждающегося в таком лечении, предпочтительно немелкоклеточного рака легких, и связанных с ним заболеваний и нарушений, можно осуществлять путем введения предлагаемой в изобретении композиции и/или предлагаемой в изобретении вакцины одновременно или поочередно, например, в виде набора компонентов, где каждый компонент содержит по меньшей мере один из предпочтительно различных антигенов. Предпочтительно каждый антиген вводят по отдельности, т.е. каждый антиген вводят в отличную от других часть или область организма индивидуума, подлежащего лечению, предпочтительно одновременно или в пределах одинаковых коротких временных рамок соответственно. В предпочтительном варианте осуществления изобретения введение индивидуальных мРНК распределяют по четырем конечностям индивидуума (т.е. левые/правые верхние и нижние конечности). Предпочтительно введение (всех из по меньшей мере одной мРНК) осуществляют в пределах 1 часа, более предпочтительно 30 мин, еще более предпочтительно 15, 10, 5, 4, 3 или 2 мин или даже 1 мин.
Для введения предпочтительно можно использовать любой из указанных выше путей введения, который можно применять для лечения рака легких, предпочтительно немелкоклеточного рака легких, и связанных с ним заболеваний или нарушений, путем индукции или усиления адаптивного иммунного ответа на основе антигенов, кодируемых по меньшей мере одной мРНК, входящей в предлагаемую в изобретении композицию. Введении предлагаемой в изобретении композиции и/или вакцины можно осуществлять до,
одновременно и/или последовательно с введением другой предлагаемой в изобретении композиции и/или вакцины, указанной в настоящем описании, которая может дополнительно содержать другую комбинацию мРНК, кодирующих различные антигены, где каждый антиген, кодируемый по меньшей мере одной мРНК, входящей в предлагаемую в изобретении композицию, предпочтительно можно применять для терапии рака легких, предпочтительно немелкоклеточного рака легких, и связанных с ним заболеваний или нарушений. В этом контексте терапия согласно настоящему описанию может включать также модуляцию заболевания, ассоциированного с раком легких, предпочтительно немелкоклеточным раком легких, и связанных с ним заболеваний или нарушений.
Одним из следующих объектов настоящего изобретения является также применение предлагаемой в изобретении композиции или по меньшей мере одной мРНК, которая кодирует антигены, указанные в настоящем описании (для приготовления (предлагаемой в изобретении) вакцины), для модуляции, предпочтительно для индукции или усиления иммунного ответа у млекопитающего, указанного выше, более предпочтительно для лечения и/или поддержания лечения рака легких, предпочтительно немелкоклеточного рака легких, и связанных с ним заболеваний или нарушений. В этом контексте поддержание лечения рака легких может представлять собой любую комбинацию общепринятых методов лечения рака легких, таких как хирургия, лучевая терапия, химиотерапия (например, химиотерапия первой линии или второй линии), хеморадиация, лечение с использованием ингибиторов тирозинкиназ, лечение с использованием ингибиторов пути PD-1, терапия на основе антител или определенная их комбинация, и терапия с применением предлагаемой в изобретении композиции, указанной в настоящем описании. Поддержание лечения рака легких может также подпадать под любой другой вариант осуществления изобретения, указанный в настоящем описании. Таким образом, любое применение предлагаемой в изобретении композиции или вакцины для совместной терапии с использованием любого из вышеуказанных терапевтических подходов, прежде всего в сочетании с хирургией, лучевой терапией, химиотерапией, хеморадиацией и/или с лечение ингибиторами киназ или антителами, подпадает под объем настоящего изобретения.
В предпочтительном варианте осуществления изобретения композицию или вакцину, предлагаемую в изобретении, применяют для лечения рака легких, которое включает также химиотерапию (например, химиотерапию первой линии или второй линии), лучевую терапию, хеморадиацию (сочетание химиотерапии и лучевой терапии), применение ингибиторов тирозинкиназ (например, ингибиторов тирозинкиназы EGFR), терапию на основе антител и/или применение ингибиторов пути PD1, или для лечения пациента, у которого достигнут частичный ответ или достигнута стабилизация заболевания после получения одного или нескольких вариантов лечения, указанных выше.
В этом контексте ингибитор пути PD-1 предпочтительно в настоящем описании представляет собой соединение, которое может нарушать путь передачи сигнала PD-1, предпочтительно передачи сигнала, опосредуемого рецептором PD-1. Таким образом, ингибитор пути PD--1 может представлять собой любой ингибитор, направленный против любого представителя пути PD-1, который может оказывать антагонистическое действие на путь передачи сигнала PD-1. В этом контексте ингибитор может представлять собой антагонистическое антитело, мишенью которого является любой представитель пути PD-1, предпочтительно направленное против рецептора PD-1, PD-L1 или PD-L2. Указанное антагонистическое антитело может кодироваться также нуклеиновой кислотой. Кроме того, ингибитор пути PD-1 может представлять собой фрагмент рецептора PD-1 или лиганды PD1, блокирующие активность PD1-рецептора. В7-1 или его фрагменты могут действовать также в качестве ингибирующих PD 1 лигандов. Кроме того, ингибитор пути PD-1 может представлять собой siPHK (малая интерферирующая РНК) или антисмысловую РНК, направленную против представителя пути PD-1, предпочтительно PD-1, PD-L1 или PD-L2. Кроме того, ингибитор пути PD-1 может представлять собой белок, содержащий (или нуклеиновую кислоту, кодирующий) аминокислотную последовательность, которая обладает способностью связываться с PD-1, но препятствует передаче сигнала PD-1, например, путем ингибирования взаимодействия PD-1 и В7-Н1 или B7-DL. Кроме того, ингибитор PD-1-пути может представлять собой низкомолекулярный ингибитор, обладающий способностью ингибировать путь передачи сигнала PD-1, например, PD-1-связывающий пептид или малую органическую молекулу.
В контексте настоящего описания антитело, которое применяют в терапии на основе антител, предпочтительно направлено против фактора роста или рецептора фактора роста, который предпочтительно функционально связан с тирозинкиназой. В этом контексте предпочтительно антитело направлено против сосудистого эндотелиального фактора роста (VEGF) или против рецептора эпидермального фактора роста (EGFR). В предпочтительно варианте осуществления изобретения в терапии на основе антитела используют бевацизумаб. В другом варианте осуществления изобретения в терапии на основе антитела используют цетуксимаб.
Предпочтительно композицию или вакцину, предлагаемую в изобретении, применяют для лечения рака легких, которое включает также лучевую терапию, если по меньшей мере один пораженный опухолью участок доступен для облучения. Согласно предпочтительному варианту осуществления изобретения пораженный опухолью участок, доступный для облучения, выбирают из группы, включающий метастазы в кость, лимфатические узлы, прежде всего надключичные, подмышечные или в шейной области, кожные или подкожные метастазы и повреждения грудной области (опухоль легкого центральной локализации, лимфатические узлы в воротах легких или в средостении). Предпочтительно излучение применяют в виде 4-дневных серий по 5 Гр каждая в течение 1 недели, предпочтительно в дни 9-12.
В предпочтительном варианте осуществления изобретения композицию или вакцину, предлагаемую в изобретении, применяют для лечения рака легких, которое включает также применение ингибитора киназы. При этом, ингибитор киназы предпочтительно представляет собой ингибитор тирозинкиназы, еще более предпочтительно ингибитор тирозинкиназы фактора роста, наиболее предпочтительно применяемого оральный путем ингибитора тирозинкиназы EGFR, такого, например, как гефитиниб, эрлотиниб или афатиниб. Кроме того, в этом контексте предпочтительно в настоящем описании под ингибитором тирозинкиназы предпочтительно подразумевается соединение, обладающее способностью нарушать передачу сигнала одной или нескольких тирозинкиназ, предпочтительно одной или нескольких тирозинкиназ факторов роста. В другом варианте осуществления изобретения ингибитор тирозинкиназы в контексте
настоящего описания представляет собой ингибитор ALK, предпочтительно кризотиниб или церитиниб.
В другом предпочтительном варианте осуществления изобретения композицию или вакцину, предлагаемую в изобретении, применяют для лечения рака легких, которое включает также применение химиотерапевтического средства, такого как соединение на основе платины (например, карбоплатина, цисплатина), пеметрекседа, гемцитабина, таксана, винорелбина, этопозида, доцетаксела или паклитакселом. Еще более предпочтительно композицию или вакцину, предлагаемую в изобретении, применяют для лечения пациента, который получает химиотерапию, предпочтительно комбинированную химиотерапию, включающую препараты платины, предпочтительно, указанную выше, которую предпочтительно объединяют с лучевой терапией (хеморадиация).
Предпочтительно композицию или вакцину, предлагаемую в изобретении, применяют в комбинированной терапии рака легких, если пациент имеет стадию 0,1 (IA и/или IB), II (ПА и/или ПВ), III (ША и/или ШВ) или стадию IV немелкоклеточного рака легких.
В предпочтительном варианте осуществления изобретения композицию или вакцину, предлагаемую в изобретении, применяют для лечения рака легких у пациента до или после хирургического вмешательства (например, лобэктомии), где пациент предпочтительно страдает NSCLC стадии I или П.
В другом предпочтительном варианте осуществления изобретения композицию или вакцину, предлагаемую в изобретении, применяют для лечения рака легких у пациента, получающего лучевую терапию, или у пациента, у которого достигнут частичный ответ (PR) или достигнута стабилизация заболевания (SD) после лучевой терапии, где пациент предпочтительно страдает NSCLC стадии I или II.
Согласно наиболее предпочтительному варианту осуществления изобретения композицию или вакцину, предлагаемую в изобретении, применяют для лечения рака легких у пациента, получающего химиотерапию, предпочтительно химиотерапию на основе препаратов платины или комбинированную химиотерапию, включающую препараты платины (например, цисплатин, карбоплатин, цисплатин в сочетании с винорелбином, цисплатин в
сочетании с этопозидом, цисплатин в сочетании с гемцитабином, цисплатин в сочетании с таксанами, цисплатин или карбоплатин в сочетании с преметрекседом, или карбоплатин в сочетании с паклитакселом), или у пациента, у которого достигнут частичный ответ (PR) или стабильное состояние болезни (SD) после химиотерапии, где пациент предпочтительно страдает NSCLC стадии III или IV.
Согласно другому предпочтительному варианту осуществления изобретения композицию или вакцину, предлагаемую в изобретении, применяют для лечения рака легких у пациента, получающего химиотерапию, предпочтительно химиотерапию на основе препаратов платины или комбинированную химиотерапию, включающую препараты платины (например, цисплатин, карбоплатин, цисплатин в сочетании с винорелбином, цисплатин в сочетании с этопозидом, цисплатин в сочетании с гемцитабином, цисплатин в сочетании с таксанами, цисплатин или карбоплатин в сочетании с преметрекседом, или карбоплатин в сочетании с паклитакселом), в сочетании с лучевой терапией (хеморадиация), или пациента, у которого достигнут частичный ответ (PR) или достигнута стабилизация заболевания (SD) после хеморадиации, где пациент предпочтительно страдает NSCLC стадии III (предпочтительно местнораспространенный) или IV.
Согласно другому предпочтительному варианту осуществления изобретения композицию или вакцину, предлагаемую в изобретении, применяют для лечения рака легких у пациента, получающего только одну химиотерапию, предпочтительно гемцитабином, таксанами, преметрекседом, паклитакселом, винорелбином или этопозидом, предпочтительно в качестве лечения второй линии или третьей линии, или пациента, у которого достигнут частичный ответ (PR) или достигнута стабилизация заболевания (SD) после указанного лечения второй линии или третьей линии.
Согласно предпочтительному варианту осуществления изобретения композицию или вакцину, предлагаемую в изобретении, применяют для лечения рака легких у пациента со стадией III или стадией IV немелкоклеточного рака легких (NSCLC) после химиотерапии первой линии и необязательно второй линии (например, химиотерапии на основе препаратов платины или комбинированной терапии, включающей препараты платины (комбинация
химиотерапии на основе препаратов платины по меньшей мере с одним дополнительным химиотерапевтическим средством)) или хеморадиации первой линии и необязательно второй линии, где у пациента предпочтительно достигнут частичный ответ (PR) или достигнута стабилизация заболевания (SD) после химиотерапии первой линии и необязательно второй линии.
Согласно предпочтительному варианту осуществления изобретения композицию или вакцину, предлагаемую в изобретении, применяют для лечения рака легких у пациента со стадией III или стадией IV немелкоклеточного рака легких (NSCLC) и с неплоскоклеточной гистологией с мутациями" активирующими рецептор эпидермального фактора роста (EGFR) или без указанных мутаций.
Согласно другому предпочтительному варианту осуществления изобретения композицию или вакцину, предлагаемую в изобретении, применяют для лечения рака легких у пациента со стадией III или стадией IV немелкоклеточного рака легких (NSCLC) и с плоскоклеточной гистологией с мутациями, активирующими рецептор эпидермального фактора роста (EGFR), или без указанных мутаций.
Согласно наиболее предпочтительному варианту осуществления изобретения композицию или вакцину, предлагаемую в изобретении, применяют для лечения рака легких у пациента со стадией III или стадией IV немелкоклеточного рака легких (NSCLC) и с неплоскоклеточной гистологией, предпочтительно без мутаций, активирующих рецептор эпидермального фактора роста (EGFR), у которого предпочтительно достигнут частичный ответ (PR) или достигнута стабилизация заболевания (SD) после химиотерапии первой линии с применением химиотерапии на основе платины или комбинированной химиотерапии, включающей платину (например, платину и пеметрексед).
Сог ласно другому предпочтительному варианту осуществления изобретения композицию или вакцину, предлагаемую в изобретении, применяют для лечения рака легких у пациента со стадией III или стадией IV немелкоклеточного рака легких (NSCLC) и с плоскоклеточной гистологией, у которого предпочтительно достигнут частичный ответ (PR) или достигнута стабилизация заболевания (SD) после химиотерапии первой линии с
применением химиотерапии на основе платины или комбинированной химиотерапии, включающей платину (например, платину и пеметрексед).
Еще более предпочтительно композицию или вакцину, предлагаемую в изобретении, применяют для лечения рака легких у пациента, который страдает метастатическим раком легких, предпочтительно метастатическим немелкоклеточным раком легких.
Согласно другому предпочтительному варианту осуществления изобретения композицию или вакцину, предлагаемую в изобретении, применяют для лечения рака легких у пациента со стадией III местнораспространенного NSCLC, где пациент предпочтительно получает сопутствующее лечение хеморадиацией (например, описанное выше), или у пациента достигнут ответ или достигнута стабилизация заболевания (отсутствие прогрессирования) после хеморадиации (указанной в настоящем описании).
Согласно другому варианту осуществления изобретения композицию или вакцину, предлагаемую в изобретении, применяют для лечения рака легких у пациента со стадией III или IV NSCLC, вне зависимости от гистологического или молекулярного подтипа, и предпочтительно получающего сопутствующее лечение ингибитором пути PD-1, и у которого достигнут ответ или достигнута стабилизация заболевания (отсутствие прогрессирования) после лечения ингибитором пути PD-1.
Кроме того, согласно конкретному варианту осуществления изобретения композицию или вакцину, предлагаемую в изобретении, применяют для лечения рака легких у пациента, получающего антитело или комбинацию химиотерапии и антитела, предпочтительно бевацизумаб или комбинацию бевацизумаба с химиотерапией, предпочтительно химиотерапией на основе платины, или пациента, у которого достигнут ответ или достигнута стабилизация заболевания после указанного лечения.
Согласно другому наиболее предпочтительному варианту осуществления композицию или вакцину, предлагаемую в изобретении, применяют для лечения рака легких у пациента, получающего ингибитор тирозинкиназы, предпочтительно ингибитор тирозинкиназы EGFR (например, эрлотиниб, гефитиниб или афатиниб) и предпочтительно в виде лечения второй линии после химиотерапии первой линии, или пациента, у которого достигнут ответ или
стабильное состояние болезни после терапии с использованием ингибитора тирозинкиназы EGFR.
Согласно другому наиболее предпочтительному варианту осуществления изобретения композицию или вакцину, предлагаемую в изобретении, применяют для лечения рака легких у пациента, который несет активирующую EGFR мутацию и который получает ингибитор тирозинкиназы, предпочтительно ингибитор тирозинкиназы EGFR (например, эрлотиниб, гефитиниб или афатиниб), или пациента, у которого достигнут ответ или достигнута стабилизация заболевания после терапии с использованием ингибитора тирозинкиназы EGFR.
Согласно другому предпочтительному варианту осуществления изобретения композицию или вакцину, предлагаемую в изобретении, применяют для лечения рака легких у пациента со стадией III или IV NSCLC и предпочтительно с немелкоклеточной гистологией, предпочтительно несущего активирующую EGFR мутацию, и который предпочтительно получает сопутствующее лечение ингибитором тирозинкиназы EGFR, или пациента, у которого достигнут ответ или достигнута стабилизация заболевания после терапии с использованием ингибитора тирозинкиназы EGFR (например, эрлотиниба, гефитиниба или афатиниба или других ингибиторов тирозинкиназы EGFR).
Согласно другому варианту осуществления изобретения композицию или вакцину, предлагаемую в изобретении, применяют для лечения рака легких у пациента, который получает ингибитор тирозинкиназы кризотиниб или церитиниб или другие ингибиторы ALK.
Протокол иммунизации для иммунизации индивидуума против комбинации по меньшей мере шести антигенов, указанных в настоящем описании, как правило, включает серии разовых доз или системы доз предлагаемой в изобретении композиции или предлагаемой в изобретении вакцины. В контексте настоящего описания понятие разовая доза относится к начальной/первой дозе, второй дозе или любым следующим дозам соответственно, которые предпочтительно вводят для того, чтобы "активировать" иммунную реакцию. В этом контексте каждая разовая система дозирования включает введение всех из по меньшей мере шести антигенов, предлагаемых в изобретении, при этом
интервал между введением двух разовых доз может варьироваться от по меньшей мере одного дня, предпочтительно 2, 3, 4, 5, 6 или 7 дней, до по меньшей мере одной недели, предпочтительно 2, 3, 4, 5, 6, 7 или 8 недель. Интервалы между разовыми дозами могут быть постоянным или могут изменяться в процессе протокола иммунизации, например, интервалы могут быть короче в начале и удлиняться к концу осуществления протокола. В зависимости от общего количества разовых доз и интервалов между разовыми дозами протокол иммунизации можно осуществлять в течение периода времени, который предпочтительно составляет по меньшей мере одну неделю, более предпочтительно несколько недель (например, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 или 12 недель), еще более предпочтительно несколько месяцев (например, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11. 12, 18 или 24 месяца). Каждая разовая система дозирования включает введение всех из по меньшей мере шести антигенов, указанных в настоящем описании, и поэтому может включать по меньшей мере одну, предпочтительно 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 или 12 инъекций. В случае, когда применяют композицию, предлагаемую в изобретении, разовая доза, как правило, предусматривает одну инъекцию. В случае, когда вакцина содержит различные препаративные формы мРНК, которые кодируют соответствующие антигены, предлагаемые в изобретении, минимальное количество инъекций, осуществляемых при разовой системе введения, соответствует количеству отдельных компонентов в вакцине. В некоторых вариантах осуществления изобретения введение разовой дозы может включать более одной инъекции каждого компонента вакцины (например, конкретной препаративной формы мРНК, содержащей мРНК, которая, например, кодирует один из шести антигенов, предлагаемых в изобретении). Например, части общего объема индивидуального компонента вакцины можно инъецировать в различные области организма, что предусматривает осуществлении более одной инъекции. В более конкретном примере разовая доза вакцины, содержащей шесть различных препаративных форм мРНК, каждую из которых вводят в две различные области организма, предусматривает 12 инъекций. Как правило, разовая доза включает все инъекции, необходимые для введения всех компонентов вакцины, при этом для введения индивидуального компонента можно осуществлять более одной инъекции, как изложено выше. В случае, когда
- по -
введение разовой дозы вакцины, предлагаемой в изобретении, предусматривает осуществление более одной инъекции, инъекции осуществляют практически одновременно или совместно, т.е., как правило, поочередно во временной рамке, которая требуется специалисту для осуществления стадий разовой инъекции, друг за другом. Таким образом, введение разовой системы доз предпочтительно требует периода времени, составляющего несколько минут, например, 2, 3, 4, 5, 10, 15, 30 или 60 мин.
Введение предлагаемой в изобретении композиции или по меньшей мере одной мРНК, которая кодирует указанные в настоящем описании антигены, или предлагаемой в изобретении вакцины можно осуществлять поочередно. Поочередная обработка может представлять собой, например, введение предлагаемой в изобретении композиции или по меньшей мере одной мРНК, которая кодирует указанные в настоящем описании антигены, или предлагаемой в изобретении вакцины до, одновременно и/или последовательно с общепринятой терапией рака легких, предпочтительно немелкоклеточного рака легких, и связанных с ним заболеваний или нарушений, например, путем введения предлагаемого в изобретении лекарственного средства или предлагаемой в изобретении композиции или вакцины до, одновременно и/или последовательно с терапией или обработкой, терапевтически приемлемой для лечения рака легких, предпочтительно немелкоклеточного рака легких, и связанных с ним заболеваний или нарушений. Указанную поочередную обработку можно осуществлять, используя, например, набор, предпочтительно набор компонентов, описанный ниже.
В дополнительном или альтернативном варианте поочередная обработка может включать также введение предлагаемой в изобретении композиции или вакцины, предпочтительно по меньшей мере одной мРНК, которая кодирует антигены, указанные выше, в форме, когда по меньшей мере одну мРНК, которая кодирует указанные выше антигены, предпочтительно образующую часть предлагаемой в изобретении композиции или вакцины, вводят параллельно, до или последовательно с другой по меньшей мере одной мРНК, которая кодирует антигены, указанные выше, предпочтительно образующей часть этой же предлагаемой в изобретении композиции или вакцины. Предпочтительно введение (всех из по меньшей мере одной мРНК) осуществляют в течение 1 ч,
- Ill -
более предпочтительно в пределах 30 мин, еще более предпочтительно 15, 10, 5, 4, 3 или 2 мин или даже 1 мин. Такую поочередную обработку можно осуществлять, например, с использованием набора, предпочтительно набора компонентов, описанного ниже.
В предпочтительном варианте осуществления изобретения композицию или вакцину вводят повторно, при этом каждое введение предпочтительно предусматривает индивидуальное введение по меньшей мере одной мРНК, предлагаемой в изобретении. В каждый момент введения по меньшей мере одну мРНК можно вводить более одного раза (например, 2 или 3 раза). В наиболее предпочтительном варианте осуществления изобретения шесть мРНК (каждая из которых кодирует один из указанных выше антигенов) вводят в каждый момент времени, при этом каждую мРНК вводят дважды путем инъекции, осуществляя тем самым 12 инъекций, распределенных по четырем конечностям.
Последним вариантом осуществления настоящего изобретения являются также наборы, прежде всего наборы компонентов, которые содержат активную (иммуностимулирующую) композицию и/или предлагаемую в изобретении вакцину необязательно в жидком наполнителе для солюбилизации, и необязательно технические инструкции с информацией о введении и дозировке предлагаемой в изобретении композиции и/или предлагаемой в изобретении вакцины. Технические инструкции могут включать информацию о введении и дозировке предлагаемой в изобретении композиции и/или предлагаемой в изобретении вакцины. Указанные наборы, предпочтительно наборы компонентов можно применять, например, для любых указанных выше вариантов обработок и применения, предпочтительно для применения по меньшей мере одной предлагаемой в изобретении композиция (для приготовления предлагаемого в изобретении лекарственного средства, предпочтительно вакцины) для лечения рака легких, предпочтительно немелкоклеточного рака легких, и связанных с ним заболеваний или нарушений. Наборы можно использовать также для применения по меньшей мере одной предлагаемой в изобретении композиция (для приготовления предлагаемого в изобретении лекарственного средства, предпочтительно вакцины) для лечения рака легких, предпочтительно немелкоклеточного рака легких, и связанных с ним заболеваний или нарушений, в котором предлагаемая в изобретении композиция и/или вакцина, поскольку
она кодирует по меньшей мере шесть антигенов, может обладать способностью индуцировать или усиливать иммунный ответ у млекопитающего, указанного выше. Указанные наборы можно использовать также для применения по меньшей мере одной предлагаемой в изобретении композиции (для приготовления предлагаемого в изобретении лекарственного средства, предпочтительно вакцины) для модуляции, предпочтительно для вызывания, например для индукции или усиления иммунного ответа у млекопитающего, указанного выше, и предпочтительно для поддерживающего лечения рака легких, предпочтительно немелкоклеточного рака легких, и связанных с ним заболеваний или нарушений. Наборы компонентов, как специальная форма наборов, могут содержать одну или несколько одинаковых или различных активных (иммуностимулирующих) композиций, предлагаемых в изобретении, и/или одну или несколько одинаковых или различных вакцин, предлагаемых в изобретении, в различных компонентах, входящих в состав набора. Наборы компонентов могут содержать также (например, одну) активную (иммуностимулирующую) композицию, предлагаемую в изобретении, (например, одну) вакцину, предлагаемую в изобретении, и/или по меньшей мере одну РНК, кодирующую по меньшей мере один антиген, описанный выше, в различных компонентах набора, например, каждый компонент набора включает по меньшей мере одну РНК, кодирующую предпочтительно отличный от других антиген. Кроме того, можно использовать комбинацию обоих типов наборов. Наборы компонентов можно использовать, например, при проведении поочередного лечения, например, используя различные составы и/или возрастающие концентрации композиции, предлагаемой в изобретении, вакцины, предлагаемой в изобретении, и/или по меньшей мере одной РНК, кодирующей по меньшей мере один антиген, указанный выше, в процессе одного и того же курса лечения in vivo. При необходимости (по техническим причинам) наборы компонентов можно использовать для введения индивидуальной препаративной формы или для введения по меньшей мере одного из антигенов, входящих в состав композиции, предлагаемой в изобретении (т.е. в составе различных компонентов), но при условии, что при этом все еще достигается совместное присутствие различных агентов in vivo. Можно использовать, прежде всего, наборы компонентов в качестве
специальной формы наборов, в которых каждый компонент содержит по меньшей мере один, предпочтительно отличный от других антиген, указанный выше, при этом все компоненты набора образуют композицию, предлагаемую в изобретении, или вакцину, предлагаемую в изобретении, указанную в настоящем описании. Указанные специфические наборы компонентов предпочтительно можно использовать, например, если различные антигены приготавливают по отдельности в виде различных компонентов набора, но затем их вводят одновременно или поочередно млекопитающему, нуждающемуся в этом. В последнем случае все различные компоненты указанного набора, как правило, вводят в течение короткого промежутка времени, чтобы все антигены присутствовали в организме млекопитающего приблизительно в одно и то же время после введения последнего компонента набора. В предпочтительном варианте осуществления изобретения набор содержит по меньшей мере два компонента, которые содержат шесть мРНК, предлагаемых в изобретении. Предпочтительно все шесть мРНК присутствуют в различных компонентах набора, при этом мРНК предпочтительно являются лиофилизированными. Более предпочтительно набор содержит дополнительно в качестве компонента наполнитель для солюбилизации по меньшей мере одной мРНК, наполнитель предпочтительно представляет собой лактированный раствор Рингера. Любой из наборов, описанных выше, можно использовать для лечения, как описано выше. Преимущества настоящего изобретения
В настоящем изобретении предложена композиция для лечения рака легких, где композиция содержит по меньшей мере одну мРНК, которая кодирует по меньшей мере шесть антигенов, обладающих способностью вызывать (адаптивный) иммунный ответ у млекопитающего, в которой антигены выбраны из группы, включающей 5Т4 (трофобластический гликопротеин, TPBG), сурвивин (белок, содержащий бакуловирусный ингибитор мотива апоптозных (IAP) повторов 5; BIRC5), NY-ESO-1 (Нью-Йоркская плоскоклеточная карцинома пищевода 1, CTAG1B), MAGE-C1 (меланомный антиген семейства CI), MAGE-C2 (меланомный антиген семейства С2) и MUC1 (муцин 1)). Указанную композицию можно использовать для эффективного лечения рака легких или в качестве поддерживающей терапии в процессе стандартных курсов лечения. Она также позволяет исключать проблемы
неконтролируемо!о производства введенных последовательное гей ДНК при применении РНК в таком подходе к путям лечения. мРНК, применяемые в композиции, предлагаемой в изобретении, характеризуются дополнительными существенными преимуществами по сравнению с экспрессирующими системами на основе ДНК, например, в отношении иммунного ответа, иммунизации или вакцинации. Указанные преимущества включают среди: прочего, тот факт, что РНК, интродуцированная в клетку, не интегрируется в ее геном. Это позволяет исключать риск мутации указанного гена, которая может приводить к полной или частичной его инактивации или приводить к ошибочной информации. Кроме того, это позволяет снижать другие риски, связанные с применением ДНК в качестве агента, индуцирующего иммунный ответ, (например, в качестве вакцины), такие как индукция патогенных антител к ДНК у пациента, которому вводят чужеродную ДНК, что может приводить к (возможно, фатальному) иммунному ответу. В противоположность этому, образование каких-либо антител к РНК к настоящему времени не установлено. Чертежи
Представленные ниже чертежи предназначены для дополнительной иллюстрации изобретения. Они не направлены на ограничение сущности и объема изобретения.
На чертежах показано:
на фиг. 1 - последовательность мРНК 5Т4 (GC)-muag-A64-C30 (SEQ ID NO: 1), кодирующая 5T4 (трофобластический гликопротеин, TPBG). мРНК содержит следующие элементы:
5'-кэп, кодирующая последовательность с оптимизированным содержанием GC для стабилизации и лучшего соответствия наиболее часто встречающимся кодонам, кодирующим 5Т4, представленная в SEQ ID NO: 3, стабилизирующая последовательность "muag" в 3'UTR, кодирующая SEQ ID NO: 70. ~ 64 остатка аденозина на З'-конце (поли-А-хвост), -30 остатков цитозина на З'-конце (полиС-хвост);
на фиг. 2 - последовательность мРНК 5Т4 (GC)-muag-A64-C30-rncTOHSL (гистоновая структура типа "cтeбeль-пeтля")(SEQ ID NO1: 19), кодирующая 5Т4 (трофобластический гликопротеин, TPBG). мРНК содержит следующие элементы:
5'-кэп, кодирующая последовательность с оптимизированным содержанием GC для стабилизации и лучшего соответствия наиболее часто встречающимся кодонам, кодирующим 5Т4, представленная в SEQ ID NO: 3, стабилизирующая последовательность "muag" в 3'UTR, кодирующая SEQ ID NO: 70, ~ 64 остатков аденозина на З'-конце (поли-А-хвост), ~ 30 остатков цитозинов на 3'- конце (поли-С-хвост); и последовательность гистоновой структуры типа "стебель-петля", представленная в SEQ ID NO: 72;
на фиг. 3 - кодирующая последовательность дикого типа, которая кодирует 5Т4 (трофобластический гликопротеин, TPBG), представленная в SEQ ID NO: 2, т.е. кодирующая последовательность (CDS), которая кодирует 5Т4 (трофобластический гликопротеин, TPBG), без кодирующей последовательности с оптимизированным содержанием GC;
на фиг. 4 - кодирующая последовательность с оптимизированным содержанием GC, кодирующая 5Т4 (трофобластический гликопротеин, TPBG), представленная в SEQ ID NO: 3;
на фиг. 5 - последовательность мРНК сурвивина (GC)-muag-A64-C30 (SEQ ID NO: 4), кодирующая сурвивин (белок 5, содержащий бакуловирусный IAP повторов; BIRC5). мРНК содержит следующие элементы:
5'-кэп, кодирующая последовательность с оптимизированным содержанием GC для стабилизации и лучшего соответствия наиболее часто встречающимся кодонам, кодирующим сурвивин, представленная в SEQ ID NO: 6, стабилизирующая последовательность "muag" в 3'UTR, кодирующая SEQ ID NO: 70, ~ 64 остатка аденозина на З'-конце (поли-А-хвост), -30 остатков цитозинов на 3'- конце (поли-С-хвост):
на фиг. 6 - последовательность мРНК сурвивина (GC)-muag-A64-C30-THCTOHSL (SEQ ID NO: 20), кодирующая сурвивин (белок 5, содержащий бакуловирусный IAP повторов; BIRC5). мРНК содержит следующие элементы:
5'-кэп, кодирующая последовательность с оптимизированным содержанием GC для стабилизации и лучшего соответствия наиболее часто встречающимся кодонам, кодирующим сурвивин, представленная в SEQ ID NO: 6, стабилизирующая последовательность "muag" в 3'UTR, кодирующая SEQ ID NO: 70, - 64 остатка аденозина на З'-конце (поли-А-хвост), -30 остатков
цитозина на З'-конце (поли-С-хвост); и последовательность гистоновой структуры типа "стебель-петля", представленная в SEQ ID NO: 72;
на фиг. 7 - кодирующая последовательность дикого типа, которая кодирует сурвивин, представленная в SEQ ID NO: 5, т.е. кодирующая последовательность (CDS), которая кодирует сурвивин, без кодирующей последовательности с оптимизированным содержанием GC;
на фиг. 8 - кодирующая последовательность с оптимизированным содержанием GC, кодирующая сурвивин, представленная в SEQ ID NO: 6;
на фиг. 9 - последовательность мРНК NY-ESO-1 (GC)-muag-A64-C30 (SEQ ID NO: 7), кодирующая NY-ESO-1 (Нью-Йоркская плоскоклеточная карцинома пищевода 1, CTAG1B). мРНК содержит следующие элементы:
5'-кэп, кодирующая последовательность с оптимизированным содержанием GC для стабилизации и лучшего соответствия наиболее часто встречающимся кодонам, кодирующим NY-ESO-1, представленная в SEQ ID NO: 9, стабилизирующая последовательность "muag" в 3'UTR, кодирующая SEQ ID NO: 70, ~ 64 остатка аденозина на З'-конце (поли-А-хвост), ~ 30 остатков цитозина на З'-конце (поли-С-хвост);
на фиг. 10 - последовательность MPHKNY-ESO-1 (GC)-muag-A64-C30-THCTOHSL (SEQ ID NO: 21), кодирующая NY-ESO-1 (Нью-Йоркская плоскоклеточная карцинома пищевода 1, CTAG1B). мРНК содержит следующие элементы:
5'-кэп, кодирующая последовательность с оптимизированным содержанием GC для стабилизации и лучшего соответствия наиболее часто встречающимся кодонам, кодирующим NY-ESO-1, представленная в SEQ ID NO: 9, стабилизирующая последовательность "muag" в 3'UTR, кодирующая SEQ ID NO: 70, ~ 64 остатка аденозина на З'-конце (поли-А-хвост), ~ 30 остатков цитозин на З'-конце (поли-С-хвост); последовательность гистоновой структуры типа "стебель-петля", представленная в SEQ ID NO: 72;
на фиг. 11 - кодирующая последовательность дикого типа, которая кодирует NY-ESO-1 (Нью-Йоркская плоскоклеточная карцинома пищевода 1, CTAG1B), представленная в SEQ ID NO: 8, т.е. кодирующая последовательность (CDS), которая кодирует NY-ESO-1, без кодирующей последовательности с оптимизированным содержанием GC;
на фиг. 12 - кодирующая последовательность с оптимизированным содержанием GC, кодирующая NY-ESO-1 (Нью-Йоркская плоскоклеточная карцинома пищевода 1, CTAG1B), представленная в SEQ ID NO: 9;
на фиг. 13 - последовательность мРНК MAGE-C1 (ак 613-1142) (GC)-muag-А64-С30 (SEQ ID NO: 10), которая кодирует MAGE-C1, содержащий аминокислотную последовательность, которая содержит ак 613-1142 белка MAGE-C1 дикого типа. мРНК содержит следующие элементы последовательности:
5'-кэп, кодирующая последовательность с оптимизированным содержанием GC для стабилизации и лучшего соответствия наиболее часто встречающимся кодонам, кодирующим MAGE-C1 (ак 613-1142), представленная в SEQ ID NO: 25, стабилизирующая последовательность "muag" в 3'UTR, кодирующая SEQ ID NO: 70, ~ 64 остатка аденозина на З'-конце (поли-А-хвост), ~ 30 остатков цитозина на З'-конце (поли-С-хвост);
на фиг. 14 - последовательность мРНК MAGE-C1 (ак 613-1142) (GC)-muag-A64-C30-rncTOHSL (SEQ ID NO: 22), которая кодирует MAGE-C1 (ак 613-1142). мРНК содержит следующие элементы последовательности:
5'-кэп, кодирующая последовательность с оптимизированным содержанием GC для стабилизации и лучшего соответствия наиболее часто встречающимся кодонам, кодирующим MAGE-C1 (ак 613-1142) представленная в SEQ ID NO: 25, стабилизирующая последовательность "muag" в 3'UTR, кодирующая SEQ ID NO: 70, ~ 64 остатка аденозина на З'-конце (поли-А-хвост), ~ 30 остатков цитозина на З'-конце (поли-С-хвост); и последовательность гистоновой структуры типа "стебель-петля", представленная в SEQ ID NO: 72;
на фиг. 15 - кодирующая последовательность дикого типа, которая кодирует полноразмерный белок MAGE-C1, представленная в SEQ ID NO: 11, т.е. кодирующая последовательность (CDS), которая кодирует MAGE-C1 без кодирующей последовательности с оптимизированным содержанием GC;
на фиг. 16 - кодирующая последовательность с оптимизированным содержанием GC, кодирующая полноразмерный белок MAGE-C1, представленная в SEQ ID NO: 12;
на фиг. 17 - кодирующая последовательность с оптимизированным содержанием GC, кодирующая MAGE-C1 (ак 613-1142), представленная в SEQ ID NO: 25;
на фиг. 18 - последовательность мРНК MAGE-C2 (GC)-muag-A64-C30 (SEQ ID NO: 13), которая кодирует MAGE-C2. мРНК содержит следующие элементы последовательности:
5'-кэп, кодирующая последовательность с оптимизированным содержанием GC для стабилизации и лучшего соответствия наиболее часто встречающимся кодонам, кодирующим MAGE-C2, представленная в SEQ ID NO: 15, стабилизирующая последовательность "muag" в 3'UTR, кодирующая SEQ ID NO: 70, ~ 64 остатка аденозина на З'-конце (поли-А-хвост), ~ 30 остатков цитозина на З'-конце (поли-С-хвост);
на фиг. 19 - последовательность мРНК MAGE-C2 (GC)-muag-A64-C30-THCTOHSL (SEQ ID NO: 21), которая кодирует MAGE-C2. мРНК содержит следующие элементы последовательности:
5'-кэп, кодирующая последовательность с оптимизированным содержанием GC для стабилизации и лучшего соответствия наиболее часто встречающимся кодонам, кодирующим MA.GE-C2, представленная в SEQ ID NO: 9, стабилизирующая последовательность "muag" в 3'UTR, кодирующая SEQ ID NO: 70, ~ 64 остатка аденозина на З'-конце (поли-А-хвост), ~ 30 остатков цитозина на З'-конце (поли-С-хвост); последовательность гистоновой структуры типа "стебель-петля", представленная в SEQ ID NO: 72;
на фиг. 20 - кодирующая последовательность дикого типа, которая MAGE-С2, представленная в SEQ ID NO: 14, т.е. кодирующая последовательность (CDS), которая кодирует M AGE-C2, но не представляет собой кодирующую последовательность с оптимизированным содержанием GC;
на фиг. 21 - кодирующая последовательность с оптимизированным содержанием GC, кодирующая MAGE-C2, представленная в SEQ ID NO: 15;
на фиг. 22 - последовательность мРНК MUC1 5> 5'-кэп, кодирующая последовательность с оптимизированным содержанием GC для стабилизации и лучшего соответствия наиболее часто встречающимся
кодонам, кодирующим MUC1 5> на фиг. 23 - последовательность мРНК MUC1 5xVNTR (GC)-muag-A64-C30-THCTOHSL (SEQ ID NO: 24), кодирующая MUC1 (муцин 1), которая содержит 5 тандемных повторов. мРНК содержит следующие элементы последовательности: 5'-кэп, кодирующая последовательность с оптимизированным содержанием GC для стабилизации и лучшего соответствия наиболее часто встречающимся кодонам, кодирующим MUC1 5> на фиг. 24 - кодирующая последовательность дикого типа, которая кодирует MUC1 5> на фиг. 25 - кодирующая последовательность с оптимизированным содержанием GC, кодирующая MUC1 5> на фиг. 26 - результаты определения MUC 1 -специфического клеточного иммунного ответа, полученные с помощью метода ELISpot (элиспот). Мышей линии C57BL/6 вакцинировали с использованием 32 мкг MUCl-RNActive(r) (SEQ ID NO: 16) в дни 1, 5, 8, 12 и 15. Осуществляли ex vivo ELISpot-анализ секреции IFN-гамма в спленоцитах вакцинированных и контрольных мышей в день 6 после последней вакцинации. Клетки стимулировали на планшете с использованием либо полученного из MUC1 пептида (прогнозируемый эпитоп ГКГС-класса I), либо контрольного пептида. На графике представлены индивидуальные экспериментальные точки для отдельных мышей;
на фиг. 27 -данные о воздействии комбинации иммунотерапии на основе мРНК и лучевой терапии при ее применении для лечения низкоиммуногенной и радиорезистентной карциномы легких Льюиса (LLC):
на фиг. 28 - белковая последовательность 5Т4 NP 001159864.1, представленная в SEQ ID NO: 75;
на фиг. 29 - белковая последовательность сурвивина (BIRC5) 015392 according to SEQ ID NO: 76;
на фиг. 30 - белковая последовательность сурвивина (BIRC5) NP 001159.2, представленная в SEQ ID NO: 77;
на фиг. 31 - белковая последовательность NY-ESO-1 NP 001318.1, представленная в SEQ ID NO: 78;
на фиг. 32 - белковая последовательность MAGE-C1 NP 005453.2, представленная в SEQ ID NO: 79;
на фиг. 33 - белковая последовательность MAGE-C2 NP 057333.1, представленная в SEQ ID NO: 80;
на фиг. 34 - белковая последовательность MUC1, белок J05582.1, представленная в SEQ ID NO: 81;
на фиг. 35 - белковая последовательность белка MUC 1 5> на фиг. 36 - кодирующая последовательность дикого типа, которая кодирует MUC1, представленный в SEQ ID NO: 83, т.е. полноразмерная кодирующая последовательность (CDS), которая кодирует MUC1, но не представляет собой кодирующую последовательность с оптимизированным содержанием GC. Примеры
Приведенные ниже примеры служат для дополнительной иллюстрации изобретения. Они не направлены на ограничение сущности и объема изобретения.
1. Получение вакцины на основе мРНК MUC 1 и индукция
антигенспецифических цитотоксических Т-клеток: 1.1 Получение вакцины на основе мРНК MUC1:
мРНК-вакцина состояла из мРНК с оптимизированным содержанием GC, которая кодирует MUC1 (SEQ ID NO: 16). мРНК включали в комплекс с протамином путем добавления протамина к мРНК в соотношении (1:2) (мас./мас.) (адъювантный компонент). После инкубации в течение 10 мин
добавляли в таком же количестве свободную мРНК, которую применяли в качестве кодирующей антиген мРНК.
Полученную композицию растворяли в 80 об.% лактированном растворе Рингера.
1.2 Вакцинация
Мышей линии C57BL/6 вакцинировали путем внутрикожного введения 32 мкг одной из мРНК-вакцин, описанных выше в подпункте 1.1. Контрольных мышей обрабатывали путем внутрикожной инъекции буфера (лактат Рингера). Вакцинация включала пять иммунизаций, которые осуществляли по 2 иммунизации в неделю. Иммунный ответ анализировали через 5 или 6 дней после завершения цикла вакцинации.
1.3 Метод ELISpot - детекция ответа цитотоксических Т-лимфоцитов ЩТЛ)
Для детекции ответа цитотоксических Т-лимфоцитов (ЦТЛ) можно
визуализировать данные о секреции IFN-гамма в ответ на специфический стимул на уровне единичной клетки, используя метод ELISpot.
Спленоциты мышей, вакцинированных мРНК-вакциной, описанной выше в подпункте 1.1, и контрольных мышей выделяли через 5 или 6 дней после последней вакцинации и затем переносили в 96-луночные ELISpot-планшеты, сенсибилизированные захватывающим антителом к IFN-гамма. Затем клетки стимулировали в течение 24 ч при 37°С, применяя следующие пептиды:
Происходящий из MUC1 пептид (SEQ ID NO:73)
Происходящий из коннексина пептид (контроль) (SEQ ID N0: 74)
SAPDNRPAL
FEQNTAQP
После периода инкубации клетки вымывали из планшета и выявляли IFN-гамма, секретируемый клетками, с использованием биотинилированного вторичного антитела к мышиному IFN-гамма, а затем комплекса стрептавидин-АКР (щелочная фосфатаза). Для визуализации пятен применяли субстрат BCIP/NBT и осуществляли количественную оценку с помощью автоматического ELISpot-ридера (анализатор типа Immunospot, ЦТЛ-анализаторы LLC).
Внутрикожная вакцинация с использованием кодирующей MUC 1 мРНК приводила к активации антигенспецифических CD8H -Т -клеток, что продемонстрировано на основе секреции IFN-гамма с помощью ELISpot-анализа.
2. Комбинация вакцинации с использованием мРНК и облучения мышей, несущих низкоиммуногенные (LLC) опухоли
В этом опыте оценивали эффективность комбинации вакцинации и облучения на мышах линии C57BL/6, несущих низкоиммуногенные (LLC) опухоли.
В день 0 осуществляли контрольное заражение мышей линии C57BL/6 (п = 10 на группу) путем подкожного введения сингенных ЗЕЕ-клеток (LLC-клетки,
экспрессирующие опухолевые антигены EGFR и коннексин) в правую заднюю
конечность. Лечение начинали, когда объем опухолей достигал 50 мм . Мышей либо вакцинировали мРНК, кодирующими EGFR и коннексин (дважды в неделю), либо опухоли облучали 36 Гр, в виде 3 равных доз в 3 последовательных дня, либо мышей подвергали комбинированной терапии (при этом первую вакцинацию осуществляли за 6 ч до второго облучения), что продемонстрировано на фиг. 28. Необработанные мыши служили в качестве контроля. Мониторинг роста опухолей осуществляли, измеряя размер опухолей в трех направлениях с помощью кронциркуля.
Из-за отсутствия экспрессии молекул ГКГС класса I применение только одной иммунотерапии оказалось неэффективным в отношении ингибирования роста опухолей, а лучевая терапия приводила также лишь к кратковременному контролю опухолей. С другой стороны, объединение мРНК-вакцин с лучевой терапией приводило к сильному синергетическому противоопухолевому действию.
3. Клиническое испытание: полученная на основе мРНК противораковая вакцина и местное облучение в качестве средства лечения NSCLC Исследуемое лекарственное средство:
В качестве вакцины применяли композицию, содержащую мРНК, которая кодирует 5Т4 (трофобластический гликопротеин, TPBG), представленную в SEQ ID NO: 19, мРНК, которая кодирует сурвивин (белок, содержащий бакуловирусный IAP повторов 5; BIRC5), представленную в SEQ ID NO: 20, мРНК, которая кодирует NY-ESO-1 (Нью-Йоркская плоскоклеточная карцинома пищевода 1, CTAG1B), представленную в SEQ ID NO: 21, мРНК, которая кодирует MAGE-C1 (меланомный антиген семейства С1), представленную в SEQ ID NO: 22, MPFIK, которая кодирует MAGE-C2 (меланомный антиген семейства
С2), представленную в SEQ ID N0: 23, и мРНК, которая кодирует MUC1 (муцин 1), представленную в SEQ ID N0: 24, включенную в комплекс с протамином согласно описанному в примере 1.1. Каждую из кодирующих антиген мРНК приготавливали в виде стерильного лиофилизата. После восстановления в лактате Рингера получали раствор для внутрикожной инъекции. Лекарственный продукт, применяемый в клиническом испытании, обозначали как CV9202. Он представлял собой вакцину, содержащую шесть компонентов лекарственного продукта, каждый из которых содержит отличную от других кодирующую антиген мРНК.
Изучаемая популяция:
• Группа 1: пациенты со стадией IV немелкоклеточногого рака легких (NSCLC) и неплоскоклеточной гистологией, без мутаций, активирующих рецептор эпидермального фактора роста (EGFR), у которых достигнут частичный ответ (PR) или достигнута стабилизация заболевания (SD) после по меньшей мере 4 циклов химиотерапии первой линии на основе препаратов платины и пеметрекседа, и которым показана поддерживающая терапия пеметрекседом.
• Группа 2: пациенты со стадией IV NSCLC и плоскоклеточной гистологией, у которых достигнут PR или достигнута SD после по меньшей мере 4 циклов химиотерапии первой линии на основе препаратов платины и соединения, не включающего платину (комбинированная терапия с включением препаратов платины).
• Группа 3: пациенты со стадией IV NSCLC и неплоскоклеточной гистологией, имеющие активирующую EGFR мутацию, у которых достигнут PR после 6-месячного лечения с использованием ингибитора тирозинкиназы (TKI) EGFR.
Исследуемая популяция: критерии включения
1. Пациенты: возраст > 18 лет, с гистологически или цитологически подтвержденной стадией IV NSCLC и с подтвержденным мутантным статусом EGFR в случае неплоскоклеточной гистологии клеток.
- группа 1: неплоскоклеточный NSCLC без активирующей мутации EGFR,
- группа 2: плоскоклеточный NSCLC,
- группа 3: неплоскоклеточный NSCLC с активирующей мутацией EGFR.
2. PR или SD согласно RECIST, версия 1.1 после терапии первой линии, которая включала для:
группы 1: PR или SD после лечения цисплатином или карбоплатином и пеметрекседом (по меньшей мере 4 цикла),
группы 2: PR или SD после лечения цисплатином или карбоплатином и соединения, не включающего платину (по меньшей мере 4 цикла),
группы 3: PR после лечения гефитинибом, эрлотинибом или афатинибом в течение периода времени вплоть до 6 месяцев.
3. Для пациентов в группе 1 поддерживающая терапия пеметрекседом может быть показана по решению исследователя.
4. Присутствие по меньшей мере одного онкологического повреждения, доступного для излучения с использованием 4 ; < 5 Гр, и по меньшей мере одного дополнительного поддающегося измерению онкологического повреждения согласно RECIST, версия 1.1.
Онкологические повреждения, доступные для облучения, представляют собой:
метастазы в кость,
лимфатические узлы в надключичных, подмышечных или шейных областях,
кожные или подкожные метастазы.
Только для пациентов в группах 1 и 2: повреждения грудной области (опухоль легкого центральной локализации, лимфатические узлы в воротах легких или в средостении).
5. Общее состояние больного: согласно критериям западной кооперированной онкологической научно-исследовательской группы (ECOG): от О до 1.
6. Отвечающая требованиям функция органов:
Функция костного мозга: гематологические показатели в момент начала вакцинации: гемоглобин > 95 г/л, количество тромбоцитов > 75000/мкл, лейкоцитов > 2000/мкл, абсолютное количество нейтрофилов > 1000/мкл, количество лимфоцитов > 0,8 х 10 /л.
Функция печени: АЛТ и ACT < 2,5 ВГН (верхняя граница нормы) у пациентов без метастазов в печень и < 5 ВГН у пациентов с метастазами в печень.
Функция почек: сывороточный креатинин < 2 мг/дл и клиренс креатинина > 45 мл/мин согласно формуле MDRD.
7. Применение высокоэффективной контрацепции у пациентов с детородным потенциалом при включении в опыт и в течение 1 месяца после последней иммунизации.
8. Письменное информированное согласие до осуществления какой-либо связанной с опытом процедуры.
• Продолжительность лечения: каждому пациенту вакцину следует вводить вплоть до прогрессирования заболевания и следует вводить до возникновения потребности в последующем системном лечении второй линии или возникновения неприемлемой токсичности, в зависимости от того, что проявится первым.
• Время проведения скрининга: скрининг пациентов следует начинать через 2 недели после дня 1 последнего цикла химиотерапии первой линии (группы 1 и 2) или в пределах 6 месяцев после начала лечения TKI EGFR (эрлотиниб или гефитиниб) (группа 3).
Метод введения
Каждую кодирующую антиген мРНК вводили индивидуально в один и тот же день в виде двух внутрикожных инъекций по 200 мкл каждая, осуществляя в целом 12 инъекций.
Первые три вакцинации следует осуществлять с недельным интервалом (дни 1,8, 15), а затем с интервалами в 2 или 3 недели вплоть до дня 57, с 3-недельными интервалами вплоть до месяца 6 и затем с 6-недельным интервалом согласно протоколу опыта. Вакцинации следует осуществлять вплоть до проявления неприемлемой токсичности или развития опухолей, требующего начала применения системной терапии второй линии.
В группах 1 и 3 CV9202 следует вводить сначала в дни 1,8, 15, 36 и 57. При лечении пеметрекседом (группа 1) вакцинацию следует осуществлять за 4-7 дней до следующей предусмотренной схемой приема дозы пеметрекседа. Указанную схему приема выбирают для того, чтобы избегать вакцинации при
самом низком уровне нейтрофилов и взаимодействия с противовоспалительными стероидами.
В группе 2 CV9202 следует вводить сначала в дни 1,8, 15, 29, 43 и 57. Указанную усиленную схему приема выбирают поскольку пациенты, как ожидается, имеют более короткий промежуток времени до прогрессирования заболевания, поскольку они не получают сопутствующее противораковое лечение.
Во всех группах пациентов можно продолжать вакцинировать после дня 57 в случае, если не удовлетворяются критерии прекращения лечения. После дня 57 вакцинации следует осуществлять каждые 3 недели вплоть до 6 месяцев со дня первой вакцинации. После 6-месячного периода вакцинации следует осуществлять каждые 6 недель вплоть до удовлетворения критериям прерывания лечения:
Критерии прерывания лечения:
1. Проявление токсичности, требующей долговременного прерывания лечения.
2. Развитие заболевания, требующее начала проведения последующего системного лечения.
Введение
Вакцины: в каждый момент индивидуальной вакцинации каждый из 6 компонентов лекарственного средства следует вводить по отдельности в один и тот же день. Для каждого компонента следует осуществлять две внутрикожные (i.d.) инъекции по 200 мкл каждая, осуществляя в целом 12 инъекций.
Облучение: лучевую терапию следует осуществлять в виде 4-дневной схемы по 5 Гр каждый раз в течение одной недели, предпочтительно со дня 9 по день 12.
Выбор онкологических повреждений для облучения
Повреждения, выбранные для облучения, должны иметь наиболее длинный диаметр, составляющий по меньшей мере 2 см, и радиационный онколог в месте проведения испытания должен подтвердить, что соответствующее повреждение доступно для облучения согласно настоящему протокол)' перед включением пациента в опыт.
Следующие повреждения являются потенциально доступными и их следует выбирать в соответствии со следующим иерархическим порядком: первая преференция: метастазы в кость,
вторая преференция: лимфатические узлы в надключичных, подмышечных или шейных областях,
третья преференция: кожные или подкожные метастазы,
четвертая преференция: (только для пациентов в группах 1 и 2): повреждения грудной области (опухоль легкого центральной локализации, лимфатические узлы в воротах легких или в средостении).
У пациентов в группе 3 никакие повреждения грудной области не могут быть выбраны для облучения, поскольку эти пациенты имеют более высокий риск лучевого пневмонита из-за сопутствующего лечения TKI EGFR.
Облучение более одного повреждения в соответствии с такой же схемой 4 х 5 Гр (например, несколько метастазов в кость) допускается, если клинически установлено, что поддающееся измерению повреждение сохранится для оценки ингибирующего ответа. Облучение более чем одного повреждения следует осуществлять в одном и том же временном окне.
ПЕРЕЧЕНЬ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ
<110> КУРЕВАК ГМБХ
<120> КОМПОЗИЦИЯ И ВАКЦИНА ДЛЯ ЛЕЧЕНИЯ РАКА ЛЕГКИХ <130> CU01P148WO1 <160> 83
<170> Patentln, версия 3.5
<210> 1 14Й7 <212> РНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> 5Т4 (GC)-muag-А64-СЗО <400> 1
gggagaaagc uuaccaugcc cggcgggugc agccggggcc cggccgccgg ggacggccgc cugcggcucg cgcgccuggc ccuggugcuc cugggguggg ucuccagcuc cagccccacc uccagcgccu ccagcuucuc cagcuccgcc cccuuccugg ccagcgcggu guccgcccag cccccgcucc ccgaccagug ccccgcccug ugcgagugca gcgaggccgc gcggaccgug aagugcguca accgcaaccu gacggaggug cccaccgacc ucccggccua cgugcggaac cuguuccuga ccggcaacca gcucgccguc cugcccgccg gcgccuucgc gcgccggccg ccccuggccg agcucgccgc ccugaaccug uccgggagcc gccucgacga ggugcgggcc ggcgcguucg agcaccugcc gucccugcgc cagcucgacc ugagccacaa cccccuggcc gaccucuccc ccuucgccuu cagcgggagc aacgccuccg ugagcgcccc cuccccgcug gucgagcuga uccucaacca caucgugccc cccgaggacg agcggcagaa ccgcagcuuc gagggcaugg uggucgcggc ccugcuggcc gggcgggccc uccayggccu gcgccggcug gagcucgccu ccaaccacuu ccuguaccug ccccgcgacg ugcucgcgca gcugccgagc cugcggcacc ucgaccuguc caacaacagc cugguguccc ucaccuacgu cagcuuccgc aaccugacgc accuggaguc ccuccaccug gaggacaacg cccugaaggu gcugcacaac ggcacccucg ccgagcugca ggggcugccc cacauccggg uguuccucga caacaacccc ugggucugcg acugccacau ggccgacaug gugaccuggc ugaaggagac cgaggugguc
cagggcaagg accgccugac gugcgcguac cccgagaaga ugcggaaccg ggugcuccug gagcugaaca gcgccgaccu cgacugcgac ccgauccugc cccccucccu gcagaccagc uacguguucc ucgggaucgu ccuggcccug aucggcgcca ucuuccuccu ggugcuguac cucaaccgca agggcaucaa gaaguggaug cacaacaucc gggacgccug ccgcgaccac auggaggggu accacuaccg guacgagauc aacgcggacc cccgccuga.c caaccugucc agcaacuccg acgucugacc acuaguuaua agacugacua gcccgauggg ccucccaacg ggcccuccuc cccuccuugc accgagauua auaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaauauu cccccccccc cccccccccc ucuagacaau uggaauu
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
14 67
<210> 2
<211> 1263
<212> РНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> 5T4 CDS дикого типа
<400> 2
30 augccugggg ggugcucccg gggccccgcc gccggggacg ggcgucugcg gcuggcgcga cuagcgcugg uacuccuggg cugggucucc ucgucuucuc ccaccuccuc ggcauccucc
120
uucuccuccu cggcgccguu ccuggcuucc gccguguccg cccagccccc gcugccggac cagugccccg cgcugugcga gugcuccgag gcagcgcgca cagucaagug cguuaaccgc aaucugaccg aggugcccac ggaccugccc gccuacgugc gcaaccucuu ccuuaccggc aaccagcugg ccgugcuccc ugccggcgcc uucgcccgcc ggccgccgcu ggcggagcug gccgcgcuca accucagcgg cagccgccug gacgaggugc gcgcgggcgc cuucgagcau cugcccagcc ugcgccagcu cgaccucagc cacaacccac uggccgacc:u cagucccuuc gcuuucucgg gcagcaaugc cagcgucucg gcccccaguc cccuugugga acugauccug aaccacaucg ugcccccuga agaugagcgg cagaaccgga gcuucgaggg caugguggug gcggcccugc uggcgggccg ugcacugcag gggcuccgcc gcuuggagcu ggccagcaac cacuuccuuu accugccgcg ggaugugcug gcccaacugc ccagccucag gcaccuggac
180
240
300
360
480
540
600
660
uuaaguaaua auucgcuggu gagccugacc uacguguccu uccgcaaccu gacacaucua gaaagccucc accuggagga caaugcccuc aagguccuuc acaauggcac ccuggcugag uugcaagguc uaccccacau uaggguuuuc cuggacaaca aucccugggu cugcgacugc cacauggcag acauggugac cuggcucaag gaaacagagg uagugcaggg caaagaccgg cucaccugug cauauccgga aaciaaugagg aaucgggucc ucuuggaacu caacagugcu gaccuggacu gugacccgau ucuuccccca ucccugcaaa ccucuuaugu cuuccugggu auuguuuuag cccugauagg cgcuauuuuc cuccugguuu uguauuugaa ccgcaagggg auaaaaaagu ggaugcauaa caucagagau gccugcaggg aucacaugga aggguaucau uacagauaug aaaucaaugc ggaccccaga uuaacgaacc ucaguucuaa cucggauguc uga
<210> 3 <211> 1263 <212> РНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> 5T4 CDS GC-оптимизированная <400> 3
augcccggcg ggugcagccg gggcccggcc gccggggacg gccgccugcg gcucgcgcgc cuggcccugg ugcuccuggg gugggucucc agcuccagcc ccaccuccag cgccuccagc uucuccagcu ccgcccccuu ccuggccagc gcgguguccg cccagccccc gcuccccgac cagugccccg cccugugcga gugcagcgag gccgcgcgga ccgugaagug cgucaaccgc aaccugacgg aggugcccac cgaccucccg gccuacgugc ggaaccuguu ccugaccggc aaccagcucg ccguccugcc cgccggcgcc uucg ::gcgcc ggccgccccu ggccgagcuc gccgcccuga accuguccgg gagccgccuc gacgaggugc gggccggcgc guucgagcac cugccguccc ugcgccagcu cgaccugagc cacaaccccc uggccgaccu cucccccuuc gccuucagcg ggagcaacgc cuccgugagc gcccccuccc cgcuggucga gcugauccuc aaccacaucg ugccccccga ggacgagcgg cagaaccgca gcuucgaggg cauggugguc gcggcccugc uggccgggcg ggcccuccag ggccugcgcc ggcuggagcu cgccuccaac
cacuuccugu accugccccg cgacgugcuc gcgcagcugc cgagccugcg gcaccucgac cuguccaaca acagccuggu gucccucacc uacgucagcu uccgcaaccu gacgcaccug gagucccucc accuggagga caacgcccug aaggugcugc acaacggcac ccucgccgag cugcaggggc ugccccacau ccggguguuc cucgacaaca accccugggu cugcgacugc cacauggccg acauggugac cuggcugaag gagaccgagg ugguccaggg caaggaccgc cugacgugcq cguaccccqa aaagaugcgg aaccgggugc uccuggagcu gaacagcgcc gaccucgacu gcgacccgau ccugcccccc ucccugcaga ccagcuacgu guuccucggg aucguccugg cccugaucgg cgcoaucuuc cuccuggugc uguaccuoaa ccgcaagggc aucaagaagu ggaugcacaa cauccgggac gccugccgcg accacaugga gggguaccac uaccgguacg agaucaacgc ggacccccgc cugaccaacc uguccagcaa cuccgacguc uga
<210> 4 <211> 633 <212> РНК
<213> Искусственная последовательность <220>
<223> Сурвивина (GC)-muag-A64-C30 <400> 4
gggagaaagc uuaccauggg cgcccccacc cugccgccgg ccuggcagcc guuccucaag gaccaccgca ucucgaccuu caagaacugg ccguuccugg agggcugcgc gugcaccccg gagcggaugg ccgaggccgg cuucauccac ugccccaccg agaacgagoc ggaccuggcc cagugcuucu ucugcuucaa ggagcuggag ggcugggagc cggacgacga cccgaucgag g a g с а с a a g a a g с а с a g с a g cggcugcgcc uuccugagcg u g a a g a a g с a g u u с g a g g a g cugacgcucg gggaguuccu gaagcuggac cgggagcggg ccaagaacaa gaucgcgaag gagaccaaca acaagaagaa ggaguucgag gagaccgcca agaaggugcg gcgggccauc gagcagcugg ccgccaugga cugaccacua guuauaagac ugacuagccc gaugggccuc ccaacgggcc cuccuccccu ccuugcaccg agauuaauaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aauauucccc cccccccccc
cccccccccc ccccccucua gacaauugga auu
<210> 5 <211> 429 <212> РНК
<213> Искусственная последовательность <220>
<223> Сурвивина CDS дикого типа <400> 5
augggugccc cgacguugcc cccugccugg cagcccuuuc ucaaggacca ccgcaucucu acauucaaga acuggcccuu cuuggagggc ugcgccugca cccccgagcg gauggccgag gcuggcuuca uccacugccc cacugagaac gagccagacu uggcccagug uuucuucugc uucaaggagc uggaaggcug ggagccagau gacgacccca uagaggaaca uaaaaagcau ucguccgguu gcgcuuuccu uucugucaag aagcaguuug aagaauuaac ccuuggugaei uuuuugaaac uggacagaga aagagccaag aacaaaauug caaaggaaac caacaauaag aagaaagaau uugaggaaac ugcgaagaaa gugcgccgug ccaucgac'ca gcuggcugcc auggauuga
<210> 6 <211> 429 <212> РНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Сурвивина CDS GC-оптимизированная
<400> 6
augggcgccc ccacccugcc gccggccugg cagccguucc ucaaggacca ccgcaucucg accuucaaga acuggccguu ccuggagggc ugcgcgugca ccccggagcg gauggccgag gccggcuuca uccacugccc caccgagaac gagccggacc uggcccagug cuucuucugc uucaaggagc uggagggcug ggagccggac gacgacccga ucgaggagca caagaagcac agcagcggcu gcgccuuccu gagcgugaag aagcaguucg aggagcugac gcucggggag uuccugaagc uggaccggga gcgggccaag aacaagaucg cgaaggagac caacaacaag aagaaggagu ucgaggagac cgccaagaag gugcggcggg ccaucgagca gcuggccgcc
auggacuga
<210> 7 <211> 747 <212> РНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> NY-ESO-1 (GC)-MUAG-A64-C30 <400> 7
gggagaaagc uuaccaugca ggccgagggc cgcggcaccg gcggcucqac cggcgacgcc gacgggcccg gcggcccggg caucccggac ggcccgggcg ggaacgccgg cggcccgggc gaggccggcg ccaccggcgg gcggggcccg cggggcgccg gcgccgcccg ggcgagcggc cccggcgggg gcgccccgcg gggcccgcac ggcggcgccg ccagcggccJ gaacgggugc ugccggugcg gcgcccgcgg cccggagagc cggcuccugg aguucuaccu ggccaugccg uucgcgaccc cgauggaggc cgagcuggcc cggcggagcc uggcccagga cgccccgccg cugcccgugc cgggcgugcu ccugaaggag uucacgguga gcggcaacau ccugaccauc cggcugaccg ccgcggacca ccggcagcug cagcugucga ucagcagcug ccuccagcag cugagccugc ugauguggau cacccagugc uuccugccgg uguuccuggc ccagccgccc agcggccagc gccggugacc acuaguuaua agacugacua gcccgauggg ccucccaacg ggcccuccuc cccuccuugc accgagauua auaaaaaaaa aaaaaaaaaa. aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaauauu cccccccccc cccccccccc cccccccccc ucuagacaau uggaauu
<210> 8 < 2 11 > 5 4 3 <212> РНК
<213> Искусственная последовательность <220>
<223> NY-ESO-1 CDS дикого типа <400> 8
augcaggccg aaggccgggg cacagggggu ucgacgggcg augcugaugg cccaggaggc ccuggcauuc cugauggccc agggggcaau gcuggcggcc caggagaggc gggugccacg
ggcggcagag guccccgggg cgcaggggca gcaagggccu cggggccggg aggaggcgcc ccgcgggguc cgcauggcgg cgcggcuuca gggcugaaug gaugcugcag augcggggcc agggggccgg agagccgccu gcuugaguuc uaccucgcca ugccuuucgc gacacccaug gaagcagagc uggcccgcag gagccuggcc caggaugccc caccgcuucc cgugccaggg gugcuucuga aggaguucac uguguccggc aacauacuga cuauccgacu gacugcugca gaccaccgcc aacugcagcu cuccaucagc uccugucucc agcagcuuuc ccuguugaug uggaucacgc agugcuuucu gcccguguuu uuggcucagc cucccucagg gcagaggcgc uaa
< 2 1 0 > 9 <211> 543 <212> РНК
<213> Искусственная последовательность <220>
<223> NY-ESO-1 CDS GC-оптимизированная <400> 9
augcaggccg agggccgcgg caccggcggc ucgaccggcg acgccgacgg gcccggcggc ccgggcaucc cggacggccc gggc.gggaac gcgggcggcc cgggcgaggc cggcgccacc ggcgggcggg gcccgcgggg cgccggcgcc gcccgggcga gcggccccgg cgggggcgcc ccgcggggcc cgcacggcgg cgccgccagc ggccugaacg ggugcugccg gugcggcgcc cgcggcccgg agagccggcu ccuggaguuc uaccuggcca ugccguucgc gaccccgaug gaggccgagc uggcccggcg gagccuggcc caggacgccc cgccgcugcc cgugccgggc gugcuccuga aggaguucac ggugagcggc aacauccuga ccauccggcu gaccgccgcg gaccaccggc agcugcagcu guс g a u с ag с agcugccucc agcagcugag ccugcugaug uggaucaccc agugcuuccu gccgguguuc cuggcccagc cgcccagcgg ccagcgccgg uga
<210> 10 <211> 1800 <212> РНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> MAGE-C1 (ак 613-1142) (GC)-muag-A64-СЗО <400> 10
gggagaaagc uuaccaugca guccccgcug cagggcgagg aguuccagag cucccugcag agccccgugu ccaucugcag cuccagcacc cccuccagcc ucccgcagag cuuccccgag uccagccagu ccccccccga gggcccgguc cagagccccc ugcacucccc gcagagcccc ccggagggga ugcacuccca gagcccccug cagucccccg agagcgcccc cgagggcgag gacucccuca gcccgcugca gaucccccag uccccgcugg agggggagga cagccucucc agccugcacu ucccccaguc cccgcccgag ugggaggaca gccugagccc ccuccacuuc ccccaguucc cgccccaggg cgaggacuuc caguccagcc ugcagucccc cgugagcauc ugcuccagcu ccacgagccu gucccucccc cagagcuucc cggagucccc ccagagcccg cccgaggggc cggcgcaguc cccccugcag cgccccguga gcuccuucuu cagcuacacc cuggccuccc uccugcagag cucccacgag agcccgcaga gcccgcccga gggccccgcc caguccccgc ugcagagccc cgucuccagc uuccccucca gcaccuccag cucccucagc caguccagcc ccguguccag cuucccgucc agcaccucca gcucccugag caagagcucc cccgagagcc cccugcaguc ccccgugauc agcuucucca gcuccacgag ccucuccccg uucagcgagg aguccagcuc ccccgucgac gaguacacca gcuccagcga cacccugcug gaguccgaca gccucaccga cuccgagagc cugaucgaga gcgagccccu guucaccuac acgcucgacg agaaggugga cgagcuggcc cgguuccugc uccugaagua ccaggugaag cagcccauca ccaaggccga gaugcugacc aacgucaucu cccgcuacac cggcuacuuc ccggugaucu uccggaaggc gcgcgaguuc aucgagaucc ucuucgggau cagccugcgg gagguggacc ccgacgacuc cuacgucuuc gugaacacgc uggaccucac cagcgagggc ugccuguccg acgagcaggg gaugagccag aaccgccugc ucauccugau ccuguccauc aucuucauca agggcaccua cgccagcgag gaggucaucu gggacgugcu cuccgggauc ggcgugcggg ccggccgcga gcacuucgcc uucggggagc cccgggagcu gcugaccaag gucugggugc aggagcacua ccucgaguac cgcgaggugc ccaacagcuc cccgccccgg uacgaguucc uguggggccc ccgcgcccac agcgagguca ucaagcggaa ggugguggag
uuccuggcga ugcucaagaa cacggucccc aucaccuucc cguccagcua caaggacgcc cugaaggacg uggaggagcg ggcccaggcc aucaucgaca ccaccgacga cuccacggcc accgagagcg cguccagcuc cgugaugagc cccagcuucu ccagcgagug accacuaguu auaagacuga cuagcccgau gggccuccca acgggcccuc cuccccuccu ugcaccgaga uuaauaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaau auuccccccc cccccccccc cccccccccc cccucuagac aauuggaauu
<210> 11 <211> 3429 <212> РНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> полноразмерного MAGE-CI CDS дикого типа <400> 11
augggggaca aggauaugcc uacugcuggg augccgaguc uucuccagag uuccucugag aguccucaga guuguccuga gggggaggac ucccagucuc cucuccagau uccccagagu ucuccugaga gcgacgacac ccuguauccu cuccagaguc cucagagucg uucugagggg gaggacuccu cggauccucu ccagagaccu ccugagggga aggacuccca gucuccucuc cagauucccc agaguucucc ugagggcgac gacacccagu cuccucucca gaauucucag aguucuccug aggggaagga cucccugucu ccucuagaga uuucucagag cccuccugag ggugaggaug uccagucucc ucugcagaau ccugcgaguu ccuucuucuc cucugcuuua uugaguauuu uccagaguuc cccugagagu acucaaaguc cuuuugaggg uuuuccccag ucuguucucc agauuccugu gagcgccgcc uccuccucca cuuuagugag uauuuuccag ag uuс с с с u g agaguacuca aaguccuuuu gag g g u uuu с cccagucucc а с u ссag a u u ccugugagcc gcuccuucuc cuccacuuua uugaguauuu uccagaguuc cccugagaga acucagagua cuuuugaggg uuuugcccag ucuccucucc agauuccugu gagccccucc uccuccucca cuuuacugag ucuuuuccag aguuucucug agagaacuca gaguacuuuu gaggguuuug cccagucuuc ucuccagauu ccugugagcc ccuccuucuc cuccacuuua gugagucuuu uccagaguuc cccugagaga acucagagua cuuuugaggg uuuuccccag
ucuccucucc agauuccugu gagcuccucc aguuccccug agagaacuca caguacuuuu ccuaugaccu ccuccuucuc cucuacuuua gcucaaagua cuuuugaggg uuuuccccag uucuccucca cuuuacugag ucuuuuccag gaggguuuuc cccagucucc ucuccagauu uugaguauuu uacagaguuc uccugaqagu ucuccucucc agauuccugu gagcuccucu aguuccccug agagaacuca caguacuuuu ccugugagcu ccuccuccuc cuccuccacu uguacucaaa guacuuuuga ggguuuuccc ccugaagggg agaauaccca uucuccucuc gacucccugu cuccucacua cuuuccucag ccucacuacu uuccucagag cccuccucag ccucagagcc cucaggggga ggacucccug cagggggagg acuccauguc uccucucuac uuccagucuu cucuccagag cccugugagc ccccagaguu ucccugagag uucucagagu cauaguccuc agagcccucc ugaggggaug agugcuccug agggggagga uucccugucu ggagaggacu cccugucuuc ucuccauuuu cucucuccuc uccacuuucc ucaguuuccu cagaguccug ugaguaucug cuccuccucc gagaguccuc agaguccucc ugaggggccu uccuucuucu ccuacacuuu agcgagucuu ccuccugagg ggccugccca gucuccucuc
acuucaucga gucuuuccca gaguucuccu gugagcuccu uccccuccuc cacuucaucg agucuuucca agaguucccc ugagaguccu cuccagaguc cugugaucuc cuucuccucc
uccacuucau ugagcccauu cagugaagag uccagcagcc caguagauga auauacaagu uccucagaca ccuugcuaga gagugauucc uugacagaca gcgaguccuu gauagagagc 10 gagcccuugu ucacuuauac acuggaugaa aagguggacg aguuggcgcg guuucuucuc cucaaauauc aagugaagca gccuaucaca aaggcagaga ugcugacgaa ugucaucagc
agguacacgg gcuacuuucc ugugaucuuc aggaaagccc gugaguuc.au agagauacuu uuuggcauuu cccugagaga aguggacccu gaugacuccu augucuuugu aaacacauua gaccucaccu cugaggggug ucugagugau gagcagggca ugucccagaa ccgccuccug auucuuauuc ugaguaucau cuucauaaag ggcaccuaug ccucugagga ggucaucugg gaugugcuga guggaauagg ggugcgugcu gggagggagc acuuugccuu uggggagccc agggagcucc ucacuaaagu uugggugcag gaacauuacc uagaguaccg ggaggugccc aacucuucuc cuccucguua cgaauuccug ugggguccaa gagcucauuc agaagucauu aagaggaaag uaguagaguu uuuggccaug cuaaagaaua ccgucccuau uaccuuucca uccucuuaca aggaugcuuu gaaagaugug gaagagagag cccaggccau aauugacacc acagaugauu cgacugccac agaaagugca agcuccagug ucaugucccc cagcuucucu ucugaguga
2520 2580 2640 2700 2760 2820 2 8 8 0
2 94 0
3 0 0 0 3060 3120 3180 3240 3300 3360 3420 3429
<210> 12
<211> 3429
<212> РНК
<213> Искусственная последовательность
<223> полноразмерного MAGE-C1 CDS GC-оптимизированная 45 <400> 12
augggcgaca aggacaugcc caccgccggg augccgagcc ugcuccaguc cagcuccgag 60
agcccccagu ccugccccga gggcgaggac agccaguccc cccugcagau cccgcagagc 120
50 ucccccgaga gcgacgacac ccuguacccc cuccaguccc cgcagagccg guccgagggg 180
gaggacagcu ccgacccgcu gcagcgcccc cccgagggca aggacagcca guccccgcug 240
cagaucccgc agagcucccc cgagggggac gacacgcaga gcccccucca gaacagccag
300
uccagccccg agggcaagga cucccugagc ccgcuggaga ucucccagag cccccccgag 360
ggcgaggacg ugcagucccc gcuccagaac ccggccagcu ccuucuucag cuccgcgcug 420
cugagcaucu uccaguccag ccccgagucc acccagagcc ccuucgaggg guucccccag 480
uccguccucc agaucccggu gagcgccgcc uccagcagca cccugguguc caucuuccag 540
agcucccccg agagcaccca gucccccuuc gagggcuucc cccagaqccc gcugcaqauc 600
cccguguccc ggagcuucuc cagcacgcuc cuguccaucu uccagagcuc ccccgagcgc 660
acccagagca ccuucgaggg guucgcccag uccccgcugc agauccccgu gagccccucc 720
agcagcucca cccuccugag ccuguuccag uccuucagcg agcggacgca guccaccuuc 780
gagggcuucg cccagagcuc ccuccagauc cccgugagcc cguccuucag cuccacccuq 840
gucagccugu uccaguccag ccccgagcgc acccagucca cguucgaggg guucccccag 900
agcccccucc agaucccggu guccagcucc agcagcucca cccugcugag ccucuuccag 960
uccagccccg agcggaccca cuccaccuuc gagggcuucc cccagagccu gcugcagauc 1020
cccaugacgu ccagcuucuc cagcacccuc cuguccaucu uccagagcuc cccggagagc 1080
gcgcagucca ccuucgaggg cuucccccag agcccccugc agauccccgcf guccccgagc 1140
uucuccagca cccuccugag ccuguuccag uccagccccg agcgccicgcsi cuccaccuuc 1200
gagggcuucc cccagagccc ccuccagauc ccgaugaccu ccagcuucuc cagcacccug 1260
cuguccaucc uccagagcuc ccccgagagc gcccaguccg ccuucgaggg guucccccag 1320
agcccccugc agaucccggu guccagcucc uucagcuaca cgcugcucuc ccuguuccag 1380
agcagccccg agcggaccca cuccaccuuc gagggcuucc cccagagccc gcugcagauc 1440
cccgugucca gcuccagcuc cagcuccacc cuccugagcc uguucraquc cagccccgag 1500
ugcacgcagu ccaccuucga gggcuucccc cagagcccgc ugcagauccc ccaguccccc 1560
cccgaggggg agaacaccca cagcccgcuc cagaucgugc ccucccugcc cgagugggag 1620
gacagccugu ccccgcacua cuucccgcag agccccccgc agggcgagga cagccucucc 1680
ccccacuacu ucccgcagag cccgccccag ggggaggacu cccugagccc ccacuacuuc 1740
ccgcaguccc cccagggcga ggacagccug uccccgcacu acuuccccca gagcccgccc
1800
cagggggagg acuccaugag cccccucuac uucccccagu ccccgcugca gggcgaggag uuccagagcu cccugcagag ccccgugucc aucugcagcu ccagcacccc cuccagccuc ccgcagagcu uccccgaguc cagccagucc ccccccgagg gcccggucca gagcccccug cacuccccgc agagcccccc ggaggggaug cacucccaga gcccccugca gucccccgag agcgcccccg agggcgagga cucccucagc ccgcugcaga ucccccaguc cccgcuggag ggggaggaca gccucuccag ccugcacuuc ccccaguccc cgcccgagug ggaggacagc cuqagccccc uccacuuccc ccaguucccg ccccaqggcg aggacuucca guccagccug cagucccccg ugagcaucug cuccagcucc acgagccugu cccuccccca gagcuucccg gagucccccc agagcccgcc cgaggggccg gcgcaguccc cccugcagcg ccccgugagc uccuucuuca gcuacacccu ggccucccuc cugcagagcu cccacgagag cccgcagagc ccgcccgagg gccccgccca guccccgcug cagagccccg uguccagcuu ccccuccagc accuccagcu cccucagcca guccagcccc guguccagcu uccaguccag caccuccagc ucccugagca agagcucccc cgagagcccc cugcaguccc ccgugaucag cuucuccagc uccacgagcc ucuccccguu cagcgaggag uccagcuccc ccgucgacga guacaccagc uccagcgaca cccugcugga guccgacagc cucaccgacu ccgagagccu gaucgagagc gagccccugu ucaccuacac gcucgacgag aagguggacg agcuggcccg guuccugcuc cugaaguacc aggugaagca gcccaucacc aaggccgaga ugcugaccaa cgucaucucc cgcuacaccg gcuacuuccc ggugaucuuc cggaaggcgc gcgaguucau cgagauccuc uucgggauca gccugcggga gguggacccc gacgacuccu acgucuucgu gaacacgcug gaccucacca gcgagggcug ccuguccgac gagcagggga ugagccagaa ccgccugcuc auccugaucc uguccaucau cuucaucaag ggcaccuacg ccagcgagga ggucaucugg gacgugcucu ccgggaucgg cgugcgggcc ggccgcgagc acuucgccuu cggggagccc cgggagcugc ugaccaaggu cugggugcag gagcacuacc ucgaguaccg cgaggugccc aacagcuccc cgccccggua cgaguuccug uggggccccc gcgcccacag cgaggucauc aagcggaagg ugguggaguu ccuggcgaug cucaagaaca cgguccccau caccuucccg uccagcuaca aggacgcccu gaaggacgug gaggagcggg cccaggccau caucgacacc
1920
1980
2040
2100
2160
2280
234 0
2 4 00
2460
2520
2580
2640
2700
2760
2820
2880
2940
3000
3120
3180
3240
3300
accgacgacu ccacggccac cgagagcgcg uccagcuccg ugaugagccc cagcuucucc agcgaguga
<210> 13 <211> 1326 <212> РНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> MAGE-C2 (GC)-muag-A64-C30
<400> 13
gggagaaagc uuaccaugcc cccggugccc ggcguccccu uccggaacgu ggacaacgac agccccaccu ccguggagcu ggaggacugg gucgacgccc agcacccgac cgacgaggag gaggaggagg ccagcuccgc gagcuccacg cucuaccugg uguucagccc cuccagcuuc uccaccagcu ccagccugau ccucgggggc cccgaggagg aggaggugcc cuccgggguc aucccgaacc ugaccgagag cauccccucc agccccccgc agggcccgcc ccaggggccc ucccagagcc cccuguccag cugcugcagc uccuucagcu gguccagcuu cuccgaggag agcuccagcc agstagggcga ggacaccggc acgugccagg ggcucccgga cuccgagagc uccuucaccu acacccugga cgagaaggug gccgagcugg uggaguuccu ccugcugaag uacgaggccg aggagcccgu caccgaggcc gagaugcuca ugaucgugau caaguacaag gacuacuucc ccgugauccu gaagcgcgcc cgggaguuca uggagcugcu cuucggccug gcgcugaucg aggucgggcc cgaccacuuc ugcguguucg ccaacacggu gggccucacc gacgagggga gcgacgacga gggcaugccg gagaacuccc ugcugaucau cauccucagc gucaucuuca ucaagggcaa cugcgccucc gaggagguga ucugggaggu gcugaacgcc gucggggugu acgcgggccg cgagcacuuc guguacgggg agccccggga gcugcucacc aaggucuggg ugcagggcca cuaccuggag uaccgcgagg ugccgcacag cucccccccg uacuacgagu uccugugggg cccccgggcc cacagcgagu ccaucaagaa gaagguccuc gaguuccugg ccaagcugaa caacaccgug cccagcagcu uccccuccug guacaaggac gcccucaagg acgucgagga gcgcgugcag gccacgaucg acaccgcgga cgacgccacc gugauggcca gcgagucccu gagcgucaug uccagcaacg uguccuucag cgagugacca
cuaguuauaa gacugacuag cccgaugggc cucccaacgg gcccuccucc ccuccuugca 1200
ccgagauuaa uaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa 1260
aaaaaaaaaa aaaaauauuc cccccccccc cccccccccc cccccccccu cuagacaauu 1320
ggaauu 1326
<210> 14 <211> 1339 <212> РНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> MAGE-С2 (GC)-muag-A64-C30-гистонЗЬ
< 4 0 С с : 4
gggagaaagc uuaccaugcc cccggugccc ggcguccccu uccggaacgu ggacaacqac 60
agccccaccu ccguggagcu ggaggacugg gucgacgccc agcacccgac cgacgaggag 120
gaggaggagg ccagcuccgc gagcuccacg cucuaccugg uguucagccc cuccagcuuc 180
uccaccagcu ccagccugau ccucgggggc cccgaggagg aggaggugcc cuccgggguc 24 0
aucccgaacc ugaccgagag cauccccucc agccccccgc agggcccgcc ccaggggccc 300
ucccagagcc cccuguccag cugcugcagc uccuucagcu gguccagcuu cuccgaggag 360
agcuccagcc agaagggcga ggacaccggc acgugccagg ggcucccgga cuccgagagc 420
uccuucaccu acacccugga cgagaaggug gccgagcugg uggaguuccu ccugcugaag 480
uacgaggccg aggagcccgu caccgaggcc gagaugcuca ugaucgugau caaguacaag 540
gacuacuucc ccgugauccu gaagcgcgcc cgggaguuca uggagcugcu cuucggccug 600
gcgcugaucg aggucgggcc cgaccacuuc ugcguguucg ccaacacggu gggccucacc 660
gacyagggga gcgacgacga gggcaugccg gagaacuccc ugcugaucau cauc¦.;ucagс 720
gucaucuuca ucaagggcaa cugcgccucc gaggagguga ucugggaggu gcugaacgcc 780
gucggggugu acgcgggccg cgagcacuuc guguacgggg agccccggga gcugcucacc 840
aaggucuggg ugcagggcca cuaccuggag uaccgcgagg ugccgcacag cucccccccg 900
uacuacgagu uccugugggg cccccgggcc cacagcgagu ccaucaagaa. gaagguccuc 960
gaguuccugg ccaagcugaa caacaccgug cccagcagcu uccccuccug guacaaggac 1020
gcccucaagg acgucgagga gcgcgugcag gccacgaucg acaccgcgga cgacgccacc 1080
gugauggcca gcgagucccu gagcgucaug uccagcaacg uguccuucag cgagugacca 1140
cuaguuauaa gacugacuag cccgaugggc cucccaacgg gcccuccucc ccuccuugca 1200
ccgagauuaa uaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa 1260
aaaaaaaaaa aaaaaugcau cccccccccc cccccccccc cccccccccc caaaggcucu 1320
uuucagagcc accagaauu 1339
<210> 15 <211> 1122 <212> РНК
<213> Искусственная последовательность <220>
<223> MAGE-C2 CDS дикого типа <400> 15
augccucccg uuccaggcgu uccauuccgc aacguugaca acgacucccc gaccucaguu gaguuagaag acuggguaga ugcacagcau cccacagaug aggaagagga ggaagccucc uccgccucuu ccacuuugua cuuaguauuu ucccccucuu cuuucuccac auccucuucu cugauucuug gugguccuga ggaggaggag gugcccucug gugugauacc aaaucuuacc gagagcauuc ccaguagucc uccacagggu ccuccacagg guccuuccca gaguccucug agcuccugcu gcuccucuuu uucauggagc ucauucagug aggaguccag cagccagaaa ggggaggaua caggcaccug ucagggccug ccagacagug aguccucuuu cacauauaca cuagaugaaa agguggccga guuaguggag uuccugcucc ucaaauacga agcagaggag ccuguaacag aggcagagau gcugaugauu gucaucaagu acaaagauua cuuuccugug auacucaaga gagcccguga guucauggag cuucuuuuug gccuagcccu gauagaagug ggcccugacc acuucugugu guuugcaaac acaguaggcc ucaccgauga ggguagugau gaugagggca ugcccgagaa cagccuccug auuauuauuc ugagugugau cuucauaaag ggcaacugug ccucugagga ggucaucugg gaagugcuga augcaguagg gguauaugcu gggagggagc acuucgucua uggggagccu agggagcucc ucacuaaagu uugggugcag
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
ggacauuacc uggaguaucg ggaggugccc cacaguucuc cuccauauua ugaauuccug
900
ugggguccaa gagcccauuc agaaagcauc aagaagaaag uacuagaguu uuuagccaag cugaacaaca cuguuccuag uuccuuucca uccugguaca aggaugcuuu gaaagaugug gaagagagag uccaggccac aauugauacc gcagaugaug ccacugucau ggccagugaa agccucagug ucauguccag caacgucucc uuuucugagu ga
1020
1080
1122
<210> 16
<211> 1860
<212> РНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> MUC1 5 VNTR (GC)-muag-A64-С30
< 4 0 0 > 16
20 gggagaaagc uuaccaugac ccccggcacc cagagcccgu ucuuccugcJ ccugcugcuc acggugcuga ccgucgugac cggguccggc cacgccagcu ccacccccgg gggcgagaag
gagacgagcg ccacccagcg guccagcgug cccuccagca ccgagaagaa cgcggucucc augaccagcu ccgugcugag cucccacagc cccggguccg gcagcuccac gacccagggc caggacguga cccucgcccc ggccaccgag cccgccagcg gguccgccgc gacguggggc caggacguca ccagcgugcc cgugacccgc cccgcccugg ggagcaccac gccgcccgcc cacgacguca ccuccgcccc cgacaacaag cccgcgccgg gcagcaccgc cccccccgcc cacgggguga ccuccgcccc cgacacgcgg ccggcccccg gcagcaccgc gccccccgcc cacggcguga ccuccgcccc ggacacccgc cccgcccccg ggagcacggc cccgccggcg cacggcguca ccuccgcccc cgacacccgg cccgcccccg ggagcaccgc cccgcccgcc cacggcguga cguccgcgcc cgacacccgc ccggcccccg gcagcaccgc cccccccgcc cacgggguga rciccgcccc ggaca eg egg cccgcgcccg gcagcaccgc cccgccggec cacgggguca ccuccgcgcc cgacaaccgc cccgcccugg ggagcaccgc cccgcccgug cacaacguga ccuccgccag cggcuccgcg agcggguccg ccagcacccu cguccacaac ggcacguccg cccgggccac caccaccccc gccagcaagu ccacgcccuu cagcaucccg ucccaccaca gcgacacccc caccacccug gcgucccaca gcacgaagac cgacgccucc agcacccacc acuccagcgu gcccccgcug accagcucca accacagcac guccccgcag
6 0 120 180 240 300 360 420 480 540 600 660
780
840
900
960
cucagcaccg ggguguccuu cuucuuccug agcuuccaca ucuccaaccu gcaguucaac 1080 agcucccucg aggaccccag caccgacuac uaccaggagc ugcagcggga caucuccgag 1140
auguuccugc agaucuacaa gcagggcggc uuccucgggc ugagcaacau caaguuccgc 1200 cccggcuccg ucguggugca gcugacccuc gccuuccggg aggggacgau caacguccac 1260 10 gacguggaga cccaguucaa ccaguacaag accgaggccg ccagccgcua caaccugacc 1320 aucuccgacg ugagcgucuc cgacgugccc uucccguuca gcgcgcaguc cggcgccggc 1380 gugcccgggu ggggcaucgc ccugcucguc cuggugugcg ugcuggucgc ccucgccauc 1440
guguaccuga ucgcgcuggc cgugugccag ugccggcgca agaacuacgg gcagcucgac 1500 aucuuccccg cccgggacac guaccacccg augagcgagu acccgacoa ccacacccac 1560 20 ggccgcuacg ucccccccag cuccaccgac cggagccccu acgagaaggu guccgccggg 1620 aacggcggca gcucccugag cuacaccaac ccggcggugg ccgccgccuc cgccaaccug 1680 ugaccacuag uuauaagacu gacuagcccg augggccucc caacgggccc uccuccccuc 1740
cuugcaccga gauuaauaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa 1800 aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa auauuccccc cccccccccc cccccccccc cccccucuag 1860
<210> 17 <211> 1885 <212> РНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> MUC1 5 VNTR (GC)-muag-A64-C3О-гистонЭЬ
<400> 17
40 gggagaaagc uuaccaugac ccccggcacc cagagcccgu ucuuccugcu ccugcugcuc 60
acggugcuga ccgucgugac cggguccggc cacgccagcu ccacccccgg gggcgagaag 120
gagacgagcg ccacccagcg guccagcgug cccuccagca ccgagaagaa cgcggucucc 180
augaccagcu ccgugcugag cucccacagc cccggguccg gcagcuccac gacccagggc 240
caggacguga cccucgcccc ggccaccgag cccgccagcg gguccgccgc gacguggggc 300
50 caggacguca ccagcgugcc cgugacccgc cccgcccugg ggagcaccac gccgcccgcc 360
cacgacguca ccuccgcccc cgacaacaag cccgcgccgg gcagcaccgc cccccccgcc 420
cacgggguga ccuccgcccc cgacacgcgg ccggcccccg gcagcaccgc gccccccgcc 480
cacggcguga ccuccgcccc ggacacccgc cccgcccccg ggagcacggc cccgccggcg 540
cacggcguca ccuccgcccc cgacacccgg cccgcccccg ggagcaccgc cccgcccgcc 600
cacggcguga cguccgcgcc cgacacccgc ccggcccccg gcagcaccgc cccccccgcc 660
10 cacgggguga ccuccgcccc ggacacgcgg cccgcgcccg gcagcaccgc cccgccggcc 720
cacgggguca ccuccgcgcc cgacaaccgc cccgcccugg ggagcaccgc cccgcccgug 780
cacaacguga ccuccgccag cggcuccgcg agcggguccg ccagcacccu cguccacaac 840
ggcacguccg cccgggccac caccaccccc gccagcaagu ccacgcccuu cagcaucccg 900
ucccaccaca gcgacacccc caccacccug gcgucccaca gcacgaagac cgacgccucc 960
20 agcacccacc acuccagcgu gcccccgcug accagcucca accacagcac guccccgcag 1020
cucagcaccg ggguguccuu cuucuuccug agcuuccaca ucuccaaccu gcaguucaac 1080
agcucccucg aggaccccag caccgacuac uaccaggagc ugcagcggga caucuccgag 1140
auguuccugc agaucuacaa gcagggcggc uuccucgggc ugagcaacau caaguuccgc 1200
cccggcuccg ucguggugca gcugacccuc gccuuccggg aggggacgau caacguccac 1260
30 gacguggaga cccaguucaa ccaguacaag accgaggccg ccagccgcua caaccugacc 1320
aucuccgacg ugagcgucuc cgacgugccc uucccguuca gcgcgcaguc cggcgccggc 1380
gugcccgggu ggggcaucgc ccugcucguc cuggugugcg ugcuggucgc ccucgccauc 1440
guguaccuga ucgcgcuggc cgugugccag ugccggcgca agaacuacgg gcagcucgac 1500
aucuuccccg cccgggacac guaccacccg augagcgagu acccgaccua ccacacccac 1560
40 ggccgcuacg ucccccccag cuccaccgac cggagccccu acgagaaggu guccgccggg 1620
aacggcggca gcueccugag cuacaccaac ccggcggugg ccgccgccur cgccaaccug 16 8 0
ugaccacuag uuauaagacu gacucigcccg augggccucc caacgggccc uccuccccuc 1740
cuugcaccga gauuaauaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa 1800
aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa augr.aiirnnr. r.r.r.r.r.r.r.r.r.r. r.r.r.r.r.r.r.r.cr. r.r.r.r.r.r.r.aaa I860
50 ggcucuuuuc agagccacca gaauu 1885
<210> 18 <211> 1668 <212> РНК
<213> Искусственная последовательность <220>
<223> Mucl-5 VNTR CDS дикого типа <400> 18
augacaccgg gcacccaguc uccuuucuuc cugcugcugc uccucacagu gcuuacaguu guuacagguu cuggucaugc aagcucuacc ccagguggag aaaaggagac uucggcuacc cagagaaguu caqugcccaq cucuacuqaq aagaaugcug ugaguaugac cagcagcgua cucuccagcc acagccccgg uucaggcucc uccaccacuc agggacagga ugucacucug gccccggcca cggaaccagc aucagguuca gcugccaccu ggggacagga ugucaccucg gucccaguca ccaggccagc ccugggcucc accaccccgc cagcccacga ugucaccuca gccccggaca acaagccagc cccgggcucc accgcccccc cagcccacgg ugucaccucg gccccggaca ccaggccggc cccgggcucc accgcccccc cagcccacgg ugucaccucg gccccggaca ccaggccggc cccgggcucc accgcccccc cagcccacgg ugucaccucg gccccggaca ccaggccggc cccgggcucc accgcccccc cagcccacgg ugucaccucg gccccggaca ccaggccggc cccgggcucc accgcccccc cagcccacgg ugucaccucg gccccggaca ccaggccggc cccgggcucc accgcccccc cagcccacgg ugucaccucg gccccggaca acaggcccgc cuugggcucc accgccccuc caguccacaa ugucaccucg gccucaggcu cugcaucagg cucagcuucu acucuggugc acaacggcac cucugccagg gcuaccacaa. ccccagccag caagagcacu ccauucucaa uucccagcca ccacucugau acuccuacca cccuugccag ccauagcacc aagacugaug ccaguagcac ucaccauagc ucgguaccuc cucucaccuc cuccaaucac a g с а с u \ gugagugaug ugccauuucc uuucucugcc cagucugggg cuggggugcc aggcuggggc aucgcgcugc uggugcuggu cuguguucug guugcgcugg ccauugucua ucucauugcc uuggcugucu gucagugccg ccgaaagaac uacgggcagc uggacaucuu uccagcccgg gauaccuacc auccuaugag cgaguacccc accuaccaca cccaugggcg cuaugugccc ccuagcagua ccgaucguag ccccuaugag aagguuucug cagguaacgg uggcagcagc cucucuuaca caaacccagc aguggcagcc gcuucugcca acuuguag
<210> 19 <211> 14 80 <212> РНК
<213> Искусственная последовательность
< 2 2 0 >
<223> 5T4 (GC)-muag-A64-СЗО-гистонЭЬ <400> 19
gggagaaagc uuaccaugcc cggcgggugc agccggggcc cggccgccgg ggacggccgc cugcggcucg cgcgccuggc ccuggugcuc cugggguggg ucuccagcuc cagccccacc uccagcgccu ccagcuucuc cagcuccgcc cccuuccugg ccagcgcggu guccgcccag cccccgcucc ccgaccagug ccccgcccug ugcgagugca gcgaggccgc gcggaccgug aagugcguca accgcaaccu gacggaggug cccaccgacc ucccggccua cgugcggaac cuguuccuga ccggcaacca gcucgccguc cugcccgccg gcgccuucgc gcgccggccg ccccuggccg agcucgccgc ccugaaccug uccgggagcc gccucgacga ggugcgggcc ggcgcguucg agcaccugcc gucccugcgc cagcucgacc ugagccacaa cccccuggcc gaccucuccc ccuucgccuu cagcgggagc aacgccuccg ugagcgcccc cuccccgcug yucg^gcuga uccucaacca caucgugccc cccgaggacg agcggcagaa ccg с J g';u u ¦_¦ gagggcaugg uggucgcggc ccugcuggcc gggcgggccc uccagggccu gcgccggcug gagcucgccu ccaaccacuu ccuguaccug ccccgcgacg ugcucgcgca gcugccgagc cugcggcacc ucgaccuguc caacaacagc cugguguccc ucaccuacgu cagcuuccgc aaccugacgc accuggaguc ccuccaccug gaggacaacg cccugaaggu gcugcacaac ggcacccucg ccgagcugca ggggcugccc cacauccggg uguuccucga caacaacccc
ugqgucugcg acugccacau ggccgacaug gugaccuggc ugaaggagac cgaggugguc cagggcaagg accgccugac gugcgcguac cccgagaaga ugcggaaccg ggugcuccug gagcugaaca gcgccgaccu cgacugcgac ccgauccugc cccccucccu gcagaccagc uacguguucc ucgggaucgu ccuggcccug aucggcgcca ucuuccuccu ggugcuguac cucaaccgca agggcaucaa gaaguggaug cacaacaucc gggacgccug ccgcgaccac auggaggggu accacuaccg guacgagauc aacgcggacc cccgccugac caaccugucc agcaacuccg acgucugacc acuaguuaua agacugacua gcccgauggg ccucccaacg ggcccuccuc cccuccuugc accgagauua auaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaugca uccccccc:c CCCCCCCCCJ cccccccccc ccaaaggcuc uuuucagagc caccagaauu
<210> 20 <211> 646 <212> РНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Сурвивин (GC)-тиад-А64-С30-гистонБЬ <400> 20
gggagaaagc uuaccauggg cgcccccacc cugccgccgg ccuggcagcc guuccucaag gaccaccgca ucucgaccuu caagaacugg ccguuccugg agggcugcgc gugcaccccg gagcggaugg ccgaggccgg cuucauccac ugccccaccg agaacgagcc ggaccuggcc cagugcuucu ucugcuucaa ggagcuggag ggcugggagc cggacgacga cccgaucgag gagcacaaga agcacagcag cggcugcgcc uuccugagcg ugaagaagca guucgaggag cugacgcucg gggaguuccu gaagcuggac cgggagcggq ccaagaacaa gaucgcgaag gagaccaaca acaagaagaa ggaguucgag gagaccgcca agaaggugcg gcgggccauc gagcagcugg ccgccaugga cugaccacua guuauaagac ugacuagccc gaugggccuc ccaacgggcc cuccuccccu ccuugcaccg agauuaauaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaugcauccc cccccccccc cccccccccc ccccccccaa aggcucuuuu cagagccacc agaauu
<210>
<211>
760
<212>
РНК
<213>
Искусственная последовательность
<220>
<223> NY-ESO-1 (GC)-тиад-Аб4-С30-гистонЗЬ <400> 21
gggagaaagc uuaccaugca ggccgagggc cgcggcaccg gcggcuccac cggcgacgcc qacgggcccg gcggcccggg caucccggac ggcccgggcg ggaacgcggg cggcccgggc gaggccggcg ccaccggcgg gcggggcccg cggggcgccg gcgccgcccg ggcgagcggc cccggcgggg gcgccccgcg gggcccgcac ggcggcgccg ccagcggccj gaacgggugc ugccggugcg gcgcccgcgg cccggaqagc cggcuccugg aquucuacca ggccaugccg uucgcgaccc cgauggaggc cgagcuggcc cggcggagcc uggcccagga cgccccgccg cugcccgugc cgggcgugcu ccugaaggag uucacgguga gcggcaacau ccugaccauc cggcugaccg ccgcggacca ccggcagcug cagcugucga ucagcagcug ccuccagcag cugagccugc ugauguggau cacccagugc uuccugccgg uguuccuggc ccagccgccc agcggccagc gccggugacc acuaguuaua agacugacua gcccgauggg ccucccaacg ggcccuccuc cccuccuugc accgagauua auaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaugca uccccccccc cccccccccc cccccccccc ccaaaggcuc uuuucagagc caccagaauu
<210> 22
<211> 1813
<212> РНК
<213'- Искусственная последовательность
<220>
<223> MAGE-C1 (aa 613-1142) (GC) -muag-A64-C3 O-MCTOHSL <400> 22
gggagaaagc uuaccaugca guccccgcug cagggcgagg aguuccagag cucccugcag agccccgugu ccaucugcag cuccagcacc cccuccagcc ucccgcaqag cuuccccgag uccagccagu ccccccccga gggcccgguc cagagccccc ugcacucccc gcagagcccc
ccggagggga uqcacuccca gagcccccug cagucccccg agagcgcccc cgagggcgag
240
gacucccuca gcccgcugca gaucccccag uccccgcugg agggggagga cagccucucc agccugcacu ucccccaguc cccgcccgag ugggaggaca gccugagccc ccuccacuuc ccccaguucc cgccccaggg cgaggacuuc caguccagcc ugcagucccc cgugagcauc ugcuccagcu ccacgagccu gucccucccc cagagcuucc cggagucccc ccagagcccg cccgaggggc cggcgcaguc cccccugcag cgccccguga gcuccuucuu cagcuacacc cuggccuccc uccugcagag cucccacgag agcccgcaga gcccgcccga gggccccgcc caguccccgc ugcagagccc cgucuccagc uuccccucca gcaccuccag cucccucagc caguccagcc ccguguccag cuucccgucc agcaccucca gcucccugag caagagcucc cccgagagcc cccugcaguc ccccgugauc agcuucucca gcuccacgag ccucuccccg uucagcgagg aguccagcuc ccccgucgac gaguacacca gcuccagcgei cacccugcug gaguccgaca gccucaccga cuccgagagc cugaucgaga gcgagccccu guucaccuac acgcucgacg agaaggugga cgagcuggcc cgguuccugc uccugaagua ccaggugaag cagcccauca ccaaggccga gaugcugacc aacgucaucu cccgcuacac cggcuacuuc ccggugaucu uccggaaggc gcgcgaguuc aucgagaucc ucuucgggau cagccugcgg gagguggacc ccgacgacuc cuacgucuuc gugaacacgc uggaccucac cagcgagggc ugccuguccg acgagcaggg gaugagccag aaccgccugc ucauccugau ccuguccauc aucuucauca agggcaccua cgccagcgag gaggucaucu gggacgugcu cuccgggauc
ggcgugcggg ccggccgcga gcacuucgcc uucggggagc cccgggagcu gcugaccaag 40 gucugggugc aggagcacua ccucgaguac cgcgaggugc ccaacagcuc cccgccccgg
uacgaguucc uguggggccc ccgcgcccac agcgagguca ucaagcggaa ggugguggag
uuccuggcga ugcucaagaa cacggucccc aucaccuucc cguccagcua caaggacgcc cugaaggacg uggaggagcg ggcccaggcc aucaucgaca ccaccgacga cuccacggcc accgagagcg cguccagcuc cgugaugagc cccagcuucu ccagcgagug accacuaguu auaagacuga cuagcccgau gggccuccca acgggcccuc cuccccuccu ugcaccgaga
300 360 420 480 54 0 600 660
7 80 840 900 960 1020 1080 1140 1200 1260 1320 1380 1 4 4 0 1500 1560 1620 1680
uuaauaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa
1740
aaaaaaaaau gcaucccccc cccccccccc cccccccccc cccccaaagg cucuuuucag agccaccaga auu
<210> 23 <211> 133 9 <212> РНК
<213> Искусственная последовательность <220>
<223> MAGE-C2 (GC)-muag-A64-C30-TMCTOHSL
< 4 0 0 > 2 3
gggagaaagc uuaccaugcc cccggugccc ggcguccccu uccggaacgu ggacaacgac agccccaccu ccguggagcu ggaggacugg gucgacgccc agcacccgac cgacgaggag gaggaggagg ccagcuccgc gagcuccacg cucuaccugg uguucagc:c cuccagcuuc uccaccagcu ccagccugau ccucgggggc cccgaggagg aggaggugcc cuccgggguc aucccgaacc ugaccgagag cauccccucc agccccccgc agggcccgcc ccaggggccc ucccagagcc cccuguccag cugcugcagc uccuucagcu gguccagcuu cuccgaggag agcuccagcc agaagggcga ggacaccggc acgugccagg ggcucccgga cuccgagagc uccuucaccu acacccugga cgagaaggug gccgagcugg uggaguuccu ccugcugaag uacgaggccg aggagcccgu caccgaggcc gagaugcuca ugaucgugau caaguacaag gacuacuucc ccgugauccu gaagcgcgcc cgggaguuca uggagcugcu cuucggccug gcgcugaucg aggucgggcc cgaccacuuc ugcguguucg ccaacacggu gggccucacc gacgagggga gcgacgacga gggcaugccg gagaacuccc ugcugaucau cauccucagc gucaucuuca ucaagggcaa cugcgccucc gaggagguga ucugggaggu gcugaacgcc jacggggugu acgcggic.rg ^gagcacuue g ug ¦ i a eg g gg agccccggea g e\: g cu cacc aaggucuggg ugcagggeca cuaccuggag uaccgegagg ugccgcacag cucccccccg uacuacgagu uccugugggg cccccgggcc cacagegagu ccaucaagaa gaagguccuc gaguuecugg ccaagcugaa caacaccgug cccagcagcu uccccuccug guacaaggac gcccucaagg acgucgagga gcgcgugcag gccacgaucg acaccgcgga cgacgccacc gugauggeca gcgagucccu gagequcaug uccagcaacg uguccuucag cgagugacca
cuaguuauaa gacugacuag cccgaugggc cucccaacgg gcccuccucc ccuccuugca ccgagauuaa uaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaugcau cccccccccc cccccccccc cccccccccc caaaggcucu uuucagagcc accagaauu
<210> 24 <211> 1885 <212> РНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> MUC1 5 VNTR {GC) -muag-A64-C30-гистонSL < 4 0 0 > 2 4
gggagaaagc uuaccaugac ccccggcacc cagagcccqu ucuuccugcu ccugcugcuc acggugcuga ccgucgugac cggguccggc cacgccagcu ccacccccgg gggcgagaag gagacgagcg ccacccagcg guccagcgug cccuccagca ccgagaagaa cgcggucucc augaccagcu ccgugcugag cucccacagc cccggguccg gcagcuccac gacccagggc caggacguga cccucgcccc ggccaccgag cccgccagcg gguccgccgc gacguggggc caggacguca ccagcgugcc cgugacccgc cccgcccugg ggagcaccac gccgcccgcc cacgacguca ccuccgcccc cgacaacaag cccgcgccgg gcagcaccgc cccccccgcc cacgggguga ccuccgcccc cgacacgcgg ccggcccccg gcagcaccgc gccccccgcc cacggcguga ccuccgcccc ggacacccgc cccgcccccg ggagcacggc cccgccggcg cacggcguca ccuccgcccc cgacacccgg cccgcccccg ggagcaccgc cccgcccgcc cacggcguga cguccgcgcc cgacacccgc ccggcccccg gcagcaccgc cccccccgcc cacgggguga ccuccgcccc ggacacgcgg cccgcgcccg gcagcaccgc cccgccggcc cacgggguca ccuccgcgcc cgacaaccgc cccgcccugg ggagcaccgc cccgcccgug cacaacguga ccuccgccag cggcuccgcg agcggguccg ccagcacccu cguccacaac ggcacguccg cccgggccac caccaccccc gccagcaagu ccacgcccuu cagcaucccg ucccaccaca gcgacacccc caccacccug gcgucccaca gcacgaaga: cgacgccucc agcacccacc acuccagcgu gcccccgcug accagcucca accacagcac guccccgcag
cucagcaccg ggguguccuu cuucuuccug agcuuccaca ucuccaaccu gcaguucaac agcucccucg aggaccccag caccgacuac uaccaggagc ugcagcggga caucuccgag auguuccugc agaucuacaa gcagggcggc uuccucgggc ugagcaacau caaguuccgc cccggcuccg ucguggugca gcugacccuc gccuuccggg aggggacgau caacguccac gacguggaga cccaguucaa ccaguacaag accgaggccg ccagccgcua caaccugacc aucuccgacg ugagcgucuc cgacgugccc uucccguuca gcgcgcaguc cggcgccggc gugcccgggu ggggcaucgc ccugcucguc cuggugugcg ngrnggnngr rrnrgrranr guguaccuga ucgcgcuggc cgucugccag ugccggcgca agaacuacgg gcagcucgac aucuuccccg cccgggacac guaccacccg augagcgagu acccgaccua ccacacccac ggccgcuacg ucccccccag cuccaccgac cggagccccu acgsqaaggu guccgccgqg aacggcggca gcucccugag cuacaccaac ccggcggugg ccgccgccuc cgccaaccug ugaccacuag uuauaagacu gacuagcccg augggccucc caacgggccc uccuccccuc cuugcaccga gauuaauaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa augcaucccc cccccccccc cccccccccc cccccccaaa ggcucuuuuc agagccacca gaauu
<210> 25 <211> 1596 <212> РНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> MAGE-CI (ак 613-1142) CDS GC-оптимизированная
<400> 25
aug-.":-; gc ;c с cgcugcaggc ,-gaggaguuc cagagcucc agcjgagccc cguguccau "
ugcagcucca gcacccccuc cagccucccg cagagcuucc ccgaguccag ccaguccccc
cccgagggcc cgguccagag cccccugcac uccccgcaga gccccccgga ggggaugcac
ucccagagcc cccugcaguc ccccgagagc gcccccgagg gcgaggacuc ccucagcccg
cugcagaucc cccagucccc gcuggagggg gaggacagcc ucuccagccu gcacuucccc
caguccccgc ccgaguggga ggacagccug agcccccucc acuuccccca guucccgccc
cagggcgagg acuuccaguc cagccugcag ucccccguga gcaucugcuc cagcuccacg 420
agccuguccc ucccccagag cuucccggag uccccccaga gcccgcccga ggggccggcg 480
cagucccccc ugcagcgccc cgugagcucc uucuucagcu acacccuggc cucccuccug 540
cagagcuccc acgagagccc gcagagcccg cccgagggcc ccgcccaguc cccgcugcag 600
10 agccccgugu ccagcuuccc cuccagcacc uccagcuccc ucagccaguc cagccccgug 660
uccagcuucc cguccagcac cuccagcucc cugagcaaga gcucccccga gagcccccug 720
caqucccccg ugaucagcuu cuccagcucc acgaqccucu ccccguucag cgagqaqucc 780
agcucccccg ucgacgagua caccagcucc agcgacaccc ugcuggaguc cgacagccuc 840
accgacuccg agagccugau cgagagcgag ccccuguuca ccuacacgcu cgacgagaag 900
20 guggacgaqc uggcccgguu ccugcucoug aaguaccagg ugaagcagcc caucaccaag 960
gccgagaugc ugaccaacgu caucucccgc uacaccggcu acuucccggu gaucuuccgg 1020
aaggcgcgcg aguucaucga gauccucuuc gggaucagcc ugcgggaggu ggaccccgac 1080
gacuccuacg ucuucgugaa cacgcuggac cucaccagcg agggcugccu guccgacgag 1140
caggggauga gccagaaccg ccugcucauc cugauccugu ccaucaucuu caucaagggc 1200
30 accuacgcca gcgaggaggu caucugggac gugcucuccg ggaucggcgu gcgggccggc 12 60
cgcgagcacu ucgccuucgg ggagccccgg gagcugcuga ccaaggucug ggugcaggag 1320
cacuaccucg aguaccgcga ggugc.ccaac agcuccccgc cccgguacga guuccugugg 1380
ggcccccgcg cccacagcga ggucaucaag cggaaggugg uggaguuccu ggcgaugcuc 1440
aagaacacgg uccccaucac cuucccgucc agcuacaagg acgcccugaa ggacguggag 1500
40 gagcgggccc aggccaucau cgacaccacc gacgacucca cggccaccga gagcgcgucc 1560
45 <210> 26
<211> 16
<212> РНК
<213> Искусственная последовательность
50 <220>
<223> Последовательность формулы (Ic)
age u ;:cj uu a ugagccccag euueueeaae gaguga 1596
<220>
<221> misc_feature
<222> (1) . . (1)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<220>
<221> misc_feature
<222> (3)..(8)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<220>
<221> misc_feature
<222> (10) . . (14)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<220>
<221> misc_feature
<222> ( 16) . . (16)
<223> п обозначает a, a, t, g к с или их нуклеотидный аналог
<400> 26
ngnnnnnnun nnnncn
<210> 27
<211> 26
<212> РНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность формулы (11с)
<220>
<221> misc_feature
<222> (1) . . (2)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог;
присутствовать или отсутствовать
<220>
<221> misc_feature
'222> (3; . . ;t ;
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<220>
<221> misc__f eature
<222> (8)..(13)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<220>
<221> misc_feature
<222> (15)..(19)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидьый аналог
<220>
<221> misc_feature
<222> (21) . . (24)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<220>
<221> misc_feature
<222> (25)..(26)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог;
присутствовать или отсутствовать.
<400> 27
nnnnnngnnn nnnunnnnnc nnnnnn
< 210 > 2 8
<211> 16
<212> РНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность формулы (Id)
<220>
<221> misc_feature
<222> (1) . . (1)
<223> п обозначает а, и, 1:, g
<220>
<221> misc_feature
<222> (3) . . (8)
<223> п обозначает а, и, t, g
<220>
<221> misc_feature
<222> (10) . . (14)
<223> п обозначает а, и, t, g
<220>
<221> misc_feature
<222> (16) . . (16)
<223> п обозначает а, и, t, g
<400> 28
ncnnnnnnun nnnngn
и с ИЛИ их нуклеотидный аналог
и с или их нуклеотидный аналог
и с или их нуклеотидный аналог
и с или их нуклеотидный аналог
<210> 29 <211> 26
<212> РНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность формулы (lid)
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(2)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
присутствовать или отсутствовать .
<220>
<221> misc_feature
< 2 2 2 > ( 3 ) . . ( 6 )
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<-22i> misc_f eature
<222> (8) . . (13)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<220>
<221> misc_feature
<222> (15)..(19)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<220>
<221> misc_feature
<222> (21)..(23)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<220>
<221> misc_feature
<222> (24)..(26)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог;
присутствовать или отсутствовать
<400> 29
nnnnnncnnn nnnunnnnng nnnnnn
<210> 30
<211> 16
<212> РНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность формулы (1е)
<220>
<221> ir.isc_f eature
<222> (3) . . (8)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<220>
<221> misc_feature
<222> (10) .. (14)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
< 4 0 0 > 3 0
dgnnnnrmun nnnnch
<210>
< 2 1 1 >
31 2 6 РНК
Искусственная последовательность <223> Последовательность формулы (Не)
<220>
<221> misc_feature
<222> (1) . . (2)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог;
присутствовать или отсутствовать
<220>
<221> misc_feature
<222> (3)..(5)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<220>
<221> misc_feature
<222> (8)..(13)
<223> п обозначает a, u, t, g и с ИЛИ ИХ нуклеотидный аналог
<220>
<221> misc_feature
2 2 2"- ! 1 5 ) . . ( 1 9 )
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<220>
<221> misc_feature
<222> (22) . . (23)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<220>
<221> misc_feature
<222> (24) . . (26)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог присутствовать или отсутствовать
<400> 31
nnnnndgnnn nnnunnnnnc hnrmnn
<210> 32
<211> 16
<212> РНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность формулы (If)
<220>
<221> raise feature
< 2 2 2 - i)
<223> п обозначает a, u, t, g
<220>
<221> misc_feature
<222> (3) .. (3)
<223> п обозначает а, и, t, g
<220>
<221> misc_feature
<222> (7) . . (8)
<223> п обозначает а, и, t, g
<220>
<221> misc_feature
<222> (10)..(10)
<223> п обозначает а, и, t, g
<220>
<221> misc_feature
<222> (12)..(12)
<223> п обозначает а, и, t, g
< 2 2 0 '
<221> misc__f eature
<222> (14) . . (14)
<223> п обозначает а, и, t, g
<220>
<221> misc_feature
<222> (16)..(16)
<223> п обозначает а, и, t, g
и с ИЛИ их нуклеотидный анало!
и с или их нуклеотидный аналог
и С ИЛИ ИХ нуклеотидный аналог
и с или их нуклеотидный аналог
и с или их нуклеотидный аналог
и с или их нуклеотидный аналог
и с или их нуклеотидный аналог
<400> 32
ngnbyynnun vndncn
<210> 33
<211> 26
<212> РНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность формулы (Ilf)
<220>
<221> miscfeature <222> (1) . . (2)
<223> n обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог присутствовать или отсутствовать
< 2 2 0 >
< 2 21> misc feature
<222> (3)..(6)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<220>
<221> misc__f eature
<222> (8) . . (8)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<220>
<221> misc_feature
<222> (12) .. (13)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<220>
<221> misc_feature
<222> (15)..(15)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<220>
<221> misc_feature
<222> (17) . . (17)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<220>
<221> misc_feature
<222> (19)..(19)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<220>
<221> misc_feature
<222> (21) . . (23)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<220>
<221> misc_feature <222> (24)..(26)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог присутствовать или отсутствовать
<400> 33
nnnnnngnby ynnunvndnc nnnnnn
<21Q~> 34
<211> 16
<"212> РНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<22 3> Последовательность формулы
<220>
<221> miscfeature
<222> (1) . . (1)
<223> n обозначает a, u, t, g
<220>
<221> misc_feature
<222> (8) . . (8)
<223> n обозначает a, u, t, g
<220>
<221> misc_feature
<222> (16)..(16)
<223> n обозначает a, u, t, -g
<400> 34
nghyyydnuh abrdcn
и с или их нуклеотидный аналог
и с или их нуклеотидный аналог
и с или их нуклеотидный аналог
<210> 35
<211> 26
-212> РНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность формулы (Hg)
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(2)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог;
присутствовать или отсутствовать
<220>
<221> misc_feature
<222> (4)..(6)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<220>
<221> misc_feature
<222> (13) . . (13)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<220>
<221> misc^feature
<222> (21). .(23)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
2 2 0 >
'221> misc feature
х 2 2 2 > (24).. (25:
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог;
присутствовать или отсутствовать
<220>
<221> misc_feature
<222> (26)..(26)
<223> может присутствовать или отсутствовать
<400> 35
nnhnnnghyy ydnuhabrdc nnnnnh
<210> 36
<211> 16
<212> РНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность формулы (Ih)
<400> 36 dghycudyuh as г гcc
<210> 37
<211> 26
<212> РНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность формулы (Ilh)
<220>
<221> misc_feature <222> (1) .. (1)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог присутствовать или отсутствовать
<220>
<221> misc_feature <222> (2)..(2)
<223> может присутствовать или отсутствовать
<220>
<221> misc_feature <222> ( 25) . . (25)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог присутствовать или отсутствовать
<22 0>
<22 1> mi5c_feature <222> (26) . . (26)
<223> может присутствовать или отсутствовать <400> 37
nhaahdghyc udyuhasrrc cvhbnh
<210> 38
<211> 16
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность формулы (1с)
<400> 38
vgyyyyhhth rvvrcb
<210> 39
<211> 16
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность формулы (1с)
<400> 39 sgyyyttytra arrrcs
<210> 40
<211> 16
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность формулы (Ic)
<400> 40
sgyycttttm agrrcs
<210> 41
<211> 16
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<22 0>
<223> Последовательность формулы (Ie)
<220>
<221> misc_feature
<222> (3) . . (5)
<223> n обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<220>
<221> misc_feature
<222> (7)..(8)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<220>
<221> misc_feature
<222> (12) . . (14)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<400> 41
dgnnnbnnth vnnnch
<210> 42
<211> 16
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность формулы (1е)
<220>
<221> raisc_feature
<222> (3) . . (5)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<220>
<221> misc_feature
<222> (13) . . (14)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<400> 42 rgnnnyhbth rdnncy
<210> 43
<211> 16
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность формулы (1е)
< 2 2 0 >
<221> misc_feature
<222> (3) . . (3)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<220>
<221> mi sc__f eature
<222> (14) . . (14)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<400> 43
rgndbyhyth rdhncy
<210> 44
<211> 16
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность формулы (If)
<,4и0'- с;
vgyyytyhth rvrrcb
<210> 45
<211> 16
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность формулы (If)
<400> 45 sgyycttytm agrrcs
<210> 46
<211> 16
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность формулы (If)
< 4 0 0 > 4 6 sgyycttttm agrrcs
<210> 47
<2J \> 6
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность формулы (Ig)
<400> 47 ggyycttyth agrrcc
<210> 48
<211> 16
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность формулы (Ig)
<400> 48 ggcycttytm agrgcc
<2i0> 44
<211> 16
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность формулы (Ig)
<400> 49 ggctcttttm agrgcc
<210> 50
<211> 16
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность формулы (Ih)
<400> 50 dghyctdyth asrrcc
<210> 51
<211> 16
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<223> Последовательность формулы (In
<400> 51 ggcyctttth agrgcc
<210> 52
<211> 16
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность формулы (Ih)
<400> 52
ggcycttttm agrgcc
<210> 53
<211> 26
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность формулы (He)
<220>
<221> misc_feature <222> (1) . . (2)
<223> может присутствовать или отсутствовать <220>
<221> misc_feature <222> (25)..(26)
<223> n обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный присутствовать или отсутствовать
<400> 53
hhhhvvgyyy yhhthrvvrc bvhhnn
<210> 54
<211> 26
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность формулы (11с.)
<22J> misc_feature
<222> (1) . . (2)
<223> может присутствовать или отсутствовать
<220>
<221> misc_feature
<222> (25)..(26)
<223> может присутствовать или отсутствовать
<400> 54
mhmhmsgyyy ttytmarrrc smchhh
<210> 55
<211> 26
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность формулы (Не)
<2 2 0>
<221> misc feature
<222> (1)..(2)
<223> может присутствовать или отсутствовать
<220>
<221> raisc_feature
<222> (25)..(26)
<223> может присутствовать или отсутствовать
<400> 55
irmrnrmmsgyyc ttttmagrrc sachmh
<210> 56
<211> 26
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность формулы (Не)
<220>
<221> misc_feature < 2 2 2 > ( 1 ) . . ( 2 )
<22 3> n обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог поисутствсвать или отсутствовать
<222> (3)..(5)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<220>
<221> misc_feature
<222> (8)..(10)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<220>
<221> misc_feature
<222> (12) . . (13)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<220>
<221> misc_feature
<222> (17)..(19)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<220>
<221> misc_feature <222> (22) . . (22)
:: обозначает а, . , ' , g и с или их нуклеотидный аналое
<220>
<221> misc_feature <222> (24)..(26)
<22 3> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог; присутствовать или отсутствовать
<400> 56
nnnnndgnnn bnnthvnnnc hnhnnn
<210> 57
<211> 26
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность формулы (Не)
<220>
<221> misc_feature <222> (1) . . (1)
<223> n обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог присутствовать или отсутствовать
< 2 2 0 >
<221> mi sc_f eature
< 2 2 2 > ¦' 2 i . . ( 2 )
<223> n обозначает a, u, I, g и с или их нуклеотидный аналог
присутствовать или отсутствовать
<220>
<221> misc_feature
<222> (5)..(5)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<220>
<221> misc_feature
<222> (8)..(10)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<220>
<221> misc_feature
<222> (18)..(19)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<220>
<221> misc_feature
<222> (24) . . (24)
<223> может присутствовать или отсутствовать
<220>
<221> misc_feature
<222> (25) . . (26)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог;
присутствовать или отсутствовать
<400> 57
nnhhnrgnnn yhbthrdnnc ydhhnn
<210> 58
<211> 26
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность формулы (Не)
<220>
<221> misc_feature
<222> (1) . . (1)
<223> n обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
присутствовать или отсутствовать
<220>
<221> ruisc feature
<222> (2) . . (2}
<223> может присутствовать или отсутствовать
<220>
<221> misc_feature
<222> (8) . . (8)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<220>
<221> misc_feature
<222> (19)..(19)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
<220>
<221> misc_feature
<222> (24)..(26)
<223> может присутствовать или отсутствовать
<400> 58
nhhhvrgndb yhythrdhnc yrhhhh
<210> 59
<211> 26
--2 12> ДНУ.
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность формулы (Ilf)
<220>
<221> misc_feature
<222> (1) . . (2)
<223> может присутствовать или отсутствовать
<220>
<221> misc_feature
<222> (25)..(25)
<223> может присутствовать или отсутствовать
<220>
<221> misc_feature <222> (26)..(26)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный присутствовать или отсутствовать
<400> 59
hhmhmvgyyy tyhthrvrrc bvmhhn
< 2 1. О > 6 О
--2 1 L - 2 6
--2 12> ДНК
е2 13> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность формулы (Ilf)
<220>
<221> misc_feature
<222> (1) . . (2)
<223> может присутствовать или отсутствовать
<220>
<221> misc_feature
<222> (25)..(26)
<223> может присутствовать или отсутствовать
<400> 60
nunmmmsgyyc ttytmagrrc smchhh
<210> 61
<211> 26
<'212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность формулы (Ilf)
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(2)
<223> может присутствовать или отсутствовать
<220>
<221> misc_feature <222> (25)..(26)
<223> может присутствовать или отсутствовать <400> 61
rniimurtmsgyyc ttttmagrrc sachmh
< 21П > 62
<211> 26
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
< 2 2 0 >
<223> Последовательность формулы (Ilg)
о 2 2 0 >
<221> misc_feature
<222> (1) . . (2)
<223> может присутствовать или отсутствовать
<220>
<221> misc_feature
<222> (24)..(25)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный
присутствовать или отсутствовать
<220>
<221> misc_feature
<222> (26)..(26)
<223> может присутствовать или отсутствовать
<400> 62
hhmamggyyc ttythagrrc cvhnnm
<210> 63
< 211> 2 6
oW> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность формулы (Hg)
<220>
<221> misc_feature
<222> (1) . . (2)
<223> может присутствовать или отсутствовать
<220>
<221> misc_feature <222> (25)..(26)
<223> может присутствовать или отсутствовать <400> 63
hhaamggcyc ttytmagrgc cvchhm
<210> 64
<211> 2 6
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность формулы (Hg)
<220>
<221> misc_feature
<222> (1) . . (2)
<223> может присутствовать или отсутствовать
<220>
<221> misc_feature
<222> (24)..(26)
<223> может присутствовать или отсутствовать
<400> 64
mmaamggctc ttttmagrgc cmcyinm
<210> 65
<211> 26
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность формулы (Ilh)
<220>
<221> misc_feature
<222> (1) . . (1)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный
присутствовать или отсутствовать
<220>
<221> misc_feature
<222> (2)..(2)
<223> может присутствовать или отсутствовать
<220>
<221> misc_feature
<222> (24) . . (24)
<223> может присутствовать или отсутствовать
<220>
<221> misc_feature
<222> (25)..(25)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог
присутствовать или отсутствовать
<220>
<221> miec_fcaturc
<222> (26)..(26)
<223> может присутствовать или отсутствовать
< 4 0 0 > 6 5
nhaahdghyo tdythasrrc cvhbnh
<210> 66
<211> 26
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность формулы (Ilh)
<220>
<221> misc_feature
<222> (1) . . (2)
<223> может присутствовать или отсутствовать
<220>
<221> misc_feature
<222> (24) . . (24)
<223> может присутствовать или отсутствовать
<220>
<2 2 1 -• е.- з c_f eature
<222> (25)..(25)
<223> п обозначает a, u, t, g и с или их нуклеотидный аналог;
присутствовать или отсутствовать
<220>
<221> misc_feature
<222> (26)..(26)
<223> может присутствовать или отсутствовать
<400>
hhaamggcyc tttthagrgc cvmynm
<210> 67
<211> 26
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность формулы (Ilh)
<220>
<221> misc_feature
<222> ( 1) . . (2)
<223> может присутствовать или отсутствовать
< 2 2 0 >
< 2 2 1 > raise feature;
< 2 2 2 > (24! . . (26)
<223> может присутствовать или отсутствовать
<400> 67
hmaaaggcyc ttttmagrgc crmyhm
<210> 68
<211> 13
<212> РНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Последовательность Козака
<400> 68 gccgccacca ugg
<210> 69
<211> 15
<212> РНК
< 2 1 3> Ис кусс т венная последе ва тель ноет ь
<220>
<223> общая формула стабилизирующей последовательности
<220>
<221> misc_feature
<222> (1) . . (1)
<223> п обозначает с или и
<220>
<221> repeat_unit <222> (5) . . (5)
<223> п обозначает a, u, t, g ИЛИ С; может присутствовать или отсутствовать <220>
<221> misc_feature
<222> (5) . . (5)
<223> п обозначает a, u, t, g ИЛИ С
<220>
<221> misc_feature
<222> (9)..(9)
<223> п обозначает а ИЛИ и
<220>
<221> repeat_unit
<222> (10) . . ( 10)
<223> п обозначает с ИЛИ и, может присутствовать или .отсутствовать
<220>
<221> misc_feature
<222> (10) . . (10)
<223> п обозначает с или и
<220>
<221> misc_feature
<222> (13) . . (13)
<223> п обозначает с ИЛИ и
<400> 69
nccancccnn испсс 15
<210> 70
<211> 44
<212> РНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> 3'-UTR гена альфа-глобина (rauag)
<400> 70
gcccgauggg ccucccaacg ggcccuccuc cccuccuugc accg 44
<210> 71
<211> 24
<212> ДНК
<213> Искусственная последовательность
<223> Специфическая последовательность гистоновой структуры петля"
<400> 71
caaaggctct tttcagagcc асса
<210> 72
<211> 24
<212> РНК
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Специфическая последовательность гистоновой структуры
петля"
< 4 0 0 > 7 2
с a a a g g с и с и и и и с a g aqс с асса
<210> 73
<211> 9
<212> PRT
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Полученный из MUC1 пептид
<400> 73
Ser Ala Pro Asp Asn Arg Pro Ala Leu 1 5
<210> 74
<211> 8
<212> PRT
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Полученный из коннексина пептид
<400> 74
Phe Glu Gin Asn Thr Ala Gin Pro 1 5
<210> 75
<211> 420
<212> PRT
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Белок 5Т4 NP_001159864.1
<400> 75
Met Pro Gly Gly Cys Ser Arg Gly Pro Ala Ala Gly Asp Gly Arg Leu
1 5 10 15
Arg Leu Ala Arg Leu Ala Leu Val Leu Leu Gly Trp Val Ser Ser Ser
2 0 2 5 3 0
Ser Pro Thr Ser Ser Ala Ser Ser Phe Ser Ser Ser Ala Pro Phe Leu
3 5 4 0 4 5
Ala Val Ser Ala Gin Pro Pro Lea P r r- Asp Gin Cys Pro A! 55 60
Leu Cys Glu Cys Ser Glu Ala Ala Arg Thr Val Lys Cys Val Asn Arg
65 70 75 80
Asn Leu Thr Glu Val Pro Thr Asp Leu Pro Ala Tyr Val Arg Asn Leu
85 90 95
Phe Leu Thr Gly Asn Gin Leu Ala Val Leu Pro Ala Gly Ala Phe Ala
100 105 110
Arg Arg Pro Pro Leu Ala Glu Leu Ala Ala Leu Asn Leu Ser Gly Ser
115 120 125
Arg Leu Asp Glu Val Arg Ala Gly Ala Phe Glu His Leu Pro Ser Leu
130 135 140
Arg Gin Leu Asp Leu Ser His Asn Pro Leu Ala Asp Leu Ser Pro Phe
145 150 155 160
Ala Phe Ser Gly Ser Asn Ala Ser Val Ser Ala Pro Ser Pro Leu Val
165 170 175
Glu Leu He Leu Asn His He Val Pro Pro Glu Asp Glu Arg Gin Asn
180 185 190
Arg Ser Phe Glu Gly Met Val Val Ala Ala Leu Leu Ala Gly Arg Ala
195 200 205
Leu Gin Gly Leu Arg Arg Leu Glu Leu Ala Ser Asn His Phe Leu Tyr
210 215 220
Leu Pro Arg Asp Val Leu Ala Gin Leu Pro Ser Leu Arg His Leu Asp
225 230 235 240
Leu Ser Asn Asn Ser Leu Val Ser Leu Thr Tyr Val Ser Phe Arg Asn
245 250 255
2e u 1'hr His Leu Glu Ser Leu His Leu GI u As p Asn Ala Leu Lу з V
2 6 0 2 6 5 2 70
Leu His Asn Gly Thr Leu Ala Glu Leu Gin Gly Leu Pro His He Arg
275 280 285
Val Phe Leu Asp Asn Asn Pro Trp Val Cys Asp Cys His Met Ala Asp
290 295 300
Met Val Thr Trp Leu Lys Glu Thr Glu Val Val Gin Gly Lys Asp Arg
305 310 315 320
Leu Thr Cys Ala Tyr Pro Glu Lys Met Arg Asn Arg Val Leu Leu Glu
325 330 335
Leu Asn Ser Ala Asp Leu Asp Cys Asp Pro He Leu Pro Pro Ser Leu
340 345 350
Gin Thr Ser Tyr Val Phe Leu Gly He Val Leu Ala Leu He Gly Ala
355 360 365
He Phe Leu Leu Val Leu Tyr Leu Asn Arg Lys Gly He Lys Lys Trp
370 375 380
Met His Asn He Arg Asp Ala Cys Arg Asp His Met Glu Gly Tyr His
385 390 395 400
Tyr Arg Туг Glu Не Asn Ala Asp Pro Arg Leu Thr Asn Leu Ser Ser
405 410 415
Asn Ser Asp Val 420
<210> 76
<211> 142
<212> PRT
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Белок сурвивина (BIRC5) 015392
< 4 0 С
Met Gly Ala Pro Thr Leu Pro Pro Ala Trp Gin Pro Phe Leu Lys Asp
15 10 15
His Arg He Ser Thr Phe Lys Asn Trp Pro Phe Leu Glu Gly Cys Ala
2 0 2 5 3 0
Cys Thr Pro Glu Arg Met Ala Glu Ala Gly Phe He His Cys Pro Thr
3 5 4 0 4 5
Glu Asn Glu Pro Asp Leu Ala Gin Cys Phe Phe Cys Phe Lys Glu Leu
50 55 60
Glu Gly Trp Glu Pro Asp Asp Asp Pro He Glu Glu His Lys Lys His
65 70 75 80
Ser Ser Gly Cys Ala Phe Leu Ser Val Lys Lys Gin Phe Glu Glu Leu
8b 9 0 9 5
Thr Leu Gly Glu Phe Leu Lys Leu Asp Arg Glu Arg Ala Lys Asn Lys
100 105 110
He Ala Lys Glu Thr Asn Asn Lys Lys Lys Glu Phe Glu Glu Thr Ala
115 120 125
Lys Lys Val Arg Arg Ala He Glu Gin Leu Ala Ala Met Asp
130 135 140
<210> 77
<211> 142
<212> PRT
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Белок сурвивина (BIRC5) NP_001159.2
<400> 77
Met Gly Ala Pro Thr Leu Pro Pro Ala Trp Gin Pro Phe Leu Lys Asp
1 5 10 15
His Arg lie Ser Thr Phe Lys Asn Trp Pro Phe Leu Glu Gly Cys Ala
2 0 2 5 3 С
Cys Thr Pro Glu Arg Met Ala Glu Ala Gly Phe He His Cys Pro Thr
3 5 4 0 4 5
Glu Asn Glu Pro Asp Leu Ala Gin Cys Phe Phe Cys Phe Lys Glu Leu
50 55 60
Glu Gly Trp Glu Pro Asp Asp Asp Pro He Glu Glu His Lys Lys His
65 70 75 80
Ser Ser Gly Cys Ala Phe Leu Ser Val Lys Lys Gin Phe Glu Glu Leu
85 90 95
Thr Leu Gly Glu Phe Leu Lys Leu Asp Arg Glu Arg Ala Lys Asn Lys
10 0 105 110
He Ala Lys Glu Thr Asn Asn Lys Lys Lys Glu Phe Glu Glu Thr Ala
115 120 125
Glu Lys Val Arg Arg Ala He Glu Gin Leu Ala Ala Met Asp
130 135 140
<210> 78 <211> 180
<212> PRT
<213> Искусственная последовательность <220>
<223> Белок NY-ESO-1 NP_001318.1 <400> 78
Met Gin Ala Glu Gly Arg Gly Thr Gly Gly Ser Thr Gly Asp Ala Asp
15 10 15
Gly Pro Gly Gly Pro Gly He Pro Asp Gly Pro Gly Gly Asn Ala Gly
2 0 2 5 3 0
Gly Pro Gly Glu Ala Gly Ala Thr Gly Gly Arg Gly Pro krg Gly Ala
3 5 4 0 4 5
Gly Ala Ala Arg Ala Ser Gly Pro Gly Gly Gly Ala Pro Arg Gly Pro
50 55 60
His Gly Gly Ala Ala Ser Gly Leu Asn Gly Cys Cys Arg Cys Gly Ala
65 7 0 7 5 8 0
Arg Gly Pro Glu Ser Arg Leu Leu Glu Phe Tyr Leu Ala Met Pro Phe
85 90 95
Ala Thr Pro Met Glu Ala Glu Leu Ala Arg Arg Ser Leu Ala Gin Asp
100 105 110
Ala Pro Pro Leu Pro Val Pro Gly Val Leu Leu Lys Glu Phe Thr Val
115 120 125
Ser Gly Asn He Leu Thr He Arg Leu Thr Ala Ala Asp His Arg Gin
13 0 13 5 14 0
Leu Gin Leu Ser He Ser Ser Cys Leu Gin Gin Leu Ser Leu Leu Met
145 150 155 160
Trp He Thr Gin Cys Phe Leu Pro Val Phe Leu Ala Gin Pro Pro Ser
165 170 175
Gly Gin Arg Arg 180
<210> 79
<211> 1142
<212> PRT
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Белок MAGE-CI NP__005453.2
<400> 79
Met- Gly Asp Lys Asp Met Pro Thr Ala Gly Met Pro Ser Leu Leu Gin
1 5 10 15
3 о r Ser Ser Glu S e г P г о Gin Ser Cys Pr о Glu Gly Glu -A 5. p
2 0 2 5 3 С
Ser Pro Leu Gin He Pro Gin Ser Ser Pro Glu Ser Asp Asp Thr Leu
3 5 4 0 4 5
Tyr Pro Leu Gin Ser Pro Gin Ser Arg Ser Glu Gly Glu Asp Ser Ser
50 55 60
Asp Pro Leu Gin Arg Pro Pro Glu Gly Lys Asp Ser Gin Ser Pro Leu
65 70 75 80
Gin He Pro Gin Ser Ser Pro Glu Gly Asp Asp Thr Gin Ser Pro Leu
85 90 95
Gin Asn Ser Gin Ser Ser Pro Glu Gly Lys Asp Ser Leu Ser Pro Leu
100 105 110
Glu He Ser Gin Ser Pro Pro Glu Gly Glu Asp Val Gin Ser Pro Leu
115 120 125
Gin Asn Pro Ala Ser Ser Phe Phe Ser Ser Ala Leu. Leu Ser He Phe
130 135 140
Gin Ser Ser Pro Glu Ser Thr Gin Ser Pro Phe Glu Gly Phe Pro Gin
145 150 155 160
Ser Val Leu Gin He Pro Val Ser Ala Ala Ser Ser Ser Thr Leu Val
165 170 175
Ser He Phe Gin Ser Ser Pro Glu Ser Thr Gin Ser Pro Phe Glu Gly
180 185 190
Phe Pro Gin Ser Pro Leu Gin He Pro Val Ser Arg Ser Fhe Ser Ser
195 200 205
Thr Leu Leu Ser He Phe Gin Ser Ser Pro Glu Arg Thr Gin Ser Thr
210 215 220
Phe Glu Gly Phe Ala Gin Ser Pro Leu Gin lie Pro Val Ser Pro Ser
22 5 230 23 5 240
Ser Ser Ser Thr Leu Leu Ser Leu Phe Gin Ser Phe Ser Glu Arg Thr
245 250 255
Gin Ser Thr Phe Glu Gly Phe Ala Gin Ser Ser Leu Gin He Pro Val
260 265 270
Ser Pro Ser Phe Ser Ser Thr Leu Val Ser Leu Phe Gin Ser Ser Pro
275 280 285
Glu Arg Thr Gin Ser Thr Phe Glu Gly Phe Pro Gin Ser Pro Leu Gin
290 295 300
He Pro Val Ser Ser Ser Ser Ser Ser Thr Leu Leu Ser Leu Phe Gin
305 310 315 320
Ser Ser Pro Glu Arg Thr His Ser Thr Phe Glu Gly Phe Pro Gin Ser
325 330 335
Leu Leu Gin He Pro Met Thr Ser Ser Phe Ser Ser Thr Leu Leu Ser
340 345 3 50
He Phe Gin Ser Ser Pro Glu Ser Ala Gin Ser Thr Phe Glu Gly Phe
355 360 365
Pro Gin Ser Pro Leu Gin He Pro Gly Ser Pro Ser Phe Ser Ser Thr
370 37 5 380
Leu Leu Ser Leu Phe Gin Ser Ser Pro Glu Arg Thr His Ser Thr Phe
385 390 395 400
Gly Phe Pro Gin Ser Pro Leu Gin He Pro Met Thr Ser Ser Phe
4 0 5 4 10 4 15
Ser Ser Thr Leu Leu Ser He Leu Gin Ser Ser Pro Glu Ser Ala Gin
420 425 4 30
-lu Gly Phe Pro Gin Sei Pro Leu Gin Ue Pro Val Ser
4 4 0 4 4 5
Ser Ser Phe Ser Tyr Thr Leu Leu Ser Leu Phe Gin Ser Ser Pro Glu
4 50 4 55 4 60
Arg Thr His Ser Thr Phe Glu Gly Phe Pro Gin Ser Pro Leu Gin He
465 470 475 480
Pro Val Ser Ser Ser Ser Ser Ser Ser Thr Leu Leu Ser Leu Phe Gin
485 490 495
Ser Ser Pro Glu Cys Thr Gin Ser Thr Phe Glu Gly Phe Pro Gin Ser
500 505 510
Pro Leu Gin He Pro Gin Ser Pro Pro Glu Gly Glu Asn Thr His Ser
515 520 525
Pro Leu Gin He Val Pro Ser Leu Pro Glu Trp Glu Asp Ser Leu Ser
530 535 540
Pro His Tyr Phe Pro Gin Ser Pro Pro Gin Gly Glu Asp Ser Leu Ser
545 550 555 560
Pro His Tyr Phe Pro Gin Ser Pro Pro Gin Gly Glu Asp Ser Leu Ser
565 570 575
Pro His Tyr Phe Pro Gin Ser Pro Gin Gly Glu Asp Ser Leu Ser Pro
580 585 590
His Tyr Phe Pro Gin Ser Pro Pro Gin Gly Glu Asp Ser Met Ser Pro
595 600 605
Leu Tyr Phe Pro Gin Ser Pro Leu Gin Gly Glu Glu Phe Gin Ser Ser
610 615 620
Leu Gin Ser Pro Val Ser lie Cys Ser Ser Ser Thr Pro Ser Ser Leu
625 630 635 640
Pro Gin Set Phe- Pro Glu Ser Ser Gin Ser Pro Pro Giu Gly Pro Va i
6 4 5 6 5 0 655
Gin Ser Pro Leu His Ser Pro Gin Ser Pro Pro Glu Gly Met His Ser
660 665 670
Gin Ser Pro Leu Gin Ser Pro Glu Ser Ala Pro Glu Gly Glu Asp Ser
675 680 685
Leu Ser Pro Leu Gin He Pro Gin Ser Pro Leu Glu Gly Glu Asp Ser
690 695 700
Leu Ser Ser Leu His Phe Pro Gin Ser Pro Pro Glu Trp Glu Asp Ser
705 710 715 720
Leu Ser Pro Leu His Phe Pro Gin Phe Pro Pro Gin Gly Glu Asp Phe
725 730 735
Gin Ser Ser Leu Gin Ser Pro Val Ser He Cys Ser Ser Ser Thr Ser
740 745 750
Leu Ser Leu Pro Gin Ser Phe Pro Glu Ser Pro Gin Ser Pro Pro Glu
755 760 765
Gly Pro Ala Gin Ser Pro Leu Gin Arg Pro Val Ser Ser Phe Phe Ser
770 775 780
Tyr Thr Leu Ala Ser Leu Leu Gin Ser Ser His Glu Ser Pro Gin Ser
785 790 795 800
Pro Pro Glu Gly Pro Ala Gin Ser Pro Leu Gin Ser Pro Val Ser Ser
805 810 815
Phe Pro Ser Ser Thr Ser Ser Ser Leu Ser Gin Ser Ser Pro Val Ser
8 2 0 8 2 5 8 3 0
Ser Phe Pro Ser Ser Thr Ser Ser Ser Leu Ser Lys Ser Ser Pro Glu
835 84 0 84 5
Ser Pro Leu G' n Ser Pro Val I le Ser Phe Ser Ser Ser 2r.r Ser Leu
850 855 860
Ser Pro Phe Ser Glu Glu Ser Ser Ser Pro Val Asp Glu Tyr Thr Ser
865 870 875 880
Ser Ser Asp Thr Leu Leu Glu Ser Asp Ser Leu Thr Asp Ser Glu Ser
885 890 895
Leu He Glu Ser Glu Pro Leu Phe Thr Tyr Thr Leu Asp Glu Lys Val
900 905 910
Asp Glu Leu Ala Arg Phe Leu Leu Leu Lys Tyr Gin Val Lys Gin Pro
915 920 925
He Thr Lys Ala Glu Met Leu Thr Asn Val He Ser Arg Tyr Thr Gly
930 935 940
Tyr Phe Pro Val He Phe Arg Lys Ala Arg Glu Phe He Glu He Leu
945 950 955 960
Phe Gly He Ser Leu Arg Glu Val Asp Pro Asp Asp Ser Tyr Val Phe
965 970 975
Val Asn Thr Leu Asp Leu Thr Ser Glu Gly Cys Leu Ser Asp Glu Gin
980 985 990
Gly Met Ser Gin Asn Arg Leu Leu He Leu He Leu Ser He He
995 1000 1005
He Lys Gly Thr Tyr Ala Ser Glu Glu Val He Trp Asp Val Leu
1010 1015 1020
Ser Gly He Gly Val Arg Ala Gly Arg Glu His Phe Ala Phe Gly
1025 1030 1035
Glu Pro Arg Glu Leu Leu Thr Lys Val Trp Val Gin Glu His Tyr
1040 1045 1050
jeu Glu Tyr Arg Giu Val Pro Asn Sor Gar Pro Pro Arg Tyr
1055 1060 1065
Phe Leu Trp Gly Pro Arg Ala His Ser Glu Val He Lys Arg Lys
1070 1075 1080
Val Val Glu Phe Leu Ala Met Leu Lys Asn Thr Val Pro He Thr
1085 1090 1095
Phe Pro Ser Ser Tyr Lys Asp Ala Leu Lys Asp Val Glu Glu Arg
1100 1105 1110
Ala Gin Ala He He Asp Thr Thr Asp Asp Ser Thr Ala Thr Glu
1115 1120 1125
Ser Ala Ser Ser Ser Val Met Ser Pro Ser Phe Ser Ser Glu
1130 1135 1140
<210> 80
<211> 373
<212> PRT
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Белок MAGE-C2 NP 057333.1
<400> 80
Met Pro Pro Val Pro Gly Val Pro Phe Arg Asn Val Asp Asn Asp Ser
15 10 15
Pro Thr Ser Val Glu Leu Glu Asp Trp Val Asp Ala Gin His Pro Thr
2 0 2 5 3 0
Asp Glu Glu Glu Glu Glu Ala Ser Ser Ala Ser Ser Thr Leu Tyr Leu
3 5 4 0 4 5
Val Phe Ser Pro Ser Ser Phe Ser Thr Ser Ser Ser Leu He Leu Gly
50 55 60
Gly Pro Glu Glu Glu Glu Val Pro Ser Gly Val He Pro Asn Leu Thr
6 5 /0 /0 8 0
Glu Ser He Pro Ser Ser Pro Pro Gin Gly Pro Pro Gin Gly Pro Ser
85 90 95
Gin Ser Pro Leu Ser Ser Cys Cys Ser Ser Phe Ser Trp Ser Ser Phe
100 105 110
Ser Glu Glu Ser Ser Ser Gin Lys Gly Glu Asp Thr Gly Thr Cys Gin
115 120 125
Gly Leu Pro Asp Ser Glu Ser Ser Phe Thr Tyr Thr Leu Asp Glu Lys
130 135 140
Val Ala Glu Leu Val Glu Phe Leu Leu Leu Lys Tyr Glu Ala Glu Glu
145 150 155 160
Pro Val Thr Glu Ala Glu Met Leu Met He Val He Lys Tyr Lys Asp
16b 17 . 11 ->
Tyr Phe Pro Val He Leu Lys Arg Ala Arg Glu Phe Met Glu Leu Leu
180 185 190
Phe Gly Leu Ala Leu He Glu Val Gly Pro Asp His Phe Cys Val Phe
195 200 205
Ala Asn Thr Val Gly Leu Thr Asp Glu Gly Ser Asp Asp Glu Gly Met
210 215 220
Pro Glu Asn Ser Leu Leu He He He Leu Ser Val He Phe He Lys
225 230 235 240
Gly Asn Cys Ala Ser Glu Glu Val He Trp Glu Val Leu Asn Ala Val
245 250 255
Gly Val Tyr Ala Gly Arg Glu His Phe Val Tyr Gly Glu Pro Arg Glu
260 265 270
Leu Leu Thr Lys Val Trp Val G]n Gly His Tyr Leu Glu Tyr Arg Gin
2 7b 280 285
Val Pro His Ser Ser Pro Pro Tyr Tyr Glu Phe Leu Trp Gly Pro Arg
290 295 300
Ala His Ser Glu Ser He Lys Lys Lys Val Leu Glu Phe Leu Ala Lys
305 310 315 320
Leu Asn Asn Thr Val Pro Ser Ser Phe Pro Ser Trp Tyr Lys Asp Ala
325 330 335
Leu Lys Asp Val Glu Glu Arg Val Gin Ala Thr He Asp rlhr Ala Asp
340 345 350
Asp Ala Thr Val Met Ala Ser Glu Ser Leu Ser Val Met Ser Ser Asn
355 360 365
Val Ser Phe Ser Glu
<210> 81
<211> 1255
<212> PRT
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Белок MUC1 J05582.1
<400> 81
Met Thr Pro Gly Thr Gin Ser Pro Phe Phe Leu Leu Leu Leu Leu Thr
1 5 10 15
Val Leu Thr Val Val Thr Gly Ser Gly His Ala Ser Ser Thr Pro Gly
20 25 30
Gly Glu Lys Glu Thr Ser Ala Thr Gin Arg Ser Ser Val Pro Ser Ser
3 5 4 0 4 5
Thr Glu Lys Asn Ala Val Ser Met Thr Ser Ser Val Leu Ser Ser His
5 0 5 5 6 0
Ser Pro Gly Ser Gly Ser Ser Thr Thr Gin Gly Gin Asp Val Thr Le'
6 5 ''О 7 5 8 0
Ala Pro Ala Thr Glu Pro Ala Ser Gly Ser Ala Ala Thr Trp Gly Gin
85 90 95
Asp Val Thr Ser Val Pro Val Thr Arg Pro Ala Leu Gly Ser Thr Thr
100 105 110
Pro Pro Ala His Asp Val Thr Ser Ala Pro Asp Asn Lys Pro Ala Pro
115 120 125
Gly Ser Thr Ala Pro Pro Ala His Gly Val Thr Ser Ala Pro Asp Thr
130 135 140
Arg Pro Ala Pro Gly Ser Thr Ala Pro Pro Ala His Gly Val Thr Ser
145 150 155 160
Ala Pro Asp Thr Arg Pro Ala Pro Gly Ser Thr Ala Pro Pro Ala His
165 170 175
Gly Val Thr Ser Ala Pro Asp Thr Arg Pro Ala Pro Gly Ser Thr Ala
180 185 190
Pro Pro Ala His Gly Val Thr Ser Ala Pro Asp Thr Arg Pro Ala Pro
195 200 205
Gly Ser Thr Ala Pro Pro Ala His Gly Val Thr Ser Ala Pro Asp Thr
210 215 220
Arg Pro Ala Pro Gly Ser Thr Ala Pro Pro Ala His Gly Val Thr Ser
225 230 235 240
Ala Pro Asp Thr Arg Pro Ala Pro Gly Ser Thr Ala Pro Pro Ala His
245 250 255
Gly Val Thr Ser Ala Pro Asp Thr Arg Pro Ala Pro Gly Ser Thr Ala
2 6 0 2 6 5 2 '7 0
Pro Pro Ala Нее Gly Val Thr Ser Aia Pro Asp Thr Arg Pro Ala Pre
2 7 5 2 8 0 2 8 b
Gly Ser Thr Ala Pro Pro Ala His Gly Val Thr Ser Ala Pro Asp Thr
290 295 300
Arg Pro Ala Pro Gly Ser Thr Ala Pro Pro Ala His Gly Val Thr Ser
305 310 315 320
Ala Pro Asp Thr Arg Pro Ala Pro Gly Ser Thr Ala Pro Pro Ala His
325 330 335
Gly Val Thr Ser Ala Pro Asp Thr Arg Pro Ala Pro Gly Ser Thr Ala
340 345 3 50
Pro Pro Ala His Gly Val Thr Ser Ala Pro Asp Thr Arg Pro Ala Pro
355 360 365
Gly Ser Thr Ala Pro Pro Ala His Gly Val Thr Ser Ala Pro Asp Thr
370 375 380
Arg Pro Ala Pro Gly Ser Thr Ala Pro Pro Ala His Gly Val Thr Ser
385 390 395 400
Ala Pro Asp Thr Arg Pro Ala Pro Gly Ser Thr Ala Pro Pro Ala His
405 410 415
Gly Val Thr Ser Ala Pro Asp Thr Arg Pro Ala Pro Gly Ser Thr Ala
420 425 430
Pro Pro Ala His Gly Val Thr Ser Ala Pro Asp Thr Arg Pro Ala Pro
435 440 445
Gly Ser Thr Ala Pro Pro Ala His Gly Val Thr Ser Ala Pro Asp Thr
450 455 460
Arg Pro Ala Pro Gly Ser Thr Ala Pro Pro Ala His Gly Val Thr Ser
465 470 475 480
Ala Pro Asp Tor Arg Pro Ala Pro Gly bar Thr Ala Pro Pro Ala His
А о 5 4 9 0 4 9b
Gly Val Thr Ser Ala Pro Asp Thr Arg Pro Ala Pro Gly Ser Thr Ala
500 505 510
Pro Pro Ala His Gly Val Thr Ser Ala Pro Asp Thr Arg Pro Ala Pro
515 520 525
Gly Ser Thr Ala Pro Pro Ala His Gly Val Thr Ser Ala Pro Asp Thr
530 535 540
Arg Pro Ala Pro Gly Ser Thr Ala Pro Pro Ala His Gly Val Thr Ser
545 550 555 560
Ala Pro Asp Thr Arg Pro Ala Pro Gly Ser Thr Ala Pro Pro Ala His
565 570 575
Gly Val Thr Ser Ala Pro Asp Thr Arg Pro Ala Pro Gly Ser Thr Ala
580 585 590
Pro Pro Ala His Gly Val Thr Ser Ala Pro Asp Thr Arg Pro Ala Pro
595 600 605
Gly Ser Thr Ala Pro Pro Ala His Gly Val Thr Ser Ala Pro Asp Thr
610 615 620
Arg Pro Ala Pro Gly Ser Thr Ala Pro Pro Ala His Gly Val Thr Ser
625 630 635 640
Ala Pro Asp Thr Arg Pro Ala Pro Gly Ser Thr Ala Pro Pro Ala His
645 650 655
Cly Val Thr Sor Ala Pro Asp Thr Arg Pro Ala Pro Gly Ser Thr Ala
660 665 670
Pro Pro Ala His Gly Val Thr Ser Ala Pro Asp Thr Arg Pro Ala Pro
675 680 685
Ser Thr Ala Fro Pro Aia His Gly Val Thr Set Ala Pro Asp
6 9 0 6:! 5 ~> 0 0
Arg Pro Ala Pro Gly Ser Thr Ala Pro Pro Ala His Gly Val Thr Ser
705 710 715 720
Ala Pro Asp Thr Arg Pro Ala Pro Gly Ser Thr Ala Pro Pro Ala His
725 730 735
Gly Val Thr Ser Ala Pro Asp Thr Arg Pro Ala Pro Gly Ser Thr Ala
740 745 7 50
Pro Pro Ala His Gly Val Thr Ser Ala Pro Asp Thr Arg Pro Ala Pro
755 760 765
Gly Ser Thr Ala Pro Pro Ala His Gly Val Thr Ser Ala Pro Asp Thr
770 77 5 780
Arg Pro Ala Pro Gly Ser Thr Ala Pro Pro Ala His Gly Val Thr Ser
785 790 795 800
Ala Pro Asp Thr Arg Pro Ala Pro Gly Ser Thr Ala Pro Pro Ala His
805 810 815
Gly Val Thr Ser Ala Pro Asp Thr Arg Pro Ala Pro Gly Ser Thr Ala
820 825 830
Pro Pro Ala His Gly Val Thr Ser Ala Pro Asp Thr Arg Pro Ala Pro
835 840 845
Gly Ser Thr Ala Pro Pro Ala His Gly Val Thr Ser Ala Pro Asp Thr
850 855 860
Arg Pro Ala Pro Gly Ser Thr Ala Pro Pro Ala His Gly Val Thr Ser
865 870 875
Ala Pro Asp Thr Arg Pro Ala Pro Gly Ser Thr Ala Pro Pro Ala His
885 890 895
'hr Ser Ala Pro Aso Thr Arg Pro Ala Pro Gly Ser Thr
9 0 0 905 910
Pro Pro Ala His Gly Val Thr Ser Ala Pro Asp Thr Arg Pro Ala Pro
915 920 925
Gly Ser Thr Ala Pro Pro Ala His Gly Val Thr Ser Ala Pro Asp Asn
930 935 940
Arg Pro Ala Leu Gly Ser Thr Ala Pro Pro Val His Asn Val Thr Ser
945 950 955 960
Ala Ser Gly Ser Ala Ser Gly Ser Ala Ser Thr Leu Val His Asn Gly
965 970 975
Thr Ser Ala Arg Ala Thr Thr Thr Pro Ala Ser Lys Ser Thr Pro Phe
980 985 990
Ser He Pro Ser His His Ser Asp Thr Pro Thr Thr Leu Ala Ser His
995 1000 1005
Ser Thr Lys Thr Asp Ala Ser Ser Thr His His Ser Ser Val Pro
1010 1015 1020
Pro Leu Thr Ser Ser Asn His Ser Thr Ser Pro Gin Leu Ser Thr
1025 1030 1035
Gly Val Ser Phe Phe Phe Leu Ser Phe His He Ser Asn Leu Gin
1040 1045 1050
Phe Asn Ser Ser Leu Glu Asp Pro Ser Thr Asp Tyr Tyr Gin Glu
1055 1060 1065
Leu Gin Arg Asp He Ser Glu Met Phe Leu Gin lie Tyr Lys Gin
1070 1075 10 80
Gly Gly The Leu Gly Leu Ser Азп Не Ьуз The Arg Pro Gly Ser
10 8 5 10 9 0 10 9 5
Val Va. 7aI Gin Leu Thr Lea Ala Phe Arg Gla G..y Thr He Asn
110 0 110 5 1110
Val His Asp Val Glu Thr Gin Phe Asn Gin Tyr Lys Thr Glu Ala
1115 1120 1125
Ala Ser Arg Tyr Asn Leu Thr He Ser Asp Val Ser Val Ser Asp
1130 1135 114 0
Val Pro Phe Pro Phe Ser Ala Gin Ser Gly Ala Gly Val Pro Gly
1145 1150 1155
Trp Gly He Ala Leu Leu Val Leu Val Cys Val Leu Val Ala Leu
1160 1165 1170
Ala He Val Tyr Leu He Ala Leu Ala Val Cys Gin Cys Arg Arg
1175 1180 118 5
Lys Asn Tyr Gly Gin Leu Asp He Phe Pro Ala Arg Asp Thr Tyr
1190 1195 1200
His Pro Met Ser Glu Tyr Pro Thr Tyr His Thr His Gly Arg Tyr
1205 1210 1215
Val Pro Pro Ser Ser Thr Asp Arg Ser Pro Tyr Glu Lys Val Ser
1220 1225 1230
Ala Gly Asn Gly Gly Ser Ser Leu Ser Tyr Thr Asn Pro Ala Val
1235 1240 1245
Ala Ala Ala Ser Ala Asn Leu 1250 1255
<210> 82
<211> 5 55
<212> PRT
<213> Искусственная последовательность
<220>
<223> Белок MUC1 5*VNTR
<4 0;
Met Thr Pro Gly Thr Gin Ser Pro Phe Phe Leu Leu Leu Leu Leu Thr
15 10 15
Val Leu Thr Val Val Thr Gly Ser Gly His Ala Ser Ser Thr Pro Gly
2 0 2 5 3 0
Gly Glu Lys Glu Thr Ser Ala Thr Gin Arg Ser Ser Val Pro Ser Ser
3 5 4 0 4 5
Thr Glu Lys Asn Ala Val Ser Met Thr Ser Ser Val Leu Ser Ser His
50 55 60
Ser Pro Gly Ser Gly Ser Ser Thr Thr Gin Gly Gin Asp Val Thr Leu
65 70 75 80
Ala Pro Ala Thr Glu Pro Ala Ser Gly Ser Ala Ala Thr Trp Gly Gin
8 5 9 0 4 0
Asp Val Thr Ser Val Pro Val Thr Arg Pro Ala Leu Gly Ser Thr Thr
100 105 110
Pro Pro Ala His Asp Val Thr Ser Ala Pro Asp Asn Lys Pro Ala Pro
115 120 125
Gly Ser Thr Ala Pro Pro Ala His Gly Val Thr Ser Ala Pro Asp Thr
130 135 14 0
Arg Pro Ala Pro Gly Ser Thr Ala Pro Pro Ala His Gly Val Thr Ser
145 150 155 160
Ala Pro Asp Thr Arg Pro Ala Pro Gly Ser Thr Ala Pro Pro Ala His
165 170 175
Gly Val Thr Ser Ala Pro Asp Thr Arg Pro Ala Pro Gly Ser Thr Ala
180 185 1Э0
Pro Pro Ala His Gly Val Thr Ser Ala Pro Asp Thr Arg Pro Ala Pro
19 5 2 0 0 2 0 5
Gly Ser Thr Ala Pro Pro Ala His Gly Val Thr Ser Ala Pro Asp Thr
210 215 220
Arg Pro Ala Pro Gly Ser Thr Ala Pro Pro Ala His Gly Val Thr Ser
225 230 235 240
Ala Pro Asp Asn Arg Pro Ala Leu Gly Ser Thr Ala Pro Pro Val His
245 250 255
Asn Val Thr Ser Ala Ser Gly Ser Ala Ser Gly Ser Ala Ser Thr Leu
2 60 2 65 270
Val His Asn Gly Thr Ser Ala Arg Ala Thr Thr Thr Pro Ala Ser Lys
275 280 285
Ser Thr Pro Phe Ser He Pro Ser His His Ser Asp Thr Pro Thr Thr
2 90 2 95 3 0 0
Leu Ala Ser His Ser Thr Lys Thr Asp Ala Ser Ser Thr His His Ser
305 310 315 320
Ser Val Pro Pro Leu Thr Ser Ser Asn His Ser Thr Ser Pro Gin Leu
325 330 335
Ser Thr Gly Val Ser Phe Phe Phe Leu Ser Phe His He Ser Asn Leu
340 345 3 50
Gin Phe Asn Ser Ser Leu Glu Asp Pro Ser Thr Asp Tyr Tyr Gin Glu
355 360 365
Leu Gin Arg Asp lie Ser Glu Met Phe Leu Gin He Tyr Lys Gin Gly
370 375 380
Gly Phe Leu Gly Leu Ser Asn He Lys Phe Arg Pro Gly Ser Val Val
385 390 395 400
Val Gin Leu Thr Leu Ala Phe Arg Glu Gly Thr He Asn Vai His Asp
Val Glu Thr Gin Phe Asn Gin Tyr Lys Thr Glu Ala Ala Ser Arg Tyr
420 425 4 30
Asn Leu Thr He Ser Asp Val Ser Val Ser Asp Val Pro Phe Pro Phe
435 440 445
Ser Ala Gin Ser Gly Ala Gly Val Pro Gly Trp Gly He Ala Leu Leu
450 455 460
Val Leu Val Cys Val Leu Val Ala Leu Ala He Val Tyr Leu He Ala
465 470 475 480
Leu Ala Val Cys Gin Cys Arg Arg Lys Asn Tyr Gly Gin Leu Asp He
485 490 495
Phe Pro Ala Arg Asp Thr Tyr His Pro Met Ser Glu Tyr Pro Thr Tyr
5 0 0 5 0 5 5 10
His Thr His Gly Arg Tyr Val Pro Pro Ser Ser Thr Asp Arg Ser Pro
515 520 525
Tyr Glu Lys Val Ser Ala Gly Asn Gly Gly Ser Ser Leu Ser Tyr Thr
530 535 540
Asn Pro Ala Val Ala Ala Ala Ser Ala Asn Leu
545 550 555
<210> 83 <211> 3768 <212> PRT
<213> Искусственная последовательность
<220>
<2 2 3> МПС1 COS дикого типа < 4 0 0 > 8 3
Ala Thr Gly Ala Cys Ala Cys Cys Gly Gly Gly Cys Ala Cys Cys Cys
15 10 15
Thr Cys Thr Cys Cys Thr Thr Thr Cyr Thr Thr Cys Cys "Co
2 0 2 5 3 0
Gly Cys Thr Gly Cys Thr Gly Cys Thr Cys Cys Thr Cys Ala Cys Ala
3 5 4 0 4 5
Gly Thr Gly Cys Thr Thr Ala Cys Ala Gly Thr Thr Gly Thr Thr Ala
50 55 60
Cys Ala Gly Gly Thr Thr Cys Thr Gly Gly Thr Cys Ala Thr Gly Cys
65 70 75 80
Ala Ala Gly Cys Thr Cys Thr Ala Cys Cys Cys Cys Ala Gly Gly Thr
85 90 95
Gly Gly Ala Gly Ala Ala Ala Ala Gly Gly Ala Gly Ala Cys Thr Thr
100 105 110
Cys Gly Gly Cys Thr Ala Cys Cys Cys Ala Gly Ala Gly Ala Ala Gly
115 120 125
Thr Thr Cys Ala Gly Thr Gly Cys Cys Cys Ala Gly Cys Thr Cys Thr
130 135 140
Ala Cys Thr Gly Ala Gly Ala Ala Gly Ala Ala Thr Gly Cys Thr Gly
145 150 155 160
Thr Gly Ala Gly Thr Ala Thr Gly Ala Cys Cys Ala Gly Cys Ala Gly
165 17 0 17 5
Cys Gly Thr Ala Cys Thr Cys Thr Cys Cys Ala Gly Cys Cys Ala Cys
180 185 190
Ala Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Thr Thr Cys Ala Gly Gly Cys Thr
195 200 205
Cys Cys Thr Cys Cys Ala Cys Cys Ala Cys Thr Cys Ala Gly Gly Gly
2 1 0 2 1 5 220
Ala Cys Ala Gly Gly Ala Tin Gly Thr Cys Ala Cys Thr Cys Thr G i у
22 5 230 2 35 240
Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Cys Cys Ala Cys Gly Gly Ala Ala Cys
245 250 255
Cys Ala Gly Cys Thr Thr Cys Ala Gly Gly Thr Thr Cys Ala Gly Cys
260 265 270
Thr Gly Cys Cys Ala Cys Cys Thr Gly Gly Gly Gly Ala Cys Ala Gly
275 280 285
Gly Ala Thr Gly Thr Cys Ala Cys Cys Thr Cys Gly Gly Thr Cys Cys
290 295 300
Cys Ala Gly Thr Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Cys Cys Ala Gly Cys
305 310 315 320
Cys Cys Thr Gly Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys Cys Ala Cys Cys
325 330 335
Cys Cys Gly Cys Cys Ala Gly Cys Cys Cys Ala Cys Gly Ala Thr Gly
34 0 34 5 3 50
Thr Cys Ala Cys Cys Thr Cys Ala Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Ala
355 360 365
Cys Ala Ala Cys Ala Ala Gly Cys Cys Ala Gly Cys Cys Cys Cys Gly
370 375 380
Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys Cys Gly Cys Cys Cys Cys Cys Cys
385 390 395 400
Cys Ala Gly Cys Cys Cys Ala Cys Gly Gly Thr Gly Thr Cys Ala Cy?
405 410 415
Cys Thr Cys Gly Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys
420 425 4 30
Ala Gly Gly Cys Cys Gly Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Gly Cys Thr
4 3b 440 445
Cys Cys Ala Cys Cys Gly Cys Cys Cys Cys Cys Cys Cys Ala Gly Cys
450 455 460
Cys Cys Ala Cys Gly Gly Thr Gly Thr Cys Ala Cys Cys Thr Cys Gly
465 470 475 480
Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Cys
485 490 495
Cys Gly Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys
500 505 510
Cys Gly Cys Cys Cys Cys Cys Cys Cys Ala Gly Cys Cys Cys Ala Cys
515 520 525
Gly Gly Thr Gly Thr Cys Ala Cys Cys Thr Cys Gly Gly Cys Cys Cys
530 535 540
Cys Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Cys Cys Gly Gly Cys
545 550 555 560
Cys Cys Cys Gly Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys Cys Gly Cys Cys
565 570 575
Cys Cys Cys Cys Cys Ala Gly Cys Cys Cys Ala Cys Gly Gly Thr Gly
580 585 590
Thr Cys Ala Cys Cys Thr Cys Gly Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Ala
595 600 605
Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Cys Cys Gly Gly Cys Cys Cys Cys Gly
610 615 62 0
Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys Cys Gly Cys Cys Cys Cys Cys Cys
625 630 635 640
Cys Ala Gly Cys Cys Cys Ala Cys Gly Gly Thr Gly Thr Cys Ala Cys
645 650 655
Cys Thr Cys Gly Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys
660 665 670
Ala Gly Gly Cys Cys Gly Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Gly Cys Thr
675 680 685
Cys Cys Ala Cys Cys Gly Cys Cys Cys Cys Cys Cys Cys Ala Gly Cys
690 695 700
Cys Cys Ala Cys Gly Gly Thr Gly Thr Cys Ala Cys Cys Thr Cys Gly
705 710 715 720
Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Cys
725 730 735
Cys Gly Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys
740 745 750
Cys Gly Cys Cys Cys Cys Cys Cys Cys Ala Gly Cys Cys Cys Ala Cys
755 760 765
Gly Gly Thr Gly Thr Cys Ala Cys Cys Thr Cys Gly Gly Cys Cys Cys
770 775 780
Cys Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Cys Cys Gly Gly Cys
785 790 795 800
Cys Cys Cys Gly Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys Cys Gly Cys Cys
805 810 815
Cys Cys Cys Cys Cys Ala Gly Cys Cys Cys Ala Cys Gly Gly Thr Gly
820 825 830
Thr Cys Ala Cys Cys Thr Cys Gly Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Ala
8 35 840 845
Суз hia -V3 ...уз \ 'Л 1 у Gly Cys - уJ . у 1 у Cy's Cys С ys . y.
8 50 8 55 8 60
Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys Cys Gly Cys Cys Cys Cys Cys Cys
865 870 875 880
Cys Ala Gly Cys Cys Cys Ala Cys Gly Gly Thr Gly Thr Cys Ala Cys
885 890 895
Cys Thr Cys Gly Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys
900 905 910
Ala Gly Gly Cys Cys Gly Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Gly Cys Thr
915 920 925
Cys Cys Ala Cys Cys Gly Cys Cys Cys Cys Cys Cys Cys Ala Gly Cys
930 935 940
Cys Cys Ala Cys Gly Gly Thr Gly Thr Cys Ala Cys Cys Thr Cys Gly
945 950 955 960
Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Cys
965 970 975
Cys Gly Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys
980 985 990
Cys Gly Cys Cys Cys Cys Cys Cys Cys Ala Gly Cys Cys Cys Ala Cys
995 1000 1005
Gly Gly Thr Gly Thr Cys Ala Cys Cys Thr Cys Gly Gly Cys Cys
1010 1015 102 0
Cys Cys Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Cys Cys Gly
1025 1030 1035
15 Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys Cys
1040 1045 105 0
Giy Cys Cys Cys ays oy.'-' Cys Cys Ala G:y ."'ys Cys Cys Ala Cys
20 1055 1060 1C6 5
Gly Gly Thr Gly Thr Cys Ala Cys Cys Thr Cys Gly Gly Cys Cys
1070 1075 1080
Cys Cys Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Cys Cys Gly
1085 1090 1095
Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys Cys
1100 1105 1110
35 Gly Cys Cys Cys Cys Cys Cys Cys Ala Gly Cys Cys Cys Ala Cys
1115 1120 1125
Gly Gly Thr Gly Thr Cys Ala Cys Cys Thr Cys Gly Giy Cys Cys
40 1130 1135 1140
Cys Cys Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Cys Cys Gly
1145 1150 1155
Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys Cys
1160 1165 1170
Gly Cys Cys Cys Cys Cys Cys Cys Ala Gly Cys Cys Cys Ala Cys
1175 1180 1185
Gly Gly Thr Gly Thr Cys Ala Cys Cys Thr Cys Gly Gly Cys Cys
1190 1195 1200
Cys Cys Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Cys Cys Gly
1205 1210 1215
Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys Cys
1220 1225 1230
Gly Cys Cys Cys Cys Cys Cys Cys Ala Gly Cys Cys Cys Ala Cys
12 3 5 12 4 0 12 4 5
Giy Gly Tin Gly Thr Cys Ala Cys Cys Thi Су 6 Gly Gly Cys Cys
12 5 12 5 5 12 6 0
Cys Cys Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Cys Cys Gly
1265 1270 1275
Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys Cys
1280 1285 1290
Gly Cys Cys Cys Cys Cys Cys Cys Ala Gly Cys Cys Cys Ala Cys
1295 1300 1305
Gly Gly Thr Gly Thr Cys Ala Cys Cys Thr Cys Gly Gly Cys Cys
1310 1315 1320
Cys Cys Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Cys Cys Gly
1325 1330 1335
Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys Cys
1340 1345 1350
Gly Cys Cys Cys Cys Cys Cys Cys Ala Gly Cys Cys Cys Ala Cys
1355 1360 1365
Gly Gly Thr Gly Thr Cys Ala Cys Cys Thr Cys Gly Gly Cys Cys
1370 1375 1380
Cys Cys Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Cys Cys Gly
1385 1390 1395
Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys Cys
1400 1405 1410
Gly Cys Cys Cys Cys Cys Cys Cys Ala Gly Cys Cys Cys Ala Cys
1415 1420 14 2 5
Gly Gly Thr Gly Thr Cys Ala Cys Cys Thr Cys Gly Gly Cys Cys
1430 1435 144 0
Cys Cys Giy Gly Ala Cys Ala Cys Cys Ala G... у Gly Cys Cys Gly
14 4 5 14 5 0 14 5 5
Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys Cys
1460 1465 1470
Gly Cys Cys Cys Cys Cys Cys Cys Ala Gly Cys Cys Cys Ala Cys
1475 1480 148 5
Gly Gly Thr Gly Thr Cys Ala Cys Cys Thr Cys Gly Gly Cys Cys
1490 1495 1500
Cys Cys Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Cys Cys Gly
1505 1510 1515
Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys Cys
1520 1525 1530
Gly Cys Cys Cys Cys Cys Cys Cys Ala Gly Cys Cys Cys Ala Cys
1535 1540 1545
Gly Gly Thr Gly Thr Cys Ala Cys Cys Thr Cys Gly Gly Cys Cys
1550 1555 1560
Cys Cys Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Cys Cys Gly
1565 1570 1575
Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys Cys
1580 1585 1590
Gly Cys Cys Cys Cys Cys Cys Cys Ala Gly Cys Cys Cys Ala Cys
1595 1600 1605
Gly Gly Thr Gly Thr Cys Ala Cys Cys Thr Cys Gly Gly Cys Cys
1610 1615 1620
Cys Cys Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Cys Cys Gly
1625 1630 1635
Giy Cys Cys Cys Cys Gly Gly G у Cys Thr Cys Cys Ala Cys Cy;
1640 1645 165 и
Gly Cys Cys Cys Cys Cys Cys Cys Ala Gly Cys Cys Cys Ala Cys
1655 1660 1665
Gly Gly Thr Gly Thr Cys Ala Cys Cys Thr Cys Gly Gly Cys Cys
1670 1675 1680
Cys Cys Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Cys Cys Gly
1685 1690 1695
Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys Cys
1700 1705 1710
Gly Cys Cys Cys Cys Cys Cys Cys Ala Gly Cys Cys Cys Ala Cys
1715 1720 17 25
Gly Gly Thr Gly Thr Cys Ala Cys Cys Thr Cys Gly Gly Cys Cys
1730 1735 174 0
Cys Cys Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Cys Cys Gly
1745 1750 1755
Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys Cys
1760 1765 1770
Gly Cys Cys Cys Cys Cys Cys Cys Ala Gly Cys Cys Cys Ala Cys
1775 1780 1785
Gly Gly Thr Gly Thr Cys Ala Cys Cys Thr Cys Gly Gly Cys Cys
1790 1795 1800
Cys Cys Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Cys Cys Gly
1805 1810 1815
Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys Cys
1820 1825 1830
Giy Cys Cys С v s С у s Cys Cys С у s A la Gly Cys С у s С у. - A 1 а С у s
18 3 5 18 4 0 18 4 5
Gly Gly Thr Gly Thr Cys Ala Cys Cys Thr Cys Gly Gly Cys Cys
1850 1855 1860
Cys Cys Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Cys Cys Gly
1865 1870 1875
Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys Cys
1880 1885 1890
Gly Cys Cys Cys Cys Cys Cys Cys Ala Gly Cys Cys Cys Ala Cys
1895 1900 1905
Gly Gly Thr Gly Thr Cys Ala Cys Cys Thr Cys Gly Giy Cys Cys
1910 1915 1920
Cys Cys Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Cys Cys Gly
1925 1930 1935
Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys Cys
1940 1945 1950
Gly Cys Cys Cys Cys Cys Cys Cys Ala Gly Cys Cys Cys Ala Cys
1955 I960 1965
Gly Gly Thr Gly Thr Cys Ala Cys Cys Thr Cys Gly Gly Cys Cys
1970 1975 1980
Cys Cys Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Cys Cys Gly
1985 1990 1995
Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys Cys
2000 2:005 2 010
Gly Cys Cys Cys Cys Cys Cys Cys Ala Gly Cys Cys Cys Ala Cys
2015 2020 2025
i. у T i~i IT ij X у . i~\ l 2 _,'.-. A J_ з. Cys С у s T in г '_, у s о 1 у о 1 у i_ у;~ у s
0 3 0 2 0 3 5 2 0 4 0
Cys Cys Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Cys Cys Gly
2045 2050 2055
Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys Cys
2060 2065 2070
Gly Cys Cys Cys Cys Cys Cys Cys Ala Gly Cys Cys Cys Ala Cys
2075 2080 2085
Gly Gly Thr Gly Thr Cys Ala Cys Cys Thr Cys Gly Gly Cys Cys
2090 2095 2100
Cys Cys Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Cys Cys Gly
2105 2110 2115
Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys Cys
2120 2125 2130
Gly Cys Cys Cys Cys Cys Cys Cys Ala Gly Cys Cys Cys Ala Cys
2135 2140 214 5
Gly Gly Thr Gly Thr Cys Ala Cys Cys Thr Cys Gly Gly Cys Cys
2150 2155 2160
Cys Cys Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Cys Cys Gly
2165 2170 2175
Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys Cys
2180 2185 2190
Gly Cys Cys Cys Cys Cys Cys Cys Ala Gly Cys Cys Cys Ala Cys
2195 2 200 2205
Gly Gly Thr Gly Thr Cys Ala Cys Cys Thr Cys Gly Gly Cys Cys
2 210 2 2 15 2 2 2 3
Cys Cys Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Cys Cys
2 2 2 5 2 2 3 0 2 2 3 5
Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys Cys
2240 2245 2250
Gly Cys Cys Cys Cys Cys Cys Cys Ala Gly Cys Cys Cys Ala Cys
2255 2260 2265
Gly Gly Thr Gly Thr Cys Ala Cys Cys Thr Cys Gly Gly Cys Cys
2270 2275 2280
Cys Cys Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Cys Cys Gly
2285 2290 2295
Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys Cys
2300 2 3 05 2310
Gly Cys Cys Cys Cys Cys Cys Cys Ala Gly Cys Cys Cys Ala Cys
2315 2320 2325
Gly Gly Thr Gly Thr Cys Ala Cys Cys Thr Cys Gly Gly Cys Cys
2330 2335 2340
Cys Cys Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Cys Cys Gly
2345 2350 2355
Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys Cys
2360 2365 2370
Gly Cys Cys Cys Cys Cys Cys Cys Ala Gly Cys Cys Cys Ala Cys
2375 2 380 2385
Gly Gly Thr Gly Thr Cys Ala Cys Cys Thr Cys Gly Gly Cys Cys
2390 2395 240 0
Cys Cys Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Cys Cys Gly
2 4 0 5 2 4 1 0 2 4 15
:ys Cys Gly G.y Giy Cys Thr Cys r'; s Ala Cys Cy:
24 0 5 /43 0
Gly Cys Cys Cys Cys Cys Cys Cys Ala Gly Cys Cys Cys Ala Cys
2435 2440 244 5
Gly Gly Thr Gly Thr Cys Ala Cys Cys Thr Cys Gly Gly Cys Cys
2450 2455 2460
Cys Cys Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Cys Cys Gly
2 4 65 2 47 0 24 75
Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys Cys
2480 2485 2490
Gly Cys Cys Cys Cys Cys Cys Cys Ala Gly Cys Cys Cys Ala Cys
2495 2500 2505
Gly Gly Thr Gly Thr Cys ALa Cys Cys Thr Cys Gly Gly Cys Cys
2510 2515 2520
Cys Cys Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Cys Cys Gly
2525 2530 2535
Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys Cys
2540 2545 2550
Gly Cys Cys Cys Cys Cys Cys Cys Ala Gly Cys Cys Cys Ala Cys
2555 2560 2565
Gly Gly Thr Gly Thr Cys Ala Cys Cys Thr Cys Gly Gly Cys Cys
2570 2575 2580
Cys Cys Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Cys Cys Gly
2 5 8 5 2 5 9 0 2 5 9 5
Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys Cys
2 60 0 2 60 5 2 610
Cys '~ys Cyg Cys Cys Cys Gys Ala Gly Cys Cys Cys Ala Cys
2 611 2 62 0 2 62!;
Gly Gly Thr Gly Thr Cys Ala Cys Cys Thr Cys Gly Gly Cys Cys
2630 2635 2640
Cys Cys Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Cys Cys Gly
2645 2650 2655
Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys Cys
2660 2665 2670
Gly Cys Cys Cys Cys Cys Cys Cys Ala Gly Cys Cys Cys Ala Cys
2675 2680 2685
Gly Gly Thr Gly Thr Cys Ala Cys Cys Thr Cys Gly Gly Cys Cys
2690 2695 2700
Cys Cys Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Cys Cys Gly
2705 2710 2715
Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys Cys
2720 2725 2730
Gly Cys Cys Cys Cys Cys Cys Cys Ala Gly Cys Cys Cys Ala Cys
2735 2740 2745
Gly Gly Thr Gly Thr Cys Ala Cys Cys Thr Cys Gly Gly Cys Cys
2750 2755 2760
Cys Cys Gly Gly Ala Cys Ala Cys Cys Ala Gly Gly Cys Cys Gly
2765 2770 2775
Gly Cys Cys Cys Cys Gly Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys Cys
2780 2 785 2790
Gly Cys Cys Cys Cys Cys Cys Cys Ala Gly Cys Cys Cys Ala Thr
2795 2 800 280 5
liy Giy Thr ---y rii! Cys Ala Cys Cys Thr Cys Giy Gly Cys Cy;
2810 2 815 2820
Cys Cys Gly Gly Ala Cys Ala Ala Cys Ala Gly Gly Cys Cys Cys
2825 2830 2835
Gly Cys Cys Thr Thr Gly Gly Gly Cys Thr Cys Cys Ala Cys Cys
2840 2845 2850
Gly Cys Cys Cys Cys Thr Cys Cys Ala Gly Thr Cys Cys Ala Cys
2855 2860 2865
Ala Ala Thr Gly Thr Cys Ala Cys Cys Thr Cys Gly Gly Cys Cys
2870 2875 2880
Thr Cys Ala Gly Gly Cys Thr Cys Thr Gly Cys Ala Thr Cys Ala
2885 2890 2895
Gly Gly Cys Thr Cys Ala Gly Cys Thr Thr Cys Thr Ala Cys Thr
2900 2905 2910
Cys Thr Gly Gly Thr Gly Cys Ala Cys Ala Ala Cys Gly Gly Cys
2915 2920 2925
Ala Cys Cys Thr Cys Thr Gly Cys Cys Ala Gly Gly Gly Cys Thr
2930 2935 2940
Ala Cys Cys Ala Cys Ala Ala Cys Cys Cys Cys Ala Gly Cys Cys
2945 2950 2955
Ala Gly Cys Ala Ala Gly Ala Gly Cys Ala Cys Thr Cys Cys Ala
2960 2965 2970
Thr Thr Cys Thr Cys Ala Ala Thr Thr Cys Cys Cys Ala Gly Cys
297 5 2 980 2985
Cys Ala Cys Cys Ala Cys Thr Cys Thr Gly Ala Thr Ala Cys Thr
2990 299 5 3 000
Cys Thr Ala Cys Cys Ala Cys Cys Cys Thr Thr Gly Cys Cys
3005 3010 3015
Ala Gly Cys Cys Ala Thr Ala Gly Cys Ala Cys Cys Ala Ala Gly
3020 3025 3030
Ala Cys Thr Gly Ala Thr Gly Cys Cys Ala Gly Thr Ala Gly Cys
3035 3040 3045
Ala Cys Thr Cys Ala Cys Cys Ala Thr Ala Gly Cys Thr Cys Gly
3050 3055 3060
Gly Thr Ala Cys Cys Thr Cys Cys Thr Cys Thr Cys Ala Cys Cys
3065 3070 3075
Thr Cys Cys Thr Cys Cys Ala Ala Thr Cys Ala Cys Ala Gly Cys
3080 3085 3090
Ala Cys Thr Thr Cys Thr Cys Cys Cys Cys Ala Gly Thr Thr Gly
3095 3100 3105
Thr Cys Thr Ala Cys Thr Gly Gly Gly Gly Thr Cys Thr Cys Thr
3110 3115 3120
Thr Thr Cys Thr Thr Thr Thr Thr Cys Cys Thr Gly Thr Cys Thr
3125 3130 3135
Thr Thr Thr Cys Ala Cys Ala Thr Thr Thr Cys Ala Ala Ala Cys
3140 3145 3150
Cys Thr Cys Cys Ala Gly Thr Thr Thr Ala Ala Thr Thr Cys Cys
3155 3160 3165
Thr Cys Thr Cys Thr Gly Gly Ala Ala Gly Ala Thr Cys Cys Cys
3170 3175 3180
Ala Gly Cys Ala Cys Cys Gly Ala Cys Thr Ala Cys Thr Ala Cys
3185 3190 3195
Cys Ala Ala Giy Ala Giy Cys Thr Gly Cys Ala G_y Ala Gly A i. •
3300 3205 3210
Gly Ala Cys Ala Thr Thr Thr Cys Thr Gly Ala Ala Ala Thr Gly
3215 3220 3225
Thr Thr Thr Thr Thr Gly Cys Ala Gly Ala Thr Thr Thr Ala Thr
3230 3235 3240
Ala Ala Ala Cys Ala Ala Gly Gly Gly Gly Gly Thr Thr Thr Thr
3245 3250 3255
Cys Thr Gly Gly Gly Cys Cys Thr Cys Thr Cys Cys Ala Ala Thr
3260 3265 3270
Ala Thr Thr Ala Ala Gly Thr Thr Cys Ala Gly Gly Cys Cys Ala
3275 3280 3285
Gly Gly Ala Thr Cys Thr Gly Thr Gly Gly Thr Gly Gly Thr Ala
3290 3295 3300
Cys Ala Ala Thr Thr Gly Ala Cys Thr Cys Thr Gly Gly Cys Cys
3305 3310 3315
Thr Thr Cys Cys Gly Ala Gly Ala Ala Gly Gly Thr Ala Cys Cys
3320 3325 3330
Ala Thr Cys Ala Ala Thr Gly Thr Cys Cys Ala Cys Gly Ala Cys
3335 3 340 3345
Gly Thr Gly Gly Ala Gly Ala Cys Ala Cys Ala Gly Thr Thr Cys
3350 3355 3360
Ala Ala Thr Cys Ala Gly Thr Ala Thr Ala Ala Ala Ala Cys Gly
3 3 6 5 3 3 7 0 3 3 7 5
Gly Ala Ala Gly Cys Ala Gly Cys Cys Thr Cys Thr Cys Cly Ala
3 3 8 0 3 3 8 5 3 3 9 0
Ala Thr Ala Ala Cys rys -yhr Gly Ala у : y Ala Thr Cys
3 3 9 5 3 4 0 0 3 4 0 5
Thr Cys Ala Gly Ala Cys Gly Thr Cys Ala Gly Cys Gly Thr Gly
3410 3415 3420
Ala Gly Thr Gly Ala Thr Gly Thr Gly Cys Cys Ala Thr Thr Thr
3425 3430 3435
Cys Cys Thr Thr Thr Cys Thr Cys Thr Gly Cys Cys Cys Ala Gly
34 4 0 34 45 3 4 50
Thr Cys Thr Gly Gly Gly Gly Cys Thr Gly Gly Gly Gly Thr Gly
3455 3460 3465
Cys Cys Ala Gly Gly Cys Thr Gly Gly Gly Gly Cys Ala Thr Cys
3470 3 4 75 3480
Gly Cys Gly Cys Thr Gly Cys Thr Gly Gly Thr Gly Cys Thr Gly
3485 3490 3495
Gly Thr Cys Thr Gly Thr Gly Thr Thr Cys Thr Gly Gly Thr Thr
3500 3505 3510
Gly Cys Gly Cys Thr Gly Gly Cys Cys Ala Thr Thr Gly Thr Cys
3515 3520 3525
Thr Ala Thr Cys Thr 3530
Cys Ala Thr Thr Gly 3535
Cys Cys Thr Thr Gly 3540
Gly Cys Thr Gly Thr 3545
Cys Gly Cys Cys Gly 3560
Cys Thr Gly Thr Cys 3 5 50
Ala Ala Ala Gly A]a 3 5 65
Ala Gly Thr Gly Cys 3555
Ala Cys Thr Ala Cys
3 57 0
Gly Gly Gly Cys Ala
3575
Gly Cys Thr Gly Gly
3 5 8 0
Ala Cys Ala Thr Cys
3 58 5
Thr Thr ?r,i Cys Cys 3 5 9 >
Ala Giy Суз Cys Cys 3 5 95
1 - . 7\ "1 -а v j_ f nj-d г i . j_
3 6 о 0
Ala Cys Cys Thr Ala 3605
Cys Cys Ala Thr Cys 3610
Cys Thr Ala Thr Gly 3 615
Ala Gly Cys Gly Ala 3620
Gly Thr Ala Cys Cys
3625
Cys Cys Ala Cys Cys
3630
Thr Ala Cys Cys Ala 3635
Cys Ala Cys Cys Cys 3640
Ala Thr Gly Gly Gly 3 64 5
Cys Gly Cys Thr Ala
3650
Thr Gly Thr Gly Cys 3655
Cys Cys Cys Cys Thr
3660
Ala Gly Cys Ala Gly
3665
Thr Ala Cys Cys Gly
3 67 0
Ala Thr Cys Gly Thr
3 67 5
Ala Gly Cys Cys Cys 3680
Cys Thr Ala Thr Gly 3 68 5
Ala Gly Ala Ala Gly 3690
Gly Thr Thr Thr Cys 3695
Thr Gly Cys Ala Gly 3700
Gly Thr Ala Ala Cys 3705
Gly Gly Thr Gly Gly Cys Ala Gly Cys Ala Gly Cys Cys Thr Cys
3710 3715 3720
Thr Cys Thr Thr Ala Cys Ala Cys Ala Ala Ala Cys Cys Cys Ala
3725 3730 3735
Gly Cys Ala Gly Thr Gly Gly Cys Ala Gly Cys Cys Gly Cys Thr
3740 3745 3750
Thr Cys Thr Gly Cys Cys Ala Ala Cys Thr Thr Gly Thr Ala Gly
3755 3760 3765
ФОРМУЛА ИЗОБРЕТЕНИЯ
1. Композиция, содержащая по меньшей мере одну мРНК, в которой по меньшей мере одна мРНК кодирует следующие антигены:
• 5Т4 (трофобластический гликопротеин, TPBG);
• сурвивин (белок 5, содержащий бакуловирусный ингибитор мотива апоптозных (IAP) повторов; BIRC5),
•NY-ESO-1 (Нью-Йоркская плоскоклеточная карцинома пищевода 1; CTAG1B),
•MAGE-C1 (меланомный антиген семейства С1); •MAGE-C2 (меланомный антиген семейства С2) и •MUC1 (муцин 1)
или их фрагменты, и в которой по меньшей мере одна мРНК является моно, би- или полицистронной.
2. Композиция по п. 1, в которой каждый из антигенов или их фрагментов
кодируется индивидуальной мРНК.
3. Композиция по п. 1, в которой 5Т4, сурвивин, NY-ESO-1, MAGE-C1, MAGE-C2 и MUC 1 или их фрагменты кодируются одной мРНК.
4. Композиция по п. 1, в которой антигены или их фрагменты кодируются по меньшей мере одной бицистронной и/или полицистронной мРНК.
5. Композиция по одному из п.п. 1-4, в которой по меньшей мере одна мРНК, предпочтительно по меньшей мере две мРНК, более предпочтительно по меньшей мерс 1ри мРНК, еще более предпочтительно по меньшей мере четыре мРНК, еще более предпочтительно по меньшей мере пять мРНК или еще более предпочтительно по меньшей мере шесть мРНК, каждая содержит по меньшей мере одну кодирующую последовательность, выбранную из последовательностей РНК, которые идентичны или по меньшей мере на 80% идентичны последовательности РНК SEQ ID NO: 2, 5, 8, 11, 14 или 17.
3.
6. Композиция по одному из п.п. 1-5, в которой по меньшей мере одна
мРНК содержит кодирующую последовательность., которая содержит или
состоит из последовательности РНК, которая идентична или по меньшей мере на
80% идентична последовательностям РНК SEQ ID NO: 2, 5, 8, 11, 14 или 17.
7. Композиция по одному из п.п. 1-6, в которой по меньшей мере одна мРНК представляет собой модифицированную мРНК, прежде всего стабилизированную мРНК.
8. Композиция по одному из п.п. 1-7, в которой содержание G/C в кодирующей области по меньшей мере одной мРНК увеличено по сравнению с содержанием G/C в кодирующей области мРНК дикого типа, при этом кодируемая по меньшей мере одной мРНК аминокислотная последовательность предпочтительно не модифицирована по сравнению с аминокислотной последовательностью, кодируемой мРНК дикого типа.
9. Композиция по одному из п.п. 1-8, в которой по меньшей мере одна мРНК содержит кодирующую последовательность, которая содержит или состоит из последовательности РНК, которая идентична или по меньшей мере на 80% идентична последовательностям РНК SEQ ID NO: 3, 6, 9, 12, 15, 18 или 25.
10. Композиция по одному из п.п. 1-9, в которой по меньшей мере одна мРНК содержит 5'-кэп-структуру и/или 3'UTR содержит поли(А)-хвост, предпочтительно включающий от 10 до 200, от 10 до 100, от 40 до 80 или от 50 до 70 аденозиновых нуклеотидов, и/или 3'UTR содержит поли(С)-хвост, предпочтительно включающий от 10 до 200, от 10 до 100, от 20 до 70, от 20 до 60 или от 10 до 40 цитозиновых нуклеотидов.
11. Композиция по одному из п.п. 1-10, в которой по меньшей мере одна мРНК содержит 3'UTR, которая содержит в (5' -> 3' направлении) следующие элементы:
а) поли(А)-хвост, предпочтительно состоящий из от 10 до 200, от 10 до 100, от 40 до 80 или от 50 до 70 аденозиновых нуклеотидов.
б) поли(С)-хвост, предпочтительно состоящий из от 10 до 200, от 10 до 100,
от 20 до 70, от 20 до 60 или от 10 до 40 цитозиновых нуклеотидов, и
в) гистоновую структуру типа "стебель-петля".
12. Композиция по одному из п.п. 1-11, содержащая шесть мРНК, в которой каждая мРНК кодирует отличный от других антиген, выбранный из группы, состоящей из 5Т4 (трофобластический гликопротеин, TPBG), сурвивина (белок, содержащий бакуловирусный ингибитор мотива апоптозных (IAP) повторов 5; BIRC5), NY-ESO-1 (Нью-Йоркская плоскоклеточная карцинома пищевода 1; CTAG1B), MAGE-C1 (меланомный антиген семейства CI), MAGE-C2 (меланомный антиген семейства С2) и MUC1 (муцин 1), и в которой предпочтительно каждая мРНК содержит последовательность РНК. которая идентична или по меньшей мере на 80% идентична другой последовательности РНК, выбранной из последовательностей РНК, представленных в SEQ ID NO: 1, 4, 7, 10, 13 и 16.
13. Композиция по одному из п.п. 1-12, в которой гистоновая структура типа "стебель-петля" образуется путем внутримолекулярного спаривания оснований двух соседних последовательностей, которые являются полностью или частично обратно комплементарными.
14. Композиция по одному из п.п. 1-13, в которой спаренный элемент типа "стебель-петля" содержит по меньшей мере одно ошибочно спаренное основание.
15. Композиция по одному из п.п. 1-14, в которой петля в гистоновой
структуре типа "стебель-петля" имеет в длину от 3 до 15 оснований, предпочтительно от 3 до 10, от 3 до 8, от 3 до 7, от 3 до 6, от 4 до 5 оснований или 4 основания.
16. Композиция по одному и п.п. 1-15, в которой последовательность,
образующая стеблевую область в гистоновой структуре типа "стебель-петля"
имеет в длину от 5 до 10 оснований, предпочтительно от 5 до 8 оснований.
17. Композиция по одному из п.п. 1-16, в которой 3'UTR по меньшей мере одной мРНК содержит по меньшей мере одну гистоновую структуру типа "стебель-петля", которую выбирают из следующих формул (I) или (II):
формула (I) (последовательность структуры типа "стебель-петля" без пограничных элементов стебля):
[N0.2GN3-5] [N0.4(U/T)N0.4] [N3_5CN0.2]
< . J v j v
steml петля stem2
формула (II) (последовательность структуры типа "стебель-петля" с пограничными элементами стебля):
N,.6 [N0.2GN3.5] [No.4(U/T)No.4] [N3.5CN0.2] N,.6
S^v v ' У Y- ^ v 'Ч^
stem 1 stem 1 петля stem2 stem2
пограничный элемент пограничный элемент
в которых:
пограничные элементы steml или stem2 Nj_6 обозначают непрерывную
последовательность, состоящую из 1-6, предпочтительно 2-6, более предпочтительно 25, еще более предпочтительно 3-5, наиболее предпочтительно 4-5 или 5 N, где N каждый независимо друг от друга выбран из нуклеотида, выбранного из A, U, Т, G и С или их нуклеотидного аналога;
steml [No-2GN3"5] обозначает последовательность, обратно
комплементарную или частично обратно комплементарную элементу stem2, и представляет собой непрерывную
последовательность, состоящую из 5-7 нуклеотидов;
в которой Nq-2 обозначает непрерывную
последовательность, состоящую из 0-2,
5 предпочтительно 0-1, более предпочтительно
1 N, где N каждый независимо друг от друга выбран из нуклеотида, выбранного из A, U, Т, G и С или его нуклеотидного аналога; в которой N3.5 обозначает непрерывную
10 последовательность, состоящую из 3-5,
предпочтительно 4-5, более предпочтительно 4 N, где N каждый независимо друг от друга выбран из нуклеотида, выбранного из A, U, Т, G и С или его нуклеотидного аналога, и
15 в которой G обозначает гуанозин или его
аналог и необязательно может быть заменен на цитидин или его аналог при условии, что комплементарный ему нуклеотид цитидин в stem2 заменен на гуанозин;
20 последовательность петли [No-4(U/T)No-4] локализована между элементами steml и
stem2 и обозначает непрерывную последовательность, состоящую из 3-5 нуклеотидов, более предпочтительно 4 нуклеотидов;
25 в которой Nn-4 каждый независимо друг от
друга обозначает непрерывную последовательность, состоящую из 0-4, предпочтительно 1-3, более предпочтительно 1 -2 N, где N каждый независимо друг от друга
30 выбран из нуклеотида, выбранного из A, U, Т,
G и С или его нуклеотидного аналога; и в которой U/T обозначает уридин или необязательно тимидин;
stem2 [N3.5CN0-2] обозначает последовательность, обратно
комплементарную или частично обратно комплементарную элементу steml, и представляет собой непрерывную последовательность, состоящую из 5-7 нуклеотидов;
в которой N3.5 обозначает непрерывную последовательность, состоящую из 3-5, предпочтительно 4-5, более предпочтительно 4 N, где N каждый независимо друг от друга выбран из нуклеотида, выбранного из A, U, Т, G и С или его нуклеотидного аналога: в которой N0-2 обозначает непрерывную последовательность, состоящую из 0-2, предпочтительно 0-1, более предпочтительно 1 N, где N каждый независимо друг от друга выбран из нуклеотида, выбранного из A, U, Т, G или С или его нуклеотидного аналога; и в которой С обозначает цитидин или его аналог и необязательно может быть заменен на гуанозин или его аналог при условии, что комплементарный ему нуклеотид гуанозин в steml заменен на цитидин;
где
у элементов steml и stem2 может происходить спаривание оснований друг с другом с образованием обратно комплементарной последовательности, при этом между steml и stem2 может иметь место спаривание оснований, или
с образованием частично обратно комплементарной последовательности, при этом между steml и stem2 может иметь место неполное спаривание оснований.
18. Композиция по одному из п.п. 1-17, в которой по меньшей мере одна гистоновая структура типа "стебель-петля" выбрана по меньшей мере из одной из следующих формул (1а) или (Па):
формула (1а) (последовательность структуры типа "стебель-петля" без пограничных элементов стебля):
[No.,GN3.5] [NM(U/T)N0.2] [N3.5CN0.,]
steml петля stcm2
формула (Па) (последовательность структуры типа "стебель-петля" с пограничными элементами стебля):
N2.5 [No.,GN3.5] [N,.3(U/T)N".2] [N3.5CN0.,] N2.5
. 'V y Г . '
steml steml петля stem2 stem2
пограничный элемент пограничный элемент
19. Композиция по одному из п.п. 1-18, содержащая любую одну из нуклеотидных. последовательностей гистоновой структуры типа " стебель-петля" SEQ ID NO: 26-67, предпочтительно нуклеотидную последовательность SEQ ID NO: 71 и наиболее предпочтительно последовательность РНК SEQ ID NO: 72.
20. Композиция по одному из п.п. 1-19, в которой по меньшей мере одна мРНК представляет собой по меньшей мере одну мРНК, идентичную или по меньшей мере на 80% идентичную последовательности РНК, представленной в любой из последовательностей РНК SEQ ID NO: 19-24.
21. Композиция по одному из п.п. 1-20, содержащая шесть мРНК, в которой каждая мРНК кодирует отличный от других антиген, выбранный из группы, состоящей из 5Т4 (трофобластический гликопротеин, TPBG), сурвивина (белок, содержащий бакуловирусный ингибитор мотива апоптозных (IAP) повторов 5;
BIRC5), NY-ESO-1 (Нью-Йоркская плоскоклеточная карцинома пищевода 1; CTAG1B), MAGE-C1 (меланомный антиген семейства CI), MAGE-C2 (меланомный антиген семейства С2) и MUC1 (муцин 1), и в которой каждая мРНК идентична или по меньшей мере на 80% идентична другой последовательности РНК, выбранной из последовательностей РНК, представленных в SEQ ID NO: 19, 20, 21, 22, 23 или 24.
22. Композиция по одному из п.п. 1-21, содержащая шесть мРНК, в которой одна мРНК кодирует 5Т4 и идентична или по меньшей мере на 80% идентична SEQ ID NO: 19, одна мРНК кодирует сурвивин и идентична или по меньшей мере на 80% идентична SEQ ID NO: 20, одна мРНК кодирует NY-ESO-1 и идентична или по меньшей мере на 80% идентична SEQ ID NO: 21, одна мРНК кодирует MAGE-C1 и идентична или по меньшей мере на 80% идентична SEQ ID NO: 22, одна мРНК кодирует MAGE-C2 и идентична или по меньшей мере на 80% идентична SEQ ID NO: 23 и одна мРНК кодирует MUC1 и идентична или по меньшей мере на 80% идентична SEQ ID N0:24.
23. Композиция по одному из п.п. 1-22, в которой по меньшей мере одна мРНК присутствует в виде комплекса с одним или несколькими поликатионами, предпочтительно с протамином или олигофектамином, наиболее предпочтительно с протамином.
24. Композиция по п. 23, в которой отношение N/P по меньшей мере одной мРНК и одного или нескольких поликатионов находится в диапазоне примерно от 0,1 до 10, включая диапазон примерно от 0,3 до 4, примерно от 0,5 до 2, примерно от 0,7 до 2 и примерно от 0,7 до 1,5.
25. Композиция по одному из п.п. 1-24, содержащая по меньшей мере одну РНК, которая присутствует в комплексе с одним или несколькими поликатионами, и по меньшей мере одну свободную РНК.
26. Композиция по п. 25, в которой присутствующая в комплексе РНК идентична свободной РНК.
22.
27. Композиция по п. 25 или п. 26, в которой молярное отношение присутствующей в комплексе РНК и свободной РНК выбрано из молярного отношения, составляющего примерно от 0,001:1 до примерно 1:0,001, включая отношение, составляющее примерно 1:1.
28. Композиция по одному из п.п. 1-27, где композиция дополнительно содержит по меньшей мере один адъювант.
29. Композиция по одному из п.п. 1-28, в которой по меньшей мере один адъювант выбран из группы, включающей:
катионные или поликатионные соединения, содержащие катионные или поликатионные пептиды или белки, включая протамин, нуклеолин, спермин или спермидин, поли-Ь-лизин (Ш1Л), полиаргинин, основные полипетиды, проникающие в клетки пептиды (ПКП), включая ВИЧ-связывающие пептиды, Tat, ВИЧ-1 Tat (ВИЧ), полученные из Tat пептиды, пенетратин, полученные из VP22 пептиды или аналогичные пептиды, VP22 HSV (вирус герпеса простого), MAP, KALA или домены белковой трансдукции (PTD), РрТ620, богатые пролином пептиды, богатые аргинином пептиды, богатые лизином пептиды, МРО-пептид(ы), Рер-1, L-олигомеры, пептид(ы) кальцитонина, пептиды, полученные из Antennapedia (прежде всего, из Drosophila antennapedia), pAntp, plsl, FGF, лактоферрин, транспортан, буфорин-2, Вас715-24, SynB, SynB(l), pVEC, полученные из СТ пептиды, SAP, протамин, спермин, спермидин или гистоны, катионные полисахариды, включая хитозан, полибрен, катионные полимеры, включая полиэтиленимин (ПЭИ), катионные липиды, включая DOTMA: хлорид [1-(2,3-сиолеилокси)пропил)]-Ы,М,К-триметиламмония, DMRIE, ди-С14-амидин. DOTIM, SAINT, DC-Choi, BGTC, СТАР. DOPC, DODAP, DOPE: диолеилфосфатидилэтаноламин, DOSPA, DODAB, DOIC, DMEPC, DOGS: диоктадециламидоглицилспермин, DIMRI: бромид димиристооксипропилдиметилгидроксиэтиламмония, DOTAP: диолеоилокси-3 -(триметиламмоний)пропан, DC-6-14: хлорид 0,0-дитетрадеканоил^-(а-триметиламмонийацетил)диэтаноламина, CLIP1: хлоридрац[(2,3-диоктадецилоксипропил)(2-гидроксиэтил)]диметиламмония, CLIP6: рац[2(2,3
дигексадецилоксипропилоксиметилокси)этил]триметиламмоний, CLIP9: /?аг/[2(2,3-Дигексадецилоксипропилоксисукцинилокси)этил]триметиламмоний, олигофектамии, или катионные или поликатионные полимеры, включая модифицированные полиаминокислоты, такие как полимеры Р-аминокислот или обращенные полиамиды, модифицированные полиэтилены, включая ПВП (поли(]ч[-этил-4-винилпириднийбромид)), модифицированные акрилаты, включая пДМЛЭМЛ (поли(диметиламиноэтилмстилакрилат)), модифицированные амидоамины, включая пАМАМ (поли(амидоамин)), модифицированные сложные поли-|3-аминоэфиры (ПБАЭ), включая модифицированные в диаминоконцевом фрагменте сополимеры 1,4-бутандиолдиакрилата и 5-амино-1-пентанола, дендримеры, включая дендримеры полипропиламина или дендримеры на основе пАМАМ, полиимин(ы), включая ПЭИ: поли(этиленимин), поли(пропиленимин), полиаллиламин, полимеры на основе сахарного каркаса, включая полимеры на основе циклодекстрина, полимеры на основе декстрана. хитозан и т.п., силановые полимеры, такие как сополимеры PMOXA-PDMS и т.п., блокполимеры, включающие комбинацию одного или нескольких катионных блоков, выбранных из катионного полимера, указанного выше, и одного или нескольких гидрофильных или гидрофобных блоков (таких, например, как полиэтиленгликоль); или
катионные или поликатионные белки или пептиды, выбранные из следующих белков или пептидов, которые имеют общую формулу (I): (Arg)i,(Lys)m,(His)n,(Orn)0,(Xaa)x, где l+m+n+o+x=8-15, а 1, m, п или о каждый независимо друг от друга обозначает любое число, выбранное из 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 или 15, при условии, что общее содержание Arg, Lys, His и Orn составляет по меньшей мере 50% в пересчете на все аминокислоты олигопептида. а Хаа может обозначать любую аминокислоту, выбранную из нативных (встречающихся в естественных условиях) или ненативных аминокислот, за исключением Arg, Lys, His или Orn, и х может обозначать любое число, выбранное из 0, 1, 2, 3 или 4, при условии., что общее содержание Хаа не превышает 50% в пересчете на все аминокислоты олигопептида; или
нуклеиновые кислоты, имеющие формулу (II): GiXmGn, в которой: G обозначает гуанозин, урацил или аналог гуанозина или зфацила; X обозначает
гуанозин, урацил, аденозин, тимидин, цитозин или аналог вышеуказанных нуклеотидов; 1 обозначает целое число от 1 до 40, при этом, когда I = 1, то G представляет собой гуанозин или его аналог, когда 1 > 1, то по меньшей мере 50% нуклеотидов представляют собой гуанозин или его аналог; m обозначает целое число и обозначает по меньшей мере 3; при этом, когда m = 3, то X представляет собой урацил или его аналог, когда m > 3, то присутствуют меньшей мере 3 последовательно расположенных урацилов или аналогов урацила; п обозначает целое число от 1 до 40, при этом, когда n = 1, то G представляет собой гуанозин или его аналог, когда n > 1, то по меньшей мере 50% нуклеотидов представляют собой гуанозин или его аналог; или
нуклеиновые кислоты, имеющие формулу (III): C|XmCn. в которой: С обозначает цитозин, урацил или аналог цитозина или урацила; X обозначает гуанозин, урацил, аденозин, тимидин, цитозин или аналог вышеуказанных нуклеотидов; 1 обозначает целое число от 1 до 40, при этом, когда 1 = 1, то С представляет собой цитозин или его аналог, когда 1 > 1,, то по меньшей мере 50% нуклеотидов представляют собой цитозин или его аналог; m обозначает целое число и обозначает по меньшей мере 3; когда m = 3, X представляет собой урацил или его аналог, когда m > 3, то присутствуют по меньшей мере 3 последовательно расположенных урацила или аналогов урацила; п обозначает целое число от 1 до 40, при этом, когда n = 1, то С представляет собой цитозин или его аналог, когда n > 1, то по меньшей мере 50%" нуклеотидов представляют собой цитозин или его аналог.
30. Вакцина, содержащая композицию по одному из п.п. 1- 29.
31. Вакцина по п. 30, в которой композиция по одному из п.п. 1-29 вызывает адаптивный иммунный ответ.
32. Вакцина по п. 30 или п. 31, где вакцина содержит также фармацевтически приемлемый носитель.
30.
33. Вакцина по одному из п.п. 30-32, где по меньшей мере одну мРНК из композиции вводят индивидууму по отдельности.
34. Композиция по одному из п.п. 1-29, предназначенная для применения в качестве вакцины для лечения рака легких, предпочтительно немелкоклеточного рака легких (NSCLC).
35. Применение комбинации из шести мРНК для лечения рака легких, в котором каждая мРНК кодирует один антиген, выбранный из группы, состоящей из 5Т4 (трофобластический гликопротеин, TPBG), сурвивина (белок, содержащий бакуловирусный ингибитор мотива апоптозных (IAP) повторов 5; BIRC5), NY-ESO-1 (Нью-Йоркская плоскоклеточная карцинома пищевода 1; CTAG1B), MAGE-C1 (меланомный антиген семейства СТ), MAGE-C2 (меланомный антиген семейства С2) и MUC1 (муцин 1).
36. Применение по п. 35, в котором
одна мРНК содержит кодирующую последовательность, которая кодирует 5Т4 и содержит или состоит из последовательности РНК, которая идентична или по меньшей мере на 80% идентична последовательностям РНК SEQ ID NO: 2 или 3;
одна мРНК содержит кодирующую последовательность, которая кодирует сурвивин и содержит или состоит из последовательности РНК, которая идентична или по меньшей мере на 80% идентична последовательностям РНК SEQ ID NO: 5 или 6;
одна мРНК содержит кодирующую последовательность, которая кодирует NY-ESO-1 и содержит или состоит из последовательности РНК, которая идентична или по меньшей мере на 80% идентична последовательностям РНК SEQ ID NO: 8 или 9;
одна мРНК содержит кодирующую последовательность, которая кодирует MAGE-C1 и содержит или состоит из последовательности РНК, которая идентична или по меньшей мере на 80% идентична пос ледовательностям РНК SEQ ID NO: 11, 12 или 25;
одна мРНК содержит кодирующую последовательность, которая кодирует MAGE-C2 и содержит или состоит из последовательности РНК, которая идентична или по меньшей мере на 80% идентична последовательностям РНК SEQ IDNO: 14 или 15;
одна мРНК содержит кодирующую последовательность, которая кодирует MUC 1 и содержит или состоит из последовательности РНК, которая идентична или по меньшей мере на 80% идентична последовательностям РНК SEQ ID NO: 17 или 18.
37. Применение по одному из п. 35 или п. 36, в котором по меньшей мере одна мРНК содержит гистоновую структуру типа "стебель-петля" в 3'UTR-области.
38. Применение по одному из п.п. 35-37, в котором каждая мРНК содержит последовательность РНК, которая идентична или по меньшей мере на 80% идентична одной из других последовательностей РНК SEQ ID NO: 19-24.
39. Применение по одному из п.п. 35-38, включающее применение шести мРНК, где одна мРНК кодирует 5Т4 и идентична или по меньшей мере на 80% идентична SEQ ID NO: 19, одна мРНК кодирует сурвивин и идентична или по меньшей мере на 80% идентична SEQ ID NO: 20, одна мРНК кодирует NY-ESO-1 и идентична или по меньшей мере на 80% идентична SEQ ID NO: 21, одна мРНК кодирует MAGE-C1 и идентична или по меньшей мере на 80% идентична SEQ ID NO: 22, одна мРНК кодирует MAGE-C2 и идентична или по меньшей мере на 80% идентична SEQ ID NO: 23 и одна мРНК кодирует MUC1 и идентична или по меньшей мере на 80% идентична SEQ ID NO: 24.
40. Применение по одному из п.п. 35-39, в котором каждую из шести мРНК вводят по отдельности.
41. Применение по одному из п.п. 35-40, в котором мРНК вводят путем внутрикожной инъекции.
37.
42. Применение по одному из п.п. 35-41, в котором лечение
предусматривает введение дополнительного фармацевтического действующего
вещества.
43. Применение по одному из п.п. 35-42, в котором дополнительное фармацевтическое действующее вещество представляет собой химиотерапевтическое средство или ингибитор китталы.
44. Применение по одному из п.п. 35-43, в котором лечение включает также лучевую терапию.
45. Набор, предпочтительно набор компонентов, содержащий композицию по одному из п.п. 1-29 и/или вакцину по одному из п.п. 30-33 и необязательно жидкий наполнитель для солюбилизации и необязательно технические инструкции с информацией о применении и дозировке активной композиции и/или вакцины.
46. Набор по п. 45, где набор представляет собой набор компонентов и каждый компонент содержит по меньшей мере одну мРНК предпочтительно кодирующую отличный от других антигенов, выбранных из антигенов по п. 1, где все компоненты набора компонентов образуют композицию или вакцину по предыдущим пунктам.
47. Набор по п. 45 или п. 46, где набор содержит по меньшей мере два компонента, которые содержат шесть мРНК.
48. Набор по одному из п.п. 45-47, в котором все шесть мРНК присутствуют в лиофилизированной форме в различных компонентах.
49. Набор по п. 48, где набор содержит в качестве компонента лактированный раствор Рингера.
46.
50. Набор по одному из п.п. 45-49, где набор содержит шесть компонентов, где каждый компонент содержит одну из шести мРНК.
5Т4 (GC)-muag-A64-C30
GGGAGAAAGCUUACCAUGCCCGGCGGGUGCAGCCGGGGCCCGGCCGCCGGGGACGGCCGC
CUGCGGCUCGCGCGCCUGGCCCUGGUGCUCCUGGGGUGGGUCUCCAGCUCCAGCCCCACC
UCCAGCGCCUCCAGCUUCUCCAGCUCCGCCCCCUUCCUGGCCAGCGCGGUGUCCGCCCAG
CCCCCGCUCCCCGACCAGUGCCCCGCCCUGUGCGAGUGCAGCGAGGCCGCGCGGACCGUG
AAGUGCGUCAACCGCAACCUGACGGAGGUGCCCACCGACCUCCCGGCCUACGUGCGGAAC
CUGUUCCUGACCGGCAACCAGCUCGCCGUCCUGCCCGCCGGCGCCUUCGCGCGCCGGCCG
CCCCUGGCCGAGCUCGCCGCCCUGAACCUGUCCGGGAGCCGCCUCGACGAGGUGCGGGCC
GGCGCGUUCGAGCACCUGCCGUCCCUGCGCCAGCUCGACCUGAGCCACAACCCCCUGGCC
GACCUCUCCCCCUUCGCCUUCAGCGGGAGCAACGCCUCCGUGAGCGCCCCCUCCCCGCUG
GUCGAGCUGAUCCUCAACCACAUCGUGCCCCCCGAGGACGAGCGGCAGAACCGCAGCUUC
GAGGGCAUGGUGGUCGCGGCCCUGCUGGCCGGGCGGGCCCUCCAGGGCCUGCGCCGGCUG
GAGCUCGCCUCCAACCACUUCCUGUACCUGCCCCGCGACGUGCUCGCGCAGCUGCCGAGC
CUGCGGCACCUCGACCUGUCCAACAACAGCCUGGUGUCCCUCACCUACGUCAGCUUCCGC
AACCUGACGCACCUGGAGUCCCUCCACCUGGAGGACAACGCCCUGAAGGUGCUGCACAAC
GGCACCCUCGCCGAGCUGCAGGGGCUGCCCCACAUCCGGGUGUUCCUCGACAACAACCCC
UGGGUCUGCGACUGCCACAUGGCCGACAUGGUGACCUGGCUGAAGGAGACCGAGGUGGUC
CAGGGCAAGGACCGCCUGACGUGCGCGUACCCCGAGAAGAUGCGGAACCGGGUGCUCCUG
GAGCUGAACAGCGCCGACCUCGACUGCGACCCGAUCCUGCCCCCCUCCCUGCAGACCAGC
UACGUGUUCCUCGGGAUCGUCCUGGCCCUGAUCGGCGCCAUCUUCCUCCUGGUGCUGUAC
CUCAACCGCAAGGGCAUCAAGAAGUGGAUGCACAACAUCCGGGACGCCUGCCGCGACCAC
AUGGAGGGGUACCACUACCGGUACGAGAUCAACGCGGACCCCCGCCUGACCAACCUGUCC
AGCAACUCCGACGUCUGACCACUAGUUAUAAGACUGACUAGCCCGAUGGGCCUCCCAACG
GGCCCUCCUCCCCUCCUUGCACCGAGAUUAAUAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAUAU UCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
CCCCCCCCCCUCUAGACAAUUGGAAUU
5Т4 (GC)-muag-A64-C3()-rHCTOHSL
GGGAGAAAGCUUACCAUGCCCGGCGGGUGCAGCCGGGGCCCGGCCGCCGGGGACGGCCGC
CUGCGGCUCGCGCGCCUGGCCCUGGUGCUCCUGGGGUGGGUCUCCAGCUCCAGCCCCACC
UCCAGCGCCUCCAGCUUCUCCAGCUCCGCCCCCUUCCUGGCCAGCGCGGUGUCCGCCCAG
CCCCCGCUCCCCGACCAGUGCCCCGCCCUGUGCGAGUGCAGCGAGGCCGCGCGGACCGUG
AAGUGCGUCAACCGCAACCUGACGGAGGUGCCCACCGACCUCCCGGCCUACGUGCGGAAC
CUGUUCCUGACCGGCAACCAGCUCGCCGUCCUGCCCGCCGGCGCCUUCGCGCGCCGGCCG
CCCCUGGCCGAGCUCGCCGCCCUGAACCUGUCCGGGAGCCGCCUCGACGAGGUGCGGGCC
GGCGCGUUCGAGCACCUGCCGUCCCUGCGCCAGCUCGACCUGAGCCACAACCCCCUGGCC
GACCUCUCCCCCUUCGCCUUCAGCGGGAGCAACGCCUCCGUGAGCGCCCCCUCCCCGCUG
GUCGAGCUGAUCCUCAACCACAUCGUGCCCCCCGAGGACGAGCGGCAGAACCGCAGCUUC
GAGGGCAUGGUGGUCGCGGCCCUGCUGGCCGGGCGGGCCCUCCAGGGCCUGCGCCGGCUG
GAGCUCGCCUCCAACCACUUCCUGUACCUGCCCCGCGACGUGCUCGCGCAGCUGCCGAGC
CUGCGGCACCUCGACCUGUCCAACAACAGCCUGGUGUCCCUCACCUACGUCAGCUUCCGC
AACCUGACGCACCUGGAGUCCCUCCACCUGGAGGACAACGCCCUGAAGGUGCUGCACAAC
GGCACCCUCGCCGAGCUGCAGGGGCUGCCCCACAUCCGGGUGUUCCUCGACAACAACCCC
UGGGUCUGCGACUGCCACAUGGCCGACAUGGUGACCUGGCUGAAGGAGACCGAGGUGGUC
CAGGGCAAGGACCGCCUGACGUGCGCGUACCCCGAGAAGAUGCGGAACCGGGUGCUCCUG
GAGCUGAACAGCGCCGACCUCGACUGCGACCCGAUCCUGCCCCCCUCCCUGCAGACCAGC
UACGUGUUCCUCGGGAUCGUCCUGGCCCUGAUCGGCGCCAUCUUCCUCCUGGUGCUGUAC
CUCAACCGCAAGGGCAUCAAGAAGUGGAUGCACAACAUCCGGGACGCCUGCCGCGACCAC
AUGGAGGGGUACCACUACCGGUACGAGAUCAACGCGGACCCCCGCCUGACCAACCUGUCC
AGCAACUCCGACGUCUGACCACUAGUUAUAAGACUGACUAGCCCGAUGGGCCUCCCAACG
G G С С С U С С U С С С С U С С U U G СAC СGAGAUUAAUАААААААААААААААААААААААААААА
AAAAAAAAAAAAAAAAAA^LAAAAAAAAAAAAAAAAAUGCAUCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
CCCCCCCCCCCCAAAGGCUCUUUUCAGAGCCACCAGAAUU
5Т4 CDS дикого типа
AUGCCUGGGGGGUGCUCCCGGGGCCCCGCCGCCGGGGACGGGCGUCUGCGGCUGGCGCGA
CUAGCGCUGGUACUCCUGGGCUGGGUCUCCUCGUCUUCUCCCACCUCCUCGGCAUCCUCC
UUCUCCUCCUCGGCGCCGUUCCUGGCUUCCGCCGUGUCCGCCCAGCCCCCGCUGCCGGAC
CAGUGCCCCGCGCUGUGCGAGUGCUCCGAGGCAGCGCGCACAGUCAAGUGCGUUAACCGC
AAUCUGACCGAGGUCCCCACCGACCUGCCCGCCUACGUGCGCAACCUCUUCCUUACCGGC
AACCAGCUGGCCGUGCUCCCUGCCGGCGCCUUCGCCCGCCGGCCGCCGCUGGCGGAGCUG
GCCGCGCUCAACCUCAGCGGCAGCCGCCUGGACGAGGUGCGCGCGGGCGCCUUCGAGCAU
CUGCCCAGCCUGCGCCAGCUCGACCUCAGCCACAACCCACUGGCCGACCUCAGUCCCUUC
GCUUUCUCGGGCAGCAAUGCCAGCGUCUCGGCCCCCAGUCCCCUUGUGGAACUGAUCCUG
AACCACAUCGUGCCCCCUGAAGAUGAGCGGCAGAACCGGAGCUUCGAGGGCAUGGUGGUG
GCGGCCCUGCUGGCGGGCCGUGCACUGCAGGGGCUCCGCCGCUUGGAGCUGGCCAGCAAC
CACUUCCUUUACCUGCCGCGGGAUGUGCUGGCCCAACUGCCCAGCCUCAGGCACCUGGAC
UUAAGUAAUAAUUCGCUGGUGAGCCUGACCUACGUGUCCUUCCGCAACCUGACACAUCUA
GAAAGCCUCCACCUGGAGGACAAUGCCCUCAAGGUCCUUCACAAUGGCACCCUGGCUGAG
UUGCAAGGUCUACCCCACAUUAGGGUUUUCCUGGACAAC/AUCCCUGGGUCUGCGACUGC
CACAUGGCAGACAUGGUGACCUGGCUCAAGGAAACAGAGGUAGUGCAGGGCAAAGACCGG
CUCACCUGUGCAUAUCCGGAAAAAAUGAGGAAUCGGGUCCUCUUGGAACUCAACAGUGCU
GACCUGGACUGUGACCCGAUUCUUCCCCCAUCCCUGCAA^iCCUCUUAUGUCUUCCUGGGU
AUUGUUUUAGCCCUGAUAGGCGCUAUUUUCCUCCUGGUUUUGUAUUUGAACCGCAAGGGG
AUAAAAAAGUGGAUGCAUAACAUCAGAGAUGCCUGCAGGGAUCACAUGGAAGGGUAUCAU
UACAGAUAUGAAAUCAAUGCGGACCCCAGAUUAACGAACCUCAGUUCUAACUCGGAUGUC
UGA
ФИГ. 3
AUGCCCGGCGGGUGCAjGCCGGGGCCCGGCCGCCGGGGACGGCCGCCU
CUGGCCCUGGUGCUCCUGGGGUGGGUCUCCAGCUCCAGCCCCACCUCCAGCGCCUCCAGC
UUCUCCAGCUCCGCCCCCUUCCUGGCCAGCGCGGUGUCCGCCCAGCCCCCGCUCCCCGAC
CAGUGCCCCGCCCUGUGCGAGUGCAGCGAGGCCGCGCGGACC^
AACCUGACGGAGGUGCCCACCGACCUCCCGGCCUACGUGCGGAACCUOT
тллсслссисссссиссисссссссссссссииссссссссссссссссси
GCCGCCCUGAACCUGUCCGGGAGCCGCCUCGACGAGGUGCGGGCCGGCGCGUUCGAGCAC CUGCCGUCCCUGCGCCAGCUCGACCUGAGCCACAACCCCCUGGCCGACCUCUCCCCCUUC GCCUUCAGCGGGAGCAACGCCUCCGUGAGCGCCCCCUCCCCGCUGGUCGAGCUGAUCCUC AACCACAUCGUGCCCCCCGAGGACGAGCGGCAGAACCGCAGCUUCGAGGGCAUGGUGGUC GCGGCCCUGCUGGCCGGGCGGGCCCUCCAGGGCCUGCGCCGGCUGGAGCUCGCCUCCAAC CACUUCCUGUACCUGCCCCGCGACGUGCUCGCGCAGCUGCCG^
CUGUCCAACAACAGCCUGGUGUCCCUCACCUACGUCAGCUUCCGCAACCUGACGCACCUG
GAGUCCCUCCACCUGGAGGACAACGCCCUGAAGGUGCUGCACAACGGCACCCUCGCCGAG
CUGCAGGGGCUGCCCCACAUCCGGGUGUUCCUCGACAACi\i\CCCCUGGGUCUGCGACUGC
CACAUGGCCGACAUGGUGACCUGGCUGAAGGAGACCGAGGUGGUCCAGGGCAAG^
CUGACGUGCGCGUACCCCGAGAAGAUGC^
GACCUCGACUGCGACCCGAUCCUGCCCCCCUCCCUGCAGACCAGCUACGUGUUCCUCGGG AUCGUCCUGGCCCUGAUCGGCGCCAUCUUCCUCCUGGUGCUGUACCUCAACCGCAAGGGC AUCAAGAAGUGGAUGCAC/LACAUCCGGGACGCCUGCC
UACCGGUACGAGAUCAACGCGGACCCCCGCCUGACCAACCUGUCCAGCAACUCCGACGUC UGA
ФИГ. 4
Сурвивин (GC)-muag-A64-C30
GGGAGAAAGCUUACCAUGGGCGCCCCCACCCUGCCGCCGGCCUGGCAGCCGUUCCUCAAG GACCACCGCAUCUCGACCUUCAAGAACUGGCCGUUCCUGGAGGGCUGCGCGUGCACCCCG GAGCGGAUGGCCGAGGCCGGCUUCAUCCACUGCCCCACCGAGAACGAGCCGGACCUGGCC CAGUGCUUCUUCUGCUUCAAGGAGCUGGAGGGCUGGGAGCCGGACGACGACCCGAUCGAG GAGCACAAGAAGCACAGCAGCGGCUGCGCCUUCCUGAGCGUGAAGAAGCAGUUCGAGGAG CUGACGCUCGGGGAGUUCCUGAAGCUGGACCGGGAGCGGGCCAAGAACAAGAUCGCGAAG GAGACCAACAACAAGAAGAAGGAGUUCGAGGAGACCGCCAAGAAGGUGCGGCGGGCCAUC GAGCAGCUGGCCGCCAUGGACUGACCACUAGUUAUAAGACUGACUAGCCCGAUGGGCCUC CCAACGGGCCCUCCUCCCCUCCUUGCACCGAGAUUAAUAAAAAAAAAAAAAAAAAAAiyU\ AAA/AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA^UAUUCCCCCCCCCCCCCC CCCCCCCCCCCCCCCCUCUAGACAAUUGGAAUU
Сурвивин (GC)-muag-A64-C30-rHCTOHSL
GGGAGAAAGCUUACCAUGGGCGCCCCCACCCUGCCGCCGGCCUGGCAGCCGUUCCUCAAG GACCACCGCAUCUCGACCUUCAAGAACUGGCCGUUCCUGGAGGGCUGCGCGUGCACCCCG GAGCGGAUGGCCGAGGCCGGCUUCAUCCACUGCCOOACCGAGAACGAGCCGGACCUGGCO CAGUGCUUCUUCUGCUUCAAGGAGCUGGAGGGCUGGGAGCCGGACGACGACCCGAUCGAG GAGCACAAGAAGCACAGCAGCGGCUGCGCCUUCCUGAGCGUGAAGAAGCAGUUCGAGGAG CUGACGCUCGGGGAGUUCCUGAAGCUGGACCGGGAGCGGGCCAAGAACAAGAUCGCGAAG GAGACCAACAACAAGAAGAAGGAGUUCGAGGAGACCGCCAAGAAGGUGCGGCGGGCCAUC GAGCAGCUGGCCGCCAUGGACUGACCACUAGUUAUAAGACUGACUAGCCCGAUGGGCCUC CCAACGGGCCCUCCUCCCCUCCUUGCACCGAGAUUAAUA^\AAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAUGCAUCCCCCCCCCCCCC CCCCCCCCCCCCCCCCCCAAAGGCUCUUUUCAGAGCCACCAGAAUU
ФИГ. 6
Сурвивин CDS дикого типа
AUGGGUGCCCCGACGUUGCCCCCUGCCUGGCAGCCCUUUCUCA/AGGACCACCGCAUCUCUA CAUUCAAGAACUGGCCCUUCUUGGAGGGCUGCGCCUGCACCCCGGAGCGGAUGGCCGAGGC UGGCUUCAUCCACUGCCCCACUGAGAACGAGCCAGACUUGGCCCAGUGUUUCUUCUGCUUC AAGGAGCUGGAAGGGUGGGAGCCAGAUGACGACGCCAUAGAGGAACAUA/NAAAGCAnnCGn CCGGUUGCGCUUUCCUUUCUGUCAAGAAGCAGUUUGAAGAAUUAACCCUUGGUGAAUUUUU GAAACUGGACAGAGAAAGAGCCAAGAACAAAAUUGCAAAGGAAACCAACAAUAAGAAGAAA GAAUUUGAGGAAACUGCGi\AGAAAGUGCGCCGUGCCAUCGAGCAGCUGGCUGCCAUGGAUU GA
ФИГ. 7
AUGGGCGCCCCCACCCUGCCGCCGGCCUGGCAGCCGUUCCUCAAGGACCACCGCAUCUCGA
CCUUCAAGAACUGGCCGUUCCUGGAGGGCUGCGCGUGCACCCCGGAGCGGAUGGCCGAGGC
CGGCUUCAUCCACUGCCCCACCGAGAACGAGCCGGACCUGGCCCAGUGCUUCUUCUGCUUC
AAGGAGCUGGAGGGCUGGGAGCCGGACGACGACCCGAUCGAGGAGCACAAGAAGCACAGCA
GCGGCUGCGCCUUCCUGAGCGUGAAGAAGCAGUUCGAGGAGCUGACGCUCGGGGAGUUCCU
GAAGCUGGACCGGGAGCGGGCCAAGAACAAGAUCGCGAAGGAGACCAACAACAAGAAGAAG
GAGUUCGAGGAGACCGCCAAGAAGGUG
ФИГ. 8
NY-ESO-1 (GQ-MUAG-A64-C30
GGGAGAAAGCUUACCAUGCAGGCCGAGGGCCGCGGCACCGGCGGCUCGACCGGCGACGCC GACGGGCCCGGCGGCCCGGGCAUCCCGGACGGCCCGGGCGGGAACGCGGGCGGCCCGGGC GAGGCCGGCGCCACCGGCGGGCGGGGCCCGCGGGGCGCCGGCGCCGCCCGGGCGAGCGGC CCCGGCGGGGGCGCCCCGCGGGGCCCGCACGGCGGCGCCGCCAGCGGCCUGAACGGGUGC UGCCGGUGCGGCGCCCGCGGCCCGGAGAGCCGGCUCCUGGAGUUCUACCUGGCCAUGCCG UUCGCGACCCCGAUGGAGGCCGAGCUGGCCCGGCGGAGCCUGGCCCAGGACCCCCCGCCC CUGCCCGUGCCGGGCGUGCUCCUGAAGGAGUUCACGGUGAGCGGCAACAUCCUGACCAUC CGGCUGACCGCCGCGGACCACCGGCAGCUGCAGCUGUCGAUCAGCAGCUGCCUCCAGCAG CUGAGCCUGCUGAUGUGGAUCACCCAGUGCUUCCUGCCGGUGUUCCUGGCCCAGCCGCCC AGCGGCCAGCGCCGGUGACCACUAGUUAUAAGACUGACUAGCCCGAUGGGCCUCCCAACG GGCCCUCCUCCCCUCCUUGCACCGAGAUUAAUAAAAAAAJ\7iAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAA7LAAAAAAAAAAAAAAAAAUAUUCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC CCCCCCCCCCUCUAGACAAUUGGAAUU
NY-ESO-1 (GC)-muag-A64-C30-racTOHSL
GGGAGAAAGCUUACCAUGCAGGCCGAGGGCCGCGGCACCGGCGGCUCGACCGGCGACGCC GACGGGCCCGGCGGCCCGGGCAUCCCGGACGGCCCGGGCGGGAACGCGGGCGGCCCGGGC GAGGCCGGCGCCACCGGCGGGCGGGGCCCGCGGGGCGCCGGCGCCGCCCGGGCGAGCGGC CCCGGCGGGGGCGCCCCGCGGGGCCCGCACGGCGGCGCCGCCAGCGGCCUGAACGGGUGC
UGCCGGUGCGGCGCCCGCGGCCCGGAGAGCCGGCUCCUGGAGUUCUACCUGGCCAUGCCG UUCGCGACCCCGAUGGAGGCCGAGCUGGCCCGGCGGAGCCUGGCCCAGGACGCCCCGCCG CUGCCCGUGCCGGGCGUGCUCCUGAAGGAGUUCACGGUGAGCGGCAACAUCCUGACCAUC CGGCUGACCGCCGCGGACCACCGGCAGCUGCAGCUGUCGAUCAGCAGCUGCCUCCAGCAG CUGAGCCUGCUGAUGUGGAUCACCCAGUGCUUCCUGCCGGUGUUCCUGGCCCAGCCGCCC AGCGGCCAGCGCCGGUGACCACUAGUUAUAAGACUGACUAGCCCGAUGGGCCUCCCAACG GGCCCUCCUCCCCUCCUUGCACCGAGAUUAAUAAAAAAAAiAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAUGCAUCCCCCCCCCCCCCCCCCCC CCCCCCCCCCCCAAAGGCUCUUUUCAGAGCCACCAGAAUU
ФИГ. 10
NY-ESO-1 CDS дикого типа
AUGCAGGCCGAAGGCCGGGGCACAGGGGGUUCGACGGGCGAUGCUGAUGGCCCAGGAGGC CCUGGCAUUCCUGAUGGCCCAGGGGGCAAUGCUGGCGGCCCAGGAGAGGCGGGUGCCACG GGCGGCAGAGGUCCCCGGGGCGCAGGGGCAGCAAGGGCCUCGGGGCCGGGAGGAGGCGCC CCGCGGGGUCCGCAUGGCGGCGCGGCUUCAGGGCUGAAUGGAUGCUGCAGAUGCGGGGCC AGGGGGCCGGAGAGCCGCCUGCUUGAGUUCUACCUCGCCAUGCCUUUCGCGACACCCAUG GAAGCAGAGCUGGCCCGCAGGAGCCUGGCCCAGGAUGCCCCACCGCUUCCCGUGCCAGGG GUGCUUCUGAAGGAGUUCACUGUGUCCGGCAACAUACUGACUAUCCGACUGACUGCUGCA GACCACCGCCAACUGCAGCUCUCCAUCAGCUCCUGUCUCCAGCAGCUUUCCCUGUUGAUG UGGAUCACGCAGUGCUUUCUGCCCGUGUUUUUGGCUCAGCCUCCCUCAGGGCAGAGGCGC UAA
ФИГ. 11
AUGCAGGCCGAGGGCCGCGGCACCGGCGGC
CCGGGCAUCCCGGACGGCCCGGGCGGGAACGCGGGCGGCCCGGGC
GGCGGGCGGGGCCCGCGGGGCGCCGGCGCCGCCCGGGCGAGCGGCCCCGGCGGGGGCGCC CCGCGGGGCCCGCACGGCGGCGCCGCCAGCGGCCUGAACGGGUGCUGCCGGUGCGGCGCC CGCGGCCCCCACACCCCCCUCCUC^
GAGGCCGAGCUGGCCCGGCGGAGCCUGGCCCAGGACGCCCCGCCGCUGCCCGUGCCGGGC
GUGCUCCUGAAGGAGUUCACGGUGAGCGGCAACAUCCUGACCAUCCGGCUGACC^
GACCACCGGCAGCUGCAGCUGUCGAUCAGCAGCUGCCUCCAGCAGCUGAGCCUGCUGAUG
UGGAUCACCCAGUGCUUCCUGCCGGUGUUCCUGGCCCAGCCGCCCAGCGGCCAGCGCCGG
UGA
ФИГ. 12
MAGE-C1 (ак 613-1142) (GC)-muag-A64-C30
GGGAGAAAGCUUACCAUGCAGUCCCCGCUGCAGGGCGAGGAGUUCCAGAGCUCCCUGCAG
AGCCCCGUGUCCAUCUGCAGCUCCAGCACCCCCUCCAGCCUCCCGCAGAGCUUCCCCGAG
UCCAGCCAGUCCCCCCCCGAGGGCCCGGUCCAGAGCCCCCUGCACUCCCCGCAGAGCCCC
CCGGAGGGGAUGCACUCCCAGAGCCCCCUGCAGUCCCCCGAGAGCGCCCCCGAGGGCGAG
GACUCCCUCAGCCCGCUGCAGAUCCCCCAGUCCCCGCUGGAGGGGGAGGACAGCCUCUCC
AGCCUGCACUUCCCCCAGUCCCCGCCCGAGUGGGAGGACAGCCUGAGCCCCCUCCACUUC
CCCCAGUUCCCGCCCCAGGGCGAGGACUUCCAGUCCAGCCUGCAGUCCCCCGUGAGCAUC
UGCUCCAGCUCCACGAGCCUGUCCCUCCCCCAGAGCUUCCCGGAGUCCCCCCAGAGCCCG
CCCGAGGGGCCGGCGCAGUCCCCCCUGCAGCGCCCCGUGAGCUCCUUCUUCAGCUACACC
CUGGCCUCCCUCCUGCAGAGCUCCCACGAGAGCCCGCAGAGCCCGCCCGAGGGCCCCGCC
CAGUCCCCGCUGCAGAGCCCCGUCUCCAGCUUCCCCUCCAGCACCUCCAGCUCCCUCAGC
CAGUCCAGCCCCGUGUCCAGCUUCCCGUCCAGCACCUCCAGCUCCCUGAGCAAGAGCUCC
CCCGAGAGCCCCCUGCAGUCCCCCGUGAUCAGCUUCUCCAGCUCCACGAGCCUCUCCCCG
UUCAGCGAGGAGUCCAGCUCCCCCGUCGACGAGUACACCAGCUCCAGCGACACCCUGCUG
GAGUCCGACAGCCUCACCGACUCCGAGAGCCUGAUCGAGAGCGAGCCCCUGUUCACCUAC
ACGCUCGACGAGAAGGUGGACGAGCUGGCCCGGUUCCUGCUCCUGAAGUACCAGGUGAAG
CAGCCCAUCACCAAGGCCGAGAUGCUGACCAACGUCAUCUCCCGCUACACCGGCUACUUC
CCGGUGAUCUUCCGGAAGGCGCGCGAGUUCAUCGAGAUCCUCUUCGGGAUCAGCCUGCGG
GAGGUGGACCCCGACGACUCCUACGUCUUCGUGAACACGCUGGACCUCACCAGCGAGGGC
UGCCUGUCCGACGAGCAGGGGAUGAGCCAGAACCGCCUGCUCAUCCUGAUCCUGUCCAUC
AUCUUCAUCAAGGGCACCUACGCCAGCGAGGAGGUCAUCUGGGACGUGCUCUCCGGGAUC
GGCGUGCGGGCCGGCCGCGAGCACUUCGCCUUCGGGGAGCCCCGGGAGCUGCUGACCAAG
GUCUGGGUGCAGGAGCACUACCUCGAGUACCGCGAGGUGCCCAACAGCUCCCCGCCCCGG
UACGAGUUCCUGUGGGGCCCCCGCGCCCACAGCGAGGUCAUCAAGCGGAAGGUGGUGGAG
UUCCUGGCGAUGCUCAAGAACACGGUCCCCAUCACCUUCCCGUCCAGCUACAAGGACGCC
CUGAAGGACGUGGAGGAGCGGGCCCAGGCCAUCAUCGAC/^CCACCGACGACUCCACGGCC
ACCGAGAGCGCGUCCAGCUCCGUGAUGAGCCCCAGCUUCUCCAGCGAGUGACCACUAGUU
AUAAGACUGACUAGCCCGAUGGGCCUCCCAACGGGCCCUCCUCCCCUCCUUGCACCGAGA
U UAAUАААААААААААААААААААААААААААААААААА/
AAAAAAAAAUAUUCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCUCUAGACAAUUGGAAUU
MAGE-C1 (ак 613-1142) (GC)-muag-A64-C30-rHCTOHSL
GGGAGAAAGCUUACCAUGCAGUCCCCGCUGCAGGGCGAGGAGUUCCAGAGCUCCCUGCAG
AGCCCCGUGUCCAUCUGCAGCUCCAGCACCCCCUCCAGCCUCCCGCAGAGCUUCCCCGAG
UCCAGCCAGUCCCCCCCCGAGGGCCCGGUCCAGAGCCCCCUGCACUCCCCGCAGAGCCCC
CCGGAGGGGAUGCACUCCCAGAGCCCCCUGCAGUCCCCCGAGAGCGCCCCCGAGGGCGAG
GACUCCCUCAGCCCGCUGCAGAUCCCCCAGUCCCCGCUGGAGGGGGAGGACAGCCUCUCC
AGCCUGCACUUCCCCCAGUCCCCGCCCGAGUGGGAGGACAGCCUGAGCCCCCUCCACUUC
CCCCAGUUCCCGCCCCAGGGCGAGGACUUCCAGUCCAGCCUGCAGUCCCCCGUGAGCAUC
UGCUCCAGCUCCACGAGCCUGUCCCUCCCCCAGAGCUUCCCGGAGUCCCCCCAGAGCCCG
CCCGAGGGGCCGGCGCAGUCCCCCCUGCAGCGCCCCGUGAGCUCCUUCUUCAGCUACACC
CUGGCCUCCCUCCUGCAGAGCUCCCACGAGAGCCCGCAGAGCCCGCCCGAGGGCCCCGCC
CAGUCCCCGCUGCAGAGCCCCGUCUCCAGCUUCCCCUCCAGCACCUCCAGCUCCCUCAGC
CAGUCCAGCCCCGUGUCCAGCUUCCCGUCCAGCACCUCCAGCUCCCUGAGCAAGAGCUCC
CCCGAGAGCCCCCUGCAGUCCCCCGUGAUCAGCUUCUCCAGCUCCACGAGCCUCUCCCCG
UUCAGCGAGGAGUCCAGCUCCCCCGUCGACGAGUACACCAGCUCCAGCGACACCCUGCUG
GAGUCCGACAGCCUCACCGACUCCGAGAGCCUGAUCGAGAGCGAGCCCCUGUUCACCUAC
ACGCUCGACGAGAAGGUGGACGAGCUGGCCCGGUUCCUGCUCCUGAAGUACCAGGUGAAG
CAGCCCAUCACCAAGGCCGAGAUGCUGACCAACGUCAUCUCCCGCUACACCGGCUACUUC
CCGGUGAUCUUCCGGAAGGCGCGCGAGUUCAUCGAGAUCCUCUUCGGGAUCAGCCUGCGG
GAGGUGGACCCCGACGACUCCUACGUCUUCGUGAACACGCUGGACCUCACCAGCGAGGGC
UGCCUGUCCGACGAGCAGGGGAUGAGCCAGAACCGCCUGCUCAUCCUGAUCCUGUCCAUC
AUCUUCAUCAAGGGCACCUACGCCAGCGAGGAGGUCAUCUGGGACGUGCUCUCCGGGAUC
GGCGUGCGGGCCGGCCGCGAGCACUUCGCCUUCGGGGAGCCCCGGGAGCUGCUGACCAAG
GUCUGGGUGCAGGAGCACUACCUCGAGUACCGCGAGGUGCCCAACAGCUCCCCGCCCCGG
UACGAGUUCCUGUGGGGCCCCCGCGCCCACAGCGAGGUCAUCAAGCGGAAGGUGGUGGAG
UUCCUGGCGAUGCUCAAGAACACGGUCCCCAUCACCUUCCCGUCCAGCUACAAGGACGCC
CUGAAGGACGUGGAGGAGCGGGCCCAGGCCAUCAUCGACACCACCGACGACUCCACGGCC
ACCGAGAGCGCGUCCAGCUCCGUGAUGAGCCCCAGCUUCUCCAGCGAGUGACCACUAGUU
AUAAGACUGACUAGCCCGAUGGGCCUCCCAACGGGCCCUCCUCCCCUCCUUGCACCGAGA
U U AAU AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA^
AAAAAAAAAUGCAUCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAAGGCUCUUUUCAG
AGCCACCAGAAUU
AUGGGGGACAAGGAUAUGCCUACUGCUGGGAUGCCGAGUCUUCUCCAGAGUUCCUCUGAGAGUCCUCAGAGU
UGUCCUGAGGGGGAGGACUCCCAGUCUCCUCUCCAGAUUCCCCAGAGUUCUCCUGAGAGCGACGACACCCUG
UAUCCUCUCCAGAGUCCUCAGAGUCGUUCUGAGGGGGAGGACUCCUCGGAUCCUCUCCAGAGACCUCCUGAG
GGGAAGGACUCCCAGUCUCCUCUCCAGAUUCCCCAGAGUUCUCCUGAGGGCGACGACACCCAGUCUCCUCUC
CAGAAUUCUCAGAGUUCUCCUGAGGGGAAGGACUCCCUGUCUCCUCUAGAGAUUUCUCAGAGCCCUCCUGAG
GGUGAGGAUGUCCAGUCUCCUCUGCAGAAUCCUGCGAGUUCCUUCQUCUCCUCUGCUUUAUUGAGUAUUUUC
CAGAGUUCCCCUGAGAGUACUCAAAGUCCUUUUGAGGGUUUUCCCCAGUCUGUUCUCCAGAUUCCUGUGAGC
GCCGCCUCCUCCUCCACUUUAGUGAGUAUUUUCCAGAGUUCCCCUGAGAGUACUCAAAGUCCUUUUGAGGGU
UUUCCCCAGUCUCCACUCCAGAUUCCUGUGAGCCGCUCCUUCUCCUCCACUUUAUUGAGUAUUUUCCAGAGU
UCCCCUGAGAGAACUCAGAGUACUUUUGAGGGUUUUGCCCAGUCUCCUCUCCAGAUUCCUGUGAGCCCCUCC
UCCUCCUCCACUUUACUGAGUCUUUUCCAGAGUUUCUCUGAGAGAACUCAGAGUACUUUUGAGGGUUUUGCC
CAGUCUUCUCUCCAGAUUCCUGUGAGCCCCUCCUUCUCCUCCACUUUAGUGAGUCUUUUCCAGAGUUCCCCU
GAGAGAACUCAGAGUACUUUUGAGGGUUUUCCCCAGUCUCCUCUCCAGAUUCCUGUGAGCUCCUCCUCCUCC
UCCACUUUAUUGAGUCUUUUCCAGAGUUCCCCUGAGAGAACUCACAG"JACUUUUGAGGGUUUUCCCCAGUCU
CUUCUCCAGAUUCCUAUGACCUCCUCCUUCUCCUCUACUUUAUUGAGUAUUUUCCAGAGUUCUCCUGAGAGU
GCUCAAAGUACUUUUGAGGGUUUUCCCCAGUCUCCUCUCCAGAUUCCUGGGAGCCCCUCCUUCUCCUCCACU
UUACUGAGUCUUUUCCAGAGUUCCCCUGAGAGAACUCACAGUACUUUUGAGGGUUUUCCCCAGUCUCCUCUC
CAGAUUCCUAUGACCUCCUCCUUCUCCUCUACUUUAUUGAGUAUUUUACAGAGUUCUCCUGAGAGUGCUCAA
AGUGCUUUUGAGGGUUUUCCCCAGUCUCCUCUCCAGAUUCCUGUGAGCUCCUCUUUCUCCUACACUUUAUUG
AGUCUUUUCCAGAGUUCCCCUGAGAGAACUCACAGUACUUUUGAGGGUUUUCCCCAGUCUCCUCUCCAGAUU
CCUGUGAGCUCCUCCUCCUCCUCCUCCACUUUAUUGAGUCUUUUCCAGAGUUCCCCUGAGUGUACUCAAAGU
ACUUUUGAGGGUUUUCCCCAGUCUCCUCUCCAGAUUCCUCAGAGUCCUCCUGAAGGGGAGAAUACCCAUUCU
CCUCUCCAGAUUGUUCCAAGUCUUCCUGAGUGGGAGGACUCCCUGUCUCCUCACUACUUUCCUCAGAGCCCU
CCUCAGGGGGAGGACUCCCUAUCUCCUCACUACUUUCCUCAGAGCCCtJCCUCAGGGGGAGGACUCCCUGUCU
CCUCACUACUUUCCUCAGAGCCCUCAGGGGGAGGACUCCCUGUCUCCUCACUACUUUCCUCAGAGCCCUCCU
CAGGGGGAGGACUCCAUGUCUCCUCUCUACUUUCCUCAGAGUCCUCUUCAGGGGGAGGAAUUCCAGUCUUCU
CUCCAGAGCCCUGUGAGCAUCUGCUCCUCCUCCACUCCAUCCAGUCUUCCCCAGAGUUUCCCUGAGAGUUCU
CAGAGUCCUCCUGAGGGGCCUGUCCAGUCUCCUCUCCAUAGUCCUCAGAGCCCUCCUGAGGGGAUGCACUCC
CAAUCUCCUCUCCAGAGUCCUGAGAGUGCUCCUGAGGGGGAGGAUUCCCUGUCUCCUCUCCAAAUUCCUCAG
AGUCCUCUUGAGGGAGAGGACUCCCUGUCUUCUCUCCAUUUUCCUCAGAGUCCUCCUGAGUGGGAGGACUCC
CUCUCUCCUCUCCACUUUCCUCAGUUUCCUCCUCAGGGGGAGGACUUCCAGUCUUCUCUCCAGAGUCCUGUG
AGUAUCUGCUCCUCCUCCACUUCUUUGAGUCUUCCCCAGAGUUUCCCUGAGAGUCCUCAGAGUCCUCCUGAG
GGGCCUGCUCAGUCUCCUCUCCAGAGACCUGUCAGCUCCUUCUUCUCCUACACUUUAGCGAGUCUUCUCCAA
AGUUCCCAUGAGAGUCCUCAGAGUCCUCCUGAGGGGCCUGCCCAGUCUCCUCUCCAGAGUCCUGUGAGCUCC
UUCCCCUCCUCCACUUCAUCGAGUCUUUCCCAGAGUUCUCCUGUGAGCUCCUUCCCCUCCUCCACUUCAUCG
AGUCUUUCCAAGAGUUCCCCUGAGAGUCCUCUCCAGAGUCCUGUGAUCUCCUUCUCCUCCUCCACUUCAUUG
AGCCCAUUCAGUGAAGAGUCCAGCAGCCCAGUAGAUGAAUAUACAAGUUCCUCAGACACCUUGCUAGAGAGU
GAUUCCUUGACAGACAGCGAGUCCUUGAUAGAGAGCGAGCCCUUGUUCACUUAUACACUGGAUGAAAAGGUG
GACGAGUUGGCGCGGUUUCUUCUCCUCAAAUAUCAAGUGAAGCAGCCUAUCACAAAGGCAGAGAUGCUGACG
AAUGUCAUCAGCAGGUACACGGGCUACUUUCCUGUGAUCUUCAGG-AAA.GCCCGUGAGUUCAUAGAGAUACUU
UUrjGGCAUUUCCCUGAGAGAAGUGGACCCUGAUGACUCCUAUGUCUUUGrJAAACACAUUAGACCUCACCUCU
GAGGGGUGUCUGAGUGAUGAGCAGGGCAUGUCCCAGAACCGCCLiCCUGAJUCUUAUUCUGAGUAUCAUCUUC
AUAAAGGGCACCUAUGCCUCUGAGGAGGUCAUCUGGGAUGUGCUGAGUGGAAUAGGGGUGCGUGCUGGGAGG
GAGCACUUUGCCUUUGGGGAGCCCAGGGAGCUCCUCACUAAAGUUUGGGUGCAGGAACAUUACCUAGAGUAC
CGGGAGGUGCCCAACUCUUCUCCUCCUCGUUACGAAUUCCUGUGGGGUCCAAGAGCUCAUQCAGAAGUCAUU
AAGAGGAAAGUAGUAGAGUUUUUGGCCAUGCUAAAGAAUACCGUCCCUAUUACCUUUCCAUCCUCUUACAAG
GAUGCUUUGAAAGAUGUGGAAGAGAGAGCCCAGGCCAUAAUUGACACCACAGAUGAUUCGACUGCCACAGAA
AGUGCAAGCUCCAGUGUCAUGUCCCCCAGCUUCUCUUCUGAGUGA
AUGGGCGACAAGGACAUGCCCACCGCCGGGAUGCCGAGCCUGCUCCAGUCCAGCUCCGAGAGCCCCCAGUCC UGCCCCGAGGGCGAGGACAGCCAGUCCCCCCUGCAGAUCCCGCAGAGCQCCC
UACCCCCUCCAGUCCCCGCAGAGCCGGUCCGAGGGGGAGGACAGCUCCGACCCGCUGCAGCGCCCCCCCGAG GGCAAGGACAGCCAGUCCCCGCUGCAGAUCCCGCAGAGCUCCCCCGAGGGGGACGACACGCAGAGCCCCCUC CAGAACAGCCAGUCCAGCCCCGAGGGCAAGGACUCCCUGAGCCCGCUGGAGAUCUCCCAGAGCCCCCCCGAG GGCGAGGACGUGCAGUCCCCGCUCCAGAACCCGGCCAGCUCCUUCUUCAGCUCCGCGCUGCUGAGCAUCUUC CAGUCCAGCCCCGAGUCCACCCAGAGCCCCUUCGAGGGGUUCCCCCrtGJCCGUCCUCCAGAUCCCGGUGAGC GCCGCCUCCAGCAGCACCCUGGUGUCCAUCUUCCAGAGCUCCCCCGAGAGCACCCAGUCCCCCUUCGAGGGC UUCCCCCAGAGCCCGCUGCAGAUCCCCGUGUCCCGGAGCUUCUCCAGCACGCUCCUGUCCAUCUUCCAGAGC UCCCCCGAGCGCACCCAGAGCACCUUCGAGGGGUUC
AGCAGCUCCACCCUCCUGAGCCUGUUCCAGUCCUUCAGCGAGCGGACGCAGUCCACCUUCGAGGGCUUCGCC CAGAGCUCCCUCCAGAUCCCCGUGAGCCCGUCCUUCAGCUCCACCCUGGUCAGCCUGUUCCAGUCCAGCCCC GAGCGCACCCAGUCCACGUUCGAGGGGUUCCCCCAGAGCCCCCUCCAGAUCCCGGUGUCCAGCUCCAGCAGC UCCACCCUGCUGAGCCUCUUCCAGUCCAGCCCCGAGCGGACCCACUCCACCUUCGAGGGCUUCCCCCAGAGC CUGCUGCAGAUCCCCAUGACGUCCA^
GCGCAGUCCACCUaCGAGGGCUUCCCCCAGAGCCCCCUGCAGAUCCCCGGGUCCCCGAGCUU'cUCCAGCACC
CUCCUGAGCCUGUUCCAGUCCAGCCCCGAGCGCACGCACUCCACCU'JCGAGGGCUUCCCCCAGAGCCCCCUC
CAGAUCCCGAUGACCUCCAGCUUCUCCAGCACCCUGCUGUCCAUCCUCCAGAGCUCCCCCGAGAGCGCCCAG
UCCGCCUUCGAGGGGUUCCCCCAGAGCCCCCUGCAGAUCCCGGUGUCCAGCUCCUUCAGCUACACGCUGCUC
UCCCUGUUCCAGAGCAGCCCCGAGCGGACCCACUCCACCUUCGAGGGCUUCCCCCAGAGCCCGCUGCAGAUC
CCCGUGUCCAGCUCCAGCUCCAGCUCCACCCUCCUGAGCCUGUUCCAGUCCAGCCCCGAGUGCACGCAGUCC
ACCUUCGAGGGCUUCCCCCAGAGCCCGCUGCAGAUCCCCCAGUCCCCCCCCGAGGGGGAGAACACCCACAGC
CCGCUCCAGAUCGUGCCCUCCCUGCCCGAGUGGGAGGACAGCCUGUCCCCGCACUACUUCCCGCAGAGCCCC
CCGCAGGGCGAGGACAGCCUCUCCCCCCACUACUUCCCGCAGAGCCCGCCCCAGGGGGAGGACUCCCUGAGC
CCCCACUACUUCCCGCAGUCCCCCCAGGGCGAGGACAGCCUGUCCCCGCACUACUUCCCCCAGAGCCCGCCC
CAGGGGGAGGACUCCAaGAGCCCCCOCUACOUCCCCCAGUCCCCG'cUGCAGGGCGAGGAGUUCCAGAGCUCC
CUGCAGAGCCCCGUGUCCAUCUGCAGCUCCAGCACCCCCUCCAGCCUCCCGCAGAGCUUCCCCGAGUCCAGC
CAGUCCCCCCCCGAGGGCCCGGUCCAGAGCCCCCUGCACUCCCCGCAGAGCCCCCCGGAGGGGAUGCACUCC
С AGAGCC С С С UGC AG UCC С С С G AG AGCGC С С CCG AG G GCG AG GAG U С С С UCAGC С CGC UGCAGAUCС ССС AG
UCCCCGCUGGAGGGGGAGGACAGCCUCUCCAGCCUGCACUUCCCCCAGUCCCCGCCCGAGUGGGAGGACAGC
CUGAGCCCCCUCCACUUCCCCCAGUUCCCGCCCCAGGGCGAGGACUUCCAGUCCAGCCUGCAGUCCCCCGUG
AGCAUCUGCUCCAGCUCCACGAGCCUGUCCCUCCCCCAGAGCUUCCCGGAGUCCCCCCAGAGCCCGCCCGAG
GGGCCGGCGCAGUCCCCCCUGCAGCGCCCCGUGAGCUCCUUCUUCAGCUACACCCUGGCCUCCCUCCUGCAG
AGCUCCCACGAGAGCCCGCAGAGCCCGCCCGAGGGCCCCGCCCAGUCCCCGCUGCAGAGCCCCGUGUCCAGC
UUCCCCUCCAGCACCUCCAGCUCCCUCAGCCAGUCCAGCCCCGUGUCCAGCUUCCCGUCCAGCACCUCCAGC
UCCCUGAGCAAGAGCUCCCCCGAGAGCCCCCUGCAGUCCCCCGUGAUCAGCUUCUCCAGCUCCACGAGCCUC
U_CCCCGUUCAGCGAGGAGUCCAGCUCCCCCGUCGACGAGUACACCAGCUCCAGCGACACCCUGCUGGAGUCC
GACAGCCUCACCGACUCCGAGAGCCUGAUCGAGAGCGAGCCCCUGUUCACCUACACGCUCGACGAGAAGGUG
GACGAGCUGGCCCGGUUCCUGCUCCUGAAGUACCAGGUGAAGCAGCCCAUCACCAAGGCCGAGA
AACGUCAUCrjCCCGCUACACCGGCUACUUCCCGGUGAUCUUCCGGAAt^
UUCGGGAUCAGCCUGCGGGAGGUGGACCCCGACGACUCCUACGUCUUCGUGAACACGCUGGACCUCACCAGC GAGGGCUGCCUGUCCGACGAGCAGGGGAUGAGCCAGAACCGCCUGCUCAUCCUGAUCCUG'UCCAUCAUCUUC
AUCAAGGGCACCUACGCCAGCGAGGAGGUCAUCUGGGACGUGCUCUCCGGGAUCGGCGUGCGGGCCGGCCGC GAGCACUUCGCCUUCGGGGAGCCCCGGGAGCUGCUGACCAAGGUCUGGGUG^
CGCGAGGUGCCCAACAGCUCCCCGCCCCGGUACGAGUUCCUGUGGGGCCCCCGCGCCCACAGCGAGGUCAUC AAGCGGAAGGUGGUGGAGUUCCUGGCGAUGCUCAAGAACACGGUCCCCAUCACCUUCCCGUCCAGCUACAAG GACGCCCUGAAGGACGUGGAGGAGCGGGCCCAGGCCAUCAUCGACACCACCGACGACUCCACGGCCACCGAG AGCGCGUCCAGCUCCGUGAUGAGCCCCAGCUUCUCCAGCGAGUGA
AUGCAGUCCCCGCUGCAGGGCGAGGAGUUCCAGAGCUCCCUGCAGAGCCCCGUGUCCAUC UGCAGCUCCAGCACCCCCUCCAGCCUCCCGCAGAGCUUCCCCGAGUCCAGCCAGUCCCCC CCCGAGGGCCCGGUCCAGAGCCCCCUGCACUCCCCGCAGAGCCCCCCGGAGGGGAUGCAC UCCCAGAGCCCCCUGCAGUCCCCCGAGAGCGCCCCCGAGGGCGAGGACUCCCUCAGCCCG CUGCAGAUCCCCCAGUCCCCGCUGGAGGGGGAGGACAGCCUCUCCAGCCUGCACUUCCCC CAGUCCCCGCCCGAGUGGGAGGACAGCCUGAGCCCCCUCCACUUCCCCCAGUUCCCGCCC CAGGGCGAGGACUUCCAGUCCAGCCUGCAGUCCCCCGUGAGCAUCUGCUCCAGCUCCACG AGCCUGUCCCUCCCCCAGAGCUUCCCGGAGUCCCCCCAGAGCCCGCCCGAGGGGCCGGCG CAGUCCCCCCUGCAGCGCCCCGUGAGCUCCUUCUUCAGCUACACCCUGGCCUCCCUCCUG СAGAGCUСССACGAGAGССCGCAGAGССCGCССGAGGGCCCCGCCCAGUCCCCGCUGCAG AGCCCCGUGUCCAGCUUCCCCUCCAGCACCUCCAGCUCCCUCAGCCAGUCCAGCCCCGUG UCCAGCUUCCCGUCCAGCACCUCCAGCUCCCUGAGCAAGAGCUCCCCCGAGAGCCCCCUG CAGUCCCCCGUGAUCAGCUUCUCCAGCUCCACGAGCCUCUCCCCGUUCAGCGAGGAGUCC AGCUCССCCGUСGACGAGUACACСAGCUСCAGCGACACCCUGCUGGAGUCCGACAGCCUC ACCGACUCCGAGAGCCUGAUCGAGAGCGAGCCCCUGUUCACCUACACGCUCGACGAGAAG GUGGACGAGCUGGCCCGGUUCCUGCUCCUGAAGUACCAGGUGAAGCAGCCC^ GCCGAGAUGCUGACCAACGUCAUCUCCCGCUACACCGGCUACUUCCCGGUGAUCUUCCGG AAG GC GC G С GAG U U С AU С G AGAU С С U С U U С GGGAU CA_GC С U G С GG G AGGU GGAC С С С GAC GACUCCUACGUCUUCGUGAACACGCUGGACCUCACCAGCGAGGGCUGCCUGUCCGACGAG CAGGGGAUGAGCCAGAACCGCCUGCUCAUCCUGAUCCUGUCCAUCAUCUUCAUCAAGGGC ACCUACGCCAGCGAGGAGGUCAUCUGGGACGUGCUCUCCGGGAUCGGCGUGCGGGCCGGC CGCGAGCACUUCGCCUUCGGGGAGCCCCGGGAGCUGCUGACCAAGGUCUGGGUGCAGGAG CACUACCUCGAGUACCGCGAGGUGCCCAACAGCUCCCCGCCCCGGUACGAGUUCCUGUGG GGCCCCCGCGCCCACAGCGAGGUCAUCAAGCGGAAGGUGGUGGAGUUCCUGGCGAUGCUC AAGAACACGGUCCCCAUCACCUUCCCGUCCAGCUACAAGGACGCCCUGAAGGACGUGGAG GAGCGGGCCCAGGCCAUCAUCGACACCACCGACGACUCCACGGCCACCGAGAGCGCGUCC AGCUCCGUGAUGAGCCCCAGCUUCUCCAGCGAGUGA
MAGE-C2 (GC)-muag-A64-C30
GGGAGAAAGCUUACCAUGCCCCCGGUGCCCGGCGUCCCCUUCCGGAACGUGGACAACGAC
AGCCCCACCUCCGUGGAGCUGGAGGACUGGGUCGACGCCCAGCACCCGACCGACGAGGAG
GAGGAGGAGGCCAGCUCCGCGAGCUCCACGCUCUACCUGGUGUUCAGCCCCUCCAGCUUC
UCCACCAGCUCCAGCCUGAUCCUCGGGGGCCCCGAGGAGGAGGAGGUGCCCUCCGGGGUC
AUCCCGAACCUGACCGAGAGCAUCCCCUCCAGCCCCCCGCAGGGCCCGCCCCAGGGGCCC
UCCCAGAGCCCCCUGUCCAGCUGCUGCAGCUCCUUCAGCUGGUCCAGCUUCUCCGAGGAG
AGCUCCAGCCAGAAGGGCGAGGACACCGGCACGUGCCAGGGGCUCCCGGACUCCGAGAGC
UCCUUCACCUACACCCUGGACGAGAAGGUGGCCGAGCUGGUGGAGUUCCUCCUGCUGAAG
UACGAGGCCGAGGAGCCCGUCACCGAGGCCGAGAUGCUCAUGAUCGUGAUCAAGUACAAG
GACUACUUCCCCGUGAUCCUGAAGCGCGCCCGGGAGUUCAUGGAGCUGCUCUUCGGCCUG
GCGCUGAUCGAGGUCGGGCCCGACCACUUCUGCGUGUUCGCCAACACGGUGGGCCUCACC
GACGAGGGGAGCGACGACGAGGGCAUGCCGGAGAACUCCCUGCUGAUCAUCAUCCUCAGC
GUCAUCUUCAUCAAGGGCAACUGCGCCUCCGAGGAGGUGAUCUGGGAGGUGCUGAACGCC
GUCGGGGUGUACGCGGGCCGCGAGCACUUCGUGUACGGGGAGCCCCGGGAGCUGCUCACC
AAGGUCUGGGUGCAGGGCCACUACCUGGAGUACCGCGAGGUGCCGCACAGCUCCCCCCCG
UACUACGAGUUCCUGUGGGGCCCCCGGGCCCACAGCGAGUCCAUCAAGAAGAAGGUCCUC
GAGUUCCUGGCCAAGCUGAACAACACCGUGCCCAGCAGCUUCCCCUCCUGGUACAAGGAC
GCCCUCAAGGACGUCGAGGAGCGCGUGCAGGCCACGAUCGACACCGCGGACGACGCCACC
GUGAUGGCCAGCGAGUCCCUGAGCGUCAUGUCCAGCAACGUGUCCUUCAGCGAGUGACCA
CUAGUUAUAAGACUGACUAGCCCGAUGGGCCUCCCAACGGGCCCUCCUCCCCUCCUUGCA
CCGAGAUUAAUAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAUAUUCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCUCUAGACAAUU
GGAAUU
MAGE-C2 (GC)-muag-A64-C30-rHCTOHSL
GGGAGAAAGCUUACCAUGCCCCCGGUGCCCGGCGUCCCCUUCCGGAACGUGGACAACGAC
AGCCCCACCUCCGUGGAGCUGGAGGACUGGGUCGACGCCCAGCACCCGACCGACGAGGAG
GAGGAGGAGGCCAGCUCCGCGAGCUCCACGCUCUACCUGGUGUUCAGCCCCUCCAGCUUC
UCCACCAGCUCCAGCCUGAUCCUCGGGGGCCCCGAGGAGGAGGAGGUGCCCUCCGGGGUC
AUCCCGAACCUGACCGAGAGCAUCCCCUCCAGCCCCCCGCAGGGCCCGCCCCAGGGGCCC
UCCCAGAGCCCCCUGUCCAGCUGCUGCAGCUCCUUCAGCUGGUCCAGCUUCUCCGAGGAG
AGCUCCAGCCAGAAGGGCGAGGACACCGGCACGUGCCAGGGGCUCCCGGACUCCGAGAGC
UCCUUCACCUACACCCUGGACGAGAAGGUGGCCGAGCUGGUGGAGUUCCUCCUGCUGAAG
UACGAGGCCGAGGAGCCCGUCACCGAGGCCGAGAUGCUCAUGAUCGUGAUCAAGUACAAG
GACUACUUCCCCGUGAUCCUGAAGCGCGCCCGGGAGUUCAUGGAGCUGCUCUUCGGCCUG
GCGCUGAUCGAGGUCGGGCCCGACCACUUCUGCGUGUUCGCCAACACGGUGGGCCUCACC
GACGAGGGGAGCGACGACGAGGGCAUGCCGGAGAACUCCCUGCUGAUCAUCAUCCUCAGC
GUCAUCUUCAUCAAGGGC71ACUGCGCCUCCGAGGAGGUGAUCUGGGAGGUGCUGAACGCC
GUCGGGGUGUACGCGGGCCGCGAGCACUUCGUGUACGGGGAGCCCCGGGAGCUGCUCACC
AAGGUCUGGGUGCAGGGCCACUACCUGGAGUACCGCGAGGUGCCGCACAGCUCCCCCCCG
UACUACGAGUUCCUGUGGGGCCCCCGGGCCCACAGCGAGUCCAUCAAGAAGAAGGUCCUC
GAGUUCCUGGCCAAGCUGAACAACACCGUGCCCAGCAGCUUCCCCUCCUGGUACAAGGAC
GCCCUCAAGGACGUCGAGGAGCGCGUGCAGGCCACGAUCGACACCGCGGACGACGCCACC
GUGAUGGCCAGCGAGUCCCUGAGCGUCAUGUCCAGCAJkCGUGUCCUUCAGCGAGUGACCA
CUAGUUAUAAGACUGACUAGCCCGAUGGGCCUCCCAACGGGCCCUCCUCCCCUCCUUGCA
CCGAGAUUAAUAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAUGCAUCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAAGGCUCU
UUUCAGAGCCACCAGAAUU
MAGE-C2 CDS дикого типа
AUGCCUCCCGUUCCAGGCGUUCCAUUCCGCAACGUUGACAACGACUCCCCGACCUCAGUU
GAGUUAGAAGACUGGGUAGAUGCACAGCAUCCCACAGAUGAGGAAGAGGAGGAAGCCUCC
UCCGCCUCUUCCACUUUGUACUUAGUAUUUUCCCCCUCUUCUUUCUCCACAUCCUCUUCU
CnGAUDGlIUGGriGGUCCUGAGGAGGAGGAGGUGCCClJCUGGUGUGAUACCAAAUClJUACC
GAGAGCAUUCCCAGUAGUCCUCCACAGGGUCCUCCACAGGGUCCUUCCCAGAGUCCUCUG
AGCUCCUGCUGCUCCUCUUUUUCAUGGAGCUCAUUCAGUGAGGAGUCCAGCAGCCAGAAA
GGGGAGGAUACAGGCACCUGUCAGGGCCUGCCAGACAGUGAGUCCUCUUUCACAUAUACA
CUAGAUGAAAAGGUGGCCGAGUUAGUGGAGUUCCUGCUCCUCAAAUACGAAGCAGAGGAG
CCUGUAACAGAGGCAGAGAUGCUGAUGAUUGUCAUCAAGUACAAAGAUUACUUUCCUGUG
AUACUCAAGAGAGCCCGUGAGUUCAUGGAGCUUCUUUUUGGCCUUGCCCUGAUAGAAGUG
GGCCCUGACCACUUCUGUGUGUUUGCAAACACAGUAGGCCUCACCGAUGAGGGUAGUGAU
GAUGAGGGCAUGCCCGAGAACAGCCUCCUGAUUAUUAUUCUGAGUGUGAUCUUCAUAAAG
GGCAACUGUGCCUCUGAGGAGGUCAUCUGGGAAGUGCUGi^AUGCAGUAGGGGUAUAUGCU
GGGAGGGAGCACUUCGUCUAUGGGGAGCCUAGGGAGCUCCUCACUAAAGUUUGGGUGCAG
GGACAUUACCUGGAGUAUCGGGAGGUGCCCCACAGUUCUCCUCCAUAUUAUGAAUUCCUG
UGGGGUCCAAGAGCCCAUUCAGAAAGCAUCAAGAAGAAAGUACUAGAGUUUUUAGCCAAG
CUGAACAACACUGUUCCUAGUUCCUUUCCAUCCUGGUACAiiGGAUGCUUUGAAAGAUGUG
GAAGAGAGAGUCCAGGCCACAAUUGAUACCGCAGAUGAUGCCACUGUCAUGGCCAGUGAA
AGCCUCAGUGUCAUGUCCAGCAACGUCUCCUUUUCUGAGUGA
AUGCCCCCGGUGCCCGGCGUCCCCUUCCGGAACGUGGACAACGACAGCCCCACCUCCGUG GAGCUGGAGGACUGGGUCGACGCCCAGCACCCGACCGACGAGGAGGAGGAGGAGGCCAGC UCCGCGAGCUCCACGCUCUACCUGGUGUUCAGCCCCUCCAGCUUCUCCACCAGCUCCAGC CUGAUCCUCGGGGGCCCCGAGGA
GAGAGCAUCCCCUCCAGCCCCCCGCAGGGCCCGCCCCAGGGGCCCUCCCAGAGCCCCCUG UCCAGCUGCUGCAGCUCCUUCAGCUGGUCCAGCUUCUCCGAGGAGAGCUCCAGCCAGAAG GGCGAGGACACCGGCACGUGCCAGGGGCUCCCGGACUCCGAGAGCUCCUUCACCUACACC
CUGGACGAGAAGGUGGCCGAGCUGGUGGAGUUCCU
СССGUСАССGAGGССGAGAUGCUCAUGAUCGUGAUCAAGUACAAGGACUACUUCCCCGUG
AUCCUGAAGCGCGCCCGGGAGUUCAUGGAGCUGCUCUUCGGCCUGGCGCUGAUCGAG
GGGC ССGACСACUUСUGCGUGUUСGССААСACGGUGGGССUСАССGACGAGGGGAGСGAC
GACGAGGGCAUGCCGGAGAACUCCCUGCUGAUCAUCAUCCUCAGCGUCAUCUUCAUCAAG
GGCAACUGCGCCUCCGAGGAGGUGAUCUGGGAGGUGCUGAACGCCGUCGGGGUGU
G GCCGСGAGСAC UU С GUGUACGGGGAGССCCGGGAGС UGCUСАССAAGGUСUGGGUGСAG
GGCCACUACCUGGAGUACCGCGAGGUGCCGCACAGCUCCCCCCCGUACUACGAGUUCCUG
UGGGGCCCCCGGGCCCACAGCGAGUCCAUCAAGAAGAAGGUCCUCGAGUUCCUGGCCAAG
CUGAACAACACCGUGCCCAGCAGCUUCCCCUCCUGGUACAAGGACGCCCUCAAGGACGUC
GAGGAGCGCGUGCAGGCCACGAUCGACACCGCGGACGACGCCACCGUGAUGGCCAGCGAG
UCCCUGAGCGUCAUGUCCAGCAACGUGUCCUUCAGCGAGUGA
MUC1 5xVNTR (GC)-muag-A64-C30
GGGAGAAAGCUUACCAUGACCCCCGGCACCCAGAGCCCGUUCUUCCUGCUCCUGCUGCUC
ACGGUGCUGACCGUCGUGACCGGGUCCGGCCACGCCAGCUCCACCCCCGGGGGCGAGAAG
GAGACGAGCGCCACCCAGCGGUCCAGCGUGCCCUCCAGCACCGAGAAGAACGCGGUCUCC
AUGACCACCUCCGUGCUGAGCUCCCACAGCCCCGGGUCCGGCAGCUCCACGACCCAGGGC
CAGGACGUGACCCUCGCCCCGGCCACCGAGCCCGCCAGCGGGUCCGCCGCGACGUGGGGC
CAGGACGUCACCAGCGUGCCCGUGACCCGCCCCGCCCUGGGGAGCACCACGCCGCCCGCC
CACGACGUCACCUCCGCCCCCGACAACAAGCCCGCGCCGGGCAGCACCGCCCCCCCCGCC
CACGGGGUGACCUCCGCCCCCGACACGCGGCCGGCCCCCGGCAGCACCGCGCCCCCCGCC
CACGGCGUGACCUCCGCCCCGGACACCCGCCCCGCCCCCGGGAGCACGGCCCCGCCGGCG
CACGGCGUCACCUCCGCCCCCGACACCCGGCCCGCCCCCGGGAGCACCGCCCCGCCCGCC
CACGGCGUGACGUCCGCGCCCGACACCCGCCCGGCCCCCGGCAGCACCGCCCCCCCCGCC
CACGGGGUGACCUCCGCCCCGGACACGCGGCCCGCGCCCGGCAGCACCGCCCCGCCGGCC
CACGGGGUCACCUCCGCGCCCGACAACCGCCCCGCCCUGGGGAGCACCGCCCCGCCCGUG
CACAACGUGACCUCCGCCAGCGGCUCCGCGAGCGGGUCCGCCAGCACCCUCGUCCACAAC
GGCACGUCCGCCCGGGCCACCACCACCCCCGCCAGCAAGUCCACGCCCUUCAGCAUCCCG
UCCCACCACAGCGACACCCCCACCACCCUGGCGUCCCACAGCACGAAGACCGACGCCUCC
AGCACCCACCACUCCAGCGUGCCCCCGCUGACCAGCUCCAACCACAGCACGUCCCCGCAG
CUCAGCACCGGGGUGUCCUUCUUCUUCCUGAGCUUCCACAUCUCCAACCUGCAGUUCAAC
AGCUCCCUCGAGGACCCCAGCACCGACUACUACCAGGAGCUGCAGCGGGACAUCUCCGAG
AUGUUCCUGCAGAUCUACAAGCAGGGCGGCUUCCUCGGGCUGAGCAACAUCAAGUUCCGC
CCCGGCUCCGUCGUGGUGCAGCUGACCCUCGCCUUCCGGGAGGGGACGAUCAACGUCCAC
GACGUGGAGACCCAGUUCAACCAGUACAAGACCGAGGCCGCCAGCCGCUACAACCUGACC
AUCUCCGACGUGAGCGUCUCCGACGUGCCCUUCCCGUUCAGCGCGCAGUCCGGCGCCGGC
GUGCCCGGGUGGGGCAUCGCCCUGCUCGUCCUGGUGUGCGUGCUGGUCGCCCUCGCCAUC
GUGUACCUGAUCGCGCUGGCCGUGUGCCAGUGCCGGCGCAi\GAACUACGGGCAGCUCGAC
AUCUUCCCCGCCCGGGACACGUACCACCCGAUGAGCGAGUACCCGACCUACCACACCCAC
GGCCGCUACGUCCCCCCCAGCUCCACCGACCGGAGCCCCUACGAGAAGGUGUCCGCCGGG
AACGGCGGCAGCUCCCUGAGCUACACCAACCCGGCGGUGGCCGCCGCCUCCGCCAACCUG
UGACCACUAGUUAUAAGACUGACUAGCCCGAUGGGCCUCCCAACGGGCCCUCCUCCCCUC
CUUGCACCGAGAUUAAUAiy\AAAAAAAAAAAAAAAAAAA'U^AAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAUAUUCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCUCUAG
MUC1 5xVNTR (GC)-muag-A64-C30-rHCTOnSL
GGGAGAAAGCUUACCAUGACCCCCGGCACCCAGAGCCCGUUCUUCCUGCUCCUGCUGCUC
ACGGUGCUGACCGUCGUGACCGGGUCCGGCCACGCCAGCUCCACCCCCGGGGGCGAGAAG
GAGACGAGCGCCACCCAGCGGUCCAGCGUGCCCUCCAGCACCGAGAAGAACGCGGUCUCC
AUGACCAGCUCCGUGCUGAGCUCCCACAGCCCCGGGUCCGGCAGCUCCACGACCCAGGGC
CAGGACGUGACCCUCGCCCCGGCCACCGAGCCCGCCAGCGGGUCCGCCGCGACGUGGGGC
CAGGACGUCACCAGCGUGCCCGUGACCCGCCCCGCCCUGGGGAGCACCACGCCGCCCGCC
CACGACGUCACCUCCGCCCCCGACAACAAGCCCGCGCCGGGCAGCACCGCCCCCCCCGCC
CACGGGGUGACCUCCGCCCCCGACACGCGGCCGGCCCCCGGCAGCACCGCGCCCCCCGCC
CACGGCGUGACCUCCGCCCCGGACACCCGCCCCGCCCCCGGGAGCACGGCCCCGCCGGCG
CACGGCGUCACCUCCGCCCCCGACACCCGGCCCGCCCCCGGGAGCACCGCCCCGCCCGCC
CACGGCGUGACGUCCGCGCCCGACACCCGCCCGGCCCCCGGCAGCACCGCCCCCCCCGCC
CACGGGGUGACCUCCGCCCCGGACACGCGGCCCGCGCCCGGCAGCACCGCCCCGCCGGCC
CACGGGGUCACCUCCGCGCCCGACAACCGCCCCGCCCUGGGGAGCACCGCCCCGCCCGUG
CACAACGUGACCUCCGCCAGCGGCUCCGCGAGCGGGUCCGCCAGCACCCUCGUCCACAAC
GGCACGUCCGCCCGGGCCACCACCACCCCCGCCAGCAAGUCCACGCCCUUCAGCAUCCCG
UCCCACCACAGCGACACCCCCACCACCCUGGCGUCCCACAGCACGAAGACCGACGCCUCC
AGCACCCACCACUCCAGCGUGCCCCCGCUGACCAGCUCCAACCACAGCACGUCCCCGCAG
CUCAGCACCGGGGUGUCCUUCUUCUUCCUGAGCUUCCACAUCUCCAACCUGCAGUUCAAC
AGCUCCCUCGAGGACCCCAGCACCGACUACUACCAGGAGCUGCAGCGGGACAUCUCCGAG
AUGUUCCUGCAGAUCUACAAGCAGGGCGGCUUCCUCGGGCUGAGCAACAUCAAGUUCCGC
CCCGGCUCCGUCGUGGUGCAGCUGACCCUCGCCUUCCGGGAGGGGACGAUCAACGUCCAC
GACGUGGAGACCCAGUUCAACCAGUACAAGACCGAGGCCGCCAGCCGCUACAACCUGACC
AUCUCCGACGUGAGCGUCUCCGACGUGCCCUUCCCGUUCAGCGCGCAGUCCGGCGCCGGC
GUGCCCGGGUGGGGCAUCGCCCUGCUCGUCCUGGUGUGCGUGCUGGUCGCCCUCGCCAUC
GUGUACCUGAUCGCGCUGGCCGUGUGCCAGUGCCGGCGCAA.GAACUACGGGCAGCUCGAC
AUCUUCCCCGCCCGGGACACGUACCACCCGAUGAGCGAGUACCCGACCUACCACACCCAC
GGCCGCUACGUCCCCCCCAGCUCCACCGACCGGAGCCCCUACGAGAAGGUGUCCGCCGGG
AACGGCGGCAGCUCCCUGAGCUACACCAACCCGGCGGUGGCCGCCGCCUCCGCCAACCUG
UGACCACUAGUUAUAAGACUGACUAGCCCGAUGGGCCUCCCAACGGGCCCUCCUCCCCUC
CUUGCACCGAGAUUAAUAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAUGCAUCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAA
GGCUCUUUUCAGAGCCACCAGAAUU
ФИГ. 23
Mucl-5xVNTR CDS дикого типа
AUGACACCGGGCACCCAGUCUCCUUUCUUCCUGCUGCUGCUCCUCACAGUGCUUACAGUU GUUACAGGUUCUGGUCAUGCAAGCUCUACCCCAGGUGGAGAAAAGGAGACUUCGGCUACC CAGAGAAGUUCAGUGCCCAGCUCUACUGAGAAGAAUGCUGUGAGUAUGACCAGCAGCGUA CUCUCCAGCCACAGCCCCGGUUCAGGCUCCUCCACCACUCAGGGACAGGAUGUCACUCUG GCCCCGGCCACGGAACCAGCUUCAGGUUCAGCUGCCACCUGGGGACAGGAUGUCACCUCG GUCCCAGUCACCAGGCCAGCCCUGGGCUCCACCACCCCGCCAGCCCACGAUGUCACCUCA GCCCCGGACAACAAGCCAGCCCCGGGCUCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGUGUCACCUCG GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCUCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGUGUCACCUCG GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCUCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGUGUCACCUCG GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCUCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGUGUCACCUCG GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCUCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGUGUCACCUCG GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCUCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGUGUCACCUCG GCCCCGGACAACAGGCCCGCCUUGGGCUCCACCGCCCCUCCAGUCCACAAUGUCACCUCG GCCUCAGGCUCUGCAUCAGGCUCAGCUUCUACUCUGGUGCACAACGGCACCUCUGCCAGG GCUACCACAACCCCAGCCAGCAAGAGCACUCCAUUCUCAuAUUCCCAGCCACCACUCUGAU ACUCCUACCACCCUUGCCAGCCAUAGCACCAAGACUGAUGCCAGUAGCACUCACCAUAGC UCGGUACCUCCUCUCACCUCCUCCAAUCACAGCACUUCUCCCCAGUUGUCUACUGGGGUC UCUUUCUUUUUCCUGUCUUUUCACAUUUCAAACCUCCAGUUUAAUUCCUCUCUGGAAGAU CCCAGCACCGACUACUACCAAGAGCUGCAGAGAGACAUUUCUGAAAUGUUUUUGCAGAUU UAUAAACAAGGGGGUUUUCUGGGCCUCUCCAAUAUUAAGUUCAGGCCAGGAUCUGUGGUG GUACAAUUGACUCUGGCCUUCCGAGAAGGUACCAUCAAUGUCCACGACGUGGAGACACAG UUCAAUCAGUAUAAAACGGAAGCAGCCUCUCGAUAUAACCUGACGAUCUCAGACGUCAGC GUGAGUGAUGUGCCAUUUCCUUUCUCUGCCCAGUCUGGGGCUGGGGUGCCAGGCUGGGGC AUCGCGCUGCUGGUGCUGGUCUGUGUUCUGGUUGCGCUGGCCAUUGUCUAUCUCAUUGCC UUGGCUGUCUGUCAGUGCCGCCGAAAGAACUACGGGCAGCUGGACAUCUUUCCAGCCCGG GAUACCUACCAUCCUAUGAGCGAGUACCCCACCUACCACACCCAUGGGCGCUAUGUGCCC CCUAGCAGUACCGAUCGUAGCCCCUAUGAGAAGGUUUCUGCAGGUAACGGUGGCAGCAGC CUCUCUUACACAAACCCAGCAGUGGCAGCCGCUUCUGCCAA.CUUGUAG
MUCl-5xVNTR CDS GC-оптимизированная
AUGACCCCCGGCACCCAGAGCCCGUUCUUCCUGCUCCUGCUGCUCACGGUGCUGACCGUC GUGACCGGGUCCGGCCACGCCAGCUCCACCCCCGGGGGCGAGAAGGAGACGAGCGCCACC CAGCGGUCCAGCGUGCCCUCCAGCACCGAGAAGAACGCGGUCUCCAUGACCAGCUCCGUG CUGAGCUCCCACAGCCCCGGGUCCGGCAGCUCCACGACCCAGGGCCAGGACGUGACCCUC GCCCCGGCCACCGAGCCCGCCAGCGGGUCCGCCGCGACGUGGGGCCAGGACGUCACCAGC GUGCCCGUGACCCGCCCCGCCCUGGGGAGCACCACGCCGCCCGCCCACGACGUCACCUCC GCCCCCGACAACAAGCCCGCGCCGGGCAGCACCGCCCCCCCCGCCCACGGGGUGACCUCC GCCCCCGACACGjCGGCCGGCCCCCGGCAGCACCG
GCCCCGGACACCCGCCCCGCCCCCGGGAGCACGGCCCCGCCGGCGCACGGCGUCACCUCC
GCCCCCGACACCCGGCCCGCCCCCGGGAGCACCGCCCCGCCCGCCCACGGCGUGACGUCC
GCGCCCGACACCCGCCCGGCCCCCGGCAGCACCGCCCCCCCCGCCCACGGGGUGACCUCC
GCCCCGGACACGCGGCCCGCGCCCGGCAGCACCGCCCCGCCGGCCCACGGGGUCACCUCC
GCGCCCGACAACCGCCCCGCCCUGGGGAGCACCGCCCCGCCCGUGCACAACGUGACCUCC
GCCAGCGGCUCCGCGAGCGGGUCCGCCAGCACCCUCGUCCACAACGGCACGUCCGCCCGG
GCCACCACCACCCCCGCCAGCAAGUCCACGCCCUUCAGCAUCCCGUCCCACCACAGCGAC
ACCCCCACCACCCUGGCGUCCCACAGCACGAAGACCGACGCCUCCAGCACCCACCACUCC
AGCGUGCCCCCGCUGACCAGCUCCAACCACAGCACGUCCCCGCAGCUCAGCACCGGGGUG
UCCUUCUUCUUCCUGAGCUUCCACAUCUCCAACCUGCAGUUCAACAGCUCCCUCGAGGAC
CCCAGCACCGACUACUACCAGGAGCUGCAGCGGGACAUCUCCGAGAUGUUC^
UACAAGCAGGGCGGCUUCCUCGGGCUGAGCAACAUCAAGUUCCGCCCCGGCUCCGUCGUG
GUGCAGjCUGACCCUCGCCUUCCGGGAGGGGACGAU
UUCAACCAGUACAAGACCGAGGCCGCCAGCCGCUACAj\CCUGACCAUCUCCGACGUGAGC GUCUCCGACGUGCCCUUCCCGUUCAGCGCGCAGUCCGGCGCCGGCGUGCCCGGGUGGGGC
AUCGCCjCUGCUCGUCCUGG
CUGGCCGUGUGCCAGUGCCGGCGCAAGAACUACGGGCAGCUCGACAUC GACACGUACCACCCGAUGAGCGAGU^
CCCAGCUCCACCGACCGGAGCCCCUACGAGAAGGUGUCCGCCGGGAACGGCGGCAGCUCC CUGAGCUACACCAACCCGGCGGUGGCCGCCGCCUCCGCCAACCUGUGA
ФИГ. 25
Секреция IFN-y в спленоцитах мышей, вакцинированных Muc 1 -RNActive(r)
250т 200150Л 10050
• Muc1-RNActive0
5 буфер
0--50J
предсказанный эпитоп Mucl
котрольныи эпитоп
ФИГ. 26
к о
X > -. с о
ю о
к а
ее S
300т
без терапии только иммунотерапия только облучение иммунотерапия + облучение
дни после имплантации опухоли
вакцинация 4 4 4 4 4 4
облучение ||j
фаза роста опухоли без обработки
Белок 5Т4 NP_001159864.1:
mpggcsrgpa agdgrlrlar lalvllgwvs qcpalcecse aartvkcvnr nltevptdlp aalnlsgsrl devragafeh lpslrqldls nhivppeder qnrsfegmvv aallagralq lsnnslvslt yvsfrnlthl eslhlednal hmadmvtwlk etevvqgkdr ltcaypekmr ivlaligaif llvlylnrkg ikkwmhnird sssptssass fsssapflas avsaqpplpd ayvrnlfltg nqlavlpaga farrpplael hnpladlspf afsgsnasvs apsplvelil glrrlelasn hflylprdvl aqlpslrhld kvlhngtlae lqglphirvf ldnnpwvcdc nrvllelnsa dldcdpilpp slqtsyvflg acrdhmegyh yryeinadpr ltnlssnsdv
Белок сурвивин (BIRC5) 015392:
MGAPTLPPAWQPFLKDHRISTFKNWPFLEGCACTPERMAEAGFIHCPTENEPDLAQCFFC FKELEGWEPDDDPIEEHKKHSSGCAFLSVKKQFEELTLGEFLKLDRERAKNKIAKETNNK KKEFEETAKKVRRAIEQLAAMD
Белок сурвивин (BIRC5) NP_001159.2:
mgaptlppaw qpflkdhris tfknwpfleg cactpermae agfihcpten epdlaqcffc fkelegwepd ddpieehkkh ssgcaflsvk kqfeeltlge flkldrerak nkiaketnnk kkefeetaek vrraieqlaa md
ФИГ. 30
Белок NY-ESO-1 NP_001318.1:
mqaegrgtgg stgdadgpgg pgipdgpggn prgphggaas glngccrcga rgpesrllef vllkeftvsg niltirltaa dhrqlqlsis aggpgeagat ggrgprgaga arasgpggga ylampfatpm eaelarrsla qdapplpvpg sclqqlsllm witqcflpvf laqppsgqrr
ФИГ. 31
Белок MAGE-C1 NP_005453.2:
mgdkdmptag mpsllqssse spqscpeged edssdplqrp pegkdsqspl qipqsspegd gedvqsplqn passffssal lsifqsspes sspestqspf egfpqsplqi pvsrsfsstl ssstllslfq sfsertqstf egfaqsslqi splqipvsss ssstllslfq ssperthstf aqstfegfpq splqipgsps fsstllslfq lsilqsspes aqsafegfpq splqipvsss pvssssssst llslfqsspe ctqstfegfp dslsphyfpq sppqgedsls phyfpqsppq qgedsmsply fpqsplqgee fqsslqspvs hspqsppegm hsqsplqspe sapegedsls lsplhfpqfp pqgedfqssl qspvsicsss sffsytlasl lqsshespqs ppegpaqspl slsksspesp lqspvisfss stslspfsee eplftytlde kvdelarfll lkyqvkqpit fgislrevdp ddsyvfvntl dltsegclsd dvlsgigvra grehfafgep relltkvwvq krkvveflam lkntvpitfp ssykdalkdv se
sqsplqipqs spesddtlyp lqspqsrseg dtqsplqnsq sspegkdsls pleisqsppe tqspfegfpq svlqipvsaa ssstlvsifq lsifqssper tqstfegfaq splqipvsps pvspsfsstl vslfqssper tqstfegfpq ogfpqsllqi pmtssfsstl lsifqsspes ssperthstf egfpqsplqi. pmtssfsstl fsytllslfq ssperthstf egfpqsplqi qsplqipqsp pegenthspl qivpslpewe gedslsphyf pqspqgedsl sphyfpqspp icssstpssl pqsfpessqs ppegpvqspl plqipqsple gedslsslhf pqsppeweds tslslpqsfp espqsppegp aqsplqrpvs qspvssfpss tssslsqssp vssfpsstss ssspvdeyts ssdtllesds ltdseslies kaemltnvis rytgyfpvif rkarefieil eqgmsqnrll ililsiifik gtyaseeviw ehyleyrevp nssppryefl wgprahsevi eeraqaiidt tddstatesa sssvmspsfs
Белок MAGE-C2 NP 057333.1:
mppvpgvpfr nvdndsptsv eledwvdaqh lilggpeeee vpsgvipnlt esipssppqg gedtgtcqgl pdsessftyt ldekvaelve ilkrarefme llfglaliev gpdhfcvfan gncaseeviw evlnavgvya grehfvygep wgprahsesi kkkvleflak lnntvpssfp slsvmssnvs fse ptdeeeeeas sasstlylvf spssfstsss
ppqgpsqspl ssccssfsws sfseesssqk
flllkyeaee pvteaemlmi vikykdyfpv
tvgltdegsd degmpensll iiilsvifik
relltkvwvq ghyleyrevp hssppyyefl
swykdalkdv eervqatidt addatvmase
ФИГ. 33
Белок MUC1 J05582.1:
mtpgtqspff llllltvltv vtgsghasst lsshspgsgs sttqgqdvtl apatepasgs apdnkpapgs tappahgvts apdtrpapgs apdtrpapgs tappahgvts apdtrpapgs apdtrpapgs tappahgvts apdtrpapgs apdtrpapgs tappahgvts apdtrpapgs apdtrpapgs tappahgvts apdtrpapgs apdtrpapgs tappahgvts apdtrpapgs apdtrpapgs tappahgvts apdtrpapgs apdtrpapgs tappahgvts apdtrpapgs apdtrpapgs tappahgvts apdtrpapgs apdtrpapgs tappahgvts apdtrpapgs apdtrpapgs tappahgvts apdtrpapgs apdtrpapgs tappahgvts apdtrpapgs apdtrpapgs tappahgvts apdtrpapgs apdtrpapgs tappahgvts apdtrpapgs asgsasgsas tlvhngtsar atttpaskst svppltssnh stspqlstgv sffflsfhis ykqggflgls nikfrpgsvv vqltlafreg vsdvpfpfsa qsgagvpgwg iallvlvcvl dtyhpmseyp tyhthgryvp psstdrspye pggeketsat qrssvpsste knavsmtssv aatwgqdvts vpvtrpalgs ttppahdvts tappahgvts apdtrpapgs tappahgvts tappahgvts apdtrpapgs tappahgvts tappahgvts apdtrpapgs tappahgvts tappahgvts apdtrpapgs tappahgvts tappahgvts apdtrpapgs tappahgvts tappahgvts apdtrpapgs tappahgvts Lappahyvls apdlrpapys LappahyvLs tappahgvts apdtrpapgs tappahgvts tappahgvts apdtrpapgs tappahgvts tappahgvts apdtrpapgs tappahgvts tappahgvts apdtrpapgs tappahgvts tappahgvts apdtrpapgs tappahgvts tappahgvts apdtrpapgs tappahgvts tappahgvts apdnrpalgs tappvhnvts pfsipshhsd tpttlashst ktdassthhs nlqfnssled pstdyyqelq rdisemflqi tinvhdvetq fnqykteaas rynltisdvs valaivylia lavcqcrrkn ygqldifpar kvsagnggss Isytnpavaa asanl
Белок MUC1 SxVNTR
MUC1 CDS дикого типа:
ATGACACCGGGCACCCAGTCTCCTTTCTTCCTGCTGCTGCTCCTCACAGTGCTTACAGTT
GTTACAGGTTCTGGTCATGCAAGCTCTACCCCAGGTGGAGAAAAGGAGACTTCGGCTACC
CAGAGAAGTTCAGTGCCCAGCTCTACTGAGAAGAATGCTGTGAGTATGACCAGCAGCGTA
CTCTCCAGCCACAGCCCCGGTTCAGGCTCCTCCACCACTCAGGGACAGGATGTCACTCTG
GCCCCGGCCACGGAACCAGCTTCAGGTTCAGCTGCCACCTGGGGACAGGATGTCACCTCG
GTCCCAGTCACCAGGCCAGCCCTGGGCTCCACCACCCCGCCAGCCCACGATGTCACCTCA
GCCCCGGACAACAAGCCAGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCxACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCACGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACACCAGGCCGGCCCCGGGCTCCACCGCCCCCCCAGCCCATGGTGTCACCTCG
GCCCCGGACAACAGGCCCGCCTTGGGCTCCACCGCCCCTCCAGTCCACAATGTCACCTCG
GCCTCAGGCTCTGCATCAGGCTCAGCTTCTACTCTGGTGCACAACGGCACCTCTGCCAGG
GCTACCACAACCCCAGCCAGCAAGAGCACTCCATTCTCAATTCCCAGCCACCACTCTGAT
ACTCCTACCACCCTTGCCAGCCATAGCACCAAGACTGATGCCAGTAGCACTCACCATAGC
TCGGTACCTCCTCTCACCTCCTCCAATCACAGCACTTCTCCCCAGTTGTCTACTGGGGTC
TCTTTCTTTTTCCTGTCTTTTCACATTTCAAACCTCCAGTTTAATTCCTCTCTGGAAGAT
С С СAGCАСС GAC TAC TACCAAGAGCTGCAGAGAGACATT TСTGAAATGTTT TTGCAGAT T
TATAAACAAGGGGGTTTTCTGGGCCTCTCCAATATTAAGTTCAGGCCAGGATCTGTGGTG
GTACAATTGACTCTGGCCTTCCGAGAAGGTACCATCAATGTCCACGACGTGGAGACACAG
TTCAATCAGTATAAAACGGAAGCAGCCTCTCGATATAACCTGACGATCTCAGACGTCAGC
GTGAGTGATGTGCCATTTCCTTTCTCTGCCCAGTCTGGG3CTGGGGTGCCAGGCTGGGGC
ATCGCGCTGCTGGTGCTGGTCTGTGTTCTGGTTGCGCTGGCCATTGTCTATCTCATTGCC
TTGGCTGTCTGTCAGTGCCGCCGAAAGAACTACGGGCAGCTGGACATCTTTCCAGCCCGG
GATACCTACCATCCTATGAGCGAGTACCCCACCTACCACACCCATGGGCGCTATGTGCCC
CCTAGCAGTACCGATCGTAGCCCCTATGAGAAGGTTTCTGCAGGTAACGGTGGCAGCAGC
CTCTCTTACACAAACCCAGCAGTGGCAGCCGCTTCTGCGAi\CTTGTAG
ФИГ. 36
(19)
(19)
(19)
- 10 -
- 13 -
- 13 -
- 15 -
-16 -
- 18 -
- 18 -
-37-
- 36 -
- 39 -
- 39 -
-43 -
- 42 -
- 45 -
- 45 -
-47 -
- 46 -
- 49 -
- 49 -
- 54 -
- 57 -
- 57 -
-112-
-112-
-116 -
-116 -
- 117 -
- 117 -
-118-
-118-
- 120 -
- 120 -
1020
- 129 -
- 128 -
720
1020
- 129 -
- 128 -
720
1020
- 129 -
- 128 -
720
1020
- 129 -
- 128 -
720
1020
- 129 -
- 130 -
720
- 131 -
- 131 -
- 137 -
- 137 -
- 138 -
- 138 -
- 138 -
- 138 -
- 138 -
- 138 -
- 139 -
- 139 -
- 139 -
- 139 -
1860
- 140 -
1860
- 140 -
3360
3360
- 141 -
- 141 -
- 142 -
- 142 -
960
- 144 -
960
- 144 -
1020
1020
960
- 144 -
960
- 144 -
1020
1020
960
- 144 -
960
- 144 -
1020
1020
960
- 144 -
960
- 144 -
1020
1020
- 145 -
- 145 -
- 147 -
- 147 -
- 151 -
- 150 -
- 151 -
- 150 -
- 151 -
- 150 -
- 151 -
- 150 -
- 151 -
- 150 -
- 151 -
- 152 -
- 153 -
- 153 -
- 155 -
- 155 -
- 156 -
- 156 -
- 159 -
- 159 -
- 159 -
- 159 -
-161 -
- 160 -
- 163 -
- 163 -
-166 -
-166 -
- 168 -
- 168 -
- 169 -
- 169 -
- 170 -
- 170 -
- 173 -
- 173 -
- 176 -
- 176 -
- 176 -
- 176 -
- 177 -
- 177 -
- 178 -
- 178 -
<220>
<220>
179 -
179 -
- 180 -
- 180 -
- 207 -
- 206 -
- 207 -
- 206 -
- 207 -
- 208 -
- 209 -
- 209 -
- 222 -
- 222 -
1/37
1/37
ФИГ. 1
ФИГ. 1
3/37
3/37
4/37
5Т4 CDS с оптимизированным содержанием GC
4/37
5Т4 CDS с оптимизированным содержанием GC
5/37
5/37
ФИГ. 5
ФИГ. 5
6/37
6/37
8/37
Сурвивин CDS с оптимизированным содержанием GC
8/37
Сурвивин CDS с оптимизированным содержанием GC
9/37
9/37
ФИГ. 9
ФИГ. 9
10/37
10/37
12/37
NY-ESO-1 CDS с оптимизированным содержанием GC
12/37
NY-ESO-1 CDS с оптимизированным содержанием GC
13/37
13/37
ФИГ. 13
ФИГ. 13
14/37
14/37
ФИГ. 14
ФИГ. 14
15/37
MAGE-C1 полноразмерная CDS дикого типа
15/37
MAGE-C1 полноразмерная CDS дикого типа
ФИГ. 15
ФИГ. 15
16/37
MAGE-C1 полноразмерная CDS с оптимизированным содержанием GC
16/37
MAGE-C1 полноразмерная CDS с оптимизированным содержанием GC
ФИГ. 16
ФИГ. 16
17/37
MAGE-C1 (ак 613-1142) CDS с оптимизированным содержанием GC
17/37
MAGE-C1 (ак 613-1142) CDS с оптимизированным содержанием GC
ФИГ. 17
ФИГ. 17
18/37
18/37
ФИГ. 18
ФИГ. 18
21/37
MAGE-C2 CDS с оптимизированным содержанием GC
21/37
MAGE-C2 CDS с оптимизированным содержанием GC
ФИГ. 21
ФИГ. 21
22/37
22/37
ФИГ, 22
ФИГ, 22
23/37
24/37
ФИГ. 24
26/37
26/37
26/37
26/37
26/37
26/37
27/37
27/37
ФИГ. 27
ФИГ. 27
27/37
27/37
ФИГ. 27
ФИГ. 27
28/37
28/37
ФИГ. 28
ФИГ. 28
30/37
30/37
31/37
32/37
ФИГ. 32
35/37
35/37
ФИГ. 35
ФИГ. 35
36/37
36/37
|
